Using GIS to map the spatial and temporal occurrence of cholera epidemic in Camaroon

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies

Variation in protein expression levels in cell populations

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Systems Biology

Integration of Membrane Filtration and Photolysis Processes for Drinking Water Treatment

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Engineering and Technology Sciences, Chemical Engineering.

Regulation of gene expression by SnRK1 kinases and miRNAs during the plant stress response

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Plant Physiology

A integração da Saúde Mental na estratégia saúde da família : perspectivas dos gerentes da atenção primária de São Paulo

RESUMO: Introdução: A integração da saúde mental (SM) na atenção primária (AP) é a principal garantia de acesso da população às boas práticas em SM. Embora amplamente recomendada há décadas, existem poucos modelos de integração efetiva da SM na AP. Em 2008 o Ministério da Saúde do Brasil criou o Núcleo de Apoio à Saúde da Família (NASF), que passou a ser o responsável pela integração da SM na AP. O objetivo deste estudo é conhecer, a partir da ótica dos gerentes da AP, como se dá a integração da SM na AP, suas visões sobre o NASF e sugestões para melhorar este modelo de integração. A partir dos resultados apresentaremos recomendações para aperfeiçoar o modelo vigente de integração da SM na AP. Método: Pesquisa qualitativa, de caráter exploratório, com orientação analítica – descritiva. Foram realizadas 10 entrevistas semi-estruturadas com gerentes da AP, na região metropolitana de São Paulo. Trabalhou-se com o conceito de amostragem intencional, utilizando como critério de escolha os casos extremos ou desviantes. Foi utilizado o método da Análise Estrutural ou Framework Analysis, uma modalidade de análise de conteúdo. Resultados: Os entrevistados consideraram haver mais barreiras do que facilitadores à integração da SM na AP. As barreiras e facilitadores apresentados estavam relacionados ao contexto social, fatores organizacionais, e componentes pessoais das equipes de trabalhadores. Os gerentes mostram não ter clareza sobre como operacionalizar suas ideias sobre integração da SM na AP e sobre o escopo das intervenções da SM na AP. Na visão dos gerentes a atuação do NASF ainda é incapaz de promover o cuidado integrado. Conclusões: A maior dificuldade não é criar a política de integração da SM na AP, mas viabilizar sua implementação. Recomenda-se aperfeiçoamento do processo de trabalho do NASF e investigações sobre a natureza e exequibilidade do apoio matricial no contexto da AP.--------------ABSTRACT: Introduction: The integration of mental health (MH) in primary care (PC) is the main guarantee of access to good practices in MH. Although widely recommended for decades, there are few models of effective integration of MH in PC. In 2008 the Brazilian Ministry of Health created the Core of Support for the Family Health Strategy (NASF), to be the responsible for the integration of MH in PC. This study aims understanding the PC manager’s perspective about the integration of MH in PC, their visions about the NASF and their suggestions to improve this model of integrated care. Based on results we will present recommendations to improve NASF’s model of integration MH in PC. Method: Qualitative research, exploratory and analytical descriptive study. We conducted 10 semi-structured interviews with PC managers, in the metropolitan region of Sao Paulo. We worked with the concept of intentional sampling, using as a criterion for choosing the extreme or deviant cases. We used the Framework Analysis methodological approach, a method of contente analysis. Results: The interviewees considered that there are more barriers than facilitators for the integration of MH in PC. The barriers and facilitators presented were related to the social context,organizational factors, and personal component of the PC staff. Managers’ shows not have clarity about how implement their ideas about integration of MH in PC and about the scope of the interventions of MH in PC. The NASF is still unable to promote the integrated care in managers perception. Conclusions: The biggest difficulty is not to create a policy of integration of MH in PC, but its implementation. It is recommended to improve the NASF work process and to research about the nature and feasibility of matrix support in the context of PC.

Análise não linear do comportamento dinâmico de passadiços pedonais pré-fabricados

