DNA banking for plant breeding, biotechnology and biodiversity evaluation.

The manipulation of DNA is routine practice in botanical research and has made a huge impact on plant breeding, biotechnology and biodiversity evaluation. DNA is easy to extract from most plant tissues and can be stored for long periods in DNA banks. Curation methods are well developed for other botanical resources such as herbaria, seed banks and botanic gardens, but procedures for the establishment and maintenance of DNA banks have not been well documented. This paper reviews the curation of DNA banks for the characterisation and utilisation of biodiversity and provides guidelines for DNA bank management. It surveys existing DNA banks and outlines their operation. It includes a review of plant DNA collection, preservation, isolation, storage, database management and exchange procedures. We stress that DNA banks require full integration with existing collections such as botanic gardens, herbaria and seed banks, and information retrieval systems that link such facilities, bioinformatic resources and other DNA banks. They also require efficient and well-regulated sample exchange procedures. Only with appropriate curation will maximum utilisation of DNA collections be achieved.

Whole genome sequencing in patients with retinitis pigmentosa reveals pathogenic DNA structural changes and NEK2 as a new disease gene.

We performed whole genome sequencing in 16 unrelated patients with autosomal recessive retinitis pigmentosa (ARRP), a disease characterized by progressive retinal degeneration and caused by mutations in over 50 genes, in search of pathogenic DNA variants. Eight patients were from North America, whereas eight were Japanese, a population for which ARRP seems to have different genetic drivers. Using a specific workflow, we assessed both the coding and noncoding regions of the human genome, including the evaluation of highly polymorphic SNPs, structural and copy number variations, as well as 69 control genomes sequenced by the same procedures. We detected homozygous or compound heterozygous mutations in 7 genes associated with ARRP (USH2A, RDH12, CNGB1, EYS, PDE6B, DFNB31, and CERKL) in eight patients, three Japanese and five Americans. Fourteen of the 16 mutant alleles identified were previously unknown. Among these, there was a 2.3-kb deletion in USH2A and an inverted duplication of ∼446 kb in EYS, which would have likely escaped conventional screening techniques or exome sequencing. Moreover, in another Japanese patient, we identified a homozygous frameshift (p.L206fs), absent in more than 2,500 chromosomes from ethnically matched controls, in the ciliary gene NEK2, encoding a serine/threonine-protein kinase. Inactivation of this gene in zebrafish induced retinal photoreceptor defects that were rescued by human NEK2 mRNA. In addition to identifying a previously undescribed ARRP gene, our study highlights the importance of rare structural DNA variations in Mendelian diseases and advocates the need for screening approaches that transcend the analysis of the coding sequences of the human genome.

Clínica do cuidado de enfermagem na terapia intensiva: aliança entre técnica, tecnologia e humanização

Pesquisa de campo, qualitativa, cujo objetivo foi caracterizar a clínica do cuidado de enfermagem específica da terapia intensiva. Para isso forma realizadas observação e entrevista com 21 enfermeiros de uma unidade de terapia intensiva. Os resultados evidenciaram oito características desta clínica, que abarcam tanto a subjetividade quanto a objetividade, traduzidas em: interação, diálogo, princípios humanísticos, vigilância, conhecimento e domínio do maquinário. Em razão dessa clínica, a subjetividade nem sempre expressa-se de modo claro e a objetividade exige capacitação dos enfermeiros para cuidar na terapia intensiva. Conclui-se que a clínica do cuidado de enfermagem na terapia intensiva alia técnica, tecnologia e humanização, que fundamentam os cuidados de enfermagem que lá se realizam.

An investigation of the potential of DIP-STR markers for DNA mixture analyses

The genetic characterization of unbalanced mixed stains remains an important area where improvement is imperative. In fact, using the standard tools of forensic DNA profiling (i.e., STR markers), the profile of the minor contributor in mixed DNA stains cannot be successfully detected if its quantitative share of DNA is less than 10% of the mixed trace. This is due to the fact that the major contributor's profile "masks" that of the minor contributor. Besides known remedies to this problem, such as Y-STR analysis, a new compound genetic marker that consists of a Deletion/Insertion Polymorphism (DIP) linked to a Short Tandem Repeat (STR) polymorphism, has recently been developed and proposed [1]. These novel markers are called DIP-STR markers. This paper compares, from a statistical and forensic perspective, the potential usefulness of these novel DIP-STR markers (i) with traditional STR markers in cases of moderately unbalanced mixtures, and (ii) with Y-STR markers in cases of female-male mixtures. This is done through a comparison of the distribution of 100,000 likelihood ratio values obtained using each method on simulated mixtures. This procedure is performed assuming, in turn, the prosecution's and the defence's point of view.

