The legacy of G. N. Ramachandran and the development of structural biology in India

G. N. Ramachandran is among the founding fathers of structural molecular biology. He made pioneering contributions in computational biology, modelling and what we now call bioinformatics. The triple helical coiled coil structure of collagen proposed by him forms the basis of much of collagen research at the molecular level. The Ramachandran map remains the simplest descriptor and tool for validation of protein structures. He has left his imprint on almost all aspects of biomolecular conformation. His contributions in the area of theoretical crystallography have been outstanding. His legacy has provided inspiration for the further development of structural biology in India. After a pause, computational biology and bioinformatics are in a resurgent phase. One of the two schools established by Ramachandran pioneered the development of macromolecular crystallography, which has now grown into an important component of modern biological research in India. Macromolecular NMR studies in the country are presently gathering momentum. Structural biology in India is now poised to again approach heights of the kind that Ramachandran conquered more than a generation ago.

Targeting human telomeric G-quadruplex DNA with curcumin and its synthesized analogues under molecular crowding conditions

The formation of telomeric G-quadruplexes has been shown to inhibit telomerase activity. Indeed, a number of small molecules capable of p-stacking with G-tetrads have shown the ability to inhibit telomerase activity through the stabilization of G-quadruplexes. Curcumin displays a wide spectrum of medicinal properties ranging from anti-bacterial, anti-viral, anti-protozoal, anti-fungal and anti-inflammatory to anti-cancer activity. We have investigated the interactions of curcumin and its structural analogues with the human telomeric sequence AG(3)(T(2)AG(3))(3) under molecular crowding conditions. Experimental studies indicated the existence of a AG(3)(T(2)AG(3))(3)/curcumin complex with binding affinity of 0.72 x 10(6) M-1 under molecular crowding conditions. The results from UV-visible absorption spectroscopy, a fluorescent TO displacement assay, circular dichroism and molecular docking studies, imply that curcumin and their analogues interact with G-quadruplex DNA via groove binding. While other analogs of curcumin studied here bind to G-quadruplexes in a qualitatively similar manner their affinities are relatively lower in comparison to curcumin. The Knoevenagel condensate, a methoxy-benzylidene derivative of curcumin, also exhibited significant binding to G-quadruplex DNA, although with two times decreased affinity. Our study establishes the potential of curcumin as a promising natural product for G-quadruplex specific ligands.

On the Geometrically Dependent Quasi-Saturation and g(m) Reduction in Advanced DeMOS Transistors

This paper reveals an early quasi-saturation (QS) effect attributed to the geometrical parameters in shallow trench isolation-type drain-extended MOS (STI-DeMOS) transistors in advanced CMOS technologies. The quasi-saturation effect leads to serious g(m) reduction in STI-DeMOS. This paper investigates the nonlinear resistive behavior of the drain-extended region and its impact on the particular behavior of the STI-DeMOS transistor. In difference to vertical DMOS or lateral DMOS structures, STI-DeMOS exhibits three distinct regions of the drain extension. A complete understanding of the physics in these regions and their impact on the QS behavior are developed in this paper. An optimization strategy is shown for an improved g(m) device in a state-of-the-art 28-nm CMOS technology node.

Direct numerical test of the B-G-K model equation by the DSMC method

In the present paper the rarefied gas how caused by the sudden change of the wall temperature and the Rayleigh problem are simulated by the DSMC method which has been validated by experiments both in global flour field and velocity distribution function level. The comparison of the simulated results with the accurate numerical solutions of the B-G-K model equation shows that near equilibrium the BG-K equation with corrected collision frequency can give accurate result but as farther away from equilibrium the B-G-K equation is not accurate. This is for the first time that the error caused by the B-G-K model equation has been revealed.

Comparación de parámetros reproductivos bajo inseminación artificial y monta natural en cerdas, (Cofradia, G.E.P.)

