Whole Genome Analysis of Pinkeye Scores in Angus Cattle

Infectious Bovine Keratoconjunctivitis (IBK), known as pinkeye, is a common infectious disease affecting the eyes of cattle. It is characterized by excessive tearing, inflammation of the conjunctiva, and ulceration of the cornea. Although pinkeye is non-fatal, it has a marked economic impact on the cattle industry, due to the decreased performance of infected individuals. Genetic effects on the susceptibility of IBK have been studied and Hereford, Jersey, and Holstein breeds were found to be more susceptible to IBK than Bos Indicus breeds. The objectives of our study were: 1) to estimate genetic parameters of IBK scored in different categories by using genomic threshold model, and 2) to detect markers in linkage disequilibrium with quantitative tract loci (QTL) associated with IBK.

Selección y estimación de parámetros genéticos en bovinos lecheros

La estimación de parámetros genéticos en bovinos lecheros requiere ajustar modelos estadísticos para datos longitudinales (modelos de regresión aleatoria y/o medidas repetidas). Es esencial en regresión aleatoria determinar el orden correcto de los polinomios que describen los coeficientes aleatorios en el tiempo. Tradicionalmente, esta tarea se desarrolló empleando criterios de selección como AIC o BIC, que no siempre logran dilucidar claramente el modelo apropiado. Esta tesis introduce el criterio PAL para la selección del orden del polinomio en modelos de regresión aleatoria, empleando una penalización adaptativa de la función de verosimilitud. Comparativamente, PAL presentó un desempeño superior a AIC y BIC, y su aplicación a datos de producción produjo un modelo parsimonioso, con buena bondad de ajuste y habilidad de predicción. Se abordó además el problema de estimar parámetros genéticos bajo un modelo de medidas repetidas para caracteres que muestran distribución asimétrica. Para evitar desvíos del supuesto de normalidad de los errores, se presentó un modelo alternativo basado en asumir una distribución Normal asimétrica. Se implementó un enfoque bayesiano con muestreo de Gibbs en datos de intervalos entre partos. Incluyendo un parámetro adicional, se obtuvieron estimaciones más precisas de los parámetros genéticos. Estos desarrollos metodológicos estuvieron motivados por los desafíos que enfrenta actualmente el programa de mejoramiento genético de la raza Holstein en Colombia. Entre ellos, figura también el impacto de introducir toros extranjeros provenientes del programa de selección genómica norteamericana. En este marco, se estimó el progreso genético esperado en la población comercial colombiana. Los cálculos reflejaron que utilizar toros genómicos jóvenes se traducirá en una respuesta genética acelerada y en una disminución de la diferencia genética entre el hato comercial y el núcleo del cual provienen.

Pollen and macroremains from profiles from site Osterholz and Elm

The biostratigraphic classification of the Pleistocene in north-western and central Europe is still insufficiently known, in spite of numerous geological and vegetation-history investigations. The question is not even clear, for example, how often a warm-period vegetation with thermophilous trees such as Quercus, Ulmus, Tilia, Carpinus etc could develop here. In past years, on the basis of several geological and vegetation-history findings, suspicion has often been expressed that some of the classical stages of the Pleistocene could include more warm periods than heretofore assumed, and as a result of recent investigations the period between the Waal and Holstein interglacials seems to include at least two warm periods, of which the Cromer is one. This paper contributes to this problem. The interglacial sediments coming from the Elm-Mountains near Brunswick and from the Osterholz near Elze - both within the limits of the German Mittelgebirge - were investigated by pollen analysis. In both cases a Pinus-Betula zone and a QM zone were found. The vegetation development of the Pinus-Betula zone is characterized in both sequences by the early appearance of Picea. Because of strong local influence at the Osterholz a detailed correlation is difficult. However, vegetation development at the time of the QM zone at both sites was similar; it is especially characterized by the facts that Ulmus clearly migrated to the site earlier than Quercus and was very abundant throughout this time. Furthermore, both diagrams show very low amounts of Corylus. The interglacial of the Osterholz shows in addition to the above; a Carpinus-QM-Picea-zone in which Eucommia reaches a relative high value and in the upper of which Azolla filiculoides was also found. The similarity of vegetation development justifies acceptance of the same age for the occurrences. A comparison of the vegetation development at the Elm and the Osterholz with those of the Eem, Holstein, Waal, and Tegelen warm periods as well as with all the Cromer sites so far investigated shows that only a correlation with the Cromer Complex is possible. This correlation is supported by the geologic relations in the Osterholz (the deposit is overlain by Elster till). Therefore the till-like material with Scandinavian rock fragments underlying the deposit at Elm is of particular interest. The 'Rhume' interglacial beds at Bilshausen, only 60 km south of Osterholz, is also assigned to the Cromer complex, but the two deposits cannot be of the same age because the vegetation development differs. Therefore the Cromer complex must include at least two warm periods. Further conclusions about the relative stratigraphic position of these two occurrences and correlations of other Cromer sites are at this time not possible, however.

