Non-contiguous protein recombination

Swapping sequence elements among related proteins can produce chimeric proteins with novel behaviors and improved properties such as enhanced stability. Although homologous mutations are much more conservative than random mutations, chimeras of distantly-related proteins have a low probability of retaining fold and function. Here, I introduce a new tool for protein recombination that identifies structural blocks that can be swapped among homologous proteins with minimal disruption. This non-contiguous recombination approach enables design of chimeras and libraries of chimeras with less disruption than can be achieved by swapping blocks of sequence. Less disruption means that one can generate libraries with higher fractions of functional enzymes and enables recombination of more distant homologs.

Using this new tool I design and construct many functional chimeric cellulases. I illustrate the structurally conservative nature of this recombination by creating a functional prokaryotic-eukaryotic chimera and solving its structure. I also show how non-contiguous recombination can be used to efficiently identify stabilizing mutations that have been incorporated into homologs in nature.

Textos antiguos vascos en Internet

Bilbao, Gidor y Ricardo Gómez, «Textos antiguos vascos en Internet», en Humanidades Digitales: desafíos, logros y perspectivas de futuro, Sagrario López Poza y Nieves Pena Sueiro (editoras), Janus [en línea], Anexo 1 (2014), 111-121, publicado el 11/04/2014, consultado el 12/04/2014. URL: .

International sources of fisheries information to enhance fish production, poverty alleviation and food security in Nigeria and developing Nigerian Fisheries and Aquatic Sciences Database

The paper viewed the decline in information provision in Nigeria to poor library development, which could be attributed to poor funding. The consequence is that current journal and books are not available in nigerian fisheries libraries. Information which can be regarded as the first factor of production on which other factors like land, labour and capital depend, can only be provided at the right time when libraries are better founded. For now if there must be increase in fish production, poverty alleviation and food security in Nigeria, our fisheries scientists and policy makers will have to rely on international sources of information using the advantage of internet connectivity. Some of such sources discussed in this paper are ASFA, AGORA, FAO DOAJ, FISHBASE, IAMSLIC, INASP, INASP-PERI, INASP-AJOL, ODINAFRICA, SIFAR, WAS, and ABASFR. However, reliance on international sources must not be at the total neglect of harnessing nigerian fisheries information. For the Nigerian Fisheries and Aquatic Sciences Database being developed by NIFFR to attain an international status like those enumerated above, scientists and publishers are requested to take the pain of depositing copies of their publications with NIFFR for inclusion in the Database

Estudio del marco normativo para las bibliotecas escolares: análisis de los proyectos de lectura de bibliotecas escolares de Andalucía, Catalunya y País Vasco

Español-> En esta investigación bibliográfica hemos analizado el trabajo de las tres Comunidades Autónomas en el tema de las bibliotecas escolares y hemos conocido el programa principal para su fomento utilizado en cada una de ellas. Para ello, hemos partido de lo que la IFLA/UNESCO y el Estado Español en su legislación y diferentes normativas establecen acerca de las bibliotecas escolares. Además, se ha realizado una comparación entre los tres programas de bibliotecas escolares de las Comunidades Autónomas seleccionadas: Andalucía, Catalunya y País Vasco. Finalmente, hemos conocido mediante los trabajos de diversos autores, los objetivos que para el futuro deben cumplir las bibliotecas escolares.

Utilidad de la biblioteca escolar como recurso al servicio del proyecto educativo

RESUMEN: En este trabajo se plasma la transcendencia que tiene la lectura en el desarrollo integral de las personas. Del mismo modo, consideramos fundamental que se fomente la lectura en la escuela desde la etapa de infantil. El supuesto de nuestro trabajo es que la escuela cuenta con un espacio que contiene todo lo necesario para fomentar el hábito lector: la biblioteca escolar. Para nuestra investigación nos hemos acercado a un centro escolar de Amorebieta (Bizkaia) para conocer si el funcionamiento de las bibliotecas escolares se realiza siguiendo los patrones que se consideran adecuados desde la literatura especializada en el tema.

Development of protein-catalyzed capture (PCC) agents with application to the specific targeting of the E17K Point mutation of Akt1

This thesis describes the expansion and improvement of the iterative in situ click chemistry OBOC peptide library screening technology. Previous work provided a proof-of-concept demonstration that this technique was advantageous for the production of protein-catalyzed capture (PCC) agents that could be used as drop-in replacements for antibodies in a variety of applications. Chapter 2 describes the technology development that was undertaken to optimize this screening process and make it readily available for a wide variety of targets. This optimization is what has allowed for the explosive growth of the PCC agent project over the past few years.

