Développement d’une méthode de simulation multi-échelle pour l’étude des grandes transformations dans les protéines

Les films de simulations qui accompagnent le document ont été réalisés avec Pymol.

Importance of the HSP90 molecular chaperoning pathway for antibody diversification by determining AID stability

La protéine AID (déaminase induite par l’activation) joue un rôle central dans la réponse immunitaire adaptative. En désaminant des désoxycytidines en désoxyuridines au niveau des gènes immunoglobulines, elle initie l’hypermutation somatique (SHM), la conversion génique (iGC) et la commutation isotypique (CSR). Elle est essentielle à une réponse humorale efficace en contribuant à la maturation de l’affinité des anticorps et au changement de classe isotypique. Cependant, son activité mutagénique peut être oncogénique et causer une instabilité génomique propice au développement de cancers et de maladies autoimmunes. Il est donc critique de réguler AID, en particulier ses niveaux protéiques, pour générer une réponse immunitaire efficace tout en minimisant les risques de cancer et d’autoimmunité. Un élément de régulation est le fait qu’AID transite du cytoplasme vers le noyau mais reste majoritairement cytoplasmique à l’équilibre. AID est par ailleurs plus stable dans le cytoplasme que dans le noyau, ce qui contribue à réduire sa présence à proximité de l’ADN. Le but de cette thèse était d’identifier de nouveaux partenaires et déterminants d’AID régulant sa stabilité et ses fonctions biologiques. Dans un premier temps, nous avons identifié AID comme une nouvelle protéine cliente d’HSP90. Nous avons montré qu’HSP90 interagit avec AID dans le cytoplasme, ce qui empêche la poly-ubiquitination d’AID et sa dégradation par le protéasome. En conséquence, l’inhibition d’HSP90 résulte en une diminution significative des niveaux endogènes d’AID et corrèle avec une réduction proportionnelle de ses fonctions biologiques dans la diversification des anticorps mais aussi dans l’introduction de mutations aberrantes. Dans un second temps, nous avons montré que l’étape initiale dans la stabilisation d’AID par la voie de chaperonnage d’HSP90 dépend d’HSP40 et d’HSP70. En particulier, la protéine DnaJa1, qui fait partie de la famille des protéines HSP40s, limite la stabilisation d’AID dans le cytoplasme. La farnésylation de DnaJa1 est importante pour l’interaction entre DnaJa1 et AID et moduler les niveaux de DnaJa1 ou son état de farnésylation impacte à la fois les niveaux endogènes d’AID mais aussi la diversification des anticorps. Les souris DNAJA1-/- présentent une réponse immunitaire compromise en cas d’immunisation, qui est dûe à des niveaux réduits d’AID et un défaut de commutation de classe. Dans un troisième temps, nous avons montré que la protéine AID est intrinsèquement plus instable que sesprotéines paralogues APOBEC. Nous avons identifié l’acide aspartique en seconde position d’AID ainsi qu’un motif semblable au PEST comme des modulateurs de la stabilité d’AID. La modification de ces motifs augmente la stabilité d’AID et résulte en une diversification des anticorps plus efficace. En conclusion, l’instabilité intrinsèque d’AID est un élément de régulation de la diversification des anticorps. Cette instabilité est en partie compensée dans le cytoplasme par l’action protective de la voie de chaperonnage DnaJa1-HSP90. Par ailleurs, l’utilisation d’inhibiteurs d’HSP90 ou de farnésyltransférases pourrait être un outil intéressant pour la modulation indirecte des niveaux d’AID et le traitement de lymphomes/leucémies et de maladies auto-immunes causés par AID.

Mélancolie postcoloniale : relecture de la mémoire collective et du lieu d'appartenance identitaire chez Patrick Chamoiseau et Émile Ollivier

