Sectoral Price Rigidity and Aggregate Dynamics

In this paper, we study the macroeconomic implications of sectoral heterogeneity and, in particular, heterogeneity in price setting, through the lens of a highly disaggregated multi-sector model. The model incorporates several realistic features and is estimated using a mix of aggregate and sectoral U.S. data. The frequencies of price changes implied by our estimates are remarkably consistent with those reported in micro-based studies, especially for non-sale prices. The model is used to study (i) the contribution of sectoral characteristics to the observed cross sectional heterogeneity in sectoral output and inflation responses to a monetary policy shock, (ii) the implications of sectoral price rigidity for aggregate output and inflation dynamics and for cost pass-through, and (iii) the role of sectoral shocks in explaining sectoral prices and quantities.

La blogosphère et la fonction filtre : le cas de la campagne électorale de 2008 à São Paulo

Dans ce travail, j’étudie les relations entre la blogosphère politique dans la ville de São Paulo, au Brésil, et l’ensemble de l’écologie médiatique dans laquelle celle-ci est insérée. En établissant un dialogue avec les théories qui posent la dissémination des blogues comme le moment de répartition des moyens de production et de démocratisation de parole, je propose que la blogosphère doit plutôt être envisagée comme une instance de filtrage des produits des médias de masse. J’emprunte le concept de « dispositif » à Michel Foucault et à Giorgio Agamben, pour définir les médias du monde contemporain selon les termes d’un dispositif médiatique. J’emprunte aussi les concepts de « two-step flow of communications » et de « leader d’opinion » à Paul F. Lazarsfeld et Elihu Katz pour localiser la blogosphère dans l’ensemble de notre espace médiatique. Je défends également l’idée que les blogueurs exercent aujourd’hui une fonction semblable à celle des leaders d’opinion que décrivent Katz et Lazarsfeld – ce que je nomme la fonction-filtre de la blogosphère - et que ces blogueurs se situent dans la couche intermédiaire du flux d’informations dans les démocraties occidentales, c'est-à-dire celle qui se trouve entre les médias de masse et les récepteurs. Pour conduire ma recherche, j’ai réalisé une ethnographie virtuelle auprès des blogueurs de la ville de São Paulo, au Brésil, pendant la période de la campagne électorale de 2008 à la mairie. Ensuite, j’ai soumis l’ensemble de leur production discursive à une analyse sociolinguistique. Et je conclus que plutôt qu’étant le fruit d’une révolution, l’écologie médiatique contemporaine reprend - en les diversifiant et en les étendant - des processus que l’on ne pensait propres qu’aux dynamiques des médias de masse.

The uses of the outline for cultural formulation of the DSM-IV : from case conceptualization to treatment plan

