Knowledge management for systems biology a general and visually driven framework applied to translational medicine

Background: To enhance our understanding of complex biological systems like diseases we need to put all of the available data into context and use this to detect relations, pattern and rules which allow predictive hypotheses to be defined. Life science has become a data rich science with information about the behaviour of millions of entities like genes, chemical compounds, diseases, cell types and organs, which are organised in many different databases and/or spread throughout the literature. Existing knowledge such as genotype - phenotype relations or signal transduction pathways must be semantically integrated and dynamically organised into structured networks that are connected with clinical and experimental data. Different approaches to this challenge exist but so far none has proven entirely satisfactory. Results: To address this challenge we previously developed a generic knowledge management framework, BioXM™, which allows the dynamic, graphic generation of domain specific knowledge representation models based on specific objects and their relations supporting annotations and ontologies. Here we demonstrate the utility of BioXM for knowledge management in systems biology as part of the EU FP6 BioBridge project on translational approaches to chronic diseases. From clinical and experimental data, text-mining results and public databases we generate a chronic obstructive pulmonary disease (COPD) knowledge base and demonstrate its use by mining specific molecular networks together with integrated clinical and experimental data. Conclusions: We generate the first semantically integrated COPD specific public knowledge base and find that for the integration of clinical and experimental data with pre-existing knowledge the configuration based set-up enabled by BioXM reduced implementation time and effort for the knowledge base compared to similar systems implemented as classical software development projects. The knowledgebase enables the retrieval of sub-networks including protein-protein interaction, pathway, gene - disease and gene - compound data which are used for subsequent data analysis, modelling and simulation. Pre-structured queries and reports enhance usability; establishing their use in everyday clinical settings requires further simplification with a browser based interface which is currently under development.

The expressions of GABA and glutannate transporters are altered in the spared nerve injury model of neuropathic pain in the rat

Neuropathic pain is a common form of chronic pain, and is unsuccessfully alleviated by usual medications. Mounting evidence strongly point at non-neuronal glial cells in the spinal cord as key actors behind the persistence of pain. In particular, a change in the astrocytic capacity to regulate extracellular concentrations of neurotransmitters might account for the strengthened spinal nociceptive neurotransmission. Therefore, we investigated whether spinal expressions of GABA (GAT) and glutamate (EAAT) transporters were affected in the spared nerve injury (SNI) rat model of neuropathic pain. SNI was induced in male Sprague-Dawley rats by a unilateral section of tibial and common peroneal branches of the sciatic nerve, leaving the sural branch untouched. Western-blot analysis was performed to study the expression of GAT-1 and GAT-3 as well as EAAT-1 and EAAT-2, the main astrocytic GABA and glutamate transporters respectively. Seven days post-surgery, a significant increase in GAT-1, GAT-3 and EAAT-1 expressions is detected in both ipsilateral and contralateral sides of lumbar spinal cord in comparison to sham animals. No change in EAAT-2 signal could be detected. Furthermore, the astrocytic reaction parallels the glutamate and GABA transporters changes as we found an increased GFAP expression compared to the sham condition, in both spinal sides. Together, our results indicate that modifications in GABA and glutamate transport may occur along with SNI-associated painful neuropathy and identify spinal neurotransmitter reuptake machinery as a putative pharmacological target in neuropathic pain.

Une approche causale des comportements d'achat et post-achat de produits écolabellisés

