Mitochondrial DNA sequence variation within the remnant populations of the endangered numbat (Marsupialia: Myrmecobiidae: Myrmecobius fasciatus).

The numbat has been reduced to two populations in Western Australia. To better understand the effects of range reduction on gene flow and genetic variation, and to address questions crucial for the species' management, we analysed mitochondrial DNA (mtDNA) sequences of free-ranging individuals and museum specimens. The results suggest recent connectivity between the remnant populations, although one of those may have lost significant amounts of genetic diversity during the recent population size reduction. We propose that for management purposes the remnant populations should be treated as a single historical lineage and that, subject to certain caveats, consideration should be given to population augmentation by translocation.

Systems biology of plants : from intraspecific genome variation to computational morphodynamics

Recently, the introduction of second generation sequencing and further advance-ments in confocal microscopy have enabled system-level studies for the functional characterization of genes. The degree of complexity intrinsic to these approaches needs the development of bioinformatics methodologies and computational models for extracting meaningful biological knowledge from the enormous amount of experi¬mental data which is continuously generated. This PhD thesis presents several novel bioinformatics methods and computational models to address specific biological questions in Plant Biology by using the plant Arabidopsis thaliana as a model system. First, a spatio-temporal qualitative analysis of quantitative transcript and protein profiles is applied to show the role of the BREVIS RADIX (BRX) protein in the auxin- cytokinin crosstalk for root meristem growth. Core of this PhD work is the functional characterization of the interplay between the BRX protein and the plant hormone auxin in the root meristem by using a computational model based on experimental evidence. Hyphotesis generated by the modelled to the discovery of a differential endocytosis pattern in the root meristem that splits the auxin transcriptional response via the plasma membrane to nucleus partitioning of BRX. This positional information system creates an auxin transcriptional pattern that deviates from the canonical auxin response and is necessary to sustain the expression of a subset of BRX-dependent auxin-responsive genes to drive root meristem growth. In the second part of this PhD thesis, we characterized the genome-wide impact of large scale deletions on four divergent Arabidopsis natural strains, through the integration of Ultra-High Throughput Sequencing data with data from genomic hybridizations on tiling arrays. Analysis of the identified deletions revealed a considerable portion of protein coding genes affected and supported a history of genomic rearrangements shaped by evolution. In the last part of the thesis, we showed that VIP3 gene in Arabidopsis has an evo-lutionary conserved role in the 3' to 5' mRNA degradation machinery, by applying a novel approach for the analysis of mRNA-Seq data from random-primed mRNA. Altogether, this PhD research contains major advancements in the study of natural genomic variation in plants and in the application of computational morphodynamics models for the functional characterization of biological pathways essential for the plant. - Récemment, l'introduction du séquençage de seconde génération et les avancées dans la microscopie confocale ont permis des études à l'échelle des différents systèmes cellulaires pour la caractérisation fonctionnelle de gènes. Le degrés de complexité intrinsèque à ces approches ont requis le développement de méthodologies bioinformatiques et de modèles mathématiques afin d'extraire de la masse de données expérimentale générée, des information biologiques significatives. Ce doctorat présente à la fois des méthodes bioinformatiques originales et des modèles mathématiques pour répondre à certaines questions spécifiques de Biologie Végétale en utilisant la plante Arabidopsis thaliana comme modèle. Premièrement, une analyse qualitative spatio-temporelle de profiles quantitatifs de transcripts et de protéines est utilisée pour montrer le rôle de la protéine BREVIS RADIX (BRX) dans le dialogue entre l'auxine et les cytokinines, des phytohormones, dans la croissance du méristème racinaire. Le noyau de ce