Computational toolbox towards evolutionary domain mapping of membrane proteins

Membrane proteins account for about 20% to 30% of all proteins encoded in a typical genome. They play central roles in multiple cellular processes mediating the interaction of the cell with its surrounding. Over 60% of all drug targets contain a membrane domain. The experimental difficulties of obtaining a crystal structural severely limits our ability or understanding of membrane protein function. Computational evolutionary studies of proteins are crucial for the prediction of 3D structures. In this project, we construct a tool able to quantify the evolutionary positive selective pressure on each residue of membrane proteins through maximum likelihood phylogeny reconstruction. The conservation plot combined with a structural homology model is also a potent tool to predict those residues that have essentials roles in the structure and function of a membrane protein and can be very useful in the design of validation experiments.

Gene Set Analysis for improving genetic association studies

Introduction. Genetic epidemiology is focused on the study of the genetic causes that determine health and diseases in populations. To achieve this goal a common strategy is to explore differences in genetic variability between diseased and nondiseased individuals. Usual markers of genetic variability are single nucleotide polymorphisms (SNPs) which are changes in just one base in the genome. The usual statistical approach in genetic epidemiology study is a marginal analysis, where each SNP is analyzed separately for association with the phenotype. Motivation. It has been observed, that for common diseases the single-SNP analysis is not very powerful for detecting genetic causing variants. In this work, we consider Gene Set Analysis (GSA) as an alternative to standard marginal association approaches. GSA aims to assess the overall association of a set of genetic variants with a phenotype and has the potential to detect subtle effects of variants in a gene or a pathway that might be missed when assessed individually. Objective. We present a new optimized implementation of a pair of gene set analysis methodologies for analyze the individual evidence of SNPs in biological pathways. We perform a simulation study for exploring the power of the proposed methodologies in a set of scenarios with different number of causal SNPs under different effect sizes. In addition, we compare the results with the usual single-SNP analysis method. Moreover, we show the advantage of using the proposed gene set approaches in the context of an Alzheimer disease case-control study where we explore the Reelin signal pathway.

Analysis of the mitochondrial DNA of Schizophrenia patients by next generation sequencing

Mitochondrial DNA (mtDNA), a maternally inherited 16.6-Kb molecule crucial for energy production, is implicated in numerous human traits and disorders. It has been hypothesized that the presence of mutations in the mtDNA may contribute to the complex genetic basis of schizophreniadisease, due to the evidence of maternal inheritance and the presence of schizophrenia symptoms in patients affected of a mitochondrial disorder related to a mtDNA mutation. The present project aims to study the association of variants of mitochondrial DNA (mtDNA), and an increased risk of schizophrenia in a cohort of patients and controls from the same population. The entire mtDNA of 55 schizophrenia patients with an apparent maternal transmission of the disease and 38 controls was sequenced by Next Generation Sequencing (Ion Torrent PGM, Life Technologies) and compared to the reference sequence. The current method for establishing mtDNA haplotypes is Sanger sequencing, which is laborious, timeconsuming, and expensive. With the emergence of Next Generation Sequencing technologies, this sequencing process can be much more quickly and cost-efficiently. We have identified 14 variants that have not been previously reported. Two of them were missense variants: MTATP6 p.V113M and MTND5 p.F334L ,and also three variants encoding rRNA and one variant encoding tRNA. Not significant differences have been found in the number of variants between the two groups. We found that the sequence alignment algorithm employed to align NGS reads played a significant role in the analysis of the data and the resulting mtDNA haplotypes. Further development of the bioinformatics analysis and annotation step would be desirable to facilitate the application of NGS in mtDNA analysis.

Clopidogrel Pharmacogenetics, resistance to antiplatelet therapy in ischemic stroke by Epigenome Wide Association Study (EWAS).

Clopidogrel is a widely used antiplatelet drug used in preventing vascular events after suffering a first stoke. Genome-wide association studies (GWAS) has not been able to establish a clear association between polymorphisms and recurrence. Therefore in the present final master project an epigenetic approach is proposed. Using an array based technology, 450.000 CpG sites across all genome were assessed in 48 individuals (21 cases and 21 controls). Looking at differentially methylated levels between cases and controls, 58 CpG sites (DMGs) were found. Although, no clear locus was observed. Looking individually to each 49 genes, two appeared to be important to our study. TRAF3 and ADAMTS2 are gens highly related to platelet aggregation. In orther to confirm these result, a new DNA methylation study will be done in a larger cohort, using Sequenom technology.

