MET is required for the recruitment of anti-tumoural neutrophils

Mutations or amplification of the MET proto-oncogene are involved in the pathogenesis of several tumours, which rely on the constitutive engagement of this pathway for their growth and survival. However, MET is expressed not only by cancer cells but also by tumour-associated stromal cells, although its precise role in this compartment is not well characterized. Here we show that MET is required for neutrophil chemoattraction and cytotoxicity in response to its ligand hepatocyte growth factor (HGF). Met deletion in mouse neutrophils enhances tumour growth and metastasis. This phenotype correlates with reduced neutrophil infiltration to both the primary tumour and metastatic sites. Similarly, Met is necessary for neutrophil transudation during colitis, skin rash or peritonitis. Mechanistically, Met is induced by tumour-derived tumour necrosis factor (TNF)-a or other inflammatory stimuli in both mouse and human neutrophils. This induction is instrumental for neutrophil transmigration across an activated endothelium and for inducible nitric oxide synthase production upon HGF stimulation. Consequently, HGF/MET-dependent nitric oxide release by neutrophils promotes cancer cell killing, which abates tumour growth and metastasis. After systemic administration of a MET kinase inhibitor, we prove that the therapeutic benefit of MET targeting in cancer cells is partly countered by the pro-tumoural effect arising from MET blockade in neutrophils. Our work identifies an unprecedented role of MET in neutrophils, suggests a potential 'Achilles' heel' of MET-targeted therapies in cancer, and supports the rationale for evaluating anti-MET drugs in certain inflammatory diseases.

Comparação do perfil lipídico, pressão arterial e aspectos nutricionais em adolescentes, filhos de hipertensos e de normotensos

OBJETIVO: Comparar a pressão arterial, o perfil lipídico, o consumo alimentar e dados antropométricos em adolescentes com ou sem antecedente familiar de hipertensão arterial. MÉTODOS: Foram avaliados 43 adolescentes de ambos os sexos, na faixa etária entre 11 a 18 anos, sendo 20 filhos de hipertensos e 23 de normotensos e examinados: a pressão arterial, o consumo alimentar, dados antropométricos, o perfil lipídico e o resultado da orientação dietética (American Heart Association). RESULTADOS: Os filhos dos hipertensos mostraram maiores valores basais de pressão arterial sistólica (109 ± 3 vs. 99 ± 2 mm Hg, p=0,01) e diastólica (68 ± 2 vs. 62 ± 2 mm Hg, p=0,04), da relação CT/HDL-c (4,1 ± 0,3 vs. 3,2 ± 0,2, p<0.01) e de LDL-c/HDL-c (2,7 ± 0,2 vs. 1,9 ± 0,1, p<0,01) e menores valores de HDL-c (43 ± 2 vs. 53 ± 2 mg/dL, p<0,005). O consumo alimentar e medidas antropométricas analisadas não diferiram entre os grupos. A intervenção dietética, embora tenha resultado em reduções no índice de massa corpórea (21,0± 1,2 vs. 20,1 ± 1,1 kg/m², p<0,01), não modificou a dislipidemia presente nos filhos de hipertensos. CONCLUSÃO: Encontraram-se maiores níveis de pressão arterial e perfil lipídico mais desfavorável entre filhos de hipertensos, onde os níveis baixos de HDL-c foram o achado mais relevante e independente de variáveis antropométricas ou nutricionais.

A exposição crônica à fumaça do cigarro resulta em remodelação cardíaca e prejuízo da função ventricular em ratos

OBJETIVO: Determinar as alterações cardíacas estruturais e funcionais causadas pela exposição à fumaça do cigarro em ratos. MÉTODOS: Os animais foram aleatoriamente distribuídos em dois grupos: fumante (F), composto por 10 animais, expostos à fumaça do cigarro, na taxa de 40 cigarros/dia e controle (C), constituído por 10 animais não submetidos à exposição. Após 4 meses, os animais foram submetidos a estudo morfológico e funcional por meio do ecocardiograma. As variáveis estudadas foram analisadas pelo teste t ou pelo teste de Mann-Whitney. RESULTADOS: Os ratos fumantes apresentaram maior átrio esquerdo (F=4,2± 0,7mm; C=3,5±0,6mm; p<0,05), maiores diâmetros diastólicos (F=7,9±0,7mm; C=7,2±0,5mm; p<0,05) e sistólicos (F=4,1 ±0,5; C=3,4±0,5; p<0,05) do ventrículo esquerdo (VE). O índice de massa do VE foi maior nos animais fumantes (F=1,5 mg/kg± 0,2; C=1,3 mg/kg±0,2; p<0,05), e a fração de ejeção (F=0,85±0,03; C=0,89±0,03; p<0,05) e a fração de encurtamento (F=47,8 %±3,7; C=52,7%±4,6; p<0,05) maiores no grupo controle. Não foram identificadas diferenças nas variáveis de fluxo diastólico (onda E, na onda A e na relação E/A) transmitral. CONCLUSÃO: A exposição crônica à fumaça do cigarro resulta em remodelação cardíaca, com diminuição da capacidade funcional ventricular.

