Electron migration in DNA matrix: an electron transfer reaction

This paper brings an active and provocative area of current research. It describes the investigation of electron transfer (ET) chemistry in general and ET reactions results in DNA in particular. Two DNA intercalating molecules were used: Ethidium Bromide as the donor (D) and Methyl-Viologen as the acceptor (A), the former intercalated between DNA bases and the latter in its surface. Using the Perrin model and fluorescence quenching measurements the distance of electron migration, herein considered to be the linear spacing between donor and acceptor molecule along the DNA molecule, was obtained. A value of 22.6 (± 1.1) angstroms for the distance and a number of 6.6 base pairs between donor and acceptor were found. In current literature the values found were 26 angstroms and almost 8 base pairs. DNA electron transfer is considered to be mediated by through-space interactions between the p-electron-containing base pairs.

Statistical Model to DNA Melting

We explore a DNA statistical model to obtain information about the behavior of the thermodynamics quantities. Special attention is given to the thermal denaturation of this macromolecule.

Método rápido de extração de DNA de bactérias

Desenvolveu-se um método rápido para extração de DNA de bactérias, que ao contrário de outros métodos, não requer o uso de enzimas, como lisozima e proteinase K, previamente, utilizado-se o carbonato de silício (carborundum) como agente físico para efetuar a quebrar da parede celular da bactéria. Com este método conseguiu-se extrair DNA bacteriano num menor tempo, além de mais rápido, ele mostrou-se mais simples e econômico, quando comparado aos métodos convencionais. O DNA obtido pode ser utilizado para diversas finalidades relacionadas ao DNA de bactérias, obtendo-se uma quantidade razoável de DNA, que varia de 725 µg/mL a 1170 µg/mL por cada 0,1 g de célula bacteriana, com ótima qualidade.

Método rápido para extração de DNA de Puccinia kuehnii

Foi desenvolvido um método eficiente, rápido e de baixo custo para extração de DNA de Puccinia kuehnii, patógeno causador da ferrugem alaranjada em cana-de-açúcar, importante doença de recente emergência no ocidente. O protocolo de extração foi testado em esporos recém-coletados e em esporos armazenados a -80ºC por 7 meses. Com uma quantidade inicial de 15 mg de esporos foi obtido concentrações médias de DNA variando de 880,8 mg/mL a 1115,9 mg/mL. A amplificação do DNA extraído foi positiva para as amostras avaliadas.

Síndromes de dispersão de sementes em três trechos de vegetação ciliar (nascente, meio e foz) ao longo do rio Pindaíba, MT

Este estudo foi desenvolvido visando identificar as proporções entre as síndromes de dispersão e os tipos de frutos encontrados em três áreas: nascente (Cerrado Rupestre), meio e foz (mata ciliar Floresta Estacional Semidecidual) ao longo do Rio Pindaíba, MT. No trecho de nascente, 55,6% das espécies amostradas eram zoocóricas, 43% anemocóricas e apenas 1,4% autocóricas, respectivamente. No trecho do meio, 85,7% das espécies eram zoocóricas, 11,7% anemocóricas e apenas 1,3% autocóricas. Na foz do Rio Pindaíba foram encontradas 77,5% de espécies zoocóricas, 20% de anemocóricas e apenas 2,5% de autocóricas. A hipótese levantada neste estudo foi de que em áreas abertas (nascente) a proporção de espécies anemocóricas seria maior do que em ambientes fechados (meio e foz), onde predominaria a zoocoria. Entretanto, não houve diferença significativa nas proporções de espécies anemocóricas e zoocóricas na nascente (Cerrado Rupestre), enquanto no meio e na foz (mata ciliar) as proporções de zoocoria foram maiores. Ambientes florestais, estruturalmente mais complexos com menor circulação do vento e menor incidência luminosa, requerem estratégias de dispersão mais direcionadas e previsíveis como a zoocoria.

Fitossociologia de uma área de floresta estacional perenifólia na fazenda Amoreiras, Querência, MT

As florestas do sul da Amazônia, onde se encontra a Floresta Estacional Perenifólia, têm grande influência sobre a manutenção do equilíbrio físico regional e são as que mais estão ameaçadas pela ação antrópica, além de serem pouco conhecidas em relação à sua estrutura. Diante disso, objetivou-se estudar a estrutura fitossociológica de um trecho de Floresta Estacional Perenifólia na Bacia do Rio das Pacas em Querência, MT. A amostragem da vegetação consistiu na distribuição de 200 pontos quadrantes, sendo amostrados os indivíduos com diâmetro à altura de 1,30 m do solo (DAP ? 10 cm). A densidade total da área amostrada foi de 736 ind./ha, distribuídos em 58 espécies, 45 gêneros e 31 famílias. As espécies de maior Valor de Importância (VI), Ocotea leucoxylon (Sw.) Laness., Trattinickia glaziovii Swart, Ouratea discophora Ducke, Xylopia amazonica R.E. Fr. e Myrcia multiflora (Lam.) DC. corresponderam a 28,45% do VI total e também ocorreram em outros trechos de Floresta Estacional Perenifólia em Gaúcha do Norte, MT, porém não com a mesma representatividade. O índice de Shannon (3,51) pode ser considerado baixo por se tratar de Floresta Amazônica, mas a equabilidade de Pielou (0,86) evidenciou que a comunidade arbórea apresentava alta heterogeneidade florística.

