Optical absorption analysis of quaternary molybdate- and tungstate-ordered double perovskites

Quaternary-ordered double perovskite A2MM’O6 (M=Mo,W) semiconductors are a group of materials with a variety of photocatalytic and optoelectronic applications. An analysis focused on the optoelectronic properties is carried out using first-principles density-functional theory with several U orbital-dependent one-electron potentials applied to different orbital subspaces. The structural non-equivalence of the atoms resulting from the symmetry has been taken in account. In order to analyze optical absorption in these materials deeply, the absorption coefficients have been split into inter- and intra-non-equivalent species contributions. The results indicate that the effect of the A and M’ atoms on the optical properties are minimal whereas the largest contribution comes from the non-equivalent O atoms to M transitions.

Effects of radiation losses on very lean methane/air flames propagating upward in a vertical tube

The stationary upward propagation of a very lean methane/air flame in a long vertical tube open at the bottom and closed at the top is simulated numerically using a single overall chemical reaction to model combustion and assuming an optically thin gas and a transparent or non-reflecting tube wall to approximately account for radiation losses from CO2CO2 and H2OH2O. Buoyancy plays a dominant role in the propagation of these flames and causes a large region of low velocity of the burnt gas relative to the flame to appear below the flame front when the equivalence ratio is decreased. The size of this region scales with the radius of the tube, and its presence enhances the effect of radiation losses, which would be otherwise negligible for a standard flammability tube, given the small concentration of radiating species. Heat conduction is found to be important in the low velocity region and to lead to a conduction flux from the flame to the burnt gas that causes extinction at the flame tip for a value of the equivalence ratio near the flammability limit experimentally measured in the standard tube. The effect of radiation losses decreases with the radius of the tube. Numerical results and order-of-magnitude estimates show that, in the absence of radiation, a very lean flame front fails to propagate only after recirculation of the burnt gas extends to its reaction region and drastically changes its structure. This condition is not realized for the standard flammability tube, but it seems to account for the flammability limit measured in a tube of about half the radius of the standard tube.

La espacialidad radical: transmutando espacios de acción y reacción

RESUMEN. Tres casos de estudio: “Take the square” en la Plaza de Tahrir, El Cairo, “Occupy Wall Street” en la Plaza de Zuccotti Park en New York, y Kreuzberg, barrio subversivo de Berlín; dos acontecimientos situados, una situación que se ha ido consolidando. Éstos son los elementos que conforman una investigación que pretende llegar a definir la espacialidad radical a través de la espontaneidad y de una necesidad de ocupar un lugar por parte de las multitudes y cuerpos creados procesualmente. Aspectos políticos y sociales son el motor de acciones llevadas a cabo por las individuaciones que se materializan en un lugar, se espacializan y llegan a conformar sucesivamente un paisaje. Esto provoca la transmutación de lugares, donde elementos físicos y químicos permiten una equivalencia. Las nuevas proyecciones en base a estas espacialidades radicales generarían una serie de acontecimientos. ABSTRACT. Three case studies: “Take the square” in Cairo’s Tahrir square, “Occupy Wall Street” in Zuccotti Park, New York, and Kreuzberg, subversive neighbourhood in Berlin; two located events, one existent situation. These are the elements that conform a research, which try to define what radical spatiality could be through the spontaneity and the necessity to occupy a place by multitudes and corps created in base of process. Political and social aspects are the engine of actions done by individuations that materialize a place; they spatialize themselves and consequently conform a landscape. These facts commit into the transmutation of places, where elements like physics and chemicals are the tools that allow equivalence. The new projections base on these radical spacialities would generate a set of events.

A gradient-enhanced large-deformation continuum damage model for fibre-reinforced materials

A non-local gradient-based damage formulation within a geometrically non-linear setting is presented. The hyperelastic constitutive response at local material point level is governed by a strain energy which is additively composed of an isotropic matrix and of an anisotropic fibre-reinforced material, respectively. The inelastic constitutive response is governed by a scalar [1–d]-type damage formulation, where only the anisotropic elastic part is assumed to be affected by the damage. Following the concept in Dimitrijević and Hackl [28], the local free energy function is enhanced by a gradient-term. This term essentially contains the gradient of the non-local damage variable which, itself, is introduced as an additional independent variable. In order to guarantee the equivalence between the local and non-local damage variable, a penalisation term is incorporated within the free energy function. Based on the principle of minimum total potential energy, a coupled system of Euler–Lagrange equations, i.e., the balance of linear momentum and the balance of the non-local damage field, is obtained and solved in weak form. The resulting coupled, highly non-linear system of equations is symmetric and can conveniently be solved by a standard incremental-iterative Newton–Raphson-type solution scheme. Several three-dimensional displacement- and force-driven boundary value problems—partially motivated by biomechanical application—highlight the mesh-objective characteristics and constitutive properties of the model and illustratively underline the capabilities of the formulation proposed

Effectiveness for detecting faults within and outside the scope of testing techniques: an independent replication

The verification and validation activity plays a fundamental role in improving software quality. Determining which the most effective techniques for carrying out this activity are has been an aspiration of experimental software engineering researchers for years. This paper reports a controlled experiment evaluating the effectiveness of two unit testing techniques (the functional testing technique known as equivalence partitioning (EP) and the control-flow structural testing technique known as branch testing (BT)). This experiment is a literal replication of Juristo et al. (2013). Both experiments serve the purpose of determining whether the effectiveness of BT and EP varies depending on whether or not the faults are visible for the technique (InScope or OutScope, respectively). We have used the materials, design and procedures of the original experiment, but in order to adapt the experiment to the context we have: (1) reduced the number of studied techniques from 3 to 2; (2) assigned subjects to experimental groups by means of stratified randomization to balance the influence of programming experience; (3) localized the experimental materials and (4) adapted the training duration. We ran the replication at the Escuela Polite?cnica del Eje?rcito Sede Latacunga (ESPEL) as part of a software verification & validation course. The experimental subjects were 23 master?s degree students. EP is more effective than BT at detecting InScope faults. The session/program and group variables are found to have significant effects. BT is more effective than EP at detecting OutScope faults. The session/program and group variables have no effect in this case. The results of the replication and the original experiment are similar with respect to testing techniques. There are some inconsistencies with respect to the group factor. They can be explained by small sample effects. The results for the session/program factor are inconsistent for InScope faults. We believe that these differences are due to a combination of the fatigue effect and a technique x program interaction. Although we were able to reproduce the main effects, the changes to the design of the original experiment make it impossible to identify the causes of the discrepancies for sure. We believe that further replications closely resembling the original experiment should be conducted to improve our understanding of the phenomena under study.

