The evolution of inter-genomic variation in arbuscular mycorrhizal fungi

Contexte: Les champignons mycorhiziens à arbuscules (AMF) établissent des relations symbiotiques avec la plupart des plantes grâce à leurs réseaux d’hyphes qui s’associent avec les racines de leurs hôtes. De précédentes études ont révélé des niveaux de variation génétique extrêmes pour des loci spécifiques permettant de supposer que les AMF peuvent contenir des milliers de noyaux génétiquement divergents dans un même cytoplasme. Si aucun processus de reproduction sexuée n’a jusqu’ici été observé chez ces mycorhizes, on constate cependant que des niveaux élevés de variation génétique peuvent être maintenus à la fois par l’échange de noyaux entre hyphes et par des processus fréquents de recombinaison entre noyaux. Les AMF se propagent par l’intermédiaire de spores qui contiennent chacune un échantillon d’une population initiale de noyaux hétérogènes, directement hérités du mycélium parent. À notre connaissance les AMF sont les seuls organismes qui ne passent jamais par un stade mononucléaire, ce qui permet aux noyaux de diverger génétiquement dans un même cytoplasme. Ces aspects singuliers de la biologie des AMF rendent l’estimation de leur diversité génétique problématique. Ceci constitue un défi majeur pour les écologistes sur le terrain mais également pour les biologistes moléculaires dans leur laboratoire. Au-delà même des problématiques de diversité spécifique, l’amplitude du polymorphisme entre noyaux mycorhiziens est mal connue. Le travail proposé dans ce manuscrit de thèse explore donc les différents aspects de l’architecture génomique singulière des AMF. Résultats L’ampleur du polymorphisme intra-isolat a été déjà observée pour la grande sous-unité d’ARN ribosomal de l’isolat Glomus irregulare DAOM-197198 (précédemment identifié comme G. intraradices) et pour le gène de la polymerase1-like (PLS) de Glomus etunicatum isolat NPI. Dans un premier temps, nous avons pu confirmer ces résultats et nous avons également pu constater que ces variations étaient transcrites. Nous avons ensuite pu mettre en évidence la présence d’un goulot d’étranglement génétique au moment de la sporulation pour le locus PLS chez l’espèce G. etunicatum illustrant les importants effets d’échantillonnage qui se produisaient entre chaque génération de spore. Enfin, nous avons estimé la différentiation génétique des AMF en utilisant à la fois les réseaux de gènes appliqués aux données de séquençage haut-débit ainsi que cinq nouveaux marqueurs génomiques en copie unique. Ces analyses révèlent que la différenciation génomique est présente de manière systématique dans deux espèces (G. irregulare et G. diaphanum). Conclusions Les résultats de cette thèse fournissent des preuves supplémentaires en faveur du scénario d’une différenciation génomique entre noyaux au sein du même isolat mycorhizien. Ainsi, au moins trois membres du genre Glomus, G. irregulare, G. diaphanum and G. etunicatum, apparaissent comme des organismes dont l’organisation des génomes ne peut pas être décrit d’après un modèle Mendélien strict, ce qui corrobore l’hypothèse que les noyaux mycorhiziens génétiquement différenciés forment un pangenome.

Importance des protéines cellulaires incorporées dans les virions matures d’HSV-1

Pour compléter leur cycle de vie, les virus interagissent avec de nombreux facteurs de la cellule-hôte. Le virus Herpès simplex de type 1 (HSV-1) ne fait pas exception. Une récente étude protéomique du virus effectuée par notre laboratoire a permis d’identifier 49protéines cellulaires potentiellement incorporées dans les virions matures d’HSV-1 [1]. Étant donné que certaines de ces protéines peuvent jouer des rôles importants au cours du cycle de vie du virus, elles constituent des cibles de choix pour identifier et caractériser de nouvelles interactions hôte-pathogène dans le contexte d’HSV-1. D’ailleurs le laboratoire a été effectué un criblage aux petits ARN d’interférence qui a démontré qu'au moins 15 des protéines incorporées sont impliqués dans le cycle de réplication de HSV-1 en culture cellulaire (Annexe 1). Des nombreuses études rapportent l'incorporation des protéines de l'hôte dans les virions matures mais très peu abordent l'importance de la fraction des protéines cellulaires incorporée dans les virions pour le cycle virale. Pour vérifier ça, nous avons déplété ces protéines des virions matures extracellulaires en utilisant des petits ARN d’interférence. Par la suite, nous avons utilisé ces virus déplétés pour réinfecter des cellules déplétées ou normales. Cette méthode nous a permis d'identifier pour la première fois 8 protéines (DDX3X, HSPA8, KRT10, MIF, Rab5A, Rab6A, Rab10 et 14-3-3ζ) dont l'absence dans les virions réduit la production virale d'au moins 50%. Pour mieux comprendre à quelle étape du cycle viral ces protéines sont nécessaires, nous avons aussi quantifié les virus intracellulaires, produits des cellules déplétées individuellement des quinze protéines cellulaires. Ainsi, nous avons trouvé que dans nos conditions 7 de ces 8 protéines cellulaires (DDX3X, HSPA8, KRT10, MIF, Rab5A, Rab6A et Rab10) semblent impliquées dans la production des virus intracellulaires, ce qui nous a stimulés à débuter une série de tests plus approfondis de l’entrée d’HSV-1. Les résultats préliminaires, démontrent l’implication dans l’entrée d’HSV-1 d’au moins 3 à 4 de ces protéines (HSPA8, KRT10, Rab5A et Rab10).

