Considerations for a social and geographical framework for agent-based epidemics

Understanding the dynamics of disease spread is of crucial importance, in contexts such as estimating load on medical services to risk assessment and intervention policies against large-scale epidemic outbreaks. However, most of the information is available after the spread itself, and preemptive assessment is far from trivial. Here, we investigate the use of agent-based simulations to model such outbreaks in a stylised urban environment. For most diseases, infection of a new individual may occur from casual contact in crowds as well as from repeated interactions with social partners such as work colleagues or family members. Our model therefore accounts for these two phenomena.Presented in this paper is the initial framework for such a model, detailing implementation of geographical features and generation of social structures. Preliminary results are a promising step towards large-scale simulations and evaluation of potential intervention policies.

Is the sun too bright in Queensland? An approach to robust outdoor colour beacon detection

Using cameras onboard a robot for detecting a coloured stationary target outdoors is a difficult task. Apart from the complexity of separating the target from the background scenery over different ranges, there are also the inconsistencies with direct and reflected illumination from the sun,clouds, moving and stationary objects. They can vary both the illumination on the target and its colour as perceived by the camera. In this paper, we analyse the effect of environment conditions, range to target, camera settings and image processing on the reported colours of various targets. The analysis indicates the colour space and camera configuration that provide the most consistent colour values over varying environment conditions and ranges. This information is used to develop a detection system that provides range and bearing to detected targets. The system is evaluated over various lighting conditions from bright sunlight, shadows and overcast days and demonstrates robust performance. The accuracy of the system is compared against a laser beacon detector with preliminary results indicating it to be a valuable asset for long-range coloured target detection.

Autonomous helicopter hover using an artificial neural network

Details the developments to date of an unmanned air vehicle (UAV) based on a standard size 60 model helicopter. The design goal is to have the helicopter achieve stable hover with the aid of an INS and stereo vision. The focus of the paper is on the development of an artificial neural network (ANN) that makes use of only the INS data to generate hover commands, which are used to directly manipulate the flight servos. Current results show that networks incorporating some form of recurrency (state history) offer little advantage over those without. At this stage, the ANN has partially maintained periods of hover even with misaligned sensors.

Fine-mapping of the HNF1B multicancer locus identifies candidate variants that mediate endometrial cancer risk

Common variants in the hepatocyte nuclear factor 1 homeobox B (HNF1B) gene are associated with the risk of Type II diabetes and multiple cancers. Evidence to date indicates that cancer risk may be mediated via genetic or epigenetic effects on HNF1B gene expression. We previously found single-nucleotide polymorphisms (SNPs) at the HNF1B locus to be associated with endometrial cancer, and now report extensive fine-mapping and in silico and laboratory analyses of this locus. Analysis of 1184 genotyped and imputed SNPs in 6608 Caucasian cases and 37 925 controls, and 895 Asian cases and 1968 controls, revealed the best signal of association for SNP rs11263763 (P = 8.4 × 10−14, odds ratio = 0.86, 95% confidence interval = 0.82–0.89), located within HNF1B intron 1. Haplotype analysis and conditional analyses provide no evidence of further independent endometrial cancer risk variants at this locus. SNP rs11263763 genotype was associated with HNF1B mRNA expression but not with HNF1B methylation in endometrial tumor samples from The Cancer Genome Atlas. Genetic analyses prioritized rs11263763 and four other SNPs in high-to-moderate linkage disequilibrium as the most likely causal SNPs. Three of these SNPs map to the extended HNF1B promoter based on chromatin marks extending from the minimal promoter region. Reporter assays demonstrated that this extended region reduces activity in combination with the minimal HNF1B promoter, and that the minor alleles of rs11263763 or rs8064454 are associated with decreased HNF1B promoter activity. Our findings provide evidence for a single signal associated with endometrial cancer risk at the HNF1B locus, and that risk is likely mediated via altered HNF1B gene expression.