Este experimento se realizó en la Granja Experimental Porcina (G.E.P), Cofradía, Masaya, con 82 cerdas del cuarto parto, 30 servidas a través de inseminación artificial (I.A) y 52 cerdas por monta natural (M.N); iniciando en mayo de 1,995 hasta mayo de 1,996 con el objetivo de evaluar los parámetros reproductivos y económicos en ambos sistemas de monta. Los dos grupos de cerdas reproductoras estaban compuestos por las razas LANDRACE, YORKSHIRE y DUROC. Las variables evaluadas fueron: Tasa de concepción (T.C) y tasa de parición (T.P), números de crías por partos (N.C.P), peso vivo promedio del lechón en la camada al nacer (P.V.L.C), relación beneficio-costo (B-C). Los resultados finales comprobados al 5% de significancia estadísticas fueron: T.P en I.A con 56.66% menor que en M.N con 76.92%, en N.C.P para I.A con 7.06, menor que en M.N de 8.725, P.V.L.C en I.A de 1.85 kg, similar a 1.74 kg, en MN. Para la relación B-C en I.A fue de 0.53 córdobas y para M.N de 0.56 córdobas.

La urna (1911) de Enrique Banchs : un cancionero argentino del siglo XX

Integran este número de la revista ponencias presentadas en Studia Hispanica Medievalia VIII : Actas de las X Jornadas Internacionales de Literatura Española Medieval, 2011, y de Homenaje al Quinto Centenario del Cancionero General de Hernando del Castillo.

Evaluación de treinta y cuatro genotipos de frijol común (Phaseolus vulgaris L.) y dos genotipos de frijol tepari (Phaseolus acutifolius G.) en dos localidades del departamento de Carazo en el ciclo de postrera 2001

Durante la época de postrera del 2001 se establecieron dos ensayos en las localidades La Compañía y La Conquista pertenecientes al departamento de Carazo con el objetivo de evaluar el comportamiento de 34 genotipos de frijol común (Phaseolus vulgaris L.) y 2 genotipos de frijol tepari( Phaseolus acutifulius G.). en cuanto a caracteres de rendimiento y desarrollo. Estos materiales fueron proporcionados por el Centro Internacional de Agricultura Tropical (CIAT). El diseño utilizado fue de bloques incompleto con 3 repeticiones. Los resultados de campo se procesaron mediante el programa de sistema análisis estadístico (SAS), la prueba de rango múltiple de Tukey al 0.05 de error para las variables evaluadas y la correlación de Pearson. Las variables evaluadas días a floración, madurez fisiológica, peso de 100 granos, y rendimiento mostraron diferencias estadísticas entre genotipos en cada localidad. La variable granos por vaina, solamente en una localidad resultó significativa, la variable número de vainas por planta no fue significativa en ambas localidades, ning��n genotipo supero en cuanto al rendimiento a las variedades utilizadas como testigos. Los genotipos que superaron en precocidad a madurez fisiológica a los testigos en las dos localidades son INB 37, INB 39 y G 40068. Los genotipos con mayores incidencia al virus del mosaico dorado (BGMV) fueron SEA 15, SEA 17, SEA 19, SEA 21. SEA 22 y G 1977, los de mayor incidencia a mancha angular (Isariopsis griseo/a Sacc.) fueron G 40068, G 40159 y PINTO VILLA.

Caracterización y evaluación de siete clones de pitahaya (Hylocereus spp.) en el Centro Experimental Campos Azules (CECA), Masatepe (Masaya)