These technology improvements were applied to the discovery of PCC agents specific for single amino acid point mutations in proteins, which have many applications in cancer detection and treatment. Chapter 3 describes the use of a general all-chemical epitope-targeting strategy that can focus PCC agent development directly to a site of interest on a protein surface. This technique utilizes a chemically-synthesized chunk of the protein, called an epitope, substituted with a click handle in combination with the OBOC in situ click chemistry libraries in order to focus ligand development at a site of interest. Specifically, Chapter 3 discusses the use of this technique in developing a PCC agent specific for the E17K mutation of Akt1. Chapter 4 details the expansion of this ligand into a mutation-specific inhibitor, with applications in therapeutics.

Connecting researchers and research

Libraries have long held an established role in the scholarly research process; however the process of scholarly communication is evolving. Citation management software, institutional repositories, open access and open data mandates have opened up new opportunities and new challenges. Researchers have more responsibility for managing their work, but less time to do it. Libraries are struggling to remain an active part of the scholarly communication process. It has become increasingly difficult for institutions to identify their scholarly output. This presentation will show how MBLWHOI is attempting to meet this challenge with the implementation of, Bibapp, an open source tool to manage campus research.

BAMS: A Tool for Supervised Burned Area Mapping Using Landsat Data

A new supervised burned area mapping software named BAMS (Burned Area Mapping Software) is presented in this paper. The tool was built from standard ArcGIS (TM) libraries. It computes several of the spectral indexes most commonly used in burned area detection and implements a two-phase supervised strategy to map areas burned between two Landsat multitemporal images. The only input required from the user is the visual delimitation of a few burned areas, from which burned perimeters are extracted. After the discrimination of burned patches, the user can visually assess the results, and iteratively select additional sampling burned areas to improve the extent of the burned patches. The final result of the BAMS program is a polygon vector layer containing three categories: (a) burned perimeters, (b) unburned areas, and (c) non-observed areas. The latter refer to clouds or sensor observation errors. Outputs of the BAMS code meet the requirements of file formats and structure of standard validation protocols. This paper presents the tool's structure and technical basis. The program has been tested in six areas located in the United States, for various ecosystems and land covers, and then compared against the National Monitoring Trends in Burn Severity (MTBS) Burned Area Boundaries Dataset.

Deep learning review and its applications

Deep neural networks have recently gained popularity for improv- ing state-of-the-art machine learning algorithms in diverse areas such as speech recognition, computer vision and bioinformatics. Convolutional networks especially have shown prowess in visual recognition tasks such as object recognition and detection in which this work is focused on. Mod- ern award-winning architectures have systematically surpassed previous attempts at tackling computer vision problems and keep winning most current competitions. After a brief study of deep learning architectures and readily available frameworks and libraries, the LeNet handwriting digit recognition network study case is developed, and lastly a deep learn- ing network for playing simple videogames is reviewed.

Aplicación de ROS: Sistema Operativo Robótico sobre Lego Mindstorms NXT

[ES]El objetivo de este Trabajo de Fin de Grado es estudiar el programa llamado ROS, un entorno para la programación de robots. Proporciona una serie de herramientas, librerías, drivers… que facilitan en gran medida la programación de sistemas robóticos. Para realizar este estudio se utilizará ROS para crear una aplicación para un robot LEGO Mindstorms NXT. Estos robots son pequeños y versátiles, y son adecuados para la investigación. La aplicación que se llevará a cabo será un seguidor de línea, un robot capaz de seguir una pista dibujada sobre una superficie de otro color. Para programar la aplicación, se utilizarán en la medida de lo posible las herramientas proporcionadas por ROS. De esta manera, se espera alcanzar una mayor comprensión de ROS y de su funcionamiento, con sus fortalezas y sus debilidades.