Regolith mass balance inferred from combined mineralogical, geochemical and geophysical studies: Mule Hole gneissic watershed, South India

The aim of this study is to propose a method to assess the long-term chemical weathering mass balance for a regolith developed on a heterogeneous silicate substratum at the small experimental watershed scale by adopting a combined approach of geophysics, geochemistry and mineralogy. We initiated in 2003 a study of the steep climatic gradient and associated geomorphologic features of the edge of the rifted continental passive margin of the Karnataka Plateau, Peninsular India. In the transition sub-humid zone of this climatic gradient we have studied the pristine forested small watershed of Mule Hole (4.3 km(2)) mainly developed on gneissic substratum. Mineralogical, geochemical and geophysical investigations were carried out (i) in characteristic red soil profiles and (ii) in boreholes up to 60 m deep in order to take into account the effect of the weathering mantle roots. In addition, 12 Electrical Resistivity Tomography profiles (ERT), with an investigation depth of 30 m, were generated at the watershed scale to spatially characterize the information gathered in boreholes and soil profiles. The location of the ERT profiles is based on a previous electromagnetic survey, with an investigation depth of about 6 m. The soil cover thickness was inferred from the electromagnetic survey combined with a geological/pedological survey. Taking into account the parent rock heterogeneity, the degree of weathering of each of the regolith samples has been defined using both the mineralogical composition and the geochemical indices (Loss on Ignition, Weathering Index of Parker, Chemical Index of Alteration). Comparing these indices with electrical resistivity logs, it has been found that a value of 400 Ohm m delineates clearly the parent rocks and the weathered materials, Then the 12 inverted ERT profiles were constrained with this value after verifying the uncertainty due to the inversion procedure. Synthetic models based on the field data were used for this purpose. The estimated average regolith thickness at the watershed scale is 17.2 m, including 15.2 m of saprolite and 2 m of soil cover. Finally, using these estimations of the thicknesses, the long-term mass balance is calculated for the average gneiss-derived saprolite and red soil. In the saprolite, the open-system mass-transport function T indicates that all the major elements except Ca are depleted. The chlorite and biotite crystals, the chief sources for Mg (95%), Fe (84%), Mn (86%) and K (57%, biotite only), are the first to undergo weathering and the oligoclase crystals are relatively intact within the saprolite with a loss of only 18%. The Ca accumulation can be attributed to the precipitation of CaCO3 from the percolating solution due to the current and/or the paleoclimatic conditions. Overall, the most important losses occur for Si, Mg and Na with -286 x 10(6) mol/ha (62% of the total mass loss), -67 x 10(6) mol/ha (15% of the total mass loss) and -39 x 10(6) mol/ha (9% of the total mass loss), respectively. Al, Fe and K account for 7%, 4% and 3% of the total mass loss, respectively. In the red soil profiles, the open-system mass-transport functions point out that all major elements except Mn are depleted. Most of the oligoclase crystals have broken down with a loss of 90%. The most important losses occur for Si, Na and Mg with -55 x 10(6) mol/ha (47% of the total mass loss), -22 x 10(6) mol/ha (19% of the total mass loss) and -16 x 10(6) mol/ha (14% of the total mass loss), respectively. Ca, Al, K and Fe account for 8%, 6%, 4% and 2% of the total mass loss, respectively. Overall these findings confirm the immaturity of the saprolite at the watershed scale. The soil profiles are more evolved than saprolite but still contain primary minerals that can further undergo weathering and hence consume atmospheric CO2.

Structure of nonactin-calcium perchlorate, C40H64O12.Ca(ClO4)2, and a comparative study of metal-nonactin complexes

M r= 975.9, orthorhombic, Pnna, a = 20.262 (3), b= 15.717 (2), c= 15.038 (1)A, V= 4788.97 A 3, z = 4, D x = 1.35 Mg m -3, Cu Kct radiation, 2 = 1.5418 A, /t = 2.79 mm -1, F(000) -= 2072, T = 293 K, R = 0.08, 3335 observed reflections. The molecular structure and the crystal packing are similar to those observed in the nonactin complexes of sodium thiocyanate and potassium thiocyanate. The eight metal-O distances are nearly the same in the potassium complex whereas the four distances involving carbonyl O atoms are shorter than the remaining four involving the tetrahydrofuran-ring O atoms in the Na and the Ca complexes. This observation can be explained in terms of the small ionic radii of Na + and Ca 2+, and leads to a plausible structural rationale for the stronger affinity of nonactin for K + than for the other two metal ions.