Grasp Mapping Between a 3-Finger Haptic Device and a Robotic Hand

This paper presents the implementation of a robust grasp mapping between a 3-finger haptic device (master) and a robotic hand (slave). Mapping is based on a grasp equivalence defined considering the manipulation capabilities of the master and slave devices. The metrics that translate the human hand gesture to the robotic hand workspace are obtained through an analytical user study. This allows a natural control of the robotic hand. The grasp mapping is accomplished defining 4 control modes that encapsulate all the grasps gestures considered.

A model for turbulent combustion simulation of large scale hydrogen explosions

El agotamiento, la ausencia o, simplemente, la incertidumbre sobre la cantidad de las reservas de combustibles fósiles se añaden a la variabilidad de los precios y a la creciente inestabilidad en la cadena de aprovisionamiento para crear fuertes incentivos para el desarrollo de fuentes y vectores energéticos alternativos. El atractivo de hidrógeno como vector energético es muy alto en un contexto que abarca, además, fuertes inquietudes por parte de la población sobre la contaminación y las emisiones de gases de efecto invernadero. Debido a su excelente impacto ambiental, la aceptación pública del nuevo vector energético dependería, a priori, del control de los riesgos asociados su manipulación y almacenamiento. Entre estos, la existencia de un innegable riesgo de explosión aparece como el principal inconveniente de este combustible alternativo. Esta tesis investiga la modelización numérica de explosiones en grandes volúmenes, centrándose en la simulación de la combustión turbulenta en grandes dominios de cálculo en los que la resolución que es alcanzable está fuertemente limitada. En la introducción, se aborda una descripción general de los procesos de explosión. Se concluye que las restricciones en la resolución de los cálculos hacen necesario el modelado de los procesos de turbulencia y de combustión. Posteriormente, se realiza una revisión crítica de las metodologías disponibles tanto para turbulencia como para combustión, que se lleva a cabo señalando las fortalezas, deficiencias e idoneidad de cada una de las metodologías. Como conclusión de esta investigación, se obtiene que la única estrategia viable para el modelado de la combustión, teniendo en cuenta las limitaciones existentes, es la utilización de una expresión que describa la velocidad de combustión turbulenta en función de distintos parámetros. Este tipo de modelos se denominan Modelos de velocidad de llama turbulenta y permiten cerrar una ecuación de balance para la variable de progreso de combustión. Como conclusión también se ha obtenido, que la solución más adecuada para la simulación de la turbulencia es la utilización de diferentes metodologías para la simulación de la turbulencia, LES o RANS, en función de la geometría y de las restricciones en la resolución de cada problema particular. Sobre la base de estos hallazgos, el crea de un modelo de combustión en el marco de los modelos de velocidad de la llama turbulenta. La metodología propuesta es capaz de superar las deficiencias existentes en los modelos disponibles para aquellos problemas en los que se precisa realizar cálculos con una resolución moderada o baja. Particularmente, el modelo utiliza un algoritmo heurístico para impedir el crecimiento del espesor de la llama, una deficiencia que lastraba el célebre modelo de Zimont. Bajo este enfoque, el énfasis del análisis se centra en la determinación de la velocidad de combustión, tanto laminar como turbulenta. La velocidad de combustión laminar se determina a través de una nueva formulación capaz de tener en cuenta la influencia simultánea en la velocidad de combustión laminar de la relación de equivalencia, la temperatura, la presión y la dilución con vapor de agua. La formulación obtenida es válida para un dominio de temperaturas, presiones y dilución con vapor de agua más extenso de cualquiera de las formulaciones previamente disponibles. Por otra parte, el cálculo de la velocidad de combustión turbulenta puede ser abordado mediante el uso de correlaciones que permiten el la determinación de esta magnitud en función de distintos parámetros. Con el objetivo de seleccionar la formulación más adecuada, se ha realizado una comparación entre los resultados obtenidos con diversas expresiones y los resultados obtenidos en los experimentos. Se concluye que la ecuación debida a Schmidt es la más adecuada teniendo en cuenta las condiciones del estudio. A continuación, se analiza la importancia de las inestabilidades de la llama en la propagación de los frentes de combustión. Su relevancia resulta significativa para mezclas pobres en combustible en las que la intensidad de la turbulencia permanece moderada. Estas condiciones son importantes dado que son habituales en los accidentes que ocurren en las centrales nucleares. Por ello, se lleva a cabo la creación de un modelo que permita estimar el efecto de las inestabilidades, y en concreto de la inestabilidad acústica-paramétrica, en la velocidad de propagación de llama. El modelado incluye la derivación matemática de la formulación heurística de Bauwebs et al. para el cálculo de la incremento de la velocidad de combustión debido a las inestabilidades de la llama, así como el análisis de la estabilidad de las llamas con respecto a una perturbación cíclica. Por último, los resultados se combinan para concluir el modelado de la inestabilidad acústica-paramétrica. Tras finalizar esta fase, la investigación se centro en la aplicación del modelo desarrollado en varios problemas de importancia para la seguridad industrial y el posterior análisis de los resultados y la comparación de los mismos con los datos experimentales correspondientes. Concretamente, se abordo la simulación de explosiones en túneles y en contenedores, con y sin gradiente de concentración y ventilación. Como resultados generales, se logra validar el modelo confirmando su idoneidad para estos problemas. Como última tarea, se ha realizado un analisis en profundidad de la catástrofe de Fukushima-Daiichi. El objetivo del análisis es determinar la cantidad de hidrógeno que explotó en el reactor número uno, en contraste con los otros estudios sobre el tema que se han centrado en la determinación de la cantidad de hidrógeno generado durante el accidente. Como resultado de la investigación, se determinó que la cantidad más probable de hidrogeno que fue consumida durante la explosión fue de 130 kg. Es un hecho notable el que la combustión de una relativamente pequeña cantidad de hidrogeno pueda causar un daño tan significativo. Esta es una muestra de la importancia de este tipo de investigaciones. Las ramas de la industria para las que el modelo desarrollado será de interés abarca la totalidad de la futura economía de hidrógeno (pilas de combustible, vehículos, almacenamiento energético, etc) con un impacto especial en los sectores del transporte y la energía nuclear, tanto para las tecnologías de fisión y fusión. ABSTRACT The exhaustion, absolute absence or simply the uncertainty on the amount of the reserves of fossil fuels sources added to the variability of their prices and the increasing instability and difficulties on the supply chain are strong incentives for the development of alternative energy sources and carriers. The attractiveness of hydrogen in a context that additionally comprehends concerns on pollution and emissions is very high. Due to its excellent environmental impact, the public acceptance of the new energetic vector will depend on the risk associated to its handling and storage. Fromthese, the danger of a severe explosion appears as the major drawback of this alternative fuel. This thesis investigates the numerical modeling of large scale explosions, focusing on the simulation of turbulent combustion in large domains where the resolution achievable is forcefully limited. In the introduction, a general description of explosion process is undertaken. It is concluded that the restrictions of resolution makes necessary the modeling of the turbulence and combustion processes. Subsequently, a critical review of the available methodologies for both turbulence and combustion is carried out pointing out their strengths and deficiencies. As a conclusion of this investigation, it appears clear that the only viable methodology for combustion modeling is the utilization of an expression for the turbulent burning velocity to close a balance equation for the combustion progress variable, a model of the Turbulent flame velocity kind. Also, that depending on the particular resolution restriction of each problem and on its geometry the utilization of different simulation methodologies, LES or RANS, is the most adequate solution for modeling the turbulence. Based on these findings, the candidate undertakes the creation of a combustion model in the framework of turbulent flame speed methodology which is able to overcome the deficiencies of the available ones for low resolution problems. Particularly, the model utilizes a heuristic algorithm to maintain the thickness of the flame brush under control, a serious deficiency of the Zimont model. Under the approach utilized by the candidate, the emphasis of the analysis lays on the accurate determination of the burning velocity, both laminar and turbulent. On one side, the laminar burning velocity is determined through a newly developed correlation which is able to describe the simultaneous influence of the equivalence ratio, temperature, steam dilution and pressure on the laminar burning velocity. The formulation obtained is valid for a larger domain of temperature, steam dilution and pressure than any of the previously available formulations. On the other side, a certain number of turbulent burning velocity correlations are available in the literature. For the selection of the most suitable, they have been compared with experiments and ranked, with the outcome that the formulation due to Schmidt was the most adequate for the conditions studied. Subsequently, the role of the flame instabilities on the development of explosions is assessed. Their significance appears to be of importance for lean mixtures in which the turbulence intensity remains moderate. These are important conditions which are typical for accidents on Nuclear Power Plants. Therefore, the creation of a model to account for the instabilities, and concretely, the acoustic parametric instability is undertaken. This encloses the mathematical derivation of the heuristic formulation of Bauwebs et al. for the calculation of the burning velocity enhancement due to flame instabilities as well as the analysis of the stability of flames with respect to a cyclic velocity perturbation. The results are combined to build a model of the acoustic-parametric instability. The following task in this research has been to apply the model developed to several problems significant for the industrial safety and the subsequent analysis of the results and comparison with the corresponding experimental data was performed. As a part of such task simulations of explosions in a tunnel and explosions in large containers, with and without gradient of concentration and venting have been carried out. As a general outcome, the validation of the model is achieved, confirming its suitability for the problems addressed. As a last and final undertaking, a thorough study of the Fukushima-Daiichi catastrophe has been carried out. The analysis performed aims at the determination of the amount of hydrogen participating on the explosion that happened in the reactor one, in contrast with other analysis centered on the amount of hydrogen generated during the accident. As an outcome of the research, it was determined that the most probable amount of hydrogen exploding during the catastrophe was 130 kg. It is remarkable that the combustion of such a small quantity of material can cause tremendous damage. This is an indication of the importance of these types of investigations. The industrial branches that can benefit from the applications of the model developed in this thesis include the whole future hydrogen economy, as well as nuclear safety both in fusion and fission technology.