Perfil lipídico e efeitos da orientação nutricional em adolescentes com história familiar de doença arterial coronariana prematura

OBJETIVO: Examinar o perfil lipídico e parâmetros nutricionais de adolescentes com história familiar de doença arterial coronariana (DAC) prematura e avaliar os efeitos da orientação nutricional. MÉTODOS: O estudo incluiu 48 adolescentes de ambos os sexos e idades entre 10 e 19 anos (grupo caso, n=18; grupo controle, n=30). RESULTADOS: Os filhos de coronarianos jovens apresentaram valores mais elevados de colesterol total (189 ± 30 vs. 167 ± 26 mg/dl, p<0,01), LDL-C (144 ± 20 vs. 100 ± 27 mg/dl, p<0,001) e Apo B (80 ± 15 vs. 61 ± 18 mg/dl, p=0,001) e valores mais baixos de HDL-C (45 ± 9 vs. 51 ± 13 mg/dl, p<0,02) que os jovens controles. Não se observaram diferenças para os triglicérides e Apo A-I. Com a orientação dietoterápica obteve-se redução no consumo alimentar de ácidos graxos saturados (pré: 15,5 ± 4,7% vs. pós: 6,6 ± 3,7%, p=0,003) e melhora no perfil lipídico: CT (-8%, p=0,033), LDL-C (-18,2%, p=0,001), TG (-53%, p=0,002) nos filhos de pacientes com DAC prematura que apresentavam hiperlipidemia. CONCLUSÃO: A presença de dislipidemia foi mais prevalente em adolescentes filhos de portadores de DAC prematura, mas foi responsiva à intervenção nutricional.

Diseño y construcción de un vehículo autoguiado

Este proyecto tiene por objetivo desarrollar y construir un vehículo inteligente capaz de transportar y conferir movilidad a un brazo manipulador. El conjunto será capaz de, entre otras prestaciones, efectuar transferencia de piezas y partes entre celdas de un sistema de producción flexible o entre diversas secciones en una planta industrial, realizar tareas en zonas agresivas, peligrosas o contaminadas en forma autónoma o telecomandada, etc. Se pretende además que el vehículo conforme un banco de ensayos móvil donde se demuestren y desarrollen tecnologías relacionadas con los procesos automáticos de manufactura. (...) Se prevén las siguientes etapas: a.- Construcción de la plataforma base (estructural) con sus sistemas asociados (guiado, potencia, control y frenado). b.- Desarrollo de un sistema de navegación inercial en el plano. b.1.- Plataforma inercial: construcción de sus transductores, montaje, integración, ensayo. b.2.- Desarrollo del software para navegación inercial. c.- Desarrollo de un sistema de navegación por reconocimiento del entorno. c.1.- Desarrollo de los algoritmos de reconocimiento de imágenes y correlación de las mismas (en colaboración con la Facultad Regional Mendoza). c.2.- Desarrollo de los algoritmos de navegación por medio de reconocimiento del entorno. d.- Desarrollo de un sistema de guiado básico destinado a servir de soporte a los sistemas anteriores. La secuencia de tareas es: Año 1: Tareas a) y d). Comienzo de b) y c). Año 2: Prosecución de tareas b) y c). Año 3: Conclusión. Documentación final.

