Notes et extraits de Pierre-François CHIFFLET, concernant principalement la Franche-Comté et la Bourgogne.

On remarque : « Ex Glossario pervetusto » (f. 3) ; — « Ex chartis ecclesiae de Caritate » (f. 10) ; — « Ex veteri membrana et ex antiquo circulo depicto propè altare Maurimonasterii in Alsatia » (f. 10) ; — « Ex chartis R. P. Stephani Voyrin » (f. 11) ; — « Episcopi Metenses, ex ms. codice Sancti Arnulfi Metensis » (f. 12 v°) ; — Lettre de Hugues Métel à Gerland (f. 14) ; — « Ex variis catalogis sanctorum » (f. 14) ; — « Ex archivio ecclesiae Beatae Magdalenae [Bisuntinae] » (f. 17) ; — « Ex archivio Sancti Vincentii Bisont[ini] » (f. 18) ; — « Ex archivio monasterii Bellaevallis » [Bisuntinae dioecesis] (f. 20) ; — « Ex veteri necrologio Sancti Stephani [Bisuntini], quod est ad margines Martyrologii Bedae perantiqui, ad ejusdem ecclesiae usum accommodati » [cf. ms. de Besançon 712] (f. 23 v°) ; — « Inter martyrologium et regulam, seu librum primum concilii Aquisgranensis, habetur haec sententia absolutionis » (f. 25) ; — « Ante veterem Ordinem Romanum, qui est Liber Pontificalis, habentur sequentes formulae praestandae obedientiae archiepiscopis et ecclesiae Bisuntinae » (f. 25 v°) ; — « Alia ex archivo archiepiscopi [Bisuntini] » (f. 26 v°) ; — « Ex archivio Balernensi » (f. 27 v°) ; — « Ex variis sanctorum historiis manuscriptis » (f. 30) ; — « Extraits concernant Tournus » (f. 34 v°), — notamment : « Ex codice manuscripto Trenorchiensi, membraneo, quod vocare possis Registrum Trenorchiense, incipiens ab anno 1222 et desinens in 1296 ; inscribitur : Feoda ecclesiae Trenorchiensis » (f. 37) ; — « Ex notis R. P. Voyrini » [cf. supra, f. 11] (f. 49) ; — « Inscriptio vetus Luxoviensis » (f. 50 v°) ; — Notes historiques, concernant principalement des abbayes comtoises (f. 51) ; — « Scriptores rerum Burgundicarum » (f. 52) ; — « Ex parvo chartulari Sancti Benigni [Divionensis] » (f. 52 v°) ; — « Ex libro anniversariorum Sancti Benigni [Divionensis] », 1579-1629 (f. 52 v°) ; — « Ex chartulari Sancti Symphoriani Augustodunensis » (f. 53) ; — « Ex chartulari Sancti Marcelli Cabilonensis » (f. 53 v°) ; — « Ex chartulari S. Sequani » [Lingonensis dioecesis] (f. 54 v°) ; — « Ex chartulari Sanctae Capellae Divionensis » (f. 55) ; — « Ex chartulari cathedralis Augustodunensis » (f. 55 v°) ; — « Ex tomo priore chartularis Sancti Stephani Divionensis » (f. 56) ; — « Ex chartulari Cluniacensi » (f. 57) ; — « Ex apographo chartularis Matisconensis, cujus autographum vetus dicebatur Liber catenatus » (f. 57 v°) ; — « Ex chartulari Patriciaci, qui est prioratus dependens a Floriacensi abbatia, situs in comitatu Kadrellensi, dioecesi Augustodunensi » (f. 58 v°) ; — Extraits concernant Autun et les comtes d'Autun (f. 60 v°) ; — « Ex autographis Sancti Benigni Divionensis » (f. 61) ; — « Iterum ex chartulari Sancti Stephani Divionensis » (f. 61) ; — « Ex autographis monasterii puellarum Tartensis » (f. 62) ; — « Iterum ex tabulario Cluniacensi, adnotatis paginis » (f. 62 v°) ; — « Ex majore tabulario ecclesiae Cabilonensis, quod digessit Johannes Germani, Cabilonensis episcopus » (f. 64 v°) ; — « Ex tabulario abbatiae de Buxeria » (f. 65) ; — « Ex autographis monialium Benedictinarum de Pralon » (f. 66) ; — « Ex autographis prioratus Vallis Beatae Mariae juxta Talant, de Ordine Vallis Scholarium, vulgò Bonvau » (f. 66) ; — « Ex kalendario pervetusto Sancti Benigni Divionensis » (f. 66 v°) ; — « Ex martyrologio proprio Sancti Martini Eduensis » (f. 67) ; — « Ex necrologio Sancti Lazari Aeduensis » (f. 67) ; — « Ex chronico Sancti Petri Vivi Senonensis » (f. 67) ; — « Ex chronico S. Medardi Suessionensis » (f. 68) ; — « Ex brevi chronico Sancti Dionysii ad cyclos paschales » (f. 68) ; — « De Saracenis in Gallia profligatis » (f. 69) ; — « Ex necrologio Sancti Augendi Jurensis » (f. 74) ; — « Ex necrologio Sancti Petri Bisuntini » (f. 74) ; — « Ex necrologio veteri Sancti Stephani [Bisuntini] » (f. 74 v°) ; — « Ex registro Innocentii papae VI, anni IX pontificatus, Christi 1361 » (f. 82) ; — « Ex tabulis capituli Sancti Dionysii de Vergeyo, nunc Nuciacensis » (f. 83) ; — « Ex manuscripto codice donationum 208 Joannis, comitis Burgundiae et domini Salinensis, super puteum Salinarum » (f. 89 v°) ; — « Ex archivo Sancti Anatolii Salinensis ; ex magno necrologio chartaceo eique simili membraneo, composito 1390 » (f. 92) ; — « Ex chartis prioratus de Marthereto prope Vesulium » (f. 94) ; — « Ex archivo Sancti Pauli Bisonticensis » (f. 95) ; — « Ex veteri chartulario Sancti Pauli [Bisonticensis] » (f. 95 v°) ; — « Ex veteri manuscripto codice Sancti Pauli [Bisonticensis] » (f. 96) ; — « Ex antiquioribus libris ecclesiae Sancti Stephani [Bisonticensis], scriptis aut in usum adhibitis tempore Hugonis primi, [archiepiscopi Bisonticensis] » (f. 96 v°) ; — « Ex codice Sancti Stephani [Bisonticensis] pervetusto, qui Bisonticensis ecclesiae sacros ritus continet » (f. 97) ; — « Ex antiquis codicibus Sancti Pauli [Bisonticensis] » (f. 98) ; — « Ex antiquo rituum libro » (f. 98) ; — « Ex antiquis letaniis, tempore Hugonis I, [archiepiscopi Bisuntini], in ecclesia Bisontina cani solitis ; ex manuscriptis Sancti Stephani et Sancti Pauli » (f. 99) ; — « Extraits de plusieurs manuscrits de Saint-Paul de Besançon » (f. 99 v°) ; — « Ex manuscripto codice Sanctae Magdalenae [Bisuntinae] » (f. 101) ; — Inscription trouvée à Saint-Ferjeux, en 1627 (f. 101 v°) ; — « Ex antiquis membranis archivii ecclesiae metropolitanae Bisontinae », extraits de bulles pontificales, etc. (f. 102) ; — « Ex archivio Loci Crescentis seu Trium Regum » (f. 105) ; — Notes empruntées, « ut videtur », à Anselme « de Marenchiis » (f. 106) ; — « Ex actis capituli Bisontini » (f. 106 v°) ; — « Ex obitibus adnotatis ad marginem martyrologii cathedralis Aeduensis » (f. 106 v°) ; — Fragment de chronique, 563-1033, tiré « ex veteri membrana monasterii Sancti Augendi » (f. 107) ; — « Ex alia membrana, post chronicon Engolismense » (f. 107) ; — « Ex archivio abbatiae de Aceyo » (f. 108) ; — « Ex archivio abbatiae de Roseriis » (f. 109) ; — « Extrait d'un tome des recognoissances des fiefs du Charolois » (f. 109 v°) ; — « Ex polypthico Sancti Vincentii Cabilonensis » (f. 114) ; — « Ex Aeneae, Parisiensis episcopi, collectione contra Graecos, Biblioth. Thuan., n. 444 » (f. 114) ; — « Consuetudines Cluniacenses, auctore Wdalrico, monacho Cluniacensi » (f. 115) ; — Inscriptions copiées « in pervetusto manuscripto codice, post Persii satyras », etc. (f. 116) ; — Extraits d'une « Vita metrica sancti Eustachii martyris, cognomine Placidae », contenue « in manuscripto codice Cisterciensi », etc. (f. 116 v°) ; — « De archiepiscopis Bisontinis » (f. 119) ; — « Ex archivio capituli Bisontini » (f. 120 v°) ; — « Notitia nostrorum diplomatum » (f. 124-135 r° , 141 r° , 142 v° et 143 r°) ; — « De comitibus Burgundiae in Sancti Stephani basilica Bisontina sepultis, ex veteri membrana archivi ecclesiae metropolitanae » (f. 135 v°) ; — Lettre autogr. de « Pierre-François Chifflet » [à Baluze], Dijon, 18 mars 1657 (f. 161) ; — Fragment de charte, « extrait du thresor de S. Anatoile de Salins » (f. 162) ; — Lettre autogr. de « [fr.] François Du Chemin » à Chifflet, Cîteaux, 16 mai 1657 (f. 167) ; — « Nova regum Francorum series, a quâ Theodericus II et omnes ejus posteri excluduntur, ex manuscripto codice Fontanetensi » (f. 171) ; — « Vita sancti Theutbaldi, Viennensis archiepiscopi », incomplète [Bibliotheca hagiographica latina, 8044 b] (f. 172 et 172 bis) ; — « Ex chartulario Sancti Germani Autisiodorensis », diplômes carolingiens (f. 174) ; — Fragment d'une lettre [adressée vraisemblablement à Chifflet], Paris, octobre 1670 (f. 177) ; — Extraits « ex vitâ sancti Theutbaldi, Viennensis archiepiscopi..., ex manuscripto codice monasterii Sancti Theuderii, ubi sanctus Theobaldus, Viennensis archiepiscopus, requiescit » [extraits de la vie dont un fragment occupe les feuillets 172 et 172 bis] (f. 178) ; — Lettre autogr. de « P[ierre-] F[rançois] Chifflet » [à Baluze], 10 mars (f. 180) ; — Notes sur saint Théobald, archevêque de Vienne (f. 181). Cf. Ulysse Robert, Catalogue des manuscrits relatifs à la Franche-Comté, qui sont conservés dans les bibliothèques publiques de Paris (1878), p. 161-162.