Étude comparative des propagules extraracinaires et intraracinaires du champignon mycorhizien Glomus irregulare

La germination des spores est une étape essentielle dans le cycle de vie de la majorité des champignons filamenteux. Les champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA) forment un certain nombre de propagules infectieuses différentes qui augmentent leur potentiel à coloniser les racines. Parmi elles se trouvent les spores extraracinaires et intraracinaires. La paroi cellulaire des spores joue un rôle majeur dans la survie de ces propagules en étant une barrière physique et osmotique. Puisque une cellule peut faire des ajustements considérables dans la composition et la structure de sa paroi, en réponse aux conditions environnementales, il est possible que les parois des spores intraracinaires et extraracinaires montrent des propriétés mécaniques et osmotiques différentes affectant leur germination et leur survie. Pourtant, contrairement à la connaissance de la génétique moléculaire et de la formation de la paroi cellulaire des CMA, peu d’information est disponible au sujet de ces propriétés mécaniques. Les informations sur la germination des CMA dans des conditions hypertoniques sont aussi rares, et les modèles expérimentaux ne séparent généralement pas les effets directs de la forte pression osmotique externe sur la germination des champignons et les effets attribuables aux plantes. Cette étude avait pour but de répondre à deux importantes séries de questions concernant le comportement des spores mycorhiziennes. Nous avons d'abord déterminé la relation entre la composition de la paroi cellulaire, la structure et les propriétés mécaniques du champignon modèle Glomus irregulare (isolat DAOM 197198). La micro-indentation a été utilisée pour mesurer quantitativement les propriétés mécaniques de la paroi cellulaire. La composition (contenu de chitine et de glomaline) de la paroi cellulaire a été quantifiée par immunofluorescence tandis que la microscopie optique a été utilisée pour mesurer l'épaisseur de la paroi cellulaire. La densité locale en glomaline et l’épaisseur de la paroi étaient significativement plus élevées pour les parois des spores extraracinaires alors que la densité locale en chitine et la rigidité n’ont pas montré de variations entre les spores extraracinaires et intraracinaires. La grande variabilité dans les paramètres étudiés nous a empêchés de cibler un facteur principal responsable de la force totale de la paroi lors de la compression. La diminution des concentrations de chitine et de glomaline a été corrélée à l'évolution de la paroi du champignon au cours de son cycle de vie. On a aussi observé une composition différentielle des couches de la paroi: les polymères de chitine et de glomaline furent localisés principalement dans les couches externes et internes de la paroi, respectivement. Dans la deuxième partie de notre travail, nous avons exploré les effets directs d'engrais, par rapport à leur activité de l'eau (aw), sur la germination des spores et la pression de turgescence cellulaire. Les spores ont été soumises à trois engrais avec des valeurs de aw différentes et la germination ainsi que la cytorrhyse (effondrement de la paroi cellulaire) des spores ont été évaluées après différents temps d'incubation. Les valeurs de aw des engrais ont été utilisées comme indicateurs de leurs pressions osmotiques. L'exposition des spores de Glomus irregulare au choc osmotique causé par les engrais dont les valeurs de aw se situent entre 0,982 et 0,882 a provoqué des changements graduels au niveau de leur cytorrhyse et de leur germination. Avec l'augmentation de la pression de turgescence externe, la cytorrhyse a augmenté, tandis que le taux de germination a diminué. Ces effets ont été plus prononcés à des concentrations élevées en éléments nutritifs. La présente étude, bien qu’elle constitue une étape importante dans la compréhension des propriétés mécaniques et osmotiques des spores de CMA, confirme également que ces propriétés dépendent probablement de plusieurs facteurs, dont certains qui ne sont pas encore identifiés.

Mécanismes moléculaires de la réplication préférentielle du VIH-1 dans les cellules à polarisation Th1Th17 versus Th1 : rôle de PPARG dans la régulation négative de la réplication virale

