Exploring the factor structure of neurocognitive measures in older individuals

Here we focus on factor analysis from a best practices point of view, by investigating the factor structure of neuropsychological tests and using the results obtained to illustrate on choosing a reasonable solution. The sample (n=1051 individuals) was randomly divided into two groups: one for exploratory factor analysis (EFA) and principal component analysis (PCA), to investigate the number of factors underlying the neurocognitive variables; the second to test the "best fit" model via confirmatory factor analysis (CFA). For the exploratory step, three extraction (maximum likelihood, principal axis factoring and principal components) and two rotation (orthogonal and oblique) methods were used. The analysis methodology allowed exploring how different cognitive/psychological tests correlated/discriminated between dimensions, indicating that to capture latent structures in similar sample sizes and measures, with approximately normal data distribution, reflective models with oblimin rotation might prove the most adequate.

Desenvolvimento de ferramenta vocacionada para o dimensionamento de estruturas metálicas de acordo com a NP EN 1993-1-1

Dissertação de mestrado integrado em Engenharia Civil

The effect of siesta in parameters of cardiac structure and in interpretation of ambulatory arterial blood pressure monitoring

OBJECTIVE: To evaluate the influence of the siesta in ambulatory blood pressure (BP) monitoring and in cardiac structure parameters. METHODS: 1940 ambulatory arterial blood pressure monitoring tests were analyzed (Spacelabs 90207, 15/15 minutes from 7:00 to 22:00 hours and 20/20 minutes from 22:01 to 6.59hours) and 21% of the records indicated that the person had taken a siesta (263 woman, 52±14 years). The average duration of the siesta was 118±58 minutes. RESULTS: (average ± standard deviation) The average of systolic/diastolic pressures during wakefulness, including the napping period, was less than the average for the period not including the siesta (138±16/85±11 vs 139±16/86±11 mmHg, p<0.05); 2) pressure loads during wakefulness including the siesta, were less than those observed without the siesta); 3) the averages of nocturnal sleep blood pressures were similar to those of the siesta, 4) nocturnal sleep pressure drops were similar to those in the siesta including wakefulness with and without the siesta; 5) the averages of BP in men were higher (p<0.05) during wakefulness with and without the siesta, during the siesta and nocturnal sleep in relation to the average obtained in women; 6) patients with a reduction of 0- 5% during the siesta had thickening of the interventricular septum and a larger posterior wall than those with a reduction during the siesta >5%. CONCLUSION: The siesta influenced the heart structure parameters and from a statistical point of view the average of systolic and diastolic pressures and the respective pressure loads of the wakeful period.

Desenvolvimento de membranas poliméricas baseadas em Poli(fluoreto de vinilideno) para a filtração de materiais biológicos

Dissertação de mestrado em Biofísica e Bionanossistemas

Compositional analysis of biofilms formed by Staphylococcus aureus isolated from food sources

The Supplementary Material for this article can be found online at: http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fmicb. 2016.00390

Right ventricular structure and function as possible determinants of surgical outcome 30 years after repair of tetralogy of Fallot

OBJECTIVE: To identify the variables that may be involved in the persistence of symptoms (functional class II, III, or IV vs. I) in patients being followed up for 30 years after surgical repair of tetralogy of Fallot. METHODS: Fifty-three patients (27 women), who underwent corrective surgery for tetralogy of Fallot between 1960 and 1970, were studied. Their ages ranged from 7 months to 26 years. At the end of follow-up, 13 patients were asymptomatic and the remaining were in functional class II (N=24), III (N=15), and IV (N=1). To differentiate asymptomatic from symptomatic patients, the following variables were analyzed: age at surgery, need for widening the pulmonary ring and trunk, need for a second (2nd OP) or 3rd operation, residual defect of the interventricular septum, residual regurgitation of the pulmonary valve, systolic gradient through the right ventricular outflow tract, right ventricular dilation or hypertrophy (RVH), cardiothoracic index (CTI), right and left ventricular ejection fraction (RVEF/LVEF), and arrhythmias. RESULTS: The univariate analysis showed an association between the presence of symptoms and the 2nd OP (P=0.03), an increase in the CTI (P=0.0001), moderate to severe RVH (P=0.002), and dilation (P=0.0003). In the logistic regression model, the combination of the 2nd OP (P=0.008), the RVH (P=0.002), and the reduction in RVEF (P=0.01) determined the presence of symptoms. CONCLUSION: Despite the surgical treatment, right ventricular remodeling and performance were the major determinants in the late follow-up of tetralogy of Fallot.

