FDI and investment barriers in developing economies

Does investment liberalization in developing economies affect FDI decisions differently across individual firms? To address this question, we simulate the response of individual firms to reductions in investment costs across developing economies. We explore two policy experiments: elimination of setup-procedure requirements for foreign investors and a reduction in corporate tax rates on foreign-owned multinationals. We find that a relaxing of discriminatory foreign investment procedures induces middle productive firms to increase their entry and production in developing economies substantially, but the most productive firms to expand moderately. Multinationals expand their entry and production in developing economies more substantially following a decline in entry barriers than following a decrease in corporate tax rates.

Ecotoxicology of pesticides on natural enemies of olive groves. Potential of ecdysone agonists for controlling Bactrocera oleae (Rossi) (Diptera: Tephritidae)

Pesticide applications are still one of the most common control methods against the main olive grove pests and diseases: the olive fruit fly, Bactrocera oleae (Rossi), the olive moth, Prays oleae (Bernard), the black scale, Saissetia oleae (Olivier), and the olive leaf spot, caused by the fungus Spilocaea oleagina Fries. However, and because the new pesticide legislation is aimed at an integrated pest and disease management, it is still important to evaluate and to know the ecotoxicology of pesticides on the natural enemies of the different agrosystems. A part of this work has been focusses on evaluating the direct and indirect effects of kaolin particle films and two copper-based products (Bordeaux mixture and copper oxychloride) through different laboratory, extended laboratory and semi-field experiments. Two natural enemies have been chosen: Psyttalia concolor (Szèpligeti), a parasitoid of the olive fruit fly, and Chilocorus nigritus (F.), predator of Diaspididae. This predator has been used instead of C. bipustulatus (L.), which is the species found in olive orchards. Kaolin mainly acts as a repellent of insects and/or as an oviposition deterrent. It is used in olive groves to control the olive fruit fly and the olive moth. Copper is applied against fungal and bacterial diseases. In olive groves it is used against the olive leaf spot and other diseases. No statistical differences were found in any of the experiments performed, compared to the controls, except when the oral toxicity of the products was evaluated on P. concolor females. In this case, kaolin and copper oxychloride caused a higher mortality 72 hours after the treatments, and both kaolin and the two copper formulations decreased females’ life span. Reproductive parameters were only negatively affected when kaolin was ingested. Apart from these experiments, due to the uncommon mode of action of kaolin, two extra experiments were carried out: a dual choice and a no-choice experiment. In this case, both P. concolor females and C. nigritus adults showed a clear preference for the untreated surfaces when they had the possibility of choosing between a treated surface and an untreated one. When there was no choice, no statistical differences were found between the treatments and the controls. Furthermore, the efficacy and the selectivity of three insect growth regulators (methoxyfenozide, tebufenozide and RH-5849) on B. oleae and P. concolor, respectively, have also been evaluated. In addition to laboratory experiments to evaluate the toxicity of the insecticides, also molecular approaches were used. RNA of both insects was isolated. cDNA was subsequently synthesized and the complete sequences of the ligand biding domain (LBD) of the ecdysone receptor of each insect were then determined. Afterwards the three dimensional structures of both LBDs were constructed. Finally, the docking of the insecticide molecules in the cavity delineated by the 12 α-helix that composed the LBD was performed. Both toxicity assays and molecular docking approaches showed that either methoxyfenozide or tebufenozide had no negative effects nor on B. oleae nor on P. concolor. In contrast, RH-5849 had no deleterious effect to the parasitoid but decreased olive fruit fly adults’ life span, especially when they were in contact with the fresh residue of the insecticide applied on a glass surface. The docking study of RH-5849 molecule has shown a very light hindrance with the wall of the LBD pocket. This means that this molecule could more or less adjust in the cavity. Thus, searching of new insecticides for controlling the olive fruit fly could be based on the basic lead structure of RH-5849 molecule.

Some physical and chemical proceddes in fluids

The ability to reproduce reduced gravity conditions for long periods is one of the reasons why the orbiting laboratory is so attractive. In this paper several fluid dynamics problem areas are reviewed in which zero-gravity conditions are of great importance. Although emphasis is placed on space processing, there are some older problems also in which gravity masks the phenomcna, impeding a reasonably simple approach to the solution. Three problems are considered: Thermal convection under reduced gravity. The dumping effect ofsurface gravity waves at the outset of convection induced by surface tractions is discussed in particular. The existence of convection is of concern for some satellite thermal control techniques presently used, and for most of the proposed manufacturing processes. Whereas convection should be normally avoided, problems related to the containerless stirring ofa melt constitute an exception. Secondly, gravity and chemical reactions. Although chemical reactions are independent of gravity because of the small mass of the molecules and atoms involved, in many cases the reaction rate dcpends on the arrival of the species to the reaction zone. When the arrival process is buoyancy-controlled, the net specd of the reaction will be affected by the gravity. Thirdly, two-phase flows under reduced gravity provkle interesting problems from boiling heat transfer to degasslng of melts. This part of the paper deals only with the measurement of sound veiocity in a liquid containing bubbles. It is suggested that such measurements should be mude under reduced gravity to provide reliable residís.

Estudio de la digestión anaerobia en dos fases para el tratamiento de las aguas residuales de despulpe del beneficiado húmedo del café

Debido al aumento de los estándares de calidad exigidos internacionalmente, así como por una mayor presión sobre la industria mediante legislaciones ambientales más rigurosas, el sector cafetalero está obligado a buscar, a través de la investigación, un sistema adecuado de tratamiento para las aguas residuales generadas en el beneficiado húmedo del café. En este trabajo se evaluó el funcionamiento de la digestión anaerobia para el tratamiento de las aguas residuales de despulpe. Para ello, se utilizaron dos sistemas anaerobios, uno en una etapa (UASB), y otro con separación de fases (2PUASB). Se investigó el efecto en la digestión anaerobia de tres cargas orgánicas volumétricas (OLR) y de las dos configuraciones de reactor usadas. Los valores de OLR de operación en el sistema UASB variaron en un intervalo de 3.6-4.1 kgCOD m-3 d-1, con una tasa de recirculación del efluente de 1.0. El sistema 2PUASB fue alimentado con OLR similares a las que se emplearon en el sistema en una etapa. El reactor de acidificación fue cargado a 11.0 kgCOD m-3 d-1, mientras que en el reactor metanogénico varió en el intervalo de 2.6-4.67 kgCOD m-3 d-1. El uso de reactores UASB en una etapa y en dos fases, bajo las mismas condiciones de operación ya descritas, propiciaron el logro de una eficiencia de degradación de COD total superior al 75% y al 85% para la COD soluble, respectivamente. Sin embargo, el sistema en dos fases mostró mejores resultados en el tratamiento de este tipo de agua residual, no solo en cuanto a eficiencia de eliminación de la carga orgánica contaminante así como una menor concentración de ácidos grasos volátiles (VFA) en el efluente. Obtenidas las mejores condiciones de trabajo, fue evaluada la separación de fases bajo el efecto de la recirculación. Los grupos de fermentaciones producidos fueron similares a los obtenidos en el experimento sin recirculación, indicando que está última no afectó la composición relativa de los VFA del reactor anaerobio, por lo que no cambió el patrón de degradación del residuo. Una tasa de recirculación de 1.0 del efluente del reactor metanogénico al reactor acidogénico mejoró significativamente el proceso, ya que se incrementó la conversión de los VFA (31%), la eliminación de la fracción total y soluble del residuo tratado (6.5%) y la reducción del consumo de alcalinizante (39%); manteniendo similares producciones de metano. El uso de la digestión anaerobia en dos fases demostró una mejora en la estabilidad del proceso y un incremento de la eficiencia de operación y de la producción de metano, respectivamente.Tesis Doctoral Yans Guardia Puebla Abstract ix ABSTRACT Due to the increase of quality standards internationally demanded, as well as for a greater pressure on the industry by means of more rigorous environmental legislations, the coffee sector is forced to search, through the research, an appropriated treatment system for coffee wet wastewaters generated. In this work the performance of the anaerobic digestion for the coffee wet wastewater treatment was evaluated. For it, two anaerobic systems, one in single-stage (UASB), and another with two-phase (2PUASB) were used. The effect in the anaerobic digestion of three organic loading rates (OLR) and of two reactor configurations used was investigated. OLR operation values in UASB system varied in an interval of 3.6-4.1 kgCOD m-3 d-1, with a recycle rate of the effluent of 1.0. 2PUASB system was fed with OLR similar to those that were used in the reactor in a stage. The acidification reactor was loaded to 11.0 kgCOD m-3 d-1, whereas in the methanogenic reactor varied in the interval of 2.6-4.67 kgCOD m-3 d-1. The use of single-stage and two-phase UASB reactors, under the same operation conditions already before described, a total COD removal efficiency of 75% and 85% for the soluble COD removal efficiency, respectively, was achieved. However, two-phase system showed better results in the treatment of this wastewater type, not only as for removal efficiency of loading organic polluting as well as a smaller volatile fatty acid (VFA) concentration in the effluent. Obtained the best work conditions, the two-phase system under the effect of the recycle was evaluated. Fermentations groups produced were similar to those obtained in the experiment without recycle, indicating that it last one do not affect the relative composition of VFA of the anaerobic reactor, for that reason the degradation pattern of the residue does not change. A recycle rate of 1.0 of the effluent of the methanogenic reactor to the acidogenic reactor improved the process significantly, since it was increased the VFA conversion (31%), the removal of total and soluble fraction of the residue treated (6.5%) and the decrease of the alkalinity consumption (39%); maintaining similar methane productions. The use of the two-phase anaerobic digestion demonstrated to an improvement in the stability of the process and an increase of the operation efficiency and methane production, respectively.