Les cellules T CD4+ humaines sont hétérogènes du point de vue de la permissivité à l’infection par le virus de l’immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1). Notre laboratoire a préalablement démontré que les cellules Th1 à phénotype CXCR3+CCR6- sont relativement résistantes à l’infection par le VIH-1 alors que les cellules Th1Th17 à phénotype CXCR3+CCR6+ y sont hautement permissives. La réplication du VIH dépend de plusieurs facteurs cellulaires de restriction ou de permissivité agissant à différentes étapes du cycle viral. Toutefois, malgré plusieurs avancées, la compréhension des voies de signalisation cellulaire impliquées dans la régulation de la réplication du VIH est encore limitée. L’objectif majeur de ce projet de maîtrise est de caractériser les mécanismes moléculaires de la permissivité et de la résistance au VIH respectivement dans les cellules Th1Th17 et Th1. Ce mémoire est divisé en quatre parties qui visent: (i) l’identification des voies canoniques et des fonctions biologiques différemment régulées dans les cellules Th1Th17 versus Th1 par l’analyse de leur transcriptome au niveau du génome entier; (ii) la validation de l’expression différentielle des gènes d’intérêt identifiés par biopuces au niveau des transcrits et des protéines; (iii) la caractérisation du rôle fonctionnel de certains de ces facteurs (i.e., PPARG, AhR) sur la réplication du VIH dans les cellules Th1Th17 versus Th1; et (iv) l’identification du niveau auquel ces facteurs interfèrent avec le cycle de réplication du VIH. Nos résultats d’analyse du transcriptome du génome entier par Gene Set Enrichment Analysis et Ingenuity Pathway Analysis indiquent que les cellules à profil Th1Th17 sont plus susceptibles à l’activation cellulaire et à l’apoptose, favorisent plus l’inflammation et expriment moins fortement les gènes liés à la dégradation protéosomale comparé aux cellules à profil Th1. Ces différences dans la régulation de diverses voies et fonctions biologiques permettent en partie d’expliquer la susceptibilité à l’infection par le VIH dans ces cellules. Nous avons ensuite confirmé l’expression différentielle de certains gènes d’intérêt dans les cellules Th1Th17 (CXCR6, PPARG, ARNTL, CTSH, PTPN13, MAP3K4) versus Th1 (SERPINB6, PTK2) au niveau de l’ARNm et des protéines. Finalement, nous avons démontré le rôle des facteurs de transcription PPARG et AhR dans la régulation de la réplication du VIH. L’activation de la voie PPARG par la rosiglitazone induit la diminution importante de la réplication du VIH dans les cellules T CD4+, alors que l’activation de la voie AhR par les ligands exogènes TCDD et FICZ augmente de façon significative la réplication virale. Nous proposons que la voie PPARG agit comme un régulateur négatif de la réplication du VIH dans ces cellules, en interférant avec la polarisation Th17 et probablement en inhibant l’activité transcriptionnelle du facteur NF-kB. Les rôles des formes nucléaires versus cytoplasmiques du récepteur Ahr semblent être diamétralement opposés, dans la mesure où l’interférence ARN contre AhR s’associe également à l’augmentation de la réplication virale. Il est ainsi possible que la forme cytoplasmique d’AhR, connue par son activité E3 ligase, participe à la dégradation protéosomale des particules virales. Le mécanisme par lequel le AhR nucléaire versus cytoplasmique interfère avec la réplication virale est en cours d’étude au laboratoire. Cette étude représente la première caractérisation de l’expression différentielle de gènes au niveau du génome entier de sous-populations T CD4+ permissives versus résistantes à l’infection par le VIH. Nos résultats identifient de nouvelles cibles moléculaires pour de nouvelles stratégies thérapeutiques visant à limiter la réplication du VIH dans les lymphocytes T CD4+ primaires.

Découverte de nouvelles interactions entre le virus de l'Hépatite C et l'hôte par une approche combinée de Spectrométrie de Masse et de Génomique Fonctionnelle

La réplication et l’assemblage du virus de l’hépatite C (VHC) sont régulés finement dans le temps et l’espace par les interactions protéiques entre le virus avec l’hôte. La compréhension de la biologie du virus ainsi que sa pathogénicité passe par les connaissances relatives aux interactions virus/hôte. Afin d’identifier ces interactions, nous avons exploité une approche d’immunoprécipitation (IP) couplée à une détection par spectrométrie de masse (MS), pour ensuite évaluer le rôle des protéines identifiées dans le cycle viral par une technique de silençage génique. Les protéines virales Core, NS2, NS3/4A, NS4B, NS5A et NS5B ont été exprimées individuellement dans les cellules humaines 293T et immunoprécipitées afin d’isoler des complexes protéiques qui ont été soumis à l’analyse MS. Ainsi, 98 protéines de l’hôte ont été identifiées avec un enrichissement significatif et illustrant une spécificité d’interaction. L’enrichissement de protéines connues dans la littérature a démontré la force de l’approche, ainsi que la validation de 6 nouvelles interactions virus/hôte. Enfin, le rôle de ces interactants sur la réplication virale a été évalué dans un criblage génomique par ARN interférant (ARNi). Deux systèmes rapporteurs de la réplication virale ont été utilisés : le système de réplicon sous-génomique (Huh7-Con1-Fluc) et le système infectieux (J6/JFH-1/p7Rluc2a), ainsi qu’un essai de toxicité cellulaire (Alamar Blue). Parmi les protéines de l’hôte interagissant avec le VHC, 28 protéines ont démontré un effet significatif sans effet de toxicité cellulaire, suggérant fortement un rôle dans la réplication du VHC. Globalement, l’étude a mené à l’identification de nouvelles interactions virus/hôte et l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles.

The household revolution: childcare, housework, and female labor force participation

Over the twentieth century, the allocation of womens' time changed dramatically. This paper explores the implications for the allocation of married womens' time stemming from: (1) the household revolution associated with the introduction of a variety of labor-saving devices in the home; (2) the remarkable increase in the relative wage of women; and (3) changes in childcare requirements associated with changes in fertility patterns. To do so, we construct a life-cycle model with home production and childcare constraints. The parameters of the childcare production function are estimated using micro evidence from U.S. time use data. We find that the increase in the relative wage of women is the most important explanation of the increase in married womens' market work time over the twentieth century. Changes in fertility had large effects up to 1980, but little effect thereafter. The declining price of durables has an appreciable effect only since 1980, an effect that is consistent with a broader interpretation of durable goods reflecting the marketization of home production.

