Évolution de familles de gènes par duplications et pertes : algorithmes pour la correction d’arbres bruités

Les gènes sont les parties du génome qui codent pour les protéines. Les gènes d’une ou plusieurs espèces peuvent être regroupés en "familles", en fonction de leur similarité de séquence. Cependant, pour connaître les relations fonctionnelles entre ces copies de gènes, la similarité de séquence ne suffit pas. Pour cela, il est important d’étudier l’évolution d’une famille par duplications et pertes afin de pouvoir distinguer entre gènes orthologues, des copies ayant évolué par spéciation et susceptibles d’avoir conservé une fonction commune, et gènes paralogues, des copies ayant évolué par duplication qui ont probablement développé des nouvelles fonctions. Étant donnée une famille de gènes présents dans n espèces différentes, un arbre de gènes (obtenu par une méthode phylogénétique classique), et un arbre phylogénétique pour les n espèces, la "réconciliation" est l’approche la plus courante permettant d’inférer une histoire d’évolution de cette famille par duplications, spéciations et pertes. Le degré de confiance accordé à l’histoire inférée est directement relié au degré de confiance accordé à l’arbre de gènes lui-même. Il est donc important de disposer d’une méthode préliminaire de correction d’arbres de gènes. Ce travail introduit une méthodologie permettant de "corriger" un arbre de gènes : supprimer le minimum de feuilles "mal placées" afin d’obtenir un arbre dont les sommets de duplications (inférés par la réconciliation) sont tous des sommets de "duplications apparentes" et obtenir ainsi un arbre de gènes en "accord" avec la phylogénie des espèces. J’introduis un algorithme exact pour des arbres d’une certaine classe, et une heuristique pour le cas général.

Autobiographie et engagement : l’ambiguïté du genre et le discours politique de L’Amérique au jour le jour comme laboratoire scripturaire dans l’œuvre de Simone de Beauvoir

L’objet de ce mémoire est d’explorer le lien étroit qui existe entre la pratique de l’autobiographie et l’écriture comme forme d’engagement dans l’œuvre de Simone de Beauvoir, grâce à une analyse du genre ambigu de L’Amérique au jour le jour et des discours politiques qu’il renferme. Bien que L’Amérique au jour le jour constitue le corpus principal de ce mémoire, nous utiliserons aussi des textes contemporains à la rédaction du journal de voyage américain pour guider notre classification générique, dont les Lettres à Nelson Algren, les Lettres à Sartre et Les Mandarins, ainsi que les volumes de l’ensemble autobiographique beauvoirien qui portent sur l’après-guerre, même si ceux-ci sont postérieurs à la rédaction du journal. À l’aide de concepts issus de la poétique des genres, comme les questions de hiérarchie, de proportion, d’intention et de programme, et de l’éthique de l’engagement de l’écrivain telle que définie par la notion sartrienne de l’engagement, nous tenterons de démontrer que l’ambiguïté générique de L’Amérique au jour le jour relève d’une action délibérée de l’auteure visant à mettre en péril son capital symbolique pour assurer la crédibilité de son engagement intellectuel. Une fois les concepts précités définis, le deuxième chapitre de notre mémoire s’attardera à explorer toutes les facettes de l’ambiguïté générique du journal américain, alors que le troisième chapitre démontrera le lien entre les écritures intimes et l’engagement, tout en explorant les formes que prend l’engagement dans le livre. Pour ce faire, nous analyserons trois discours politiques tenus par Beauvoir dans son œuvre : la critique du consumérisme américain, la critique de la condition des Noirs et la critique de la femme américaine. Nous conclurons notre mémoire en démontrant que L’Amérique au jour le jour est devenu une sorte de matrice dans la pratique autobiographique et scripturaire de Simone de Beauvoir, ainsi que dans son engagement.

Mythes et intertextes bibliques dans l'oeuvre d'Anne Hébert

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Écritures composites : interférences génériques et médiatiques chez Hubert Aquin et Alain Robbe-Grillet

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

La figure de l'enfant et la symbolique du lait dans le logion 22 de l'EvTh et dans la tradition paléochrétienne

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Communication et pratiques du langage : trois siècles de discours sur le Japon en langue française

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Mélancolie postcoloniale : relecture de la mémoire collective et du lieu d'appartenance identitaire chez Patrick Chamoiseau et Émile Ollivier

