Cell-based computational modeling of vascular morphogenesis using Tissue Simulation Toolkit.

Computational modeling has become a widely used tool for unraveling the mechanisms of higher level cooperative cell behavior during vascular morphogenesis. However, experimenting with published simulation models or adding new assumptions to those models can be daunting for novice and even for experienced computational scientists. Here, we present a step-by-step, practical tutorial for building cell-based simulations of vascular morphogenesis using the Tissue Simulation Toolkit (TST). The TST is a freely available, open-source C++ library for developing simulations with the two-dimensional cellular Potts model, a stochastic, agent-based framework to simulate collective cell behavior. We will show the basic use of the TST to simulate and experiment with published simulations of vascular network formation. Then, we will present step-by-step instructions and explanations for building a recent simulation model of tumor angiogenesis. Demonstrated mechanisms include cell-cell adhesion, chemotaxis, cell elongation, haptotaxis, and haptokinesis.

Estudio para la implantación de un ERP en una empresa de aduanas

Este proyecto ha consistido en el asesoramiento a una empresa de aduanas para implantar un sistema ERP. Esta empresa es una PYME por lo que se han seleccionado para su estudio tres sistemas ERP’s orientados a este tipo de empresas, de diferentes fabricantes. Dos de ellos de código propietario y un tercero de código libre. La elección final, tras el estudio de la empresa y de los sistemas ERP’s, ha sido el producto Microsoft Dynamics Navision, por aportar la mayor cantidad de funcionalidades requeridas y ser la solución que ofrece más opciones para el desarrollo de las funcionalidades faltantes.

Dilemas de acción colectiva: instituciones y cooperación en organizaciones tecnológicas redes para la innovación

La presente investigación es acerca de la acción colectiva en el caso conocido como Free Open Source Software (FOSS) desde la perspectiva de la economía política y de su corriente denominada como neoinstitucionalismo económico (Peters, 2003). El marco teórico que utilizo para analizar el caso es el conocido como el Análisis de Desarrollo Institucional (IAD1, ver Hess y Ostrom, 2007:41) que durante más de 30 años ha sido utilizado por diferentes investigadores en el análisis de recursos comunes. Mi estrategia de investigación consiste en establecer un diálogo entre la teoría y los estudios empíricos acerca del FOSS. Para las personas no familiarizadas con el tema, FOSS es el conjunto de organizaciones e individuos que con un marco institucional específico están dedicados al desarrollo de software no propietario.

Estudio para la implantación de un sistema ERP en una empresa dedicada a la hostelería

Este proyecto consiste en el estudio previo que se tiene que llevar a cabo para implantar un ERP en una empresa. En este caso, la empresa se trata de una PYME del sector de la restauración/hostelería. El estudio que se ha realizado sobre los tres ERP's son productos que se encuentran en el mercado, concretamente se han estudiado los ERP's de Openbravo, SAP y Datisa. El motivo de porque estos tres se debe a que el primero es open source, el segundo consiste en un producto de una empresa líder en el sector de los ERP's y el tercero porque es una solución de hostelería realizada por una mediana empresa.

Estudi per la implantació d'un ERP de codi obert en una empresa de fabricació de mobles

Un sistema ERP és una aplicació informàtica que permet gestionar tots els processos de negoci d’una empresa de forma integrada. Aquest projecte tracta sobre l’estudi previ que s’ha de realitzar en una empresa abans de la implantació d’un sistema ERP. L’empresa escollida per l’estudi és una pyme de fabricació de mobles. En primer lloc, s’inclou una base teòrica sobre els sistemes ERP. Després, s’analitza el funcionament i requeriments de l’empresa escollida. Finalment, s’estudien tres sistemes ERP de codi obert, es selecciona el que millor s’adapta i es fa una proposta de la seva futura implantació.

Aplicación de la ingeniería del software sobre la herramienta MATE: Common y DMLib

Aquest projecte intenta implantar una metodologia de treball sobre MATE. MATE es una eina de sintonització d'aplicacions paral·leles sorgida de la tesis doctoral d'Anna Sikora a 2003. Vistos els resultats obtinguts, es va decidir donar un pas endavant i convertir-la en un producte software Open Source. Per fer-ho ha sigut necessari aplicar una serie d'estàndards i fer un proces de tests. En aquest treball s'ha creat part de la metodologia i s'han modificat dos dels mòduls principals.

Condiciones para una arquitectura radical

La investigación Condiciones para una arquitectura radical se ha desarrollado en el marco de la beca FI 2009-12; y también incluye una beca de movilidad BE-DGR 2009 por un período de seis meses de 2010 en Princeton University School of Architecture. Condiciones para una arquitectura radical tiene un objetivo general: trabajar las relaciones entre límite, experiencia y comunidad a partir de dos pilares: arte y tecnología. Son tres familias de conceptos y sus articulaciones complejas en el espacio común: para definir en última instancia, otros procesos posibles de gestión en la ciudad. La lucha ideológica está en pensar cual debería ser el futuro de las ciudades. El objetivo concreto de la tesis es la búsqueda de herramientas para abrir nuevos espacios en la ciudad donde materializar un cambio social y urbano. Para entender esta aproximación la investigación indaga en los momentos de acercamiento y simbiosis de la arquitectura a las tesis del arte y la tecnología: una mirada atenta a las condiciones de contexto. Se explora el cruce de algunas ideas emancipadoras que se formularon en diferentes momentos de la cultura - desde las vanguardias históricas hasta ahora- en los que se intuyó la importancia del sistema abierto -el paso del objeto al proceso- y su trasposición en arquitectura: una arquitectura y un urbanismo open source; son episodios en los que ha existido un cuestionamiento de las fronteras disciplinares y un interés por la apropiación convivencial de lo público. Algunas de aquellas ideas pueden repetirse en el contexto activo de unas nuevas condiciones.