El Problema de Lambert en el Contexto de Optimización de Trayectorias Espaciales

Esta tesis se basa en el estudio de la trayectoria que pasa por dos puntos en el problema de los dos cuerpos, inicialmente desarrollado por Lambert, del que toma su nombre. En el pasado, el Problema de Lambert se ha utilizado para la determinación de órbitas a partir de observaciones astronómicas de los cuerpos celestes. Actualmente, se utiliza continuamente en determinación de órbitas, misiones planetaria e interplanetarias, encuentro espacial e interceptación, o incluso en corrección de orbitas. Dada su gran importancia, se decide investigar especialmente sobre su solución y las aplicaciones en las misiones espaciales actuales. El campo de investigación abierto, es muy amplio, así que, es necesario determinar unos objetivos específicos realistas, en el contexto de ejecución de una Tesis, pero que sirvan para mostrar con suficiente claridad el potencial de los resultados aportados en este trabajo, e incluso poder extenderlos a otros campos de aplicación. Como resultado de este análisis, el objetivo principal de la Tesis se enfoca en el desarrollo de algoritmos para resolver el Problema de Lambert, que puedan ser aplicados de forma muy eficiente en las misiones reales donde aparece. En todos los desarrollos, se ha considerado especialmente la eficiencia del cálculo computacional necesario en comparación con los métodos existentes en la actualidad, destacando la forma de evitar la pérdida de precisión inherente a este tipo de algoritmos y la posibilidad de aplicar cualquier método iterativo que implique el uso de derivadas de cualquier orden. En busca de estos objetivos, se desarrollan varias soluciones para resolver el Problema de Lambert, todas ellas basadas en la resolución de ecuaciones transcendentes, con las cuales, se alcanzan las siguientes aportaciones principales de este trabajo: • Una forma genérica completamente diferente de obtener las diversas ecuaciones para resolver el Problema de Lambert, mediante desarrollo analítico, desde cero, a partir de las ecuaciones elementales conocidas de las cónicas (geométricas y temporal), proporcionando en todas ellas fórmulas para el cálculo de derivadas de cualquier orden. • Proporcionar una visión unificada de las ecuaciones más relevantes existentes, mostrando la equivalencia con variantes de las ecuaciones aquí desarrolladas. • Deducción de una nueva variante de ecuación, el mayor logro de esta Tesis, que destaca en eficiencia sobre todas las demás (tanto en coste como en precisión). • Estudio de la sensibilidad de la solución ante variación de los datos iniciales, y como aplicar los resultados a casos reales de optimización de trayectorias. • También, a partir de los resultados, es posible deducir muchas propiedades utilizadas en la literatura para simplificar el problema, en particular la propiedad de invariancia, que conduce al Problema Transformado Simplificado. ABSTRACT This thesis is based on the study of the two-body, two-point boundary-value problem, initially developed by Lambert, from who it takes its name. Since the past, Lambert's Problem has been used for orbit determination from astronomical observations of celestial bodies. Currently, it is continuously used in orbit determinations, for planetary and interplanetary missions, space rendezvous, and interception, or even in orbit corrections. Given its great importance, it is decided to investigate their solution and applications in the current space missions. The open research field is very wide, it is necessary to determine specific and realistic objectives in the execution context of a Thesis, but that these serve to show clearly enough the potential of the results provided in this work, and even to extended them to other areas of application. As a result of this analysis, the main aim of the thesis focuses on the development of algorithms to solve the Lambert’s Problem which can be applied very efficiently in real missions where it appears. In all these developments, it has been specially considered the efficiency of the required computational calculation compared to currently existing methods, highlighting how to avoid the loss of precision inherent in such algorithms and the possibility to apply any iterative method involving the use of derivatives of any order. Looking to meet these objectives, a number of solutions to solve the Lambert’s Problem are developed, all based on the resolution of transcendental equations, with which the following main contributions of this work are reached: • A completely different generic way to get the various equations to solve the Lambert’s Problem by analytical development, from scratch, from the known elementary conic equations (geometrics and temporal), by providing, in all cases, the calculation of derivatives of any order. • Provide a unified view of most existing relevant equations, showing the equivalence with variants of the equations developed here. • Deduction of a new variant of equation, the goal of this Thesis, which emphasizes efficiency (both computational cost and accuracy) over all other. • Estudio de la sensibilidad de la solución ante la variación de las condiciones iniciales, mostrando cómo aprovechar los resultados a casos reales de optimización de trayectorias. • Study of the sensitivity of the solution to the variation of the initial data, and how to use the results to real cases of trajectories’ optimization. • Additionally, from results, it is possible to deduce many properties used in literature to simplify the problem, in particular the invariance property, which leads to a simplified transformed problem.