La présente thèse vise à analyser le thème de la mélancolie postcoloniale et son utilisation stratégique dans huit romans de Patrick Chamoiseau (Solibo Magnifique, Texaco, Biblique des derniers gestes et Un dimanche au cachot) et d’Émile Ollivier (Mère-Solitude, Passages, Les urnes scellées et La Brûlerie). Sous l’éclairage de la psychanalyse et de la critique postcoloniale, nous définissons cette notion fondamentale comme suit : un psychisme ambivalent entraîné par la perte ou le manque de certains objets d’attachement ––– objets qui sont en l’occurrence la mémoire collective et/ou le lieu d’appartenance identitaire. Comment et pourquoi ce thème se manifeste-t-il dans notre corpus ? Notre hypothèse est que l’utilisation dudit thème serait plus le résultat de leur choix stratégique que l’effet de leur état psychique. C’est afin d’examiner leurs propres problématiques des construction et perception identitaires dans le contexte postcolonial que ces écrivains mettent en récit une telle situation de manque mnémonique et spatial à travers l’écriture romanesque. Afin de mieux élucider la manifestation textuelle de ce thème, nous divisons celui-ci en deux motifs : la « non-histoire » et le « non-lieu ». En nous appuyant principalement sur les réflexions d’Édouard Glissant, de Takayuki Nakamura et de Marc Augé, nous définissons ces concepts comme deux aspects de la mélancolie postcoloniale : situation de manque de la mémoire collective et celle du lieu d’appartenance identitaire. Nos analyses de ces deux motifs sur un plan stylistique, narratologique, structurel et théorique permettent d’examiner de plus près les points de convergence et de divergence entre l’écriture romanesque de Chamoiseau et celle d’Ollivier. En nous fondant sur les quatre études dans la deuxième partie concernant la mise en récit de la non-histoire, nous analysons les utilisations stratégiques de ce motif afin de voir la mise en récit de la « vision prophétique du passé » (É. Glissant). Nous élucidons ensuite en quoi consiste cette vision temporelle paradoxale : choix de genres littéraires tels que le récit policier (Mère-Solitude et Solibo Magnifique) et le récit du retour au pays natal (Les urnes scellées et Bibliques des derniers gestes). Ce choix narratif se réfère toujours à ce que nous nommons la méthode inductive de la narration. La troisième partie, composée encore de quatre études, éclaire les stratégies de la description du lieu. Nous en déduisons une modalité sui generis de la description spatiale que nous appelons, d’après Marc Augé, l’« évocation prophétique d’espaces ». Cette stratégie descriptive se représente notamment par la spatialisation métaphorique de l’identité créole (Texaco et Un dimanche au cachot) ou migrante (Passages et La Brûlerie). En conclusion, nous résumons ces analyses pour en extraire les points communs et divergents entre les utilisations stratégiques de la mélancolie postcoloniale chez Chamoiseau et Ollivier. Entre autres aspects, nous constatons que la mise en récit de la vulnérabilité due à la mélancolie postcoloniale constitue leur positionnement esthétique et éthique afin qu’ils puissent réfléchir aux constructions et perception identitaires au sein du monde actuel devenu plus que jamais flou et fluide.

