The M-Coffee web server: a meta-method for computing multiple sequence alignments by combining alternative alignment methods.

The M-Coffee server is a web server that makes it possible to compute multiple sequence alignments (MSAs) by running several MSA methods and combining their output into one single model. This allows the user to simultaneously run all his methods of choice without having to arbitrarily choose one of them. The MSA is delivered along with a local estimation of its consistency with the individual MSAs it was derived from. The computation of the consensus multiple alignment is carried out using a special mode of the T-Coffee package [Notredame, Higgins and Heringa (T-Coffee: a novel method for fast and accurate multiple sequence alignment. J. Mol. Biol. 2000; 302: 205-217); Wallace, O'Sullivan, Higgins and Notredame (M-Coffee: combining multiple sequence alignment methods with T-Coffee. Nucleic Acids Res. 2006; 34: 1692-1699)] Given a set of sequences (DNA or proteins) in FASTA format, M-Coffee delivers a multiple alignment in the most common formats. M-Coffee is a freeware open source package distributed under a GPL license and it is available either as a standalone package or as a web service from www.tcoffee.org.

Creació d'una aplicació col·laborativa orientada a web semàntica

L'objectiu d'aquest projecte es la creació d'una plataforma que ofereix un nou format per a presentar aquest tipus d'informació, i que a mes permet la integració d'ontologies per a poder classificar les diferents noticies que s'afegeixin al sistema.

Just the Facts for 2012

There are 20,552 full-time employees who work for the State of Iowa Executive Branch(excluding Fair Authority, Community-Based Corrections, and the Regents employees). These employees are undoubtedly the most valuable resource for providing timely and quality services to Iowans. To strategically manage this resource, state departments and policymakers must have thorough and accurate information. The information in “Just the Facts for 2008” is a snapshot of the workforce, collected,compiled, and presented in a format that will aid agencies and decision makers in strategic planning. In many cases, data cover a number of years and are presented to give the reader a sense of trends. While the Department of Administrative Services, Human Resource Enterprise (DAS/HRE)wants to present data in its purest form so readers can draw their own conclusions, we also have a responsibility to clarify anything that may be confusing or misleading. It is important to highlight workforce trends and explain their significance to the work of Iowa state government. The following chapter summaries are intended to do that.

Management Strategy for Iowa’s Water Resources, December 2007

In Iowa, the Department of Natural Resources (DNR)is responsible for regulating water allocation and use through the issuance of water use permits, but improvements are necessary in this process to assure sustainable supplies into the future. In recent years, there have not been resources dedicated at the state level to properly track and assess water quantity issues. Resources for water use and water quantity monitoring (groundwater level and surface gauges) have continued to decline and have resulted in data becoming outdated and in a format that is difficult to analyze in order to make good decisions.

Desarrollo, implementación y publicación de los geoservicios WMS Y WFS del Parc Natural de Collserola

Projecte Final de Màster consistent en la posada en marxa de serveis d'informació geogràfica a través d'Internet seguint els estàndards d'interoperabilitat WMS (Web Map Service) per publicar mapes en format imatge i WFS (Web Features Service) per publicar capes d'entitats geogràfiques amb atributs, dictats pel OGC (Open Geospatial Consorcium). Permeten la interoperabilitat entre Sistemes d'Informació Geogràfica i a través de la World Wide Web. Aquests serveis implementats són accessibles des d'altres sistemes d'informació geogràfica i des d'Internet gràcies a la implementació expressa d'una aplicació web desenvolupada amb recursos Open Source

Grade and Cross Slope Estimation from LIDAR-based Surface Models, 2003

Many transportation agencies maintain grade as an attribute in roadway inventory databases; however, the information is often in an aggregated format. Cross slope is rarely included in large roadway inventories. Accurate methods available to collect grade and cross slope include global positioning systems, traditional surveying, and mobile mapping systems. However, most agencies do not have the resources to utilize these methods to collect grade and cross slope on a large scale. This report discusses the use of LIDAR to extract roadway grade and cross slope for large-scale inventories. Current data collection methods and their advantages and disadvantages are discussed. A pilot study to extract grade and cross slope from a LIDAR data set, including methodology, results, and conclusions, is presented. This report describes the regression methodology used to extract and evaluate the accuracy of grade and cross slope from three dimensional surfaces created from LIDAR data. The use of LIDAR data to extract grade and cross slope on tangent highway segments was evaluated and compared against grade and cross slope collected using an automatic level for 10 test segments along Iowa Highway 1. Grade and cross slope were measured from a surface model created from LIDAR data points collected for the study area. While grade could be estimated to within 1%, study results indicate that cross slope cannot practically be estimated using a LIDAR derived surface model.