Rôle de la structure du génome viral sur la réplication du virus de l’hépatite C.

Le virus de l'hépatite C (VHC) touche 3% de la population mondiale et environ 30% des patients chroniquement infectés développeront une fibrose hépatique. Son génome est un ARN simple brin de polarité positive qui possède un cadre ouvert de lecture flanqué de deux régions non traduites hautement conservées. Différents facteurs peuvent influencer le cycle de réplication du VHC. Deux d’entre eux ont été étudiés dans cette thèse. Tout d'abord, nous nous sommes intéressés à l'effet des structures secondaires et tertiaires du génome sur la réplication du VHC. Les extrémités 5' et 3' du génome contiennent des structures ARN qui régulent la traduction et la réplication du VHC. Le 3'UTR est un élément structural très important pour la réplication virale. Cette région est constituée d’une région variable, d’une séquence poly(U/C) et d’un domaine hautement conservé appelé région X. Des études in vitro ont montré que le 3'UTR possède plusieurs structures ARN double brin. Cependant, les structures ARN telles qu'elles existent dans le 3'UTR dans un contexte de génome entier et dans des conditions biologiques étaient inconnues. Pour élucider cette question, nous avons développé une méthode in situ pour localiser les régions ARN simple brin et double brin dans le 3'UTR du génome du VHC. Comme prédit par les études antérieures, nous avons observé qu’in situ la région X du 3’UTR du génome présente des éléments ARN double brin. Étonnamment, lorsque la séquence poly (U/UC) est dans un contexte de génome entier, cette région forme une structure ARN double brin avec une séquence située en dehors du 3'UTR, suggérant une interaction ARN-ARN distale. Certaines études ont démontré que des structures ARN présentes aux extrémités 5’ et 3' du génome du VHC régulent à la fois la traduction et la réplication du VHC. Cela suggère qu'il y aurait une interaction entre les extrémités du génome qui permettrait de moduler ces deux processus. Dans ce contexte, nous avons démontré l'existence d'une interaction distale ARN-ARN, impliquant le domaine II du 5'UTR et la séquence codante de NS5B du génome du VHC. En outre, nous avons démontré que cette interaction joue un rôle dans la réplication de l'ARN viral. Parallèlement, nous avons étudié l'impact d'une molécule immuno-modulatrice sur la réplication du VHC. La fibrose hépatique est une manifestation majeure de l’infection par le VHC. Hors, il a été montré qu'une molécule immuno-modulatrice appelée thalidomide atténuait la fibrose chez les patients infectés par le VHC. Cependant, son impact sur la réplication virale était inconnu. Ainsi, nous avons étudié l'effet de cette molécule sur la réplication du VHC in vitro et nous avons démontré que la thalidomide active la réplication du virus en inhibant la voie de signalisation de NF-kB. Ces résultats soulignent l’importance de la voie de signalisation NF-kB dans le contrôle de la réplication du VHC, et sont à prendre en considération dans l’établissement d’un traitement contre la fibrose hépatique.

Analyse de changements multiples : une approche probabiliste utilisant les réseaux bayésiens

La maintenance du logiciel est une phase très importante du cycle de vie de celui-ci. Après les phases de développement et de déploiement, c’est celle qui dure le plus longtemps et qui accapare la majorité des coûts de l'industrie. Ces coûts sont dus en grande partie à la difficulté d’effectuer des changements dans le logiciel ainsi que de contenir les effets de ces changements. Dans cette perspective, de nombreux travaux ont ciblé l’analyse/prédiction de l’impact des changements sur les logiciels. Les approches existantes nécessitent de nombreuses informations en entrée qui sont difficiles à obtenir. Dans ce mémoire, nous utilisons une approche probabiliste. Des classificateurs bayésiens sont entraînés avec des données historiques sur les changements. Ils considèrent les relations entre les éléments (entrées) et les dépendances entre changements historiques (sorties). Plus spécifiquement, un changement complexe est divisé en des changements élémentaires. Pour chaque type de changement élémentaire, nous créons un classificateur bayésien. Pour prédire l’impact d’un changement complexe décomposé en changements élémentaires, les décisions individuelles des classificateurs sont combinées selon diverses stratégies. Notre hypothèse de travail est que notre approche peut être utilisée selon deux scénarios. Dans le premier scénario, les données d’apprentissage sont extraites des anciennes versions du logiciel sur lequel nous voulons analyser l’impact de changements. Dans le second scénario, les données d’apprentissage proviennent d’autres logiciels. Ce second scénario est intéressant, car il permet d’appliquer notre approche à des logiciels qui ne disposent pas d’historiques de changements. Nous avons réussi à prédire correctement les impacts des changements élémentaires. Les résultats ont montré que l’utilisation des classificateurs conceptuels donne les meilleurs résultats. Pour ce qui est de la prédiction des changements complexes, les méthodes de combinaison "Voting" et OR sont préférables pour prédire l’impact quand le nombre de changements à analyser est grand. En revanche, quand ce nombre est limité, l’utilisation de la méthode Noisy-Or ou de sa version modifiée est recommandée.