RESUMÉ Objectifs de la recherche: Depuis quelques années, l'utilisation de l'écologie dans le marketing a connu un essor considérable, aussi bien dans le monde académique que dans la pratique. De nos jours, la notion de label suscite un vif intérêt auprès des entreprises désireuses de promouvoir des produits "verts". Le principe de l'écolabellisation consiste à fournir aux consommateurs, en plus du prix, un nouvel élément de comparaison des produits. Les écolabels sont considérés comme l'un des meilleurs outils pour informer le consommateur, d'une manière claire et compréhensible, de l'impact du produit sur l'environnement. Nous nous intéressons, dans le cadre de notre travail, à l'étude du comportement d'achat des produits écolabellisés. En dépit de leur popularité croissante, les études académiques portant sur les labels écologiques sont relativement rares et de nombreuses problématiques demeurent en suspens. L'étude du comportement d'achat - au sens large - mérite notamment d'être approfondie. Notre recherche a plusieurs volets. Premièrement, nous étudions l'impact des valeurs, de l'implication vis-à-vis de l'écologie, du scepticisme, de la compréhension du label et de la connaissance de l'écologie sur le comportement d'achat de produits écolabellisés. Ensuite, nous testons la cohérence entre comportements écologiques en introduisant un comportement post- achat (le triage des déchets ménagers). Théories sous-jacentes: Notre étude repose sur différents apports académiques relatifs au comportement du consommateur "vert" mais également sur des concepts issus de la psychologie et de la sociologie. Nous présentons d'abord la littérature portant sur la caractérisation du consommateur "vert" (Webster, 1975; Arbuthnot, 1977; Van Liere et Dunlap, 1981; Balderjahn, 1988; Antil, 1984; Grunert et Juhl, 1995; Roberts, 1996). Nous abordons ensuite les études portant sur les valeurs (Schwartz, 1992; 1994), l'implication (Zaichkowsy, 1994), le scepticisme (Gray-Lee, Scammon et Mayer, 1994; Mohr et al., 1998), la compréhension des écolabels (van Dam et Reuvekamp, 1995; Thogersen, 2000) et la connaissance de l'écologie (Maloney et al., 1973, 1975; Arbuthnot, 1977; Pickett et al., 1993). Ces variables nous semblent être les plus à même d'influencer le comportement d'achat de produits écolabellisés. Enfin, sur la base des travaux de Valette-Florence et Roehrich (1993), nous développons un modèle de causalité, centré sur la relation entre les valeurs, l'implication et le comportement. Hypothèses de recherche et opérationnalisation des variables: Nous développons 16 hypothèses de recherche dont 12 portent sur les rapports de causalité entre construits. Par ailleurs, pour mieux comprendre la personnalité du consommateur de produits écolabellisés, nous distinguons les variables reflétant un intérêt collectif (altruisme) de celles reflétant un intérêt individuel (égocentrisme). La mesure des différents construits reposent sur la liste de Schwartz (1992, 1994) pour les valeurs, l'échelle d'implication de Zaichkowsy (1994) pour la publicité, l'échelle développée par Mohs et al. (1998) pour mesurer le scepticisme et une liste de questions portant sur l'écologie (Diekmann, 1996) pour tester le niveau de connaissance. Les comportements d'achat et post-achat sont mesurés respectivement à l'aide de questions relatives à la fréquence d'achat de produits écolabellisés et du triage des déchets ménagers. Collecte des données: Le recueil des données s'effectue par sondage, en ayant recours à des questionnaires auto-administrés. L'échantillon comprend de 368 étudiants provenant de diverses facultés de sciences humaines de Suisse Romande. Analyse des données et interprétation des résultats: Notre étude porte sur le comportement d'achat de trois labels écologiques et sur le triage de 7 déchets ménagers. Les différentes analyses montrent que certaines valeurs ont un impact sur l'implication et que l'implication a une influence positive sur le comportement d'achat et post-achat. Par ailleurs, nous montrons que l'implication sert de variable médiatrice entre les valeurs et le comportement. De plus, la compréhension de l'écolabel influence de manière positive l'achat de produits écolabellisés, la connaissance de l'écologie a une influence positive sur le comportement post-achat et le scepticisme vis-à-vis de l'utilité du triage des déchets ménagers influence négativement le comportement de triage. Implications managériales: Les résultats obtenus suggèrent qu'outre la valeur "protection de l'environnement", d'autres valeurs comme "la stimulation" ou encore "l'accomplissement" influencent de manière significative l'implication vis-à-vis de l'écologie qui à son tour influence l'achat de produits écolabellisés. Le manager doit donc tenir compte du fait que le consommateur est impliqué dans l'écologie. Ensuite, la compréhension du label joue un rôle prépondérant dans l'achat. De plus, le consommateur ne semble pas être sceptique par rapport aux informations fournies par les écolabels et le niveau de connaissance de l'écologie n'affecte pas son comportement. Enfin, le consommateur semble agir de manière cohérente en achetant différents produits écolabellisés. Apports, limites et voies de recherche: Notre étude contribue à l'enrichissement de la recherche sur le comportement du consommateur dans un contexte écologique à plusieurs égards, notamment par l'étude de la relation entre les valeurs, l'implication et le comportement. Néanmoins, la portée de notre recherche est naturellement restreinte en raison du nombre limité de cas étudiés, soit 3 labels écologiques relativement peu connus de notre échantillon. Il serait utile de répéter l'étude en utilisant des labels plus populaires. Par ailleurs, nous avons eu recours à des échelles développées dans des contextes quelque peu différents. En particulier, une échelle d'implication devrait être développée spécifiquement pour le contexte écologique.