travail de thèse est la caractérisation fonctionnelle de l'interaction entre la protéine BRX et la phytohormone auxine dans le méristème de la racine en utilisant des modèles informatiques basés sur des preuves expérimentales. Les hypothèses produites par le modèle ont mené à la découverte d'un schéma différentiel d'endocytose dans le méristème racinaire qui divise la réponse transcriptionnelle à l'auxine par le partitionnement de BRX de la membrane plasmique au noyau de la cellule. Cette information positionnelle crée une réponse transcriptionnelle à l'auxine qui dévie de la réponse canonique à l'auxine et est nécessaire pour soutenir l'expression d'un sous ensemble de gènes répondant à l'auxine et dépendant de BRX pour conduire la croissance du méristème. Dans la seconde partie de cette thèse de doctorat, nous avons caractérisé l'impact sur l'ensemble du génome des délétions à grande échelle sur quatre souches divergentes naturelles d'Arabidopsis, à travers l'intégration du séquençage à ultra-haut-débit avec l'hybridation génomique sur puces ADN. L'analyse des délétions identifiées a révélé qu'une proportion considérable de gènes codant était affectée, supportant l'idée d'un historique de réarrangement génomique modelé durant l'évolution. Dans la dernière partie de cette thèse, nous avons montré que le gène VÏP3 dans Arabidopsis a conservé un rôle évolutif dans la machinerie de dégradation des ARNm dans le sens 3' à 5', en appliquant une nouvelle approche pour l'analyse des données de séquençage d'ARNm issue de transcripts amplifiés aléatoirement. Dans son ensemble, cette recherche de doctorat contient des avancées majeures dans l'étude des variations génomiques naturelles des plantes et dans l'application de modèles morphodynamiques informatiques pour la caractérisation de réseaux biologiques essentiels à la plante. - Le développement des plantes est écrit dans leurs codes génétiques. Pour comprendre comment les plantes sont capables de s'adapter aux changements environnementaux, il est essentiel d'étudier comment leurs gènes gouvernent leur formation. Plus nous essayons de comprendre le fonctionnement d'une plante, plus nous réalisons la complexité des mécanismes biologiques, à tel point que l'utilisation d'outils et de modèles mathématiques devient indispensable. Dans ce travail, avec l'utilisation de la plante modèle Arabidopsis thalicinci nous avons résolu des problèmes biologiques spécifiques à travers le développement et l'application de méthodes informatiques concrètes. Dans un premier temps, nous avons investigué comment le gène BREVIS RADIX (BRX) régule le développement de la racine en contrôlant la réponse à deux hormones : l'auxine et la cytokinine. Nous avons employé une analyse statistique sur des mesures quantitatives de transcripts et de produits de gènes afin de démontrer que BRX joue un rôle antagonisant dans le dialogue entre ces deux hormones. Lorsque ce-dialogue moléculaire est perturbé, la racine primaire voit sa longueur dramatiquement réduite. Pour comprendre comment BRX répond à l'auxine, nous avons développé un modèle informatique basé sur des résultats expérimentaux. Les simulations successives ont mené à la découverte d'un signal positionnel qui contrôle la réponse de la racine à l'auxine par la régulation du mouvement intracellulaire de BRX. Dans la seconde partie de cette thèse, nous avons analysé le génome entier de quatre souches naturelles d'Arabidopsis et nous avons trouvé qu'une grande partie de leurs gènes étaient manquant par rapport à la souche de référence. Ce résultat indique que l'historique des modifications génomiques conduites par l'évolution détermine une disponibilité différentielle des gènes fonctionnels dans ces plantes. Dans la dernière partie de ce travail, nous avons analysé les données du transcriptome de la plante où le gène VIP3 était non fonctionnel. Ceci nous a permis de découvrir le rôle double de VIP3 dans la régulation de l'initiation de la transcription et dans la dégradation des transcripts. Ce rôle double n'avait jusqu'alors été démontrée que chez l'homme. Ce travail de doctorat supporte le développement et l'application de méthodologies informatiques comme outils inestimables pour résoudre la complexité des problèmes biologiques dans la recherche végétale. L'intégration de la biologie végétale et l'informatique est devenue de plus en plus importante pour l'avancée de nos connaissances sur le fonctionnement et le développement des plantes.