Pressão arterial: efeito do índice de massa corporal e da circunferência abdominal em adolescentes

FUNDAMENTO: Aumento do índice de massa corporal (IMC) e da circunferência abdominal (CA) tem sido associado a elevação da pressão arterial. OBJETIVO: Avaliar o efeito do IMC e da CA sobre a pressão arterial (PA) de adolescentes. MÉTODOS: Estudo analítico de corte transversal. Selecionados 536 adolescentes, alunos de escolas públicas e privadas. Foram calculados IMC, classificado como normal alto (>p50 p85 p95). Mediu-se a CA, aumentada se>p75 e a PA, elevada se >p90. RESULTADOS: Trezentos e dezenove (59,5%) indivíduos eram meninas, idade de 14,0± 1,99 anos, peso normal alto em 39,6%, sobrepeso em 37,1% e obesidade em 23,3%. O percentual de PAS e PAD elevadas acompanhou a elevação do IMC (p=0,000), alcançando 46,4% nos meninos e 39,3% nas meninas obesas (PAS) e 42,0% e 44,6% (PAD), respectivamente. PAS e PAD elevadas foram 3,9 a 3,4 vezes mais freqüente nos meninos, e 2,2 a 2,0 vezes mais nas meninas com CA > p75, respectivamente. Pela análise de regressão linear simples cada aumento no IMC aumentaria a PAS em 1,198 mmHg e da CA em 0,622 mmHg. A razão de prevalência (RP) de PAS e PAD elevadas em razão do IMC>p85 foi 3,9(I.C. 95% 2,0-7,4[p=0,000]) e 4,3(I.C. 95% 2,2-8,5[p=0,000]), respectivamente, e em razão da CA>p75 de 1,8(IC 95% 1,0 a 3,0 [p=0,036]) e 1,4(IC 95% 0,8 a 2,4). Encontrou-se em 16/181(8,8%) dos adolescentes com peso normal alto, PA>P90 com CA>p75. CONCLUSÃO: Os valores do IMC e da CA têm forte influência sobre os valores da PA de adolescentes.

PARTICIPACIÓN DEL RECONOCIMIENTO INMUNE INNATO EN LA RESPUESTA DE CARDIOMIOCITOS DURANTE LA INFECCIÓN EXPERIMENTAL CON TRYPANOSOMA CRUZI. Characterization of the cardiac innate immune response during Trypanosoma cruzi experimental infection.