Geochemistry of rivers in norther Germany

In den Jahren 1973 bis 1978 erfolgten umfangreiche mikrobiologische-ökologische Untersuchungen in der Elbe und in einigen kleineren Flüssen Schleswig-Holsteins sowie im Nordostseekanal. In diesem Zusammenhang wurden verschiedene bateriologische und eine Reihe von hydrographisch-chemischen Parametern bestimmt. Die Daten geben Auskunft über den bakteriologischen Zustand der Gewässer in Abhängigkeit von Schwankungen der wichtigsten hydrographischen Faktoren insbsosondere der Temperatur und Wasserführung. Weiter ermöglichen sie Aussagen über die Abwasserbelastung der untersuchten Flüsse.

Two pollen profiles of the middle Pleistocene at Samerberg/Upper Bavaria, Germany

Previous pollen analytical studies on sediments from the pleistocene lake basin at Samerberg, situated on the northern edge of the Bavarian Alps (47°45' N, 12°12' E, 607 m a.s.l.) had been performed on samples taken from cores and exposures close to the southern shore of the former lake. After geoelectric and refraction-seismic measurements had shown that the lake basin had been much deeper in its northern part, another core was taken where maximum depth could be expected. The corer penetrated three moraines, two of them lying above pollen-bearing sediments, and one below them, and reached the hard rock (Kössener Kalk) at a depth of 93 m. Two forest phases could be identified by pollen analysis. The pollen record begins abruptly in a forest phase at the end of a spruce-dominated period when fir started to spread (DA 1, DA = pollen zone). Following this, Abies (fir) was the main tree species at Samerberg, Picea being second, and deciduous trees were almost non-existent. First box (Buxus) was of major importance in the fir forests (DA 2), but later on beech (Fagus) and wing-nut (Pterocarya) spread (DA 3). Finally this forest gave way to a spruce forest with pine (DA 4). The beginning and the end of this interglacial cycle are not recorded. Its vegetational development is different from the eemian one known from earlier studies at Samerberg. It is characterized by the occurrence of Abies together with Buxus, Pterocarya and Fagus. A similar association of woody species is known only from the Holsteinian age deposits in an area ranging from England to Poland, though at no other place these species were such important constituents of the vegetation as at Samerberg. Therefore zone 1 to 4 are attributed to the Holsteinian interglacial period. The younger forest phase, separated from the interglacial by a stadial with open vegetation (DA 5), seems to be completely represented, though its sediments are disturbed, apparently by sliding which caused repetition of same-age-sediments in the core (DA 7a, b, c) The vegetational development is simple. A juniper phase (DA 6) was followed by reforestation with spruce, accompanied by some fir (DA 7, 9). Finally pine became the dominant species (DA 9). The simple vegetational development of this younger forest phase does not allow a safe correlation with one of the known pre-eemian interstadials, but for stratigraphical reasons it can be related best to the Dömnitz-interglacial, which among others is also known as Wacken- or Holstein-II-interglacial. Possibly another phase of reforestation is indicated at the end of the following stadial (DA 10). But due to an erosional unconformity nothing than the rise of the juniper curve can be stated. It was only after this sequence of forest phases and periods with open vegetation that glaciers reached the Samerberg area again.