ARTICLE 1 : RÉSUMÉ Amputation traumatique: Une étude de cas laotien sur l’indignation et l’injustice. La culture est un contexte essentiel à considérer pour produire un diagnostic et un plan d’intervention psychiatrique. Une perspective culturelle met en relief le contexte social dans lequel les symptômes émergent, et comment ils sont interprétés et gérés par la personne atteinte. Des études ethnoculturelles sur les maladies nous suggèrent que la plupart des gens nous donnent des explications pour leurs symptômes qui ont un fondement culturel. Bien que ces explications contredisent la théorie biomédicale, elles soulagent la souffrance des patients et leur permettent de donner une signification à cette dernière. L’exploration des caractéristiques, contextes et antécédents des symptômes permet au patient de les communiquer au clinicien qui pourrait avoir une explication différente de sa maladie. Cette étude de cas permet de montrer comment le Guide pour Formulation Culturelle du DSM-IV (The DSM-IV Outline for Cultural Formulation) permet aux cliniciens de solliciter un récit du patient en lien avec son expérience de la maladie. Notre étude examine l’utilisation par un patient laotien de « l’indignation sociale » (« Khuâm khum khang ») comme le modèle explicatif culturel de son problème malgré le diagnostic de trouble de stress post-traumatique qui lui fut attribué après une amputation traumatique. L’explication culturelle de son problème a permis au patient d’exprimer la signification personnelle et collective à sa colère et sa frustration, émotions qu’il avait réprimées. Cet idiome culturel lui a permis d’exprimer sa détresse et de réfléchir sur le système de soins de santé et, plus précisément, le contexte dans lequel les symptômes et leurs origines sont racontés et évalués. Cette représentation laotienne a aussi permis aux cliniciens de comprendre des expériences et les explications du client, autrement difficiles à situer dans un contexte biomédical et psychiatrique Euro-américain. Cette étude démontre comment il est possible d’améliorer les interactions entre cliniciens et patients et dès lors la qualité des soins par la compréhension de la perspective du patient et l’utilisation d’une approche culturelle. Mots clés: Culture, signification, idiome culturel, modèle explicatif, Guide pour Formulation culturelle du DSM-IV, indignation sociale, interaction entre patient et intervenant. ARTICLE 2 : RÉSUMÉ Impact de l’utilisation du Guide pour la formulation culturelle du DSM-IV sur la dynamique de conférences multidisciplinaires en santé mentale. La croissance du pluralisme culturel en Amérique du nord a obligé la communauté oeuvrant en santé mentale d’adopter une sensibilité culturelle accrue dans l’exercice de leur métier. Les professionnels en santé mentale doivent prendre conscience du contexte historique et social non seulement de leur clientèle mais également de leur propre profession. Les renseignements exigés pour les soins professionnels proviennent d’ évaluations cliniques. Il faut examiner ces informations dans un cadre culturellement sensible pour pouvoir formuler une évaluation des cas qui permet aux cliniciens de poser un diagnostic juste et précis, et ce, à travers les frontières culturelles du patient aussi bien que celles du professionnel en santé mentale. Cette situation a suscité le développement du Guide pour la formulation culturelle dans la 4ième édition du Manuel diagnostique et statistique des troubles mentaux américain (Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders (4th ed., DSM-IV) de l’Association psychiatrique américaine. Ce guide est un outil pour aider les cliniciens à obtenir des informations de nature culturelle auprès du client et de sa famille afin de guider la production des soins en santé mentale. L’étude vise l’analyse conversationnelle de la conférence multidisciplinaire comme contexte d’utilisation du Guide pour la formulation culturelle qui sert de cadre dans lequel les pratiques discursives des professionnels de la santé mentale évoluent. Utilisant la perspective théorique de l’interactionnisme symbolique, l’étude examine comment les diverses disciplines de la santé mentale interprètent et conceptualisent les éléments culturels et les implications de ce cadre pour la collaboration interdisciplinaire dans l’évaluation, l’élaboration de plans de traitement et des soins. Mots clé: Guide pour Formulation culturelle – Santé mentale – Psychiatrie transculturelle – Analyse conversationnelle – Interactionnisme symbolique

Las políticas lingüísticas en Quebec y Cataluña : un reflejo de las dinámicas sociales

Le but de cette recherche est de mieux comprendre les fondements et enjeux sociopolitiques d’un processus d’aménagement linguistique, ainsi que de cerner le rôle que le fait linguistique peut avoir dans le processus de construction d’un système national et dans son fonctionnement et de quelle manière l’application d’une politique linguistique se révèle efficace. Pour ce faire, nous procéderons à une étude comparative des cas concrets de la planification linguistique de la Catalogne et du Québec. Le choix des deux régions se base principalement sur le fait qu’elles représentent toutes les deux un type de nation « subétatique » au sein de laquelle la langue propre (le catalan et le français respectivement) s’est révélée être un élément clé de la représentation de l’identité collective, et qu’elle y possède à la fois un rôle symbolique et participatif. Cependant, la nature du conflit linguistique engendré par la cohabitation entre la langue propre et la langue de l’état (français-anglais/ catalan-espagnol) est visiblement perçu et traité de manière différente dans les deux régions. Donc, les environnements sociopolitiques et linguistiques québécois et catalans offrent à la fois des similitudes et des divergences qui mettent en relief certaines caractéristiques essentielles à la compréhension des mécanismes dans le développement d’une politique linguistique. Les étapes de l’étude se divisent en trois : après une exposition de l’évolution de la théorie de la planification linguistique, seront abordés les moments et évènements historiques marquants, intimement liés au développement du sentiment nationaliste dans les deux régions, ce qui permettra par le fait même d’explorer les relations entre les entités « subétatiques » et étatiques: Québec/Canada et Catalogne/Espagne. Puis seront passés en revue les textes législatifs et juridiques et leur portée. C’est-à-dire que sera vue plus spécifiquement l’application concrète des politiques linguistiques dans les domaines de l’éducation, de l’immigration et des médias de communication. Finalement, au regard des recensements sociolinguistiques les plus récents, les relations seront établies entre les résultats statistiques de l’usage des langues dans les régions respectives et les moyens ayant été déployés dans le cadre de la planification linguistique.