Um Sistema de Gestão Portuária baseada na Tecnologia Workflow

A crescente complexidade da gestão portuária, a rápida evolução dos meios tecnológicos aliada à enorme demanda que os sistemas de informação têm no seio das organizações como ferramenta de suporte á execução de diferentes processos, faz com que haja uma enorme pressão na procura de novas soluções para um problema colocado já inúmeras vezes: como conceber sistemas, que desenvolvidas e disponibilizadas no mais curto espaço de tempo, sejam impulsionadores de mudanças efectivas nos processos de negócio. No contexto de uma empresa de gestão portuária em que tipicamente há diferentes entidades implicadas nos processos de negócio conceber tais sistemas é um enorme desafio. Neste trabalho pretendemos seguir uma nova abordagem para um Sistema de Gestão Portuária utilizando Tecnologias que permitem implementar a automatização de processos – Sistemas de Gestão de Workflow.

Chemiluminescent DNA probes: evaluation and usefulness in forensic cases.

Five phosphatase-labelled oligonucleotide probes were evaluated in respect to their sensitivity, with the help of an optimized chemiluminescent protocol, for DNA-VNTR polymorphism determination. Their usefulness for the identification of biological traces is illustrated with casework examples.

Differential DNA extraction of challenging simulated sexual assault samples: a Swiss collaborative study.

ABSTRACT: In sexual assault cases, autosomal DNA analysis of gynecological swabs is a challenge, as the presence of a large quantity of female material may prevent the detection of the male DNA. A solution to this problem is differential DNA extraction, but as there are different protocols, it was decided to test their efficiency on simulated casework samples. Four difficult samples were sent to the nine Swiss laboratories active in the forensic genetics. They used their routine protocols to separate the epithelial cell fraction, enriched with the non-sperm DNA, from the sperm fraction. DNA extracts were then sent to the organizing laboratory for analysis. Estimates of male to female DNA ratio without differential DNA extraction ranged from 1:38 to 1:339, depending on the semen used to prepare the samples. After differential DNA extraction, most of the ratios ranged from 1:12 to 9:1, allowing the detection of the male DNA. Compared to direct DNA extraction, cell separation resulted in losses of 94-98% of the male DNA. As expected, more male DNA was generally present in the sperm than in the epithelial cell fraction. However, for about 30% of the samples, the reverse trend was observed. The recovery of male and female DNA was highly variable depending on the laboratories. Experimental design similar to the one used in this study may help for local protocol testing and improvement.

Targeting of DNA polymerase to the adenovirus origin of DNA replication by interaction with nuclear factor I.

Efficient initiation by the DNA polymerase of adenovirus type 2 requires nuclear factor I (NFI), a cellular sequence-specific transcription factor. Three functions of NFI--dimerization, DNA binding, and activation of DNA replication--are colocalized within the N-terminal portion of the protein. To define more precisely the role of NFI in viral DNA replication, a series of site-directed mutations within the N-terminal domain have been generated, thus allowing the separation of all three functions contained within this region. Impairment of the dimerization function prevents sequence-specific DNA binding and in turn abolishes the NFI-mediated activation of DNA replication. NFI DNA-binding activity, although necessary, is not sufficient to activate the initiation of adenovirus replication. A distinct class of NFI mutations that abolish the recruitment of the viral DNA polymerase to the origin also prevent the activation of replication. Thus, a direct interaction of NFI with the viral DNA polymerase complex is required to form a stable and active preinitiation complex on the origin and is responsible for the activation of replication by NFI.

Avaliação do Impacto de um Sistema /Tecnologia de Informação numa Organização. Estudo do caso da Escola Secundária “Jorge Barbosa.”

As organizações têm investido quantias avultadas em tecnologias de informação (TI), com o intuito de aumentar a produtividade e a qualidade dos serviços e produtos. Porém, o impacto deste investimento sobre o desempenho da organização como um todo e dos utilizadores finais é de difícil mensuração. Esta dificuldade de avaliação produz um acréscimo das incertezas dos decisores em decidir sobre novos investimentos em tecnologias de informação (TI). Medir objectivamente o sucesso de um sistema de informação (SI) é uma tarefa difícil de ser alcançada. Desta forma, investigações têm sido conduzidas no sentido de avaliar sistemas de informações (SI) pela mensuração da satisfação do utilizador final. A satisfação do utilizador é crucial para avaliar sistemas de informação, pois estes determinam o retorno do investimento no que concerne a produtividade individual e da organização. Este trabalho apresenta o processo de avaliação de um SI para a gestão académica, desenvolvida pelo Núcleo Operacional para a Sociedade de Informação (NOSI). Com este trabalho, pretende-se realizar um estudo de caso na escola Secundária “Jorge Barbosa”onde recentemente foi implementado um sistema de informação denominado de Sistema Integrado e Gestão Escolar (SIGE) onde se averiguou as mudanças ocorridas nos vários domínios da organização, a exploração dos benefícios e dos desafios trazidos pela implementação do sistema.