La intensificación del cultivo de la Pitahaya (Hylocereus spp.) y la creciente demanda de frutos por el mercado nacional así como la exportación, ha requerido de la búsqueda de nuevas variedades que respondan adecuadamente a las exigencias de los mercados en sabor, color, dulzor, apariencia, y a las expectativas de los productores como la resistencia a plagas y enfermedades. La presente investigación se realizó entre los meses de Junio y Noviembre del año 2003 en el Centro Experimental Campos Azules (CECA); ubicado en el municipio de Masatepe, departamento de Masaya. El objetivo del trabajo es principalmente validar una Guía de Descriptores de Pitahaya. Además de caracterizar morfológicamente cada uno de los siete clones de Pitahaya (Amarilla, Cebra, Lisa, Orejona, Rosa, Sin Espina y San Ignacio) encontradas en el banco de germoplasma del CECA. Se tomaron las muestras bajo un Diseño Completo al Azar (D.C.A.) ya que la plantación estaba establecida y se realizó la caracterización de flores y frutos en el laboratorio del REGEN, exceptuando el levantamiento de datos vegetativos (cladodios) el que se realizó en el campo. Los datos se procesaron mediante análisis de varianzas y desviación estándar (entre y dentro de los clones con la tabla Tukey al 5%) en cuanto a clones, fechas de muestreo e interacción clon * fecha, Análisis de Agrupamiento (AA), Análisis de Componentes Principales (ACP), análisis de correlación y un análisis del empleo de la Guía de Descriptores. El clon Amarilla presentó los más altos valores en el ANDEVA respecto a los cladodios para las variables ancho de cladodio, longitud de espinas y número de espinas, respecto al resto de los clones (7.34 cm, 12.74cm y 6.75 espinas respectivamente), el clon Sin Espina obtuvo el más alto valor en la variable distancia de areola (3.71 cm). El Análisis de Varianza en cuanto a frutos mostró diferencias estadísticas en las variables tamaño de semilla y número de brácteas, correspondientes a los clones Sin Espina y Cebra (49.11s/g y 32.88 brácteas respectivamente); El ANDEVA en cuanto a fechas mostró que en la fecha 4 (Noviembre) se obtuvieron los mejores resultados; reflejando significancia estadística en todas las variables. El análisis de Componentes Principales determinó que el 40.17% de la variación total del germoplasma la aportan los dos primeros CP y las variables que la integran son volumen de fruto, peso de fruto, peso de pulpa, diámetro de fruto, volumen de pulpa, número de pétalos, número de brácteas, color de estigma, ancho y forma de pétalos. El Análisis de Agrupamiento mostró que existen cuatro (4) grupos formados por los clones Amarilla, I; Cebra, Sin Espina y San Ignacio, II; Lisa y Orejona, III y Rosa, IV. El análisis de correlación demuestra que las variables de fruto están íntimamente asociadas.

Sapientia, 1946, Vol. I, nº 2 (número completo)

Contenido: El significado histórico de Godofredo G. Leibniz (1646-1946) / La Dirección – La “comprehensión” del estado en Wilhelm Dilthey / Arturo Enrique Sampay – La subalternación de la ética a la psicolog��a / Julio Meinvielle – Mundo del accidente / G. K. E. – Notas -- Bibliografía

Sapientia, 1971, Vol. XXVI, nº 100-102 (número completo)

Contenido: Sapientia, Veinticinco años después / Octavio N. Derisi – Tomás de Aquino, peregrino de Dios / Adolfo Muñoz Alonso – Qu’est-ce que la philosophie? / A. Dondeyne – La subordinación de la lógica a la ciencia / A. Furlán – Volición y voluntad en Aristóteles / B. Raffo Magnasco – Entendement et imagination selon Aristote / A. Guy – Le problème de l’existence de Dieu dans le Commentaire de Saint Thomas sur la Physique d’Aristote / F. Van Steenberghen – Individuación, analog��a y participación en el plano físico / J. E. Bolzán – La “Summa Physicorum” y la filosofía natural de Grosseteste / C. Lértora Mendoza – El infinito actual en Santo Tomás / O. Argerami – Tomás de Aquino en la Universidad de París / G. E. Ponferrada – Dante y la filosofía / G. Terán – El ámbito del objeto de la fenomenolog��a en E. Husserl / O. N. Derisi – Orígenes doctrinales de la Tercera Escolástica en la filosofía argentina del siglo XIX / A. Caturelli – Hegel e Cristo / C. Fabro – Sapientia reconsidered / A. G. M. Van Melsen – El punto de partida de la metafísica : ¿abstracción o intuición? / J. R. Sanabria – La catégorie hég��lienne de contradiction / R. Verneaux – La ontolog��a modificada / C. A. Iturralde Colombres – L’acte moral et le sujet / J. de Finance – La crítica de Monseñor Derisi a la ciencia política empírica / A. E. Sampay – Notas y comentarios -- Bibliografía

Immunosensor Interface Based on Physical and Chemical Immunogylobulin G Adsorption onto Mixed Self-Assembled Monolayers