Des femmes converties à l'islam en France et au Québec : religiosités d'un nouveau genre

En Europe et en Amérique du Nord, les phénomènes de conversion à l'islam suggèrent que modernité et sécularisation ont engendré de nouvelles formes de subjectivité, insolites au premier abord. Pourtant, l'apparente incompatibilité entre les identités musulmane d’un part, et québécoise ou française d’autre part, provient davantage du contexte sociopolitique dans lequel ces identités se produisent que d'une impossibilité inhérente aux paradigmes musulman et occidental en soi. Notre étude réalisée en France et au Québec montre que si le retour à l’islam s’inscrit dans un projet d’herméneutique du soi qui se réalise dans le cadre d’une démarche spirituelle, le geste de conversion est forgé par le contexte social et politique qui lui donne sens et portée. Ainsi, l’identité des nouvelles musulmanes se négocie dans les rapports sociaux qui traversent et dominent les univers du discours locaux; le projet social et politique qui en résulte vise à transcender ces modèles en proposant une alternative qui combine l’hérité et le choisi. Notre projet s’inscrit dans une perspective comparative au sein de deux espaces politiques se distinguant non seulement par leur mode de gestion de la diversité religieuse et ethnique, mais aussi par leur système de régulation du religieux dans l'espace public. Considérant que le changement de religion est un processus aussi subjectif que social, nous soutenons que la nouvelle identité du converti se distribue de façon continue et dynamique entre la réalisation du soi et la (re)construction de son appartenance sociale. Par conséquent, le geste de conversion traduit autant la quête d’une spiritualité et d’un mode de vie pieux, qu’il exprime un discours critique de son contexte social et politique, et constructif puisqu’il en propose une alternative. En nous inspirant des perspectives théoriques de Ricœur, de Foucault, et de Calhoun, nous examinons la formation du sujet et la construction de son identité, autant par la production d’un discours (récit de conversion), que par le modelage du corps (apprentissage des pratiques religieuses et sociales). Cette approche performative de la ritualité quotidienne met en évidence la fluidité, l'idiosyncrasie et l'historicité des appartenances et des subjectivités. Pour les femmes rencontrées, la mise en narration de la trajectoire de conversion joue un rôle clé dans le processus de constitution et d’actualisation du soi musulman. Par la réflexivité du sujet, elle produit en effet une nouvelle herméneutique du soi, motivée par un objectif d’accomplissement personnel, et travaillé par le médium de la spiritualité. Par ailleurs, nous identifions des discours standardisés qui constituent des points de tension autour desquels se forgent la piété, la subjectivité, et l’identité des converties. Parmi eux, le modèle de genre préconisé révèle le retour à une nouvelle morale de la pudeur, de l'intimité, du corps et du souci de soi qui revisite les rhétoriques polarisées entre le féminisme jugé extrême des sociétés occidentales, et les dérives patriarcales de l’islam politique. En ce sens, nous considérons les femmes converties à l’islam comme la figure archétype du sujet musulman féministe. La formation de ces identités originales révèle les forces sociales et politiques sous-jacentes les localités nationales et les dynamiques globales. En effet, les performances élaborées par les converties se situent en compétition avec certains discours construits, tant par les musulmans de naissance que par la société d'origine. La conversion induit ainsi une recomposition des identités genrées, religieuses, nationales ou biographiques des nouvelles musulmanes. Si les attributs de l’altérité désormais mêlés à ceux du soi sont travaillés aux limites des catégories de la modernité avancée (savoir, religion et genre), ils reconfigurent également les rapports sociaux et les frontières de nouveaux groupes d’inclusion et d’exclusion (ethnicité, piété, génération). Au Québec, l'attrait pour l'islam participe d’une reconquête du sens et d’une volonté d'adhésion à la rhétorique cosmopolite hégémonique, l’entrée dans l’islam célèbre alors le retour à des formes de solidarité communautaire, faisant suite à une phase de modernisation et de sécularisation accélérée. En France, elle manifeste une critique envers la différenciation sociale et un mode d'appartenance à une classe ghettoïsée. L’adhésion à la religion de la catégorie minoritaire et ostracisée met en évidence l’échec d'un modèle républicain qui a failli à sa prétention d’universalité. Cette voie alternative aux projets séculier et moderne dominants contribue à reconfigurer les domaines du privé et du public, et permet à ceux qui choisissent la marge, de révéler les apories du centre.