Molecular characterization of the contribution of autophagy to antigen presentation using quantitative proteomics

L’autophagie est une voie hautement conservée de dégradation lysosomale des constituants cellulaires qui est essentiel à l’homéostasie cellulaire et contribue à l’apprêtement et à la présentation des antigènes. Les rôles relativement récents de l'autophagie dans l'immunité innée et acquise sous-tendent de nouveaux paradigmes immunologiques pouvant faciliter le développement de nouvelles thérapies où la dérégulation de l’autophagie est associée à des maladies auto-immunes. Cependant, l'étude in vivo de la réponse autophagique est difficile en raison du nombre limité de méthodes d'analyse pouvant fournir une définition dynamique des protéines clés impliquées dans cette voie. En conséquence, nous avons développé un programme de recherche en protéomique intégrée afin d’identifier et de quantifier les proteines associées à l'autophagie et de déterminer les mécanismes moléculaires régissant les fonctions de l’autophagosome dans la présentation antigénique en utilisant une approche de biologie des systèmes. Pour étudier comment l'autophagie et la présentation antigénique sont activement régulés dans les macrophages, nous avons d'abord procédé à une étude protéomique à grande échelle sous différentes conditions connues pour stimuler l'autophagie, tels l’activation par les cytokines et l’infection virale. La cytokine tumor necrosis factor-alpha (TNF-alpha) est l'une des principales cytokines pro-inflammatoires qui intervient dans les réactions locales et systémiques afin de développer une réponse immune adaptative. La protéomique quantitative d'extraits membranaires de macrophages contrôles et stimulés avec le TNF-alpha a révélé que l'activation des macrophages a entrainé la dégradation de protéines mitochondriales et des changements d’abondance de plusieurs protéines impliquées dans le trafic vésiculaire et la réponse immunitaire. Nous avons constaté que la dégradation des protéines mitochondriales était sous le contrôle de la voie ATG5, et était spécifique au TNF-alpha. En outre, l’utilisation d’un nouveau système de présentation antigènique, nous a permi de constater que l'induction de la mitophagie par le TNF-alpha a entrainée l’apprêtement et la présentation d’antigènes mitochondriaux par des molécules du CMH de classe I, contribuant ainsi la variation du répertoire immunopeptidomique à la surface cellulaire. Ces résultats mettent en évidence un rôle insoupçonné du TNF-alpha dans la mitophagie et permet une meilleure compréhension des mécanismes responsables de la présentation d’auto-antigènes par les molécules du CMH de classe I. Une interaction complexe existe également entre infection virale et l'autophagie. Récemment, notre laboratoire a fourni une première preuve suggérant que la macroautophagie peut contribuer à la présentation de protéines virales par les molécules du CMH de classe I lors de l’infection virale par l'herpès simplex virus de type 1 (HSV-1). Le virus HSV1 fait parti des virus humains les plus complexes et les plus répandues. Bien que la composition des particules virales a été étudiée précédemment, on connaît moins bien l'expression de l'ensemble du protéome viral lors de l’infection des cellules hôtes. Afin de caractériser les changements dynamiques de l’expression des protéines virales lors de l’infection, nous avons analysé par LC-MS/MS le protéome du HSV1 dans les macrophages infectés. Ces analyses nous ont permis d’identifier un total de 67 protéines virales structurales et non structurales (82% du protéome HSV1) en utilisant le spectromètre de masse LTQ-Orbitrap. Nous avons également identifié 90 nouveaux sites de phosphorylation et de dix nouveaux sites d’ubiquitylation sur différentes protéines virales. Suite à l’ubiquitylation, les protéines virales peuvent se localiser au noyau ou participer à des événements de fusion avec la membrane nucléaire, suggérant ainsi que cette modification pourrait influer le trafic vésiculaire des protéines virales. Le traitement avec des inhibiteurs de la réplication de l'ADN induit des changements sur l'abondance et la modification des protéines virales, mettant en évidence l'interdépendance des protéines virales au cours du cycle de vie du virus. Compte tenu de l'importance de la dynamique d'expression, de l’ubiquitylation et la phosphorylation sur la fonction des proteines virales, ces résultats ouvriront la voie vers de nouvelles études sur la biologie des virus de l'herpès. Fait intéressant, l'infection HSV1 dans les macrophages déclenche une nouvelle forme d'autophagie qui diffère remarquablement de la macroautophagie. Ce processus, appelé autophagie associée à l’enveloppe nucléaire (nuclear envelope derived autophagy, NEDA), conduit à la formation de vésicules membranaires contenant 4 couches lipidiques provenant de l'enveloppe nucléaire où on retrouve une grande proportion de certaines protéines virales, telle la glycoprotéine B. Les mécanismes régissant NEDA et leur importance lors de l’infection virale sont encore méconnus. En utilisant un essai de présentation antigénique, nous avons pu montrer que la voie NEDA est indépendante d’ATG5 et participe à l’apprêtement et la présentation d’antigènes viraux par le CMH de classe I. Pour comprendre l'implication de NEDA dans la présentation des antigènes, il est essentiel de caractériser le protéome des autophagosomes isolés à partir de macrophages infectés par HSV1. Aussi, nous avons développé une nouvelle approche de fractionnement basé sur l’isolation de lysosomes chargés de billes de latex, nous permettant ainsi d’obtenir des extraits cellulaires enrichis en autophagosomes. Le transfert des antigènes HSV1 dans les autophagosomes a été determine par protéomique quantitative. Les protéines provenant de l’enveloppe nucléaire ont été préférentiellement transférées dans les autophagosome lors de l'infection des macrophages par le HSV1. Les analyses protéomiques d’autophagosomes impliquant NEDA ou la macroautophagie ont permis de decouvrir des mécanismes jouant un rôle clé dans l’immunodominance de la glycoprotéine B lors de l'infection HSV1. Ces analyses ont également révélées que diverses voies autophagiques peuvent être induites pour favoriser la capture sélective de protéines virales, façonnant de façon dynamique la nature de la réponse immunitaire lors d'une infection. En conclusion, l'application des méthodes de protéomique quantitative a joué un rôle clé dans l'identification et la quantification des protéines ayant des rôles importants dans la régulation de l'autophagie chez les macrophages, et nous a permis d'identifier les changements qui se produisent lors de la formation des autophagosomes lors de maladies inflammatoires ou d’infection virale. En outre, notre approche de biologie des systèmes, qui combine la protéomique quantitative basée sur la spectrométrie de masse avec des essais fonctionnels tels la présentation antigénique, nous a permis d’acquérir de nouvelles connaissances sur les mécanismes moléculaires régissant les fonctions de l'autophagie lors de la présentation antigénique. Une meilleure compréhension de ces mécanismes permettra de réduire les effets nuisibles de l'immunodominance suite à l'infection virale ou lors du développement du cancer en mettant en place une réponse immunitaire appropriée.