Metamodelo para la definición, implantación y mejora de los procesos de gestión de proyectos

En los últimos años hemos sido testigos de la creciente demanda de software para resolver problemas cada vez más complejos y de mayor valor agregado. Bajo estas circunstancias, nos podemos hacer la siguiente pregunta: ¿Está preparada la industria de software para entregar el software que se necesita en los próximos años, de acuerdo con las demandas del cliente? Hoy en día, muchos expertos creen que el éxito de esta industria dependerá de su capacidad para gestionar los proyectos, las personas y los recursos. En este sentido, la gestión de proyectos es un factor clave para el éxito de los proyectos software en todo el mundo. Además, considerando que las Pequeñas y Medianas Empresas de software (PYMEs) representan el 99,87% de las empresas españolas, es vital para este tipo de empresas la implementación de los procesos involucrados con la gestión de proyectos. Es cierto que existen muchos modelos que mejoran la eficacia de la gestión de proyectos, pero la mayoría de ellos se centra únicamente en dos procesos: la planificación del proyecto y la monitorización y control del proyecto, ninguno de los cuales a menudo es asequible para las PYMEs. Estos modelos se basan en el consenso de un grupo de trabajo designado para establecer cómo debe ser gestionado el proceso software. Los modelos son bastante útiles ya que proporcionan lineamientos generales sobre dónde empezar a mejorar la gestión de los proyectos, y en qué orden, a personas que no saben cómo hacerlo. Sin embargo, como se ha dicho anteriormente, la mayoría de estos modelos solamente funcionan en escenarios dentro de las grandes empresas. Por lo tanto, es necesario adaptar los modelos y herramientas para el contexto de PYMEs. Esta tesis doctoral presenta una solución complementaria basada en la aplicación de un metamodelo. Este metamodelo es creado para mejorar la calidad de los procesos de la gestión de proyectos a través de la incorporación de prácticas eficaces identificadas a través del análisis y estudio de los modelos y normas existentes relacionadas con la gestión de proyectos. viii ProMEP – Metamodelo para la gestión de proyectos Por lo tanto, el metamodelo PROMEP (Gestión de Proyectos basada en Prácticas Efectivas) permitirá establecer un proceso estándar de gestión de proyectos que puede adaptarse a los proyectos de cada empresa a través de dos pasos: En primer lugar, para obtener una fotografía instantánea (o base) de los procesos de gestión de proyectos de las PYMEs se creó un cuestionario de dos fases para identificar tanto las prácticas realizadas y como las no realizadas. El cuestionario propuesto se basa en el Modelo de Madurez y Capacidad Integrado para el Desarrollo v1.2 (CMMI-DEV v1.2). Como resultado adicional, se espera que la aplicación de este cuestionario ayude a las PYMEs a identificar aquellas prácticas que se llevan a cabo, pero no son documentadas, aquellas que necesitan más atención, y aquellas que no se realizan debido a la mala gestión o al desconocimiento. En segundo lugar, para apoyar fácilmente y eficazmente las tareas de gestión de proyectos software del metamodelo PROMEP, se diseñó una biblioteca de activos de proceso (PAL) para apoyar la definición de los procesos de gestión de proyectos y realizar una gestión cuantitativa de cada proyecto de las PYMEs. Ambos pasos se han implementado como una herramienta computacional que apoya nuestro enfoque de metamodelo. En concreto, la presente investigación propone la construcción del metamodelo PROMEP para aquellas PYMEs que desarrollan productos software de tal forma que les permita planificar, monitorizar y controlar sus proyectos software, identificar los riesgos y tomar las medidas correctivas necesarias, establecer y mantener un conjunto de activos de proceso, definir un mecanismo cuantitativo para predecir el rendimiento de los procesos, y obtener información de mejora. Por lo tanto, nuestro estudio sugiere un metamodelo alternativo para lograr mayores niveles de rendimiento en los entornos de PYMEs. Así, el objetivo principal de esta tesis es ayudar a reducir los excesos de trabajo y el tiempo de entrega, y aumentar así la calidad del software producido en este tipo de organizaciones. Abstract In recent years we have been witnessing the increasing demand for software to solve more and more complex tasks and greater added value. Under these circumstances, we can ourselves the following question: Is the software industry prepared to deliver the software that is needed in the coming years, according to client demands? Nowadays, many experts believe that the industry’ success will depend on its capacity to manage the projects, people and resources. In this sense, project management is a key factor for software project success around the world. Moreover, taking into account that small and medium-sized software enterprises (SMSe) are the 99.87% of the Spanish enterprises, it is vital for this type of enterprises to implement the processes involved in project management. It is true that there are many models that improve the project management effectiveness, but most of them are focused only on two processes: project planning and project monitoring and control, neither of which is affordable for SMSe. Such models are based on the consensus of a designated working group on how software process should be managed. They are very useful in that they provide general guidelines on where to start improving the project management, and in which order, to people who do not know how to do it. However, as we said, the majority of these models have only worked in scenarios within large companies. So, it is necessary to adapt these models and tools to the context of SMSe. A complementary solution based on the implementation of a metamodel is presented in this thesis. This metamodel is created to improve the quality of project management processes through the incorporation of effective practices identified through the analysis and study of relevant models and standards related to project management. Thus, the PROMEP (PROject Management based on Effective Practices) metamodel will allow establishing a project management standard process to be tailored to each enterprise’s project through two steps: Firstly, to obtain a baseline snapshot of project management processes in SMSe a two-phase questionnaire was created to identify both performed and nonperformed practices. The x ProMEP – Metamodelo para la gestión de proyectos proposed questionnaire is based on Capability Maturity Model Integration for Development v1.2. As additional result, it is expected that the application of the questionnaire to the processes will help SMSe to identify those practices which are performed but not documented, which practices need more attention, and which are not implemented due to bad management or unawareness. Secondly, to easily an effectively support the software project management tasks in the PROMEP metamodel, a Process Asset Library (PAL) is designed to support the definition of project management processes and to achieve quantitative project management in SMSe. Both steps have been implemented as a computational tool that supports our metamodel approach. Concretely, the present research proposes the accomplishment of the PROMEP metamodel for those SMSe which develop software products and enable them to plan, supervise and control their software projects, identify risks and take corrective actions, establish and maintain a set of process assets, define quantitative models that predict the process performance, and provide improvement information. So, our study suggests an alternative metamodel to achieve higher performance levels in the SMSe environments. The main objective of this thesis is help to reduce software overruns and delivery time, and increase software quality in these types of organizations.