Transmission dynamics and tuberculosis control among HIV/AIDS patients

Introduction: Les efforts globaux pour contrôler la tuberculose sont présentement restreints par la prévalence croissante du VIH/SIDA. Quoique les éclosions de la tuberculose multi résistante (TB-MDR) soient fréquemment rapportées parmi les populations atteintes du SIDA, le lien entre VIH/SIDA et le développement de résistance n’est pas clair. Objectifs: Cette recherche visait à : (1) développer une base de connaissances concernant les facteurs associés à des éclosions de la TB-MDR parmi les patients atteints du VIH/SIDA; (2) utiliser ce cadre de connaissances pour accroître des mesures préliminaires pour mieux contrôler la tuberculose pulmonaire chez les patients atteints du VIH/SIDA; et (3) afin d’améliorer l’application des ces mesures, affiner les techniques bactériologiques existantes pour Mycobacterium tuberculosis. Méthodologie: Quatre études ont été réalisées : (1) Une étude longitudinale pour identifier les facteurs associés avec une éclosion de la TB-MDR parmi les patients atteints du SIDA qui ont reçu le traitement directement supervisé de courte durée (DOTS) pour la tuberculose pulmonaire au Lima et au Pérou entre 1999 et 2005; (2) Une étude transversale pour décrire différentes étapes de l’histoire naturelle de la tuberculose, la prévalence et les facteurs associés avec la mycobactérie qu’on retrouve dans les selles des patients atteints du SIDA; (3) Un projet pilote pour développer des stratégies de dépistage pour la tuberculose pulmonaire parmi les patients hospitalisés atteints du SIDA, en utilisant l’essaie Microscopic Observation Drug Susceptibility (MODS); et (4) Une étude laboratoire pour identifier les meilleures concentrations critiques pour détecter les souches MDR de M. tuberculosis en utilisant l’essaie MODS. Résultats : Étude 1 démontre qu’une épidémie de TB-MDR parmi les patients atteints du SIDA qui ont reçu DOTS pour la tuberculose pulmonaire ait été causée par la superinfection du clone de M. tuberculosis plutôt que le développement de la résistance secondaire. Bien que ce clone ait été plus commun parmi la cohorte de patients atteints du SIDA, il n’avait aucune différence de risque pour superinfection entre les patients avec ou sans SIDA. Ces résultats suggèrent qu’un autre facteur, possiblement associé à la diarrhée, peu contribuer à la prévalence élevée de ce clone chez les patients atteints du SIDA. Étude 2 suggère que chez la plupart des patients atteints du SIDA il a été retrouvé une mycobactérie dans leurs selles alors qu’ils étaient en phase terminale au niveau de la tuberculose pulmonaire. Or, les patients atteints du SIDA ayant été hospitalisés pendant les deux dernières années pour une autre condition médicale sont moins à risque de se retrouver avec une mycobactérie dans leurs selles. Étude 3 confirme que la tuberculose pulmonaire a été commune à tous les patients hospitalisés atteints du SIDA, mais diagnostiquée incorrectement en utilisant les critères cliniques présentement recommandés pour la tuberculose. Or, l’essaie MODS a détecté pour la plupart de ces cas. De plus, MODS a été également efficace quand la méthode a été dirigée aux patients soupçonnés d’avoir la tuberculose, à cause de leurs symptômes. Étude 4 démontre les difficultés de détecter les souches de M. tuberculosis avec une faible résistance contre ethambutol et streptomycine en utilisant l’essai MODS avec les concentrations de drogue présentement recommandées pour un milieu de culture. Cependant, l’utilité diagnostique de MODS peut être améliorée ; modifier les concentrations critiques et utiliser deux plaques et non une, pour des tests réguliers. Conclusion: Nos études soulèvent la nécessité d’améliorer le diagnostic et le traitement de la tuberculose parmi les patients atteints du SIDA, en particulier ceux qui vivent dans des régions avec moins de ressources. Par ailleurs, nos résultats font ressortir les effets indirects que les soins de santé ont sur les patients infectés par le VIH et qu’ils peuvent avoir sur le développement de la tuberculose.

