Caves as a Winter Refuge by a Neotropical Harvestman (Arachnida, Opiliones)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Separating the wheat from the chaff: unbiased filtering of background tandem mass spectra improves protein identification

Only a small fraction of spectra acquired in LC-MS/MS runs matches peptides from target proteins upon database searches. The remaining, operationally termed background, spectra originate from a variety of poorly controlled sources and affect the throughput and confidence of database searches. Here, we report an algorithm and its software implementation that rapidly removes background spectra, regardless of their precise origin. The method estimates the dissimilarity distance between screened MS/MS spectra and unannotated spectra from a partially redundant background library compiled from several control and blank runs. Filtering MS/MS queries enhanced the protein identification capacity when searches lacked spectrum to sequence matching specificity. In sequence-similarity searches it reduced by, on average, 30-fold the number of orphan hits, which were not explicitly related to background protein contaminants and required manual validation. Removing high quality background MS/MS spectra, while preserving in the data set the genuine spectra from target proteins, decreased the false positive rate of stringent database searches and improved the identification of low-abundance proteins.

Problematiska ljudkvalitetsskillnader vid liveproduktioner i samma lokal : En studie av upplevd ljudkvalitet vid två DJ-akters framträdanden under Dreamhack Winter 2014

Syftet med denna undersökning är bidra med förklaringar till varför upplevda ljudkvalitetsskillnader kan uppstå mellan olika akters framträdanden vid event och festivaler trots att de använder samma utrustning och är i samma lokal och att förklaringarna ska utgöra en kunskapskälla för dem som eftersträvar en god ljudkvalité vid liveframträdanden. De metoder som har används är fallstudie, webbenkät, intervjuer och egen observation. Webbenkäten användes på Dreamhack Winter 2014 där en grupp undersökningsdeltagare svarade på frågor om två olika DJ-akter på scenen i D-hallen, Elmia. Fem personer deltog som intervjupersoner: scenansvarig från Dreamhack, tre ljudtekniker ifrån olika ställen i Sverige och en person som jobbar med ljudteknisk konsultation och ljudmätning. Samtliga intervjuer genomfördes via mail. Intervjuerna eftersträvade att ge kunskap om dessa personers funderingar kring ljudkvalitetsproblemet och scenansvarig svarade på frågor om scenen på Dreamhack. En observation av upplevd ljudkvalitet och ljudteknikernas arbetssätt genomfördes av mig själv på Dreamhack Winter 2014. Resultatet från såväl enkätundersökningen som den egna observationen visar att inga stora upplevda skillnader fanns mellan de två akterna på Dreamhack Winter 2014. De upplevda skillnader som observerades var negativa anmärkningar, så som mängden bas och ljudstyrka. Intervjuerna visade på flera gemensamma åsikter bland ljudteknikerna angående förklaringar till ljudkvalitetsskillnader vid event som Dreamhack Winter 2014 där de ansåg att en kunnig och erfaren ljudtekniker, duktiga musiker, väl genomförd soundcheck och bra och rätt användande av utrustningen på scen krävs för att uppnå en upplevd god ljudkvalitet live. De förklaringar som finns enligt mina analyser och bland ljudteknikerna till negativa ljudkvalitetsskillnader inom liveljud i samma lokal är att ljudteknikern och musikerna är olika duktiga. Utrustning, soundcheck och akustik påverkar också kvalitén. Undersökningens sammantagna resultat tyder på att de upplevda ljudkvalitetetsskillnader som fanns på Dreamhack Winter 2014 berodde på bristande kompetens och engagemang hos tjänstgörande ljudtekniker och upplevda skillnader i bas- ljudnivå i de två DJ-akternas mixar.