Functional and effective connectivity in MEG. Application to the study of epilepsy

Nuestro cerebro contiene cerca de 1014 sinapsis neuronales. Esta enorme cantidad de conexiones proporciona un entorno ideal donde distintos grupos de neuronas se sincronizan transitoriamente para provocar la aparición de funciones cognitivas, como la percepción, el aprendizaje o el pensamiento. Comprender la organización de esta compleja red cerebral en base a datos neurofisiológicos, representa uno de los desafíos más importantes y emocionantes en el campo de la neurociencia. Se han propuesto recientemente varias medidas para evaluar cómo se comunican las diferentes partes del cerebro a diversas escalas (células individuales, columnas corticales, o áreas cerebrales). Podemos clasificarlos, según su simetría, en dos grupos: por una parte, la medidas simétricas, como la correlación, la coherencia o la sincronización de fase, que evalúan la conectividad funcional (FC); mientras que las medidas asimétricas, como la causalidad de Granger o transferencia de entropía, son capaces de detectar la dirección de la interacción, lo que denominamos conectividad efectiva (EC). En la neurociencia moderna ha aumentado el interés por el estudio de las redes funcionales cerebrales, en gran medida debido a la aparición de estos nuevos algoritmos que permiten analizar la interdependencia entre señales temporales, además de la emergente teoría de redes complejas y la introducción de técnicas novedosas, como la magnetoencefalografía (MEG), para registrar datos neurofisiológicos con gran resolución. Sin embargo, nos hallamos ante un campo novedoso que presenta aun varias cuestiones metodológicas sin resolver, algunas de las cuales trataran de abordarse en esta tesis. En primer lugar, el creciente número de aproximaciones para determinar la existencia de FC/EC entre dos o más señales temporales, junto con la complejidad matemática de las herramientas de análisis, hacen deseable organizarlas todas en un paquete software intuitivo y fácil de usar. Aquí presento HERMES (http://hermes.ctb.upm.es), una toolbox en MatlabR, diseñada precisamente con este fin. Creo que esta herramienta será de gran ayuda para todos aquellos investigadores que trabajen en el campo emergente del análisis de conectividad cerebral y supondrá un gran valor para la comunidad científica. La segunda cuestión practica que se aborda es el estudio de la sensibilidad a las fuentes cerebrales profundas a través de dos tipos de sensores MEG: gradiómetros planares y magnetómetros, esta aproximación además se combina con un enfoque metodológico, utilizando dos índices de sincronización de fase: phase locking value (PLV) y phase lag index (PLI), este ultimo menos sensible a efecto la conducción volumen. Por lo tanto, se compara su comportamiento al estudiar las redes cerebrales, obteniendo que magnetómetros y PLV presentan, respectivamente, redes más densamente conectadas que gradiómetros planares y PLI, por los valores artificiales que crea el problema de la conducción de volumen. Sin embargo, cuando se trata de caracterizar redes epilépticas, el PLV ofrece mejores resultados, debido a la gran dispersión de las redes obtenidas con PLI. El análisis de redes complejas ha proporcionado nuevos conceptos que mejoran caracterización de la interacción de sistemas dinámicos. Se considera que una red está compuesta por nodos, que simbolizan sistemas, cuyas interacciones se representan por enlaces, y su comportamiento y topología puede caracterizarse por un elevado número de medidas. Existe evidencia teórica y empírica de que muchas de ellas están fuertemente correlacionadas entre sí. Por lo tanto, se ha conseguido seleccionar un pequeño grupo que caracteriza eficazmente estas redes, y condensa la información redundante. Para el análisis de redes funcionales, la selección de un umbral adecuado para decidir si un determinado valor de conectividad de la matriz de FC es significativo y debe ser incluido para un análisis posterior, se convierte en un paso crucial. En esta tesis, se han obtenido resultados más precisos al utilizar un test de subrogadas, basado en los datos, para evaluar individualmente cada uno de los enlaces, que al establecer a priori un umbral fijo para la densidad de conexiones. Finalmente, todas estas cuestiones se han aplicado al estudio de la epilepsia, caso práctico en el que se analizan las redes funcionales MEG, en estado de reposo, de dos grupos de pacientes epilépticos (generalizada idiopática y focal frontal) en comparación con sujetos control sanos. La epilepsia es uno de los trastornos neurológicos más comunes, con más de 55 millones de afectados en el mundo. Esta enfermedad se caracteriza por la predisposición a generar ataques epilépticos de actividad neuronal anormal y excesiva o bien síncrona, y por tanto, es el escenario perfecto para este tipo de análisis al tiempo que presenta un gran interés tanto desde el punto de vista clínico como de investigación. Los resultados manifiestan alteraciones especificas en la conectividad y un cambio en la topología de las redes en cerebros epilépticos, desplazando la importancia del ‘foco’ a la ‘red’, enfoque que va adquiriendo relevancia en las investigaciones recientes sobre epilepsia. ABSTRACT There are about 1014 neuronal synapses in the human brain. This huge number of connections provides the substrate for neuronal ensembles to become transiently synchronized, producing the emergence of cognitive functions such as perception, learning or thinking. Understanding the complex brain network organization on the basis of neuroimaging data represents one of the most important and exciting challenges for systems neuroscience. Several measures have been recently proposed to evaluate at various scales (single cells, cortical columns, or brain areas) how the different parts of the brain communicate. We can classify them, according to their symmetry, into two groups: symmetric measures, such as correlation, coherence or phase synchronization indexes, evaluate functional connectivity (FC); and on the other hand, the asymmetric ones, such as Granger causality or transfer entropy, are able to detect effective connectivity (EC) revealing the direction of the interaction. In modern neurosciences, the interest in functional brain networks has increased strongly with the onset of new algorithms to study interdependence between time series, the advent of modern complex network theory and the introduction of powerful techniques to record neurophysiological data, such as magnetoencephalography (MEG). However, when analyzing neurophysiological data with this approach several questions arise. In this thesis, I intend to tackle some of the practical open problems in the field. First of all, the increase in the number of time series analysis algorithms to study brain FC/EC, along with their mathematical complexity, creates the necessity of arranging them into a single, unified toolbox that allow neuroscientists, neurophysiologists and researchers from related fields to easily access and make use of them. I developed such a toolbox for this aim, it is named HERMES (http://hermes.ctb.upm.es), and encompasses several of the most common indexes for the assessment of FC and EC running for MatlabR environment. I believe that this toolbox will be very helpful to all the researchers working in the emerging field of brain connectivity analysis and will entail a great value for the scientific community. The second important practical issue tackled in this thesis is the evaluation of the sensitivity to deep brain sources of two different MEG sensors: planar gradiometers and magnetometers, in combination with the related methodological approach, using two phase synchronization indexes: phase locking value (PLV) y phase lag index (PLI), the latter one being less sensitive to volume conduction effect. Thus, I compared their performance when studying brain networks, obtaining that magnetometer sensors and PLV presented higher artificial values as compared with planar gradiometers and PLI respectively. However, when it came to characterize epileptic networks it was the PLV which gives better results, as PLI FC networks where very sparse. Complex network analysis has provided new concepts which improved characterization of interacting dynamical systems. With this background, networks could be considered composed of nodes, symbolizing systems, whose interactions with each other are represented by edges. A growing number of network measures is been applied in network analysis. However, there is theoretical and empirical evidence that many of these indexes are strongly correlated with each other. Therefore, in this thesis I reduced them to a small set, which could more efficiently characterize networks. Within this framework, selecting an appropriate threshold to decide whether a certain connectivity value of the FC matrix is significant and should be included in the network analysis becomes a crucial step, in this thesis, I used the surrogate data tests to make an individual data-driven evaluation of each of the edges significance and confirmed more accurate results than when just setting to a fixed value the density of connections. All these methodologies were applied to the study of epilepsy, analysing resting state MEG functional networks, in two groups of epileptic patients (generalized and focal epilepsy) that were compared to matching control subjects. Epilepsy is one of the most common neurological disorders, with more than 55 million people affected worldwide, characterized by its predisposition to generate epileptic seizures of abnormal excessive or synchronous neuronal activity, and thus, this scenario and analysis, present a great interest from both the clinical and the research perspective. Results revealed specific disruptions in connectivity and network topology and evidenced that networks’ topology is changed in epileptic brains, supporting the shift from ‘focus’ to ‘networks’ which is gaining importance in modern epilepsy research.

Transcription factors of the bzip factors of the BZIP family affecting arabidopsis thaliana germination sensu stricto

During seed germination, the endosperm cell walls (CWs) suffer an important weakening process mainly driven by hydrolytic enzymes, such are endo-?- mannanases (MAN; EC. 3.2.1.78) that catalyze the cleavage of ?1?4 bonds in the mannan-polymers. In Arabidopsis thaliana seeds, endo-?-mannanase activity increases during seed imbibition, decreasing after radicle emergence1. AtMAN7 is the most highly expressed MAN gene in seeds upon germination and their transcripts are restricted to the micropylar endosperm and to the radicle tip just before radicle emergence. Mutants with a T-DNA insertion in this gene (K.O. MAN7) have a slower germination rate than the wild type (t50=34 h versus t50=25 h). To gain insight into the transcriptional regulation of the AtMAN7 gene, a bioinformatic search for conserved non-coding cis-elements (phylogenetic shadowing) within the Brassicaceae orthologous MAN7 gene promoters has been done and these conserved motives have been used as baits to look for their interacting transcription factors (TFs), using as a prey an arrayed yeast library of circa 1,200 TFs from A. thaliana. The basic leucine zipper AtbZIP44, but not its closely related ortholog AtbZIP11, has been thus identified and its regulatory function upon AtMAN7 during seed germination validated by different molecular and physiological techniques, such are RT-qPCR analyses, mRNA Fluorescence in situ Hybridization (FISH) experiments, and by the establishment of the germination kinetics of both over-expression (oex) lines and TDNA insertion mutants in AtbZIP44. The transcriptional combinatorial network through which AtbZIP44 regulates AtMAN7 gene expression during seed germination has been further explored through protein-protein interactions between AtbZIP44 and other bZIP members. In such a way, AtbZIP9 has been identified by yeast two-hybrid experiments and its physiological implication in the control of AtMAN7 expression similarly established.