Pièces relatives à l'histoire de la MAISON D'AUVERGNE (XIIe-XVIIe siècle). II Notes et copies de pièces parmi lesquelles on remarque les suivantes :

Contient : Hommage de Béraud, dauphin d'Auvergne, et de Bertrand de La Tour à l'abbé de Cluny (1376-1394), feuillets d'un registre sur papier de la fin du XIVe siècle ; Mémoire donné au roi, le 15 novembre 1694, sur l'illustration de la famille de Bouillon ; Extraits d'une ancienne généalogie des comtes de Boulogne ; Extrait de la chronique généalogique des seigneurs de Chauvigny ; « Extrait du calendrier des tesmoins vieux et valétudinaires produits par M. le duc de Berry... contre Morinot de Tourzel, seigneur d'Alegre, au mois juillet 1414 » ; Extrait des titres de Turenne ; « Extrait des comptes d'Oliergues, commençant en 1329. » ; Listes de titres communiqués à de Bar par Baluze ; Extraits des titres à l'abbaye du Bouchet (1192-1505) ; Extraits des titres et des obituaires de Brioude ; Lettre de M. d'Anfreville (6 sept. 1708) ; Armoiries diverses envoyées à Baluze et (f. 92) lettre de M. Mantaigue, de Vic-le-Comte (9 octobre 1703) ; Lettre de David, prieur de l'abbaye du Bouchet, s. d ; Copie de lettres de [Gui] Allard relatives à la maison de La Tour du Pin (1698) et de la réponse de Baluze ; Lettre de [Gui] Allard (Grenoble, 10 février 1698) ; Lettre de M. Estienne (14 octobre 1701) ; Comptes de gravures d'armoiries par l'histoire de la maison d'Auvergne

Lettres de Nicolas COLBERT. — Mélanges historiques.

Contient : Onze lettres adressées à Baluze par Nicolas Colbert, évêque de Luçon et d'Auxerre (16 mars 1667-30 avril 1675) ; Deux lettres de Philippe IV, roi d'Espagne, à Louis XIV (3 novembre 1661) ; « Traduction de ce que M. le marquis de Fuentes doit dire au Roi. » ; Liste des couvents de Paris avant et après 1600 ; « Pour rendre compte à Monseigneur du discours latin adressé au pape, » sur les propositions du clergé de France ; « Articles pour la pacification des troubles du Berry » (23-24 octobre 1650) ; Délibérations des assemblées tenues par l'archevêque de Paris, à la suite du projet d'établissement de Monts-de-Piété en France (27 juin 1630) ; Extraits et collations de quelques pièces d'Avitus ; « Catalogue des auteurs contemporains qui ont escrit l'histoire des rois de France depuis le roy Robert jusqu'à présent » (1685), de la main de Baluze ; Pronostics tirés de la comète de 1578, en italien ; « Tractatus de votis » par [Jules-César ?] Boulanger ; Liste des traités de paix et d'alliance concernant les rois de France ; Epitaphes de Henri et Charles de Schomberg ; Fragment de poème latin sur la quatrième croisade ; Mémoire sur la succession de Philippe IV, roi d'Espagne (incomplet de la fin) ; Fragment de chronique des événements parisiens de la première partie de l'année 1597 ; Lettre de M. de Thou au comte de Brienne (12 septembre 1661) ; « Discours au Roi » (la suite est au f. 144) ; « Harangue de M. le Cardinal, par lui prononcée en Parlement le 18 janvier 1634. » ; « Récit véritable de ce qui s'est passé à Paris depuis le 24e avril 1617. » ; Pièces concernant divers négociants de Lyon et la Compagnie des Indes (1666) ; Lettre de M. de Briel à « M. le comte de Tremese », capitaine des gardes (21 septembre 1635) ; Liste de surintendants, contrôleurs généraux, etc., tirée des comptes de l'Epargne (1608-1635) ; Notes sur l'histoire des Juifs à Paris ; Notes sur les séjours des princes et des rois à Nesle ; « Extrait d'une lettre du patriarche d'Ethiopie, religieux de la Compagnie de Jesus » (14 décembre 1637) ; deux copies ; Extrait d'une lettre de la prieure de Loudun à un Père Jésuite (19 novembre 1638) ; Corrections pour le recueil des Conciles ; Notes, de la main de Baluze, sur les écrits de divers Pères de l'Eglise ; Notes sur diverses affaires ecclésiastiques ; « Il Badoaro di Francesco Patritio » (1558) ; Lettre, en latin, de Jean Maury à Colbert ; « Narratio rei nuper gestae in Parnasso, » en vers latins, adressée à Perrault ; Responsio cur Mecaenas litteratorum laudari abnuat », en vers latins, adressée à Quinault ; Lettre de P. Danès, évêque de Lavaur, à son neveu George Danès (18 avril 1566) ; Lettre de l'abbé Gamurrini, sans adresse (22 janvier 1680) ; Lettre de [Samuel] Sorbière [à Baluze] (2 juillet 1662) ; Samuelis Sorberii ad Stephanum Baluzium allocutio in funere... Petri de Marca ; imprimé de 4 pages ; Lettre de M. Lefranc à Baluze (Montauban), (27 février 1667) ; Lettre de [Henri] d'Aguesseau au même (Limoges, 6 avril 1668) ; Deux lettres de M. Devaubourg à Baluze (5 et 29 décembre 1638)

Extraits relatifs à l'HISTOIRE ECCLESIASTIQUE DE LA FRANCE.

Contient : Colb. 829 [lat. 4114] : érection des évêchés d'Alet et de Saint-Pons de Thomières ; Colb. 842 [lat. 8569] : lettres de Pétrarque ; Colb. 1020 [lat. 5239] : Chroniques de Limoges ; Colb. 1223 [lat. 4893] : chronique dite de Guillaume Godel ; Colb. 1150 [lat. 5247] : nécrologe de Saint-Robert de Cornillon [Molinier, Obituaires, n° 643] ; Colb. 1248 [lat. 4833 A] : bulle de Jean V pour Gui de La Tour [Jaffé, n° 4107] ; Colb. 1297 [lat. 2627] : Vita sancti Bibiani ; Colb. 1340 [lat. 5064] : notes sur le concile de Latran de 1215 ; Colb. 1297 [lat. 2627] : lettre d'Etienne, abbé de Cluny, aux moines de Moissac ; Colb. 1359 [lat. 5178] : lettre adressée à l'évêque de Ratisbonne au sujet d'une nouvelle hérésie (1466) ; Colb. 1364 [lat. 2294] : catalogue de reliques ; Colb. 1392 [lat. 4042] : lettre de l'évêque de Laon à Boniface VIII ; Colb. 1393 [lat. 1461] : notes et lettres diverses sur l'histoire de l'Église au début du XIVe siècle ; Colb. 1480 [lat. 3127] : lettres historiques du XVe siècle ; Lettre de Nicolas Goizot, s. d., touchant la mort de D. Placide Porcheron (1694) ; Extraits de divers traités touchant le schisme

Extraits de manuscrits de COLBERT.