The Movement of the Gastrop Littorina Littorea in the Intertidal Zone during the Onset of Winter

The movement of the snail Littorina littoreaon the North Atlantic coast is poorly understood. Most research has concentrated on the vertical distribution of the snail, and suggests that it prefers the low intertidal zone where its food source is most plentiful. In the winter, this distribution is reinforced by a documented seaward migration of snails from the high intertidal zone in response to falling temperatures. From October 14, 2006 to January 22, 2007, I examined the individual movements and recovery of snails in response to the onset of winter. I proposed that falling water and air temperatures drive the majority of snail movement within the intertidal zone, and that water temperature had the greater effect. I also examined the possibility that, in addition to a seaward migration, winter weather patterns in the Gulf of Maine and their effect on the ocean may encourage the wintertime vertical distribution of snails. Finally, I examined the possibility that populations of snails in the comparatively inhospitable high intertidal zone may endure the winter if given access to proper resources.

Characterization of the Wheat Grain PKABA1-Interacting Protein TaWD40

Abscisic acid (ABA)-mediated gene expression is a critical component of plant responses to this important hormone, which affects plant growth, development, and responses to environmental stresses. Plant responses to ABA are mediated by a number of factors including PKABA1, an ABA induced protein kinase involved in ABA-suppressed gene expression in cereal grains, and TaWD40, which has previously been shown to physically interact with PKABA1. A full-length 1.9 kb TaWD40 cDNA, CK210682, was sequenced as part of this project. Based on the deduced protein sequence, it is thought that TaWD40 may belong to the family of E3 ubiquitin ligases, possibly targeting PKABA1 for destruction. Construction of expression plasmids for overproduction of the TaWD40 polypeptide in E. coli is currently underway. The TaWD40 cDNA has been successfully amplified from the source plasmid and inserted into an intermediate plasmid, pCR2.1. The TaWD40 cDNA is currently being cloned from the pCR2.1 intermediate plasmid into two different expression vectors, pRSET-A and pMAL-c2x, for future protein production and purification.

The LaGuardia Review, 1978 Winter

- Contributors to this issue: John Buckley, Adjunct Lecturer, English Department, LaGuardia Community College. John David Cato, Professor of Social Science, LaGuardia Community College, Editor of The La Guardia Review. Susan C. Fawcett, Lecturer, Englis

Perspective: LaGuardia Community College Newsletter (Winter 1982)

Vol. 10 No. 2; Perspective is a quarterly publication of LaGuardia Community College / CUNY which is designed and edited by the Office of Communications, Bill Freeland, director. Information on news and features stories should be addressed to the office In room M194. Faculty and staff news items should be sent to Dr. Roberta Matthews, Associate Dean of Faculty, room SB65.

Perspective: LaGuardia Community College Newsletter (Winter 1984)

Vol. 13 No. 1; Perspective is a quarterly publication of LaGuardia Community College / CUNY which is designed and edited by the Office of Communications, Bill Freeland, director. Information on news and features stories should be addressed to the office In room M413. Faculty and staff news items should be sent to Dr. Roberta Matthews, Associate Dean of Faculty, room M202.

Perspective: LaGuardia Community College Newsletter (Winter 1987)

Vol. 15 No.1; Perspective is a regular publication of LaGuardia Community College / CUNY which is designed and edited by the Office of Communications, Bill Freeland, director. Randy Fader-Smith is staff writer and photographer. Information for news and feature stories should be addressed to the office in room M413. Faculty and staff news items should be sent to Dr. Roberta Matthews, Associate Dean of Faculty, room M202.

LaGuardia Insider Newsletter, Winter 1996

- Winter 1996: LaGuardia Community College/CUNY - Editorial Advisory Board for Insider Newsletter: Susan Blandi: Adult and Continuing Education, Stephanie Cooper: Academic Affairs, Randy Fader-Smith: Institutional Advancement, Bill Kelly: Student Affairs,

LaGuardia Insider Newsletter, Winter 1997

- Winter 1997: LaGuardia Community College/CUNY - Editorial Advisory Board for Insider Newsletter: Susan Blandi: Adult and Continuing Education, Stephanie Cooper: Academic Affairs, Randy Fader-Smith: Institutional Advancement, Bill Kelly: Student Affairs,

LaGuardia Insider Newsletter, Winter 2000

- Winter 2000: LaGuardia Community College/CUNY - Editor-in-Chief, Randy Fader-Smith: Institutional Advancement, Designer, Dale Cohen, Institutional Advancement. Editorial Advisory Board: Susan Blandi: Adult and Continuing Education, Bill Kelly: Student A