Extração de DNA genômico de tecidos foliares maduros de espécies nativas do cerrado

Grandes quantidades de contaminantes na amostra de DNA dificultam a obtenção de DNA genômico de qualidade durante a extração. A presença de polissacarídeos, fenóis e outros compostos secundários representa o principal problema com o procedimento de isolamento do DNA e sua aplicação subsequente, por inibir a atividade das enzimas Taq DNA polimera-se e enzimas de restrição. Neste estudo, descreveu-se um procedimento modificado baseado no hexadecyltrimethylammonium (CTAB), rendendo DNA genômico satisfatório para técnicas de manipulação subsequente, como reações de PCR e digestão com enzima de restrição. Nesse protocolo foram utilizadas diferentes concentrações de β-mercaptoetanol no tampão de extração (0,0; 0,2; 10; 15; 25; e 50 uL de β-mercaptoetanol/mL do tampão de extração: 100 mM de Tris-HCl, pH 8; 20 mM de EDTA; 1,4 mM de NaCl; 2% de CTAB; 1% de PVP), cujo procedimento foi aplicado no caso de folhas maduras e testado em Annona crassiflora (arati-cum), Eugenia dysenterica (cagaita), Anacardium humilis (caju-do-campo), Hancornia speciosa (mangaba) e Caryocar brasiliense (pequi). O protocolo foi eficiente no isolamento de DNA livre de polissacarídeos e polifenóis, com rendimento do DNA com alto peso molecu-lar, utilizando-se concentrações a partir de 1% de β-mercaptoetanol no tampão de extração. O DNA isolado por esse método mostrou alta pureza, de acordo com as análises de digestão por restrição e amplificação por PCR.

Mudanças na estrutura da vegetação lenhosa em três porções da mata de galeria do Córrego Bacaba (1999-2006), Nova Xavantina-MT

Este estudo, realizado na Mata de Galeria do córrego Bacaba (14º41'S e 52º20'W), em Nova Xavantina, MT, avaliou as mudanças na estrutura da vegetação no período de 1999 a 2006. Em 1999, foram demarcadas 141 parcelas permanentes em três porções da mata (alto, meio e baixo), em um gradiente topográfico, e medidos os indivíduos com CAP ≥ 15 cm. No inventário de 2006, os indivíduos foram remedidos e os recrutas, computados. Em 2006, amostraram-se 135 espécies, 113 gêneros e 49 famílias. A posição hierárquica das espécies apresentou mudanças expressivas em relação a 1999. Na porção do alto, as espécies com maior valor de importância (VI) foram: Astrocaryum vulgare, Diospyros guianensis e Calophyllum brasiliense. Essa porção pode ter sido a mais afetada pelo fogo que atingiu a área em 2001, visto que uma espécie típica de ambientes antropizados passou a ocupar a primeira posição de VI. No meio, as espécies mais importantes em 2006 foram: Aspidosperma subincanum, Tetragastris altissima e Hymenaea courbaril. No baixo, apenas Mauritia flexuosa manteve a mesma posição do inventário anterior, e a maior alteração hierárquica foi apresentada pelas espécies pioneiras, sugerindo um fechamento da vegetação. Entre as 10 espécies de maior VI em 2006, nenhuma foi comum às três porções da mata. Características estruturais distintas da vegetação entre áreas geograficamente tão próximas podem estar relacionadas à heterogeneidade do ambiente. As mudanças no VI registradas nas espécies das três porções de mata reforçam a ideia de que esta apresenta elevada dinâmica.

Efeito da inundação lateral sobre a distribuição da vegetação ripária em um trecho do rio Cuiabá, MT

Estudos hidrológicos e fitossociológicos foram realizados num perfil topográfico de 550 m instalado perpendicularmente ao rio Cuiabá, no Município de Rosário Oeste, MT, para analisar a influência da inundação sobre a distribuição da vegetação ripária. Utilizando os dados fluviométricos da estação de Rosário Oeste de 1966 a 2003, um modelo hidrológico de remanso em regime subcrítico foi ajustado, permitindo estabelecer a série hidrológica na área de estudo. A partir dessa série, os intervalos de recorrência nessa área foram obtidos. Os resultados sugeriram que a margem do canal principal, o canal secundário e o dique marginal, a planície de inundação e o terraço alagam a cada ~1 1,7 ano, ~1,77 2,8 anos, ~3 anos e de ~3,25 a ~39 anos, respectivamente. A espécie Combretum leprosum Mart. (Combretaceae) apresentou maior VI na margem do canal principal, Callisthene fasciculata (Spr.) Mart. (Vochysiaceae) na margem do canal principal e no terraço e Licania parvifolia Huber (Chrysobalanaceae), Cariniana estrellensis (Raddi) Kuntze. (Lecythidaceae) e Vochysia divergens Pohl. (Vochysiaceae) na planície de inundação. Os resultados indicaram que a frequência e, principalmente, o tempo de alagamento são os principais determinantes ecológicos da distribuição das espécies vegetais ao longo do perfil topográfico.