Effect of conservation tillage on soil physical properties, in-situ rainwater harvesting, and erosion control in arid and semi-arid regions

La escasez del agua en las regiones áridas y semiáridas se debe a la escasez de precipitaciones y la distribución desigual en toda la temporada, lo que hace de la agricultura de secano una empresa precaria. Un enfoque para mejorar y estabilizar el agua disponible para la producción de cultivos en estas regiones es el uso de tecnologías de captación de agua de lluvia in situ y su conservación. La adopción de los sistemas de conservación de la humedad del suelo in situ, tales como la labranza de conservación, es una de las estrategias para mejorar la gestión de la agricultura en zonas áridas y semiáridas. El objetivo general de esta tesis ha sido desarrollar una metodología de aplicación de labranza de depósito e investigar los efectos a corto plazo sobre las propiedades físicas del suelo de las diferentes prácticas de cultivo que incluyen labranza de depósito: (reservoir tillage, RT), la laboreo mínimo: (minimum tillage, MT), la no laboreo: (zero tillage, ZT) y laboreo convencional: (conventional tillage, CT) Así como, la retención de agua del suelo y el control de la erosión del suelo en las zonas áridas y semiáridas. Como una primera aproximación, se ha realizado una revisión profunda del estado de la técnica, después de la cual, se encontró que la labranza de depósito es un sistema eficaz de cosecha del agua de lluvia y conservación del suelo, pero que no ha sido evaluada científicamente tanto como otros sistemas de labranza. Los trabajos experimentales cubrieron tres condiciones diferentes: experimentos en laboratorio, experimentos de campo en una región árida, y experimentos de campo en una región semiárida. Para investigar y cuantificar el almacenamiento de agua a temperatura ambiente y la forma en que podría adaptarse para mejorar la infiltración del agua de lluvia recolectada y reducir la erosión del suelo, se ha desarrollado un simulador de lluvia a escala de laboratorio. Las características de las lluvias, entre ellas la intensidad de las precipitaciones, la uniformidad espacial y tamaño de la gota de lluvia, confirmaron que las condiciones naturales de precipitación son simuladas con suficiente precisión. El simulador fue controlado automáticamente mediante una válvula de solenoide y tres boquillas de presión que se usaron para rociar agua correspondiente a diferentes intensidades de lluvia. Con el fin de evaluar el método de RT bajo diferentes pendientes de superficie, se utilizaron diferentes dispositivos de pala de suelo para sacar un volumen idéntico para hacer depresiones. Estas depresiones se compararon con una superficie de suelo control sin depresión, y los resultados mostraron que la RT fue capaz de reducir la erosión del suelo y la escorrentía superficial y aumentar significativamente la infiltración. Luego, basándonos en estos resultados, y después de identificar la forma adecuada de las depresiones, se ha diseñado una herramienta combinada (sistema integrado de labranza de depósito (RT)) compuesto por un arado de una sola línea de chisel, una sola línea de grada en diente de pico, sembradora modificada, y rodillo de púas. El equipo fue construido y se utiliza para comparación con MT y CT en un ambiente árido en Egipto. El estudio se realizó para evaluar el impacto de diferentes prácticas de labranza y sus parámetros de funcionamiento a diferentes profundidades de labranza y con distintas velocidades de avance sobre las propiedades físicas del suelo, así como, la pérdida de suelo, régimen de humedad, la eficiencia de recolección de agua, y la productividad de trigo de invierno. Los resultados indicaron que la RT aumentó drásticamente la infiltración, produciendo una tasa que era 47.51% más alta que MT y 64.56% mayor que la CT. Además, los resultados mostraron que los valores más bajos de la escorrentía y pérdidas de suelos 4.91 mm y 0.65 t ha-1, respectivamente, se registraron en la RT, mientras que los valores más altos, 11.36 mm y 1.66 t ha-1, respectivamente, se produjeron en el marco del CT. Además, otros dos experimentos de campo se llevaron a cabo en ambiente semiárido en Madrid con la cebada y el maíz como los principales cultivos. También ha sido estudiado el potencial de la tecnología inalámbrica de sensores para monitorizar el potencial de agua del suelo. Para el experimento en el que se cultivaba la cebada en secano, se realizaron dos prácticas de labranza (RT y MT). Los resultados mostraron que el potencial del agua del suelo aumentó de forma constante y fue consistentemente mayor en MT. Además, con independencia de todo el período de observación, RT redujo el potencial hídrico del suelo en un 43.6, 5.7 y 82.3% respectivamente en comparación con el MT a profundidades de suelo (10, 20 y 30 cm, respectivamente). También se observaron diferencias claras en los componentes del rendimiento de los cultivos y de rendimiento entre los dos sistemas de labranza, el rendimiento de grano (hasta 14%) y la producción de biomasa (hasta 8.8%) se incrementaron en RT. En el experimento donde se cultivó el maíz en regadío, se realizaron cuatro prácticas de labranza (RT, MT, ZT y CT). Los resultados revelaron que ZT y RT tenían el potencial de agua y temperatura del suelo más bajas. En comparación con el tratamiento con CT, ZT y RT disminuyó el potencial hídrico del suelo en un 72 y 23%, respectivamente, a la profundidad del suelo de 40 cm, y provocó la disminución de la temperatura del suelo en 1.1 y un 0.8 0C respectivamente, en la profundidad del suelo de 5 cm y, por otro lado, el ZT tenía la densidad aparente del suelo y resistencia a la penetración más altas, la cual retrasó el crecimiento del maíz y disminuyó el rendimiento de grano que fue del 15.4% menor que el tratamiento con CT. RT aumenta el rendimiento de grano de maíz cerca de 12.8% en comparación con la ZT. Por otra parte, no hubo diferencias significativas entre (RT, MT y CT) sobre el rendimiento del maíz. En resumen, según los resultados de estos experimentos, se puede decir que mediante el uso de la labranza de depósito, consistente en realizar depresiones después de la siembra, las superficies internas de estas depresiones se consolidan de tal manera que el agua se mantiene para filtrarse en el suelo y por lo tanto dan tiempo para aportar humedad a la zona de enraizamiento de las plantas durante un período prolongado de tiempo. La labranza del depósito podría ser utilizada como un método alternativo en regiones áridas y semiáridas dado que retiene la humedad in situ, a través de estructuras que reducen la escorrentía y por lo tanto puede resultar en la mejora de rendimiento de los cultivos. ABSTRACT Water shortage in arid and semi-arid regions stems from low rainfall and uneven distribution throughout the season, which makes rainfed agriculture a precarious enterprise. One approach to enhance and stabilize the water available for crop production in these regions is to use in-situ rainwater harvesting and conservation technologies. Adoption of in-situ soil moisture conservation systems, such as conservation tillage, is one of the strategies for upgrading agriculture management in arid and semi-arid environments. The general aim of this thesis is to develop a methodology to apply reservoir tillage to investigate the short-term effects of different tillage practices including reservoir tillage (RT), minimum tillage (MT), zero tillage (ZT), and conventional tillage (CT) on soil physical properties, as well as, soil water retention, and soil erosion control in arid and semi-arid areas. As a first approach, a review of the state of the art has been done. We found that reservoir tillage is an effective system of harvesting rainwater and conserving soil, but it has not been scientifically evaluated like other tillage systems. Experimental works covered three different conditions: laboratory experiments, field experiments in an arid region, and field experiments in a semi-arid region. To investigate and quantify water storage from RT and how it could be adapted to improve infiltration of harvested rainwater and reduce soil erosion, a laboratory-scale rainfall simulator was developed. Rainfall characteristics, including rainfall intensity, spatial uniformity and raindrop size, confirm that natural rainfall conditions are simulated with sufficient accuracy. The simulator was auto-controlled by a solenoid valve and three pressure nozzles were used to spray water corresponding to different rainfall intensities. In order to assess the RT method under different surface slopes, different soil scooping devices with identical volume were used to create depressions. The performance of the soil with these depressions was compared to a control soil surface (with no depression). Results show that RT was able to reduce soil erosion and surface runoff and significantly increase infiltration. Then, based on these results and after selecting the proper shape of depressions, a combination implement integrated reservoir tillage system (integrated RT) comprised of a single-row chisel plow, single-row spike tooth harrow, modified seeder, and spiked roller was developed and used to compared to MT and CT in an arid environment in Egypt. The field experiments were conducted to evaluate the impact of different tillage practices and their operating parameters at different tillage depths and different forward speeds on the soil physical properties, as well as on runoff, soil losses, moisture regime, water harvesting efficiency, and winter wheat productivity. Results indicated that the integrated RT drastically increased infiltration, producing a rate that was 47.51% higher than MT and 64.56% higher than CT. In addition, results showed that the lowest values of runoff and soil losses, 4.91 mm and 0.65 t ha-1 respectively, were recorded under the integrated RT, while the highest values, 11.36 mm and 1.66 t ha -1 respectively, occurred under the CT. In addition, two field experiments were carried out in semi-arid environment in Madrid with barley and maize as the main crops. For the rainfed barley experiment, two tillage practices (RT, and MT) were performed. Results showed that soil water potential increased quite steadily and were consistently greater in MT and, irrespective of the entire observation period, RT decreased soil water potential by 43.6, 5.7, and 82.3% compared to MT at soil depths (10, 20, and 30 cm, respectively). In addition, clear differences in crop yield and yield components were observed between the two tillage systems, grain yield (up to 14%) and biomass yield (up to 8.8%) were increased by RT. For the irrigated maize experiment, four tillage practices (RT, MT, ZT, and CT) were performed. Results showed that ZT and RT had the lowest soil water potential and soil temperature. Compared to CT treatment, ZT and RT decreased soil water potential by 72 and 23% respectively, at soil depth of 40 cm, and decreased soil temperature by 1.1 and 0.8 0C respectively, at soil depth of 5 cm. Also, ZT had the highest soil bulk density and penetration resistance, which delayed the maize growth and decreased the grain yield that was 15.4% lower than CT treatment. RT increased maize grain yield about 12.8% compared to ZT. On the other hand, no significant differences among (RT, MT, and CT) on maize yield were found. In summary, according to the results from these experiments using reservoir tillage to make depressions after seeding, these depression’s internal surfaces are consolidated in such a way that the water is held to percolate into the soil and thus allowing time to offer moisture to the plant rooting zone over an extended period of time. Reservoir tillage could be used as an alternative method in arid and semi-arid regions and it retains moisture in-situ, through structures that reduce runoff and thus can result in improved crop yields.

