Petri net model decomposition - a model based approach supporting distributed execution

Dissertação apresentada para obtenção do Grau de Doutor em Engenharia Electrotécnica, Especialidade de Sistemas Digitais, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

In situ NIR spectroscopy monitoring of plasmid production processes effect of producing strain, medium composition and the cultivation strategy

BACKGROUNDWhile the pharmaceutical industry keeps an eye on plasmid DNA production for new generation gene therapies, real-time monitoring techniques for plasmid bioproduction are as yet unavailable. This work shows the possibility of in situ monitoring of plasmid production in Escherichia coli cultures using a near infrared (NIR) fiber optic probe. RESULTSPartial least squares (PLS) regression models based on the NIR spectra were developed for predicting bioprocess critical variables such as the concentrations of biomass, plasmid, carbon sources (glucose and glycerol) and acetate. In order to achieve robust models able to predict the performance of plasmid production processes, independently of the composition of the cultivation medium, cultivation strategy (batch versus fed-batch) and E. coli strain used, three strategies were adopted, using: (i) E. coliDH5 cultures conducted under different media compositions and culture strategies (batch and fed-batch); (ii) engineered E. coli strains, MG1655endArecApgi and MG1655endArecA, grown on the same medium and culture strategy; (iii) diverse E. coli strains, over batch and fed-batch cultivations and using different media compositions. PLS models showed high accuracy for predicting all variables in the three groups of cultures. CONCLUSIONNIR spectroscopy combined with PLS modeling provides a fast, inexpensive and contamination-free technique to accurately monitoring plasmid bioprocesses in real time, independently of the medium composition, cultivation strategy and the E. coli strain used.

The Sinemurian ammonites of the Lusitanian Basin (Portugal): an example of complex endemic evolutioin

Palaeodiversity 3: 59–87; Stuttgart 30 December 2010

Os referenciais de segurança da informação e a melhoria contínua: um caso exploratório

Mestrado em Engenharia Informática - Área de Especialização em Arquitecturas, Sistemas e Redes

An Approach To Publish a Data Warehouse Content as Linked Data

Mestrado em Engenharia Informática - Área de Especialização em Tecnologias do Conhecimento e Decisão

The alternative complex III from Rhodothermus marinus - a prototype of a new family of quinol: electron acceptor oxidoreductase

Dissertation presented to obtain a PhD degree in Biochemistry at the Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Universidade Nova de Lisboa

Energy transduction by respiratory complex I

Dissertation presented to obtain a PhD degree in Biochemistry at the Instituto de Tecnologia Química e Biológica, Universidade Nova de Lisboa

Liderança e estratégia em contexto de inovação nas organizações de saúde : estudos de caso