Contient : Colb. 1548 [lat. 3858 B] : collection de canons ; Colb. 1562 [lat. 4172] : formulaire de lettres pontificales, XIVe-XVe siècle ; Colb. 1701 [lat. 4863] : catalogue en vers des archevêques de Rouen ; Colb. 1713 [lat. 937] : formulaire de la chancellerie des papes d'Avignon ; Colb. 1995 [lat. 4667] : catalogue des rois goths ; Colb. 2052 [lat. 2259] : bulles et diplômes du XIIIe siècle ; Colb. 2089 [lat. 4241] : traité de Jean Schadlant sur les cardinaux ; Colb. 2104 [lat. 5990] : bulles en faveur des rois de France ; Colb. 2262. [lat. 5244] : martyrologe de l'église du Puy ; Colb. 2275 [lat. 9996] : registre de la sénéchaussée de Carcassonne ; Colb. 2446 [lat. 8567] : Etienne de Saint-Georges ; Colb. 2479 [lat. 1772] : « planctus in obitum Constantii Luxoviensis » ; Colb. 2509 [lat. 5294] : miracles de saint Mansuy ; Colb. 2546 [lat. 5373 A] : procès de canonisation de Philippe, archevêque de Bourges ; Colb. 2576 [lat. 1458] : « Gesta Romanorum pontificum » ; Colb. 2578 [lat. 4955] : catalogues épiscopaux ; Colb. 2607 [lat. 673] : extrait de Guibert de Nogent ; Colb. 2835 [lat. 4991 A] : Aimeri de Peyrat ; Colb. 2958 [lat. 5302] : lettre de Jésus-Christ tombée du ciel ; Colb. 3126 [lat. 5954] : traités entre les rois de France et d'Angleterre ; Colb. 3280 [lat. 1745] : « Herberti, De hereticis » ; Colb. 3352 [lat. 8121 A] : satire de Garnier de Rouen ; Colb. 3969 [lat. 6042] : catalogues épiscopaux de la province de Reims ; Colb. 4001 [lat. 7185] : « Arithmomachia » ; Colb. 4047 [lat. 3881] : recueil de canons ; Colb. 4064 [lat. 1682] : recueil de décrétales ; Colb. 4085 [lat. 2731 A] : lettre d'Alcuin ; Colb. 4305 et 4309 [lat. 4280 AA et 2240] : traité contre les hérétiques ; Colb. 4374 [lat. 4889] : chronique d'Ekkehard ; Colb. 4467 [lat. 4350] : lettres de Boniface VIII ; Colb. 4799 [lat. 3555] : recueil d'Exempla ; Colb. 4822 [lat. 8654] : formulaire de Boncompagni ; Colb. 4967 [fr. 5909] : pièces relatives au règne de Charles III ; Colb. 5016 [lat. 2498] : vie de sainte Hélène ; Colb. 5080 [lat. 11015] : chartes de Narbonne ; Colb. 5222 [lat. 2858] : pièces concernant la marche d'Espagne ; Notes écrites par François Bohier, évêque de Saint-Malo [1535-1569] sur les feuillets blancs d'un pontifical ; Chartes de Philippe-Auguste pour Baudouin, comte de Flandre, 1195 et 1200 [Delisle, nos 447 et 579], d'après les originaux ; Bulle de Jean XXII, 7 juillet 1316, relative à la division du diocèse de Toulouse ; Fragment de synode sénonais de la fin du Xe siècle, d'après l'original ; Lettre d'Alcuin, feuillet mutilé d'un ms. du IXe siècle, avec transcription (cf. Bibl. de l'Ecole des chartes, t. XLII, p. 8-10)

Extraits de divers CARTULAIRES.

Contient : Cartulaire de Saint-Just-en-Beauvaisis[Stein, n° 3463], avec cette note de Baluze : « J'ay copié cecy sur une copie, n'ayant pas veu l'original. » ; Cartulaire [A] de l'église de Grenoble [Stein, n° 1619] ; Cartulaire de l'abbaye de Fécamp [ibid., n° 1309] ; Cartulaire de Saint-Flour, table et extraits [ibid., n° 3412], et pièces (1362-1368) concernant la même église (f. 73-79) ; Cartulaire de Saint-Cybard d'Angoulême [Stein, p. 20] ; Cartulaire de l'église d'Angoulême [ibid., n° 150] ; Cartulaire de l'abbaye d'Yères [ibid., n° 4153] ; Cartulaire de Saint-Etienne de Dreux [ibid, n° 1231], extraits faits en 1683 ; Cartulaire du prieuré de Domène [ibid., n° 1212] ; Cartulaire de la Chapelle-Aude [ibid., n° 1789] ; en tête copie de l'acte de fondation, de la main d'André Duchesne ; Cartulaire de Saint-Denis [ms. lat. 5415 ; Stein, n° 3362] ; Cartulaire de Saint-Crépin-en-Chaye [ibid., n° 3350] ; Cartulaire de Conques [ibid., n° 1043] ; Echange entre la dite abbaye et un nommé Autbertus (947), d'après l'original ; Extraits d'une chronique manuscrite du même monastère ; « Ex tabulario Compendiensi. »

Droit commercial

Chronique de jurisprudence et de législation pour l'année 2008

L'effet protecteur des protéines alimentaires et l'effet délétère des acides animés alimentaires sur la stéatose hépatique chez la souris [The protective effect of dietary protein and the deleterious effect of dietary amino acids in fatty liver in mice]

Introduction La maladie « Non-Alcoholic Fatty Liver Disease ; NAFLD » et l'obésité provoque la résistance à l'insuline, un symptôme caractéristique du syndrome métabolique. La fréquence de ces maladies a augmenté de manière importante durant ces dernières décennies. Cette augmentation est étroitement liée à la surcharge énergétique dans notre culture modernisée. Pour combattre cette situation, des régimes riches en protéines semblent être bénéfiques, en particulier parce que l'acide aminé leucine stimule la satiété. Cependant l'effet des protéines alimentaires sur la stéatose hépatique reste peu connu. Résultats : Pour étudier cette question, nous avons nourri des souris C57B6/J (âgées de 5 semaines) avec un régime standard (10% kcal graisse, 20% kcal protéine), un régime riche en graisse (45% kcal graisse, 20% kcal protéine) ou un régime riche en graisse et enrichi en protéines (45% kcal graisse, 40% kcal protéine) pendant 10 semaines. Nous avons ainsi montré que l'addition de protéines au régime gras permet de prévenir la stéatose hépatique. Dans un deuxième temps nous avons testé si cet effet bénéfique des protéines alimentaires provient des acides aminés ramifiés (Branched-chain amino acids= BCAA : leucine, isoleucine, valine), composants majeurs de protéines alimentaires. Pour ce faire, nous avons ajouté un groupe de souris nourries au régime riche en graisses + BCAA (45% kcal graisse, 23% kcal protéine). Nos résultats montrent que l'addition des BCAA ne protège pas contre la stéatose hépatique, mais, au contraire, aggrave l'obésité et l'hyperinsulinémie. De manière intéressante, nous avons observé que la supplémentation en protéines ou en BCAA induit des effets différents sur la prise alimentaire et la dépense énergétique. Conclusion : Notre étude suggère clairement que les protéines alimentaires protègent contre l'obésité et la stéatose hépatique. Elle confirme également que les composants majeurs des protéines alimentaires (BCAA) n'exercent pas cet effet protecteur, mais qu'il aggrave le syndrome métabolique. Etant donné que l'ingestion importante et chronique de protéines alimentaires est délétère pour le rein, il serait très intéressant d'identifier les acides aminés spécifiques qui induiraient le même effet protecteur que les protéines alimentaires, mais sans perturber le fonctionnement rénal.

