Evolution of C2H2-Zinc finger genes in mammalian genomes

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Evolution of C2H2-Zinc finger genes in mammalian genomes

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

DNA in Amphibian and Reptile Venom Permits Access to Genomes Without Specimen Sacrifice

Amphibian defensive skin secretions and reptile venoms are rich sources of bioactive peptides with potential pharmacological/pharmaceutical applications. As amphibian and reptile populations are in rapid global decline, our research
group has been developing analytical methods that permit generation of robust molecular data from non-invasive skin secretion samples and venom samples. While previously we have demonstrated that parallel proteome and venom gland
transcriptome analyses can be performed on such samples, here we report the presence of DNA that facilitates the more widely-used applications of gene sequencing, such as molecular phylogenetics, in a non-invasive manner that circumvents specimen sacrifice. From this “surrogate” tissue, we acquired partial 12S and 16S rRNA gene sequences that are presented for illustration purposes. Thus from a single sample of amphibian skin secretion and reptile venom, robust and complementary proteome, transcriptome and genome data can be generated for applications in diverse scientific disciplines.

Gaining biological perspectives from schistosome genomes

Characterization of the genomic basis underlying schistosome biology is an important strategy for the development of future treatments and interventions. Genomic sequence is now available for the three major clinically relevant schistosome species, Schistosoma mansoni, S. japonicum and S. haematobium, and this information represents an invaluable resource for the future control of human schistosomiasis. The identification of a biologically important, but distinct from the host, schistosome gene product is the ultimate goal for many research groups. While the initial elucidation of the genome of an organism is critical for most biological research, continued improvement or curation of the genome construction should be an ongoing priority. In this review we will discuss prominent recent findings utilizing a systems approach to schistosome biology, as well as the increased use of interference RNA (RNAi). Both of these research strategies are aiming to place parasite genes into a more meaningful biological perspective.

Determinação de cobre, cromo e arsênio em madeira preservada (Eucalyptus sp.) pelas espectrometrias de fluorescências de raios X

Dissertação (Mestrado em Tecnologia Nuclear)

Rice-Infecting Pseudomonas Genomes Are Highly Accessorized and Harbor Multiple Putative Virulence Mechanisms to Cause Sheath Brown Rot

Sheath rot complex and seed discoloration in rice involve a number of pathogenic bacteria that cannot be associated with distinctive symptoms. These pathogens can easily travel on asymptomatic seeds and therefore represent a threat to rice cropping systems. Among the rice-infecting Pseudomonas, P. fuscovaginae has been associated with sheath brown rot disease in several rice growing areas around the world. The appearance of a similar Pseudomonas population, which here we named P. fuscovaginae-like, represents a perfect opportunity to understand common genomic features that can explain the infection mechanism in rice. We showed that the novel population is indeed closely related to P. fuscovaginae. A comparative genomics approach on eight rice-infecting Pseudomonas revealed heterogeneous genomes and a high number of strain-specific genes. The genomes of P. fuscovaginae-like harbor four secretion systems (Type I, II, III, and VI) and other important pathogenicity machinery that could probably facilitate rice colonization. We identified 123 core secreted proteins, most of which have strong signatures of positive selection suggesting functional adaptation. Transcript accumulation of putative pathogenicity-related genes during rice colonization revealed a concerted virulence mechanism. The study suggests that rice-infecting Pseudomonas causing sheath brown rot are intrinsically diverse and maintain a variable set of metabolic capabilities as a potential strategy to occupy a range of environments.

Produção de biomassa e exportação de nutrientes de Eucalyptus grandis e E. urophylla

Scientific research in forest production technology area search techniques that increase production per unit area, with high economic viability and reducing environmental impacts. When dealing with forest plantations, studies are needed in the production of biomass and its nutrient content, and these are data parameters for planning the environmental implications of different intensities of forest harvesting. Given the above, this study aimed to elucidate the production and export of biomass and nutrients for two species of the genus Eucalyptus (E. grandis and E. urophylla) grown in the southwestern region of Parana. For this, it was evaluated: the stock of biomass and nutrients in eucalyptus (wood, bark, branches and leaves) at 60 months of age; the export rate of nutrients; the calorific value and economic viability. The biomass and the largest eucalyptus nutrient stocks are predominantly allocated to the stem (wood + bark). The components of biomass showed different chemical compositions, generally being higher in the leaves and bark and lower in wood and branches components. As for the calorific value, the leaves had its calorific value statistically superior than the other fractions, followed by branches, wood and bark. The organic carbon content (C.O.) is directly connected to the calorific value, and the calorific value increases as its content increase. The wood had the highest nutrient use efficiency values, something highly desirable and of great interest to forestry. The leaves showed smaller nutrient utilization efficiency values, with the exception of Ca and Mg that were smaller in the bark, indicating the importance of maintaining these components in the soil after harvest. The wood fraction presents the biomass lower cost when considering the replacement of nutrients exported by its biomass. On the other hand, the leaf fraction showed NPK higher cost of replacement.