Archive(s) : approche dialectique et exploitation artistique

Les archives sont aujourd’hui utilisées et envisagées hors de leur lieu traditionnel qu’est le service d’archives et souvent même hors de l’action des archivistes. Cette thèse de doctorat propose un renversement dialectique benjaminien dans la conception de l’archivistique dont le point central devient l’utilisation des archives définitives plutôt que la production des documents. Les premiers chapitres retracent les différentes compréhensions des archives depuis la création des institutions nationales au 19e siècle jusqu’au renouvellement opéré par certains archivistes se réclamant de la postmodernité à la fin du 20e siècle. Cette histoire des archives et de l’archivistique montre que les archives définitives sont caractérisées au regard du rapport au passé qu’elles permettent et que les archivistes pensent leur objet depuis la question historiographique de l’écriture de l’histoire. Ainsi, deux conceptions générales des archives coexistent aujourd’hui et apparaissent comme essentiellement contradictoires en ce que l’une (traditionnelle) est centrée sur le créateur des documents et le passé compris comme l’ensemble des actes posés par le créateur, tandis que l’autre (postmoderne) se fonde sur les fonctions sociales des archives et sur le rôle de l’archiviste. L’élément commun à ces deux visions est l’absence de prise en charge théorique des utilisateurs et de l’exploitation des documents. Or, en suivant les traces et la pensée de Walter Benjamin, nous proposons de penser la double nature des archives comme documents et comme témoignage tout en articulant cette pensée à l’archive comme modalité d’inscription de soi dans le temps. Il en ressort que les archives peuvent être considérées comme une objectivation du passé relevant d’une temporalité chronologique au cœur de laquelle réside, à l’état latent, l’archive potentiellement libératrice. L’exploitation artistique des archives, telle qu’elle est présentée dans le cinquième chapitre, montre comment la notion d’archives explose. En outre, l’observation de ce type particulier d’exploitation permet de mettre au jour le fait que les archives sont toujours inscrites dans des conditions d’utilisation (contexte, matérialité, dispositif, rapport au public) qui sont autant de conditions d’existence de l’archive. Parmi les questions abordées par les artistes celles de la mémoire, de l’authenticité, des archives comme moyen d’appropriation du monde et comme objet poétique sont alors autant de points d’entrée possibles pour revisiter l’archivistique. Le dernier chapitre synthétise l’ensemble des renouvellements proposés au fil de la thèse de manière implicite ou explicite. Nous y envisageons une temporalité non chronologique où les archives sont un objet du passé qui, saisi par un présent dialectique singulier, sont tournées à la fois vers le passé et vers l’avenir. De nouvelles perspectives sont ouvertes pour l’archivistique à partir des caractéristiques assignées aux archives par les artistes. Finalement, c’est le cycle de vie des archives qui peut être revu en y incluant l’exploitation comme dimension essentielle.