New insights into the role of microRNAs in pancreatic ß-cell maturation and plasticity

Le diabète est une maladie chronique caractérisée par une élévation du taux de sucre dans le sang aussi appelé « glycémie » reflétant un état pathologique. L'élévation de la glycémie au long cours a des répercussions délétères sur nombreux de nos tissus et organes d'où l'apparition de complications sévères chez les sujets diabétiques pouvant atteindre les yeux, les reins, le système nerveux, le système cardiovasculaire et les membres inférieurs. La carence en une hormone essentielle à notre organisme, l'insuline, est au coeur du développement de la maladie. L'insuline induit la captation du glucose circulant dans le sang en excès suite à une prise alimentaire riche en glucides et favorise son utilisation et éventuellement son stockage dans les tissus tels que le foie, le tissu adipeux et les muscles. Ainsi, l'insuline est vitale pour réguler et maintenir stable notre niveau de glycémie. Les cellules bêta du pancréas sont les seules entités de notre corps capables de produire de l'insuline et une perte de fonctionnalité associée à leur destruction ont été mises en cause dans le processus pathologique du diabète de type 2. Cependant la pleine fonctionnalité et la maturation des cellules bêta n'apparaissent qu'après la naissance lorsque le pancréas en développement a atteint sa masse adulte définitive. Enfin, une fois la masse des cellules bêta définitive établie, leur nombre et volume restent relativement constants au cours de la vie adulte chez un sujet sain. Néanmoins, au cours de périodes critiques les besoins en insuline sont augmentés tel qu'observé chez les femmes enceintes et les personnes obèses qui ont une perte de sensibilité à l'insuline qui se traduit par la nécessité de sécréter plus d'insuline afin de maintenir une glycémie normale. Dans l'hypothèse où la compensation n'a pas lieu ou n'est pas aboutie, le diabète se développe. Le processus de maturation postnatale ainsi que les événements compensatoires sont donc des étapes essentielles et de nombreuses questions sont encore non résolues concernant l'identification des mécanismes les régulant. Parmi les acteurs potentiels figurent de petites molécules d'ARN découvertes récemment appelées microARNs et qui ont été rapidement suggérées très prometteuses dans l'identification de nouvelles cibles thérapeutiques dans le cadre du diabète et d'autres pathologies. Les microARNs vont réguler l'expression de notre génome sans en modifier la séquence, phénomène également appelé épigénétique, ce qui résulte en des différences de comportement et de fonction cellulaires. Les microARNs sont donc susceptibles de jouer un rôle clé dans l'ensemble des processus biologiques et notre environnement associé à nos prédispositions génétiques peuvent grandement modifier leur niveau et donc leur action, qui à son tour se répercutera sur notre état physiologique. En effet nous avons identifié des changements de microARNs dans les cellules d'îlots pancréatiques de modèles animaux (rats et souris) associés à un état de résistance à l'insuline (grossesse et obésité). Par le biais d'expériences in vitro sur des cellules bêta extraites de rats et conservées en culture, nous avons pu analyser de plus près l'implication des microARNs dans la capacité des cellules bêta à sécréter de l'insuline mais aussi à se multiplier et à survivre au sein d'un environnement toxique. Ainsi, nous avons identifié des microARNs qui participent positivement à la compensation des cellules bêta, sous la direction d'hormones telles les estrogènes ou d'une hormone libérée par l'intestin au cours de la digestion (l'inerétine GLP1) et qui est largement utilisée comme agent thérapeutique dans la médication contre le diabète. Dans un second temps nous avons utilisé une stratégie similaire afin de déterminer le rôle de microARNs préalablement détectés comme étant changés au cours du développement postnatal des cellules bêta chez le rat. Cette étude a également mené à l'identification de microARNs participant à la maturation et à l'expansion de la masse des cellules bêta sous l'influence de la composition du régime alimentaire et des besoins en insuline adéquats qui en dépendent. Ces études apportent la vision de nouveaux mécanismes moléculaires impliquant les microARNs et démontrant leur importance pour le bon fonctionnement des cellules bêta et leur capacité d'adaptation à l'environnement. -- Les cellules bêta sont une composante des îlots pancréatiques de Langerhans et sont des cellules hautement différenciées qui ont l'unique capacité de sécréter de l'insuline sous l'influence des nutriments suite à une prise alimentaire. L'insuline facilite l'incorporation de glucose dans ses tissus cibles tels le foie, le tissu adipeux et les muscles. Bien que les besoins en insuline soient relativement constants au cours de la vie d'un individu sain, certaines conditions associées à un état de résistance à l'insuline, telles la grossesse ou l'obésité, requièrent une libération d'insuline majorée. En cas de résistance à l'insuline, une dysfonction des cellules bêta plus ou moins associée à leur mort cellulaire, conduisent à une sécrétion d'insuline insuffisante et au développement d'une hyperglycémie chronique, caractéristique du diabète de type 2. Jusqu'à présent, les mécanismes moléculaires sous- jacents à la compensation des cellules bêta ou encore menant à leur dysfonction restent peu connus. Découverts récemment, les petits ARNs non-codant appelés microARNs (miARNs), suscitent un intérêt grandissant de par leur potentiel thérapeutique pour la prise en charge et le traitement du diabète. Les miARNs sont de puissants régulateurs de l'expression génique qui lient directement le 3'UTR de leurs ARN messagers cibles afin d'inhiber leur traduction ou d'induire leur dégradation, ce qui leur permet de contrôler des fonctions biologiques multiples. Ainsi, nous avons pris pour hypothèse que les miARNs pourraient jouer un rôle essentiel en maintenant la fonction des cellules bêta et des processus compensatoires afin de prévenir le développement du diabète. Lors d'une première étude, une analyse transcriptomique a permis l'identification de miARNs différemment exprimés au sein d'îlots pancréatiques de rattes gestantes. Parmi eux, le miR-338-3p a démontré la capacité de promouvoir la prolifération et la survie des cellules bêta exposées à des acides gras saturés et des cytokines pro-inflammatoires, sans altérer leur propriété sécrétrice d'insuline. Nous avons également identifié deux hormones reconnues pour leurs propriétés bénéfiques pour la physiologie de la cellule bêta, l'estradiol et l'incrétine GLP1, qui régulent les niveaux du miR-338-3p. Ce miARN intègre parfaitement les voies de signalisation de ces deux hormones dépendantes de l'AMP cyclique, afin de contrôler l'expression de nombreux gènes conduisant à son action biologique. Dans un projet ultérieur, notre objectif était de déterminer la contribution de miARNs dans l'acquisition de l'identité fonctionnelle des cellules bêta en période postnatale. En effet, directement après la naissance les cellules bêta sont reconnues pour être encore immatures et incapables de sécréter de l'insuline spécifiquement en réponse à l'élévation de la glycémie. Au contraire, la réponse insulinique induite par les acides aminés ainsi que la biosynthèse d'insuline sont déjà fonctionnelles. Nos recherches ont permis de montrer que les changements de miARNs corrélés avec l'apparition du phénotype sécrétoire en réponse au glucose, sont régis par la composition nutritionnelle du régime alimentaire et des besoins en insuline qui en découlent. En parallèle, le taux de prolifération des cellules bêta est considérablement réduit. Les miARNs que nous avons étudiés coordonnent des changements d'expression de gènes clés impliqués dans l'acquisition de propriétés vitales de la cellule bêta et dans la maintenancé de son identité propre. Enfin, ces études ont permis de clairement démontrer l'importance des miARNs dans la régulation de la fonction des cellules bêta pancréatiques. -- Beta-cells are highly differentiated cells localized in the pancreatic islets and are characterized by the unique property of secreting insulin in response to nutrient stimulation after meal intake. Insulin is then in charge of facilitating glucose uptake by insulin target tissues such as liver, adipose tissue and muscles. Despite insulin needs stay more or less constant throughout life of healthy individuals, there are circumstances such as during pregnancy or obesity which are associated to insulin resistance, where insulin needs are increased. In this context, defects in beta-cell function, sometimes associated with beta-cell loss, may result in the release of inappropriate amounts of insulin leading to chronic hyperglycemia, properly defined as type 2 diabetes mellitus. So far, the mechanisms underlying beta- cell compensation as well as beta-cell failure remain to be established. The recently discovered small non-coding RNAs called microRNAs (miRNAs) are emerging as interesting therapeutic targets and are bringing new hope for the treatment of diabetes. miRNAs display a massive potential in regulating gene expression by directly binding to the 3'UTR of messenger RNAs and by inhibiting their translation and/or stability, enabling them to modify a wide range of biological functions. In view of this, we hypothesized that miRNAs may play an essential role in preserving the functional beta-cell mass and permitting to fight against beta-cell exhaustion and decompensation that can lead to diabetes development. In a first study, global profiling in pancreatic islets of pregnant rats, a model of insulin resistance, led to the identification of a set of differentially expressed miRNAs. Among them, miR-338- 3p was found to promote beta-cell proliferation and survival upon exposure of islet cells to pro- apoptotic stimuli such as saturated fatty acids or pro-inflammatory cytokines, without impairment in their capacity to release insulin. We also discovered that miR-338-3p changes are driven by two hormones, the estradiol and the incretin GLP1, both well known for their beneficial impact on beta- cell physiology. Consistently, we found that miR-338-3p integrates the cAMP-dependent signaling pathways regulated by these two hormones in order to control the expression of numerous genes and execute its biological functions. In a second project, we aimed at determining whether miRNAs contribute to the acquisition of beta-cell identity. Indeed, we confirmed that right after birth beta-cells are still immature and are unable to secrete insulin specifically in response to elevated concentrations of glucose. In contrast, amino acid-stimulated insulin release as well as insulin biosynthesis are already fully functional. In parallel, newborn beta-cells are proliferating intensively within the expanding pancreas. Interestingly, we demonstrated that the miRNA changes and the subsequent acquisition of glucose responsiveness is influenced by the diet composition and the resulting insulin needs. At the same time, beta-cell proliferation declines. The miRNAs that we have identified orchestrate expression changes of essential genes involved in the acquisition of specific beta-cell properties and in the maintenance of a mature beta-cell identity. Altogether, these studies clearly demonstrate that miRNAs play important roles in the regulation of beta-cell function.