Productivity of the suffixes -ness and -ity in 17th-century English letters : A sociolinguistic approach

Tässä työssä tutkitaan englannin kielen substantiivijohtimien -ness ja -ity produktiivisuutta 1600-luvulla kirjoitetuissa kirjeissä. Näitä lähes synonyymisiä johtimia käytetään yleensä merkitykseltään abstraktien substantiivien muodostamiseen adjektiiveista (esim. productive 'produktiivinen' > productiveness tai productivity 'produktiivisuus'). Johtimista -ity on lainautunut englantiin ranskasta ja myöhemmin myös latinasta; se on sekä fonologialtaan että semantiikaltaan läpinäkymättömämpi kuin kotoperäinen -ness. Lisäksi -ity-johdinta on käytetty enimmäkseen formaaleissa tilanteissa ja tieteellisissä teksteissä, kun taas -ness on ollut yleiskäyttöisempi. Tutkielman lähestymistapa on sosiolingvistinen: oletetaan, että johtimien produktiivisuus (eli valmius muodostaa uusia johdoksia) voi vaihdella eri sosiaaliryhmissä. Sosiolingvistiikkaa ei ole aiemmin juurikaan sovellettu produktiivisuuden tutkimiseen. Tutkimusaineistona on Helsingin yliopiston VARIENG-tutkimusyksikön laatima Corpus of Early English Correspondence, varhaisista englanninkielisistä kirjeistä koostuva korpus eli elektroninen tekstikokoelma, joka on suunniteltu historiallisen sosiolingvistiikan tarpeisiin. Korpuksen 1600-luvun kirjeitten yhteenlaskettu pituus on noin 1,4 miljoonaa sanaa, ja ne on kirjoitettu vuosina 1600-1681. Tutkielman tärkeimpänä produktiivisuusmittarina käytetään johtimien avulla muodostettujen eri sanojen eli tyyppien lukumäärää. Hypoteesina on, että -ity-tyyppien määrä on keskimääräistä pienempi huonosti koulutettujen sosiaaliryhmien kirjeissä. Näitä olivat 1600-luvulla naiset sekä alhaisimmat yhteiskuntaryhmät, kuten talonpojat ja käsityöläiset. Johtimen -ness tyyppimäärissä ei odoteta esiintyvän sosiolingvististä variaatiota. Tutkielmassa käsitellään myös tyyppimäärien vertailuun liittyviä metodologisia ongelmia. Koska vaikkapa naisilta ja miehiltä on eri määrä dataa, ei heidän tyyppimääriään voida suoraan verrata keskenään. Esimerkiksi tyyppimäärien normalisointi tuhatta sanaa kohti ei myöskään ole mahdollista, koska tyyppien lukumäärä ei kasva lineaarisesti korpuksen kasvaessa. Tutkielmassa esitetään kielitieteessä harvoin käytetty tilastotieteellinen menetelmä, jonka avulla korpuksen eri osista saatuja tyyppimääriä voidaan verrata koko korpukseen ja testata, ovatko ne tilastollisesti merkittävän pieniä tai suuria. Toisin kuin monet yleisemmät menetelmät, tämä tyyppikertymiin ja permutaatiotesteihin perustuva metodi ei vaadi yksinkertaistavien oletuksien tekemistä. Tutkimustulokset vahvistavat hypoteesin oikeaksi: naisten -ity-tyyppien lukumäärä on tilastollisesti merkittävän alhainen, kun taas -ness-tyyppien määrissä ei ole tilastollisesti merkittäviä eroja. Alhaisimpien yhteiskuntaryhmien osalta tuloksia ei saada, koska niiltä on korpuksessa liian vähän dataa. Analyysissä paljastuu myös yllättävä eroavaisuus: korpuksen ajallisesti ensimmäisessä puoliskossa (1600-1639) on merkittävän vähän -ity-tyyppejä. Tämä voidaan tulkita kielelliseksi muutokseksi: -ity-johtimen produktiivisuus kasvaa kirjeissä 1600-luvun aikana. Saattaa olla, että johtimen produktiivisuus on ensin kasvanut formaalimmissa tekstilajeissa, joista lisääntynyt käyttö on sitten levinnyt myös kirjeisiin, ehkäpä 1640-luvun sisällissodan synnyttämien kontaktiverkostojen siivittämänä. Tuloksien perusteella voidaan sanoa, että sosiolingvistinen vaihtelu on merkittävä tekijä ainakin joittenkin johtimien produktiivisuudessa, joten vaihtelua on syytä tutkia enemmänkin. Tutkimuksessa käytetty metodi mahdollistaa osakorpuksien tyyppimäärien luotettavan vertailun melko pienissäkin korpuksissa, joten se soveltuu hyvin niin historialliseen kielitieteeseen kuin sosiolingvistiikkaankin.