Validation française d'un questionnaire de stress post-traumatique destiné aux parents d'enfants présentant un risque périnatal élevé = French validation of the "Perinatal PTSD Questionnaire" assessing parent's posttraumatic stress reactions following the birth of a high risk infant.

(from the journal abstract) Objectives: The birth of a high risk infant--such as a very or extremely premature infant--can represent an important traumatic experience for parents. R. DeMier, M. Hynan et al's "Perinatal PTSD Questionnaire" aims at exploring, retrospectively, parent's posttraumatic stress reactions following the birth of a high risk infant. This paper describes the French validation of this questionnaire. Methods: Fifty-two families with a very or extremely premature infant and 25 families with a full term infant responded to the "Perinatal PTSD Questionnaire" and the "Impact of Event Scale" when children were 18 months old. Results: Parents of high risk infants can present posttraumatic stress reactions such as intrusion, avoidance or arousal symptoms. The French version of the "Perinatal PTSD Questionnaire" has satisfactory psychometric properties. Conclusions: As posttraumatic reactions are not directly related to objective descriptions of the stressful event, it may be essential to the liaison child psychiatrist to consider individual posttraumatic reactions in order to optimise preventive intervention with the parents. A questionnaire should not replace a clinical interview, however it may represent a useful screening tool. Also, this questionnaire should be useful for research purposes. (PsycINFO Database Record (c) 2005 APA, all rights reserved)

Edge detection by selection of pieces of level lines

We propose an edge detector based on the selection of wellcontrasted pieces of level lines, following the proposal ofDesolneux-Moisan-Morel (DMM) [1]. The DMM edge detectorhas the problem of over-representation, that is, everyedge is detected several times in slightly different positions.In this paper we propose two modifications of the originalDMM edge detector in order to solve this problem. The firstmodification is a post-processing of the output using a generalmethod to select the best representative of a bundle of curves.The second modification is the use of Canny’s edge detectorinstead of the norm of the gradient to build the statistics. Thetwo modifications are independent and can be applied separately.Elementary reasoning and some experiments showthat the best results are obtained when both modifications areapplied together.

Chimioradiothérapie postopératoire des cancers des voies aérodigestives : vers un nouveau standard [Post-operative radiochemotherapy of the head and neck: Towards new standards?]

Head and neck squamous cell carcinomas are frequently diagnosed at an advanced stage. Their treatment remains controversial, and has to be multidisciplinary. External beam radiotherapy is a recognized treatment option after radical curative surgery in order to improve local control. Different adjuvant treatment options have been studied in order to improve the outcome of these patients. We review in this paper the different prognostic factors indicating an adjuvant treatment and the interest of treatment intensification in bad prognostic patients.