Importància dels factors de risc del TDH en l'adquisició de la lecto-escriptura

A l’actualitat, molts infants distrets i moguts són etiquetats de TDAH. Aquest trastorn és objecte d’estudi en els últims anys dins l’educació, sobretot en els cicles d’educació infantil i primària. És un fet que preocupa a molts professionals, ja que desenvolupa unes mancances i necessitats educatives especials, que afecten al rendiment acadèmic del nen/a. El propòsit d’aquesta recerca és analitzar la correlació entre els factors de risc de TDAH i les dificultats lingüístiques, concretament amb els problemes de la consciència fonològica. Per observar aquesta qüestió s’ha partit d’una mostra de vint-i-quatre alumnes de segon cicle d’Educació Infantil i se’ls ha passat dos tests; un per avaluar els factors de risc de TDAH i l’altre per valorar el nivell de consciència fonològica. I amb els resultats obtinguts, s’ha dissenyat una intervenció que atent a la diversitat i intenta millorar aquestes dificultats lingüístiques que presenten els infants.

La influència de les dinàmiques de grup en la millora de la cohesió de grup i l’estabilitat emocional dels infants

En aquest estudi qualitatiu s’investiga la influència de les dinàmiques de grup en la millora de la cohesió de grup i l’estabilitat emocional dels infants. La mostra està constituïda per 24 infants, d’edats compreses entre els 5 i 6 anys, i per una mestra de 58 anys. Es realitza una intervenció educativa, basada en quatre dinàmiques de grup diferents, per tal d’avaluar la seva incidència en relació a la cohesió de grup i l’estabilitat emocional dels infants. Els instruments utilitzats són de naturalesa qualitativa, concretament, l’entrevista i l’observació, que s’apliquen pre i post intervenció per tal d’identificar possibles canvis. En els resultats, no es poden observar grans canvis a nivell de cohesió de grup ni d’estabilitat emocional dels infants, però sí, una actitud positiva i de motivació en relació a l’aplicació de dinàmiques de grup. La curta durada de la intervenció educativa ha estat la principal limitació d’aquesta investigació, fet pel qual no s’han pogut extreure uns resultats significatius. És per això que a les conclusions es mostren un seguit d’aspectes a tenir en compte en futurs estudis.

Implementació de l'aprenentatge cooperatiu com a metodologia a l'aula per millorar la cohesió i la participació del grup

Actualment una de les preguntes que es fan els docents, és com donar resposta a la diversitat dels alumnes. És per aquest motiu que aquesta recerca vol portar a la pràctica la metodologia de l’aprenentatge cooperatiu, amb l’objectiu de facilitar a l’aula estratègies per atendre a la diversitat dels alumnes. Més concretament, el treball està format per dos grans apartats; en primer lloc, hi han reflectides aportacions respecte a la definició, característiques i principis bàsics de l’atenció a la diversitat i l’educació inclusiva. I, en segon lloc, la part pràctica, representa l’aplicació i l’avaluació de la metodologia de l’aprenentatge cooperatiu, en un grup d’alumnes de primer cicle inicial de l’escola Sant Joan de Berga. La metodologia de l’aprenentatge cooperatiu que volem implementar a l’aula es basa en el Programa CA/AC elaborat per el GRAD (Grup de Recerca en Atenció a la Diversitat) de la Universitat de Vic, on la seva finalitat és introduir a l’aula una estructura cooperativa de l’aprenentatge a partir d’un seguit de fases i estratègies, per tal de millorar la cohesió i la participació del grup classe.

Estudi de noves estratègies encapsuladores d’antimalàrics i distribució de nanovectors polimèrics en Anopheles atroparvus