Genetic diversity and population structure in Vicia faba L. landraces and wild related species assessed by nuclear SSRs

Research Article

Evolución de la Estructura en el Universo. Evolution of structure in the universe.

Se analizará la evolución de la estructura en el Universo desde los puntos de vista numérico, estadístico y observacional dando una caracterización de las propiedades globales del Universo en Gran Escala. Para ello se analizarán los mayores catálogos de Galaxias existentes, nuevas observaciones y simulaciones numéricas Cosmológicas de alta resolución. Mediante la aplicación de diferentes métodos capaces de proporcionar información útil acerca de las propiedades del Universo, se pretende aportar significativamente a la comprensión de la dinámica y la características generales de Galaxias y sistemas de Galaxias.

Regulación transcripcional y relación entre estructura y función de proteínas relacionadas con el metabolismo de colina en Pseudomonas aeruginosa. Transcriptional regulation and relationship between structure and function of proteins related with the choline metabolism in Pseudomonas aeruginosa.

El objetivo general de este proyecto es dilucidar los mecanismos de acción a nivel molecular de enzimas y proteínas involucradas en el metabolismo de colina en Pseudomonas aeruginosa, con énfasis en la identificación de residuos aminoacídicos críticos y regulación de la expresión de los genes en estudio. Los objetivos específicos que se palntean involucran abordajes bioquímicos y moleculares y serán llevados a cabo mediante técnicas de biología molecular y bioquímica (mutación sitio-dirigida, deleción génica, expresión y purificación de proteínas, fusión transcripcional a genes reporteros, etc). Planteo de hipótesis: las proteínas que se inducen por colina (fosforilcolina fosfatasa (PchP), fosfolipasa C (PlcH), acetilcolinestera (AchE), proteínas periplásmicas unidoras de colina (PUch) podrían compartir: a) una organización génica y responder a la regulación por proteínas regulatorias o a factores ambientales de manera similar; b) residuos aminoacídicos conservados que intervengan en la unión o interacción con diferentes ligandos, principalmente, colina. Para ello, se plantean los siguientes Objetivos Específicos: 1) identificar las zonas promotoras de los genes que codifican para PchP, PlcH, AchE y PUch, a fin de localizar posibles sitios de unión a proteínas reguladoras y los factores ambientales que afectan la actividad promotora. 2) determinar en las proteínas mencionadas los residuos aminoacídicos de importancia involucrados en la catálisis y en la interacción con ligandos, principalmente en la unión a compuestos de alquilamonio; 3) Se iniciarán estudios que demuestren la relación entre la inducción por colina de varios factores de patogenicidad la virulencia del microorganismo, empleando mutantes simples o múltiples en estos factores y como modelo de patogenicidad el nematodo C. elegans. A partir de los resultados obtenidos se pretende tener un conocimiento profundo sobre la regulación molecular y bioquímica de varias enzimas comprometidas en la patología que produce P. aeruginosa. Esto más el conocimiento de la fisiología de este microorganismo abre el camino para la búsqueda de posibles blancos de acción de drogas. Por otro lado, se espera tener un conocimiento integral sobre la regulación de la expresión de las actividades enzimáticas relacionadas con el metabolismo de colina y la respuesta de P. aeruginosa ante la presencia de compuestos de alquilamonio utilizados como nutrientes. Se espera conocer el papel que desempeña cada uno de los sitios de unión a los diferentes ligandos para el funcionamiento y control de las enzimas mencionadas y explicar el comportamiento diferencial de las enzimas frente a distintos sustratos y otros ligandos. El conocimiento de los sitios de unión a compuestos de alquilamonio permitirá encontrar esos dominios en diferentes proteínas del género Pseudomonas y otras bacterias Gram negativas. Desde el punto de vista evolutivo, se podrá comparar la similitud de los sitios de unión a colina entre proteínas de organismos eucariotas con procariotas (ej. PUch de bacterias Gram positivas, transportadores de colina, proteína C reactiva, AchE de eucariotas contra las encontradas en bacterias del género Pseudomonas, fosfolipasas A, C o D, etc.). Este proyecto permitirá concretar al menos dos tesis doctorales (Sanchez, Otero) más varios trabajos finales de grado (tesinas) que son y serán realizados por alumnos de la carrera de Microbiología en la UNRC. Les permitirá a los doctorandos y a los alumnos de grado adquirir una formación bastante integral ya que utilizarán herramientas de la fisiología general bacteriana, de la bioquímica clásica, de la biología molecular y de la bioinformática.