Strong Connectivity in Directed Hypergraphs and its Application to the Atomic Decomposition of Ontologies

Los hipergrafos dirigidos se han empleado en problemas relacionados con lógica proposicional, bases de datos relacionales, linguística computacional y aprendizaje automático. Los hipergrafos dirigidos han sido también utilizados como alternativa a los grafos (bipartitos) dirigidos para facilitar el estudio de las interacciones entre componentes de sistemas complejos que no pueden ser fácilmente modelados usando exclusivamente relaciones binarias. En este contexto, este tipo de representación es conocida como hiper-redes. Un hipergrafo dirigido es una generalización de un grafo dirigido especialmente adecuado para la representación de relaciones de muchos a muchos. Mientras que una arista en un grafo dirigido define una relación entre dos de sus nodos, una hiperarista en un hipergrafo dirigido define una relación entre dos conjuntos de sus nodos. La conexión fuerte es una relación de equivalencia que divide el conjunto de nodos de un hipergrafo dirigido en particiones y cada partición define una clase de equivalencia conocida como componente fuertemente conexo. El estudio de los componentes fuertemente conexos de un hipergrafo dirigido puede ayudar a conseguir una mejor comprensión de la estructura de este tipo de hipergrafos cuando su tamaño es considerable. En el caso de grafo dirigidos, existen algoritmos muy eficientes para el cálculo de los componentes fuertemente conexos en grafos de gran tamaño. Gracias a estos algoritmos, se ha podido averiguar que la estructura de la WWW tiene forma de “pajarita”, donde más del 70% del los nodos están distribuidos en tres grandes conjuntos y uno de ellos es un componente fuertemente conexo. Este tipo de estructura ha sido también observada en redes complejas en otras áreas como la biología. Estudios de naturaleza similar no han podido ser realizados en hipergrafos dirigidos porque no existe algoritmos capaces de calcular los componentes fuertemente conexos de este tipo de hipergrafos. En esta tesis doctoral, hemos investigado como calcular los componentes fuertemente conexos de un hipergrafo dirigido. En concreto, hemos desarrollado dos algoritmos para este problema y hemos determinado que son correctos y cuál es su complejidad computacional. Ambos algoritmos han sido evaluados empíricamente para comparar sus tiempos de ejecución. Para la evaluación, hemos producido una selección de hipergrafos dirigidos generados de forma aleatoria inspirados en modelos muy conocidos de grafos aleatorios como Erdos-Renyi, Newman-Watts-Strogatz and Barabasi-Albert. Varias optimizaciones para ambos algoritmos han sido implementadas y analizadas en la tesis. En concreto, colapsar los componentes fuertemente conexos del grafo dirigido que se puede construir eliminando ciertas hiperaristas complejas del hipergrafo dirigido original, mejora notablemente los tiempos de ejecucion de los algoritmos para varios de los hipergrafos utilizados en la evaluación. Aparte de los ejemplos de aplicación mencionados anteriormente, los hipergrafos dirigidos han sido también empleados en el área de representación de conocimiento. En concreto, este tipo de hipergrafos se han usado para el cálculo de módulos de ontologías. Una ontología puede ser definida como un conjunto de axiomas que especifican formalmente un conjunto de símbolos y sus relaciones, mientras que un modulo puede ser entendido como un subconjunto de axiomas de la ontología que recoge todo el conocimiento que almacena la ontología sobre un conjunto especifico de símbolos y sus relaciones. En la tesis nos hemos centrado solamente en módulos que han sido calculados usando la técnica de localidad sintáctica. Debido a que las ontologías pueden ser muy grandes, el cálculo de módulos puede facilitar las tareas de re-utilización y mantenimiento de dichas ontologías. Sin embargo, analizar todos los posibles módulos de una ontología es, en general, muy costoso porque el numero de módulos crece de forma exponencial con respecto al número de símbolos y de axiomas de la ontología. Afortunadamente, los axiomas de una ontología pueden ser divididos en particiones conocidas como átomos. Cada átomo representa un conjunto máximo de axiomas que siempre aparecen juntos en un modulo. La decomposición atómica de una ontología es definida como un grafo dirigido de tal forma que cada nodo del grafo corresponde con un átomo y cada arista define una dependencia entre una pareja de átomos. En esta tesis introducimos el concepto de“axiom dependency hypergraph” que generaliza el concepto de descomposición atómica de una ontología. Un modulo en una ontología correspondería con un componente conexo en este tipo de hipergrafos y un átomo de una ontología con un componente fuertemente conexo. Hemos adaptado la implementación de nuestros algoritmos para que funcionen también con axiom dependency hypergraphs y poder de esa forma calcular los átomos de una ontología. Para demostrar la viabilidad de esta idea, hemos incorporado nuestros algoritmos en una aplicación que hemos desarrollado para la extracción de módulos y la descomposición atómica de ontologías. A la aplicación la hemos llamado HyS y hemos estudiado sus tiempos de ejecución usando una selección de ontologías muy conocidas del área biomédica, la mayoría disponibles en el portal de Internet NCBO. Los resultados de la evaluación muestran que los tiempos de ejecución de HyS son mucho mejores que las aplicaciones más rápidas conocidas. ABSTRACT Directed hypergraphs are an intuitive modelling formalism that have been used in problems related to propositional logic, relational databases, computational linguistic and machine learning. Directed hypergraphs are also presented as an alternative to directed (bipartite) graphs to facilitate the study of the interactions between components of complex systems that cannot naturally be modelled as binary relations. In this context, they are known as hyper-networks. A directed hypergraph is a generalization of a directed graph suitable for representing many-to-many relationships. While an edge in a directed graph defines a relation between two nodes of the graph, a hyperedge in a directed hypergraph defines a relation between two sets of nodes. Strong-connectivity is an equivalence relation that induces a partition of the set of nodes of a directed hypergraph into strongly-connected components. These components can be collapsed into single nodes. As result, the size of the original hypergraph can significantly be reduced if the strongly-connected components have many nodes. This approach might contribute to better understand how the nodes of a hypergraph are connected, in particular when the hypergraphs are large. In the case of directed graphs, there are efficient algorithms that can be used to compute the strongly-connected components of large graphs. For instance, it has been shown that the macroscopic structure of the World Wide Web can be represented as a “bow-tie” diagram where more than 70% of the nodes are distributed into three large sets and one of these sets is a large strongly-connected component. This particular structure has been also observed in complex networks in other fields such as, e.g., biology. Similar studies cannot be conducted in a directed hypergraph because there does not exist any algorithm for computing the strongly-connected components of the hypergraph. In this thesis, we investigate ways to compute the strongly-connected components of directed hypergraphs. We present two new algorithms and we show their correctness and computational complexity. One of these algorithms is inspired by Tarjan’s algorithm for directed graphs. The second algorithm follows a simple approach to compute the stronglyconnected components. This approach is based on the fact that two nodes of a graph that are strongly-connected can also reach the same nodes. In other words, the connected component of each node is the same. Both algorithms are empirically evaluated to compare their performances. To this end, we have produced a selection of random directed hypergraphs inspired by existent and well-known random graphs models like Erd˝os-Renyi and Newman-Watts-Strogatz. Besides the application examples that we mentioned earlier, directed hypergraphs have also been employed in the field of knowledge representation. In particular, they have been used to compute the modules of an ontology. An ontology is defined as a collection of axioms that provides a formal specification of a set of terms and their relationships; and a module is a subset of an ontology that completely captures the meaning of certain terms as defined in the ontology. In particular, we focus on the modules computed using the notion of syntactic locality. As ontologies can be very large, the computation of modules facilitates the reuse and maintenance of these ontologies. Analysing all modules of an ontology, however, is in general not feasible as the number of modules grows exponentially in the number of terms and axioms of the ontology. Nevertheless, the modules can succinctly be represented using the Atomic Decomposition of an ontology. Using this representation, an ontology can be partitioned into atoms, which are maximal sets of axioms that co-occur in every module. The Atomic Decomposition is then defined as a directed graph such that each node correspond to an atom and each edge represents a dependency relation between two atoms. In this thesis, we introduce the notion of an axiom dependency hypergraph which is a generalization of the atomic decomposition of an ontology. A module in the ontology corresponds to a connected component in the hypergraph, and the atoms of the ontology to the strongly-connected components. We apply our algorithms for directed hypergraphs to axiom dependency hypergraphs and in this manner, we compute the atoms of an ontology. To demonstrate the viability of this approach, we have implemented the algorithms in the application HyS which computes the modules of ontologies and calculate their atomic decomposition. In the thesis, we provide an experimental evaluation of HyS with a selection of large and prominent biomedical ontologies, most of which are available in the NCBO Bioportal. HyS outperforms state-of-the-art implementations in the tasks of extracting modules and computing the atomic decomposition of these ontologies.