En aquest treball s’ha estudiat el comportament de compostos antimalàrics com els fàrmacs i els polímers en diferents situacions. Una de les barreres que ha estat identificada com a principal obstacle per a una millora de l’eficàcia dels compostos antimalàrics, és la limitació en la quantitat de fàrmac que pot ser encapsulada dins un liposoma, i que depèn de la seva solubilitat en medi aquós. Amb la inspiració de la descripció d’un nou tipus de nanocàpsules amb aplicacions oncològiques capaces d’encapsular grans quantitats de fàrmacs (protocells, Ashley et al., 2011). Els constructes formats per liposomes amb un nucli d’òxid de silici altament porós capaç de contenir el fàrmac, s’anomenen “protocells”, que en comparació als liposomes, tenen una major selectivitat i estabilitat, i permeten alliberar altes concentracions de droga directament al citosol de les cèl·lules cancerígenes. Aquest estudi es basa en la fabricació d’aquests nous nanovectors que continguin fàrmacs antimalàrics i té com a objectiu futur dirigir-los a eritròcits infectats per malària (pRBCs). Una altra part del treball és l’estudi de la distribució del polímer ISA-FITC en Anopheles atroparvus. Sabent que els polímers han estat utilitzats com a transportadors antimalàrics, es va pensar en l’opció d’eliminar el paràsit a dins del mateix mosquit, com una alternativa a tots el estudis realitzats fins ara centrats en les etapes d’infecció de l’hoste. Per aquest motiu es va idear l’experiment pensant en aquest polímer amb la intenció final de veure la seva localització en un mosquit Anopheles lliure del paràsit. OBJECTIUS: Determinació de la capacitat encapsuladora de tres tipus de nanopartícules, fabricades amb el mateix material però amb característiques de mida i càrrega diferents, incubant-les amb cinc fàrmacs antimalàrics. El blau de metilè, la primaquina, la cloroquina, la quinina i la curcumina, cadascun d’ells amb característiques de pH, solubilitat i estructura diferents. Alguns d’ells són fàrmacs que no s’han emprat en altres estudis degut a la seva toxicitat o elevada inespecificitat (la qual es pretén reduir un cop encapsulats en protocells). Construcció de “protocells” un cop determinada la millor nanopartícula encapsuladora i fàrmac candidat i determinació de la concentració de fàrmac que podien contenir, i el ritme d’alliberament d’aquest en PBS (simulant les condicions fisiològiques dels pRBCs). Estudi de la localització del polímer antimalàric ISA-FITC en l’anatomia del mosquit Anopheles Atroparvus. PROCEDIMENTS: Mètodes espectrofotomètrics Microscopia Cryo-electrònica de transmissió Microscopia confocal de fluorescència

Use and perception of urban green spaces in Barcelona

Background: Although the mechanisms are not well understood yet, evidence exists of the benefits of urban green spaces for human health. As a consequence, one of the concerns of public health interventions must be to promote the use of urban green spaces within cities. Aims: This study aims to explore the citizens’ purposes of use of urban green spaces as well as the elements related to the characteristics of these places that condition their use. Methods: In-depth interviews were conducted with non-hospitalised people living in different areas of Barcelona, with different socioeconomic status and different residential distance to urban green spaces (n = 20). Thematic content analysis of the qualitative data was performed. Results: Physical pursuits and attention restoration were identified as prominent purposes of use of urban green spaces. The natural features of urban green spaces were identified as the most relevant determiners for the use of these places. Conclusions: To promote the use of urban green spaces, qualitative findings from this study suggest that purpose-built places should be provided. Moreover, natural features of urban green spaces must be particularly taken into account when designing and maintaining them.

Punto de encuentro: la vida es un tango y la muerte un pasodoble

Les persones compartim amb la resta d’ésser vius el fet de néixer, de créixer i de reproduir-nos, però, l’etapa de la mort la obviem o l’intentem amagar. Quan ens referim a les persones, parlem de l’última etapa del cicle vital anomenant-la vellesa, excloent així la mort de les etapes que formen el cicle. Punto de encuentro és un documental que parla d’aquesta etapa, de la vellesa, de com és viscuda, amb quines sensacions s’hi arriba, quin és el balanç o la reflexió que fan els avis quan ja han viscut tants anys i han acumulat tantes experiències. S’hi inclouen molts temes, la política, la soledat, la tristesa, les coses bones que té estar jubilat, com és el dia a dia d’una persona gran quan viu tota sola, els records de temps passats. Tot això ho podrem descobrir al documental a través del punt de vista i la pròpia experiència l’experiència dels protagonistes de Punto de encuentro: la Maria, el Bernabé, la Paquita i l’Albino.