La enfermedad de Chagas, causada por Trypanosoma cruzi, constituye la principal miocarditis infecciosa a nivel mundial. Crecientes evidencias revelan que la respuesta inmune innata tendría un rol determinante en la fisiopatología de las enfermedades cardiovasculares. La inmunidad innata es la primera línea de defensa, no específica, preprogramada para combatir agentes infecciosos. Este sistema censa la presencia de antígenos extraños a través de los receptores tipo toll (TLR) produciendo citoquinas y activando mecanismos microbicidas. Sin embargo, los TLRs también se hayan distribuidos en las células parenquimales no inmunes, jugando un importante rol tanto en la defensa como en la homeostasis de cada tejido. Durante la etapa aguda de la infección, el T. cruzi invade y se replica dentro de una amplia variedad de células y tejidos. Pero posteriormente, los parásitos son efectivamente eliminados de la mayoría de los tejidos persistiendo durante toda la vida en las células del músculo cardíaco y esquelético de los pacientes infectados. Debido a que el mantenimiento de la célula cardíaca infectada es crítica para la patogénesis de la enfermedad, los mecanismos que participan en la sobrevida de los cardiomiocitos están siendo foco de nuestro estudio. Hemos demostrado, que la infección ejerce efectos antiapoptóticos sobre células cardíacas aisladas. Nuestra hipótesis es que la inmunidad innata cardíaca estaría involucrada en el mantenimiento de la sobrevida de los miocitos así como en la defensa contra el parásito. Objetivo general: determinar la participación de la respuesta inmune innata cardíaca en el desarrollo de la enfermedad de Chagas experimental murina. Objetivos específicos: 1) Analizar el compromiso de TLRs en la respuesta anti-apoptótica y de autofagia de cardiomiocitos aislados de ratones salvajes y de ratones deficientes en TLR4, TLR2 y en MyD88, molécula adaptadora de la señalización por TLRs, sometidos a la infección con el parásito. 2) Determinar la importancia de la actividad cisteín proteasa parasitaria en el grado de infectividad y la sobrevida de cultivos primarios de ratones salvajes infectados con parásitos transgénicos que poseen disminuída o nula actividad cisteín proteasa. 3) Establecer la cinética de expresión de TLR2/TLR6, TLR4 y TLR9, factores antiapoptóticos (Bcl-2, Bcl-xL, etc.), daño cardíaco y la carga parasitaria en el tejido cardíaco de ratones infectados salvajes y/o deficientes antes mencionados. Materiales y Métodos: Los animales serán infectados i.p. con 5x103 parásitos y se determinará la cinética de expresión de los mediadores mencionados por western blot e inmunofluorescencia, la carga parasitaria será determinada por qRT-PCR. Como controles se procesarán animales inyectados con solución salina. En cultivos primarios de cardiomiocitos de ratones neonatos salvajes y deficientes infectados se estudiará la carga parasitaria, la activación de los mecanismos microbicidas (producción de óxido nítrico, metabolitos reactivos del oxígeno y del nitrógeno, ciclooxigenasa, etc.), producción de citoquinas y expresión de moléculas anti-apoptóticas (Bcl-2, Bcl-xL, Bax, etc.). Se explorará la tasa de apoptosis en cultivos deprivados de suero. La autofagia se analizará por microscopia electrónica. Cultivos controles serán mantenidos en medio o tratados con ligandos de los diferentes TLRs. Resultados preliminares sugieren que tanto TLR2 como Bcl-2 se incrementan en tejido cardíaco infectado. Esto nos lleva a profundizar en los mecanismos observados en cultivos y estudiarlos en un modelo in vivo, analizando la posible importancia que tiene la inmunidad innata cardíaca en el control del establecimiento de la infección. La comprensión de los mecanismos que mantienen la sobrevida de los cardiomiocitos y su respuesta a la infección es importante ya que el conocimiento de las bases moleculares es fundamental para el desarrollo de nuevos agentes quimioterapéuticos. Chagas disease is endemic in Central and South America and causes the most common myocarditis worldwide. We have previously reported that the cardiotrophic parasite Trypanosoma cruzi, its etiological agent, protects cardiomyocytes against apoptosis induced by growth factor deprivation activating the PI3K/Akt and MEK1/ERK signaling pathways. Recent studies have shown that local innate immunity plays a key role in initiating and coordinating homeostatic as well as defense responses in the heart. One of the mechanisms by which the innate immune system senses the presence of foreign antigens is through TLRs. The stimulation of these receptors leads to the activation and nuclear translocation of NF-kB transcription factor and the production of cytokines. Proinflammatory cytokines, in turn, appear to play a central role in the orchestration and timing of the intrinsic cardiac stress response providing, under different situations, instantaneous anti-apoptotic cytoprotective signals, which allow tissue repair and/or remodeling. The aim of the present project is to study the cardiomyocyte innate immune responses to T. cruzi infection and its role in target cell protection from apoptosis. Specific objectives: 1) Study the mechanism triggered by TLR in the anti-apoptotic response and parasite load of infected cardiomyocyte primary cultures from wild type and mice deficient in TLR2, TLR4 or MyD88. 2) Determine the effect of parasite cisteín protease activity on primary cultures from wild type mice. 3) Determine the TLR signaling-involvement in parasite load and survival indicators in deficient mice. Preliminary results showed us that cardiac-TLR2 may be involved in the anti-apoptotic effect elicited by the parasite and prompted us to establish the mechanisms triggered by the innate immunity that mediate parasite persistence within the host cell.

Expresión de las proteínas relacionadas con la proliferación celular y la apoptosis en lesiones blancas de la mucosa oral, como precursoras de la cancerización en el epitelio escamoso oral.

El cáncer de la mucosa oral es una patología muy frecuente que llega en muchos casos a conformar entre el 8 y el 10% de los tumores malignos del hombre. La baja concientización de la población general sobre el tema es un factor importante que hace que estas lesiones sean detectadas en forma tardía y cuando ya se trata de lesiones avanzadas de muy mal pronóstico. Si bien ha habido grandes avances en el diagnóstico y tratamiento de lesiones blancas de la mucosa oral como el liquen plano oral, estas lesiones siguen siendo entidades con muchos interrogantes para todos los expertos en medicina oral, sobre todo en lo referente a su proceso de aparición y a su tratamiento. Es importante la diferenciación correcta de estas lesiones, ya que el carcinoma epidermoide bucal puede aparecer también como una lesión blanca. No hay suficiente conocimiento de lo que ocurre en otras lesiones blancas de la mucosa oral no liquen plano. Para evaluar el verdadero potencial de transformación maligna de leucoplasias, liquen plano oral, reacciones liquenoides y lesiones escamosas intraepiteliales (incluídas las inducidas por acción viral) se evaluará la expresión de las proteínas relacionadas con la proliferación celular y la apoptosis en estas lesiones. Se evaluará con técnicas inmunohistoquímicas la relación de bcl-2 como marcador apoptótico en leucoplasias, liquen plano oral, lesiones escamosas intraepiteliales y carcinomas epidermoides orales, así como también en estas mismas lesiones la expresión proteica de MIB-1 (ki67), ciclina D1, p16 y p53 para valorar si las alteraciones en la expresión proteica de estos marcadores, suceden de forma secuencial a través de las distintas etapas en la cancerización del campo de cavidad oral, ya que no existe consenso en los resultados y las conclusiones obtenidas en los diferentes estudios efectuados sobre la influencia exclusiva de los marcadores apoptóticos en el desarrollo de las lesiones de algunas de las lesiones como el LPO.