Pedestrian wind comfort: feasibility study of criteria homogenisation

One of the aims of COST C14 action is the assessment and evaluation of pedestrian wind comfort. At present there is no general rule available that is applied across Europe. There are several criteria that have been developed and applied in different countries. These criteria are based on the definition of two independent parameters, a threshold effective wind speed and a probability of exceedence of this threshold speed. The difficulty of the criteria comparison arises from the two-dimensional character of the criteria definition. An effort is being made to compare these criteria, trying both to find commonalities and to clearly identify differences, in order to build up the basis for the next step: to try to define common criteria (perhaps with regional and seasonal variations). The first point is to define clearly the threshold effective wind speed (mean velocity definition parameters: averaging interval and reference height) and equivalence between different ways of defining the threshold effective wind speed (mean wind speed, gust equivalent mean, etc.) in comparable terms (as far as possible). It can be shown that if the wind speed at a given location is defined in terms of a probability distribution, e.g. Weibull function, a given criterion is satisfied by an infinite set of wind conditions, that is, of probability distributions. The criterion parameters and the Weibull function parameters are linked to each other, establishing a set called iso-criteria lines (the locus of the Weibull function parameters that fulfil a given criterion). The relative position of iso-criteria lines when displayed in a suitable two-dimensional plane facilitates the comparison of comfort criteria. The comparison of several wind comfort criteria, coming from several institutes is performed, showing the feasibility and limitations of the method.