Victòria i derrota, el sacrifici darrere les medalles

La següent memòria explica la creació del reportatge audiovisual titulat “Victòria i derrota, el sacrifici darrere les medalles”. En aquest s’explica la historia de tres joves esportistes que s’exerciten al Centre d’Alt Rendiment (CAR) de Sant Cugat del Vallès. Alberto, un jove gallec que juga a tenis taula i aspira a competir en les olimpíades paral•límpiques de Rio de Janeiro al 2016; Carles, un gimnasta intern al centre i Irene, una jove que practica waterpolo. Mitjançant la historia, comentaris i vivències dels tres protagonistes, es mostra al públic com és la vida d’un esportista al CAR.

Els préstecs hipotecaris

Els préstecs hipotecaris són préstecs a llarg termini que es tramiten a través d’un banc o qualsevol altra entitat financera i a canvi cobren interessos i prenen el teu habitatge com a garantia del pagament del préstec. La traducció d’aquest tipus de textos pot enfocar-se com una traducció jurada depenent del tipus d’encàrrec del client. És important la informació prèvia a la traducció sobre el tema, tant en la cultura d’origen com en la d’arribada. També s’ha de tenir en compte la quantitat de tecnicismes que ens poden aparèixer en el text i per tant, la necessitat d’utilitzar diccionaris i bases terminològiques especialitzades en el tema. Aquest treball és una traducció i anàlisi traductològic d’un préstec hipotecari de l’Estat de Massachusets al català.

Impacte educatiu de l'escolta del paisatge sonor en infants

Aquest treball d’investigació pretén aprofundir en les nocions relatives al paisatge sonor; un tema poc treballat en l’àrea curricular d’Educació Musical. Primerament amb la fonamentació, s’han extret les principals idees dels diferents autors que han treballat i investigat el tema del paisatge sonor. Posteriorment, analitzant aquest marc teòric s’ha intentat aprofundir en el tema i, per escollir i dissenyar activitats que hem realitzat a l’aula. A fi de poder analitzar i observar in situ aquest procés s’ha aplicat durant dos mesos a dues aules de música amb alumnes d’entre 7 i 8 anys i, pel que fa resultats, no hi ha dubte que amb aquest enfocament del fenomen de l’escolta –buscant una centralització en allò essencial i elemental del fet perceptiu-, podem constatar que es produeix un increment quantitatiu i qualitatiu del reconeixement dels sons de l’entorn, i una millora en la percepció de les qualitats del so i la capacitat de reflexió i descripció.

M.A.T.

La memòria del projecte que us presentem, tracta el procés de realització del Treball Final de Grau, M.A.T.. Aquest és un projecte audiovisual i multimèdia creat per set alumnes de Comunicació Audiovisual de la Universitat de Vic. El grup encarregat de la part audiovisual, format per la Dámaris Alonso, en Guillem Bover, en Raúl Caso i la Irina Mora, ha creat un curtmetratge lineal. M.A.T. és un projecte que sorgeix per impulsar el gènere del thriller dins de les produccions catalanes. A més a més, la nostra idea ha consistit en generar un producte que es pogués distribuir a través de plataformes interactives. Per aquest motiu, el projecte es divideix en un curtmetratge audiovisual i un joc interactiu inclòs a la pàgina oficial. Els integrants del grup ens vam encarregar de desenvolupar la peça audiovisual, la qual narra una història de venjança i traïció en un entorn de la màfia actual del nostre país. Una de les principals característiques d’aquest projecte és el tractament del temps i del ritme de la narració. És a dir, hem creat una trama audiovisual que s’estén durant quinze anys i hem generat el suspens que s’escau segons els paràmetres del gènere cinematogràfic de la peça. Un factor clau d’aquest projecte és una partida d’escacs, la qual juga un paper molt important, no tan sols en la història del curtmetratge, sinó perquè és la forma d’interacció que fa servir l’usuari a la pàgina web.

Anàlisi dels estats financers de l’IBEX 35 vs. CAC 40 en el període 2007-2012

Aquest treball final de grau consisteix en una comparativa, en el període 2007-2012, entre dos grans índexs. L’IBEX 35 per les empreses espanyoles, i el CAC 40 per les empreses franceses. En el treball es presenten els índexs borsaris juntament amb les empreses que els formen. Seguidament es realitzen tot un seguit d’estudis per determinar quin índex borsari presenta una millor situació financera. Els estudis consisteixen en una anàlisi a curt termini, una anàlisi a llarg termini, l’anàlisi econòmic, l’anàlisi de l’ECPN i, com a últim, l’anàlisi de l’EFE. Finalment s’arriben a unes conclusions globals que determinaran quines empreses estan millor, les franceses o les espanyoles.