Annual variation in the biochemical composition of newly hatched larvae of Maja brachydactyla in captivity

Quality of newly hatched larvae (NHL) of Maja brachydactyla in captivity has been characterized throughout the year to evaluate their availability for mass production. Spawning took place every month and NHL were collected and analyzed to estimate individual dry weight (DW) and proximate biochemical composition (protein, carbohydrate and lipids). Lipid class, fatty acid composition, amino acid profile, mineral and vitamins A, E and C contents were analyzed seasonally. NHL obtained throughout the year are a potential source for aquaculture purposes, since the increment in the relative protein and lipid (especially phospholipids and n-3 PUFA) content might compensate the decrease in DW of larvae hatched from broodstock kept during one year in captivity. However, the decrease in vitamins A and E as well as in certain essential amino acids (Lys, Val, and His) and trace elements (Cu and Fe) of NHL at the end of the year might be indicative of a nutritional deficiency in broodstock diets.

Da Bisanzio alla Santa Russia : Nikodim Kondakov (1844-1925) e la nascita della storia dell'arte in Russia : con la traduzione del primo volume dell' "Ikonografija Bogomateri"

Da Bisanzio alla Santa Russia Résumé Ivan Foletti Le texte du premier volume de YIkonografija Bogomatri (Iconographie de la mère de Dieu), publié en 1914 à Saint Pétersbourg par Nikodim Kondakov et traduit dans le cadre de ce travail, soulève chez le lecteur contemporain de nombreuses questions quant au développement des études byzantines, entre la fin du XIXe et le début du XXe siècle. Il s'agit, avant tout, de comprendre les enjeux fondamentaux de la naissance de cette discipline, dans le cadre de l'Europe romantique et plus particulièrement de son acculturation à la réalité russe. En se concentrant sur le personnage de Nikodim Kondakov, considéré par ses contemporains comme le patriarche des études byzantines, ce travail propose d'articuler la réflexion autour de deux axes principaux. Il s'agit d'une part de la relation entre histoire de l'art et société : dans le contexte russe et plus largement dans celui de l'Europe, la recherche semble se développer en étroite relation avec les tendances politiques et sociales de ces années. C'est probablement la raison du choix pour Nikodim Kondakov de se dédier aux études de Byzance, dans les années où la Russie prépare sa guerre contre la Turquie (1877-1878), tandis que l'opinion publique est martelée avec un revival de l'ancienne idéologie de Moscou comme « troisième Rome » et héritière de Byzance. Un autre aspect significatif est la décision de ce même chercheur d'étudier les antiquités russes sous le règne de Alexandre III, le tzar « contre-réformateur », quand la Russie se replie sur elle même autour de trois mots d'ordre: Orthodoxie, autocratie, et nationalité. D'autre part, la réception de Kondakov en Occident, semble aussi dépendre de questions politiques. Son accueil très favorable en France et en Angleterre contraste avec une perception bien plus négative en Autriche et en Allemagne ; il s'agit là d'une position en étonnante harmonie avec les traités politiques - l'alliance franco-russe de 1891 et la triple entente de 1911 qui opposent les pays membres aux empires centraux. Le deuxième axe considéré est celui d'une analyse systématique de la naissance des études sur les images cultuelles russes, les icônes. Les pages dédiées à ce phénomène dans Γ Ikonograflja Bogomatri, mais également dans les autres ouvrages de Kondakov, posent clairement la question des raisons nationalistes et populistes de la redécouverte, autour de 1900, en Russie et en Europe de cette expression visuelle. Conclusion logique de la tradition historiographique du XIXe siècle - qui s'est préoccupé des icônes perçues comme documents historiques - cette nouvelle vague d'intérêt pose la question de l'icône commé"oeuvre d'art. C'est autour de ce débat, alimenté également par l'apparition des avant-gardes, que se situent les plus importants savants russes de ces années en opposant deux manières radicalement différentes de percevoir l'art : à l'approche positiviste s'oppose celle d'un renouveau d'Hegel. Ce débat sera brusquement interrompu par la révolution, suivie par les années staliniennes qui vont définitivement « discerner » laquelle des deux méthodes et approches est la « juste », en congelant de fait, pour des décennies, toute possibilité de discussion. Cette thèse souhaiterait donc ouvrir en Occident un débat pour l'instant marginal dans les études : celui de la naissance d'une histoire de l'art moderne en Russie, mais également de l'émergence d'une nouvelle Europe savante autour de 1900 où l'histoire de l'art byzantin s'affirme comme un domaine émergent.