TAR DNA-Binding protein 43 (TDP-43) regulates stress granule dynamics via differential regulation of G3BP and TIA-1

TDP-43 est une protéine multifonctionnelle possédant des rôles dans la transcription, l'épissage des pré-ARNm, la stabilité et le transport des ARNm. TDP-43 interagit avec d'autres hnRNP, incluant hnRNP A2, via son extrémité C-terminale. Plusieurs membres de la famille des hnRNP étant impliqués dans la réponse au stress cellulaire, alors nous avons émis l’hypothèse que TDP-43 pouvait y participer aussi. Nos résultats démontrent que TDP-43 et hnRNP A2 sont localisés au niveau des granules de stress, à la suite d’un stress oxydatif, d’un choc thermique, et lors de l’exposition à la thapsigargine. TDP-43 contribue à la fois à l'assemblage et au maintien des granules de stress en réponse au stress oxydatif. TDP-43 régule aussi de façon différentielle les composants clés des granules de stress, notamment TIA-1 et G3BP. L'agrégation contrôlée de TIA-1 est perturbée en l'absence de TDP-43. En outre, TDP-43 régule le niveau d`ARNm de G3BP, un facteur de granule de stress de nucléation. La mutation associée à la sclérose latérale amyotrophique, TDP-43R361S, compromet la formation de granules de stress. Ainsi, la fonction cellulaire de TDP-43 s'étend au-delà de l’épissage; TDP-43 est aussi un composant de la réponse cellulaire au stress central et un acteur actif dans le stockage des ARNs.

The dynamics of sustained reentry in a loop model with discrete gap junction resistance

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Elementary steps in aqueous proton transfer reactions : a first principles molecular dynamics study

La nature des acides dans un environnement aqueux est primordiale dans de nombreux aspects de la chimie et de la biologie. La caractéristique principale d'un acide est sa capacité à transférer un proton vers une molécule d'eau ou vers n'importe quelle base, mais ce procédé n'est pas aussi simple qu'il y paraît. Il peut au contraire être extrêmement complexe et dépendre de manière cruciale de la solvatation des différents intermédiaires de réaction impliqués. Cette thèse décrit les études computationnelles basées sur des simulations de dynamique moléculaire ab initio qui ont pour but d'obtenir une description à l'échelle moléculaire des divers procédés de transferts de proton entre acide et bases dans un milieu aqueux. Pour cela, nous avons étudié une serie de système, dont l'acide hydrofluorique aqueux, l'acide trifluoroacétique aqueux, et un système modèle constitué d'un phénol et d'une entité carboxylate reliés entre eux par une molécule d'eau en solution aqueuse. Deux états intermédiaires ont été identifiés pour le transfert d'un proton depuis un acide. Ces intermédiaires apparaissent stabilisés par un motif local de solvatation via des ponts H. Leurs signatures spectroscopiques ont été caractérisées au moyen de la spectroscopie infrarouge, en utilisant le formalisme de la dynamique moléculaire ab initio, qui inclut l'effet quantique nucléaire de manière explicite. Cette étude a aussi identifié trois chemins de réaction élémentaire, qui sont responsable pour le transfert d'un proton d'un acide à une base, ainsi que leurs échelles de temps caractéristiques. Les conclusions tirées de ces études sont discutées dans les détails, au niveau moléculaire, avec une emphase sur les comparaisons entre les résultats théoriques et les mesures expérimentales obtenues dans a littérature ou via des collaborateurs.

