Establishment of animal models to analyze the kinetics and distribution of human tumor antigen-specific CD8⁺ T cells.

Many patients develop tumor antigen-specific T cell responses detectable in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) following cancer vaccine. However, measurable tumor regression is observed in a limited number of patients receiving cancer vaccines. There is a need to re-evaluate systemically the immune responses induced by cancer vaccines. Here, we established animal models targeting two human cancer/testis antigens, NY-ESO-1 and MAGE-A4. Cytotoxic T lymphocyte (CTL) epitopes of these antigens were investigated by immunizing BALB/c mice with plasmids encoding the entire sequences of NY-ESO-1 or MAGE-A4. CD8(+) T cells specific for NY-ESO-1 or MAGE-A4 were able to be detected by ELISPOT assays using antigen presenting cells pulsed with overlapping peptides covering the whole protein, indicating the high immunogenicity of these antigens in mice. Truncation of these peptides revealed that NY-ESO-1-specific CD8(+) T cells recognized D(d)-restricted 8mer peptides, NY-ESO-181-88. MAGE-A4-specific CD8(+) T cells recognized D(d)-restricted 9mer peptides, MAGE-A4265-273. MHC/peptide tetramers allowed us to analyze the kinetics and distribution of the antigen-specific immune responses, and we found that stronger antigen-specific CD8(+) T cell responses were required for more effective anti-tumor activity. Taken together, these animal models are valuable for evaluation of immune responses and optimization of the efficacy of cancer vaccines.

Guia d’educació afectivosexual

Guia d'educació afectivosexual que va sorgir a partir del taller participatiu que es va dur a terme a la Jornada de la Comunitat d’Educadors/es Socials que es va fer el 22 de febrer de 2008, en la qual es va constituir un grup de professionals de diferents centres que s’encarregaria, entre d’altres qüestions, d’elaborar una guia que pogués servir com a material base per a la resta d’educadors/es dels centres penitenciaris. El material elaborat serveix tant per treballar amb població reclusa masculina com femenina. Aquesta perspectiva de gènere no només s’haurà de tenir en compte de cara als destinataris del manual, sinó també en l’abordatge dels diferents continguts, sobretot per treballar mites i estereotips lligats als rols masculins i femenins en la nostra societat. A més de la perspectiva de gènere, compta amb un element força determinant com és la cultura i la transmissió de valors subjacent, sense entrar en condicionaments morals ni qüestionaments purament filosòfics. En aquesta Guia trobareu una sèrie d’unitats didàctiques classificades segons el vessant del qual parlem (biològic, psicològic, social, sexualitat i afectivitat), les quals inclouen diferents activitats que es poden dur a terme en els centres penitenciaris de Catalunya. Al final hi hem recopilat diversos models d’avaluació perquè pugueu fer un seguiment d’allò que us funciona i d’allò que caldria modificar. A més, si necessiteu més informació, podeu consultar el conjunt de llibres i webs curosament seleccionats atenent a la seva rigorositat i serietat, que citem al final del treball.

Hypoxia and vasculature in models of lung cancer: implications for targeted therapeutics

Estudi realitzat a partir d’una estada a la Stanford University School of Medicine. Division of Radiation Oncology, Estats Units, entre 2010 i 2012. Durant els dos anys de beca postdoctoral he estat treballant en dos projectes diferents. En primer lloc, i com a continuació d'estudis previs del grup, volíem estudiar la causa de les diferències en nivells d'hipòxia que havíem observat en models de càncer de pulmó. La nostra hipòtesi es basava en el fet que aquestes diferències es devien a la funcionalitat de la vasculatura. Vam utilitzar dos models preclínics: un en què els tumors es formaven espontàniament als pulmons i l'altre on nosaltres injectàvem les cèl•lules de manera subcutània. Vam utilitzar tècniques com la ressonància magnètica dinàmica amb agent de contrast (DCE-MRI) i l'assaig de perfusió amb el Hoeschst 33342 i ambdues van demostrar que la funcionalitat de la vasculatura dels tumors espontanis era molt més elevada comparada amb la dels tumors subcutanis. D'aquest estudi, en podem concloure que les diferències en els nivells d'hipòxia en els diferents models tumorals de càncer de pulmó podrien ser deguts a la variació en la formació i funcionalitat de la vasculatura. Per tant, la selecció de models preclínics és essencial, tant pels estudi d'hipòxia i angiogènesi, com per a teràpies adreçades a aquests fenòmens. L'altre projecte que he estat desenvolupant es basa en l'estudi de la radioteràpia i els seus possibles efectes a l’hora de potenciar l'autoregeneració del tumor a partir de les cèl•lules tumorals circulants (CTC). Aquest efecte s'ha descrit en alguns models tumorals preclínics. Per tal de dur a terme els nostres estudis, vam utilitzar una línia tumoral de càncer de mama de ratolí, marcada permanentment amb el gen de Photinus pyralis o sense marcar i vam fer estudis in vitro i in vivo. Ambdós estudis han demostrat que la radiació tumoral promou la invasió cel•lular i l'autoregeneració del tumor per CTC. Aquest descobriment s'ha de considerar dins d'un context de radioteràpia clínica per tal d'aconseguir el millor tractament en pacients amb nivells de CTC elevats.

