The InterPro Database, 2003 brings increased coverage and new features.

InterPro, an integrated documentation resource of protein families, domains and functional sites, was created in 1999 as a means of amalgamating the major protein signature databases into one comprehensive resource. PROSITE, Pfam, PRINTS, ProDom, SMART and TIGRFAMs have been manually integrated and curated and are available in InterPro for text- and sequence-based searching. The results are provided in a single format that rationalises the results that would be obtained by searching the member databases individually. The latest release of InterPro contains 5629 entries describing 4280 families, 1239 domains, 95 repeats and 15 post-translational modifications. Currently, the combined signatures in InterPro cover more than 74% of all proteins in SWISS-PROT and TrEMBL, an increase of nearly 15% since the inception of InterPro. New features of the database include improved searching capabilities and enhanced graphical user interfaces for visualisation of the data. The database is available via a webserver (http://www.ebi.ac.uk/interpro) and anonymous FTP (ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro).

Comunicación entre los componentes de un sistema de detección de ataques coordinados

Aquest projecte consisteix en la implementació i avaluació d’una infraestructura de comunicacions per a una plataforma de detecció d’atacs coordinats, basada en el paradigma publicador/subscriptor per a l’intercanvi de missatges IDMEF. Per implementar aquest sistema s’ha fet servir xmlBlaster i s’han desenvolupat les interfícies necessàries per a fer transparent l’accés a la informació de la xarxa de comunicacions. El resultat és una plataforma escalable que permet l’intercanvi eficient de informació entre els diferents elements distribuïts del sistema de detecció.

Text2Emotion: un gestor d'experiències SOA : extracció d'emocions per al suport a la gestió de relació amb clients

Customer Experience Management (CEM) se ha convertido en un factor clave para el éxito de las empresas. CEM gestiona todas las experiencias que un cliente tiene con un proveedor de servicios o productos. Es muy importante saber como se siente un cliente en cada contacto y entonces poder sugerir automáticamente la próxima tarea a realizar, simplificando tareas realizadas por personas. En este proyecto se desarrolla una solución para evaluar experiencias. Primero se crean servicios web que clasifican experiencias en estados emocionales dependiendo del nivel de satisfacción, interés, … Esto es realizado a través de minería de textos. Se procesa y clasifica información no estructurada (documentos de texto) que representan o describen las experiencias. Se utilizan métodos de aprendizaje supervisado. Esta parte es desarrollada con una arquitectura orientada a servicios (SOA) para asegurar el uso de estándares y que los servicios sean accesibles por cualquier aplicación. Estos servicios son desplegados en un servidor de aplicaciones. En la segunda parte se desarrolla dos aplicaciones basadas en casos reales. En esta fase Cloud computing es clave. Se utiliza una plataforma de desarrollo en línea para crear toda la aplicación incluyendo tablas, objetos, lógica de negocio e interfaces de usuario. Finalmente los servicios de clasificación son integrados a la plataforma asegurando que las experiencias son evaluadas y que las tareas de seguimiento son automáticamente creadas.

Diseño centrado en el usuario y usabilidad en entorno táctil

En este trabajo se realiza un prototipo siguiendo un diseño centrado en el usuario, además se estudiaran los distintos tipos de pantallas táctiles que existen actualmente en el mercado y la forma de cómo conseguir una aplicación fácil y manejable.

DCU per a la configurabilitat d'una estació de treball clínic

Gairebé un 50% dels metges de la sanitat catalana realitzen actualment les seves tasques assistencials en entorns SAP. Donada la naturalesa de la seva feina, és fàcil afirmar que les aplicacions que utilitzen habitualment haurien d'haver estat desenvolupades centrant l'atenció en l'usuari i el context en què aquest realitza la seva feina. Però degut a diversos motius organitzatius, això no ha estat així. Aquest projecte pretén demostrar el valor afegit que pot aportar el Disseny Centrat en l'Usuari en el desenvolupament d'aplicacions assistencials en l'àmbit SAP Sanitat. S'ha realitzat una investigació prèvia de les necessitats reals dels usuaris, un anàlisi del context d'ús i dels diferents perfils de usuari, s'ha desenvolupat un prototip amb la nova tecnologia que aporta SAP per al desenvolupament de interfícies tipus web integrades en el sistema (SAP Webdynpro for ABAP), i finalment s'ha realitzat la corresponent avaluació heurística i el test de usuaris. S'ha arribat principalment a tres conclusions: en primer lloc, ha sorprès la bona disposició dels usuaris metges per a participar en aquesta mena de projectes; en segon lloc, ha quedat demostrada la importància de l'anàlisi del context, així com la rellevància que el dissenyador estigui quan més a prop millor de l'usuari final; i finalment, cal destacar que la tecnologia emprada ha limitat qualitativament diverses opcions de disseny.