Oxygen and silica flux from 9 multicorer profiles

Pore water profiles from 24 stations in the South Atlantic (located in the Guinea, Angola, Cape, Guyana, and Argentine basins) show good correlations of oxygen and silicon, suggesting microbially mediated dissolution of biogenic silica. We used simple analytical transport and reaction models to show the tight coupling of the reconstructed process kinetics of aerobic respiration and silicon regeneration. A generic transport and reaction model successfully reproduced the majority of Si pore water profiles from aerobic respiration rates, confirming that the dissolution of biogenic silica (BSi) occurs proportionally to O2 consumption. Possibly limited to well-oxygenated sediments poor in BSi, benthic Si fluxes can be inferred from O2 uptake with satisfactory accuracy. Compared to aerobic respiration kinetics, the solubility of BSi emerged as a less influential parameter for silicon regeneration. Understanding the role of bacteria for silicon regeneration requires further investigations, some of which are outlined. The proposed aerobic respiration control of benthic silicon cycling is suitable for benthic-pelagic models. The empirical relation of BSi dissolution to aerobic respiration can be used for regionalization assessments and estimates of the silicon budget to increase the understanding of global primary and export production patterns.

Recent progress in research on tungsten materials for nuclear fusion applications in Europe

The current magnetic confinement nuclear fusion power reactor concepts going beyond ITER are based on assumptions about the availability of materials with extreme mechanical, heat, and neutron load capacity. In Europe, the development of such structural and armour materials together with the necessary production, machining, and fabrication technologies is pursued within the EFDA long-term fusion materials programme. This paper reviews the progress of work within the programme in the area of tungsten and tungsten alloys. Results, conclusions, and future projections are summarized for each of the programme´s main subtopics, which are: (1) fabrication, (2) structural W materials, (3) W armour materials, and (4) materials science and modelling. It gives a detailed overview of the latest results on materials research, fabrication processes, joining options, high heat flux testing, plasticity studies, modelling, and validation experiments.

Intermolecular and Intramolecular Charge Transfer in Functional Molecular Materials

This thesis is devoted to the investigation of inter and intramolecular charge transfer (CT) in molecular functional materials and specifically organic dyes and CT crystals. An integrated approach encompassing quantum-chemical calculations, semiempirical tools, theoretical models and spectroscopic measurements is applied to understand structure-property relationships governing the low-energy physics of these materials. Four main topics were addressed: 1) Spectral properties of organic dyes. Charge-transfer dyes are constituted by electron donor (D) and electron acceptor (A) units linked through bridge(s) to form molecules with different symmetry and dimensionality. Their low-energy physics is governed by the charge resonance between D and A groups and is effectively described by a family of parametric Hamiltonians known as essential-state models. These models account for few electronic states, corresponding to the main resonance structures of the relevant dye, leading to a simple picture that is completed introducing the coupling of the electronic system to molecular vibrations, treated in a non-adiabatic way, and an effective classical coordinate, describing polar solvation. In this work a specific essential-state model was proposed and parametrized for the dye Brilliant Green. The central issue in this work has been the definition of the diabatic states, a not trivial task for a multi-branched chromophore. In a second effort, we have used essential-state models for the description of the early-stage dynamics of excited states after ultrafast excitation. Crucial to this work is the fully non-adiabatic treatment of the coupled electronic and vibrational motion, allowing for a reliable description of the dynamics of systems showing a multistable, broken-symmetry excited state. 2) Mixed-stack CT salts. Mixed-stack (MS) CT crystals are an interesting class of multifunctional molecular materials, where D and A molecules arrange themselves to form stacks, leading to delocalized electrons in one dimension. The interplay between the intermolecular CT, electrostatic interactions, lattice phonons and molecular vibrations leads to intriguing physical properties that include (photoinduced) phase transitions, multistability, antiferromagnetism, ferroelectricity and potential multiferroicity. The standard microscopic model to describe this family of materials is the Modified Hubbard model accounting for electron-phonon coupling (Peierls coupling), electron-molecular vibrations coupling (Holstein coupling) and electrostatic interactions. We adopt and validate a method, based on DFT calculations on dimeric DA structures, to extract relevant model parameters. The approach offers a powerful tool to shed light on the complex physics of MS-CT salts. 3) Charge transfer in organic radical dipolar dyes. In collaboration with the group of Prof. Jaume Veciana (ICMAB- Barcellona), we have studied spectral properties of a special class of CT dyes with D-bridge-A structure where the acceptor group is a stable radical (of the perchlorotriphenylmethyl, PTM, family), leading to an open-shell CT dyes. These materials are of interest since they associate the electronic and optical properties of CT dyes with magnetic properties from the unpaired electron. The first effort was devoted to the parametrization of the relevant essential-state model. Two strategies were adopted, one based on the calculation of the low-energy spectral properties, the other based on the variation of ground state properties with an applied electric field. 4) The spectral properties of organic nanoparticles based on radical species are investigated in collaboration with Dr. I. Ratera (ICMAB- Barcellona). Intriguing spectroscopic behavior was observed pointing to the presence of excimer states. In an attempt to rationalize these findings, extensive calculations (TD-DFT and ZINDO) were performed. The results for the isolated dyes are validated against experimental spectra in solution. To address intermolecular interactions we studied dimeric structures in the gas phase, but the preliminary results obtained do not support excimer formation.