Análise morfométrica e socioambiental de uma bacia hidrográfica Amazônica, Carlinda, MT

Estudos morfométricos e socioambientais foram realizados na bacia hidrográfica do rio Monte Sinai, em Carlinda, MT, visando à criação de subsídios para a sua sustentabilidade ambiental. Para tanto, foram utilizados dados SRTM 90 m, reamostrados para 30 m, para a geração do modelo digital de elevação e dados SPOT (10 m), para a avaliação do uso e cobertura da terra, através de técnicas de SIG. Além disso, foram feitas entrevistas semiestruturadas com os moradores locais e visitas de campo. Os resultados apontaram que a bacia apresenta padrão dentrítico de quarta ordem. A razão altimétrica, declividade, densidade de drenagem e fator de forma indicaram forte controle estrutural da drenagem da bacia hidrográfica. Entretanto, o atual uso e cobertura da terra, dominada por pastagens e mata ciliar degradada, favorecem os processos erosivos e, consequentemente, a perda da ferlitiladade do solo e o assoreamento dos cursos d'água. Foram apontados indicadores de degradação, assim como estratégias de manejo adequadas à melhoria ambiental que venham contribuir e garantir a sustentabilidade ambiental da bacia.

Análise espaço-temporal da cobertura vegetal e uso da terra na Interbacia do Rio Paraguai Médio-MT, Brasil

O objetivo deste estudo foi realizar uma análise espaço-temporal da cobertura vegetal e do uso da terra na Interbacia do Rio Paraguai Médio-MT, Brasil, pelo geoprocessamento de imagens Landsat TM, dos anos 1991, 2001 e 2011. As imagens foram georreferenciadas, classificadas e processadas no software Spring e as classes temáticas, quantificadas e editadas no software ArcGis. Foram mapeadas sete classes, sendo as mais expressivas a vegetação nativa, a pastagem e a cana-de-açúcar. Os resultados indicaram alterações em todas as classes durante os últimos 20 anos, com a diminuição de 22,89% da vegetação nativa, relacionada com o aumento de 58,42% da pastagem e 490,26% de monocultura de cana-de-açúcar. Foi verificado o conflito de uso da terra, principalmente em áreas de mata ciliar, fato que pode influenciar negativamente na conservação da interbacia e, consequentemente, do pantanal mato-grossense.

Dinâmica populacional do parasitoide de ovos erythmelus tingitiphagus (hymenoptera: mymaridae) em clone de seringueira, em Itiquira, MT

O percevejo-de-renda Leptopharsa heveae Drake & Poor (Hemiptera: Tingidae) é uma das mais importantes pragas da heveicultura no Brasil, principalmente nas regiões Sudeste e Centro-Oeste. Devido ao seu hábito sugador, na face abaxial das folhas, esta praga leva à senescência precoce das mesmas e a reduções na produção de látex em até 30%. Dentre os inimigos naturais de L. heveae está o parasitoide de ovos Erythmelus tingitiphagus (Soares) (Hymenoptera: Mymaridae), regulando suas populações em condições naturais. O objetivo deste estudo foi verificar a dinâmica populacional deste parasitoide, bem como correlacioná-la com os fatores meteorológicos temperatura e pluviosidade, em plantio comercial de seringueira do clone PB 217, em Itiquira, MT. Semanalmente foram coletadas quatro folhas maduras por árvore, no terço inferior da copa de 40 árvores, totalizando 160 folhas por amostragem, no período de agosto de 2006 a janeiro de 2007. Houve correlação positiva entre a dinâmica populacional e os fatores meteorológicos, sendo o pico populacional do parasitoide observado no mês de novembro e declinando até janeiro na área estudada.

Aplicação do indíce de transformação antrópica na análise multitemporal da bacia do córrego do Bezerro Vermelho em Tangará da Serra-MT

Os objetivos deste trabalho foram identificar e quantificar o uso da terra na Bacia Hidrográfica do Córrego do Bezerro Vermelho no Município de Tangará da Serra, MT, por meio das imagens Landsat TM dos anos 1984 e 2011. As imagens foram georreferenciadas, classificadas e processadas no software Spring e as classes temáticas, quantificadas e editadas no software Arcgis. O grau de antropização foi verificado através do Índice de Transformação Antrópica. Foram identificadas cinco classes, cobertura florestal, vegetação secundária, agricultura, pastagem e lâmina de água. Os resultados indicaram diminuição nos percentuais das classes: de 35,35% na cobertura florestal, de 11,78% em pastagens e de 100% na vegetação secundária, decréscimos esses relacionados ao aumento de 248,75% da agricultura. Portanto, este trabalho evidenciou alteração drástica da paisagem e, por meio do Índice de Transformação Antrópica, verificou-se aumento de 4,75 para 5,88 entre os anos 1984 e 2011, ou seja, a área de estudo encontrava-se na classe regular e passou a ser degradada, fato esse decorrente, sobretudo, das atividades antrópicas, associadas à expansão da agricultura.