Teaching motivational interviewing to medical students : a pre-post test pilot study

Objective: To test the efficacy of teaching motivational interviewing (MI) to medical students. Methods: Thirteen 4th year medical students volunteered to participate. Seven days before and 7 days after an 8-hour interactive training MI workshop, each student performed a videorecorded interview with two standardized patients: a 60 year old alcohol dependent woman and a 50 year old cigarette smoking man. Students' counseling skills were coded by two blinded clinicians using the Motivational Interviewing Treatment Integrity 3.0 (MITI). Inter-rater reliability was calculated for all interviews and a test-retest was completed in a sub-sample of 10 consecutive interviews three days apart. Difference between MITI scores before and after training were calculated and tested using non-parametric tests. Effect size was approximated by calculating the probability that posttest scores are greater than pretest scores (P*=P(Pre<Post)+1/2P(Pre=Post)), P*>1/2 indicating greater scores in posttest, P*=1/2 no effect, and P*<1/2 smaller scores in posttest. Results: Median differences between MITI scores before and after MI training indicated a general progression in MI skills: MI spirit global score (median difference=1.5, Inter quartile range=1.5, p<0.001, P*=0.90); Empathy global score (med diff=1, IQR=0.5, p<0.001, P*=0.85); Percentage of MI adherent skills (med diff=36.6, IQR=50.5, p<0.001, P*=0.85); Percentage of open questions (med diff=18.6, IQR=21.6, p<0.001, P*=0.96); reflections/ questions ratio (med diff=0.2, IQR=0.4, p<0.001, P*=0.81). Only Direction global score and the percentage of complex reflections were not significantly improved (med diff=0, IQR=1, p=0.53, P*=0.44, and med diff=4.3, IQR=24.8, p=0.48, P*=0.62, respectively). Inter-rater reliability indicated weighted kappa ranged between 0.14 for Direction to 0.51 for Collaboration and ICC ranged between 0.28 for Simple reflection to 0.95 for Closed question. Test-retests indicated weighted kappa ranged between 0.27 for Direction to 0.80 for Empathy and ICC ranged between 0.87 for Complex reflection to 0.98 for Closed question. Conclusion: This pilot study indicated that an 8-hour training in MI for voluntary 4th year medical students resulted in significant improvement of MI skills. Larger sample of unselected medical students should be studied to generalize the benefit of MI training to medical students. Interrater reliability and test-retests suggested that coders' training should be intensified.

Sensing, uptake and response to c4-dicarboxylic acids in pseudomonas aeruginosa pao1