Conservation of endangered Lupinus mariae-josephae in its natural habitat by inoculation with selected, native Bradyrhizobium strains

Lupinus mariae-josephae is a recently discovered endemism that is only found in alkaline-limed soils, a unique habitat for lupines, from a small area in Valencia region (Spain). In these soils, L. mariae-josephae grows in just a few defined patches, and previous conservation efforts directed towards controlled plant reproduction have been unsuccessful. We have previously shown that L. mariae-josephae plants establish a specific root nodule symbiosis with bradyrhizobia present in those soils, and we reasoned that the paucity of these bacteria in soils might contribute to the lack of success in reproducing plants for conservation purposes. Greenhouse experiments using L. mariae-josephae trap-plants showed the absence or near absence of L. mariae-josephae-nodulating bacteria in ‘‘terra rossa’’ soils of Valencia outside of L. mariaejosephae plant patches, and in other ‘‘terra rossa’’ or alkaline red soils of the Iberian Peninsula and Balearic Islands outside of the Valencia L. mariae-josephae endemism region. Among the bradyrhizobia able to establish an efficient symbiosis with L. mariae-josephae plants, two strains, LmjC and LmjM3 were selected as inoculum for seed coating. Two planting experiments were carried out in consecutive years under natural conditions in areas with edapho-climatic characteristics identical to those sustaining natural L. mariae-josephae populations, and successful reproduction of the plant was achieved. Interestingly, the successful reproductive cycle was absolutely dependent on seedling inoculation with effective bradyrhizobia, and optimal performance was observed in plants inoculated with LmjC, a strain that had previously shown the most efficient behavior under controlled conditions. Our results define conditions for L. mariae-josephae conservation and for extension to alkaline-limed soil habitats, where no other known lupine can thrive.

Respuesta fisiológica y agronómica del olivar en seto (cv. Arbequina) a la orientación de filas y al ancho de calle: relación entre la producción y calidad del aceite y la radiación interceptada