Impact d'une alcoolisation précoce sur le rat juvénile et conséquences sur la consommation d'alcool à l'âge adulte.

Contexte : l'adolescence est une période de transition au cours de laquelle l'enfant développe les capacités physiques et cognitives qui lui permettent de s'intégrer au monde adulte et qui se caractérise notamment par une prise de risque, une grande impulsivité et une constante recherche de sensations. Bien que des déterminants sociaux et familiaux entrent en jeu dans ce domaine, il y a également une composante neurobiologique importante. Les avancées techniques dans le domaine de l'imagerie ont permis de mettre en évidence plusieurs changements structurels à l'adolescence tels qu'un remodelage de la matière grise avec une perte de synapses plus ou moins importante selon la région observée et une augmentation de la myélinisation. En outre, le développement cérébral n'est pas uniforme dans le temps. En effet, la maturation du cortex préfrontal est ultérieure au développement du système limbique. Cet asynchronisme pourrait expliquer l'impulsivité des adolescents (consécutive à l'immaturité du cortex préfrontal) et leur comportement de recherche de sensation et/ou de prise de risque (consécutif au développement précoce du noyau accumbens notamment). Ces régions font également partie intégrante du système de récompense et modulent la motivation pour des récompenses naturelles et non-­‐naturelles, comme l'alcool et d'autres drogues. L'émergence d'une consommation d'alcool excessive est justement préoccupante chez les adolescents. En 2007, l'étude ESPAD (The European School Survey Project On Alcohol and Other Drugs) menée auprès de jeunes de 15 à 16 ans relève que 41% des jeunes questionnées ont régulièrement bu jusqu'à l'ivresse dans les 12 mois précédant l'entretien. Les conséquences neuropsychologiques à long terme de ce comportement de « binge-­‐drinking » commencent à alarmer le corps médical, mais l'interrogation demeure sur les risques de ce type de comportement vis-­‐à-­‐vis du développement d'un alcoolisme chronique à l'âge adulte. Objectifs du travail : en s'appuyant sur une revue de la littérature, ce travail a pour objectif d'expliquer les comportements qui émergent à l'adolescence à la lumière des modifications neurobiologiques qui s'opèrent durant cette période critique. Au niveau expérimental, nous proposons d'évaluer la propension de rats juvéniles exposés précocement à de l'alcool à développer un comportement d'abus de consommation d'alcool à l'âge adulte en comparaison avec un groupe contrôle. Dans un deuxième temps nous souhaitons déterminer la propension des rats exposés précocement à de l'alcool à montrer une préférence pour l'alcool par rapport à la saccharine, puis par rapport à de l'eau en comparaison au groupe contrôle. Méthode : nous comparons deux groupes de rongeurs adolescents (âgés de 32 jours à 67 jours). Le groupe test (groupe E, n=8), qui est exposé par un accès ad libitum à une solution d'éthanol 10 % contenant de la saccharine 0.2%, ceci afin de limiter l'aspect gustatif aversif de l'éthanol. Et le groupe témoin (groupe S, n=8), qui est exposé par un accès ad libitum à une solution de saccharine 0.2%. Ce conditionnement se fait sur 13 semaines. Une fois atteinte l'âge adulte, les animaux sont ensuite entraînés à appuyer sur un levier afin de recevoir de l'éthanol (0,1 ml d'une solution à 10%). Nous nous proposons d'évaluer la quantité d'alcool ainsi consommée, puis la motivation des animaux pour obtenir de l'éthanol et enfin leur capacité de résistance à un choc électrique non douloureux mais aversif, lorsque celui-­‐ci est associé à l'éthanol. Enfin, nous évaluerons, via un paradigme de choix à deux leviers, la propension des animaux à choisir de consommer volontairement de l'éthanol quand ils ont le choix entre de l'éthanol 10% et une solution de saccharine à différentes concentrations, puis entre de l'éthanol 10% et de l'eau. Résultats : la phase de tests de comportements à risque d'abus ne permet pas de mettre en évidence une différence significative entre les deux groupes. La phase de test de choix montre une diminution significative du pourcentage d'appuis sur le levier associé à la saccharine avec la diminution de la concentration de saccharine pour les deux groupes. Le groupe S a un pourcentage d'appuis sur le levier associé à l'éthanol significativement plus important que les rats du groupe E et a tendance à préférer l'éthanol pour une concentration de saccharine plus grande que le groupe E. Le groupe S montre également une préférence significative pour l'éthanol quand il n'a plus que le choix avec l'eau alors que le groupe E ne montre pas de préférence. Conclusions : chez des rats élevés dans les mêmes conditons, la consommation précoce d'éthanol n'est pas un facteur de risque de comportements d'abus de consommation d'alcool à l'âge adulte. Cependant un phénomène dit de « sensiblisation croisée » entre le goût sucrée et l'éthanol a été soulevé au cours de cette étude permettant de se questionner sur l'impact d'une consommation intermittente de substances au goût sucré à l'adolescence sur la consommation d'alcool à l'âge adulte.

Haemodialysis acutely reduces the plasma levels of ADMA without reversing impaired NO-dependent vasodilation

Rapport de synthèse : Introduction: la prévalence de l'insuffisance rénale chronique (IRC) augmente et malgré les traitements de remplacement rénal telle que la transplantation ou la dialyse, la mortalité chez des patients atteints d'une IRC reste très élevée. Les maladies cardiovasculaires sont la cause principale de mortalité chez ces patients, et le risque de décès dú à une complication cardiovasculaire est chez eux accru de 10 à 20 fois par rapport à la population générale. Méme si les facteurs de risque cardiovasculaires «traditionnels », principalement l'hypertension artérielle et le diabète sont très prévalents chez les patients avec IRC, ils sont insuffisants pour expliquer l'excès de mortalité cardiovasculaire. D'autres facteurs de risques « nontraditionnels » comme l'accumulation du diméthylarginine asymétrique (ADMA), un inhibiteur endogène de la synthase d'oxyde d'azote (NO), semblent aussi être importants. Chez les patients avec IRC, des taux élevés d'ADMA sont un puissant facteur prédictif indépendant de la mortalité cardiovasculaire. Il a également été démontré chez des souris que l'ADMA peut étre une cause directe de dysfonction endothéliale. Cette dernière joue un rôle primordial dans le développement de l'athérosclérose, cause principale des complications cardiovasculaires. Le but du présent travail est de tester l'hypothèse qu'une réduction du taux d'ADMA après une séance unique d'hémodialyse améliore la dysfonction endothéliale. Méthodes: la dysfonction endothéliale peut être évaluée dans les microvaisseaux de la péan de façon non invasive par fluxmétrie laser Doppler. La vasodilatation cutanée induite par un échauffement local de 34° à 41 °C (hyperémie thermique) est connue pour être dépendante de la production endothéliale de NO et a été utilisée dans plusieurs études cliniques pour évaluer la dysfonction endothéliale. Nous avons recruté 24 patients traités par hémodialyse chronique et également 24 sujets contrôles du même âge et sexe. Chez les patients dialysés, l'hyperémie thermique est mesuré une fois directement avant une séance d'hémodialyse, et une fois directement après une autre séance, toutes deux distantes de 2 à 7 jours. En même temps, les taux plasmatiques d'ADMA sont mesurés par la méthode de spectrométrie de masse en tandem. Chez les sujets contrôle, l'hyperémie thermique est également mesurée à deux reprises, à un intervalle de 2 à 7 jours comme chez les patients dialysés et les taux d'ADMA sont déterminés qu'une seule fois. Résultats: chez les patients dialysés, les réactions d'hyperémie thermique étaient superposables avant et après dialyse, mais moindre que chez les sujets contrôles. Par contre, les taux d'ADMA étaient plus élevés avant qu'après dialysé. Les taux d'ADMA après dialyse étaient similaires aux taux chez les sujets contrôles. Conclusion: cette étude montre que la vasodilatation dépendante de la production endothéliale de NO dans la microcirculation cutanée n'est pas influencée par les taux plasmatiques d'ADMA chez les patients dialysés. Ces résultats suggèrent que d'autres mécanismes sont responsables de la dysfonction endothéliale chez ces patients. Ceci met en question le concept que l'accumulation d'ADMA est un facteur causal du risque cardiovasculaire élevé et suggère que l'ADMA est juste un marqueur du milieu très athérogénique causé par l'IRC.