La présente thèse vise à analyser le thème de la mélancolie postcoloniale et son utilisation stratégique dans huit romans de Patrick Chamoiseau (Solibo Magnifique, Texaco, Biblique des derniers gestes et Un dimanche au cachot) et d’Émile Ollivier (Mère-Solitude, Passages, Les urnes scellées et La Brûlerie). Sous l’éclairage de la psychanalyse et de la critique postcoloniale, nous définissons cette notion fondamentale comme suit : un psychisme ambivalent entraîné par la perte ou le manque de certains objets d’attachement ––– objets qui sont en l’occurrence la mémoire collective et/ou le lieu d’appartenance identitaire. Comment et pourquoi ce thème se manifeste-t-il dans notre corpus ? Notre hypothèse est que l’utilisation dudit thème serait plus le résultat de leur choix stratégique que l’effet de leur état psychique. C’est afin d’examiner leurs propres problématiques des construction et perception identitaires dans le contexte postcolonial que ces écrivains mettent en récit une telle situation de manque mnémonique et spatial à travers l’écriture romanesque. Afin de mieux élucider la manifestation textuelle de ce thème, nous divisons celui-ci en deux motifs : la « non-histoire » et le « non-lieu ». En nous appuyant principalement sur les réflexions d’Édouard Glissant, de Takayuki Nakamura et de Marc Augé, nous définissons ces concepts comme deux aspects de la mélancolie postcoloniale : situation de manque de la mémoire collective et celle du lieu d’appartenance identitaire. Nos analyses de ces deux motifs sur un plan stylistique, narratologique, structurel et théorique permettent d’examiner de plus près les points de convergence et de divergence entre l’écriture romanesque de Chamoiseau et celle d’Ollivier. En nous fondant sur les quatre études dans la deuxième partie concernant la mise en récit de la non-histoire, nous analysons les utilisations stratégiques de ce motif afin de voir la mise en récit de la « vision prophétique du passé » (É. Glissant). Nous élucidons ensuite en quoi consiste cette vision temporelle paradoxale : choix de genres littéraires tels que le récit policier (Mère-Solitude et Solibo Magnifique) et le récit du retour au pays natal (Les urnes scellées et Bibliques des derniers gestes). Ce choix narratif se réfère toujours à ce que nous nommons la méthode inductive de la narration. La troisième partie, composée encore de quatre études, éclaire les stratégies de la description du lieu. Nous en déduisons une modalité sui generis de la description spatiale que nous appelons, d’après Marc Augé, l’« évocation prophétique d’espaces ». Cette stratégie descriptive se représente notamment par la spatialisation métaphorique de l’identité créole (Texaco et Un dimanche au cachot) ou migrante (Passages et La Brûlerie). En conclusion, nous résumons ces analyses pour en extraire les points communs et divergents entre les utilisations stratégiques de la mélancolie postcoloniale chez Chamoiseau et Ollivier. Entre autres aspects, nous constatons que la mise en récit de la vulnérabilité due à la mélancolie postcoloniale constitue leur positionnement esthétique et éthique afin qu’ils puissent réfléchir aux constructions et perception identitaires au sein du monde actuel devenu plus que jamais flou et fluide.

Les partenaires d'interactions de Cirhin, la protéine portant la mutation responsable de la Cirrhose Amérindienne Infantile (NAIC)

La Cirrhose Amérindienne Infantile (CAI, NAIC) est une forme de cholestase non-syndromique héréditaire à transmission autosomique récessive, décrite uniquement chez les enfants autochtones du Nord-Ouest québécois et issue d’un effet fondateur. La maladie se présente d’abord sous la forme d’une jaunisse néonatale chez un enfant autrement en bonne santé, qui progresse en cirrhose de type biliaire dans l’enfance et dans l’adolescence. Le taux de survie à l’âge adulte est inférieur à 50% et la seule thérapie efficace à ce jour pour les patients avancés dans la maladie demeure la transplantation hépatique. Les recherches antérieures menées par le groupe ont permis d’identifier le locus ainsi que le gène responsable de NAIC, qui encode la protéine nucléolaire Cirhin. Cirhin est exprimée uniquement dans le foie et tous les patients sont homozygotes pour la mutation R565W. La fonction de Cirhin est inconnue, mais les motifs WD40 retrouvés dans sa séquence indiquent qu’elle participerait à des interactions protéine-protéine et serait impliquée dans un mécanisme moléculaire de base. Cirhin interagit avec la protéine nucléaire Cirip, qui a un effet positif important sur la transcription de l’élément activateur HIV-1 LTR et qui a un rôle dans la prolifération cellulaire. L’interaction de Cirhin et Cirip est affectée par la mutation R565W. À l’aide de la technique du double hybride chez la levure, la protéine nucléolaire Nol11 a été identifiée comme étant un partenaire d’interaction de Cirhin. Par son interaction avec MARK3 et c-Myc, Nol11 serait impliquée dans des processus cellulaires tels que le contrôle du cycle cellulaire, la polarité, la croissance cellulaire et possiblement la biogenèse des ribosomes. La portion C-terminale de Nol11 interagirait avec Cirhin, et la mutation R565W abolit cette interaction. Le résidu R565 serait donc important pour la fonctionnalité de Cirhin.