Análise de poliembrionia em Citrus, máxime em toranjas

1 - This paper is a joined publication of the Dept. of Genetics, Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz", University of São Paulo, and Secção de Citricultura e Frutas Tropicais, Instituto Agronômico, de Campinas, and deal with the number of seed per fruit and the polyembryony in Citrus, with special reference to the pummelos (C. grandis). 2 - For C. pectinifera, hibrid limon x acid lime, C. histrix and Citrus sp. the mean of seeds per fruit is 5,8 - 17,3 - 30,2 -94,6; for 14 pummelos the average was 100 and the range of variation 11 to 185 seeds per fruit. For the four above mentioned Citrus the cotyledons were classified into 3 types: big (near 8 mm.), medium (near 6 mm) and small (near 4 mm) and for the pummelos there was only one size of cotyledons, about 10 mm (table 1). 3 - The polyembryony was determined by two processes: a) counting of the embryos in the mature seed; b) counting after germination in flats or seed-beds. The rasults obtained are in table 2; the process a gave larger results than process b.The following pummelos are monoembryonics: melancia, inerme, Kaune Paune, sunshine, vermelha, Singapura, periforme, Zamboa, doce, Indochina, Lau-Tau, Shantenyau and Siamesa. Sometime it was found a branching of the main stem that gave a impression of polyembryonic seeds. 4 - It was shown by the x2 test that the distribution of embryo numbers fits the Poisson's series (table 2) in both processes. 5 - It is discussed in table 2 the variability of polyembryony for the following cases: a) between plants, within years. The teste for the differences of mean of polyembryony between 3 plants of C. pectinifera is statistically significant in 1948 and 1949; b) between yields of the same plant, within year. The same case of C. pectinifera may be used for this purpose; c) between process, within year. It is shown in table 3, for C. pectinifera and the hibrid "limon x acid lime" that there is a statistically signicicant between both process above mentioned.

Factors affecting phosphate fixation in soils of the state of São Paulo

A laboratory experiment was carried out to study the effects of chemical and physical characteristics of the soil on the phosphate fixing capacity. One hundred samples collected from various localities were at first characterized chemically and their particlesize distribution determined. They were then tested as to their phosphate fixing capacities. The results obtained were statistically analysed by means of both simple linear and multiple correlation. The following conclusions could be drawn: 1. simple linear regression analysis indicated that % C, exchangeable Al+3, CEC, % clay, pH and % sand were the soil characteristics which significantly affected phosphate fixing capacity of São Paulo State soils; 2. multiple linear regression analysis indicated that % C, exchangeable Mg(+2)9 exchangeable- Al+3 and % clay were the soil characteristics which significantly affected the phosphate fixing capacity of São Paulo State soils; 3. the phosphate phonomena fixing as they occur in the soils of the São Paulo State can be best described by the following equation: Y = -2,266 - 3,484 + 3,514 + 5,559 + 1,005 %C Mg+2 Al+3 % clay exchangeable exchangeable 4. phosphate fixation in the soil is affected by the combined effects of both soil chemical and physical characteristics.