RESUMO - A presente investigação procura descrever e compreender como a estratégia influencia a liderança e como esta por sua vez interage nos processos de inovação e mudança, em organizações de saúde. Desconhecem-se estudos anteriores, em Portugal, sobre este problema de investigação e da respectiva problemática teórica. Trata-se de um estudo exploratório e descritivo que envolveu 5 organizações de saúde, 4 portuguesas e 1 espanhola, 4 hospitais (dois privados e uma unidade local de saúde). Utilizou-se uma abordagem mista de investigação (qualitativa e quantitativa), que permitiu compreender, através do estudo de caso, como se articulam a estratégia, a liderança e a inovação nessas cinco organizações de saúde. Os resultados do estudo empírico foram provenientes da recolha de dados efectuada através de observação directa e estruturada, entrevistas com actores-chave, documentos em suporte de papel e digital, e ainda inquérito por questionário de auto-resposta a uma amostra (n=165) de actores do line e do staff (Administradores, Directores de Serviço/Departamento, Enfermeiros Chefe e Técnicos Coordenadores) das cinco organizações de saúde. Tanto o modelo de Miles & Snow (estratégia organizacional), como o modelo dos valores contrastantes de Quinn (cultura organizacional e liderança), devidamente adaptados, mostram-se heurísticos e provam poder aplicar-se às organizações de saúde, apesar a sua complexidade e especificidade. Tanto as organizações do sector público como do sector privado e organizações públicas concessionadas (parcerias público privadas) podem ser acompanhadas e monitorizadas nos seus processos de inovação e mudança, associados aos tipos de cultura, liderança ou estratégia organizacionais adoptadas. As organizações de saúde coabitam num continuum, onde o ambiente (quer interno quer externo) e o tempo são factores decisivos que condicionam a estratégia a adoptar. Também aqui, em função da realidade dinâmica e complexa onde a organização se move, não há tipologias puras. Há, sim, uma grande plasticidade e flexibilidade organizacionais. Quanto aos líderes, exercem habitualmente a autoridade formal, pela via da circular normativa. Não são pares (nem primi inter pares), colocam-se por vezes numa posição de superioridade, quando o mais adequado seria a relação de parceria, cooperação e procura de consensos, com todos os colaboradores, afim de serem eles os verdadeiros protagonistas e facilitadores da mudança e das inovações. Como factores facilitadores da inovação e da mudança, encontrámos nas organizações de saúde estudadas o seguinte: facilidade de aprender; visão/missão adequadas; ausência de medo de falhar; e como factores inibidores: falta de articulação entre serviços/departamentos; estrutura organizacional (no sector público muito verticalizada e no sector privado mais horizontalizada); resistência à mudança; falta de tempo; falha no tempo de reacção (o tempo útil para a tomada de decisão é, por vezes, ultrapassado). --------ABSTRACT - The present research seeks to describe and understand how strategy influences leadership and how this in turn interacts in the process of innovation and change in health organizations. Previous studies on these topics are unknown in Portugal, about this research problem and its theoretical problem. This is an exploratory and descriptive study that involved 5 health organizations, 4 Portuguese and 1 Spanish. We used a mixed approach of research (qualitative and quantitative), which enabled us to understand, through case study, how strategy and leadership were articulated with innovation in these five health organizations. The results of the empirical study came from data collection through direct observation, interviews with key actors, documents and survey questionnaire answered by 165 participants of line and staff (Administrators, Medical Directors of Service /Department, Head Nurses and Technical Coordinators) of the five health organizations. Despite their complexity and specificity, both the model of Miles & Snow (organizational strategy) and the model of the Competing Values Framework of Quinn (organizational culture and leadership), suitably adapted, have proven heuristic power and able to be apply to healthcare organizations. Both public sector organizations, private and public organizations licensed (public-private partnerships) can be tracked and monitored in their processes of innovation and change in order to understand its kind of culture, leadership or organizational strategy adopted. Health organizations coexist in a continuum, where the environment (internal and external) and time are key factors which determine the strategy to adopt. Here too depending on the dynamic and complex reality where the organization moves, there are no pure types. There is indeed a great organizational plasticity and flexibility. Leaders usually carry the formal authority by circular normative. They are not pairs (or primi inter pares). Instead they are, sometimes, in a position of superiority, when the best thing is partnership, collaboration, cooperation, building consensus and cooperation with all stakeholders, in order that they are the real protagonists and facilitators of change and innovation. As factors that facilitate innovation and change, we found in health organizations studied, the following: ease of learning; vision / mission appropriate; absence of fear of failure, and as inhibiting factors: lack of coordination between agencies / departments; organizational structure (in the public sector it is too vertical and in the private sector it is more horizontal); resistance to change; lack of time and failure in the reaction time (the time for decision making is sometimes exceeded).

Erythema nodosum: prospective study of 32 cases

The results of 32 cases studied lead us to the conclusion that erythema nodosum's investigation routine is very important, once in our retrospective study, the percentage of cases of unknown etiology was 69.4%, and in this prospective study it is 21.8%. In 10 cases (31.2%), more than one causing agent was suspected. Infections (bacterial, helminthic, fungal, by protozoa) were diagnosed in 26 cases, streptococcal infection having predominated (12 cases). Drugs-dipirone, aspirin, anovulatory - were suspected as causing agents in 13 cases. The association of erythema nodosum and histoplasmosis capsulata is described for the first time in Brazil. We consider erythema nodosum to be a complex syndrome which should be regarded as a manifestation of underlying diseases. The fact that all 32 subjects were women, 26 of them during menacme, suggests that particular hormonal media may favor the action of various processes (infections and drugs), precipitating erythema nodosum's clinical picture.