Le cinéma omnistéréo ou l'art d'avoir des yeux tout le tour de la tête

Cette thèse s'intéresse à des aspects du tournage, de la projection et de la perception du cinéma stéréo panoramique, appelé aussi cinéma omnistéréo. Elle s'inscrit en grande partie dans le domaine de la vision par ordinateur, mais elle touche aussi aux domaines de l'infographie et de la perception visuelle humaine. Le cinéma omnistéréo projette sur des écrans immersifs des vidéos qui fournissent de l'information sur la profondeur de la scène tout autour des spectateurs. Ce type de cinéma comporte des défis liés notamment au tournage de vidéos omnistéréo de scènes dynamiques, à la projection polarisée sur écrans très réfléchissants rendant difficile l'estimation de leur forme par reconstruction active, aux distorsions introduites par l'omnistéréo pouvant fausser la perception des profondeurs de la scène. Notre thèse a tenté de relever ces défis en apportant trois contributions majeures. Premièrement, nous avons développé la toute première méthode de création de vidéos omnistéréo par assemblage d'images pour des mouvements stochastiques et localisés. Nous avons mis au point une expérience psychophysique qui montre l'efficacité de la méthode pour des scènes sans structure isolée, comme des courants d'eau. Nous proposons aussi une méthode de tournage qui ajoute à ces vidéos des mouvements moins contraints, comme ceux d'acteurs. Deuxièmement, nous avons introduit de nouveaux motifs lumineux qui permettent à une caméra et un projecteur de retrouver la forme d'objets susceptibles de produire des interréflexions. Ces motifs sont assez généraux pour reconstruire non seulement les écrans omnistéréo, mais aussi des objets très complexes qui comportent des discontinuités de profondeur du point de vue de la caméra. Troisièmement, nous avons montré que les distorsions omnistéréo sont négligeables pour un spectateur placé au centre d'un écran cylindrique, puisqu'elles se situent à la périphérie du champ visuel où l'acuité devient moins précise.

Prêcher le retour de l'exil, un exemple vécu

Le texte proposé ici reproduit une prédication que j’ai prononcée le dimanche 9 octobre 2005 lors du culte dominical de l’Église protestante francophone de Washington, DC, dont j’étais alors pasteur. Elle s’inscrivait dans un cycle de quatre cultes sur quatre motifs bibliques fondamentaux, mais inégalement repris dans la tradition chrétienne: Dieu est celui qui pardonne les péchés, mais il est aussi celui qui guérit les malades, celui qui libère les esclaves et celui qui ramène les exilés. Dans ma prédication sur le retour d’exil, je me suis efforcé de reproduire, à propos du thème de l’exil, un double mouvement: faire redécouvrir aux paroissiens certaines valeurs biblique et théologique autour des thèmes de l’exil et du retour, en montrer la pertinence dans leur existence. Et tout ça dans le cadre d’une communication orale d’une demi-heure, pour un public varié, quant à son sexe et son âge, ses origines religieuses et culturelles, sa connaissance du français, son niveau scolaire, ses intérêts, ses motivations et son degré d’attention!

Douleur, affectivité, personnalité et fonctionnement attentionnel suite à un traumatisme craniocérébral léger