Estructura, representaciones y cohomología de álgebras de Lie nilpotents. Structure, represntations and cohomology of nilpotent Lie algebras.

El objetivo de este proyecto es obtener resultados de calidad en el área de las representaciones y cohomología de álgebras de Lie complejas nilpotentes de dimensión finita. Los objetivos específicos son (1) Demostrar que la familia de nilradicales parabólicos de las subálgebras de Lie semisimples satisfacen la conjetura del rango toral. (2) Calcular explícitamente la cohomología, aunque sea en grados bajos, de las álgebras de Lie 3-pasos nilpotentes libres y las álgebras $\mathfrak{gl}(2,A_{k})$ donde $A_{k}$ es el álgebra de quiver truncada en $k$ asociada a un quiver cíclico de $k$ flechas (y $k$ vértices). (3) Determinar explícitamente qué diagramas de Young aparecen en la cohomología, calculada por Kostant, de los nilradicales parabólicos de las subálgebras de Lie semisimples. (4) Mejorar las actuales cotas para las representaciones fieles de dimensión mínima de álgebras de Lie 3-pasos nilpotentes.

Aceleración de Algoritmos en Procesadores Multicore, GPGPU y FPGA. Algorithm Acceleration with Multicore, GPGPU and FPGA Processors.

El avance en la potencia de cómputo en nuestros días viene dado por la paralelización del procesamiento, dadas las características que disponen las nuevas arquitecturas de hardware. Utilizar convenientemente este hardware impacta en la aceleración de los algoritmos en ejecución (programas). Sin embargo, convertir de forma adecuada el algoritmo en su forma paralela es complejo, y a su vez, esta forma, es específica para cada tipo de hardware paralelo. En la actualidad los procesadores de uso general más comunes son los multicore, procesadores paralelos, también denominados Symmetric Multi-Processors (SMP). Hoy en día es difícil hallar un procesador para computadoras de escritorio que no tengan algún tipo de paralelismo del caracterizado por los SMP, siendo la tendencia de desarrollo, que cada día nos encontremos con procesadores con mayor numero de cores disponibles. Por otro lado, los dispositivos de procesamiento de video (Graphics Processor Units - GPU), a su vez, han ido desarrollando su potencia de cómputo por medio de disponer de múltiples unidades de procesamiento dentro de su composición electrónica, a tal punto que en la actualidad no es difícil encontrar placas de GPU con capacidad de 200 a 400 hilos de procesamiento paralelo. Estos procesadores son muy veloces y específicos para la tarea que fueron desarrollados, principalmente el procesamiento de video. Sin embargo, como este tipo de procesadores tiene muchos puntos en común con el procesamiento científico, estos dispositivos han ido reorientándose con el nombre de General Processing Graphics Processor Unit (GPGPU). A diferencia de los procesadores SMP señalados anteriormente, las GPGPU no son de propósito general y tienen sus complicaciones para uso general debido al límite en la cantidad de memoria que cada placa puede disponer y al tipo de procesamiento paralelo que debe realizar para poder ser productiva su utilización. Los dispositivos de lógica programable, FPGA, son dispositivos capaces de realizar grandes cantidades de operaciones en paralelo, por lo que pueden ser usados para la implementación de algoritmos específicos, aprovechando el paralelismo que estas ofrecen. Su inconveniente viene derivado de la complejidad para la programación y el testing del algoritmo instanciado en el dispositivo. Ante esta diversidad de procesadores paralelos, el objetivo de nuestro trabajo está enfocado en analizar las características especificas que cada uno de estos tienen, y su impacto en la estructura de los algoritmos para que su utilización pueda obtener rendimientos de procesamiento acordes al número de recursos utilizados y combinarlos de forma tal que su complementación sea benéfica. Específicamente, partiendo desde las características del hardware, determinar las propiedades que el algoritmo paralelo debe tener para poder ser acelerado. Las características de los algoritmos paralelos determinará a su vez cuál de estos nuevos tipos de hardware son los mas adecuados para su instanciación. En particular serán tenidos en cuenta el nivel de dependencia de datos, la necesidad de realizar sincronizaciones durante el procesamiento paralelo, el tamaño de datos a procesar y la complejidad de la programación paralela en cada tipo de hardware. Today´s advances in high-performance computing are driven by parallel processing capabilities of available hardware architectures. These architectures enable the acceleration of algorithms when thes ealgorithms are properly parallelized and exploit the specific processing power of the underneath architecture. Most current processors are targeted for general pruposes and integrate several processor cores on a single chip, resulting in what is known as a Symmetric Multiprocessing (SMP) unit. Nowadays even desktop computers make use of multicore processors. Meanwhile, the industry trend is to increase the number of integrated rocessor cores as technology matures. On the other hand, Graphics Processor Units (GPU), originally designed to handle only video processing, have emerged as interesting alternatives to implement algorithm acceleration. Current available GPUs are able to implement from 200 to 400 threads for parallel processing. Scientific computing can be implemented in these hardware thanks to the programability of new GPUs that have been denoted as General Processing Graphics Processor Units (GPGPU).However, GPGPU offer little memory with respect to that available for general-prupose processors; thus, the implementation of algorithms need to be addressed carefully. Finally, Field Programmable Gate Arrays (FPGA) are programmable devices which can implement hardware logic with low latency, high parallelism and deep pipelines. Thes devices can be used to implement specific algorithms that need to run at very high speeds. However, their programmability is harder that software approaches and debugging is typically time-consuming. In this context where several alternatives for speeding up algorithms are available, our work aims at determining the main features of thes architectures and developing the required know-how to accelerate algorithm execution on them. We look at identifying those algorithms that may fit better on a given architecture as well as compleme