Uskon yhdistämät : Englantilaisten puritaanien uskonnollinen yhteisö ennen sisällissotaa

Yhteisö, jonka englantilaiset puritaanit muodostivat, on kiinnostanut monia tutkijoita, mutta yleensä vain jonkin toisen tutkimuskysymyksen ohessa. Tässä tutkielmassa pyritään luomaan yleiskuva siihen, mitä puritaanit yhteisöstään sanoivat tai ajattelivat ennen 1640-lukua ja sen mullistuksia. Keskeisiä kysymyksiä ovat, olivatko rajat muihin selvät, mitä puritaaniyhteisö antoi jäsenilleen ja mikä oli uskonveljeyden asema muihin sosiaalisiin suhteisiin nähden. Lähteinä on käytetty pääasiassa opastavaa ja opettavaa kirjallisuutta ja saarnoja sekä päiväkirjoja ja joitakin säilyneitä kirjeitä. Ulkopuolisten silmissä puritaanit olivat korkean moraalin vaatijoita, perinteisten hauskanpidon muotojen lopettajia ja naapurisovun huonontajia. Puritaaneilla oli kuitenkin hyvä tarkoitus toisten asioihin sekaantumisessaan: he olivat rakentamassa raamatullista ja hurskasta yhteiskuntaa ja katsoivat olevansa osallisia siihen syntiin, jota jättivät moittimatta. Vallanpitäjät puolestaan pitivät puritaaneja uhkana vakaudelle. Puritaanit kuitenkin halusivat kunnioittaa maallisia auktoriteetteja ja hierarkioita, mikäli se oli mahdollista pysyen samalla uskollisena Jumalan sanalle. Puritaaniyhteisöä laajennettiin ja pidettiin yllä tukemalla puritaanisia saarnaajia, julkaisemalla puritaanista kirjallisuutta ja pitämällä huoli puolison, lasten ja palvelijoiden uskonnollisesta kasvatuksesta. Puritaanit tuntuvat pitäneen kääntymyskokemuksessa tärkeänä synnintuntoon tuloa, mikä selittää heidän käyttämiään keinoja eli saarnoja, painatteita ja lähimmäisten synneistä huomauttamista. Perheeseen tosin yleisesti kehotettiin mahdollisuuksien mukaan valitsemaan hurskaita jäseniä puolisoksi ja palvelijoiksi. Lukuisissa kirjoituksissa puritaaneja kehotettiin pysymään erillään syntisistä ja määriteltiin, millainen yhteys näihin oli luvallista. Täysin sulkeutunut puritaaniyhteisö ei kuitenkaan ollut, sillä muun muassa taloudellinen kanssakäyminen oli sallittua ja ulkopuolisten elämään puututtiin monin tavoin. Uskonnollinen kirjallisuus ei juuri auta hahmottamaan puritaaniyhteisön rajoja, sillä käsitteitä, joilla viitattiin uskonnolliseen yhteisöön tai siihen kuulumattomiin, ei määritelty eikä käytetty johdonmukaisesti. Syynä tähän epämääräisyyteen oli ehkä varovaisuus tai separatismista irtisanoutuminen. Puritaanit eivät koskaan järjestäytyneet laajasti ja pysyvästi, eikä jäsenyyteen liittynyt mitään erikoisia rituaaleja tai merkkejä, siksi käytännössäkin uskonnollisen yhteisön rajat saattoivat olla osittain liukuvat, mutta vastakkainasettelu pyhien ja syntisten välillä oli jyrkkä. Aineellisen avun antamisen saneli ensisijaisesti kristillinen rakkaus ja avun tarve, mutta uskonveljille annettiin kuitenkin erityisasema. Kaikkein tärkeintä oli huolehtia ydinperheen tarpeiden täyttämisestä, mutta heti sitä kaukaisemmat sukulaiset saattoi syrjäyttää uskonveli. Sama hierarkia näkyy muissakin ihmissuhteita koskevissa ohjeissa, joten puritanismi ei varsinaisesti pyrkinyt horjuttamaan perheinstituutiota, vaikka perhekään ei ollut niin pyhä kuin Jumalan sana. Puritanismi myös ylläpiti sosiaalisia rajoja, joskin yhteinen uskonto ja sen kulttuuri henkisesti saattoivatkin lähentää sosiaaliryhmiä toisiinsa.