Accessibilitat web : cas d'anàlisi a partir de les WCAG 1.0 i WCAG 2.0

El document analitza, de forma manual i detallada, l'accessibilitat de 10 pàgines web del portal de la UOC en base a les 14 pautes i 65 punts de validació de les WCAG 1.0 i en base als quatre principis de les WCAG 2.0 que a la vegada s'organitzen en 12 directius i 61 criteris de conformitat.

Análisis de usabilidad y diseño de un supermercado online

En este trabajo se realiza un estudio de usabilidad para la elaboración óptima de una Web de un supermercado de alimentación online. Para tal fin, se sigue la filosofía del Diseño Centrado en el Usuario. En primer lugar, se presenta un análisis del problema de cara a identificar los requisitos básicos de usabilidad que necesita una Web de esta tipología: se estudia la literatura previa sobre el tema, se consulta a los usuarios y se realiza un análisis comparativo de las principales Webs de supermercados online de ámbito nacional. En segundo lugar, se procede a la elaboración de un prototipo basado en la información recogida en la fase de análisis, y teniendo en cuenta la estructura mental de los usuarios en cuanto a la organización de los productos, obtenida mediante la técnica del card sorting. Finalmente, se procede a evaluar la calidad del prototipo elaborado con una evaluación heurística llevada a cabo por expertos. De todo ello se obtienen una serie de recomendaciones que todo sitio Web de comercio electrónico (en especial supermercados de alimentación) debería cumplir si quiere ofrecer una Web adaptada a las necesidades del usuario.

La accesibilidad web en los repositorios institucionales : la UOC a examen

Breve revisión de la accesibilidad web del repositorio institucional de la UOC e información sobre herramientas de validación automática de sitios web.

Developmental and Anatomical Constraints on Vertebrate Genome Evolution

Pendant ma thèse de doctorat, j'ai utilisé des espèces modèles, comme la souris et le poisson-zèbre, pour étudier les facteurs qui affectent l'évolution des gènes et leur expression. Plus précisément, j'ai montré que l'anatomie et le développement sont des facteurs clés à prendre en compte, car ils influencent la vitesse d'évolution de la séquence des gènes, l'impact sur eux de mutations (i.e. la délétion du gène est-elle létale ?), et leur tendance à se dupliquer. Où et quand il est exprimé impose à un gène certaines contraintes ou au contraire lui donne des opportunités d'évoluer. J'ai pu comparer ces tendances aux modèles classiques d'évolution de la morphologie, que l'on pensait auparavant refléter directement les contraintes s'appliquant sur le génome. Nous avons montré que les contraintes entre ces deux niveaux d'organisation ne peuvent pas être transférées simplement : il n'y a pas de lien direct entre la conservation du génotype et celle de phénotypes comme la morphologie. Ce travail a été possible grâce au développement d'outils bioinformatiques. Notamment, j'ai travaillé sur le développement de la base de données Bgee, qui a pour but de comparer l'expression des gènes entre différentes espèces de manière automatique et à large échelle. Cela implique une formalisation de l'anatomie, du développement et de concepts liés à l'homologie grâce à l'utilisation d'ontologies. Une intégration cohérente de données d'expression hétérogènes (puces à ADN, marqueurs de séquence exprimée, hybridations in situ) a aussi été nécessaire. Cette base de données est mise à jour régulièrement et disponible librement. Elle devrait contribuer à étendre les possibilités de comparaison de l'expression des gènes entre espèces pour des études d'évo-devo (évolution du développement) et de génomique. During my PhD, I used model species of vertebrates, such as mouse and zebrafish, to study factors affecting the evolution of genes and their expression. More precisely I have shown that anatomy and development are key factors to take into account, influencing the rate of gene sequence evolution, the impact of mutations (i.e. is the deletion of a gene lethal?), and the propensity of a gene to duplicate. Where and when genes are expressed imposes constraints, or on the contrary leaves them some opportunity to evolve. We analyzed these patterns in relation to classical models of morphological evolution in vertebrates, which were previously thought to directly reflect constraints on the genomes. We showed that the patterns of evolution at these two levels of organization do not translate smoothly: there is no direct link between the conservation of genotype and phenotypes such as morphology. This work was made possible by the development of bioinformatics tools. Notably, I worked on the development of the database Bgee, which aims at comparing gene expression between different species in an automated and large-scale way. This involves the formalization of anatomy, development, and concepts related to homology, through the use of ontologies. A coherent integration of heterogeneous expression data (microarray, expressed sequence tags, in situ hybridizations) is also required. This database is regularly updated and freely available. It should contribute to extend the possibilities for comparison of gene expression between species in evo-devo and genomics studies.