En las últimas dos décadas, los productores han plantado olivares en seto para lograr la mecanización de la poda y en especial de la cosecha, reducir los costes de mano de obra y permitir intervenciones de manejo rápidas y oportunas. Los olivares se desarrollaron en ausencia del conocimiento científico, sobre el diseño óptimo de la estructura de la copa, necesario para incrementar la producción y calidad del aceite. En contraste, con los árboles muy espaciados y distribuidos uniformemente de las plantaciones tradicionales, en el olivar en seto hay una marcada variabilidad espacial y temporal de la radiación disponible en función del diseño de la plantación. Así, conocer la respuesta fisiológica y productiva del olivo a la radiación resulta fundamental en el olivar en seto. La orientación de las filas y el ancho de calle son aspectos que se deciden en el diseño de las plantaciones en seto. Ambos aspectos modifican la radiación interceptada por la canopia y, por lo tanto, pueden incidir en la productividad y calidad del aceite. Una vez realizada la plantación no pueden ser modificados, y así las ventajas o desventajas permanecerán fijas durante toda la vida productiva del olivar. A pesar de esto, el impacto de la orientación de las filas y el ancho de calle han recibido poca atención en olivos y en la mayoría de los frutales conducidos en seto. Por todo ello, los objetivos principales de esta tesis fueron, (i) evaluar el efecto de la orientación del seto y del ancho de calle, sobre la productividad y calidad del aceite, (ii) evaluar un modelo que estime la radiación dentro de la canopia. Este modelo permitirá cuantificar las relaciones entre la radiación y los componentes del rendimiento y calidad del aceite de olivares en setos con un amplio rango de estructuras y (iii) conocer la variabilidad en las características de las hojas (morfológicas y fisiológicas) y de los tejidos del fruto (tamaño y composición) en diferentes posiciones de la copa de los setos. Para ello, se dispuso de 3 ensayos de olivar en seto (cv. Arbequina) implantados en 2008 en el municipio de La Puebla de Montalbán, Toledo. La primera cosecha fue en 2010 y a partir del 2012 los setos formaron una copa continua. A partir de ese año, los setos se mantuvieron mediante poda, con similar ancho (~1 m) y altura (~2,5 m), acordes a las dimensiones de la cosechadora vendimiadora. En los años 2012 y 2013 se estudió en profundidad la respuesta de las plantas de estos ensayos. En el ensayo 1, los setos fueron plantados con cuatro orientaciones de filas: N–S, NE–SO, NO–SE y E–O y el mismo ancho de calle (4 m). En los otros dos ensayos, los setos fueron plantados con tres anchos de calle (5,0, 4,0 y 2,5 m), y con filas orientadas N–S (ensayo 2) y E–O (ensayo 3). La respuesta de la orientación de las filas se evaluó a nivel de seto y de estratos del seto (alturas y caras), a través de mediciones del crecimiento de brotes, componentes reproductivos, características y temperatura del fruto, estado hídrico del suelo y de las plantas, fotosíntesis neta de las hojas y contenido de ácidos grasos. Los setos orientados NE–SO (2,7 t/ha) lograron la mayor producción de aceite, que fue significativamente más alta que la de los setos E–O (2,3 t/ha). La producción de aceite de los setos E–O no se diferenció estadísticamente de los setos N–S (2,5 t/ha). Las diferencias productivas entre orientaciones fueron explicadas por el número de frutos en cosecha, a su vez la variación en el número de frutos estuvo asociada al efecto de la orientación de las filas sobre el número de yemas desarrolladas y el porcentaje de inflorescencias fértiles. Las hojas en las caras iluminadas de los setos NE–SO y N–S presentaron mayor tasa fotosintética a la mañana (~10.0 h) que los setos E–O, en el año 2012, pero no en 2013. La orientación de las filas no tuvo un efecto significativo en el contenido de ácidos grasos de los aceites extraídos, esto ocurrió a pesar de variaciones en la temperatura interna de los frutos (3 °C) y de la radiación (40%) entre las distintas caras de los setos. La orientación del seto afectó significativamente al contenido relativo de agua del suelo, donde setos E–O presentaron valores más altos (12%) que setos N–S durante el verano y otoño. Sin embargo, el potencial hídrico de tallo fue similar entre orientaciones. En los ensayos 2 y 3, se evaluó el efecto que produce, a nivel de seto y de estratos (caras y alturas), reducir el ancho de calle de 5,0 a 4,0 y 2,5 m, en un seto orientado N–S y otro E–O, respectivamente. La relación entre altura/ancho de calle libre aumentó 0,6 a 0,8 y 1,6, al reducir 5,0, 4,0 y 2,5 m el ancho de calle, mientras la longitud de seto y el volumen de copa por hectárea incrementó 100% al reducir de 5,0 a 2,5 m, el ancho de calle. En los setos orientados N–S, la producción de aceite por ha acumulada en 4 campañas, incrementó significativamente un 52 %, al reducir de 5,0 a 2,5 m el ancho de calle. Los setos N–S con calle más estrecha (2,5 m) tuvieron un 19% menos frutos que los setos con calle más ancha (5,0 m) y a su vez el 60% de los mismos se localizaron los estratos altos de la canopia de los setos con calles estrecha en comparación al 40% en setos con calle de 5,0 m. En los estratos más bajos de los setos con calles de 2,5m hubo menor crecimiento de los brotes y los frutos tuvieron menor peso seco, contenido de aceite y madurez, que los frutos en los estratos bajos de los setos a 5,0 m. Los componentes del rendimiento y características de los frutos (agua y madurez) fueron similares entre la caras E y O, independientemente del ancho de calle. En los setos orientados E–O, la producción de aceite por ha acumulada en 4 campañas, no respondió significativamente al ancho de calle, debido a una disminución significativa en el número de frutos y producción de aceite por m de seto, al reducir de 5,0 a 2,5 m, el ancho de calle. En los setos orientados E–O, con calles de 5,0 m, los frutos presentaron similar peso seco, contenido de aceite y agua, en las caras S y N, sin embargo, cuando la calle fue reducida a 2,5, los frutos de la cara S fueron más pesado y maduros que en la cara N. Independientemente del ancho de calle y de la orientación del seto, el aceite presentó mayor contenido de ácidos palmitoleico, palmítico, esteárico y linoleico en los frutos del estrato más alto de la canopia disminuyendo hacia la base. En contraste, el contenido de ácido oleico aumentó desde el estrato más alto hacia la base de los setos. Las diferencias en el contenido de ácidos grasos entre la parte alta y baja de los setos, incrementó al reducir el ancho de calle en los setos N–S, pero no en los E-O. En conclusión, en olivares en seto, reducir el ancho de calle permite incrementar la producción de aceite, en setos orientados N–S, pero no en E–O. Un modelo que estima la cantidad y distribución de la radiación en toda la copa del seto, fue utilizado para estimar la radiación interceptada en distintos estratos del seto. El modelo requiere un valor del coeficiente de extinción (k) para estimar la transmisión de radiación a través de la copa, el cual fue obtenido experimentalmente (k=1,2). Utilizando los datos del ensayo 1, un único modelo lineal relacionó el peso seco y el rendimiento graso de setos con la radiación interceptada por los distintos estratos de setos con cuatro orientaciones de filas. La densidad de frutos fue también relacionada con la radiación, pero más débilmente. En los setos orientados N–S, plantados con tres anchos de calles, (ensayo 2) el contenido de ácidos palmitoleico y linoleico del aceite incrementó linealmente con el incremento de la radiación interceptada, mientras el contenido ácido oleico disminuyó linealmente con el incremento de la radiación. El contenido de ácidos grasos del aceite no estuvo relacionado con la radiación interceptada en setos orientados E–O (Ensayo 3). En los setos N–S y E–O, plantados con anchos de calle de 2,5 m, se estudiaron las interacciones entre la radiación y características de las hojas, número de fruto, tamaño y composición de los frutos a nivel de órgano, tejido y células. Independientemente de la orientación del seto, el área y el contenido de clorofila de las hojas incrementaron significativamente en los estratos más bajos de los setos. Mientras, las hojas de los estratos medios del seto presentaron mayor capacidad fotosintética que en los estratos bajos y alto de los setos. Los estratos del seto que interceptaron más radiación produjeron frutos con mayor tamaño y contenido de aceite en el mesocarpo, sin efectos sobre el tamaño y composición del endocarpo. A nivel celular, los frutos expuestos a mayor nivel de radiación desarrollaron en el mesocarpo células de mayor tamaño en comparación a frutos menos expuestos, mientras el número de células no fue afectado. Adicionalmente, el número y tamaño de las células estuvo relacionado con la composición del mesocarpo en términos de aceite, agua y peso seco menos aceite. Esta tesis, contribuye, desde una perspectiva integral del cultivo del olivo, a cuantificar el impacto de la orientación y ancho de calle sobre la producción y calidad del aceite en olivares conducidos en setos. El análisis y discusión de la relación entre la radiación y los componentes del rendimiento y calidad del aceite, puede ayudar a diseñar plantaciones en seto con dimensiones óptimas para la intercepción de la radiación. ABSTRACT In the last two decades, olive hedgerow system has been established by commercial growers to allow continuous mechanized pruning and especially harvest, reduce costs of manual labour and allow more rapid and timely management interventions. The adoption of hedgerow was done in the absence of adequate scientific knowledge of the impact of this orchard structure and associated mechanization on tree response, yield and quality, after centuries in low-density orchards and open-formed trees. The row orientation and width alley are fundamental aspects in the hedgerow design and have been scarcely studied in olive. Both aspects modify the radiation intercepted by the canopy, and consequently the productivity and oil quality, and once defined in orchard planting cannot be changed, so advantages and disadvantages remain fixed for the lifespan of the orchard. The main objectives of this thesis were to (i) evaluate the impact of the row orientation and width alley on productivity and oil quality by the measurements of profile of the determining processes of shoot growth, fruit temperature, yield components and fruit and oil characteristics on opposite sides of olive hedgerows. Additionally, the effect of row orientation on the plant water status was also evaluated; (ii) evaluate a mathematical model for estimating the radiation within the canopy and quantify the relationships between the radiation estimated and yield components and oil quality in olive hedgerows under wide range of structures and; (iii) determine the variability in the characteristics of the leaves (morphological and physiological) and fruit tissues (size and composition) in different positions of the hedgerows canopy. Three plots of olive hedgerows (cv. Arbequina) planted in 2008 in La Puebla de Montalbán, Toledo were evaluated during the 2012 and 2013 seasons. The hedgerows were maintained by lateral pruning and topping with the same width (1 m) and height (2.5 m) compatible with the intended harvester. In a plot (experiment 1), the hedgerows were planted with the same width alley (4 m) and four row orientations: N–S, NE–SW, NW–SE and E–W. Other two plots (Experiments 2 and 3) separated by approximately 100 m were planted with N–S and E–O oriented rows and three alley widths in each orientation: 5.0, 4.0 and 2.5 m. In the exp. 1, maximum fruit yield were achieved by NE–SW and NW–SW (15.7 t/ha). Of these, NE–SW achieved the highest oil yield (2.7 t/ha). There were no differences in fruit or oil yield between N–S (2.5 t oil/ha) and E–W (2.3 t oil/ha) orientations. Fruit number was the most important component to explain these differences, by previous influence on number of bud developed and percentage of fertile inflorescences. Fruit maturity and oil quality on both sides of the hedgerows were not affected by row orientation. This occurred despite significant variations in the internal fruit temperature, which was closely related to the irradiance received by the canopy and the time of day. Additionally, row orientation significantly affected the relative water content of the soil, where E–W oriented hedgerows showed consistently higher values than N–S during summer-autumn season. The stem water potential at midday, however, was similar between orientations, revealing possible lower water consumption of E–W than N–S oriented hedgerows. In the exp. 2, regardless of row orientation, reduction of row spacing from 5.0 to 4.0 and 2.5 m increases the ratio of canopy depth to free alley width (Al/An) from 0.6 to 0.8 and 1.6, respectively, and ads 25 and 100 % more hedgerow length per ha. In N–S oriented hedgerows, oil production per ha increased significantly by 14 and 52 % in 4.0 m and 2.5 m relative to 5.0 m row spacing, the effect being proportionally less than the increase in hedgerow length per ha. Hedgerows spaced 2.5 m with Al/An = 1.6 produced relatively fewer fruits per unit length than did wider spacings and were preferentially distributed in upper layers. Fruits located at the bottom of the canopy were smaller, with lower oil content and were less mature. In E–W oriented hedgerows, oil production per ha did not respond significantly to row spacing, despite the doubling of row length from the 5.0 to the 2.5 m row spacing. The explanation was found in fewer fruit per unit length of hedgerow and smaller oil content at 2.5 m than 5.0 m row spacing, averaged over the experimental period. In E–W hedgerows spaced at 5.0 m with Al/An = 0.6, the vertical profiles of fruit characteristics (mass, oil and water contents, and maturity) were similar between opposing sides, but at 4.0 m (Al/An= 0.8) and 2.5 m (Al/An=1.6) spacings, fruits on the S side were heavier and more mature than on N side. The oil extracted from fruits harvested at different heights of N–S and E–W oriented hedgerows showed higher palmitoleic, palmitic, stearic and linoleic contents at the canopy top decreasing toward base. The oleic content was reverse, increased from top to base. In N–S hedgerows, vertical gradients increased by reducing the alley width, but not in the E–W oriented hedgerows. The simulation of internal canopy irradiance was related in a single relationship (R2 = 0.63) to the vertical profiles of fruit weight and oil content of olive hedgerows with wide range of structures. The density of fruits was also associated with the irradiance but more weakly (R2 = 0.27), and revealed a more complex response involving changes in the vegetative structure by canopy management (topping) and the effect of radiation on the previous sequence that defines the number of fruits. The vertical profiles of oil quality traits were closely associated to canopy irradiance, but only when the N–S oriented hedgerows were considered. The contents of palmitoleic and linoleic acid in the oil increased linearly when intercepted irradiance increased from 9 to 19 mol PAR/m2. In contrast, oleic content decreased linearly in this irradiance range. Additionally, we advanced knowledge regarding the interactions among irradiance and leaf, fruit number, size and composition at organ-, tissue- and cellular- levels. The irradiance received at different positions in the canopy strongly affected the leaf area and chlorophyll content, and mesocarp size and composition (water and oil), without effects on endocarp size and composition. At the cellular level, light-exposed fruit developed larger mesocarp cells than shaded fruits, but cell number was not affected. Our results indicate that cell number and size are related to mesocarp composition in term of oil, water, and dry weight menus oil, although the specific manner in which they interact remains to be determined. This research contributes from an integral perspective of olive growing to quantify the impact of row orientation and width alley on productivity and oil quality in hedgerows systems. The analysis and discussion of the relationships between radiation and yield components and oil quality can help understand the impact of design olive hedgerows in general and in a wide range of environmental conditions.