Population genetic structure of brown crab (Cancer pagurus) in Irish waters

The brown crab (Cancer pagurus) fishery in Ireland is one of the most important financially and socio-economically, with the species worth approximately €15m per year in the first half of the decade. Only mackerel (Scomber scombrus) and Dublin Bay prawn (Nephrops norvegicus) are of greater value. Despite this, very little research has been conducted to describe the stock structure of brown crab on a national scale. In this study a country-wide assessment of genetic population structure was carried out. Sampling was conducted from commercial fishing boats from 11/06 to 04/08 at seven sample sites representing the central Irish brown crab fisheries, with one sample site from the UK also included in the study. Six microsatellite markers, specifically developed for brown crab, were used to assess genetic diversity and estimate population differentiation parameters. Significant genetic structuring was found using F-statistics (Fst = 0.007) and exact tests, but not with Bayesian methods. Samples from the UK and Wexford were found to be genetically distinct from all other populations. Three northern populations from Malm Head and Stanton Bank were genetically similar with Fst estimates suggesting connectivity between them. Also, Stanton Bank, again on the basis of Fst estimates, appeared to be connected to populations down the west coast of Ireland, as far south as Kerry. Two Galway samples, one inside and one outside of Galway Bay, were genetically differentiated despite their close geographic proximity. It is hypothesised that a persistent northerly summer current could transport pelagic larvae from populations along the southwest and west coasts of Ireland towards Stanton Bank in the North, resulting in the apparent connectivity observed in this study.

Data for the sustainable management of an emerging fishery: Age, growth and stock structure of Atlantic saury Scomberesox saurus saurus (Walbaum), in the Northeastern Atlantic Ocean

Almost half of Ireland’s commercial stocks face overexploitation. As traditional species decrease in abundance and become less profitable, the industry is increasingly turning to alternate species. Atlantic saury (Scomberesox saurus saurus (Walbaum)) has been identified as a potential species for exploitation. Very little information is available on its biology or population dynamics, especially for Irish waters. This thesis aims to obtain sound scientific data, which will help to ensure that a future Atlantic saury fishery can be sustainably managed. The research has produced valuable data, some of which contradicts previous studies. Growth of Atlantic saury measured using otolith microstructure is found to be more than twice that previously calculated from annual structures on scales and otoliths. This results in a significant reduction of the expected life span from five to about two years. Investigation of maturity stage at age indicates that Atlantic saury will reproduce for the first time at age one and will survive for one or at most two reproduction seasons. It is concluded that a future Irish fishery will target mostly fish prior to their first reproduction. Finally the thesis gives some insights into the population structure of Atlantic saury, by analysis of otolith morphometric. Significant differences are detected between Northeastern Atlantic and western Mediterranean Sea specimens of the 0+ age class (less than one year old). The implications of these results for the management of an emerging fishery are discussed.