Programa d’educació intercultural als centres penitenciaris

Després de la Jornada de Bones Pràctiques dels educadors socials de l'àmbit penitenciari català (febrer de 2008) es va veure la necessitat de revisar el Programa marc d'educació per a la convivència en la diversitat als centres penitenciaris. El programa fou elaborat i implementat als centres a partir de mitjan 2002. I, tot i que la justificació del seu naixement continua essent vàlida, sí que hi ha matisacions teòriques que han canviat a l’hora d'entendre la convivència en la diversitat i, sobretot, a l’hora de treballar-la des d'un enfocament educatiu. Proposem una educació intercultural que s'articuli com una pedagogia de la ciutadania i del desenvolupament d'una societat democràtica. Cal promoure la reflexió sobre aquesta nova ciutadania, la igualtat d'oportunitats i la dimensió social de la identitat en la complexa societat en la qual es desenvolupa. Així, ni la cultura ni la identitat ni tampoc els continguts educatius poden ser pensats des d'una perspectiva estàtica i determinista de les societats. La cultura, com a principal objectiu de l'educació intercultural, s'ha d'entendre com el dret a allò que és comú, o que hauria de ser comú. I per què un plantejament d'aquest tipus en el marc del sistema penitenciari? Doncs perquè precisament a les presons es tendeixen a amplificar les diferències i les caracteritzacions tenint en compte que una sèrie d'individus socialitzats en diferents maneres de pensar, sentir i actuar han de conviure de manera obligada. I que atesa la complexitat de les societats actuals (procés de globalització; interdependència a escala mundial; transformació dels models de comunicació, consum i treball; canvis polítics i econòmics; les migracions...) la uniformitat que se suposava que atorgava una cultura s'ha trencat. Així doncs, us presentem un programa d'educació intercultural que es proposa transmetre continguts, amb un valor social, per a la comprensió del món, de tal manera que permeti als participants adquirir els elements importants per circular per allò social ampli. Tampoc no se'ns escapa que estem plantejant la idea d'una acció educativa fora de l'espai social i familiar de la persona interna. És per aquest motiu que plantegem una pràctica educativa que parteix d'un handicap metodològic d'actuació: la impossibilitat d'una acció comunitària. Entenem tota acció comunitària des del punt de vista de lligam amb el territori de vida de les persones en llibertat. Per tant, l'acció educativa, en el cas que ens ocupa, s'ha de centrar necessàriament en un marc d'educació per a la transferència de coneixements i d'alternatives de canvi en la realitat personal i social des d'un punt de vista grupal i individual. Una transferència que pot posar en pràctica la persona interna en el moment en què s'incorpori a la vida en llibertat.

Orthotropic active strain models for the numerical simulation of cardiac biomechanics

An active strain formulation for orthotropic constitutive laws arising in cardiac mechanics modeling is introduced and studied. The passive mechanical properties of the tissue are described by the Holzapfel-Ogden relation. In the active strain formulation, the Euler-Lagrange equations for minimizing the total energy are written in terms of active and passive deformation factors, where the active part is assumed to depend, at the cell level, on the electrodynamics and on the specific orientation of the cardiac cells. The well-posedness of the linear system derived from a generic Newton iteration of the original problem is analyzed and different mechanical activation functions are considered. In addition, the active strain formulation is compared with the classical active stress formulation from both numerical and modeling perspectives. Taylor-Hood and MINI finite elements are employed to discretize the mechanical problem. The results of several numerical experiments show that the proposed formulation is mathematically consistent and is able to represent the main key features of the phenomenon, while allowing savings in computational costs.