Atteintes de la chevill et du tarse postérieur dans les maladies métaboliques

De nombreuses maladies métaboliques peuvent atteindre la cheville et le tarse postérieur. Dans la phase aiguë, la goutte peut toucher l'arrière-pied, la cheville, le médio-tarse ou le tendon calcanéen. Une rougeur intense des tissus souscutanés du dos du pied peut être en rapport avec une inflammation liée à des microtophus sous-cutanés. Un diagnostic de certitude se fait par la mise en évidence de cristaux d'urate de sodium dans le liquide de ponction articulaire ou dans les tissus. L'imagerie par tomodensitométrie ou par échographie peut orienter de façon pratiquement certaine le diagnostic. Le traitement de la goutte de l'arrière-pied fait appel aux antiinflammatoires, aux anti-inflammatoires non stéroïdiens (AINS) et à la colchicine. Dans la phase chronique, un traitement hypo-uricémiant au long terme est à instaurer. L'hémochromatose se manifeste principalement sous forme d'une arthrose, liée souvent à une chondrocalcinose de la cheville et du tarse postérieur. L'enthésopathie hyperostosante diffuse peut causer des talalgies ou des douleurs du fascia plantaire liées à des exostoses. L'hypercholestérolémie familiale provoque souvent des xanthomes tendineux des tendons calcanéens. Des calcifications apatitiques de la région du talon peuvent s'observer, notamment chez des patients en hémodialyse chronique. Numerous metabolic diseases can affect the ankle and the hind-foot. In the acute phase, gout can affect the rear of the foot, the ankle, the mid-foot and the calcaneal (Achilles) tendon. Intense redness of the subcutaneous tissue of the back of the foot can be present in conjunction with inflammation associated with subcutaneous micro-tophaceous deposits. A definitive diagnosis is made by confirming the existence of sodium urate crystals in joint puncture fluid or in tissue. CT scan or ultrasonography images can also be used to provide a fairly definitive diagnosis. Treatment of gout of the rear of the foot requires the use of anti-inflammatory medication, NSAIDs and colchicine. In the chronic phase, long-term hypouricemic therapy is to be used. Haemochromatosis mainly shows in the form of arthritis, often associated with chondrocalcinosis of the ankle and hind-foot. A diffuse hyperostosis enthesopathy can cause talalgia or pain to the plantar fascia associated with exostoses. Familial hypercholesterolaemia often leads to tendinous xanthoma on the calcaneal tendons. Apatitic calcifications to the heel can also be observed, especially undergoing chronic haemodialysis.