L’objectif principal de la présente thèse est d’étudier la nature multifactorielle des difficultés attentionnelles que présentent les personnes ayant subi un traumatisme craniocérébral léger (TCCL). Plus spécifiquement, nous avons voulu cerner l’impact des symptômes de douleur, ainsi que de facteurs émotifs et de personnalité, sur le fonctionnement attentionnel de personnes ayant eu un TCCL. Afin d’atteindre cet objectif, cette thèse présente trois articles. Dans le premier article, l’impact cognitif/neuropsychologique de la douleur chronique (DC) et de ses variables psychologiques concomitantes a été examiné par le biais d’une recension des écrits. Le deuxième article présente une étude expérimentale portant sur les relations entre des variables liées à la douleur et à l’affectivité, et le fonctionnement attentionnel de personnes ayant subi un TCCL étant à différents stades de récupération, comparativement à un groupe témoin normal. Enfin, un troisième article décrit une étude expérimentale qui a été menée afin d’explorer les associations entre certains facteurs de personnalité (neuroticisme, extraversion) et l’efficacité attentionnelle chez des participants normaux, ainsi que chez des personnes ayant subi un TCCL. Les résultats des articles présentés dans cette thèse démontrent que le TCCL en soi peut nuire au fonctionnement attentionnel, puisque des déficits de l’attention peuvent être observés sur des tâches neuropsychologiques qui mesurent les temps de réaction avec précision. Des variables concomitantes au TCCL peuvent aussi avoir un impact négatif sur l’attention sélective; la présence de symptômes de douleur nuit à la performance sur des tâches d’attention et certains traits de personnalité sont associés à l’efficacité attentionnelle ou aux symptômes post-commotionnels. Cette thèse montre donc que divers facteurs peuvent contribuer aux difficultés d’attention des personnes ayant subi un TCCL. Le neuropsychologue devrait utiliser des tâches sensibles aux atteintes, parfois plus subtiles, que présentent les personnes ayant eu un TCCL lorsqu’il tente de comprendre les difficultés attentionnelles de cette clientèle. De plus, les variables associées à la douleur et certains traits de personnalité devraient être systématiquement évalués lors de l’examen neuropsychologique post-TCCL.

De la guivre au crapaud : l'analyse du motif merveilleux du baiser désenchanteur à la bête, dans le roman médiéval et dans le conte

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Les trajectoires socioprofessionnelles des nouveaux arrivants, travailleurs qualifiés au Québec : qu'est-ce qu'une «intégration réussie»?

Les études qui portent sur l’intégration professionnelle des travailleurs immigrants s’intéressent majoritairement aux résultats des acteurs sur le marché du travail ou à leur parcours d’intégration en mettant l’accent sur les barrières à l’intégration, plus rarement sur les stratégies des acteurs. Peu d’études s’intéressent aux trajectoires des travailleurs qualifiés qui ont réussi leur intégration socioprofessionnelle depuis une perspective centrée sur leur expérience subjective. Notre étude se situe résolument dans une approche micro-individuelle, donc, centrée sur les acteurs, ici, de nouveaux immigrants, travailleurs qualifiés, en processus d’intégration. Elle porte sur le déroulement de leur processus d’intégration, depuis leur décision d’immigrer jusqu’à la situation actuelle, après 5 à 10 ans passés au Québec. Notre perspective, axée sur l’expérience individuelle de l’immigrant, visait en même temps à relier les facteurs micro, macro et meso sociaux interagissant continuellement pour produire des trajectoires d’intégration uniques. Cette recherche qualitative, inspirée par le courant de la sociologie clinique, analyse les trajectoires socioprofessionnelles de sujets qui occupaient au moment de l’entrevue des emplois qualifiés, situés minimalement au niveau de leur diplôme. Elle portait sur la situation pré-migratoire : les motifs de départ, le choix de la destination; puis le parcours d’intégration socioprofessionnelle au Québec et finalement la situation actuelle du point de vue des objectifs et de la satisfaction personnelle des sujets. Il nous importait de mettre en lumière l’expérience personnelle d’intégration vue depuis la perspective subjective des acteurs. Ce faisant, nous avons étudié l’agentivité des travailleurs qualifiés qui se sont posés en tant qu’acteurs actifs et réflexifs face aux déterminant sociaux et limitations qui pesaient sur eux. Une deuxième question de recherche reliée à celle des trajectoires portait sur le regard subjectif des sujets sur l’intégration. Nous avons voulu savoir ce que c’est pour chacun que l’« intégration réussie » (au Québec) et l’intégration professionnelle « réussie ». De cette façon, il devient possible de révéler la diversité des positions et des perceptions individuelles des sujets quant à la question de l’intégration sans présumer du ou des résultats possibles de leur cheminement. Nos résultats révèlent la diversité des attentes individuelles face à l’immigration et à l’intégration dans le pays de destination et donc, ils nous invitent à tenir compte de la particularité de chaque sujet. L’immigration et l’intégration s’inscrivent pour les sujets dans une démarche individuelle plus large, celle de la réalisation de leurs projets de vie. Ces projets se situent à plusieurs niveaux et leur réalisation agit comme un guide des démarches individuelles qui visent à atteindre une vie qui s’avère satisfaisante, réussie, pleine ou complète, selon les acteurs. Il nous a été possible de rendre visibles les efforts que les acteurs ont déployés et déploient pour accomplir leurs projets et poursuivre leur chemin vers la réalisation de soi. Notre recherche a démontré qu’il est nécessaire de tenir compte tant de la subjectivité et des différences entre les acteurs au moment d’analyser leurs parcours que des résultats de leur intégration afin de concevoir des programmes qui intègrent davantage la complexité des processus en marche. Au final, il s’agit de contribuer plus efficacement à ce que les diverses expériences d’immigration et d’intégration soient « réussies ».