Efeito da suplementação com óleo de canola sobre a qualidade da manteiga e muçarela

A sociedade está cada vez mais exigente com relação à qualidade dos produtos consumidos e se preocupa com os benefícios para a saúde. Neste contexto, objetivou-se avaliar o efeito da inclusão de níveis de óleo de canola na dieta de vacas sobre amanteiga e muçarela, buscando produtos mais saudáveis para o consumo humano. Foram utilizadas 18 vacas Holandesas, em estágio intermediário de lactação, com produção média de 22 (± 4) Kg de leite/ dia, as quais foram distribuídas em dois quadrados latinos 3x3 contemporâneos e receberam as dietas experimentais: T1- Controle (0% de inclusão de óleo); T2- 3% de inclusão de óleo de canola e T3- 6% de inclusão de óleo de canola. O perfil lipídico foi determinado através de cromatografia gasosa, além da avaliação de qualidade nutricional, realizada através de equações utilizando os ácidos graxos obtidos no perfil lipídico, análises físico-químicas determinadas pela metodologia do Instituto Adolfo Lutz e análises microbiológicas. Houveram problemas durante processamento do leite, gerando alterações de tecnologia de fabricação do produto manteiga, obtendo-se outro produto, o creme de leite, ao invés de manteiga, além de prejuízos na qualidade microbiológicas do creme de leite e muçarela. A inclusão de óleo de canola na dieta em lactação reduziu quadraticamente os ácidos graxos de cadeia curta e proporcionou aumento quadrático dos ácidos graxos de cadeia longa, dos ácidos graxos insaturados e ácidos graxos monoinsaturados na muçarela. A relação ácidos graxos saturados/ ácidos graxos insaturados (AGS/ AGI) e a relação ômega-6/ômega-3, assim como os índices de aterogenicidade e trombogenicidade, na muçarela, reduziram linearmente 25,68%, 31,35%; 32,12% e 21,78%, respectivamente, quando comparando T1 e T3. No creme de leite, houve redução linear dos ácidos graxos de cadeia curta e média, bem como, os ácidos graxos saturados e a relação ácidos graxos saturados/ ácidos graxos insaturados (AGS/ AGI) em 41,07%; 23,82%; 15,91% e 35,59%, respectivamente, enquanto os ácidos graxos de cadeia longa, ácidos graxos insaturados e ácidos graxos monoinsaturados aumentaram linearmente 41,40%; 28,24% e 32,07%, nesta ordem, quando comparando T1 com T3. Os índices de aterogenicidade e trombogenicidade reduziram de forma linear, enquanto o índice h/H (razão ácidos graxos hipocolesterolêmicos e hipercolesterolêmicos) aumentou linearmente. A composição físico-química de ambos derivados e o rendimento da muçarela não apresentaram efeito significativo com a inclusão do óleo de canola, exceto a proteína bruta da muçarela que apresentou aumento linear e a gordura do creme de leite que apresentou efeito quadrático. As análises microbiológicas mostram contagens muito elevadas de microrganismos, sugerindo que os produtos não apresentam qualidade microbiológica, decorrente da ausência do processo de pasteurização do creme e da baixa eficiência do tratamento térmico aplicado ao leite destinado a produção da muçarela. Conclui-se que a adição de óleo de canola na dieta de vacas lactantes proporciona muçarela e creme de leite mais saudáveis para o consumo humano, pois apresentaram perfil lipídico mais rico em ácidos graxos insaturados, além da série ômega-3 e ácido oleico, entretanto, devido a problemas de processamento, estes produtos obtidos, não estão aptos ao consumo devido à ausência de qualidade microbiológica.