Accessibilitat web : revisió d'accessibilitat del repositori documental de la UOC, Dspace

Aquest treball fi de carrera tracta sobre les normes d'accessibilitat WCAG 2.0 ("Web Content Accessibility Guidelines"). Són una sèrie de pautes i recomanacions per fer el contingut web més accessible, sobretot a una gamma més àmplia de persones amb discapacitat, com ceguesa i baixa visió, sordesa i la pèrdua d'audició, problemes d'aprenentatge, limitacions cognitives, limitacions de moviments, problemes de parla, fotosensibilitat i combinacions d'aquestes. Seguint aquestes directrius també fan sovint el contingut del seu web més usable per als usuaris en general.Les WCAG 2.0, recomanació oficial des del 11 de desembre de 2008, s'organitzen en 4 principis fonamentals per a l'accessibilitat del contingut: perceptible, operable, comprensible i robust.En total conformen 12 pautes o directrius (guidelines), els dos primers principis tenen quatre pautes associades, el tercer té tres i l'últim una pauta. Aquestes pautes proporcionen els objectius bàsics per fer el contingut accessible, i serveixen per comprendre els criteris d'èxit i implementar-los. S'han definit 60 criteris d'èxit o punts de comprovació que defineixen el nivell d'accessibilitat (A, AA o AAA).Per altra banda, s'analitzaran alternatives al programari que empra la UOC, Dspace, com a repositori de documentació. D'aquestes alternatives es valorarà sobretot l'aspecte d'accessibilitat per tal de determinar si l'elecció del Dspace ha estat l'opció més adient. També es s'analitzaran algunes planes del repositori de la UOC per tal de verificar el nivell de compliment de de les WCAG 2.0.Al mateix temps es farà una recerca d'eines que ens puguin ajudar en l'avaluació de l'accessibilitat i s'anomenaran en els punts que ens puguin ajudar cadascuna d'aquestes.

Accessibilitat web en el repositori de la UOC

Aquest treball te com a propòsit informar sobre si certes planes web (proporcionades a l'enunciat del TFC) compleixen les pautes d'accessibilitat web i determinar si la UOC ha pres la decisió encertada utilitzant Dspace per gestionar les seves publicacions digitals. Les planes web que tractarem, pertanyen al repositori de documents de la UOC, és a dir, un espai de divulgació on podem desar i consultar documentació en format digital.

Anàlisi d'accessibilitat WCAG 2.0 del repositori institucional de la UOC (O2)

Estudi sobre repositoris institucionals de documents digitals i anàlisi de 5 pàgines web del repositori institucional de la UOC (O2) en base a la guia d'accessibilitat per a continguts web (WCAG 2.0), que consta de 4 principis, 12 pautes i 61 criteris de conformitat.

WCAG, els repositoris de documents i la UOC

L'objectiu del present document de Treball de Final de Carrera consisteix en l'anàlisi automàtic de cinc pàgines del repositori de documents de la UOC, i l'anàlisi dels diferents repositoris de documents existents al mercat, tot comparant-los amb el Dspace, que és el repositori que actualment utilitza la UOC. Per realitzar l'anàlisi primer s'ha fet una cerca per trobar les eines de revisió automàtica existents al mercat. Desprès d'analitzar-les, s'han escollit les cinc millors i s'han utilitzat per analitzar el compliment de les pautes d'accessibilitat de les normes WCAG 1.0 i 2.0 Posteriorment s'ha fet una cerca per trobar els diferents repositoris de documents que actualment existeixen, per escollir els tres millors, i després, utilitzant l'eina TAW de revisió automàtica de la normativa WCAG 1.0 i 2.0, s'ha fet una comparativa de com implementen aquest repositoris l'accessibilitat web. Com a conclusió, és pot afirmar que la UOC està utilitzant el millor repositori de documents que existeix a l'actualitat, Dspace, aquest repositori és també el més utilitzat a nivell mundial. La implementació que ha realitzat la UOC del Dspace, tenint en compte l'accessibilitat, és correcte, encara que és pot millorar. Com també és poden millorar les eines de validació automàtiques, ja que els resultats que obtenen analitzant les mateixes pàgines són molt diferents.

Estudi dels portals web de consulta bibliogràfica mèdica i disseny d'un prototip

L'estudi tracta d'establir les bases per al disseny d'un lloc web de consulta bibliogràfica mèdica des del punt de vista de la Interacció Humana amb l'Ordinador (IHO) tenint en compte els principis del Disseny Centrat en l'Usuari (DCU). En una primera part, l'estudi analitza un conjunt de portals ja existents d'aquesta temàtica i d'ús freqüent entre els professionals sanitaris. En una segona part, es proposa un prototip de portal web amb idees noves que millorin i proporcionin un valor afegit a les ja existents.