C4-dicarboxylates are one of the preferred carbon and energy sources for the growth of P. aeruginosa, a ubiquitous and metabolically versatile bacterium. However, despite their importance, C4-dicarboxylates sensing and uptake systems were poorly understood in P. aeruginosa and only little information was available in the literature. In our work, the C4-dicarboxylate transport (Dct) system in P. aeruginosa was found to be composed of a novel two-component system, called DctB/DctD, regulating together with the sigma factor RpoN the expression of two newly identified C4-dicarboxylate transporters: DctA and DctPQM. Inactivation of the dct A, dctB or dctD gene caused a growth defect of the strain in minimal media supplemented with succinate, fumarate or malate, indicating their major role in Dct. However, residual growth of the dctA mutant in these media suggested the presence of redundant C4-dicarboxylate transporter(s). Tn5 insertion mutagenesis of the kdctA mutant, combined with a screening for growth on succinate, led to the identification of a second Dct system, the DctPQM transporter, belonging to the tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) family of carriers. AdctAAdctPQM double mutant showed no growth on malate and fumarate albeit residual growth on succinate suggested that additional transporters for succinate are present. Competition experiments demonstrated that the DctPQM carrier was more efficient than the DctA carrier for the utilization of succinate at μΜ concentrations, whereas DctA was the major transporter at mM concentrations. For the first time, high- and low-affinity uptake systems for succinate (DctA and DctPQM) are reported to function co-ordinately to transport C4- dicarboxylates. Most probably, the presence of redundant uptake systems contributes to the versatility of this bacterium. Next, the regulation of the Dct system was investigated. While performing a parallel study about the carbon catabolite repression (CCR) phenomenon in P. aeruginosa, a link between the CCR cascade (CbrAB/CrcZ/Crc) and the Dct system was observed. Crc is a translational repressor acting when preferred carbon sources (like C4-dicarboxylates) are present. CrcZ is a small RNA acting as a functional antagonist of Crc and induced by the CbrA/CbrB two-component system when non preferred carbon sources (like mannitol) are utilized. Novel targets of the CbrAB/CrcZ/Crc system in P. aeruginosa were identified using transcriptome analysis; among them dctA and dctPQM were detected. CCR is regulating the dct transporter genes expression depending on the succinate concentrations in the medium of growth; this modulation of CCR is possible because, at the same time, succinate concentrations tune CCR. In a medium containing high succinate concentrations, CrcZ levels were low and therefore Crc inhibited the translation of mRNA targets. Whereas in a medium containing low succinate concentrations, the subsequent increase of CrcZ levels sequestered Crc, inhibiting its activity. This model shows for the first time that CCR possesses a feedback-based circuitry, a very important type of regulatory loop that confers the best adaptive response under changing environmental conditions. The expression of the dct transporter genes is also found to be regulated by the RNA chaperone protein Hfq. Hfq has the same post-transcriptional effect than Crc at high concentration of succinate, i.e. inhibiting dctP and dctR and indirectly favouring dctA expression. Moreover, an additional indirect positive regulation of dctP expression by Hfq was found. Finally, a metabolome approach was performed to investigate the internal signals modulating CCR via induction of CbrA activity in P. aeruginosa PAOl and P. putida KT2442. The results of the analysis are currently under study in the laboratory. - Les acides C4-dicarboxyliques font partie des sources de carbone et d'énergie préférés de P. aeruginosa, une bactérie versatile et ubiquitaire. Néanmoins, malgré leur importance, comment la présence des acides C4-dicarboxyliques dans le milieu est sentie par la bactérie et comment ils sont transportés dans la cellule chez P. aeruginosa n'étaient pas connus. De plus, peu d'informations sur ces procédés ont été