Acoustic composition : exploring metaphorical and perceived connections between patterns of sound in the Opera The Beast in the Jungle

La version intégrale de ce mémoire est disponible uniquement pour consultation individuelle à la Bibliothèque de musique de l ’Université de Montréal (www.bib.umontreal.ca/MU).

Programme d’accès à l’égalité : réactions managériales au cadre légal québécois pour combattre la discrimination

En 1985, la Charte des droits et libertés de la personne (L.R.Q., ch. C-12) du Québec était amendée afin d’inclure une nouvelle section consacrée aux programmes d’accès à l’égalité (PAE). Cet ajout résulte du constat d’une situation d’inégalité sur le marché du travail québécois pour les membres de certains groupes, en raison de motifs illicites de discrimination. Concrètement, on observe une certaine ségrégation professionnelle, de faibles revenus moyens et des conditions précaires d’emploi. L’objectif des PAE est de redresser la situation de groupes victimes de discrimination; pour réaliser cet objectif, ils autorisent la mise en œuvre de mesures spécifiques à l’intention de ces derniers. Plusieurs types de PAE ont été mis en place par les gouvernements québécois successifs afin d’élargir leur champ d’application. Parmi ces différents types de PAE, cette étude se concentre sur ceux associés à l’obligation contractuelle qui obligent toutes les organisations qui emploient 100 employés ou plus et qui obtiennent un contrat ou une subvention du gouvernement du Québec d’une valeur de 100 000 $ et plus, à développer et à mettre en œuvre un PAE. Il s’agit de la principale forme de PAE touchant les organisations privées. Quatre groupes cibles sont identifiés dans ces PAE : les femmes, les membres des minorités visibles, les Autochtones et les personnes handicapées. Parmi ceux-ci, compte tenu de la croissance importante de ce groupe et des situations souvent aiguës de discrimination qu’ils vivent sur le marché du travail québécois, l’attention sera portée sur le groupe des minorités visibles. Très peu de recherches ont été réalisées sur ces PAE en raison d’une obligation de confidentialité de résultats complète. Les rares études effectuées jusqu’à présent ont constaté des progrès très inégaux entre les employeurs : alors qu’un petit nombre d’organisations semblaient progresser rapidement dans l’atteinte de leurs objectifs, la vaste majorité stagnait ou encore progressait très lentement. Ce constat menait à s’interroger sur les facteurs, autres que le cadre juridique, qui peuvent expliquer le niveau de conformité aux objectifs. En se basant sur une analyse de contenu d’entrevues semi-dirigées menées auprès de gestionnaires responsables des PAE dans 31 organisations privées de la région de Montréal, plusieurs facteurs des environnements externes et internes des organisations, ont été identifiés pour expliquer les niveaux de conformité aux objectifs qualitatifs. Parmi les facteurs positivement reliés, on remarque l’engagement des membres de la haute direction en faveur des PAE, la mise en place d’un système d’imputabilité et la perception de certains bénéfices liés à la diversification des effectifs. Au contraire, la confusion entre l’égalité et l’équité, le fait de privilégier les mouvements internes de personnel et les biais des gestionnaires de première ligne semblent être négativement reliés à l’atteinte des objectifs qualitatifs. Ces résultats démontrent l’importance que prennent les facteurs liés à l’environnement interne, surtout lorsque le cadre juridique est peu contraignant et que les gestionnaires croient que les probabilités de sanctions sont faibles. En se basant sur ces résultats, une série de recommandations est proposée, afin d’améliorer les PAE, mais aussi afin d’améliorer la compréhension des gestionnaires des ressources humaines sur ce qu’est la discrimination en emploi et les moyens les plus appropriés pour la combattre.