Native bradyrhizobial symbionts of Lupinus mariae-josephae, a unique endemism thriving in alkaline soils in Eastern Spain

Lupinus mariae-josephae (Lmj) es una especie de lupino endémica de una pequeña y específica área de Comunidad Valenciana (Este de España), donde prospera en suelos alcalinoscalcáreos, un hábitat singular para los altramuces, que crecen preferentemente en suelos ácidos o neutros. Esto hace de Lmj una especie de lupino única. Cuando se inició este trabajo, la extensión conocida de este endemismo abarcaba unos 700 kilómetros cuadrados, confinados en la provincia de Valencia. En esta área, Lmj prospera en pequeñas poblaciones aisladas que contienen un número reducido de plantas por lo que se la consideró una especie en peligro de extinción. Todos los esfuerzos, utilizando estrategias clásicas dirigidas a ampliar el área de crecimiento de Lmj y garantizar su conservación, han tenido un éxito limitado. El trabajo que se presenta está dirigido a mejorar el conocimiento de la ecología de Lmj, en particular la interacción simbiótica que establece con bacterias del suelo denominadas rizobios y se centra en la caracterización fenotípica, filogenética y genómica de esos rizobios. También se investiga la posible contribución de la simbiosis en mejorar la conservación de Lmj. Para este fin, se han estudiado diferentes aspectos que se describen a continuación. El primero objetivo se centró en aislar y estudiar de la diversidad genética de las bacterias endosimbióticas de Lmj. . Se realizó un análisis filogenético de genes esenciales que mostró que las cepas de Lmj pertenecen al género Bradyrhizobium y que presentan una gran diversidad con características fenotípicas y simbióticas diferentes de cepas de Bradyrhizobium que nodulan otras especies de lupinos nativos de España (cepas ISLU). Las cepas estudiadas se dividieron en dos grupos (Clado I y Clado II). El Clado I, incluye a las cepas Lmj, definiendo un nuevo linaje, filogenéticamente relacionado con otras especies de Bradyrhizobium, como B. jicamae y B. elkanii. El Clado II contiene cepas ISLU relacionadas con cepas de B. canariense y B. japonicum que establecen simbiosis con lupinos de suelos ácidos. Otro análisis filogenético basado en genes simbióticos, distribuyó las cepas de Lmj en sólo dos grupos diferentes. La singularidad y gran diversidad de estas cepas en una pequeña área geográfica, hacen de este, un atractivo sistema para el estudio de la evolución y adaptación de las bacterias simbióticas a su respectiva planta huésped. Adicionalmente, se estudio la presencia de bacterias capaces de nodular Lmj en suelos básicos de Chiapas, México. Sorprendentemente, estos suelos contienen bacterias capaces establecer interacciones simbióticas eficientes con Lmj en ensayos de invernadero. A continuación se investigó la taxonomía de los endosimbiontes de Lmj analizando la secuencia de cuatro genes esenciales (16S rRNA, recA, glnII y atpD) y el promedio de identidad de nucleótidos de genomas completos de algunas cepas representativas de la diversidad (ANIm). Se identificaron nuevas especies de Bradyrhizobium dentro del Clado I y se definió una de ellas: 'Bradyrhizobium valentinum' sp. nov (cepa tipo LmjM3T = CECT 8364T, LMG 2761T). También se abordó cómo conservar Lmj en su hábitat natural mediante inoculación con alguna de las cepas aisladas. Se demostró la ausencia de bacterias capaces de nodular Lmj en suelos rojos alcalinos o ‘‘terra rossa’’ de la Península Ibérica y Baleares. Dos cepas, altamente eficientes en cuanto a la fijación de nitrógeno, LmjC y LmjM3T, fueron seleccionadas para ser empleadas como inoculantes. Dos experimentos de campo llevados a cabo en años consecutivos en áreas con características edafoclimáticas similares a las que presentan las poblaciones de Lmj, lograron la reproducción exitosa de la planta. Se concluyó que un ciclo reproductivo exitoso de Lmj es absolutamente dependiente de la inoculación con sus simbiontes naturales y que la simbiosis debe ser considerada un factor esencial en estrategias de conservación de leguminosas en peligro. La obtención de varias secuencias genómicas de cepas aisladas de Lmj y de otras cepas de Bradyrhizobium reveló una alta similitud entre los genomas de las cepas del Clado I, y permitió la identificación de cinco posibles nuevas especies. Además, se estudiaron tres agrupaciones de genes relacionados con la simbiosis (nod, nif y fix) definiendo un nuevo linaje para las cepas de Lmj, diferente del symbiovar “genistearum” de B. canariense y B. japonicum. La baja diversidad encontrada en el análisis filogenético de los genes simbióticos contrasta con la gran diversidad asociada a genes esenciales. La presencia de plásmidos en cepas del género Bradyrhizobium ha sido descrita en muy pocas ocasiones, sin embargo el análisis de la secuencia genómica de la cepa ISLU101, aislada de Lupinus angustifolius, reveló la presencia de un origen de replicación extracromosómico homólogo al operón repABC, presente en el plásmido de Bradyrhizobium sp BTAi1. Gracias a esta secuencia se identificaron genes homólogos en 19 de 72 cepas ISLU. Filogenéticamente, las secuencias de repABC se agruparon en un grupo monofilético con las de pBTAi1 y separadas de los rizobios de crecimiento rápido. Finalmente, se identificaron sistemas de secreción de proteínas de tipo III (T3SS) en nueve genomas de cepas de Lmj. Los T3SS pueden inyectar proteínas efectoras al interior de células vegetales. Su presencia en rizobios se ha relacionado con la gama de hospedador que pueden nodular y puede tener un efecto beneficioso, neutro o perjudicial en la simbiosis. Los T3SS de las cepas de Lmj codifican para una proteína efectora similar a NopE, un efector dependiente de T3SS descrito en B. diazoefficiens USDA 110T. La proteína NopE de la cepa LmjC se ha caracterizado bioquímicamente. ABSTRACT Lupinus mariae-josephae (Lmj) is a lupine species endemic of a unique small area in Valencia region (Eastern Spain) where the lupine plants thrive in alkaline-limed soils, which preferentially grow in acid or neutral soils. This is the type of soils native lupines of Spain. When this work was initiated, the extension of the endemic area of Lmj was of about 700 squared kilometers confined to the Valencia province. In this area, Lmj thrives in small, isolated patches containing a reduced number of plants, and points to an endemism that can easily became endangered or extinct. Consequently, the Valencia Community authorities gave a ‘‘microreserve” status for conservation of the species. All efforts, using classical strategies directed to extend the area of Lmj growth and ensure its conservation have been so far unsuccessful. The work presented here is directed to improve our knowledge of Lmj ecology and it is centered in the characterization of the rhizobial symbiosis by phenotypic, phylogenetic and genomic analysis as well as in investigate the potential contribution of the symbiosis to improve its conservation. To this end, five different topics have been studied, and results are briefly described here. Extensive details can be followed en the attached, published articles. The first topic deals with the indigenous rhizobial symbionts of the Lmj endemism, and its genetic diversity was investigated. The Lmj root symbionts belong to the Bradyrhizobium genus, and phylogenetic analysis based on core genes identified a large diversity of Bradyrhizobium strains with phenotypic and symbiotic characteristics different from rhizobia nodulating other Lupinus spp. native of Spain. The strains were split in two clades. Clade II contained strains close to classical B. canariense and B. japonicum lineages that establish symbioses with lupines in acid soils of the Mediterranean area. Clade I included Lmj strains that define a new lineage, close to other Bradyrhizobium species as B. jicamae and B. elkanii. The phylogenetic analysis based on symbiotic genes identified only two distinct clusters. The singularity and large diversity of these strains in such a small geographical area makes this an attractive system for studying the evolution and adaptation of the rhizobial symbiont to the plant host. Additionally, the presence of bacteria able to nodulate Lmj in basic soils from Chiapas, Mexico was investigated. Surprisingly, these soils contain bacteria able to effectively nodulate and fix nitrogen with Lmj plants in greenhouse assays. In the second topic, the taxonomic status of the endosymbiotic bacteria of Lmj from Valencia endemism and Chiapas was investigated. Results from phylogenetic analysis of core genes and Average Nucleotide Identity (ANIm) using draft genomic sequences identified new Bradyrhizobium species within strains of Clade I of Lmj endosymbiotic bacteria. Only one of these potentially new species has been defined, meanwhile the others are under process of characterization. The name ‘Bradyrhizobium valentinum’ sp. nov. was proposed for the defined species (type strain LmjM3T= CECT 8364T, LMG 2761T). The third topic was directed to conservation of endangered Lmj in its natural habitat. The relevant conclusion of this experimentation is that the symbiosis should be considered as a relevant factor in the conservation strategies for endangered legumes. First, we showed absence of bacteria able to nodulate Lmj in all the inspected ‘‘terra rossa’’ or alkaline red soils of the Iberian Peninsula and Balearic Islands. Then, two efficient nitrogen fixing strains with Lmj plants, LmjC and LmjM3T, were selected as inoculum for seed coating. Two planting experiments were carried out in consecutive years under natural conditions in areas with edapho-climatic characteristics identical to those sustaining natural Lmj populations, and successful reproduction of the plant was achieved. The relevant conclusion from these assays was that the successful reproductive cycle was absolutely dependent on seedling inoculation with effective bradyrhizobia The forth topic deep into the analysis of the genomic of Lmj representative strains. To this end, draft genomic sequences of selected Lmj strains and type strains of Bradyrhizobium spp. were assembled. The comparison analysis of the draft genomic sequences of Lmj strains and related Bradyrhizobium species grouped in Clade I, revealed a high genomic homology among them, and allowed the definition of five potentially new species of Lmj nodulating bacteria. Also, based on the available draft genomic sequences, only three clusters of nod, fix and nif genes from Lmj strains were identified and showed to define a new symbiotic lineage, distant from that of B. canariense and B. japonicum bv. genistearum. The low diversity exhibited by the phylogenetic analysis of symbiotic genes contrast with the large diversity of strains as regards the housekeeping genes analyzed. Besides, the genomic analysis of a Lupinus angustifolius strain ISLU101, revealed the presence of an extrachromosomal replication origin homologous to repABC cluster from plasmid present in Bradyrhizobium spp BTAi1. This repABC cluster gene sequence allowed the identification of extrachromosomic replication origin in 19 out of 72 Bradyrhizobium strains from Lupinus spp., a highly significant result since the absence of plasmids in the Bradyrhizobium genus was traditionally assumed. The repABC gene sequences of these strains grouped them in a unique monophyletic group, related to B. sp. BTAi1 plasmid, but differentiated from the repABC gene cluster of plasmids in fast growing rhizobium strains. The last topic was focused on characterization of type III secreted effectors present in Lmj endosymbiotic bacteria. Type III secretion systems (T3SS) are specialized protein export machineries which can deliver effector proteins into plant cells. The presence of T3SS in rhizobia has frequently been related to the symbiotic nodulation host-range and may have a beneficial or detrimental effect on the symbiosis with legumes. In this context, the presence of T3SS in genomes of nine Lmj strains was investigated, and it was shown the presence of clusters encoding NopE type III-secreted protein similar to the NopE1 and NopE2 of B. diazoefficiens USDA 110T. The putative NopE protein of LmjC strain is at present being characterized regarding its structure and function.