répertoriées dans la littérature. Grace à notre travail, le système de transport des acides C4-dicarboxyliques (Dct) chez P. aeruginosa a pu être caractérisé. En effet, il est composé d'un nouveau système à deux composants, nommé DctB/DctD, qui régule, en combinaison avec le facteur sigma alternatif RpoN, l'expression des deux nouveaux transporteurs des acides C4-dicarboxyliques: DctA et DctPQM. L'inactivation des gènes dctA, dctB or dctD cause un défaut de croissance des souches mutantes dans un milieu minimum contenant du succinate, fumarate ou malate; confirmation de leur rôle dans le Dct. Cependant, une croissance résiduelle du mutant dctA dans ces milieux suggérerait une redondance des transporteurs d'acides Grdicarboxyliques. Une expérience de mutagenèse dans la souche AdctA, utilisant le transposon Tn5, combiné avec un criblage génétique sur la croissance dans le succinate, nous a permis d'identifier le deuxième transporteur DctPQM. DctPQM appartient à la famille des transporteurs TRAP (tripartite ATP-independent periplasmic). Un double mutant AdctAAdctPQM ne pousse pas dans du malate ou fumarate mais par contre présente une croissance résiduelle dans le succinate suggérant l'existence de transporteurs supplémentaires pour le succinate. En réalisant des expériences de compétitions nous avons démontré que le transporteur DctPQM est plus efficace que le transporteur DctA pour l'utilisation de succinate à une concentration de l'ordre du μΜ. Par contre, DctA est le transporteur le plus important pour une concentration de succinate de l'ordre du raM. Pour la première fois, deux systèmes de transport, un avec une forte- et un avec une faible-affinité (DctA et DctPQM) pour le succinate, sont coordonnés dans leur activité de transport des acides C4- dicarboxyliques, probablement contribuant à la versatilité de la bactérie. Ensuite, nous avons étudié la régulation du system Dct. En effectuant, en parallèle, une étude sur le phénomène de la répression catabolique (RC) chez P. aeruginosa, un lien entre la RC et le système Dct a été observé. La cascade des régulateurs formant la RC est composée de CbrA/CbrB, CrcZ et Crc. Crc est un répresseur traductionnel qui agit quand des sources de carbone préférées (comme les acides C4-dicarboxyliques) sont présentes dans le milieu. CrcZ est un petit ARN non-codant qui agit comme antagoniste de Crc. L'expression de CrcZ est induite par le système à deux composants CbrA/CbrB lorsque une source de carbone non-préférée est utilisée (comme le mannitol). Des nouvelles cibles du système CbrAB/CrcZ/Crc chez P. aeruginosa ont été identifiées grâce à une analyse du transcriptome des souches mutantes des régulateurs de la cascade. Parmi les cibles identifiées, les gènes dctA et dctPQM étaient présents. La RC régule l'expression des transporteurs dct en fonction de la concentration de succinate dans le milieu de croissance. Cette régulation est possible parce que, en même temps, les acides C4- dicarboxyliques régulent la RC. Dans un milieu contenant une grande concentration du succinate, le niveau d'expression de CrcZ est faible, donc Crc peut inhiber l'expression de ces ARN messagers cibles. Par contre, dans un milieu avec une faible concentration de succinate, l'augmentation de l'expression de CrcZ titre Crc et inhibe son activité. Ce modèle de régulation rétroactive est très important pour le phénomène de la RC, parce qu'il permet à la bactérie d'accorder une meilleure réponse à un changement environnemental. L'expression des gènes codant pour les transporteurs dct sont aussi régulés par la protéine chaperonne d'ARN Hfq. Hfq semble avoir le même effet traductionnelle que Crc, lorsqu'il y a une forte concentration de succinate. Nous avons ainsi observé une régulation négative de l'expression du gène dct Ρ et dctR, qui code pour un répresseur de la transcription de dctA. Nous avons aussi observé une régulation positive de la transcription de dctP par Hfq, probablement de façon indirecte. Enfin, une analyse du metabolome a était utilisée pour chercher les signaux internes modulant la RC et, en particulier, l'activité de la protéine senseur CbrA chez P. aeruginosa PAOl et P. putida KT2442. Les résultats de l'analyse sont en cours d'étude dans le laboratoire.