Nagele: un nuevo asentamiento en un paisaje artificial

Nagele es un asentamiento urbano situado en el Noordoostpolder, territorio neerlandés ganado al mar. Fue diseñado por arquitectos de los grupos De 8 en Opbouw entre los que destacaron Rietveld, Van Eesteren, Van Eyck, Bakema, Stam y Ruys. El proyecto se desarrolló entre 1947 y 1956, un periodo de tiempo con formas de proyectar muy ricas en interpretaciones. Los arquitectos pusieron en crisis los planteamientos historicistas de las nuevas poblaciones de los pólderes. Propusieron un nuevo prototipo, una morfología compacta y concéntrica que transmitiría igualdad a una comunidad agrícola, entendida como una sociedad urbana del siglo XX. La administración apoyó la propuesta que convertiría el proyecto en un arriesgado reto por su falta de antecedentes. La vigencia de las formulaciones permanece hoy en día en la ciudad construida, aunque con alteraciones. En los dibujos del proceso se encuentran los principales enunciados teóricos que este trabajo pretende descubrir. El trabajo aborda aspectos no suficientemente explorados, como su relación con el pólder, la evolución de las estrategias proyectivas, la ordenación paisajista y los elementos urbanos. El Noordoostpolder es la culminación de una serie de experiencias multidisciplinares en el reclamo de tierras a gran escala. Se estudia su estructura urbana policéntrica, la parcelación agrícola que origina el proyecto urbano y la vinculación de la vegetación con la infraestructura, proporcionando orientación, protección climática y escala humana, conceptos que impregnan las estrategias del proyecto urbano. La primera fase de la ordenación configuró áreas monofuncionales que respondían a cada una de las cuatro necesidades básicas del método científico de la ciudad higienista. El acontecimiento que marcó el final de la primera fase fue su presentación en el séptimo CIAM de 1949, cuyo título fue Aplicación de la Carta de Atenas. El programa residencial se dividió en clusters organizados en torno a una pradera vecinal central, vinculándose el orden vecinal, urbano y territorial. La segunda fase fue un catalizador de nuevos planteamientos. El proyecto se transformó en un In-between Realm, un escenario teórico donde coexisten fenómenos tradicionalmente antagónicos que Van Eyck denominó Twin Phenomena, convirtiéndose la ciudad en una réplica formal de la ambivalencia de la mente humana. La indefinición espacial no programada en la propuesta anterior se transformó en un conjunto de espacios urbanos, con límites y dimensiones adaptados a la escala humana. El proyecto es anterior a la obra escrita de Van Eyck por lo que estimuló sus enunciados teóricos. Unas ideas también reconocidas en los tres CIAM posteriores en los que también se expuso el proyecto. El diseño paisajista se integra en el proyecto urbano desde sus orígenes. El límite se compone de una barrera boscosa que protege climáticamente, proporciona escala humana y control visual frente a las llanuras infinitas del pólder. Van Eyck sintetizó el proyecto como una habitación verde sin techo, afirmación que dilucida su equivalencia con el de un interior doméstico. Exteriormente la ciudad se convierte en una unidad autónoma del territorio. Interiormente, un sistema jerarquizado de vegetación vinculado a la arquitectura y la infraestructura constituye espacios urbanos de diferentes escalas. La propuesta fue transformada por Boer y Ruys en un nuevo espacio urbano único, no asimilando los conceptos anteriores. El proyecto y construcción de los primeros elementos urbanos consistió en un reparto de tareas a De 8 en Opbouw, hecho que estimula estudiar su relación con el proyecto urbano. La estructura policéntrica organiza las aulas de las escuelas de Van Eyck, las diferentes áreas confesionales del cementerio de Ruys y las unidades residenciales, diseñadas por Stam, Rietveld y Stam-Besse. Los Twin Phenomena alcanzan un acuerdo en el corredor comercial, diseñado por Bakema y Van der Broek. La generación de espacios dentro de otros aparece también en el cementerio, a través de una nueva barrera boscosa y en el sistema de pliegues del muro que configura la iglesia de Bakema y Van der Broek. El proyecto se vincula a un planteamiento holístico, mediante el que el diseño de cada uno de sus elementos tiene en cuenta las estrategias proyectivas del todo del cual forma parte, convirtiéndose, al igual que las obras de De Stijl, en parte de una composición infinita que acerca arte y diseño en la vida cotidiana de la sociedad. La diversidad generacional e ideológica de estos arquitectos convirtió el proyecto en un tablero de juego sobre el que se aplicaron diferentes formas de proyectar la ciudad, ubicando a Nagele en un punto de inflexión del Movimiento Moderno. ABSTRACT The research focuses on the Nagele project, a Dutch urban settlement located in the Noordoostpolder, a territory which was entirely reclaimed from the IJsselmeer lake. It was designed by a group of architects from the De 8 and Opbouw teams, the leading protagonists being Rietveld, Van Eesteren, Van Eyck, Bakema, Stam y Ruys. It was designed from 1947 to 1956, a fruitful period in urban planning. These architects questioned the traditionalist urban design applied to the new populations in the IJsselmeer polders. Facing their principles, the work group proposed a new prototype; a compact and concentric urban pattern to foster equality in a new community of farm labourers, which was recognized by the architects as a twentieth century urban society. The government supported their new proposals. The lack of implementation of the innovatory conceptual statements subjected the project into a high-risk challenge. However, in spite of these difficulties, the basic concepts remain though partially transformed, in the actual city. The project drawings reflect the principle concepts that this work aims to discover. Some approaches that have not been sufficiently studied are tackled in this thesis. Firstly, the project´s relationship with the polder. Secondly, the evolution of projective strategies during the period of urban planning, the landscape design and the design of urban elements. The Noordoostpolder is the culmination of a series of multi-disciplinary experiences in large scale land reclamation, whose polycentric urban structure and agricultural subdivision provide the framework of Nagele. Linking the vegetation to infrastructure fostered orientation, climate protection and human scale; strategies which were repeated, though on a smaller scale, in the actual city. The first phase of the project was composed of mono-functional urban areas which responded to each of the four basic human needs indicated by the scientific method of the functional city. The presentation of the project at the seventh CIAM in 1949 was the event which marked the end of the first phase of the planning. This congress was entitled Implementation of the Athens Charter. The residential program was divided into housing clusters surrounding a central prairie, a pattern which was related to its urban and territorial whole. The second phase of the plan was subjected to a new theoretical approach. The urban planning became an In-between Realm, a theoretical scenario where traditionally antagonistic concepts coexist. Van Eyck named these concepts Twin Phenomena. The city thus conceived of as a counterform of the ambivalence of the human mind where spatial indefinition in the previous proposals was transformed into a Bunch of Places with defined boundaries and dimensions, all of which reflecting human scale. The landscape design was integrated into the urban project from its inception. The limits consist of a green wind-barrier which not only provides climate protection but also provides human scale and visual control towards the unlimited plains of the polder. Van Eyck summarised the project as a green room without a roof. This statement elucidates its equivalence to a domestic interior. Outwardly, the city becomes an autonomous unit on the territory. Inwardly a hierarchical vegetation system is linked to architecture and infrastructure. Together, they configure different scales of urban spaces. The proposal was transformed by Boer and Ruys into a unique urban space without assimilating Van Eyck´s concepts. The study of the Nagele landscape project of Nagele and the writings of Van Eyck verify the fact that many of his theoretical foundations (In-between Realm, Twin Phenomena, Bunch of Places, Right Scale) can be applied not only to architecture and city but also to landscape design. The application of these principles led the Nagele project to become a counterform of Van Eyck´s thinking. The design and construction of the first urban elements involved a distribution of tasks to De 8 en Opbouw, which stimulated their relationship with the urban project. The polycentric structure organised the school classrooms outlined by Van Eyck, the different areas of the cemetery planned by Ruys and the housing clusters designed by Stam, Rietveld and Stam-Besse. The Twin Phenomena concept can be applied in Van der Broek´s shopping corridor. The concept space within another space is also implemented in the cemetery surrounded by a new green barrier, and in the church built by Van der Broek and Bakema, whose spaces are configured by a folding wall. The project takes a holistic approach, which considers the design of each element within the strategies of the whole, where they become parts of an infinite composition, as in the art works of De Stijl fostering art and design to ordinary people´s daily lives. The generational and ideological diversity of these architects turned the project into a game board on which different ways of planning the city were played, obtaining Nagele the distinction of being a turning point of Modernism.