Julien Macho et sa contribution à la vie culturelle de Lyon

Cette thèse veut déterminer la contribution de Julien Macho, membre de l’Ordre des ermites de saint Augustin de Lyon, à la vie culturelle de son époque. Son œuvre n’est pas, à proprement parler, une œuvre originale, mais un ensemble de traductions du latin au français, de corrections et d’éditions de textes religieux ou moraux. Ses livres ont été publiés dans une courte période, entre 1473 et 1480, et plusieurs rééditions, de la fin du 15e s. et du début du 16e s., sont connues. Il est question, à cette époque, à Lyon comme ailleurs en France, d’un grand désordre dans l’organisation religieuse et les critiques se font entendre de part et d’autre du pays. Devant la décadence de l’Église, la piété privée commence à se développer, une piété qui a besoin d’un nouveau support pour rendre accessibles les enseignements moraux à une population bourgeoise de plus en plus lettrée. Or, conscient de ces récents développements, Macho oriente tout son travail dans le but précis de rejoindre, en langue vernaculaire, un vaste auditoire. L’objectif de cette thèse de doctorat est d’analyser une partie de l’œuvre de Macho dans le but de mieux comprendre les intentions de l’auteur. Ce but premier permettra aussi de documenter, par un biais nouveau, une période charnière du développement intellectuel occidental, le passage du Moyen Âge à la Renaissance. Le travail comporte trois parties. Dans la première partie, il a fallu entreprendre une étude approfondie des contextes social, historique et intellectuel de cette période : tout d’abord, l’histoire de l’Ordre des ermites de saint Augustin et de l’enseignement offert à leurs membres, dans le contexte de la spiritualité en France à la fin du 15e siècle; par la suite, il convenait de présenter un survol de la ville de Lyon, de son Église et du développement de l’imprimerie dans cette ville. La deuxième partie porte sur les œuvres attribuées, à tort ou à raison, à Macho, vu la carence de recherches sur Julien Macho lui-même, et sur une enquête systématique pour apporter une preuve de l’existence de ce traducteur. La troisième partie s’attache à une lecture de deux œuvres de l’augustin lyonnais : une de longue tradition littéraire, Ésope, l’adaptation d’un recueil de fables, et une religieuse, rattachée à la pratique religieuse contemporaine, le Mirouer de la redemption de lumain lignage. Ésope est l’œuvre la plus originale de Macho, c’est-à-dire l’ouvrage où il est le plus intervenu comparativement au texte original. La comparaison avec sa source, l’Äsop latin-allemand d’Heinrich Steinhöwel, a montré comment le fabuliste lyonnais s’en est détaché pour ajouter à son texte un grand nombre de proverbes. Le Mirouer de la redemption de lumain lignage, une somme de toutes les observances de la vie religieuse et des lectures qu’un chrétien doit connaître, intègre des parties d’une autre œuvre bien connue, la Légende dorée, une pratique que l’on ne retrouve pas dans les autres traductions françaises du Speculum humanae salvationis. Loin d’être une analyse exhaustive de l’œuvre, la compilation des citations et du contenu même du texte permet de cerner en quoi consistait une certaine pratique de la religion au 15e siècle. Il en résulte un panorama du contexte culturel dans lequel vivait Julien Macho, théologien, prieur et traducteur et des œuvres qui lui sont attribuée. Un personnage dont l’étude montre un intellectuel représentatif de son époque, la fin du 15e siècle.

Les critiques et les pratiques de l’oralité et de l’écriture dans la tradition philosophique grecque de l’Antiquité

À la lecture d’ouvrages philosophiques anciens, nous sommes souvent surpris par la virulence des critiques adressées à l’écriture, dans la mesure où ces critiques nous parviennent au moyen de textes écrits. N’est-il pas paradoxal de tout à la fois rejeter et utiliser une même technologie ? Ou est-ce que les pratiques de l’oralité et de l’écriture des philosophes grecs, telles que ceux-ci les décrivent dans leurs ouvrages, peuvent être cohérentes avec leurs critiques ? Notre thèse visait, d’une part, à répondre à ce questionnement en confrontant les pratiques des philosophes anciens aux critiques qu’ils adressent à l’écriture, par le biais d’une étude systématique des discours sur la lecture et l’écriture dans des textes anciens d’auteurs et d’époques variés, et notamment des textes qui n’ont pas l’écriture pour objet. D’autre part, comme les travaux déjà publiés sur ce thème tentaient le plus souvent de trouver le point de rupture entre la tradition orale et la tradition écrite (cf. Havelock 1963, Lentz 1989), nous avons voulu inscrire notre objet d’étude dans une plus longue durée, ce qui nous a permis de constater qu’une rupture radicale entre les philosophes de tradition orale et ceux appartenant à la tradition écrite n’avait pas eu lieu, et que l’on observait plutôt une continuité des critiques et des pratiques de l’oralité et de l’écriture depuis l’époque classique jusqu’à l’Antiquité tardive. Malgré le développement de nouveaux supports matériels pour l’écriture, l’émergence d’une religion du livre, et la mise à l’écrit des poèmes homériques, la tradition philosophique grecque témoigne d’un usage circonspect de l’écriture et du refus de rejeter définitivement l’oralité.

La mémoire en mouvance

Dans ce mémoire, il s’agit de développer et d’appliquer une méthode qui peut saisir le manuel scolaire comme objet de l’analyse historique et de l’analyse du discours. La méthode cible le livre seulement et combine des outils littéraires et historiques, quantitatifs et qualitatifs, en essayant de tenir compte de l’expérience du livre. L’analyse porte sur la narration de la guerre de Corée dans les manuels de six pays (Allemagne RDA et RFA, la Chine RPC, les États-Unis, le Chili et l’Argentine) de deux moments différents (1962 et 1992). La guerre de Corée a été un événement majeur de la Guerre froide entre les mondes capitalistes et communistes et a contribué à la course aux armements nucléaires. Elle a installé le modèle de la guerre par procuration comme solution de conflits entre les deux idéologies. Une comparaison large d’un événement précis peut nous donner des indications sur le fonctionnement des différents niveaux de la mémoire d’une société et expliquer des éléments du fonctionnement des cycles historiographiques.