O bibliotecário e o compartilhamento de saberes e informação no contexto da Avaliação de Tecnologias em Saúde

Esta pesquisa discute a participação do bibliotecário na formação de equipes multidisciplinares dos grupos de Avaliação de Tecnologias em Saúde (ATS), caracterizando sua atuação num novo campo que se abre para os bibliotecários em instituições de pesquisa. O objetivo geral baseia-se na criação de uma Biblioteca Digital (BD) com os parâmetros de qualidade da informação inerentes a ATS, a partir dos documentos gerados pelo Serviço de Comutação Bibliográfica (SCB) da Rede de Bibliotecas da FIOCRUZ, recomendando a inserção do bibliotecário na equipe multidisciplinar para ATS. A metodologia foi dividida em três partes: levantamento do estado da arte do conhecimento produzido na Saúde Coletiva, onde se insere a Avaliação de Tecnologias em Saúde, e da Ciência da Informação, pesquisa exploratória com uma abordagem qualitativa para coleta de dados junto ao grupo de pesquisadores de ATS de diversas instituições públicas e privadas e uma abordagem quantitativa para coleta de dados dos profissionais do SCB da Rede de Bibliotecas da Fiocruz e análise dos dados. Verificou-se que existe uma participação ativa do bibliotecário nas atividades de ATS, no que diz respeito, à formulação de estratégias de busca em base de dados, revisão de protocolos de busca, localização de publicações relevantes, auxílio para realização de revisões sistemática para os grupos de pesquisa. Pressupõe a criação de uma BD permitindo o compartilhamento de todos os documentos digitais gerados pelas bibliotecas. Com essa iniciativa pretende-se contribuir para impulsionar a produção do conhecimento científico e tecnológico na área da saúde e de ATS.

Livros, folhetos, jornais, calendários e folhinhas, tudo à venda na botica de Padre Tezinho: práticas sociais e práticas de leitura nos anúncios dos jornais do século XIX (1820-1831)

Este é o resultado de um trabalho desenvolvido que compõe a tese de doutorado cujo tema está focado nas práticas de leitura presentes na sociedade maranhense no século XIX, com recorte entre os anos de 1821 a 1831, data da circulação do primeiro jornal e da instalação da primeira tipografia no Maranhão, estendendo-se por todo o Primeiro Reinado quando a província começou a vivenciar os debates políticos e as transformações sociais, culturais e econômicas que lhe proporcionaram a construção de uma nova identidade. Trata- se de uma investigação histórica, tendo como fonte principal de pesquisa os jornais que circularam no Maranhão nesse período, e como sustentabilidade os reclames neles publicados que forneceram pistas necessárias para o entendimento das questões suscitadas sobre a cultura escrita, principalmente a presença de protocolos de leitura que, de forma geral, circundam ou estão vinculados às práticas de leitura e à cultura e de modo singular às pessoas, a fim de identificar as relações estabelecidas na tríade livro-leitor-leitura e, consequentemente, os desdobramentos sociais e pessoais, a partir do que era lido, produzido, veiculado ou comercializado entre os habitantes da província. Assim, houve também uma investigação de práticas sociais, incluindo ações, sujeitos e relações sociais, instrumentos, objetos, valores, tempo e lugar, não haurindo absolutamente o passado, mas garimpando referenciais que auxiliaram a entender o presente. O texto refaz um pouco a trajetória da imprensa no Maranhão, instituída com a finalidade de publicar o primeiro jornal maranhense O Conciliador do Maranhão, cujo caminho também é reconstituído assim como o dos demais jornais que circularam no período pesquisado, mostrando que eles serviram, não só para aclarar ideias, mas também para fazer brotar ideais liberalizantes. O capítulo-chave decorre das informações extraídas sobre os impressos produzidos pela imprensa local, os que estavam sendo comercializados pelo mercado maranhense, os que se encontravam no prelo local ou externo, os que se constituíam em leituras dos intelectuais e jornalistas, considerados principais construtores das práticas de leitura dos maranhenses oitocentistas. Um panorama das instituições mediadoras do livro e da leitura fecha o circuito percorrido, mostrando que as artes como a música, a pintura e o teatro serviram para delinear uma sociedade com peculiar formação crítica e que, as sociedades literárias, os gabinetes de leitura, as bibliotecas e as escolas públicas ou particulares, foram, de fato, verdadeiros baluartes da boa educação e da liberdade dos povos.