La paradoja de Mies : las simetrías invisibles a través del Pabellón de Barcelona

El vínculo de Mies van der Rohe con la simetría es un invariante que se intuye en toda su obra más allá de su pretendida invisibilidad. Partiendo del proyecto moderno como proceso paradójico, que Mies lo expresa en sus conocidos aforismos, como el célebre “menos es más”, la tesis pretende ser una aproximación a este concepto clave de la arquitectura a través de una de sus obras más importantes: el Pabellón Alemán para la Exposición Universal de 1.929 en Barcelona. Ejemplo de planta asimétrica según Bruno Zevi y un “auténtico caballo de Troya cargado de simetrías” como lo definió Robin Evans. El Pabellón representó para la modernidad, la culminación de una década que cambió radicalmente la visión de la arquitectura hasta ese momento, gracias al carácter inclusivo de lo paradójico y las innumerables conexiones que hubo entre distintas disciplinas, tan antagónicas, como el arte y la ciencia. De esta última, se propone una definición ampliada de la simetría como principio de equivalencia entre elementos desde la invariancia. En esta definición se incorpora el sentido recogido por Lederman como “expresión de igualdad”, así como el planteado por Hermann Weyl en su libro Simetría como “invariancia de una configuración bajo un grupo de automorfismos” (libro que Mies tenía en su biblioteca privada). Precisamente para Weyl, el espacio vacío tiene un alto grado de simetría. “Cada punto es igual que los otros, y en ninguno hay diferencias intrínsecas entre las diversas direcciones." A partir de este nuevo significado, la obra de Mies adquiere otro sentido encaminado a la materialización de ese espacio, que él pretendía que “reflejase” el espíritu de la época y cuya génesis se postula en el Teorema de Noether que establece que “por cada simetría continua de las leyes físicas ha de existir una ley de conservación”. Estas simetrías continúas son las simetrías invisibles del espacio vacío que se desvelan “aparentemente” como oposición a las estructuras de orden de las simetrías de la materia, de lo lleno, pero que participan de la misma lógica aporética miesiana, de considerarlo otro material, y que se definen como: (i)limitado, (in)grávido, (in)acabado e (in)material. Finalmente, una paradoja más: El “espacio universal” que buscó Mies, no lo encontró en América sino en este pabellón. Como bien lo han intuido arquitectos contemporáneos como Kazuyo Sejima + Ryue Nishizawa (SANAA) legítimos herederos del maestro alemán. ABSTRACT The relationship between Mies van der Rohe with the symmetry is an invariant which is intuited in his entire work beyond his intentional invisibility. Based on the modern project as a paradoxical process, which Mies expresses in his aphorisms know as the famous “less is more”, the thesis is intended to approach this key concept in architecture through one of his most important works: The German Pavilion for the World Expo in 1929 in Barcelona, an example of asymmetric floor according to Bruno Zevi and a “real Trojan horse loaded with symmetries”. As defined by Robin Evans. For modernity, this Pavilion represented the culmination of a decade which radically changed the vision of architecture so far, thanks to the inclusive character of the paradoxical and the innumerable connections that there were amongst the different disciplines, as antagonistic as Art and Science. Of the latter, an expanded definition of symmetry is proposed as the principle of equivalence between elements from the invariance. Incorporated into this definition is the sense defined by Leterman as “expression of equality,” like the one proposed by Hermann Weyl in his book Symmetry as “configuration invariance under a group of automorphisms” (a book which Mies had in his private library). Precisely for Weyl, the empty space has a high degree of symmetry. “Each point is equal to the other, and in none are there intrinsic differences among the diverse directions.” Based on this new meaning, Mies’ work acquires another meaning approaching the materialization of that space, which he intended to “reflect” the spirit of the time and whose genesis is postulated in the Noether’s theorem which establishes that “for every continuous symmetry of physical laws, there must be a law of conservation.” These continuous symmetries are the invisible empty space symmetries which reveal themselves “apparently” as opposition to the structures of matter symmetries, of those which are full, but which participate in the same Mies aporetic logic, if deemed other material, and which is defined as (un)limited, weight(less), (un)finished and (im)material. Finally, one more paradox: the “universal space” which Mies search for, he did not find it in America, but at this pavilion, just as the contemporary architects like Kazuyo Sejima + Ryue Nishizawa (SANAA) rightfully intuited, as legitimate heirs of the German master.

Gestión intelectual de las prácticas comunicativas en arquitectura : S, M, L, XL, el gran evento = The intellectual management of communication practices in architecture : S, M, L, XL, the big event