Mycobacterium avium complex (MAC): an unusual potential pathogen in cerebrospinal fluid of AIDS patients

Mycobacterium avium complex (MAC) is frequently isolated from patients with late complications of Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS), especially in North America and Europe. However, its isolation from the central nervous system (CNS) has been seldom reported in these countries. MAC infections in AIDS patients in African and Latin American countries are believed to be uncommon. We report the isolation of MAC from cerebrospinal fluid (CSF) of 11 AIDS patients out of 1723 (0.63%) seen at "Centro de Referência e Treinamento - AIDS", São Paulo and discuss the significance of its isolation.

Uma aplicação Web para apoio a laboratórios remotos reconfiguráveis baseados na norma IEEE 1451.0

Nos últimos anos, o processo de ensino e aprendizagem tem sofrido significativas alterações graças ao aparecimento da Internet. Novas ferramentas para apoio ao ensino têm surgido, nas quais se destacam os laboratórios remotos. Atualmente, muitas instituições de ensino disponibilizam laboratórios remotos nos seus cursos, que permitem, a professores e alunos, a realização de experiências reais através da Internet. Estes são implementados por diferentes arquiteturas e infraestruturas, suportados por vários módulos de laboratório acessíveis remotamente (e.g. instrumentos de medição). No entanto, a sua inclusão no ensino é ainda deficitária, devido: i) à falta de meios e competências técnicas das instituições de ensino para os desenvolverem, ii) à dificuldade na partilha dos módulos de laboratório por diferentes infraestruturas e, iii) à reduzida capacidade de os reconfigurar com esses módulos. Para ultrapassar estas limitações, foi idealizado e desenvolvido no âmbito de um trabalho de doutoramento [1] um protótipo, cuja arquitetura é baseada na norma IEEE 1451.0 e na tecnologia de FPGAs. Para além de garantir o desenvolvimento e o acesso de forma normalizada a um laboratório remoto, este protótipo promove ainda a partilha de módulos de laboratório por diferentes infraestruturas. Nesse trabalho explorou-se a capacidade de reconfiguração de FPGAs para embutir na infraestrutura do laboratório vários módulos, todos descritos em ficheiros, utilizando linguagens de descrição de hardware estruturados de acordo com a norma IEEE 1451.0. A definição desses módulos obriga à criação de estruturas de dados binárias (Transducer Electronic Data Sheets, TEDSs), bem como de outros ficheiros que possibilitam a sua interligação com a infraestrutura do laboratório. No entanto, a criação destes ficheiros é bastante complexa, uma vez que exige a realização de vários cálculos e conversões. Tendo em consideração essa mesma complexidade, esta dissertação descreve o desenvolvimento de uma aplicação Web para leitura e escrita dos TEDSs. Para além de um estudo sobre os laboratórios remotos, é efetuada uma descrição da norma IEEE 1451.0, com particular atenção para a sua arquitetura e para a estrutura dos diferentes TEDSs. Com o objetivo de enquadrar a aplicação desenvolvida, efetua-se ainda uma breve apresentação de um protótipo de um laboratório remoto reconfigurável, cuja reconfiguração é apoiada por esta aplicação. Por fim, é descrita a verificação da aplicação Web, de forma a tirar conclusões sobre o seu contributo para a simplificação dessa reconfiguração.