Effects of plant density and proportion on the interaction between wheat with alexandergrass plants

A determinação das relações competitivas entre espécies de plantas requer delineamentos experimentais e métodos de análise apropriados. A hipótese da pesquisa foi que duas espécies crescendo em convivência têm comportamento de crescimento e desenvolvimento distintos em função da sua competitividade relativa. O objetivo desta pesquisa foi quantificar a competitividade relativa da cultura do trigo com o capim-marmelada através da medida dos efeitos da densidade e da proporção de plantas, usando experimentos em série substitutiva. Monoculturas foram cultivadas em densidades de 1, 3, 5, 10 e 15 plantas por caixa e analisadas por regressão dos dados de massa seca, em 2006. Experimento em mistura foi cultivado nas proporções trigo:capim-marmelada de 0:6, 1:5, 2:4, 3:3, 4:2, 5:1 e 6:0 plantas por caixa e analisado através de interpretação gráfica de características de crescimento e produção, em 2007. Ambos os experimentos foram realizados em delineamento completamente casualizado com quatro repetições. Capim-marmelada foi mais sensível que trigo à competição intraespecífica. Capim-marmelada foi levemente mais competitivo que trigo. Número e massa de espigas e número de afilhos foram as características do trigo mais afetadas pela interferência do capim-marmelada.

Soil water evaporation under densities of coverage with vegetable residue

O presente estudo foi realizado no Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR), em Londrina, Estado do Paraná (latitude de 23º18'S, longitude de 51º09'W e altitude média de 585 m). O clima local, segundo a classificação do Köppen, é do tipo Cfa, ou seja, subtropical úmido, com chuvas em todas as estações, podendo ocorrer secas no período de inverno. Determinou-se a evaporação (E) da água do solo sob diferentes densidades de cobertura com resíduo da cultura de trigo. Os tratamentos foram instalados em lisímetros de pesagem de 2,66 m² e 1,3 m de profundidade, que permitem determinar E por diferença de massa com precisão equivalente a 0,1 mm em intervalos de uma hora. Os tratamentos consistiram em 0; 2,5; 5 e 10 t ha-1 de resíduos da cultura do trigo, colocadas de forma homogênea em cada lisímetro. No primeiro ciclo (22/09 a 20/10/2008), a redução de E em relação ao solo descoberto foi de 4; 15 e 24%, enquanto no segundo ciclo (01/12 a 30/12/2008), a redução foi de 15; 22 e 25%, respectivamente, para os tratamentos 2,5; 5 e 10 t ha-1.

Influence of irrigation on wheat crop

O uso da irrigação na triticultura tem aumentado significativamente nos últimos anos no Brasil. Neste trabalho, objetivou-se avaliar a influência da irrigação na produtividade, na qualidade tecnológica da farinha e no sistema radicular do trigo. em experimento de campo no IAPAR, em Londrina, Paraná, a cultivar IPR 118 foi cultivada sob irrigação por aspersão convencional (Tratamento Irrigado) e sem irrigação (Tratamento Sequeiro). A produtividade foi determinada, colhendo-se três amostras de 25 m² por tratamento. Nestas mesmas amostras, procedeu-se à análise da qualidade tecnológica da farinha, sendo avaliada, entre outros parâmetros, a força de glúten (W). A avaliação do sistema radicular foi realizada após a colheita, no perfil de 0 a 45 cm de profundidade do solo, amostrando-se oito plantas em cada tratamento. O método da parede do perfil foi utilizado para determinar o número de raízes (NR) e o método do monólito para determinar a massa seca de raízes (MSR). A irrigação aumentou em três vezes a produtividade do trigo, porém diminuiu o W na farinha. Ainda assim, o valor de W encontrado no Tratamento Irrigado (249 10-4 J) foi suficiente para manter a classificação do trigo como tipo-pão, a mesma para o qual a cultivar IPR 118 é classificada. Os valores medidos de NR e a MSR foram iguais ou maiores no Tratamento Sequeiro.