Enzima fibrolítica exógena na alimentação de vacas em lactação

Objetivou-se avaliar a utilização de doses crescentes de enzima fibrolítica exógena na alimentação de vacas leiteiras e seus efeitos sobre o consumo e digestibilidade aparente total da matéria seca e nutrientes, cinética ruminal, fermentação e síntese de proteína microbiana ruminal, produção e composição do leite, perfil metabólico e balanço de energia e nitrogênio. Foram utilizadas 24 vacas da raça Holandesa, multíparas, em delineamento Quadrado Latino 4x4, com 646,75 ± 77,54 kg de peso corporal, 3,02 ± 0,56 de escore de condição corporal, com 176 ± 82,27 dias em lactação e produção de leite de 33,72 ± 7,63 kg/dia, no início do estudo. Os animais foram distribuídos aleatoriamente para receber os seguintes tratamentos: 1) Controle (0), composta por dieta basal sem a inclusão de enzima fibrolítica; 2) com inclusão de 8 g/vaca/dia de enzima fibrolítica; 3) com inclusão de 16 g/vaca/dia da enzima fibrolítica; 4) com inclusão de 24 g/vaca/dia da enzima fibrolítica (Fibrozyme® - Alltech Inc., Nicholasville, KY). A utilização de enzima fibrolítica nas dietas resultou em aumento linear no consumo de matéria seca, matéria orgânica e da fibra em detergente neutro. Foi detectado aumento linear no consumo de partículas longas com a suplementação de enzima. Houve efeito quadrático na ruminação e na atividade mastigatória. O aumento no consumo de matéria seca refletiu no aumento linear de consumo de energia líquida e no balanço de energia líquida. Houve efeito quadrático na concentração de N-NH3 ruminal e aumento linear na quantidade de ácido acético, propiônico e butírico com o aumento da dose de enzima suplementada. Houve efeito quadrático na síntese de proteína microbiana com a inclusão de enzima fibrolítica. Não foram observadas diferenças na produção de leite e na produção de seus componentes, entretanto houve aumento linear no ganho de peso corporal com utilização de enzima fibrolítica. Houve efeito quadrático positivo na excreção via urina e efeito quadrático negativo no balanço de nitrogênio mostrando maior retenção de nitrogênio com a suplementação intermediária de enzimas fibrolíticas. Conclui-se que a enzima fibrolítica exógena é efetiva em aumentar o consumo de matéria seca e FDN e também melhorar a eficiência fermentativa de vacas leiteiras melhorando o balanço energético, entretanto não foi efetiva em aumentar a produção de leite de vacas da raça holandesa no terço médio da lactação

Avaliação comparativa da suplementação de ácidos graxos saturados e insaturados sobre o desempenho produtivo, qualidade oocitária e embrionária, e metabolismo de vacas leiteiras no período de transição e início de lactação