Lysotypes and plasmidial profile of Salmonella Serovar Typhimurium isolated from children with enteric processes in the cities of Rio de Janeiro, RJ, and Salvador, BA - Brazil

The lysotypes, plasmidial profiles, and profiles of resistance to antimicrobial agents were determined in 111 Salmonella Typhimurium strains isolated from feces and blood of children treated in Rio de Janeiro and in Salvador. Six distinct lysotypes (19, 41, 97, 105, 120 and 193) were recognized, with a predominance of lysotype 193 (59.7%) in Rio de Janeiro and of phage type 105 (38.4) in Salvador. Approximately 86.7% of the lysotype 193 strains presented multiple resistance to more than six antimicrobial agents, whereas 93% of lysotype 105 strains were fully susceptible. More than 90% of the strains presented plasmids distributed into 36 different profiles in Rio de Janeiro and into 10 profiles in Salvador. A 40 MDa plasmid was the most frequent (47%) in the strains from Rio de Janeiro, whereas a 61 MDa plasmid predominated (14.5%) in Salvador. Combined analysis of plasmid profile and classification into lysotypes (especially those belonging to types 105 and 103, proved to be more discriminatory than the other methods applied).

Mycobacterium avium complex (MAC) isolated from AIDS patients and the criteria required for its implication in disease

Before the AIDS pandemia, the Mycobacterium avium complex (MAC) was responsible in most cases for the pneumopathies that attack patients with basic chronic pulmonary diseases such as emphysema and chronic bronchitis36. In 1981, with the advent of the acquired immunodeficiency syndrome (AIDS), MAC started to represent one of the most frequent bacterial diseases among AIDS patients, with the disseminated form of the disease being the major clinical manifestation of the infection8. Between January 1989 and February 1991, the Section of Mycobacteria of the Adolfo Lutz Institute, São Paulo, isolated MAC from 103 patients by culturing different sterile and no-sterile processed specimens collected from 2304 patients seen at the AIDS Reference and Training Center and/or Emilio Ribas Infectology Institute. Disseminated disease was diagnosed in 29 of those patients on the basis of MAC isolation from blood and/or bone marrow aspirate. The other 74 patients were divided into categories highly (5), moderately (26) and little suggestive of disease (43) according to the criteria of DAVIDSON (1989)10. The various criteria for MAC isolation from sterile and non-sterile specimens are discussed.

A study on metallurgy and corrosion of ancient copper-based artefacts from the portuguese territory

Dissertação apresentada para a obtenção do Grau de Doutor em Conservação e Restauro, especialidade Ciências da Conservação, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Transglutaminases do mosquito Anopheles gambiae: Caracterização genética, bioquímica e funcional durante a infecção por Plasmodium berghei

A malária constitui um problema de saúde pública, que tem vindo a agravar-se, sendo crescente a necessidade de estratégias renovadas para o seu controlo, como a interrupção do ciclo esporogónico. Deste modo, é essencial compreender as respostas imunológicas de Anopheles anti-Plasmodium. Demonstrou-se anteriormente, que a inibição de transglutaminases, enzimas que participam em vários processos biológicos ao catalisarem a formação de ligações covalentes entre péptidos, agrava a infecção em mosquitos pelo parasita. O presente trabalho tem por objectivo caracterizar as transglutaminases AGAP009098 e AGAP009100 de Anopheles gambiae. Os métodos utilizados para este efeito foram: a sequenciação de regiões dos genes AGAP009098 e AGAP009100; a clonagem molecular de fragmentos da região codificante do gene AGAP009098, usando o vector plasmídico pET–28a(+) e Escherichia coli como sistema de expressão; e PCR em Tempo Real para analisar a expressão relativa dos genes AGAP009098 e AGAP009100 nos diferentes os estádios de desenvolvimento. AGAP009098 é expressa ubiquamente e AGAP009100 a partir do estádio pupa. Estes resultados apontam para a conclusão de que AGAP009098 e AGAP009100 poderão desempenhar funções em processos biológicos relevantes, por exemplo na defesa imunitária, ou no desenvolvimento. Os péptidos recombinantes, obtidos a partir da clonagem com sucesso de fragmentos da região codificante do gene AGAP009098, constituem uma ferramenta importante para averiguar a função destas TGases, no futuro.