Pollution stress on aquatic microbial communities

Thousands of chemical compounds enter the natural environment but many have unknown effects and consequences, in particular at low concentrations. This thesis work contributes to our understanding of pollution effects by using bacteria as test organisms. Bacteria are important for this question because some of them degrade and transform pollutants into less harmful compounds, but secondly because they themselves can be inhibited in their reproduction by exposure to toxic compounds. When inhibitory effects occur this may change the composition of the microbial com¬munity in the long run, leading to altered or diminished ecosystem services by those communities. As a result chemicals of anthropogenic origin may accumulate and per¬sist in the environment, and finally, affect higher organisms as well. In addition to acquiring basic understanding of pollutant effects at low concentrations on bacterial communities an applied goal of this thesis work was to develop bacteria-based tests to screen new organic chemicals for toxicity and biodégradation. In the first part of this work we developed a flow cytometry-based assay on SYT09 plus ethidium-bromide or propidium-iodide stained cells of Pseudomonas ûuorescens exposed or not to a variety of pollutants under oligotrophic growth conditions. Flow cytometry (FC) allows fast and accurate counting of bacterial cells under simul¬taneous assessment of their physiological state, in particular in combination with different fluorescent dyes. Here we employed FC and fluorescent dyes to monitor the effect that pollutants may exert on Pseudomonas ûuorescens SV3. First we designed an oligotrophic growth test, which enabled us to follow population growth at low densities (104 - 10 7 cells per ml) using 0.1 mM sodium acetate as carbon source. Cells in the oligotrophic milieu were then exposed or not to a variety of common pollutants, such as 2-chlorobiphenyl (2CBP), naphthalene (NAH), 4-chlorophenol (4CP), tetradecane (TD), mercury chloride (HgCl2) or benzene, in different dosages. Exposed culture samples were stained with SYT09 (green fluorescent dye binding nucleic acids, generally staining all cells) in combination with propidium iodide (PI) or ethidium bromide (EB), both dyes being membrane integrity indicators. We ob- served that most of the tested compounds decreased population growth in a dosage- dependent manner. SYT09/PI or SYT09/EB staining then revealed that chemical exposure led to arisal of subpopulations of live and injured or dead cells. By modeling population growth on the total cell numbers in population or only the subpopulation of live cells we inferred that even in stressed populations live cells multiply at rates no different to unexposed controls. The net decrease in population growth would thus be a consequence of more and more cells being not able to multiply at all, rather than all cells multiplying at slower rates. In addition, the proportion of injured cells correlated to the compound dosage. We concluded that the oligotrophic test may be useful to asses toxicity of unknown chemicals on a variety of model bacteria. Mul¬tiple tests can be run in parallel and effects are rapidly measured within a period of 8 hours. Interestingly, in the same exposure tests with P. fluorescens SV3 we observed that some chemicals which did not lead to a reduction of net population growth rates did cause measurable effects on live cells. This was mainly observed in cells within the live subpopulation as an increase of the EB fluorescence signal. We showed that SYT09/EB is a more useful combination of dyes than SYT09/PI because PI fluorescence tend to increase only when cells are effectively dead, but not so much in live cells (less then twofold). In contrast, EB geometric mean fluorescence in live cells increased up to eightfold after exposure to toxic compounds. All compounds even at the lowest concentration caused a measurable increase in EB geometric mean fluorescence especially after 2 h incubation time. This effect was found to be transient for cells exposed to 2CBP and 4CP, but chronic for cells incubated with TD and NAH (ultimately leading to cell death). In order to understand the mechanism underlying the observed effects we used known membrane or energy uncouplers. The pattern of EB signal increase in chemical-exposed populations resembled mostly that of EDTA, although EB fluorescence in EDTA-treated or pasteurized cells was even higher than after exposure to the four test chemicals. We conclude that the ability of cells to efflux EB under equilibrium conditions is an appropriate measure for the potential of a chemical to exert toxicity. Since most bacterial species possess efflux systems for EB that all require cellular energy, our test should be more widely relevant to infer toxicity effects of chemical exposure on the physiological status of the bacterial cell. To better understand the effect of toxicant exposure on efflux defense systems, we studied 2-hydroxybiphenyl toxicity to Pseudomonas azeiaica HBP1. We showed that 2-HBP exerts toxicity even to P. azelaica HBP1, but only at concentrations higher than 0.5 mM. Above this concentration transient loss of membrane polarization and integrity occurred, which we conclude from staining of growing cells with fluorescent dyes. Cells finally recover and resume growth on 2HBP. The high resistance of P. azelaica HBP1 to 2-HBP was found to be the result of an efficient MexABOprM- type efflux pump system counteracting passive influx of this compound into the membrane and cellular interior. Mutants with disrupted mexA, mexB and oprM genes did no longer grow on 2-HBP at concentrations above 100 μΜ, whereas below this concentration we found 2-HBP-concentration dependent decrease of growth rate. The MexAB-OprM system in P. azeiaica HBP1 is indeed an efflux pump for ethidium bromide as well. By introducing gfp reporter fusions responsive to intracellular 2- HBP concentrations into HBP1 wild-type or the mutants we demonstrated that 2HBP enters into the cells in a similar way. In contrast, the reporter system in the wild-type cells does not react to 2-HBP at an outside concentration of 2.4 μΜ, whereas in mutant cells it does. This suggests that wild-type cells pump 2-HBP to the outside very effectively preventing accumulation of 2-HBP. 2HBP metabolism, therefore, is not efficient enough to lower the intracellular concentration and prevent toxicity. We conclude that P. azelaica HBP1 resistance to 2-HBP is mainly due to an efficient efflux system and that 2HBP in high concentrations exerts narcotic effects on the bacterial membrane. In the part of this thesis, we investigated the possibilities of bacteria to degrade pollutants at low concentrations (1 mg per L and below). As test components we used 2-hydroxybiphenyl, antibiotics and a variety of fragrances, many of which are known to be difficult to biodegrade. By using accurate counting of low numbers of bacterial cells we could demonstrate that specific growth on these compounds is possible. We demonstrated the accuracy of FC counting at low cell numbers (down to 103 bacterial cells per ml). Then we tested whether bacterial population growth could be specifically monitored at the expense of low substrate concentrations, us¬ing P. azelaica HBP1. A perfect relationship was found between growth rate, yield and 2-HBP concentrations in the range of 0.1 up to 5 mg per L. Mixing P. azelaica within sludge, however, suggested that growth yields in a mixed community can be much lower than in pure culture, perhaps because of loss of metabolic intermediates. We then isolated new strains from activated sludge using 2-HBP or antibiotics (Nal, AMP, SMX) at low concentrations (0.1-1 mg per L) as sole carbon and energy sub¬strate and PAO microdishes. The purified strains were then examined for growth on their respective substrate, which interestingly, showed that all strains can not with¬stand higher than 1 or 10 mg per L concentrations of target substrate. Thus, bacteria must exist that contribute to compound degradation at low pollutant concentrations but are inhibited at higher concentrations. Finally we tested whether specific biomass growth (in number of cells) at the expense of pollutants can also be detected with communities as starting material. Hereto, we focused on a number of fragrance chemicals and measured community biomass increase by flow cytometry cell counting on two distinct starter communities: (i) diluted Lake Geneva water, and dilute activated sludge from a wastewater treatment plant. We observed that most of the test compounds indeed resulted in significant biomass increase in the starter community compared to a no-carbon added control, but activated sludge and lake Geneva water strongly differed (almost mutually ex¬clusive) in their capacity to degrade the test chemicals. In two cases for activated sludge the same type of microbial community developed upon compound exposure, as concluded from transcription fragment length polymorphism analysis on community purified and PCR amplified 16S rRNA gene fragments. To properly test compound biodegradability it is thus important to use starter communities of different origin. We conclude that FC counting can be a valuable tool to screen chemicals for their biodegradability and toxicity. - Des milliers de produits chimiques sont libérés dans l'environnement mais beaucoup ont des effets inconnus, en particulier à basses concentrations. Ce travail de thèse contribue à notre comprehension des effets de la pollution en utilisant des bacteries comme des organismes-tests. Les bacteries sont importantes pour etudier cette ques¬tion car certaines d'entre elles peuvent degrader ou transformer les polluants, mais également parce qu'elles-mmes peuvent tre inhibees dans leur reproduction après avoit ete exposees à ces composes toxiques. Quand des effets inhibiteurs ont lieu, la composition de la communauté microbienne peut tre changee à long terme, ce qui mène à une reduction du service d'ecosystème offert par ces communautés. En consequence, après leur liberation dans l'environnement, les produits chimiques d'origine anthropogenique peuvent soit s'y accumuler et per¬sister, exerant ainsi des effets encore inconnus sur les organismes vivants. En plus d'acquérir des connaissances de base sur les effets des polluants à basses concentra¬tions sur les communautés microbiennes, un but applique de cette thèse était de développer des tests bases sur les bacteries afin d'identifier de nouveau composes pour leur toxicité ou leur biodégradation. Dans la première partie de ce travail, nous avons developpe un test base sur la cytometrie de flux (FC) sur des cellules de Pseudomonas fluorescens colorees par du bromure d'ethidium ou de l'iodure de propidium et exposees ou non à une palette de polluants sous des conditions de croissance oligotrophique. La cytometrie de flux est une technique qui connaît de nombreuses applications dans la microbiologie environ¬nementale. Cela est principalement du au fait qu'elle permet un comptage rapide et precis ainsi que l'évaluation de l'état physiologique, en particulier lorsqu'elle est combinée h des colorations fluorescentes. Ici, nous avons utilise la technique FC et des colorants fluorescents afin de mesurer l'effet que peuvent exercer certains pollu¬ants sur Pseudomonas ûuorescens SV3 . D'abord nous avons conu des tests oligo- trophiques qui nous permettent de suivre la croissance complète de cellules en culture h des densites faibles (104 -10 7 cellules par ml), sur de l'acetate de sodium à 0.1 mM, en presence ou absence de produits chimiques (2-chlorobiphenyl (2CBP), naphthalène (NAH), 4-chlorophenol (4CP), tetradecane (TD), chlorure de mercure(II) (HgCl2)) à différentes concentrations. Afin de montrer le devenir des bacteries tant au niveau de la cellule individuelle que celui de la population globale, après exposition à des series de composes chimiques, nous avons compte les cellules colorees avec du SYT09 (col¬orant fluorescent vert des acides nucléiques pour la discrimination des cellules par rapport au bruit de fond) en combinaison avec l'iodure de propidium (PI) ou le bromure d'ethidium (EB), indicateurs de l'intégrité de la membrane cellulaire avec FC. Nous avons observe que de nombreux composes testes avaient un effet sur la croissance bacterienne, resultant en une baisse du taux de reproduction de la pop¬ulation. En outre, la double coloration que nous avons utilisee dans cette etude SYT09/PI ou SYT09/EB a montre que les produits chimiques testes induisaient une reponse heterogène des cellules dans la population, divisant celle-ci en sous- populations "saine", "endommagee" ou "morte". Les nombres de cellules à partir du comptage et de la proportion de celles "saines" et "endommagees/mortes" ont ensuite ete utilises pour modeliser la croissance de P. ûuorescens SV3 exposee aux produits chimiques. La reduction nette dans la croissance de population est une consequence du fait que de plus en plus de cellules sont incapables de se reproduire, plutt que du fait d'une croissance plus lente de l'ensemble de la population. De plus, la proportion de cellules endommagees est correllee au dosage du compose chimique. Les résultats obtenus nous ont permis de conclure que le test oligotrophique que nous avons developpe peut tre utilise pour l'évaluation de la toxicité de produits chimiques sur différents modèles bacteriens. Des tests multiples peuvent tre lances en parallèle et les effets sont mesures en l'espace de huit heures. Par ailleurs, nous en déduisons que les produits chimiques exercént un effet sur la croissance des cellules de P. ûuorescens SV3, qui est heterogène parmi les cellules dans la population et depend du produit chimique. Il est intéressant de noter que dans les mmes tests d'exposition avec P. ûuorescens SV3, nous avons observe que certains composes qui n'ont pas conduit à une reduction du taux de la croissance nette de la population, ont cause des effets mesurables sur les cellule saines. Ceci a ete essentiellement observe dans la portion "saine" des cellules en tant qu'augmentation du signal de la fluorescence de 1ΈΒ. D'abord nous avons montre que SYT09/EB était une com¬binaison de colorants plus utile que celle de SYT09/PI parce que la fluorescence du PI a tendance à augmenter uniquement lorsque les cellules sont effectivement mortes, et non pas dans les cellules saines (moins de deux fois plus). Par opposi¬tion, la fluorescence moyenne de l'EB dans les cellules saines augmente jusqu'à huit fois plus après exposition aux composes toxiques. Tous les composes, mme aux plus basses concentrations, induisent une augmentation mesurable de la fluorescence moy¬enne de 1ΈΒ, plus particulièrement après deux heures d'incubation. Cet effet s'est revele tre transitoire pour les cellules exposees aux 2CNP et 4CP, mais est chro¬nique pour les cellules incubees avec le TD et le NAH (entranant la mort cellulaire). Afin de comprendre les mécanismes qui sous-tendent les effets observes, nous avons utilise des decoupleurs d'energie ou de membrane. L'augmentation du signal EB dans les populations causee par des produits chimiques ressemblait à celle exerce par le chelateur des ions divalents EDTA. Cependant, les intensités du signal EB des cellules exposees aux produits chimiques testees n'ont jamais atteint les valeurs des cellules traitees avec l'EDTA ou pasteurises. Nous en concluons que le test oli- gotrophique utilisant la coloration (SYT09/)EB des cellules exposees ou non à un produit chimique est utile afin d'evaluer l'effet toxique exerce par les polluants sur la physiologie bacterienne. Afin de mieux comprendre la reaction d'un système de defense par pompe à efflux après exposition à une toxine, nous avons étudié la toxicité du 2-hydroxybiphenyl (2-HBP) sur Pseudomonas azeiaica HBP1. Nous avons montre que le 2-HBP exerce une toxicité mme sur HBP1, mais uniquement à des concentrations supérieures à 0.5 mM. Au-dessus de cette concentration, des pertes transitoires d'intégrité et de polarization membranaire ont lieu, comme cela nous a ete montre par coloration des cellules en croissance. Les cellules sont finalement capables de se rétablir et de reprendre leur croissance sur 2-HBP. La forte resistance de P. azeiaica HBP1 h 2-HBP physiologie bacterienne s'est revele tre le résultat d'un système de pompe h efflux de type MexABOprM qui contre-balance l'influx passif de ce compose h travers la membrane. Nous avons montre, en construisant des mutants avec des insertions dans les gènes mexA, mexB and oprM et des fusions avec le gène rapporteur gfp, que l'altération de n'importe quelle partie du système d'efflux conduisait à accroître l'accumulation de 2-HBP dans la cellule, en comparaison avec la souche sauvage HBP1, provoquant une diminution de la resistance au 2-HBP ainsi qu'une baisse du taux de reproduction des cellules. Des systèmes d'efflux similaires sont répandus chez de nombreuses espèces bactériennes. Ils seraient responsables de la resistance aux produits chimiques tels que les colorants fluorescents (bromure d'ethidium) et des antibiotiques. Nous concluons que la resistance de P. azelaica HBP1 à 2-HBP est principalement due à un système d'efflux efficace et que 2-HBP, à des concentrations elevees, exerce un effet deletère sur la membrane bacterienne. En se basant sur le comptage des cellules avec la FC, nous avons developpe ensuite une methode pour evaluer la biodegradabilite de polluants tels que le 2-HBP ainsi que les antibiotiques (acide nalidixique (Nal), ampicilline (AMP) ou sulfamethoxazole (SMX)) à de faibles concentrations lmg par L et moins), par le suivi de la croissance spécifique sur le compose de cultures microbiennes pures et mixtes. En utilisant un comptage precis de faibles quantités de cellules nous avons pu demontrer que la croissance spécifique sur ces composes est possible. Nous avons pu illustrer la precision du comptage par cytometrie de flux à faible quantité de cellules (jusqu'à 10 3 cellules par ml). Ensuite, nous avons teste s'il était possible de suivre dynamiquement la croissance de la population de cellules sur faibles concentrations de substrats, en utilisant P. azelaica HBP1. Une relation parfaite a ete trouvee entre le taux de croissance, le rendement et les concentrations de 2-HBP (entre 0.1 et 5 mg par L). En mélangeant HBP1 à de la boue active, nous avons pu montrer que le rendement en communauté mixtes pouvait tre bien inférieur qu'en culture pure. Ceci étant peut tre le résultat d'une perte d'intermédiaires métaboliques. Nous avons ensuite isole de nouvelles souches à partir de la boue active en utilisant le 2-HBP ou des antibiotiques (Nal, AMP, SMX) h basses concentrations (0.1-1 mg par L) comme seules sources de carbone et d'energie. En combinaison avec ceci, nous avons également utilise des microplaques PAO. Les souches purifiees ont ensuite ete examinees pour leurs croissances sur leurs substrats respectifs. De faon intéressante, toutes ces souches ont montre qu'elles ne pouvaient pas survivre à des concentrations de substrats supérieures à 1 ou 10 mg par L. Ainsi, il existe des bacteries qui contribuent à la degradation de composes à basses concentrations de polluant mais sont inhibes lorsque ces concentrations deviennent plus hautes. Finalement, nous avons cherche à savoir s'il est possible de detecter une croissance spécifique à une biomasse au depend d'un polluant, en partant d'une communauté microbienne. Ainsi, nous nous sommes concentre sur certains composes et avons mesure l'augmentation de la biomasse d'une communauté grce à la cytometrie de flux. Nous avons compte deux communautés de depart distinctes: (i) une dilution d'eau du Lac Léman, et une dilution de boue active d'une station d'épuration. Nous avons observe que la plupart des composes testes ont entrane une augmentation de la biomasse de depart par rapport au control sans addition de source de carbone. Néanmoins, les échantillons du lac Léman et de la station d'épuration différaient largement (s'excluant mutuellement l'un l'autre) dans leur capacité à degrader les composes chimiques. Dans deux cas provenant de la station d'épuration, le mme type de communauté microbienne s'est developpe après exposition aux composes, comme l'a démontré l'analyse TRFLP sur les fragments d'ARN 16S purifie de la communauté et amplifie par PCR. Afin de tester correctement la biodegradabilite d'un compose, il est donc important d'utiliser des communautés de depart de différentes origines Nous en concluons que le comptage par cytometrie de flux peut tre un outil de grande utilité pour mettre en valeur la biodegradabillite et la toxicité des composes chimiques.