Rajamerkkien vartijat : Maariidat Helsingin ja Sipoon pitäjissä 1630 - 1669

Tutkielman aiheena ovat säätyläisten ja talonpoikien maariidat Helsingin ja Sipoon pitäjissä 1600-luvun puolessa välissä. Historiallisen kriminologian tutkijat ovat pitäneet kiinteään maaomaisuuteen liittyneitä maariitoja keskeisenä syynä 1500-luvun korkeaan väkivallan tasoon. 1600-luvulla väkivalta kutistui pieneksi rikosryhmäksi alioikeuksien alkaessa toimia. Enää talonpoikien ei tarvinnut turvautua väkivaltaan omaisuutta puolustaessaan, vaan riidat saatiin päätökseen käräjillä. Tässä työssä selvitän Helsingin ja Sipoon tuomiokirjojen avulla, mitä tapahtui maariidoille 1600-luvulla, sillä itse maariidat ovat jääneet väkivaltatutkimuksen varjoon historiallisessa kriminologiassa. Arvioin maariitoja kvantitatiivisesti ja kvalitatiivisesti syventyen erityisesti niiden yleisyyteen, osapuoliin, maariitojen rooliin talonpoikien ja säätyläisten elämässä sekä maariitojen 1600-luvulle tyypillisiin piirteisiin. Lahjoitusmaat lisääntyivät etenkin 1630- ja 1640-luvuilla voimakkaasti Suomessa. Myös pienaatelin asuttamissa Sipoon ja Helsingin pitäjissä aateliset laajensivat maaomistuksiaan talonpoikaismaan kustannuksella. Baltiasta ja Keski-Euroopasta Suomeen saapuneet feodaaliset omistuskäsitykset asettivat aateliset ja talonpojat törmäyskurssille. Maariitojen käsittely oikeudessa oli siviiliprosessi, jossa periaatteessa tasa-arvoiset osapuolet ottivat yhteen riita-asiassa. Omaisuusriitojen käsittelyssä säilyi huomattavan pitkään perinteisiä, paikallisia, tapaoikeuden piirteitä, joita kruunu oli pyrkinyt karsimaan pois muista rikosasioiden käsittelyistä. Perinteiset oikeustavat eivät kuuluneet modernisoituvan ja keskittyvän valtion oikeusjärjestelmään. Ne säilyivät kuitenkin omaisuusoikeuteen liittyvissä maariidoissa huomattavan pitkään, koska riidanratkaisun auktoriteetti oli laajalla alalla käräjäyhteisössä. Maariidat olivat Helsingin ja Sipoon pitäjissä 4. suurin rikosryhmä 1600-luvun puolessa välissä. Niitä voidaankin pitää agraarisen yhteiskunnan tyyppirikoksena. Säätyläisten suuri määrä osapuolten joukossa oli 1600-luvun maariidoille tyypillinen piirre. Oikeus oli tasapuolinen säätyjä kohtaan arvioidessaan tapausten syyllisyyskysymystä, mutta asettui selvästi säätyläisten puolelle jaellessaan rangaistuksia. Säätyläisiä rangaistiin maariidoissa lievällä vahingonkorvauksella ja talonpoikia yleensä ankarammalla sakolla. Väkivallalla oli maariidoissa keskeinen rooli myös 1600-luvulla. Etenkin 1630-luvulla väkivaltaa esiintyi lähes kaikissa maariidoissa. 1640-luvulla oikeus vakiinnutti asemansa maariitojen ratkaisuareenana väkivallan sijaan ja riidat ratkaistiin käräjätuvassa. Silti väkivallan rooli maariitojen taustalla säilyi. Joka viidennen maariidan taustalla oli väkivaltaa. Tyypillisintä se oli talonpoikien välisissä maariidoissa. Väkivalta sai hyvin raakojakin piirteitä maariitojen yhteydessä. Lievästä väkivallasta oli kyse vain harvoin. Vuosikausia kestäneet maariitojen kierteet saivat päätöksensä 1600-luvun puolessa välissä oikeuden saavuttaessa riittävästi valtaa pitääkseen annetut tuomiot voimassa myös maariidoissa. Suurimmassa osassa Helsingin ja Sipoon pitäjien maariidoista saatiin päätös ensimmäisellä käräjäkerralla tai alle vuoden kuluessa riidan puhkeamisesta. Kuitenkin 17 prosenttia riidoista oli pitkään jatkuneita riitoja, joista oli riidelty yli vuosi. Oikeuteen luotettiin enemmän ja se pystyi pitämään tuomiot voimassa toisin kuin vielä 1500-luvulla. Talonpojat yhdistivät usein voimansa aatelisia vastaan käydyissä maariidoissa. Heidän keskuuteensa vaikutti syntyneen moraalinen yhteisö aatelin talonpoikaiselle maanomistukselle muodostamaa uhkaa vastaan. Toisiaan vastaan riidellessä solidaarisuus oli tiessään. Tasavahvojen osapuolten oli tultava toimeen omillaan. Säätyläiset turvautuivat maariitoihin lähinnä taloudellisten syiden vuoksi. Kun kartano ei kannattanut, alustalaisten tai rajapiiritilojen maita saattoi yrittää saada haltuunsa viemällä riita käräjille jopa tekaistun syyn varjolla. Kyseenalaistamalla vanhat rajat heillä oli tarkoitus saada omiin maihin lisää alaa ja siten saada uutta maata rälssiksi. Etenkin oman rälssimaan rajojen sisäpuolella aatelisilla oli vahva usko oikeudestaan toimia tahtonsa mukaan omistuksillaan huolimatta siitä, oliko kyseessä perintötila vai lampuodin tila.