La lecture intertextuelle de L'ivrogne dans la brousse d'Amos Tutuola

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Le rôle du théâtre engagé dans la construction d'un Québec "moderne" : 1965-1976

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Le paradoxe dans les Alices de Lewis Carroll : la force du littéraire dans la théorisation de l'irrésoluble /

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Effet d'une intervention infirmière de soutien favorisant l'autodétermination sur la pratique des auto-soins chez des patients atteints d'insuffisance cardiaque

L’insuffisance cardiaque (IC) est une maladie chronique dont les symptômes sévères peuvent mener à des hospitalisations répétées. Pour gérer ces symptômes, le plan de traitement implique plusieurs auto-soins, par exemple une diète limitée en sel et en liquide, ce qui est parfois difficile à respecter. Le but de la présente étude pilote randomisée à deux groupes (n = 16 / groupe) était d’évaluer la faisabilité, l’acceptabilité et l’efficacité préliminaire d’une intervention infirmière favorisant la pratique des auto-soins des patients atteints d’IC. L’intervention est basée sur la théorie de l’autodétermination (TAD) qui promeut l’autonomie dans la pratique des auto-soins. L’autodétermination est favorisée par le sentiment de compétence perçue, d’autonomie et d’affiliation. Pour soutenir le besoin d’affiliation, un aidant principal participe à l’intervention qui consiste en cinq entrevues chez le groupe d’intervention (GI) dont deux durant l’hospitalisation et trois par un appel téléphonique suite au congé. Les interventions découlant de cette théorie incluent par exemple de proposer des choix plutôt que d’imposer des restrictions, d’éviter la critique, de favoriser l’empathie et le renforcement positif. Les entrevues ont servi également à guider les aidants principaux pour qu’ils soutiennent à leur tour l’autodétermination de leur parent atteint d’IC. Les résultats soutiennent la faisabilité et l’acceptabilité de l’intervention évaluée dans la présente étude et permettent d’améliorer la pratique des auto-soins avec des résultats favorables pour la majorité des hypothèses évaluées. Ces résultats prometteurs permettront de guider la pratique clinique et offrent des pistes de recherches futures.

"Faites un roi, sinon faites la guerre" : l’Action française durant la Grande Guerre (1914-1918)

L’Action française fut un mouvement idéologique et intellectuel marquant de l’histoire politique et culturelle de la Troisième république. Elle défendait, au moyen d’une rhétorique nationaliste et antirépublicaine, ainsi que d’un militantisme tapageur et d’un journal quotidien, l’idée d’une restauration de la monarchie en France sur les ruines d’une démocratie qu’elle estimait viciée et délétère. Durant la Grande Guerre, elle mit cependant en veilleuse son combat royaliste et se recentra sur son patriotisme. Cette approche la mena à appuyer pendant tout le conflit les gouvernements de défense nationale issus d’une Union sacrée résolument républicaine et à se poser comme l’un des principaux remparts contre les menaces à la nation, qu’elles soient intérieures ou extérieures. À l’issue du conflit, l’Action française était ainsi devenue un acteur politique reconnu et elle avait acquis une notoriété intellectuelle inédite. Cette volte-face notable n’a néanmoins été que très peu abordée de front dans l’historiographie du mouvement. Le présent mémoire vise à y remédier par l’examen du parcours politique et de l’évolution idéologique de l’Action française à partir de l’analyse des chroniques à saveur politique publiées dans son quotidien entre 1914 et 1918, ainsi que de rapports d’enquêtes de la Sûreté générale du ministère de l’Intérieur. Cette étude dresse un portrait plutôt bigarré de ce parcours et de cette évolution. En effet, au moment où le journal et les maîtres de l’Action française attinrent une renommée singulière grâce à leur discours et leurs campagnes guidés par l’intérêt national, son militantisme fut en contrepartie pratiquement annihilé par la mobilisation militaire. De même, malgré son adhésion de principe à la trêve politique que fut l’Union sacrée, l’Action française ne délaissa pas pour autant son procès idéologique du régime républicain et la valorisation de son projet royaliste. La façon dont l’Action française a commenté et pris part à la vie politique de la Grande Guerre révèle également cette équivoque, tout en offrant un portrait singulier des grands débats de cette période.