Pérdida de la biomasa en Eucalyptus camaldulenses dehnh en el proceso de campo, patio de acopio y astillero en el Ingenio San Antonio, Chinandega.

En los años 80 se creó dentro en el Ingenio San Antonio el Proyecto Forestal, en el municipio de Chichigalpa, departamento de Chinandega; y es así como inician las primeras actividades de producir madera de Eucalipto camaldulenses Dehnh. Actualmente en el Proyecto Forestal del Ingenio San Antonio, se carece de datos cuantitativos que representen porcentualmente la pérdida de biomasa que sufre la madera en el lapso de tiempo desde su corta, hasta su fundición en las calderas. El propósito de este estudio es proveer información de las cantidades de biomasa que se pierde en la madera de Eucaliptus camaldulenses Dehnh desde la etapa de corta en la plantación, hasta el patio de acopio y astilladora del Ingenio. En este estudio se establecieron parcelas de 20 m x 10 m (200 m2) dispersas en el lote próximo a aprovechamiento; dentro de estas parcelas se establecieron parcelas útiles de 16 m x 8 m (128 m2), abarcando un total de 8 árboles y seleccionar 2 árboles para seccionarlos en: Follaje, ramas grandes, ramas pequeñas, fuste y sistema radicular, de cada uno se obtuvo el peso verde, se extrajeron muestras de 500 gr de cada sección, con el fin de determinar el contenido de biomasa seca de la madera de Eucaliptus camaldulenses Dehnh. Se pretendió de igual manera, a través de mediciones de peso a los 5, 10, y 20 días evaluar la pérdida de humedad que experimenta la madera durante 20 días que es depositada en el patio de acopio y con el análisis del peso de las trozas después de los 20 días y el peso de los residuos de estas, determinar en contenido de biomasa perdida en la astilladora. En este estudio se encontró que el contenido de biomasa total en promedio sumando el follaje, ramas grandes, ramas pequeñas, fuste y sistema radicular de los árboles estudiados en la plantación fue de 0.07040 ton, lo que equivale a (0.19556 ton/ha). En promedio la pérdida de humedad que sufren las trozas a la entrada al patio de acopio a los veinte días es de 24.59 kg (0.02459 ton), lo que equivale a 28.90 % del peso original de cada troza. La pérdida de biomasa en el astillado, en promedio se encontró que fue de 2 kg (0.002 ton), en porcentaje de biomasa equivale a 5.43 % del peso original.

Estimates of genetic parameters for growth and wood properties in Eucalyptus pellita F. Muell. to support tree breeding in Vietnam

Eucalyptus pellita demonstrated good growth and wood quality traits in this study, with young plantation grown timber being suitable for both solid and pulp wood products. All traits examined were under moderate levels of genetic control with little genotype by environment interaction when grown on two contrasting sites in Vietnam. Eucalyptus pellita currently has a significant role in reforestation in the tropics. Research to support expanded of use of this species is needed: particularly, research to better understand the genetic control of key traits will facilitate the development of genetically improved planting stock. This study aimed to provide estimates of the heritability of diameter at breast height over bark, wood basic density, Kraft pulp yield, modulus of elasticity and microfibril angle, and the genetic correlations among these traits, and understand the importance of genotype by environment interactions in Vietnam. Data for diameter and wood properties were collected from two 10-year-old, open-pollinated progeny trials of E. pellita in Vietnam that evaluated 104 families from six native range and three orchard sources. Wood properties were estimated from wood samples using near-infrared (NIR) spectroscopy. Data were analysed using mixed linear models to estimate genetic parameters (heritability, proportion of variance between seed sources and genetic correlations). Variation among the nine sources was small compared to additive variance. Narrow-sense heritability and genetic correlation estimates indicated that simultaneous improvements in most traits could be achieved from selection among and within families as the genetic correlations among traits were either favourable or close to zero. Type B genetic correlations approached one for all traits suggesting that genotype by environment interactions were of little importance. These results support a breeding strategy utilizing a single breeding population advanced by selecting the best individuals across all seed sources. Both growth and wood properties have been evaluated. Multi-trait selection for growth and wood property traits will lead to more productive populations of E. pellita both with improved productivity and improved timber and pulp properties.