La romanisation de l'Afrique romaine à travers la diffusion et l'évolution de la citoyenneté romaine, de la République à Caracalla: les cas de Thugga et Lepcis Magna

Le phénomène de la romanisation étant des plus complexe, il est donc nécessaire de se concentrer sur un seul de ses aspects, mais aussi sur un espace géographique restreint : la diffusion de la citoyenneté romaine en Afrique proconsulaire. Quels sont ses mécanismes et ses processus? Quels sont les motifs pour Rome ou pour les indigènes? Finalement, quels sont les impacts de cette diffusion sur les individus ainsi que sur leur cité? Ultimement, y a-t-il eu une romanisation de l’Afrique par la diffusion de la citoyenneté romaine? Voilà les questions qui ont été posées à travers l’étude des cas de Thugga et de Lepcis Magna. Finlement, il semble que l’empereur ainsi que les notables locaux furent des moteurs importants de cette diffusion, que les motifs pouvaient être stratégiques ou culturels pour l’empereur, mais surtout fiscaux pour les notables et que le principal impact, autant sur les individus que sur la cité, fut bel et bien la transformation, voire la romanisation juridique, de l’Afrique romaine.

Extradition et non-refoulement : la justice fondamentale en péril? Analyse du cas Németh c. Canada (Justice)

Dans Németh c. Canada (Justice) (2010), la Cour suprême vient à la conclusion qu’il est possible, pour le ministre de la Justice, d’autoriser l’extradition d’un réfugié dans la mesure où cette dernière n’est pas injuste ou tyrannique, et qu’elle ne vise pas à punir la personne pour des motifs de persécution. Le juge Cromwell précise qu’il n’est pas nécessaire de révoquer le statut de réfugié avant le processus d’extradition ; le ministre n’a qu’à démontrer que les clauses de cessation se trouvant dans la Loi sur l’immigration et la protection des réfugiés s’appliquent. Cela implique qu’il doit faire la preuve, selon la balance des probabilités, que les réfugiés n’ont plus de raison de craindre la persécution dans leur pays d’origine, en établissant qu’il y a un changement stable de circonstances. Toutefois, le processus actuel d’extradition n’assure pas pleinement les protections procédurales auxquelles ont droit les réfugiés, dans la mesure où la Loi sur l’extradition accorde un pouvoir discrétionnaire au ministre de décider, au cas par cas, qui devrait avoir droit à une audition orale pour étayer sa cause. Puisque la possibilité de persécution au retour reste une question empreinte de subjectivité et fait appel à la crédibilité, il est du devoir du ministre d’accorder une forme d'audition aux réfugiés afin d’offrir de solides garanties procédurales. Or, la Cour n’est pas allée jusqu’à prescrire un tel devoir. Dans ce mémoire, nous nous interrogeons sur l’étendue des protections procédurales qui devraient être accordées à un réfugié menacé d’extradition.

Brevets : rédaction et interprétation des revendications, validité et contrefaçon

Ce mémoire traite des brevets d'invention. Le premier volet dresse un portrait global de l'institution juridique du brevet, tout en en rappelant sommairement les fondements économique et philosophique. Après une brève présentation des conditions préalables à sa délivrance, nous discutons des composantes matérielles du brevet, soit la description de l’invention et les revendications. Une attention particulière est portée à la rédaction ainsi qu'à l'interprétation des revendications. Nous traitons ainsi de deux types de revendications spécialisées qui se sont développés avec l'usage, respectivement les revendications de type Jepson et Markush, pour ensuite recenser les principes d'interprétation des revendications que les tribunaux ont établis. Le deuxième volet traite de la validité et de la contrefaçon de brevet. Sur la question de la validité, nous abordons les principaux motifs pouvant entraîner l'invalidité du brevet, soit: l’ambiguïté, l'insuffisance de la divulgation, le double brevet, l'absence de nouveauté, l'évidence et l'absence d'utilité. Enfin, sur la question de la contrefaçon, nous examinons les circonstances dans lesquelles les actes commis par les tiers portent atteinte au monopole du titulaire de brevet. Pour ce faire, nous nous attardons à la portée des droits exclusifs qui sont reconnus à ce dernier. Tant en ce qui a trait à la validité qu'à la contrefaçon, nous recourons à des illustrations jurisprudentielles permettant de constater les incidences litigieuses afférentes, d'une part, aux motifs d'invalidité et, d'autre part, aux actes de contrefaçon.