La Fundación Pere Tarrés, una propuesta para el Tiempo libre familiar

La sociedad cada vez separa más a los padres de los hijos; más allá de los problemas de estructuración familiar y los nuevos modelos de familias, la realidad de trabajo del día a día, las jornadas largas de trabajo, el hecho de tener que hacer dos trabajos al mismo tiempo, pero también el concepto que tenemos de los valores y la ética que somos capaces de adquirir y creer, imposibilitan a menudo la convivencia entre padres e hijos. La Fundación Pere Tarrés hace unos años que desarrolla acciones y propuestas en este sentido, que se adapten a las nuevas realidades, y ofrece sus recursos y capital humano, para hacer posible unas vacaciones familiares en estos tiempos tan complejos que nos toca vivir

Cannabinoid addiction: behavioral models and neural correlates

The use of cannabis sativa preparations as recreational drugs can be traced back to the earliest civilizations. However, animal models of cannabinoid addiction allowing the exploration of neural correlates of cannabinoid abuse have been developed only recently. We review these models and the role of the CB1 cannabinoid receptor, the main target of natural cannabinoids, and its interaction with opioid and dopamine transmission in reward circuits. Extensive reviews on the molecular basis of cannabinoid action are available elsewhere (Piomelli et al., 2000;Schlicker and Kathmann, 2001).

Repression and Protest Structural Models and Strategic Interactions

The recent wave of upheavals and revolts in Northern Africa and the Middle East goes back to an old question often raised by theories of collective action: does repression act as a negative or positive incentive for further mobilization? Through a review of the vast literature devoted to this question, this article aims to go beyond theoretical and methodological dead-ends. The article moves on to non-Western settings in order to better understand, via a macro-sociological and dynamic approach, the causal effects between mobilizations and repression. It pleads for a meso- and micro-level approach to this issue: an approach that puts analytical emphasis both on protest organizations and on individual activists' careers.

From SNPs to pathways: integration of functional effect of sequence variations on models of cell signalling pathways

Background: Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are the most frequent type of sequence variation between individuals, and represent a promising tool for finding genetic determinants of complex diseases and understanding the differences in drug response. In this regard, it is of particular interest to study the effect of non-synonymous SNPs in the context of biological networks such as cell signalling pathways. UniProt provides curated information about the functional and phenotypic effects of sequence variation, including SNPs, as well as on mutations of protein sequences. However, no strategy has been developed to integrate this information with biological networks, with the ultimate goal of studying the impact of the functional effect of SNPs in the structure and dynamics of biological networks. Results: First, we identified the different challenges posed by the integration of the phenotypic effect of sequence variants and mutations with biological networks. Second, we developed a strategy for the combination of data extracted from public resources, such as UniProt, NCBI dbSNP, Reactome and BioModels. We generated attribute files containing phenotypic and genotypic annotations to the nodes of biological networks, which can be imported into network visualization tools such as Cytoscape. These resources allow the mapping and visualization of mutations and natural variations of human proteins and their phenotypic effect on biological networks (e.g. signalling pathways, protein-protein interaction networks, dynamic models). Finally, an example on the use of the sequence variation data in the dynamics of a network model is presented. Conclusion: In this paper we present a general strategy for the integration of pathway and sequence variation data for visualization, analysis and modelling purposes, including the study of the functional impact of protein sequence variations on the dynamics of signalling pathways. This is of particular interest when the SNP or mutation is known to be associated to disease. We expect that this approach will help in the study of the functional impact of disease-associated SNPs on the behaviour of cell signalling pathways, which ultimately will lead to a better understanding of the mechanisms underlying complex diseases.

Concise reviews: in vitro-produced pancreas organogenesis models in three dimensions: self-organization from few stem cells or progenitors.

Three-dimensional models of organ biogenesis have recently flourished. They promote a balance between stem/progenitor cell expansion and differentiation without the constraints of flat tissue culture vessels, allowing for autonomous self-organization of cells. Such models allow the formation of miniature organs in a dish and are emerging for the pancreas, starting from embryonic progenitors and adult cells. This review focuses on the currently available systems and how these allow new types of questions to be addressed. We discuss the expected advancements including their potential to study human pancreas development and function as well as to develop diabetes models and therapeutic cells.