Sustainable native forest management. Case studies in managing private native forest in southeast Queensland.

The introduction describes productive forest in Queensland and summaries the principles of native forest management that achieve optimum productivity. Case study 1 deals with thinning an even-aged regrowth forest. It shows how thinning the stand actively manages the future composition and structure to improve productivity in the best stems and increase the commercial value of the next harvest. Case study 2 describes restoring productivity in a high-graded spotted gum - ironbark forest. It shows that defective and non-saleable trees should be removed so they do not repress the future stand; and that regeneration should be thinned, retaining the best trees in adequate growing space. Case study 3 discusses on-farm value adding for hardwood forests. It shows how long-term viability and maximum productivity and returns depend on the best management practices and knowing how to obtain the best returns from a range of forest products. Case study 4 examines integrated harvesting in a eucalypt forest. It shows how integrating the harvest enables the full range of timber products are harvested and sold for their maximum value while reducing the amount of waste.

How Good is the Assumption About Visible Surface Reflectance in MODIS Aerosol Retrieval Over Land? A Comparison With Aircraft Measurements Over an Urban Site in India

In this paper, we discuss the measurements of spectral surface reflectance (rho(s)(lambda)) in the wavelength range 350-2500 nm measured using a spectroradiometer onboard a low-flying aircraft over Bangalore (12.95 degrees N, 77.65 degrees E), an urban site in southern India. The large discrepancies in the retrieval of aerosol propertiesover land by the Moderate-Resolution Imaging Spectroradiometer (MODIS), which could be attributed to the inaccurate estimation of surface reflectance at many sites in India and elsewhere, provided motivation for this paper. The aim of this paper was to verify the surface reflectance relationships assumed by the MODIS aerosol algorithm for the estimation of surface reflectance in the visible channels (470 and 660 nm) from the surface reflectance at 2100 nm for aerosol retrieval over land. The variety of surfaces observed in this paper includes green and dry vegetations, bare land, and urban surfaces. The measuredreflectance data were first corrected for the radiative effects of atmosphere lying between the ground and aircraft using the Second Simulation of Satellite Signal in the Solar Spectrum (6S) radiative transfer code. The corrected surface reflectance in the MODIS's blue (rho(s)(470)), red (rho(s)(660)), and shortwave-infrared (SWIR) channel (rho(s)(2100)) was linearly correlated. We found that the slope of reflectance relationship between 660 and 2100 nm derived from the forward scattering data was 0.53 with an intercept of 0.07, whereas the slope for the relationship between the reflectance at 470 and 660 nm was 0.85. These values are much higher than the slope (similar to 0.49) for either wavelengths assumed by the MODIS aerosol algorithm over this region. The reflectance relationship for the backward scattering data has a slope of 0.39, with an intercept of 0.08 for 660 nm, and 0.65, with an intercept of 0.08 for 470 nm. The large values of the intercept (which is very small in the MODIS reflectance relationships) result in larger values of absolute surface reflectance in the visible channels. The discrepancy between the measured and assumed surface reflectances could lead to error in the aerosol retrieval. The reflectance ratio (rho(s)(660)/rho(s)(2100)) showed a clear dependence on the N D V I-SWIR where the ratio increased from 0.5 to 1 with an increase in N V I-SWIR from 0 to 0.5. The high correlation between the reflectance at SWIR wavelengths (2100, 1640, and 1240 nm) indicated an opportunity to derive the surface reflectance and, possibly, aerosol properties at these wavelengths. We need more experiments to characterize the surface reflectance and associated inhomogeneity of land surfaces, which play a critical role in the remote sensing of aerosols over land.