A importância da tecnologia da informação e comunicação nas Organizações de Serviços de Contabilidade

Este trabalho tem como foco central demonstrar a importância das Tecnologias da Informação e Comunicação (TIC) na Contabilidade, visando o acréscimo de sua eficiência, e a rapidez dos serviços indispensáveis a uma economia globalizada. O desenvolvimento da TIC trouxe mudanças significativas na elaboração das actividades Contabilísticas, proporcionando maiores ganhos de produtividade e mais eficiência nos seus trabalhos. Entretanto, as Organizações de Serviços de Contabilidade terão sempre a necessidade de acompanhar os avanços da TIC, para atender as necessidades de um mercado cada vez mais exigente. Desse modo, demonstra-se também a importância dos métodos informatizados para atender às exigências legais, à recuperação de informações através dos arquivos electrónicos, o que torna as empresas mais protegidas, visando facilitar as auditorias, confirmar a contribuição da empresa para o desenvolvimento socioeconómico e valorizar a actuação dos Contabilísticas.This work focuses on demonstrating the central importance of Information and Communication Technology (ICT) in Accounting, aiming to increase its efficiency, speed of services essential to a globalized economy. The development of ICT has brought about significant changes in the preparation of accounting activities, providing higher productivity gains and greater efficiencies in its work. However, Accounting Services Organizations will always need to monitor the progress of ICT to meet the needs of an increasingly demanding market. Thus, it also demonstrates the importance of computerized methods to meet legal requirements, the recovery of information through the electronic archives, which makes companies more protection, facilitating audits, confirming the company's contribution to the development socio-economic and values the activity of Accounting.

ParA2, a Vibrio cholerae chromosome partitioning protein, forms left-handed helical filaments on DNA.

Most bacterial chromosomes contain homologs of plasmid partitioning (par) loci. These loci encode ATPases called ParA that are thought to contribute to the mechanical force required for chromosome and plasmid segregation. In Vibrio cholerae, the chromosome II (chrII) par locus is essential for chrII segregation. Here, we found that purified ParA2 had ATPase activities comparable to other ParA homologs, but, unlike many other ParA homologs, did not form high molecular weight complexes in the presence of ATP alone. Instead, formation of high molecular weight ParA2 polymers required DNA. Electron microscopy and three-dimensional reconstruction revealed that ParA2 formed bipolar helical filaments on double-stranded DNA in a sequence-independent manner. These filaments had a distinct change in pitch when ParA2 was polymerized in the presence of ATP versus in the absence of a nucleotide cofactor. Fitting a crystal structure of a ParA protein into our filament reconstruction showed how a dimer of ParA2 binds the DNA. The filaments formed with ATP are left-handed, but surprisingly these filaments exert no topological changes on the right-handed B-DNA to which they are bound. The stoichiometry of binding is one dimer for every eight base pairs, and this determines the geometry of the ParA2 filaments with 4.4 dimers per 120 A pitch left-handed turn. Our findings will be critical for understanding how ParA proteins function in plasmid and chromosome segregation.

La tecnologia dels primers pobladors de l'Europa occidental

El projecte de recerca titulat La tecnologia dels primers pobladors de l’Europa occidental s’ha centrat en l’anàlisi i comparació dels instruments lítics procedents d’una selecció de jaciments arqueològics de les illes Britàniques (Happisburgh sites 3 i 1, Pakefield, Boxgrove i High Lodge) i de la península Ibèrica (Sima del Elefante, Gran Dolina, Galería i la Boella). L’objectiu principal era avaluar si el primer poblament del continent mostrava o no una homogeneïtat tecnològica, si s’observaven patrons temporals similars, i si es podien distingir línies evolutives diferents en l’àmbit comportamental durant el primer mig milió d’anys de presència humana a Europa. El pla de treball ha consistit essencialment en una estada de membres de l’IPHES de Anglaterra i en una estada dels membres anglesos a Catalunya. A banda, s’ha generat un contracte de suport tècnic a l’IPHES, que ha permès gestionar satisfactòriament bona part de les dades obtingudes. Aquestes accions, a banda de consolidar la xarxa de científica anglo-catalana establerta en el marc de la convocatòria PBR de 2008, han permès obtenir un coneixement de primera mà tant dels jaciments com dels materials arqueològics presos en consideració. Els resultats preliminars obtinguts en aquest projecte estan actualment en discussió, i de ben segur tindran un paper central a l’hora de formular noves hipòtesis relatives al primer poblament humà d’Europa.

Tecnologia educacional na gestão de cuidados: perfil tecnológico de enfermeiros de hospitais portugueses

RESUMO Objetivo Identificar o perfil tecnológico de enfermeiros de hospitais portugueses. Método Estudo exploratório quantitativo, realizado em dois hospitais da região norte e um da região central de Portugal. A amostra foi aleatória e contou com960 enfermeiros. Resultados Dos partícipes 420 (46,1%) utilizavam ocomputador, 196 (23,4%) referiram que têm conhecimento da utilização do computador para o ensino, 174 (21,1%)utilizaram o computador para ensino, 112 (15,1%) reconhecem que a utilização do computador pode ser um meio tecnológico para completar a formação presencial, 477 (61,6%) gostariam de receber formação sobre a utilização do computador e 382 (40,9%) referiram autoaprendizagem em informática. Em relação ao ensino a distância 706 (74,9%) relataram que não estão familiarizados e 752 (76,4%) referiram interesseem participar em formaçõesnesta modalidade. Conclusão As organizações devem estar atentas ao perfil tecnológico que se desenha neste grupo de enfermeiros e procurar formas de introduzir as tecnologias educacionais na gestão de cuidados.