Creating a collection development model for a marine science library

The purpose of this article is to update and build on the approximate 10,000 item collection of the Harbor Branch Oceanographic Institute Library. This article will present a history of Harbor Branch and its library, and a literature review, outlining the collection development methods of other marine science libraries and academic libraries. The article will relate brief histories of three marine science libraries. A comparative table is constructed to compare Harbor Branch Library with three marine science libraries. The methodology, or how the table was created, is explained. The comparative table will be shown and analyzed, and the results of the table discussed. Finally, some recommendations for improvement of the Harbor Branch Library will be presented.

Uso de madeiras da Mata Atlântica em construções históricas no Rio de Janeiro

Com a chegada dos europeus ao Brasil, inicia-se a intensa exploração dos recursos da Mata Atlântica, direcionados primeiramente para uso da coroa e, posteriormente, para os assentamentos populacionais da colônia. As informações sobre o uso de madeiras na época do Brasil-colônia de Portugal (1630-1822) são escassas e se encontram dispersas. Dessa forma, o objetivo deste trabalho foi realizar uma referência cruzada utilizando três diferentes tipos de culturas materiais: documentos históricos, artefatos e paisagem. Tendo como foco as senzalas da Fazenda Ponte Alta no estado do Rio de Janeiro/RJ, relacionou-se os dados históricos sobre o uso de madeiras de construção no período colonial com o conhecimento científico atual sobre a flora de Mata Atlântica, identificando as espécies utilizadas no passado e sua ocorrência nos fragmentos florestais remanescentes. Para tal, foram visitadas bibliotecas nacionais e internacionais; analisadas amostras das madeiras da estrutura das senzalas e realizado um inventário fitossociológico nos fragmentos florestais remanescentes. Como um dos principais resultados, destaca-se o expressivo número de espécies madeireiras da Mata Atlântica que eram utilizadas nas construções do Brasil-colônia. E que a preferência de uso de determinados táxons pertencentes à Leguminosae, Sapotaceae e Lauraceae, reflete a disponibilidade e abundância dessas famílias no Bioma. Das espécies identificadas nas estruturas das senzalas, 68% foram citadas nos documentos históricos como sendo utilizadas em construções no período colonial e 37% dessas, também foram amostradas no inventário fitossociológico realizado. Constatou-se que as espécies utilizadas para construção no Brasilcolônia apresentavam, na maioria, boa qualidade e alta resistência o que lhes conferia uma multiplicidade de uso. Essa demanda, certamente, tem reflexos diretos na distribuição geográfica, no tamanho populacional e no status de conservação atual das espécies. Os resultados indicam, também, que os construtores do período, principais atores da história, detinham o conhecimento necessário à utilização das florestas locais. Assim, os dados obtidos nos diferentes materiais analisados se mostraram complementares e com interação entre si, agregando informação e veracidade aos argumentos inicialmente postulados

Repositórios de recursos educacionais livres : desafios para implantação em instituições públicas de ensino superior (IPES) a partir da perspectiva de professores conteudistas em EaD

A arquitetura distributiva da Internet amplia as possibilidades de produção e transmissão de recursos educacionais livres (REL). Assim, a pesquisa focaliza a implantação de repositórios de recursos educacionais livres (RREL) em instituições públicas de ensino superior, de maneira a garantir a integridade, a qualidade e a disponibilidade desses recursos no ciberespaço. Nesta perspectiva, identificam-se os fatores intervenientes para consecução desse objetivo, a partir da perspectiva de professores conteudistas na modalidade EaD. Para tanto, adota-se a pesquisa qualitativa e como técnica de coleta de dados, a entrevista. Com base no conjunto de respostas dos professores investigados, a partir da técnica de análise de conteúdo, são elaboradas recomendações para implantação e expansão de RREL no ensino superior. Os resultados apontam que na dimensão governamental se deve:a) incentivar a adoção de licenças abertas para a elaboração de REL, b) fomentar investimentos públicos para o desenvolvimento de pesquisas nessa área c) alocar recursos financeiros de forma constante e crescente na implantação de infraestrutura tecnológica de ponta em nível nacional; na dimensão institucional é necessário: a)promover amplo debate,de modo a elaborar diretrizes para formulação de política com o objetivo de implantar RREL e b) desenvolver programas de incentivos e benefícios para progressão acadêmica do docente; na dimensão informacional a) incentivar o trabalho colaborativo com a constituição de equipe multidisciplinar e b) estimular a participação das bibliotecas universitárias na gestão dos conteúdos. Busca-se, assim, expandir os RREL de maneira compartilhada com vistas à inovação e ao aprimoramento da educação superior no país