Pratiques et usages de l'Europe dans le maintien de la paix : la coopération franco-irlandaise au Tchad

Thèse réalisé en cotutelle avec l'Université libre de Bruxelles (Belgique)

Le leadership interstitiel, le champ d'action des Amérindiens ou le pouvoir dans la marge : l'exemple de la communauté algonquine de Kitigan Zibi (Québec)

Quel est le champ d’action des Amérindiens dans le contexte politique canadien? Malgré les tentatives de l’État canadien de briser la structure politique traditionnelle des Autochtones en introduisant le système électif et politique du conseil de bande, ceux-ci sont loin d'avoir été des victimes passives. L'étude du leadership interstitiel est la ligne directrice de cette thèse car il est la clé d’une pratique politique « in the cracks » qui confère un pouvoir marginal aux Amérindiens. En s'intéressant aux conditions historiques et sociales de déploiement de l’arène politique en milieu de réserve, il est possible de comprendre la quotidienneté et la contemporanéité de l’exercice du pouvoir au sein d’une population minoritaire fortement politisée. La recherche ethnographique porte sur la politique locale de la communauté algonquine de Kitigan Zibi (Québec). L’analyse des acteurs anishnabeg a montré une variabilité du leadership politique chez les Algonquins et l’existence de différents types de leader malgré l’imposition d’une fonction de chef par la Loi sur les Indiens. Le contrôle des affaires politiques officielles d’une bande par les agents coloniaux, c'est-à-dire les missionnaires et les agents indiens, n’a pas donné lieu à un contrôle total de sa dynamique politique interne et de ses membres. L'enquête de terrain a dévoilé que les diverses manifestations et actions politiques menées par les Anishnabeg s’avèrent être des stratégies du pouvoir dans la marge, une forme quotidienne de résistance face aux nouvelles façons de faire la politique établies par les autorités canadiennes, des ruses et des tactiques employées pour tenter de changer le système formel en remettant en question le pouvoir des Affaires indiennes. La contestation et la résistance ne sont toutefois pas l’unique moteur du leadership et de la politique amérindienne. En fait, le leadership politique chez les Kitigan Zibi Anishnabeg est aussi basé sur diverses représentations (traditionnelles, spirituelles, symboliques) qui ont permis aux Algonquins de préserver une identité politique malgré certaines ruptures et transformations introduites dans leur société par les colonisateurs. Les ambiguïtés, les contradictions et les paradoxes de la quotidienneté politique d’une bande autochtone ne sont pas que le résultat de la rencontre d’un univers politique Autre, mais aussi l’aboutissement de l’évolution et de la reconstruction d’un système sociopolitique traditionnel et de ses dynamiques internes reliées au pouvoir, d’une redéfinition de l’autorité et de la légitimité du politique, de l'essor de leaders nouveau genre pour répondre adéquatement aux exigences politiques de la vie en réserve. La politique de réserve n’est pas une chose concrète mais plutôt une dynamique dans un temps et dans un lieu donné, au chevauchement culturel de diverses traditions politiques et formes d’autorité, au truchement de divers espaces (imposé ou symbolique) et institutions (formelle et informelle). Les Algonquins se renouvellent continuellement politiquement au sein de leur système. Ceci n’est pas un effet de l’acculturation, d’une hybridité ou de la modernité mais relève bien de la tradition. Le rattachement de fonctions et dynamiques traditionnelles à la structure formelle constitue un début de gouvernance « par le bas ». Cette dernière renouvelle de l’intérieur, par l’établissement d’un dialogue, la relation entre les leaders autochtones et les représentants de l’État, ce qui donne aux acteurs locaux une marge de manœuvre. Les Algonquins ont saisi les incompatibilités des deux systèmes – blanc et autochtone – pour définir un nouveau territoire, « in the cracks », qui devient leur domaine d’action. L'analyse de la flexibilité du leadership algonquin, de la vision eurocanadienne du leadership amérindien, de l’usage instrumental des exigences de l’État, des élections et des éligibles contemporains, de l'empowerment des femmes algonquines et du leadership féminin en milieu de réserve, a révélé que le leadership interstitiel est une force politique pour les Kitigan Zibi Anishnabeg. En portant un regard critique sur la politique locale dans le quotidien d'une bande et en incluant les voix autochtones, il est possible d’observer le processus de décolonisation et des formes embryonnaires de pratiques postcoloniales au sein des réserves. Cette recherche a démontré que le chef et les autres leaders sont au cœur de cette dynamique politique dans les marges, de l’essor et de l’émancipation politique de leur bande.