The MIGCLIM R package - seamless integration of dispersal constraints into projections of species distribution models

The MIGCLIM R package is a function library for the open source R software that enables the implementation of species-specific dispersal constraints into projections of species distribution models under environmental change and/or landscape fragmentation scenarios. The model is based on a cellular automaton and the basic modeling unit is a cell that is inhabited or not. Model parameters include dispersal distance and kernel, long distance dispersal, barriers to dispersal, propagule production potential and habitat invasibility. The MIGCLIM R package has been designed to be highly flexible in the parameter values it accepts, and to offer good compatibility with existing species distribution modeling software. Possible applications include the projection of future species distributions under environmental change conditions and modeling the spread of invasive species.

Integración de Hadoop con planificadores batch

Cada vez es mayor el número de aplicaciones desarrolladas en el ámbito científico, como en la Bioinformática o en las Geociencias, escritas bajo el modelo MapReduce, empleando herramientas de código abierto como Apache Hadoop. De la necesidad de integrar Hadoop en entornos HPC, para posibilitar la ejecutar aplicaciones desarrolladas bajo el paradigma MapReduce, nace el presente proyecto. Se analizan dos frameworks diseñados para facilitar dicha integración a los desarrolladores: HoD y myHadoop. En este proyecto se analiza, tanto las posibilidades en cuanto a entornos que ofrecen dichos frameworks para la ejecución de aplicaciones MapReduce, como el rendimiento de los clúster Hadoop generados con HoD o myHadoop respecto a un clúster Hadoop físico.

La credibilitat de les webs i els mecanismes d'avaluació

Internet va creixent i pot implicar que no sempre es garanteixi la qualitat de continguts. Aquest treball planteja veure com els individus usen una sèrie de mètodes (o etnomètodes) (Garfinkel, 1968), que poden ser més o menys sistemàtics, o més o menys informals, i que fan servir per a trobar la informació més vàlida. Gràcies a aquests mètodes, els individus quotidianament avaluen la credibilitat de les pàgines web.

Memòria metodològica de treball plantejada per a l'elaboració del projecte Alfabetització informacional : disseny d'estratègies, de serveis i recursos per a la fidelització d'usuaris de la biblioteca universitària

El treball se centra en l'anàlisi de les causes de la baixa participació en les sessions de formació d'usuaris per part dels estudiants, professors i investigadors universitaris de la Biblioteca de Física i Química de la Universitat de Barcelona. Es remarca la importància d'aquesta formació en la cerca, selecció i difusió de la informació així com la inclusió d'un programa d'alfabetització informacional. Es presenten possibles solucions i propostes per tal d'augmentar aquesta assistència (major difusió, publicitat...), amortitzar els recursos i serveis que preparen els bibliotecaris i en definitiva fidelitzar aquests usuaris.

Mòdul per a Moodle que possibilita la utilització de mapes conceptuals als creadors de cursos.

Actualment, i amb la ràpida expansió en el món educatiu de les plataformes d'aprenentatge virtual, s'experimenta una demanda de funcionalitats que puguen ser usades des d'aquestes plataformes i que donen resposta als reptes educatius dins d'aquest nou paradigma d'aprenentatge.En aquest treball s'ha fet una tasca d'integració d'eines que possibiliten la creació, modificació, visualització i magatzematge de mapes conceptuals dins d'una plataforma d'aprenentatge molt usada actualment, tant en ensenyament secundari com universitari. La plataforma moodle.L'eina per construir mapes conceptuals triada ha segut l'anomenada VUE, desenvolupada en la universitat de Tufts.Ambdues eines moodle i VUE s'han desenvolupat amb codi obert i baix llicències de programari lliure, així es poden tindre tots els avantatges que aquestes llicències proporcionen.El resultat és una integració que possibilita la utilització de mapes conceptuals dins de la plataforma moodle.

Memoria TFM programari lliure

Memòria final del màster programari lliure. Explicació detallada de la migració de tota la infraestructura actual d'un centre escolar basada en programari propietari a programari lliure.

Selecting control genes for RT-QPCR using public microarray data.

Background: Gene expression analysis has emerged as a major biological research area, with real-time quantitative reverse transcription PCR (RT-QPCR) being one of the most accurate and widely used techniques for expression profiling of selected genes. In order to obtain results that are comparable across assays, a stable normalization strategy is required. In general, the normalization of PCR measurements between different samples uses one to several control genes (e. g. housekeeping genes), from which a baseline reference level is constructed. Thus, the choice of the control genes is of utmost importance, yet there is not a generally accepted standard technique for screening a large number of candidates and identifying the best ones. Results: We propose a novel approach for scoring and ranking candidate genes for their suitability as control genes. Our approach relies on publicly available microarray data and allows the combination of multiple data sets originating from different platforms and/or representing different pathologies. The use of microarray data allows the screening of tens of thousands of genes, producing very comprehensive lists of candidates. We also provide two lists of candidate control genes: one which is breast cancer-specific and one with more general applicability. Two genes from the breast cancer list which had not been previously used as control genes are identified and validated by RT-QPCR. Open source R functions are available at http://www.isrec.isb-sib.ch/similar to vpopovic/research/ Conclusion: We proposed a new method for identifying candidate control genes for RT-QPCR which was able to rank thousands of genes according to some predefined suitability criteria and we applied it to the case of breast cancer. We also empirically showed that translating the results from microarray to PCR platform was achievable.