Structure-fonction de MARCH1, une E3 ubiquitine ligase régulant la présentation antigénique par le CMH II

Les molécules classiques du CMH de classe II sont responsables de la présentation de peptides exogènes par les cellules présentatrices d’antigène aux lymphocytes T CD4+. Cette présentation antigénique est essentielle à l’établissement d’une réponse immunitaire adaptative. Cependant, la reconnaissance d’auto-antigènes ainsi que l’élimination des cellules du Soi sont des problèmes à l’origine de nombreuses maladies auto-immunes. Notamment, le diabète et la sclérose en plaque. D’éventuels traitements de ces maladies pourraient impliquer la manipulation de la présentation antigénique chez les cellules dont la reconnaissance et l’élimination engendrent ces maladies. Il est donc primordial d’approfondir nos connaissances en ce qui concerne les mécanismes de régulation de la présentation antigénique. La présentation antigénique est régulée tant au niveau transcriptionnel que post-traductionnel. Au niveau post-traductionnel, diverses cytokines affectent le processus. Parmi celles-ci, l’IL-10, une cytokine anti-inflammatoire, cause une rétention intracellulaire des molécules du CMH II. Son mécanisme d’action consiste en l’ubiquitination de la queue cytoplasmique de la chaîne bêta des molécules de CMH II. Cette modification protéique est effectuée par MARCH1, une E3 ubiquitine ligase dont l’expression est restreinte aux organes lymphoïdes secondaires. Jusqu’à tout récemment, il y avait très peu de connaissance concernant la structure et les cibles de MARCH1. Considérant son impact majeur sur la présentation antigénique, nous nous sommes intéressé à la structure-fonction de cette molécule afin de mieux caractériser sa régulation ainsi que les diverses conditions nécessaires à son fonctionnement. Dans un premier article, nous avons étudié la régulation de l’expression de MARCH1 au niveau protéique. Nos résultats ont révélé l’autorégulation de la molécule par formation de dimères et son autoubiquitination. Nous avons également démontré l’importance des domaines transmembranaires de MARCH1 dans la formation de dimères et l’interaction avec le CMH II. Dans un second article, nous avons investigué l’importance de la localisation de MARCH1 pour sa fonction. Les résultats obtenus montrent la fonctionnalité des motifs de localisation de la portion C-terminale de MARCH1 ainsi que la présence d’autres éléments de localisation dans la portion N-terminale de la protéine. Les nombreux mutants utilisés pour ce projet nous ont permis d’identifier un motif ‘‘VQNC’’, situé dans la portion cytoplasmique C-terminale de MARCH1, dont la valine est requise au fonctionnement optimal de la molécule. En effet, la mutation de la valine engendre une diminution de la fonction de la molécule et des expériences de BRET ont démontré une modification de l’orientation spatiale des queues cytoplasmiques. De plus, une recherche d’homologie de séquence a révélé la présence de ce même motif dans d’autres ubiquitines ligases, dont Parkin. Parkin est fortement exprimée dans le cerveau et agirait, entre autre, sur la dégradation des agrégats protéiques. La dysfonction de Parkin cause l’accumulation de ces agrégats, nommés corps de Lewy, qui entraînent des déficiences au niveau du fonctionnement neural observé chez les patients atteints de la maladie de Parkinson. La valine comprise dans le motif ‘’VQNC’’ a d’ailleurs été identifiée comme étant mutée au sein d’une famille où cette maladie est génétiquement transmise. Nous croyons que l’importance de ce motif ne se restreint pas à MARCH1, mais serait généralisée à d’autres E3 ligases. Ce projet de recherche a permis de caractériser des mécanismes de régulation de MARCH1 ainsi que de découvrir divers éléments structuraux requis à sa fonction. Nos travaux ont permis de mieux comprendre les mécanismes de contrôle de la présentation antigénique par les molécules de CMH II.