Characterizing cortical myosin mini-filament regulation, length and its macroscopic implications in cytokinetic dynamics.

Au cours de la cytokinèse, le génome dédoublé est compartimentalisé en deux cellules filles. L’anneau contractile, une structure dynamique, est constitué d’actine, myosine (NMY-II) et d’autres protéines accessoires. NMY-2 est le seul moteur protéique impliqué dans la contraction de l’anneau durant la cytokinèse. Depuis longtemps, il a été considéré que celle-ci glissait le long des filaments d’actine grâce à sa capacité de traction. Récemment, plusieurs études ont découvert que son activité réticulante joue un rôle en cytokinèse et il est connu que la NMY-2 peut s’assembler en filaments bipolaires à partir de dimères. Ainsi, nous postulons que leur dimension (nombre de moteurs ATPasiques) pourrait dicter leur contribution en activité motrice et réticulante. Afin de déterminer la composition des filaments corticaux de NMY-2, nous avons utilisé une technique d'imagerie de molécules individuelles à l’aide de la microscopie TIRF. J’ai trouvé à travers l’analyse statistique de la distribution des NMY-2 mesurés que les filaments sont assemblés à deux dimensions constantes: Des filaments composés de 20 dimères et 30 dimères. La kinase Rho est une activatrice de NMY-2 nécessaire pour les niveaux physiologiques de NMY-2 sur l’anneau contractile, pour des cinétiques et fermeture concentrique de l’anneau. La déplétion de RhoK augmente l’abondance relative des filaments de 20 dimères. Ainsi, RhoK pourrait réguler le recrutement de la NMY et aussi l’assemblage des filaments corticaux de NMY-2. De plus, à l’aide de la microscopie confocale à temps réel, j’ai trouvé que lors de la déplétion de RhoK, il se produit une réduction du recrutement et du délai d’initiation du sillon, une fermeture lente et une augmentation significative de la concentricité de l’anneau. De plus, j’ai mesuré des défauts dans l’organisation corticale de l’anneau contractile en patch. La déplétion de MRCK-1 n’affecte pas l’initiation du sillon, les cinétiques de fermeture, ou la fermeture concentrique de l’anneau. Paradoxalement, la déplétion de MRCK-1 augmente le recrutement cortical de NMY-2, mais quand depleté simultanément avec Rho-K il diminue NMY-2 à l’équateur comparé à la déplétion seule de Rho-K. De plus, la double déplétion, conduit à un phénotype de concentricité de l’anneau, suivie d’un recentrage.