Maintaining distances with the engineer: patterns of coexistence in plant communities beyond the patch-bare dichotomy

Two-phase plant communities with an engineer conforming conspicuous patches and affecting the performance and patterns of coexisting species are the norm under stressful conditions. To unveil the mechanisms governing coexistence in these communities at multiple spatial scales, we have developed a new point-raster approach of spatial pattern analysis, which was applied to a Mediterranean high mountain grassland to show how Festuca curvifolia patches affect the local distribution of coexisting species. We recorded 22 111 individuals of 17 plant perennial species. Most coexisting species were negatively associated with F. curvifolia clumps. Nevertheless, bivariate nearest-neighbor analyses revealed that the majority of coexisting species were confined at relatively short distances from F. curvifolia borders (between 0-2 cm and up to 8 cm in some cases). Our study suggests the existence of a fine-scale effect of F. curvifolia for most species promoting coexistence through a mechanism we call 'facilitation in the halo'. Most coexisting species are displaced to an interphase area between patches, where two opposite forces reach equilibrium: attenuated severe conditions by proximity to the F. curvifolia canopy (nutrient-rich islands) and competitive exclusion mitigated by avoiding direct contact with F. curvifolia.

Negative density dependence and environmental heterogeneity effects on tree ferns across succession in a tropical montane forest.

Although tree ferns are an important component of temperate and tropical forests, very little is known about their ecology. Their peculiar biology (e.g., dispersal by spores and two-phase life cycle) makes it difficult to extrapolate current knowledge on the ecology of other tree species to tree ferns. In this paper, we studied the effects of negative density dependence (NDD) and environmental heterogeneity on populations of two abundant tree fern species, Cyathea caracasana and Alsophila engelii, and how these effects change across a successional gradient. Species patterns harbor information on processes such as competition that can be easily revealed using point pattern analysis techniques. However, its detection may be difficult due to the confounded effects of habitat heterogeneity. Here, we mapped three forest plots along a successional gradient in the montane forests of Southern Ecuador. We employed homogeneous and inhomogeneous K and pair correlation functions to quantify the change in the spatial pattern of different size classes and a case-control design to study associations between juvenile and adult tree ferns. Using spatial estimates of the biomass of four functional tree types (short- and long-lived pioneer, shade- and partial shade-tolerant) as covariates, we fitted heterogeneous Poisson models to the point pattern of juvenile and adult tree ferns and explored the existence of habitat dependencies on these patterns. Our study revealed NDD effects for C. caracasana and strong environmental filtering underlying the pattern of A. engelii. We found that adult and juvenile populations of both species responded differently to habitat heterogeneity and in most cases this heterogeneity was associated with the spatial distribution of biomass of the four functional tree types. These findings show the effectiveness of factoring out environmental heterogeneity to avoid confounding factors when studying NDD and demonstrate the usefulness of covariate maps derived from mapped communities.

Diseño de separadores mediante aplicación informática = Computer Application for Sepators Design

Programa informático desarrollado en plataforma EXCEL (VBA) y dirigido al diseño de Separadores de dos y tres fases, verticales y horizontales. El programa de ordenador o aplicación tiene la capacidad de determinar las propiedades físicas del fluido, utilizando diferentes correlaciones sobre la base del “Black Oil Model”, con dichas propiedades el Programa predice el tipo de flujo presente. Si el tipo de flujo es “Slug Flow” el programa determinara las dimensiones del “Slug catcher” necesario. Bajo las condiciones de funcionamiento existentes el programa diseñará el separador elegido: dos o tres fases, vertical u horizontal. Por último, la aplicación informática estimará el coste del equipo. Abstract Computer program developed in EXCEL (VBA) platform and aimed for the design of Two-Phase, Three-Phase, Vertical or Horizontal Separators. The computer Program or Application has the capability to determine the fluid physical properties utilizing different correlations on the basis of the Black Oil Model, with those Properties the Program will predict the Flow Regime present. If the flow regime is Slug Flow the program will determine the necessary slug catcher dimensions. Under certain operational conditions the program will design the selected: Two-Phase or Three-Phase, Vertical or Horizontal Separator. Finally the computer Application will estimate the cost of the equipment.