La tesis doctoral se centra en la posibilidad de entender que la práctica de arquitectura puede encontrar en las prácticas comunicativas un apoyo instrumental, que sobrepasa cualquier simplificación clásica del uso de los medios como una mera aplicación superficial, post-producida o sencillamente promocional. A partir de esta premisa se exponen casos del último cuarto del siglo XX y se detecta que amenazas como el riesgo de la banalización, la posible saturación de la imagen pública o la previsible asociación incorrecta con otros individuos en presentaciones grupales o por temáticas, han podido influir en un crecimiento notable de la adquisición de control, por parte de los arquitectos, en sus oportunidades mediáticas. Esto es, como si la arquitectura hubiera empezado a superar y optimizar algo inevitable, que las fórmulas expositivas y las publicaciones, o más bien del exponer(se) y publicar(se), son herramientas disponibles para activar algún tipo de gestión intelectual de la comunicación e información circulante sobre si misma. Esta práctica de “autoedición” se analiza en un periodo concreto de la trayectoria de OMA -Office for Metropolitan Architecture-, estudio considerado pionero en el uso eficiente, oportunista y personalizado de los medios. Así, la segunda parte de la tesis se ocupa del análisis de su conocida monografía S,M,L,XL (1995), un volumen que contó con gran participación por parte de sus protagonistas durante la edición, y de cuyo proceso de producción apenas se había investigado. Esta publicación señaló un punto de inflexión en su género alterando todo formato y restricciones anteriores, y se ha convertido en un volumen emblemático para la disciplina que ninguna réplica posterior ha podido superar. Aquí se presenta a su vez como el desencadenante de la construcción de un “gran evento” que concluye en la transformación de la identidad de OMA en 10 años, paradójicamente entre el nacimiento de la Fundación Groszstadt y el arranque de la actividad de AMO, dos entidades paralelas clave anexas a OMA. Este planteamiento deviene de cómo la investigación desvela que S,M,L,XL es una pieza más, central pero no independiente, dentro de una suma de acciones e individuos, así como otras publicaciones, exposiciones, eventos y también artículos ensayados y proyectos, en particular Bigness, Generic City, Euralille y los concursos de 1989. Son significativos aspectos como la apertura a una autoría múltiple, encabezada por Rem Koolhaas y el diseñador gráfico Bruce Mau, acompañados en los agradecimientos de la editora Jennifer Sigler y cerca de una centena de nombres, cuyas aportaciones no necesariamente se basan en la construcción de fragmentos del libro. La supresión de ciertos límites permite superar también las tareas inicialmente relevantes en la edición de una publicación. Un objetivo general de la tesis es también la reflexión sobre relaciones anteriormente cuestionadas, como la establecida entre la arquitectura y los mercados o la economía. Tomando como punto de partida la idea de “design intelligence” sugerida por Michael Speaks (2001), se extrae de sus argumentos que lo esencial es el hallazgo de la singularidad o inteligencia propia de cada estudio de arquitectura o diseño. Asimismo se explora si en la construcción de ese tipo de fórmulas magistrales se alojaban también combinaciones de interés y productivas entre asuntos como la eficiencia y la creatividad, o la organización y las ideas. En esta dinámica de relaciones bidireccionales, y en ese presente de exceso de información, se fundamenta la propuesta de una equivalencia más evidenciada entre la “socialización” del trabajo del arquitecto, al compartirlo públicamente e introducir nuevas conversaciones, y la relación inversa a partir del trabajo sobre la “socialización” misma. Como si la consciencia sobre el uso de los medios pudiera ser efectivamente instrumental, y contribuir al desarrollo de la práctica de arquitectura, desde una perspectiva idealmente comprometida e intelectual. ABSTRACT The dissertation argues the possibility to understand that the practice of architecture can find an instrumental support in the practices of communication, overcoming any classical simplification of the use of media, generally reduced to superficial treatments or promotional efforts. Thus some cases of the last decades of the 20th century are presented. Some threats detected, such as the risk of triviality, the saturation of the public image or the foreseeable wrong association among individuals when they are introduced as part of thematic groups, might have encouraged a noticeable increase of command taken by architects when there is chance to intervene in a media environment. In other words, it can be argued that architecture has started to overcome and optimize the inevitable, the fact that exhibition formulas and publications, or simply the practice of (self)exhibition or (self)publication, are tools at our disposal for the activation of any kind of intellectual management of communication and circulating information about itself. This practice of “self-edition” is analyzed in a specific timeframe of OMA’s trajectory, an office that is considered as a ground-breaking actor in the efficient and opportunistic use of media. Then the second part of the thesis dissects their monograph S,M,L,XL (1995), a volume in which its main characters were deeply involved in terms of edition and design, a process barely analyzed up to now. This publication marked a turning point in its own genre, disrupting old formats and traditional restrictions. It became such an emblematic volume for the discipline that none of the following attempts of replica has ever been able to improve this precedent. Here, the book is also presented as the element that triggers the construction of a “big event” that concludes in the transformation of OMA identity in 10 years. Paradoxically, between the birth of the Groszstadt Foundation and the early steps of AMO, both two entities parallel and connected to OMA. This positions emerge from how the research unveils that S,M,L,XL is one more piece, a key one but not an unrelated element, within a sum of actions and individuals, as well as other publications, exhibitions, articles and projects, in particular Bigness, Generic City, Euralille and the competitions of 1989. Among the remarkable innovations of the monograph, there is an outstanding openness to a regime of multiple authorship, headed by Rem Koolhaas and the graphic designer Bruce Mau, who share the acknowledgements page with the editor, Jennifer Sigler, and almost 100 people, not necessarily responsible for specific fragments of the book. In this respect, the dissolution of certain limits made possible that the expected tasks in the edition of a publication could be trespassed. A general goal of the thesis is also to open a debate on typically questioned relations, particularly between architecture and markets or economy. Using the idea of “design intelligence”, outlined by Michael Speaks in 2001, the thesis pulls out its essence, basically the interest in detecting the singularity, or particular intelligence of every office of architecture and design. Then it explores if in the construction of this kind of ingenious formulas one could find interesting and useful combinations among issues like efficiency and creativity, or organization and ideas. This dynamic of bidirectional relations, rescued urgently at this present moment of excess of information, is based on the proposal for a more evident equivalence between the “socialization” of the work in architecture, anytime it is shared in public, and the opposite concept, the work on the proper act of “socialization” itself. As if a new awareness of the capacities of the use of media could turn it into an instrumental force, capable of contributing to the development of the practice of architecture, from an ideally committed and intelectual perspective.

Metal ion-mediated substrate-assisted catalysis in type II restriction endonucleases

The 2.15-Å resolution cocrystal structure of EcoRV endonuclease mutant T93A complexed with DNA and Ca2+ ions reveals two divalent metals bound in one of the active sites. One of these metals is ligated through an inner-sphere water molecule to the phosphate group located 3′ to the scissile phosphate. A second inner-sphere water on this metal is positioned approximately in-line for attack on the scissile phosphate. This structure corroborates the observation that the pro-SP phosphoryl oxygen on the adjacent 3′ phosphate cannot be modified without severe loss of catalytic efficiency. The structural equivalence of key groups, conserved in the active sites of EcoRV, EcoRI, PvuII, and BamHI endonucleases, suggests that ligation of a catalytic divalent metal ion to this phosphate may occur in many type II restriction enzymes. Together with previous cocrystal structures, these data allow construction of a detailed model for the pretransition state configuration in EcoRV. This model features three divalent metal ions per active site and invokes assistance in the bond-making step by a conserved lysine, which stabilizes the attacking hydroxide ion nucleophile.

Novel mechanism for carbamoyl-phosphate synthetase: A nucleotide switch for functionally equivalent domains

Carbamoyl-phosphate synthetases (CPSs) utilize two molecules of ATP at two internally duplicated domains, B and C. Domains B and C have recently been shown to be structurally [Thoden, J. B., Holden, H. M., Wesenberg, G., Raushel, F. M. & Rayment, I. (1997) Biochemistry 36, 6305–6316] and functionally [Guy, H. I. & Evans, D. R. (1996) J. Biol. Chem. 271, 13762–13769] equivalent. We have carried out a site-directed mutagenic analysis that is consistent with ATP binding to a palmate motif rather than to a Walker A/B motif in domains B and C. To accommodate our present findings, as well as the other recent findings of structural and functional equivalence, we are proposing a novel mechanism for CPS. In this mechanism utilization of ATP bound to domain C is coupled to carbamoyl-phosphate synthesis at domain B via a nucleotide switch, with the energy of ATP hydrolysis at domain C allowing domain B to cycle between two alternative conformations.