CYP19A1 fine-mapping and Mendelian randomization: Estradiol is causal for endometrial cancer

Candidate gene studies have reported CYP19A1 variants to be associated with endometrial cancer and with estradiol (E2) concentrations. We analyzed 2937 single nucleotide polymorphisms (SNPs) in 6608 endometrial cancer cases and 37 925 controls and report the first genome wide-significant association between endometrial cancer and a CYP19A1 SNP (rs727479 in intron 2, P=4.8x10(-11)). SNP rs727479 was also among those most strongly associated with circulating E2 concentrations in 2767 post-menopausal controls (P=7.4x10(-8)). The observed endometrial cancer odds ratio per rs727479 A-allele (1.15, CI=1.11-1.21) is compatible with that predicted by the observed effect on E2 concentrations (1.09, CI=1.03-1.21), consistent with the hypothesis that endometrial cancer risk is driven by E2. From 28 candidate-causal SNPs, 12 co-located with three putative gene-regulatory elements and their risk alleles associated with higher CYP19A1 expression in bioinformatical analyses. For both phenotypes, the associations with rs727479 were stronger among women with a higher BMI (Pinteraction=0.034 and 0.066 respectively), suggesting a biologically plausible gene-environment interaction.

Shared genetics underlying epidemiological association between endometriosis and ovarian cancer

Epidemiological studies have demonstrated associations between endometriosis and certain histotypes of ovarian cancer, including clear cell, low-grade serous and endometrioid carcinomas. We aimed to determine whether the observed associations might be due to shared genetic aetiology. To address this, we used two endometriosis datasets genotyped on common arrays with full-genome coverage (3194 cases and 7060 controls) and a large ovarian cancer dataset genotyped on the customized Illumina Infinium iSelect (iCOGS) arrays (10 065 cases and 21 663 controls). Previous work has suggested that a large number of genetic variants contribute to endometriosis and ovarian cancer (all histotypes combined) susceptibility. Here, using the iCOGS data, we confirmed polygenic architecture for most histotypes of ovarian cancer. This led us to evaluate if the polygenic effects are shared across diseases. We found evidence for shared genetic risks between endometriosis and all histotypes of ovarian cancer, except for the intestinal mucinous type. Clear cell carcinoma showed the strongest genetic correlation with endometriosis (0.51, 95% CI = 0.18–0.84). Endometrioid and low-grade serous carcinomas had similar correlation coefficients (0.48, 95% CI = 0.07–0.89 and 0.40, 95% CI = 0.05–0.75, respectively). High-grade serous carcinoma, which often arises from the fallopian tubes, showed a weaker genetic correlation with endometriosis (0.25, 95% CI = 0.11–0.39), despite the absence of a known epidemiological association. These results suggest that the epidemiological association between endometriosis and ovarian adenocarcinoma may be attributable to shared genetic susceptibility loci.

First convention of the World Union for Progressive Judaism; Herrenhaus, Berlin Organizations

Verso: "In the chair: Claude Montefiore others on the platform Lily Montegu, Israel Mattuck, Leo Baeck"