Orgãos odoríferos masculinos de algumas Syntomidae Brasileiras (= Ctenuchidae; Lepidoptera)

1. Os aparelhos odoríferos dos machos das seguintes Syntomidae ( = Ctenuchidae) são descritas: Androcharia diversipennis, Cosmosoma ignidorsia e C. auge. 2. Nas duas primeiras espécies realiza-se a copulação durante o dia enquanto o aparelho odorífero sexual dos machos é pequeno e pouco desenvolvido. 3. Em Cosmosoma auge realiza-se a copulação durante a noite enquanto o aparelho odorífero sexual tem uma evolução alta e é relativamente bem grande. 4. Cosmosoma ignidorsia possui uma área de escamas odoríferas no fêmur anterior. Como aparêlho protetor serve um ligeiro sulco sem escamas na coxa anterior. As escamas odoríferas estão colocadas irregularmente. 5. Andocharta diversipennis tem uma área de escamas odoríferas na superfície da asa posterior. Como aparêlho protetor serve a asa anterior. As escamas odoríferas estão agrupadas em filas. 6. a) O órgão odorífero de Cosmosoma auge consta de duas placas glandulares abaixadas no terceiro e quarto ventrito protegidas por aumentos do segundo e terceiro ventrito. b) Os espaços em baixo dêstes aumentos são preenchidos por um fêltro cabeludo formado pelas certas das placas glandulares. c) Os complexos glandulares podem ser abertos e fechados por movimento muscular. Por um sistema de sacos aéreos o mecanismo de abertura é rerforçado. d) Sôbre a abertura deitam-se quando em repouso escamas com área grande que favorecem à evaporação da secreção e ainda escamas de cobertura compridas e finas. e) Observações com o microscópio eletrônico demonstraram a falta de uma membrana entre as trabéculas das cerdas do fêltro cabeludo. f) A hipoderme das glândulas possui células glandulares pequenas com plastósomas. As partes situadas em baixo das placas glandulares dos sacos aéreos têm células fortemente aumentadas. Admite-se que estas células servem como células de alimentação na preparação da secreção. São lembradas observações paralelas na glândula da asa de Danaidae e nas glândulas das pernas de Erebus odoratus a onde células aumentadas na vizinhança das células glandulares exercem aparentemente um papel no preparo da secreção.

Development and preclinical assessment of a bioartificial pancreas.

Transplantation of insulin secreting cells is regarded as a possible treatment for type 1 diabetes. One major difficulty in this approach is, however, that the transplanted cells are exposed to the patient's inflammatory and autoimmune environment, which originally destroyed their own beta-cells. Therefore, even if a good source of insulin-secreting cells can be identified for transplantation therapy, these cells need to be protected against these destructive influences. The aim of this project was to evaluate, using a clonal mouse beta-cell line, whether genetic engineering of protective genes could be a viable option to allow these cells to survive when transplanted into autoimmune diabetic mice. We demonstrated that transfer of the Bcl-2 anti-apoptotic gene and of several genes specifically interfering with cytokines intracellular signalling pathways, greatly improved resistance of the cells to inflammatory stresses in vitro. We further showed that these modifications did not interfere with the capacity of these cells to correct hyperglycaemia for several months in syngeneic or allogeneic streptozocin-diabetic mice. However, these cells were not protected against autoimmune destruction when transplanted into type 1 diabetic NOD mice. This suggests that in addition to inflammatory attacks by cytokines, autoimmunity very efficiently kills the transplanted cells, indicating that multiple protective mechanisms are required for efficient transplantation of insulin-secreting cells to treat type 1 diabetes.

Transcriptional regulation of CD4 gene expression by T cell factor-1/beta-catenin pathway.

By interacting with MHC class II molecules, CD4 facilitates lineage development as well as activation of Th cells. Expression of physiological levels of CD4 requires a proximal CD4 enhancer to stimulate basic CD4 promoter activity. T cell factor (TCF)-1/beta-catenin pathway has previously been shown to regulate thymocyte survival via up-regulating antiapoptotic molecule Bcl-xL. By both loss and gain of function studies, in this study we show additional function of TCF-1/beta-catenin pathway in the regulation of CD4 expression in vivo. Mice deficient in TCF-1 displayed significantly reduced protein and mRNA levels of CD4 in CD4+ CD8+ double-positive (DP) thymocytes. A transgene encoding Bcl-2 restored survival but not CD4 levels of TCF-1(-/-) DP cells. Thus, TCF-1-regulated survival and CD4 expression are two separate events. In contrast, CD4 levels were restored on DP TCF-1(-/-) cells by transgenic expression of a wild-type TCF-1, but not a truncated TCF-1 that lacks a domain required for interacting with beta-catenin. Furthermore, forced expression of a stabilized beta-catenin, a coactivator of TCF-1, resulted in up-regulation of CD4. TCF-1 or stabilized beta-catenin greatly stimulated activity of a CD4 reporter gene driven by a basic CD4 promoter and the CD4 enhancer. However, mutation of a potential TCF binding site located within the enhancer abrogated TCF-1 and beta-catenin-mediated activation of CD4 reporter. Finally, recruitment of TCF-1 to CD4 enhancer was detected in wild-type but not TCF-1 null mice by chromatin-immunoprecipitation analysis. Thus, our results demonstrated that TCF/beta-catenin pathway enhances CD4 expression in vivo by recruiting TCF-1 to stimulate CD4 enhancer activity.