Educació física en anglès : percepcions dels estudiants entorn d'una experiència metodològica en el marc universitari

L’article presenta una experiència AICLE en el marc universitari, a través de l’execució de dues assignatures de l’àrea d’educació física dels estudis de Magisteri en llengua anglesa. El projecte suposa una primera experiència pilot de la introducció d’assignatures AICLE a la FPCEE Blanquerna (Universitat Ramon Llull), abans de la plena implementació dels nous plans d’estudi. Es mostra una proposta didàctica pel tractament de les assignatures en format AICLE, així com, una anàlisi de les creences dels estudiants participants entorn l’experiència desenvolupada. La metodologia de la recerca, basada en una investigació acció, ha utilitzat dues estratègies de recollida de dades: els grups de discussió i el diari de classe. L’anàlisi qualitativa de les dades s’ha realitzat amb el suport del ATLAS.ti. Els resultats i la discussió permeten introduir nous indicadors d’interès al debat metodològic de les assignatures en format AICLE en el marc universitari.

Univers de Comunicació Audiovisual: un projecte transversal de socialització

L’Univers de la Comunicació Audiovisual és el primer projecte d’innovació docent realitzat pels estudis de Comunicació Audiovisual de la Universitat Pompeu Fabra que incideix en les possibilitats transversals de les xarxes virtuals. Contemplant aquestes xarxes com entorns on també es poden definir i treballar competències generals, l’Univers... es defineix com un espai on l’alumnat i professorat comparteixen i poden visualitzar aquells referents –autors, obres i conceptes- que els propis estudiants i professors han considerat imprescindibles per definir l’àmbit referencial dels Estudis, i per extensió, del propi camp de coneixement. L’Univers... es presenta als usuaris en dos nivells de profunditat clarament diferenciats; un primer, el mapa de l’Univers, on es mostren de forma visual els ítems que conformen la constel·lació d’autors, obres i conceptes que professorat i alumnat han proposat. I un segon nivell format per fitxes dinàmiques que amplien les dades dels ítems més significatius del mapa. Aquestes fitxes dinàmiques recuperen i ordenen la informació que d’aquell ítem concret es pot resseguir en els materials i Guies Docents de totes les assignatures dels Estudis.

Realitat de ficció: una recerca en la impressió digital sobre suports rígids

Dins del projecte de recerca I+D Impressió expandida: repercussions dels mitjans digitals en el context de l’art imprès, amb codi: HUM 2007-64757/ARTE i finançat pel Ministerio de Ciencia yTecnologia, l’any 2007 es va constituir un sub-grup que, sota el nom d’Ars Combinatoria, hatreballat en la investigació de la impressió digital sobre diferents suports.Aquest equip investigador està format per les professores M.Mercè Casanovas, Cristina Pastó iEva Vila (col·laboradora) , totes elles vinculades a la pràctica i la docència del gravat, la litografia ila serigrafia .L’interès i la dedicació per aquestes disciplines ha anat ampliant-se i creixent amb l’aportació delsmitjans digitals, que han suposat un canvi en el format, en el projecte i en la concepció de l’obra.Per dur a terme aquesta recerca, hem rebut el suport de l’empresa barcelonina EGM Laboratoriscolor, especialitzada en la impressió digital d’alta resolució.Des d’aleshores s’ha seguit una investigació profunda sobre les diferents possibilitats de laimpressió digital damunt suports convencionals i no convencionals. Tota una recerca que, fins al moment, s’ha concretat en tres exposicions, dues de col·lectives i una d’individual, que mostren els resultats obtinguts.

Formats radifònics "tot-notícies" a l'Estat Espanyol : naixement i consolidació de "Catalunya Informacio"(1992-1997)

Fa 20 anys que la ràdio española gaudeix de la libertad informativa que li va ser negada durant la dictadura. En aquests 20 anys, l’evolució del macro-gènere información ens ha portat des de l’anomenat “boom de la ràdio informativa” fins al naixement, al nostre país, de les primeres emissores dedicades íntegrament a la información, en primer lloc, Catalunya Informació, i més tard, Radio 5 Todo Noticias. El que pretenem amb aquest estudié s tractar del naixement i la consolidació del primer format radiofònic informatiu, un format sobre el qual no hi ha encara gaires referències bibliogràfiques.