Die Angio-Computertomografie post-mortem

Die Vorteile radiologischer Untersuchungen in der Rechtsmedizin sind wohl bekannt, insbesondere dass Beweise dank diseser nicht invasiven Untersuchungstechnik erhalten werden können. Die Speicherung der radiologischen Bilder des gesamten Leichnams erlaubt, jederzeit eine Neuuntersuchung durchzuführen, sollten neue Fragestellungen auftauchen. Dank der Möglichkeit radiologische Bilder dreidimensional zu rekonstruiren, können einzelne Befunde auch für medizinische Laien leicht verständlich dargestellt werden.

Introduction d'un questionnaire de dépistage de l'Etat de stress post traumatique (ESPT) : quel impact sur le diagnostic dans une unité d'urgence psychiatrique ambulatoire ?

Contexte: Impression clinique que l'Etat de Stress Post-traumatique (ESPT) est sous-diagnostiqué dans la prise en charge des patients qui sont évalués dans le cadre d'une urgence psychiatrique. Objectifs: (i) identifier la prévalence de l'ESPT dans une unité d'urgence psychiatrique au moyen d'un instrument diagnostic et la comparer avec le diagnostic clinique retenu dans un échantillon historique (ii) évaluer la perception des cliniciens quant à l'utilisation systématique d'un instrument diagnostic Méthodes: la prévalence de l'ESPT a été évaluée chez des patients consécutifs (N = 403) qui ont bénéficié d'une consultation par des psychiatres de l'Unité urgence-crise du Service de Psychiatrie de Liaison (PLI) du CHUV, en utilisant le module J du Mini Mental Neuropsychologic Interview (MINI 5.0.0, version CIM-10). Ce résultat a été comparé avec la prévalence de l'ESPT mentionné comme diagnostic dans les dossiers (N = 350) d'un échantillon historique. La perception des médecins-assistants de psychiatrie quant au dépistage systématique de l'ESPT avec un instrument a été étudiée en se basant sur la conduite d'un focus group d'assistants travaillant dans l'Unité urgence-crise du PLI. Résultats: Parmi les patients (N = 316) évalués à l'aide de l'instrument diagnostic, 20,3% (n = 64) réunissaient les critères de l'ESPT. Cela constitue un taux de prévalence significativement plus élevé que la prévalence d'ESPT documentée dans les dossiers de l'échantillon historique (0,57%). Par ailleurs, la prévalence de l'ESPT est significativement plus élevée parmi les groupes socio- économiques précarisés, tels que réfugiés et sans papiers (50%), patients venant d'un pays à histoire de guerre récente (47,1%), patients avec quatre (44,4%) ou trois comorbidités psychiatriques (35,3%), migrants (29,8%) et patients sans revenus professionnels (25%). Le focus groupe composé de 8 médecins-assistants a révélé que l'utilisation systématique d'un outil- diagnostic ne convenait pas dans le setting d'urgence psychiatrique, notamment parce que l'instrument a été considéré comme non adapté à une première consultation ou jugé avoir un impact négatif sur l'entretien clinique. Toutefois, après la fin de l'étude, les médecins-assistants estimaient qu'il était important de rechercher activement l'ESPT et continuaient à intégrer les éléments principaux du questionnaire dans leur travail clinique. Conclusion et perspectives: cette étude confirme que l'ESPT est largement sous-diagnostiqué dans le contexte des urgences psychiatriques, mais que l'usage systématique d'un outil diagnostic dans ce cadre ne satisfait pas les praticiens concernés. Pour améliorer la situation et au vu du fait qu'un instrument diagnostic est considéré comme non-adapté dans ce setting, il serait peut-être bénéfique d'envisager un dépistage ciblé et/ou de mettre en place une stratégie de formation institutionnelle.

The impact of pre- and post-natal contexts on immunity, glucocorticoids and oxidative stress resistance in wild and domesticated grey partridges

Genetic background, prenatal and post-natal early-life conditions influence the development of interconnected physiological systems and thereby shape the phenotype. Certain combinations of genotypes and pre- and post-natal conditions may provide higher fitness in a specific environmental context. Here, we investigated how grey partridges Perdix perdix of two strains (wild and domesticated) cope physiologically with pre- and post-natal predictable vs. unpredictable food supply. Food unpredictability occurs frequently in wild environments and requires physiological and behavioural adjustments. Well-orchestrated and efficient physiological systems are presumably more vital in a wild environment as compared to captivity. We thus predicted that wild-strain grey partridges have a stronger immunity, glucocorticoid (GC) stress response and oxidative stress resistance (OSR) than domesticated birds, which have undergone adaptations to captivity. We also predicted that wild-strain birds react more strongly to environmental stimuli and, when faced with harsh prenatal conditions, are better able to prepare their offspring for similarly poor post-natal conditions than birds of domesticated origin. We found that wild-strain offspring were physiologically better prepared for stressful situations as compared to the domesticated strain. They had a high GC stress response and a high OSR when kept under predictable food supply. Wild-strain parents reacted to prenatal unpredictable food supply by lowering their offspring's GC stress response, which potentially lowered GC-induced oxidative pressure. No such pattern was evident in the domesticated birds. Irrespective of strain and prenatal feeding scheme, post-natal unpredictable food supply boosted immune indices, and GC stress response was negatively related to antibody response in females and to mitochondrial superoxide production. Wild-strain grey partridge showed fitness-relevant physiological advantages and appeared to prepare their offspring for the prospective environment. Negative relationships between GC stress response, immunity and oxidative indices imply a pivotal role of an organism's oxidative balance and support the importance of considering multiple physiological systems simultaneously.

Retinal ischemia-induced apoptosis is associated with alteration in Bax and Bcl-x(L) expression rather than modifications in Bak and Bcl-2.