Functional diversity of CD8+ T-cell subsets in chronic infection

Certains pathogènes tels que le virus de l'hépatite C ainsi que le virus de l'immunodéficience humaine sont capables de détourner les mécanismes de défense du système immunitaire adaptatif afin d'établir des infections chroniques chez l'homme. La souche clone-13 du virus de la chorioméningite lymphocytaire est utilisée comme modèle d'études d'infection virale chronique chez la souris. Les raisons qui expliqueraient la persistance de certains virus ne sont pas encore bien définies. Toutefois, il a été montré qu'une exposition prolongée à un environnement inflammatoire ainsi que la présence prolongée de l'antigène sont des facteurs qui vont déclencher un procédé de différentiation particulier des lymphocytes T CD8+. Ces cellules sur-expriment alors des récepteurs inhibiteurs tels que PD-1 tandis que leur capacité à produire des cytokines diminue. Ce procédé de différentiation est appelé « exhaustion » et serait à l'origine de la génération de réponses lymphocytaires non ou peu fonctionnelles entraînant de ce fait la persistance de l'infection. Néanmoins, il a également été démontré que ces lymphocytes maintiennent des fonctions effectrices et qu'ils permettent de limiter la réplication du virus. Afin d'étudier la fonction effectrice résiduelle de ces lymphocytes T, nous avons transféré des cellules provenant de souris infectées chroniquement dans des souris receveuses naïves qui ont à leur tour été infectées avec le virus. Grâce à ces expériences, nous avons démontré que les cellules transférées contiennent des cellules qui sont capables de i) re-proliférer, ii) de protéger les souris contre une infection virale, et de iii) survivre en l'absence d'antigène. Nous avons remarqué que les cellules stimulées de façon chronique maintiennent le même phénotype lorsqu'elles sont transférées dans des souris naïves soumises à une infection virale aiguë. Nous avons de ce fait conclu que les cellules stimulées chroniquement contiennent une sous-population de cellules qui comporte des attributs de cellules T mémoire. D'autre part, nous avons pu identifier le facteur de transcription Tcf-1 comme l'élément essential pour la génération des cellules T ressemblant à des cellules mémoires. D'autre part, nous avons étudié l'impact du niveau de stimulation via le récepteur des cellules T (TCR) sur le phénotype adopté par les lymphocytes T au cours d'une infection chronique. Dans ce but, nous avons généré des souches de virus recombinants qui expriment un épitope modifié de manière à réduire le niveau de stimulation via le TCR. D'autre part, nous avons utilisé un mélange de deux souches virales de manière à moduler spécifiquement la quantité d'un épitope tout en conservant la même charge virale. Nous avons montré que la quantité d'antigène avait plus d'influence sur le phénotype des lymphocytes T que la force d'interaction entre le complexe peptide-CMH et le TCR. De plus, l'apparition de ce phénotype ne semble pas avoir d'impact sur la prolifération des cellules en réponse à une infection primaire ou secondaire. Ainsi, nous proposons un modèle par lequel le procédé d'« exhaustion » des cellules T correspond à une différentiation cellulaire particulière qui est indépendante de la capacité de prolifération des cellules. De manière générale, ces découvertes apportent de nouvelles connaissances sur les sous-catégories de lymphocytes T CD8+ qui sont générés pendant une infection virale chronique. Nous pensons que la réponse effectrice du système immunitaire est maintenue pendant de longues périodes grâce à la présence de cellules par partagent certaines caractéristiques avec des cellules mémoires. L'étude approfondie de ces cellules peut avoir des implications importantes sur l'optimisation des stratégies utilisant l'immunothérapie pour combattre les infections chroniques et cancers.

Le cinéma-vérité, films et controverses

Peut-on se réclamer du « cinéma » tout en prétendant rendre compte d'une « vérité »? Quelles sont les limites éthiques du dévoilement d'un individu face à une caméra ? Un cinéaste peut-il être pleinement « auteur » d'une oeuvre construite à partir de fragments de réel? Voilà quelques-unes des questions posées au début des années soixante par la sortie des films qui se revendiquent ou sont associés au « cinéma-vérité ». Proposée en 1960 par Edgar Morin, cette notion controversée sert durant quelques années de bannière à un mouvement cinématographique supposé renouveler les rapports entre film et réalité par une approche plus directe, un dispositif d'interactions avec les protagonistes, ou une démarche autoréflexive qui interroge en son sein le projet du film. Chronique d'un été de Jean Rouch et Edgar Morin, Les Inconnus de la terre et Regard sur la folie de Mario Ruspoli, les travaux de Richard Leacock pour la Drew Associates, Le Chemin de la mauvaise route de Jean Herman, Hitler, connais pas de Bertrand Blier, La Punition de Jean Rouch ou encore Le Joli Mai de Pierre Lhomme et Chris Marker : tous ces « films-vérité » renouvellent les débats et construisent de nouveaux clivages dans la cinéphilie française. Sans chercher à se positionner sur le contenu des polémiques, le présent ouvrage retrace pour la première fois l'histoire du mouvement « cinéma-vérité » en s'intéressant aux films (contexte de production, tournages, innovations techniques) et aux discours (articles, débats, tables rondes) qui les ont précédés, accompagnés et traversés. Grâce à de nombreuses sources inédites, Cinéma-vérité, films et controverses met au jour un phénomène d'une importance méconnue dans l'histoire du cinéma en France.