Historical Development and Applications of the EPIC and APEX Models, June 2005

The development of the field-scale Erosion Productivity Impact Calculator (EPIC) model was initiated in 1981 to support assessments of soil erosion impacts on soil productivity for soil, climate, and cropping conditions representative of a broad spectrum of U.S. agricultural production regions. The first major application of EPIC was a national analysis performed in support of the 1985 Resources Conservation Act (RCA) assessment. The model has continuously evolved since that time and has been applied for a wide range of field, regional, and national studies both in the U.S. and in other countries. The range of EPIC applications has also expanded greatly over that time, including studies of (1) surface runoff and leaching estimates of nitrogen and phosphorus losses from fertilizer and manure applications, (2) leaching and runoff from simulated pesticide applications, (3) soil erosion losses from wind erosion, (4) climate change impacts on crop yield and erosion, and (5) soil carbon sequestration assessments. The EPIC acronym now stands for Erosion Policy Impact Climate, to reflect the greater diversity of problems to which the model is currently applied. The Agricultural Policy EXtender (APEX) model is essentially a multi-field version of EPIC that was developed in the late 1990s to address environmental problems associated with livestock and other agricultural production systems on a whole-farm or small watershed basis. The APEX model also continues to evolve and to be utilized for a wide variety of environmental assessments. The historical development for both models will be presented, as well as example applications on several different scales.

Bilinear models for spatio-temporal point distribution analysis: application to extrapolation of left ventricular, biventricular and whole heart cardiac dynamics

In this work we describe the usage of bilinear statistical models as a means of factoring the shape variability into two components attributed to inter-subject variation and to the intrinsic dynamics of the human heart. We show that it is feasible to reconstruct the shape of the heart at discrete points in the cardiac cycle. Provided we are given a small number of shape instances representing the same heart atdifferent points in the same cycle, we can use the bilinearmodel to establish this. Using a temporal and a spatial alignment step in the preprocessing of the shapes, around half of the reconstruction errors were on the order of the axial image resolution of 2 mm, and over 90% was within 3.5 mm. From this, weconclude that the dynamics were indeed separated from theinter-subject variability in our dataset.

La variació en termes matemàtics

La idea predominant és que una ciència exacta que es caracteritza per la precisió, la concisió i la no-ambigüitat, i que s'expressa amb l'ajuda de formalismes de manera molt freqüent, difícilment pot presentar variació. En aquest article, es vol demostrar que en el llenguatge de les matemàtiques existeix variació perquè és llenguatge, i perquè la variació és una de les característiques intrínseques del llenguatge. A banda d'això, fa un primer esbós dels tipus de variació que s'hi produeixen amb l'anàlisi de textos reals.

New validated prognostic models and prognostic calculators in patients with low-grade gliomas diagnosed by central pathology review: a pooled analysis of EORTC/RTOG/NCCTG phase III clinical trials.

Background In a previous study, the European Organisation for Research and Treatment of Cancer (EORTC) reported a scoring system to predict survival of patients with low-grade gliomas (LGGs). A major issue in the diagnosis of brain tumors is the lack of agreement among pathologists. New models in patients with LGGs diagnosed by central pathology review are needed. Methods Data from 339 EORTC patients with LGGs diagnosed by central pathology review were used to develop new prognostic models for progression-free survival (PFS) and overall survival (OS). Data from 450 patients with centrally diagnosed LGGs recruited into 2 large studies conducted by North American cooperative groups were used to validate the models. Results Both PFS and OS were negatively influenced by the presence of baseline neurological deficits, a shorter time since first symptoms (<30 wk), an astrocytic tumor type, and tumors larger than 5 cm in diameter. Early irradiation improved PFS but not OS. Three risk groups have been identified (low, intermediate, and high) and validated. Conclusions We have developed new prognostic models in a more homogeneous LGG population diagnosed by central pathology review. This population better fits with modern practice, where patients are enrolled in clinical trials based on central or panel pathology review. We could validate the models in a large, external, and independent dataset. The models can divide LGG patients into 3 risk groups and provide reliable individual survival predictions. Inclusion of other clinical and molecular factors might still improve models' predictions.

Fading models and metrics for contemporary wireless systems

The purpose of this paper is to examine (1) some of the models commonly used to represent fading,and (2) the information-theoretic metrics most commonly used to evaluate performance over those models. We raise the question of whether these models and metrics remain adequate in light of the advances that wireless systems haveundergone over the last two decades. Weaknesses are pointedout, and ideas on possible fixes are put forth.