PURPOSE: Apoptosis is known to play a key role in cell death after retinal ischemia. However, little is known about the kinetics of the signaling pathways involved and their contribution to this process. The aim of this study was to determine whether changes in the expression of molecules in the mitochondrial apoptotic pathway might explain the progression of retinal damage following ischemia/reperfusion. METHODS: Retinal ischemia was induced by elevating intraocular pressure in the vitreous cavity to 150 mmHg for a period of 60 min. At time 0, 3 h (early phase), and 24 h (late phase) after reperfusion, the retinas were harvested and modifications in the expression of Bax, Bak, Bcl-2, and Bcl-x(L) as well as caspase-3 and -7, were examined by qPCR and, in some cases, by western blot. RESULTS: qPCR analysis performed at the early phase after ischemia revealed a time dependent decrease in Bax, Bak, and Bcl-x(L) and no alteration in Bcl-2 mRNA expression in response to retinal ischemia. At the protein level, proapoptotic Bax and Bak were not modulated while Bcl-2 and Bcl-x(L) were significantly upregulated. At this stage, the Bax per Bcl-2 and Bax:Bcl-x(L) ratios were not modified. At the late phase of recovery, Bax and Bcl-x(L) mRNAs were downregulated while Bak was increased. Increased Bax:Bcl-2 and Bax:Bcl-x(L) ratios at both the mRNA and protein levels were observed 24 h after the ischemic insult. Analysis of caspases associated with mitochondria-mediated apoptosis revealed a specific increase in the expression of caspase-3 in the ischemic retinas 24 h after reperfusion, and a decrease in the expression of caspase-7. CONCLUSIONS: This study revealed that Bcl-2-related family members were differently regulated in the early and late phases after an ischemic insult. We showed that the Bax:Bcl-2 and Bax:Bcl-x(L) balances were not affected in the initial phases, but the Bax:Bcl-x(L) ratio shifted toward apoptosis during the late phase of recovery. This shift was reinforced by caspase-3 upregulation.

Rendimiento diagnóstico de la spect-tc post terapéutica en la estadificación inicial del cáncer diferenciado de tiroides

El rastreo corporal total (RCT) luego de la primera radioablación con 131I en pacientes diagnosticados de carcinoma diferenciado de tiroides (CDT) permite una re-estadificación de la enfermedad. Sin embargo, su información anatómica es escasa y la elevada actividad de los restos tiroideos puede interferir con la detección de adenopatías cervicales. En este estudio se determinó el valor diagnóstico de la SPECT-TC respecto al RCT, concluyendo que la misma aporta información relevante para determinar el compromiso ganglionar, resolviendo los patrones indeterminados observados en los estudios planares y permitiendo una mejor estadificación de los pacientes al final de su periodo de tratamiento.

Tailored thoracomyoplasty as a valid treatment option for chronic post-lobectomy empyema

Background: Chronic post-lobectomy empyema is rare but may require space obliteration for infection control. We report our experience by using a tailored thoracomyoplasty for this specific indication with respect to infection control and functional outcome. Patients and Methods: We retrospectively analysed 17 patients (11 men, 6 women) with chronic post-lobectomy empyema and treated by thoracomyoplasty in our institution between 2000 and 2011. All patients underwent an initial treatment attempt by use of chest tube drainage and antibiotics except those with suspicion of pleural aspergillosis (n=6). In 5 patients, bronchus stump insufficiency was identified at preoperative bronchoscopy. A tailored thoracoplasty was combined with a serratus anterior - rhomboid myoplasty which also served to close a broncho-pleural fistula, if present. The first rib was resected in 11/17 patients. Results: The 90-day mortality was 11.7%. Thoracomyoplasty was successful in all surviving patients with respect to infection control, space obliteration and definitive closure of broncho-pleural fistula, irrespective of the type of infection, the presence of a broncho-pleural fistula and whether a 1st rib resection was performed . Post-lobectomy pulmonary function testing before and after thoracoplasty revealed a mean predicted FEV1 of 63.0±8.5% and 51.5±4.2% (p=0.01), and a mean predicted DLCO of 59.8±11.6% and 54.5±12.5%, respectively. Postoperative shoulder girdle dysfunction and scoliosis were prevented in patients willing to undergo intense physiotherapy. Conclusions: Tailored thoracomyoplasty represents a valid option for patients with chronic post-lobectomy empyema without requiring a preceding open window thoracostomy. Space obliteration and infection control was equally obtained with and without first rib resection.