R Markdown: Integrating A Reproducible Analysis Tool into Introductory Statistics

Nolan and Temple Lang argue that “the ability to express statistical computations is an es- sential skill.” A key related capacity is the ability to conduct and present data analysis in a way that another person can understand and replicate. The copy-and-paste workflow that is an artifact of antiquated user-interface design makes reproducibility of statistical analysis more difficult, especially as data become increasingly complex and statistical methods become increasingly sophisticated. R Markdown is a new technology that makes creating fully-reproducible statistical analysis simple and painless. It provides a solution suitable not only for cutting edge research, but also for use in an introductory statistics course. We present experiential and statistical evidence that R Markdown can be used effectively in introductory statistics courses, and discuss its role in the rapidly-changing world of statistical computation.

HPV clearance and the neglected role of stochasticity.

Clearance of anogenital and oropharyngeal HPV infections is attributed primarily to a successful adaptive immune response. To date, little attention has been paid to the potential role of stochastic cell dynamics in the time it takes to clear an HPV infection. In this study, we combine mechanistic mathematical models at the cellular level with epidemiological data at the population level to disentangle the respective roles of immune capacity and cell dynamics in the clearing mechanism. Our results suggest that chance-in form of the stochastic dynamics of basal stem cells-plays a critical role in the elimination of HPV-infected cell clones. In particular, we find that in immunocompetent adolescents with cervical HPV infections, the immune response may contribute less than 20% to virus clearance-the rest is taken care of by the stochastic proliferation dynamics in the basal layer. In HIV-negative individuals, the contribution of the immune response may be negligible.

The Physarum polycephalum Genome Reveals Extensive Use of Prokaryotic Two-Component and Metazoan-Type Tyrosine Kinase Signaling.

Physarum polycephalum is a well-studied microbial eukaryote with unique experimental attributes relative to other experimental model organisms. It has a sophisticated life cycle with several distinct stages including amoebal, flagellated, and plasmodial cells. It is unusual in switching between open and closed mitosis according to specific life-cycle stages. Here we present the analysis of the genome of this enigmatic and important model organism and compare it with closely related species. The genome is littered with simple and complex repeats and the coding regions are frequently interrupted by introns with a mean size of 100 bases. Complemented with extensive transcriptome data, we define approximately 31,000 gene loci, providing unexpected insights into early eukaryote evolution. We describe extensive use of histidine kinase-based two-component systems and tyrosine kinase signaling, the presence of bacterial and plant type photoreceptors (phytochromes, cryptochrome, and phototropin) and of plant-type pentatricopeptide repeat proteins, as well as metabolic pathways, and a cell cycle control system typically found in more complex eukaryotes. Our analysis characterizes P. polycephalum as a prototypical eukaryote with features attributed to the last common ancestor of Amorphea, that is, the Amoebozoa and Opisthokonts. Specifically, the presence of tyrosine kinases in Acanthamoeba and Physarum as representatives of two distantly related subdivisions of Amoebozoa argues against the later emergence of tyrosine kinase signaling in the opisthokont lineage and also against the acquisition by horizontal gene transfer.

Seroprotection against tetanus in patients of an an emergency department in Belgium and evaluation of a bedside immunotest (Tetanos Quick Stick R).

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Seroprotection against tetanus in patients of an an emergency department in Belgium and evaluation of a bedside immunotest (Tetanos Quick Stick R). A prospective observational study

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Seroprotection against tetanus in patients présenting to an emergency department in Belgium and evaluation of a bedside immunotest (Tetanos Quick Stick R): A prospective observational study

info:eu-repo/semantics/published

Erratum: Fundamental amplitude noise limitations to supercontinuum spectra generated in a microstructured fiber (Appl. Phys. B (2003) 77 (269-277))

SCOPUS: er.j

Análisis de la Corporación J.R Lindley S.A. : caso Inca Kola

Inca Kola es una bebida gasificada del Perú y elaborada por la Corporación Lindley, que ha conservado el liderazgo en el mercado peruano desde su creación, a pesar del ingreso de bebidas internacionales y de bebidas que tienen un menor precio. Desde su creación, la corporación se enfocó en vincular la bebida con la identidad peruana; estrategia que ha sido efectiva y se pueden comprobar por el liderazgo que presenta en el mercado. En los noventa, la corporación Lindley tuvo que enfrentar un escenario turbulento debido al ingreso de Coca Cola y Pepsi, sin embargo, estas no desplazaron a Inca Kola a pesar del poder de marketing que cuentan. En este sentido, el objetivo del presente trabajo es estudiar cómo la Corporación Lindley mantiene su bebida "Inca Kola" como una especialidad en el Perú, por medio de la metodología de las tres vías propuesto por Joskow. Los resultados indican que existen leyes que salvaguardan la marca Inca Kola, tanto en el ámbito nacional como internacional y que gracias a la alianza entre la corporación Lindley y Coca Cola Company, se puso fin a la competencia, aumentando las barreras de ingreso en el sector de bebidas, y como resultado la corporación pudo enfocar sus esfuerzos en seguir vinculando la bebida con la cultura peruana y modernizar sus diferentes plantas de envasado. Las conclusiones más resaltantes indican que la corporación Lindley se apalancó en el Entorno Institucional informal para captar las preferencia de los peruanos, en otras palabras vinculó una bebida aprovechando las características que tienen los consumidores peruano, los cuales tienen lazos muy fuertes con productos que asocian con la identidad nacional. En la vía de la Moderna Organización Industrial se observa que la bebida sigue liderando las ventas con un precio mayor que los competidores, indicando que la corporación tiene una estrategia de diferenciación. Respecto a la vía de la estructura de gobernaza, la corporación pudo alinear sus transacciones con los proveedores de insumos y distribuidores para garantizar la calidad, precio y a asegurando su activo especifico más importante, la marca "Inca Kola". Estas características son propias de las Especialidades.

Preliminary studies on the effect of the increased biodiversity on the population dynamics of Caliroa cerasi L. (Hymenoptera: Tenthredinidae), and its natural enemy Trichogramma minutum R. (Hymenoptera: Trichogrammatidae) in a sweet cherry (Prunus avium L.) orchard in Virch (Southern Patagonia Argentina)

p.25-36

Una propuesta para predecir el factor de erosividad R para el centro y norte de la Argentina

p.133-138

Correlación entre humedad del suelo y retrodispersión en imágenes SAR

p.163-168

Efecto del 2,4 - DP sobre el tamaño de frutos de kiwi, Actinidia deliciosa (Chevalier) - C.F. Liang - A.R.Ferguson

p.161-165

Preliminary studies on the effect of the increased biodiversity on the population dynamics of Caliroa cerasi L. (Hymenoptera: Tenthredinidae), and its natural enemy Trichogramma minutum R. (Hymenoptera: Trichogrammatidae) in a sweet cherry (Prunus avium L.) orchard in Virch (Southern Patagonia Argentina)

p.25-36

Introducción a la Estadística con R

Generalmente, los estudiantes de bachillerato y universitarios tienen dificultades para comprender los conceptos más elementales de probabilidad y estadística. La presentación de conceptos abstractos de una forma visual y dinámica puede ayudar a comprenderlos mejor. La simulación de experimentos aleatorios ayudará a conseguirlo. Presentamos a continuación algunas de las actividades preparadas para ello.