Preliminary estimates and forecasts of the population prevalence of self reported of hypertension, of ischaemic heart disease and stroke in the Republic of Ireland from 2005 - 2015

Ireland and Northern Ireland’s Population Health Observatory (INIsPHO) recently published estimates of the population prevalence of diabetes in 2005 and forecasts to 2010 and 2015 for the island of Ireland, at the national and sub-national levels. These estimates are based the PBS Model developed by York and Humber Public Health Observatory (YHPHO), Brent NHS Trust and the School of Health and Related Research (ScHARR).The Department of Health and Children (DoHC) has requested additional estimates and forecasts for hypertension.This paper outlines the results from preliminary work from the initial steps towards a more systematic approach to monitoring the prevalence of other chronic diseases on the island.

Mitochondrial DNA variation of Triatoma infestans populations and its implication on the specific status of T. melanosoma

DNA sequence comparison of 412 base-pairs fragments of the mitochondrial cytochrome B gene was used to infer the genetic structure of nine geographical Triatoma infestans populations and their phylogenetic relationship with T. melanosoma and T. brasiliensis. T. infestans and T. melanosoma were compared by morphometry, allozyme and cytogenetic analyses, as well as subjected to reciprocal crosses, in order to clarify the taxonomic status of the latter. No differences were found to distinguish the two species and the crosses between them yielded progeny. T. infestans populations presented four haplotypes that could be separated in two clusters: one formed by the samples from Bolivia (Andes and Chaco) and the other formed by samples from Argentina and Brazil. Silvatic and domestic T. infestans populations from Bolivia (Andes) were genetically identical.

Prevalence of chronic conditions – Stroke

IPH has estimated and forecast clinical diagnosis rates of stroke among adults for the years 2010, 2015 and 2020. In the Republic of Ireland, the data are based on the Survey of Lifestyle, Attitudes and Nutrition (SLÁN) 2007. The data describe the number of adults who report that they have experienced doctor-diagnosed stroke in the previous 12 months. Data are available by age and sex for each Local Health Office of the Health Service Executive (HSE) in the Republic of Ireland. In Northern Ireland, the data are based on the Health and Social Wellbeing Survey 2005/06. The data describe the number of adults who report that they have experienced doctor-diagnosed stroke at any time in the past. Data are available by age and sex for each Local Government District in Northern Ireland. Clinical diagnosis rates in the Republic of Ireland relate to the previous 12 months and are not directly comparable with clinical diagnosis rates in Northern Ireland which relate to anytime in the past. The IPH estimated prevalence per cents may be marginally different to estimated prevalence per cents taken directly from the reference study. There are two reasons for this: 1) The IPH prevalence estimates relate to 2010 while the reference studies relate to earlier years (Northern Ireland Health and Social Wellbeing Survey 2005/06, Survey of Lifestyle, Attitudes and Nutrition 2007, Understanding Society 2009). Although we assume that the risk of the condition in the risk groups do not change over time, the distribution of the number of people in the risk groups in the population changes over time (eg the population ages).  This new distribution of the risk groups in the population means that the risk of the condition is weighted differently to the reference study and this results in a different overall prevalence estimate. 2) The IPH prevalence estimates are based on a statistical model of the reference study. The model includes a number of explanatory variables to predict the risk of the condition. Therefore the model does not include records from the reference study that are missing data on these explanatory variables. A prevalence estimate for a condition taken directly from the reference study would include these records.