An immunosensor interface based on mixed hydrophobic self-assembled monolayers (SAMs) of methyl and carboxylic acid terminated thiols with covalently attached human Immunoglobulin G (hIgG), is investigated. The densely packed and organised SAMs were characterised by contact angle measurements and cyclic voltammetry. The effect of the non-ionic surfactant, Tween 20, in preventing nonspecific adsorption is addressed by ellipsometry during physical and covalent hIgG immobilization on pure and mixed SAMs, respectively. It is clearly demonstrated that nonspecific adsorption due to hydrophobic interactions of hIgG on methyl ended groups is totally inhibited, whereas electrostatic/hydrogen bonding interactions with the exposed carboxylic groups prevail in the presence of surfactant. Results of ellipsometry and Atomic Force Microscopy, reveal that the surface concentration of covalently immobilized hIgG is determined by the ratio of COOH/CH3-terminated thiols in SAM forming solution. Moreover, the ellipsometric data demonstrates that the ratio of bound anti-hIgG/hIgG depends on the density of hIgG on the surface and that the highest ratio is close to three. We also report the selectivity and high sensitivity achieved by chronoamperometry in the detection of adsorbed hIgG and the reaction with its antibody.

Efecto de counter diez g (Terbufos) y fertilizante (N-P) sobre los nemátodos asociados a café en vivero

El café (coffea arábiga L.) representa uno de los cultivos de mayor importancia en Nicaragua Este cultivo se ve afectado por nematodos fitoparasito de los g��neros Meloidogyne Spp. Pratylenchus spp0, y Rotylenchulus spp. Se probó el efecto de combinaciones del nematicida counter 10 G y fertilizante N-P sobre los nematodos fitoparasito con un ensayo en el Centro Experimental del Café Mauricio López Munguía”, Masatepe entre los meses de abril y Octubre de 1986. El diseña utilizado fue en bifactorial en bloques completos al azar con cuatro repeticiones. Los tratamientos fueron al nematicida counter 10 G (terbufos) en dosis de 0; 017: 0.25 y 0, 32 gr de la planta; el fertilizante N-P de la fórmula 18-46 o en dosis de 0.5 y 10 gr/planta, aplicados sobre y en combinación lo que se Hizo un total de 12 tratamientos. la aplicación del nematicida se hizo una sola vez y el fertilizante en dos ocasiones d. A los 55 y 100 DDA se midió el numero de nematodos en el suelo (Meloidogyne spp., Rotylenchulus spp, y pratylenchus spp) nematodos en las raíces (Meloidogyne spp), altura de planta, Numero de hojas y peso de raíz. Los resultados de este ensayo demostraron qué el nematicida tuvo efecto sobre Rotylenchulus spp y Rotylenchulus spp. Pero no sobre Meloidogyne spp en el suelo y en la raíz: No se encontró ning��n defecto del fertilizant4e sobre las poblaciones de nematodos. Las combinaciones de nematicida-fertilizante tuvieron un efecto de amplia variabilidad sobre las poblaciones de nematodos lo que dificulto la recomendación de una determinada combinación: La dosis de fertilizantes que resulto con los mejores promedios sobre las variables altura de la planta, Número de hojas y peso de raíz fue la de 5gr, /planta Se encontró una correlaciona negativa significativa entre el g��nero Meloidogyne spp y la altura de la plata a los 55 DDA, no observándose estos mismos resultados a los 100 DDA: también se encontró una correlación positiva significativa entre el número de Meloidogyne spp, del suelo y de la raíz a los 55 y 100 DDA; entre pratylenchus y rotylenchulus a los 55 DDA y entere el número de Nódulos causados por Meloidogyne a los 55 DDA y el peso de la Raíz a los 100 DDA.

Dios entre las mónadas : la centralidad del tema de Dios en algunas tesis metafísicas de G. W. Leibniz

Resumen: En el presente trabajo buscaremos introducir ciertas tesis distintivas del pensamiento de Leibniz en lo que respecta a su metafísica subrayando el papel de Dios en cada una de ellas. Fundamentalmente, las tesis a tratar son la teoría de las mónadas y dos teorías que se siguen de ella: la de la armonía preestablecida y la del mejor de los mundos posibles. Además, buscaremos mostrar que las pruebas de la existencia de Dios (o al menos dos de ellas: el denominado “argumento cosmológico” y el denominado “ontológico”), poseen subyacentemente una fundamentación metafísica. En este sentido, no nos centraremos en las pruebas mismas sino en su fundamentación.