Objetivou-se avaliar a suplementação dietética de ácidos graxos saturados e insaturados sobre o metabolismo, e desempenhos produtivo e reprodutivo no período de transição e início de lactação de vacas leiteiras. Foram utilizadas 36 vacas da raça holandesa distribuídas aleatoriamente para receber uma das três dietas experimentais. No período pré-parto as dietas foram: Controle (CON), sem adição de gordura e 2,8% de extrato etéreo baseado na matéria seca; Gordura Saturada (SAT), com inclusão de 2,4% de MAGNAPAC® (Tectron Ltda.) com 4,7% de EE baseado na MS; Gordura Insaturada (INS), com inclusão de 11% de grão de Soja, com 4,7% de EE baseado na MS. No período pós-parto, Controle (CON), sem adição de gordura e com 2,8% de EE baseado na MS; Gordura Saturada (SAT), com inclusão de 2,6% de MAGNAPAC® (Tectron Ltda.) com 5,0% de EE baseado na MS; Gordura Insaturada (INS), com inclusão de 13% de Grão de Soja, com 5% de EE baseado na MS. As dietas foram fornecidas 35 dias da data prevista do parto até 90 dias de lactação. No período pré-parto foi utilizada silagem de milho como volumoso, em uma relação volumoso:concentrado de 70:30, enquanto que no período pós-parto foram utilizados 5% de feno de tifton e 45% de silagem de milho como fontes de volumoso, com uma relação entre volumoso:concentrado de 50:50. A produção de leite foi mensurada diariamente durante todo o período experimental. As amostras utilizadas para análise da composição e o perfil de ácidos graxos do leite foram coletadas semanalmente, sendo provenientes das duas ordenhas diárias. As amostras de sangue para análise dos metabólitos sanguíneos foram coletadas semanalmente. Do dia 14 ao dia 90 pós-parto foi realizado avaliação da dinâmica folicular por ultrassonografia. Nos dias 30, 60 e 90 foram realizadas aspirações foliculares, com posterior fertilização in vitro dos oócitos. Todas as variáveis mensuradas foram avaliadas pelo procedimento PROC MIXED do SAS (2004) utilizando-se os seguintes contrastes ortogonais: Controle vs Fontes de Lipídeo (C1); Fonte de ácidos graxos saturados x Fonte de ácidos graxos insaturados (C2). Foi utilizado nível de 5% de significância. No período pós-parto, a suplementação de lipídeos aumentou as concentrações de AGNE quando comparada a dieta CON. O tratamento INS reduziu as concentrações de proteínas totais e de BHB quando comparado ao SAT. Houve interação entre tempo e dieta paras as variáveis colesterol total, LDL e BHB. Houve redução da produção de leite corrigida para 3,5% de gordura, na produção total de gordura e de proteína, e no teor de gordura do leite quando comparado o tratamento INS com o SAT. A suplementação de lipídeo reduziu as concentrações do somatório dos ácidos graxos saturados (Σ A.G. Saturados), dos ácidos graxos com menos de 16 carbonos (>C16), e da relação entre ácidos graxos saturados com insaturados (Σ SFA/(MUFA+PUFA)); e aumentou as concentrações de ácidos graxos acima de 16 carbonos (>C16), de ácidos graxos insaturados com 18 carbonos, da somatória dos ácidos graxos insaturados e dos ácidos graxos poli-insaturados (Σ A.G. Poli-insaturados). O tratamento INS aumentou a concentração de ácidos graxos poli-insaturados totais (Σ A.G. poli-insaturados), e reduziu o total de ácidos graxos de 16 carbonos (C16) em relação ao tratamento SAT. Houve redução no número de folículos classe 1, e folículos totais (NC1 e NTFol) com suplementação de lipídeo. O tratamento SAT aumentou o número de folículos classe 5 (NC5), em relação ao INS. Não houve alteração na qualidade oocitária e embrionária com a suplementação de lipídeo e entre as duas fontes de lipídeo. A suplementação de lipídeos insaturados através da suplementação via grão de soja cru e integral, quando comparada à suplementação de lipídeos saturados, para vacas no período de transição e início de lactação, não interferiu na dinâmica folicular e qualidade oocitária e embrionária; e reduziu o desempenho produtivo, devido às reduções na produção de gordura do leite a na produção de leite corrigida para 3,5% dos animais suplementados