Making Chronic Conditions Count: 4. Stroke

Chronic conditions are responsible for a significant proportion of early deaths. They reduce quality of life in many of the adults living with them, represent substantial financial costs to patients and the health and social care system, and cause a significant loss of productivity to the economy. This report contains estimates and forecasts of the population prevalence of stroke, and it shows how it varies across the island and what change is expected between 2007, 2015 and 2020.

Free-breathing inner-volume black-blood imaging of the human heart using two-dimensionally selective local excitation at 3 T.

Black-blood fast spin-echo imaging is a powerful technique for the evaluation of cardiac anatomy. To avoid fold-over artifacts, using a sufficiently large field of view in phase-encoding direction is mandatory. The related oversampling affects scanning time and respiratory chest motion artifacts are commonly observed. The excitation of a volume that exclusively includes the heart without its surrounding structures may help to improve scan efficiency and minimize motion artifacts. Therefore, and by building on previously reported inner-volume approach, the combination of a black-blood fast spin-echo sequence with a two-dimensionally selective radiofrequency pulse is proposed for selective "local excitation" small field of view imaging of the heart. This local excitation technique has been developed, implemented, and tested in phantoms and in vivo. With this method, small field of view imaging of a user-specified region in the human thorax is feasible, scanning becomes more time efficient, motion artifacts can be minimized, and additional flexibility in the choice of imaging parameters can be exploited.

Stroke Briefing

The Chronic Conditions Hub is a website that brings together information on chronic health conditions. It allows you to easily access, manage and share relevant information resources. The Chronic Conditions Hub includes the Institute of Public Health in Ireland’s (IPH) estimates and forecasts of the number of people living with chronic conditions. On the Chronic Conditions Hub you will find: - A Briefing for each condition - Detailed technical documentation - Detailed national and sub-national data that can be downloaded or explored using online data tools - A prevalence tool that allows you to calculate prevalence figures for your population data A stroke happens when blood flow to a part of the brain is interrupted by a blocked or burst blood vessel. A lack of blood supply can damage brain cells and affect body functions. IPH has systematically estimated and forecast the prevalence of stroke on the island of Ireland.   Epidemiology Age, family history, diabetes, high blood pressure, high cholesterol, smoking, unhealthy diet, physical inactivity and alcohol are the main risk factors for stroke. The World Health Organization estimates that stroke and cerebrovascular disease is responsible for 10% of all world deaths and is the second most common cause of death worldwide. Cerebrovascular diseases (ICD 10 codes I60-I69) were responsible for 7.2% of all deaths in the Republic of Ireland in 2009 and for 8.6% of all deaths in Northern Ireland in 2010.

Stroke Briefing: Technical Documentation

A stroke happens when blood flow to a part of the brain is interrupted by a blocked or burst blood vessel. A lack of blood supply can damage brain cells and affect body functions. IPH has systematically estimated and forecast the prevalence of stroke on the island of Ireland. This document details the methods used to calculate these estimates and forecasts. Technical documentation      

Variation in cuticular hydrocarbons among strains of the Anopheles gambiae sensu stricto by analysis of cuticular hydrocarbons using gas liquid chromatography of larvae

Cuticular hydrocarbons of larvae of individual strains of the Anopheles gambiae sensu stricto were investigated using gas liquid chromatography. Biomedical discriminant analysis involving multivariate statistics suggests that there was clear hydrocarbon difference between the Gambian(G3), the Nigerian (16CSS and, its malathion resistant substrain, REFMA) and the Tanzanian (KWA) strains. The high degree of segregation (95%) in hydrocarbons among the four strains investigated indicates that further analysis is needed to enable understanding of hydrocarbon variation in samples of An. gambiae especially from areas where these populations co-exist.