Símptomes negatius i cognició social en l'esquizofrènia : un programa d'intervenció

L’esquizofrènia és un trastorn mental greu que afecta a un 1% de la població mundial. El seu tractament ha estat molt estudiat i, al llarg del temps, s’han descobert i fomentat noves línies de treball com són el tractament de la simptomatologia negativa i el dèficit cognitiu, front l’originària focalització en els símptomes positius. El present programa d’intervenció té com objectiu principal la millora de la simptomatologia negativa i el funcionament social en les persones diagnosticades d’esquizofrènia negativa. El programa es situa en el buit existent entre els programes de rehabilitació cognitiva (RC) i els programes de reinserció laboral i vocacionals donat que els actual programes d’entrenament en habilitats socials han demostrat no ser aplicables a la vida diària dels pacients esquizofrènics. El programa té un format grupal i una duració de 3 anys, amb una sessió setmanal, i consta de 4 mòduls diferenciats (Entrevista Motivacional, Cognició, Simptomatologia negativa i relacions socials, Cloenda i Recopilació de conceptes) amb objectius, dificultat i temporalitat diferents. Les possibles limitacions del programa vindrien donades per la dificultat de determinar quins són els pacients que s’adequarien a aquesta intervenció, pel que serà necessària la realització d’una adequada avaluació per seleccionar els membres del grup de tractament. Alhora, en la seva aplicació, les limitacions vindrien determinades per la forta implicació emocional i cohesió grupal que el programa requereix.

Micro-ordinateurs de poche : du gadget à l'irremplaçable [Handheld computers: the gadget that became an invaluable tool]

Les ordinateurs de poche ont le potentiel de devenir un outil de travail indispensable pour le médecin praticien. De part une facilité d'utilisation toujours plus grande, un format ultra-portable, une grande capacité de stockage de l'information et de synchronisation à de multiples bases de données, ils permettent l'accès en tout temps et littéralement au lit du malade à une gamme complète de ressources médicales. Cet article se veut une lllustration des différentes possibilités d'utilisation de ces nouveaux outils, au travers de situations cliniques banales rencontrées par tout praticien.

Avaluació dels efectes d'un tractament logopèdic en la qualitat de veu d'adults amb sordesa

La veu de les persones amb pèrdues auditives severes o profundes presenta diverses característiques acústiques que són reconegudes pels oients i que, sovint, se’ls assignen valoracions negatives.En aquest treball s’exposen els resultats d’una experiència d’entrenament vocal amb un grup de deu adults amb pèrdues auditives severes i pregones, portadores de diferents tipus de pròtesi. L’entrenament es va duu a terme durant un any amb una mitjana de 14 sessions individuals. Es va realitzar un registre de la veu en format digital previ i posterior dels participants que ha estat analitzada des de tres perspectives distintes: acústica, perceptiva i narrativa. Des del punt de vista acústic, les mostres han estat analitzades amb el programa MDVP de Kay Elemetrics. S’han utilitzat els paràmetres jitter (estabilitat de freqüència), shimmer (estabilitat d’intensitat) i NHR (relació soroll vs. harmònics). En segon lloc, les mostres s’han sotmès a la valoració de dos jurats d’escolta, un de logopedes experts en veu i un altre de no experts, format per estudiants universitaris no entrenats. Finalment, s’han analitzat els discursos dels participants sobre les característiques de la seva veu.El conjunt de resultats no és totalment coincident entre les distintes perspectives d’anàlisi. Totes tres coincideixen a reflectir la millora vocal en sis dels participants, però discrepen en els altres quatre.L’experiència obre les portes a noves investigacions sobre l’efectivitat dels tractaments de millora de la veu en les persones sordes.

Alcoholisme: un cas clínic d'abordatge multidisciplinar a la Facultat de Farmàcia

A la Facultat de Farmàcia de la UB hem iniciat un projecte plurianual i multidisciplinar que té com a finalitat el desenvolupament de casos clínics transversals. En l’actualitat, l’equip docent està format per 49 professors implicats en 14 assignatures del Grau de Farmàcia. L’objectiu del grup és reforçar la transversalitat al llarg del grau, de manera que els alumnes adquireixin la percepció de que els coneixements apresos en una assignatura són la base per a les altres. Per fomentar-ho, proposem la realització de casos clínics que es vagin resolent progressivament en el context de diverses assignatures del grau. El primer cas clínic que hem dissenyat és sobre l’alcoholisme, ja que és un tema d’interès sanitari, abordable des de diferents disciplines. El grup ha desenvolupat la història d’un personatge, en Sam, que s’inicia en el consum d’alcohol des de molt jove, de manera que els alumnes a mida que cursin les diferents assignatures coneixeran la seva evolució i conseqüències (des d’un coma etílic, consum de risc, deshabituació,…), tot en l’entorn de la vida familiar i social del personatge, per aconseguir una proximitat d’en Sam amb l’estudiant. El cas va ser elaborat amb l’ajut de la Unitat d’Alcohologia de l’Hospital Clínic.