Une approche heuristique pour l’apprentissage de transformations de modèles complexes à partir d’exemples

L’ingénierie dirigée par les modèles (IDM) est un paradigme d’ingénierie du logiciel bien établi, qui préconise l’utilisation de modèles comme artéfacts de premier ordre dans les activités de développement et de maintenance du logiciel. La manipulation de plusieurs modèles durant le cycle de vie du logiciel motive l’usage de transformations de modèles (TM) afin d’automatiser les opérations de génération et de mise à jour des modèles lorsque cela est possible. L’écriture de transformations de modèles demeure cependant une tâche ardue, qui requiert à la fois beaucoup de connaissances et d’efforts, remettant ainsi en question les avantages apportés par l’IDM. Afin de faire face à cette problématique, de nombreux travaux de recherche se sont intéressés à l’automatisation des TM. L’apprentissage de transformations de modèles par l’exemple (TMPE) constitue, à cet égard, une approche prometteuse. La TMPE a pour objectif d’apprendre des programmes de transformation de modèles à partir d’un ensemble de paires de modèles sources et cibles fournis en guise d’exemples. Dans ce travail, nous proposons un processus d’apprentissage de transformations de modèles par l’exemple. Ce dernier vise à apprendre des transformations de modèles complexes en s’attaquant à trois exigences constatées, à savoir, l’exploration du contexte dans le modèle source, la vérification de valeurs d’attributs sources et la dérivation d’attributs cibles complexes. Nous validons notre approche de manière expérimentale sur 7 cas de transformations de modèles. Trois des sept transformations apprises permettent d’obtenir des modèles cibles parfaits. De plus, une précision et un rappel supérieurs à 90% sont enregistrés au niveau des modèles cibles obtenus par les quatre transformations restantes.

Development of Best Practices for Ship Recycling Processes

Ship recycling has been considered as the best means to dispose off an obsolete ship. The current state of art of technology combined with the demands of sustainable developments from the global maritime industrial sector has modified the status of erstwhile ‘ship breaking’ involving ship scrap business to a modern industry undertaking dismantling of ships and recycling/reusing the dismantled products in a supply chain of pre owned product market by following the principles of recycling. Industries will have to formulate a set of best practices and blend them with the engineering activities for producing better quality products, improving the productivity and for achieving improved performances related to sustainable development. Improved performance by industries in a sustainable development perspective is accomplished only by implementing the 4E principles, ie.,. ecofriendliness, engineering efficiency, energy conservation and ergonomics in their core operations. The present study has done a comprehensive investigation into various ship recycling operations for formulating a set of best practices.Being the ultimate life cycle stage of a ship, ship recycling activities incorporate certain commercial procedures well in advance to facilitate the objectives of dismantling and recycling/reusing of various parts of the vessel. Thorough knowledge regarding these background procedures in ship recycling is essential for examining and understanding the industrial business operations associated with it. As a first step, the practices followed in merchant shipping operations regarding the decision on decommissioning have been and made available in the thesis. Brief description about the positioning methods and important preparations for the most feasible ship recycling method ie.,. beach method have been provided as a part of the outline of the background information. Available sources of guidelines, codes and rules & regulations for ship recycling have been compiled and included in the discussion.Very brief summary of practices in major ship recycling destinations has been prepared and listed for providing an overview of the global ship recycling activities. The present status of ship recycling by treating it as a full fledged engineering industry has been brought out to establish the need for looking into the development of the best practices. Major engineering attributes of ship as a unique engineering product and the significant influencing factors on her life cycle stage operations have been studied and added to the information base on ship recycling. Role of ship recycling industry as an important player in global sustainable development efforts has been reviewed by analysing the benefits of ship recycling. A brief synopsis on the state of art of ship recycling in major international ship recycling centres has also been incorporated in the backdrop knowledgebase generation on ship recycling processes.Publications available in this field have been reviewed and classified into five subject categories viz., Infrastructure for recycling yards and methods of dismantling, Rules regarding ship recycling activities, Environmental and safety aspects of ship recycling, Role of naval architects and ship classification societies, Application of information technology and Demand forecasting. The inference from the literature survey have been summarised and recorded. Noticeable observations in the inference include need of creation of a comprehensive knowledgebase on ship recycling and its effective implementation in the industry and the insignificant involvement of naval architects and shipbuilding engineers in ship recycling industry. These two important inferences and the message conveyed by them have been addressed with due importance in the subsequent part of the present study.As a part of the study the importance of demand forecasting in ship recycling has been introduced and presented. A sample input for ship recycling data for implementation of computer based methods of demand forecasting has been presented in this section of the thesis.The interdisciplinary nature of engineering processes involved in ship recycling has been identified as one of the important features of this industry. The present study has identified more than a dozen major stake holders in ship recycling having their own interests and roles. It has also been observed that most of the ship recycling activities is carried out in South East Asian countries where the beach based ship recycling is done in yards without proper infrastructure support. A model of beach based ship recycling has been developed and the roles, responsibilities and the mutual interactions of the elements of the system have been documented as a part of the study Subsequently the need of a generation of a wide knowledgebase on ship recycling activities as pointed out by the literature survey has been addressed. The information base and source of expertise required to build a broad knowledgebase on ship recycling operations have been identified and tabulated. Eleven important ship recycling processes have been identified and a brief sketch of steps involved in these processes have been examined and addressed in detail. Based on these findings, a detailed sequential disassembly process plan of ship recycling has been prepared and charted. After having established the need of best practices in ship recycling initially, the present study here identifies development of a user friendly expert system for ship recycling process as one of the constituents of the proposed best practises. A user friendly expert system has been developed for beach based ship recycling processes and is named as Ship Recycling Recommender (SRR). Two important functions of SRR, first one for the ‘Administrators’, the stake holders at the helm of the ship recycling affairs and second one for the ‘Users’, the stake holders who execute the actual dismantling have been presented by highlighting the steps involved in the execution of the software. The important output generated, ie.,. recommended practices for ship dismantling processes and safe handling information on materials present onboard have been presented with the help of ship recycling reports generated by the expert system. A brief account of necessity of having a ship recycling work content estimation as part of the best practices has been presented in the study. This is supported by a detailed work estimation schedule for the same as one of the appendices.As mentioned earlier, a definite lack of involvement of naval architect has been observed in development of methodologies for improving the status of ship recycling industry. Present study has put forward a holistic approach to review the status of ship recycling not simply as end of life activity of all ‘time expired’ vessels, but as a focal point of integrating all life cycle activities. A new engineering design philosophy targeting sustainable development of marine industrial domain, named design for ship recycling has been identified, formulated and presented. A new model of ship life cycle has been proposed by adding few stages to the traditional life cycle after analysing their critical role in accomplishing clean and safe end of life and partial dismantling of ships. Two applications of design for ship recycling viz, recyclability of ships and her products and allotment of Green Safety Index for ships have been presented as a part of implementation of the philosophy in actual practice.