Investigation of the structure and dynamics of the centromeric epigenetic mark

Le centromère est le site chromosomal où le kinetochore se forme, afin d’assurer une ségrégation fidèles des chromosomes et ainsi maintenir la ploïdie appropriée lors de la mitose. L’identité du centromere est héritée par un mécanisme épigénétique impliquant une variante de l’histone H3 nommée centromere protein-A (CENP-A), qui remplace l’histone H3 au niveau de la chromatine du centromère. Des erreurs de propagation de la chromatine du centromère peuvent mener à des problèmes de ségrégation des chromosomes, pouvant entraîner l’aneuploïdie, un phénomène fréquemment observé dans le cancer. De plus, une expression non-régulée de CENP-A a aussi été rapportée dans différentes tumeurs humaines. Ainsi, plusieurs études ont cherchées à élucider la structure et le rôle de la chromatine contenant CENP-A dans des cellules en prolifération. Toutefois, la nature moléculaire de CENP-A en tant que marqueur épigénétique ainsi que ces dynamiques à l'extérieur du cycle cellulaire demeurent des sujets débat. Dans cette thèse, une nouvelle méthode de comptage de molécules uniques à l'aide de la microscopie à réflexion totale interne de la fluorescence (TIRF) sera décrite, puis exploitée afin d'élucider la composition moléculaire des nucléosomes contenant CENP-A, extraits de cellules en prolifération. Nous démontrons que les nucléosomes contenant CENP-A marquent les centromères humains de façon épigénétique à travers le cycle cellulaire. De plus, nos données démontrent que la forme prénucléosomale de CENP-A, en association avec la protéine chaperon HJURP existe sous forme de monomère et de dimère, ce qui reflète une étape intermédiaire de l'assemblage de nucléosomes contenant CENP-A. Ensuite, des analyses quantitatives de centromères lors de différenciation myogénique, et dans différents tissus adultes révèlent des changements globaux qui maintiennent la marque épigénétique dans une forme inactive suite à la différentiation terminale. Ces changements incluent une réduction du nombre de points focaux de CENP-A, un réarrangement des points dans le noyau, ainsi qu'une réduction importante de la quantité de CENP-A. De plus, nous démontrons que lorsqu'une dédifférenciation cellulaire est induite puis le cycle cellulaire ré-entamé, le phénotype "différencié" décrit ci-haut est récupéré, et les centromères reprennent leur phénotype "prolifératif". En somme, cet oeuvre décrit la composition structurale sous-jacente à l'identité épigénétique des centromères de cellules humaines lors du cycle cellulaire, et met en lumière le rôle de CENP-A à l'extérieur du cycle cellulaire.

Modeling High-Dimensional Audio Sequences with Recurrent Neural Networks

Cette thèse étudie des modèles de séquences de haute dimension basés sur des réseaux de neurones récurrents (RNN) et leur application à la musique et à la parole. Bien qu'en principe les RNN puissent représenter les dépendances à long terme et la dynamique temporelle complexe propres aux séquences d'intérêt comme la vidéo, l'audio et la langue naturelle, ceux-ci n'ont pas été utilisés à leur plein potentiel depuis leur introduction par Rumelhart et al. (1986a) en raison de la difficulté de les entraîner efficacement par descente de gradient. Récemment, l'application fructueuse de l'optimisation Hessian-free et d'autres techniques d'entraînement avancées ont entraîné la recrudescence de leur utilisation dans plusieurs systèmes de l'état de l'art. Le travail de cette thèse prend part à ce développement. L'idée centrale consiste à exploiter la flexibilité des RNN pour apprendre une description probabiliste de séquences de symboles, c'est-à-dire une information de haut niveau associée aux signaux observés, qui en retour pourra servir d'à priori pour améliorer la précision de la recherche d'information. Par exemple, en modélisant l'évolution de groupes de notes dans la musique polyphonique, d'accords dans une progression harmonique, de phonèmes dans un énoncé oral ou encore de sources individuelles dans un mélange audio, nous pouvons améliorer significativement les méthodes de transcription polyphonique, de reconnaissance d'accords, de reconnaissance de la parole et de séparation de sources audio respectivement. L'application pratique de nos modèles à ces tâches est détaillée dans les quatre derniers articles présentés dans cette thèse. Dans le premier article, nous remplaçons la couche de sortie d'un RNN par des machines de Boltzmann restreintes conditionnelles pour décrire des distributions de sortie multimodales beaucoup plus riches. Dans le deuxième article, nous évaluons et proposons des méthodes avancées pour entraîner les RNN. Dans les quatre derniers articles, nous examinons différentes façons de combiner nos modèles symboliques à des réseaux profonds et à la factorisation matricielle non-négative, notamment par des produits d'experts, des architectures entrée/sortie et des cadres génératifs généralisant les modèles de Markov cachés. Nous proposons et analysons également des méthodes d'inférence efficaces pour ces modèles, telles la recherche vorace chronologique, la recherche en faisceau à haute dimension, la recherche en faisceau élagué et la descente de gradient. Finalement, nous abordons les questions de l'étiquette biaisée, du maître imposant, du lissage temporel, de la régularisation et du pré-entraînement.