Mini-review: Specificity and expression of CIITA, the master regulator of MHC class II genes.

The class II transactivator (CIITA) has been referred to as the "master control factor" for the expression of MHC class II (MHCII) genes. As our knowledge on the specificity and function of CIITA grows, it is becoming increasingly evident that this sobriquet is entirely justified. First, despite extensive investigations, the major target genes of CIITA remain those implicated in the presentation of antigenic peptides by MHCII molecules. Although other putative target genes have been reported, the contribution of CIITA to their expression remains indirect, controversial or comparatively minor relative to its decisive role as a regulator of MHCII and related genes. Second, the most important parameter dictating MHCII expression is by far the expression pattern of the gene encoding CIITA (MHC2TA). The vast majority of signals that activate or repress MHCII expression under physiological and pathological situations converge on one or more of the three alternative promoters that drive transcription of the MHC2TA gene. In short, with respect to its specificity and its exquisitely controlled pattern of expression, CIITA is by a long stretch the single most important transcription factor for the regulation of genes required for MHCII-restricted antigen-presentation.

Annotating the human genome

2 Abstract2.1 En françaisLe séquençage du génome humain est un pré-requis fondamental à la compréhension de la biologie de l'être humain. Ce projet achevé, les scientifiques ont dû faire face à une tâche aussi importante, comprendre cette suite de 3 milliards de lettres qui compose notre génome. Le consortium ENCODE (ENCyclopedia Of Dna Elements) fût formé comme une suite logique au projet du génome humain. Son rôle est d'identifier tous les éléments fonctionnels de notre génome incluant les régions transcrites, les sites d'attachement des facteurs de transcription, les sites hypersensibles à la DNAse I ainsi que les marqueurs de modification des histones. Dans le cadre de ma thèse doctorale, j'ai participé à 2 sous-projets d'ENCODE. En premier lieu, j'ai eu la tâche de développer et d'optimiser une technique de validation expérimentale à haut rendement de modèles de gènes qui m'a permis d'estimer la qualité de la plus récente annotation manuelle. Ce nouveau processus de validation est bien plus efficace que la technique RNAseq qui est actuellement en train de devenir la norme. Cette technique basée sur la RT-PCR, m'a notamment permis de découvrir de nouveaux exons dans 10% des régions interrogées. En second lieu j'ai participé à une étude ayant pour but d'identifier les extrémités de tous les gènes des chromosomes humains 21 et 22. Cette étude à permis l'identification à large échelle de transcrits chimères comportant des séquences provenant de deux gènes distincts pouvant être à une grande distance l'un de autre.2.2 In EnglishThe completion of the human genome sequence js the prerequisite to fully understand the biology of human beings. This project achieved, scientists had to face another challenging task, understanding the meaning of the 3 billion letters composing this genome. As a logical continuation of the human genome project, the ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) consortium was formed with the aim of annotating all its functional elements. These elements include transcribed regions, transcription binding sites, DNAse I hypersensitive sites and histone modification marks. In the frame of my PhD thesis, I was involved in two sub-projects of ENCODE. Firstly I developed and optimized an high throughput method to validate gene models, which allowed me to assess the quality of the most recent manually-curated annotation. This novel experimental validation pipeline is extremely effective, far more so than transcriptome profiling through RNA sequencing, which is becoming the norm. This RT-PCR-seq targeted-approach is likewise particularly efficient in identifying novel exons, as we discovered about 10% of loci with unannotated exons. Secondly, I participated to a study aiming to identify the gene boundaries of all genes in the human chromosome 21 and 22. This study led to the identification of chimeric transcripts that are composed of sequences coming form two distinct genes that can be map far away from each other.