EFEITOS DE DIFERENTES TIPOS DE CONTROLE DE PLANTAS INFESTANTES SOBRE A MIRMECOFAUNA EM Eucalyptus grandis

Este estudo teve como objetivo avaliar os efeitos de diferentes tipos de controle de plantas infestantes sobre a mirmecofauna em um plantio inicial de Eucalyptus grandis . Para tanto, em março de 2011 foi realizado o início da implantação da cultura, em uma área localizada no município de Santa Maria - RS. Os seis tratamentos constituíram-se em controle químico total de plantas infestantes, na linha e na entrelinha de plantio, com glifosato (T1); controle químico total de plantas infestantes, na linha de plantio, com glifosato (T2); controle químico de monocotiledôneas na linha e entrelinha de plantio, com setoxidim (T3); controle químico de dicotiledôneas na linha e entrelinha de plantio, com bentazona (T4); controle químico total de plantas infestantes em faixa de um metro paralela à linha de plantio, com glifosato, e de um metro na parte central da entrelinha, sem controle (T5); e testemunha, sem controle de plantas infestantes (T6). O levantamento da mirmecofauna foi realizado no período de um ano utilizando-se três métodos de coleta: isca atrativa, armadilha de solo e funil de Berlese, com seis repetições por tratamento, em cada data de coleta. Nesse período foram coletadas 46.675 formigas, distribuídas em 37 espécies, não sendo verificada diferença significativa entre o total de espécimens coletados. Na área do tratamento constituído pelo controle de plantas infestantes somente na linha de plantio verificou-se eficiência amostral de 99,0% e Sobs = 35. Entre os índices de Diversidade de Shannon (H’), destacou-se o valor encontrado para a área do tratamento T2 (H’= 1,34) em detrimento dos valores das áreas nas quais foram instalados os tratamentos T1 (H’= 1,25) e T5 (H’= 1,23). Havendo assim, uma maior coexistência de espécies de formigas entre as áreas com estrutura florística menos alterada e entre as áreas mais simplificadas. Não tendo sido verificada correlação significativa (r = 0,0463) entre a riqueza de espécies de formigas coletadas e o número de plantas infestantes encontradas ao final do experimento. Assim, conclui-se que os efeitos indiretos da ação dos herbicidas afetam mais a composição local de espécies de formigas do que sua riqueza.

CRESCIMENTO INICIAL E CONCENTRAÇÃO DE NUTRIENTES EM CLONES DE Eucalyptus urophylla x Eucalyptus grandis SOB INTERFERÊNCIA DE PLANTAS DANINHAS

A presença de plantas daninhas em plantios de eucalipto, especialmente nos dois primeiros anos, pode acarretar grandes prejuízos à produtividade, pois reduz a eficiência de aproveitamento dos recursos de crescimento pela cultura. Assim, objetivou-se com este trabalho avaliar os efeitos da interferência de plantas daninhas sobre o crescimento inicial de dois clones de Eucalyptus urophylla x Eucalyptus grandis e a concentração foliar de nutrientes na cultura e nas plantas daninhas. O experimento foi instalado em esquema fatorial 2 x 5 + 7, sendo dois clones de híbridos de Eucalyptus urophylla x Eucalyptus grandis, identificados como CNB001 e CNB016, em competição com cinco plantas daninhas Urochloa decumbens (capim-braquiária), Ipomoea nil (corda-de-viola), Commelina diffusa (trapoeraba), Spermacoce latifolia (erva-quente) e Panicum maximum (capim-colonião). Adicionalmente, foram cultivados os dois clones de eucalipto e as cinco plantas daninhas em monocultivo como padrão de comparação, no delineamento inteiramente casualizado, com quatro repetições. Foram avaliados eucalipto através da altura de plantas, o diâmetro do coleto, o número de ramos, a área foliar, a matéria seca e, o teor foliar de nutrientes do eucalipto, bem como o teor de nutrientes nas folhas das plantas daninhas. O clone CNB001 apresentou crescimento inicial superior ao clone CNB016, no entanto, livre da interferência de plantas daninhas, verificaram-se teores foliares semelhantes para a maioria dos nutrientes em ambos os genótipos. O clone CNB016 mostrou maior sensibilidade à interferência negativa das plantas daninhas que o clone CNB001, sendo seu crescimento inicial mais afetado por Ipomoea nil e a concentração de nutrientes reduzida pelas espécies Panicum maximum, Urochloa decumbens e Commelina diffusa. Panicum maximum apresentou maior interferência com o clone CNB001, enquanto Ipomoea nil pouco influenciou o crescimento e o teor de nutrientes deste híbrido. As plantas daninhas apresentaram elevada capacidade de extrair nutrientes do solo, mesmo em convivência com os clones de Eucalyptus urophylla x Eucalyptus grandis. A interferência imposta à cultura é dependente da espécie infestante e do genótipo de eucalipto.