Dynamics of Deforestation and Socio-Economic profile of Tribal Women Folk in Kerala- A study of Attappady is

This thesis Entitled Dynamics of deforestation and Socio-Economic profile of tribal women flok in kerala -A study of Attappady. The study was based on both primary and secondary data. Primary data were collected through a sample survey conducted in three panchayaths .The thesis is organized in eight chapters. The first chapter provides the background to the study. Second chapter reviews the literature. Third chapter provides the profile of the study area and general conditions. Fourth chapter consists of the life cycle structure of the tribal woman. Fifth chapter covers the socio-economic conditions of the tribal women in the study area. Sixth chapter consists of relationship between tribal women and forest and the degradation of the forest. Seventh chapter provides the documentation of the development programmes implemented in Attappady and their importance to the tribals. Last chapter consists of summary and conclusions of the study, suggestions and recommendations of the study.

Studies on the macrobenthic community of Cochin backwaters with special reference to culture of Eriopisa chilkensis (Gammaridae-Amphipoda)

This thesis Entitled studies on the macrobenthic community of cochin backwaters with special reference to culture of eriopisa chilkensis (Gammaridae- amphipoda).Benthic organisms are usually studied for environmental impact assessment, pollution control and resource conservation. The benthic monitoring component has three major objectives: 1) characterize the benthic communities to assess the estuarine health, 2) determine seasonal and spatial variability in benthic communities, and 3) detect changes in the estuarine community through examination of changes in abundances of specific indicator taxa and other standard benthic indices.Cochin backwaters situated at the tip of the northern Vembanad lake is a tropical positive estuarine system. The backwaters of Kerala support as much biological productivity and diversity as tropical rain forest and are responsible for the rich fishery potential of Kerala. Backwaters also act as nursery grounds for commercially important prawns and fishes.The thesis has been subdivided into seven chapters. The first chapter gives a general introduction about the topic and also highlights the scope and purpose of the study. The second chapter covers the methodology adopted for the collection and analysis of water quality parameters, sediment and the macrobenthic fauna.Chapter 3 deals with hydrographic features, sediment characteristics and the spatial variation and abundance of macrobenthic fauna in the Cochin estuary.Chapter 4 explains the impact of organic enrichment on macrobenthic popUlation in the Cochin estuary and includes the comparison of the present data with the earlier work in this region.Chapter 5 deals with seasonal variability in abundance of macrobenthic species in the estuary. The study was conducted from 9 stations during three seasons (pre-monsoon, monsoon and post-monsoon) in 2003.Chapter 6 deals with Life history and Population Dynamics of Eriopisa chilkensis Chilton (Gammaridae-Amphipoda). The life cycle of the gammarid amphipod Eriopisa chilkensis from the Cochin estuary, south west coast of India was studied for the first time under laboratory conditions.

Studies on osmoregulation in the penaeid prawn Metapenaeus dobsoni (Miers)

Metapenaeus dobsoni (Miers) is the most abundant species along the coast of Kerala. It is cultured extensively by adoption of traditional farming practices. The geographical location and water source determines the seasonal and annual environmental fluctuations the prawn farming systems experiences. The life cycle of the shrimp includes its migration to the coastal deeper waters for spawning and the immigration of larvae to the estuaries for growth. The survival of the species in such complex ecosystems is thus critical to its life cycle. The animal adapts itself to different environments through a physiological process known as osmoregulation. The present study on osmoregulation in the penaeid prawn Metapenaeus dobsoni was thus undertaken to understand the mechanism adopted by this species to survive in different environments. A number of experimental work have been conducted to understand the effect of salinity on the internal variations. However the effect of the complex environmental conditions as existent in nature on the osmotic variations in this species has not been dealt with in any of the earlier studies.