MULTIPLICAÇÃO E ALONGAMENTO IN VITRO DE CLONES HÍBRIDOS DE Eucalyptus globulus

Os híbridos de Eucalyptus globulus representam uma excelente alternativa para o setor de celulose e papel, em razão dos ganhos em qualidade da madeira para a fabricação de celulose. Entretanto, estes híbridos têm apresentado recalcitrância ao enraizamento adventício. Assim, a micropropagação é apontada como a técnica para o rejuvenescimento desses híbridos adultos, viabilizando a propagação clonal dos mesmos. O presente trabalho avaliou o cultivo in vitro de três clones de Eucalyptus grandis x Eucalyptus globulus e de três clones de Eucalyptus urophylla x Eucalyptus globulus, em relação à multiplicação in vitro, no meio MS suplementado com 0,5 mg L-1 de BAP e 0,01 mg L-1 de ANA, bem como o efeito das concentrações de 0,25; 0,50; 0,75 e 1,0 mg L-1 de AIB e dos meios de cultura MS e JADS no alongamento in vitro das brotações. Os clones diferiram quanto à multiplicação in vitro das brotações e apresentaram uma taxa de multiplicação média dos clones de 3,0 tufos de brotações em cada subcultivo, ao longo dos 25 subcultivos realizados. No alongamento in vitro, os clones diferiram quanto às concentrações de AIB adequadas para provocar o alongamento, bem como em relação aos meios de cultura MS e JADS. O intervalo médio entre 0,40 e 0,80 mg L-1 de AIB proporcionou o maior número e comprimento das brotações alongadas in vitro e com maior vigor.

CARACTERÍSTICAS DENDROMÉTRICAS, QUÍMICAS E DENSIDADE BÁSICA DA MADEIRA DE HÍBRIDOS DE Eucalyptus grandis X Eucalyptus urophylla

O presente trabalho avaliou características dendrométricas, químicas e a densidade básica da madeira de cinco híbridos de Eucalyptus grandis x Eucalyptus urophylla , com 2,25 anos de idade. O experimento foi implantando no espaçamento 3,5 x 2 m, com 35 repetições e parcelas de uma planta. Quatro repetições do experimento foram cortadas avaliando-se o diâmetro a altura do peito (DAP, a 1,3 m do solo), altura total e comercial, biomassa seca de folhas, galhos, madeira e casca, volume com e sem casca e volume de casca. Das árvores abatidas foram retirados discos de 5 cm de espessura no DAP e a 0 (base), 25, 50, 75 e 100% da altura comercial, para determinação da densidade básica e caracterização química da madeira. Os dados foram submetidos à análise de variância e comparação de médias pelo teste de Tukey a 5% de probabilidade. Os clones de Eucalyptus grandis x Eucalyptus urophylla diferiram quanto ao volume e biomassa com destaque para o C5 com valores superiores aos demais clones. A densidade básica da madeira foi maior na base da árvore; nas demais posições de amostragem, os valores de densidade foram semelhantes entre si; dentre os clones, o C5 apresentou densidade básica da madeira superior ao C3 e ao C4, assim como o C2 superou o C3. As características químicas da madeira foram semelhantes entre os clones e, apesar da avaliação ter sido realizada em plantas jovens, os clones demonstraram bom potencial em Jaboticabal - SP.

Simulação em uso dos pisos de madeira de Eucalyptus sp e Corymbia maculata

A caracterização anatômica, física, mecânica e química da madeira fornece informações importantes para sua melhor utilização. Contudo, para que madeiras se tornem boa opção para o mercado de pisos, adicionalmente é necessária a realização de ensaios que simulem suas reais condições em serviço. Esses ensaios simulam o pisoteio executado pelos sapatos de salto com pequenas áreas de pressão, o arraste e a queda de objetos, a resistência à abrasão da superfície e o atrito oferecido durante o deslocamento de pessoas que caminham sobre ele. Grande dificuldade da seleção de novas madeiras para pisos está na ausência de valores de referência físico-mecânicos. O presente trabalho visou a caracterizar as madeiras de Eucalyptus clöeziana F. Muell, de Eucalyptus microcorys F. Muell e de Corymbia maculata Hook, para as propriedades de densidade básica, retratibilidade, aplicação de carga rolante, de atrito estático e dinâmico, endentação causada por cargas aplicadas em pequenas áreas, impacto da esfera de aço cadente e resistência à abrasão. Foi observado que as madeiras estudadas podem ser utilizadas para a confecção de pisos, de acordo com seus resultados obtidos e por meio de comparações com resultados de literatura.