Os terramotos têm sido considerados uma das forças mais destrutivas e violentas da natureza, causando grandes tragédias e perdas económicas significativas. O objetivo principal do presente estudo é avaliar o comportamento global e local de três pontes pedonais, pré-fabricadas, durante a ação sísmica regulamentar. Através destas análises, pretende-se avaliar o risco de colapso das estruturas por “descalçamento” do tabuleiro e, caso necessário, propor soluções para evitar este fenómeno e melhorar o desempenho sísmico dos passadiços. No domínio de pontes, o “descalçamento dos apoios” é um tipo de rotura que pode ocorrer em estruturas com tramos simplesmente apoiados, onde os problemas surgem geralmente na interface de ligação tabuleiro-pilar, podendo conduzir ao derrubamento do primeiro. Este tipo de ligação é geralmente constituído por um conjunto de varões de aço – ferrolhos, chumbados verticalmente ao capitel do pilar e que atravessam placas de neoprene, ficando instalados no negativo das vigas. A selagem dos varões é normalmente realizada com argamassa de alta resistência. Os problemas que surgem neste tipo de ligação estão associados, a maior parte das vezes, à falta de manutenção e ao insuficiente comprimento de entrega do tabuleiro na zona dos aparelhos de apoio. A simulação do comportamento da estrutura durante as várias fases construtivas e aplicação de cargas, até ao colapso total, implica a utilização de uma ferramenta adequada. A modelação numérica foi efetuada com recurso ao programa de cálculo não-linear de estruturas Extreme Loading for Structures, baseado no Método dos Elementos Aplicados. O método considera os efeitos da não-linearidade física e geométrica, permitindo analisar o comportamento das estruturas durante a fase elástica e inelástica, passando pela cedência das armaduras, abertura e propagação de fendas até à separação dos elementos. Com base neste trabalho, foi possível verificar alterações significativas na resposta sísmica da estrutura, nomeadamente devido à eventual degradação dos ferrolhos.

Follow the red road of triheme cytochromes in Geobacter sulfurreducens

The bacterium Geobacter sulfurreducens (Gs) is capable of oxidizing a large variety of compounds relaying electrons out of the cytoplasm and across the membrane in a process designated as extracellular electron transfer. The Gs genome was fully sequenced and a family composed by five periplasmic triheme cytochromes c7 (designated PpcA-E) was identified. These cytochromes play an important role in the reduction of extracellular acceptors. They contain approximately 70 amino acids, three heme groups with bis-histidinyl axial coordination, and share between 57 and 77% sequence identity. The triheme cytochrome PpcA is highly abundant in Gs and is most likely the reservoir of electrons destined for outer surface. In addition to its role in electron transfer pathways this protein can perform e-/H+ energy transduction, a process that is disrupted when the strictly conserved aromatic residue phenylalanine 15 is replaced by a leucine (PpcAF15L). This Thesis focuses on the expression, purification and characterization of these proteins using Nuclear Magnetic Resonance and ultraviolet-visible spectroscopy. The orientations of the heme axial histidine ring planes and the orientation of the heme magnetic axis were determined for each Gs triheme cytochrome. The comparison of the orientations obtained in solution with the crystal structures available showed significant differences. The results obtained provide the paramagnetic constraints to include in the future refinement of the solution structure in the oxidized state. In this work was also determined the solution structure and the pH-dependent conformational changes of the PpcAF15L allowing infer the structural origin for e-/H+ energy transduction mechanism as shown by PpcA. Finally, the backbone and side chain NH signals of PpcA were used to map interactions between this protein and the putative redox partner 9,10-anthraquinone-2,6-disulfonate (AQDS). In this work a molecular interaction was identified for the first time between PpcA and AQDS, constituting the first step toward the rationalization of the Gs respiratory chain.

A cor como abrigo: a arquitectura como cuidado

A presente tese intitulada “A cor como abrigo: a arquitectura como cuidado” tem por objectivo fortalecer a ligação entre a “Teoria das Cores” de Goethe e a arquitectura. Para isso a nossa estratégia foi recuperar os conceitos de espaço e corpo. Ambos começam por ser tomados como realidades físicas mas pouco a pouco vai-se mostrando que tal coisa como uma abordagem ‘puramente física’ do espaço e do corpo não é possível - talvez porque não exista. Mesmo a medicina (ao contrario do que possamos pensar primeiro) é uma ciência que não só reconhece o carácter diáfano do corpo como diariamente luta para ir além de uma concepção do corpo enquanto coisa física por perceber que o corpo é determinado por formas e funções mas sobretudo como tomado por forças. Um exemplo extremo desta interacção entre espaço e corpo (ligados através da arquitectura), onde o carácter diáfano de ambos ganha evidência, é na arquitectura de hospitais, que abordamos por último: “o que é um espaço vivido que tem por principal função restaurar o corpo do seu estado de doença?” As referencias principais são J.W. Goethe, Ludwig Wittgenstein, Edmund Husserl, Gilles Deleuze, Christian Norberg- Schulz, Frank Lloyd Wright and Tadao Ando. *********************************************************************This PhD research thesis titled: "Colour as shelter: architecture as care" has as its main goal to strengthen an existing relation between Goethe's Theory of Colours and Architecture. In order to do that our strategy was to use space and body as guiding concepts. Both start as being considered from a pure physical point of view but as our theme develops we see that a “pure physical point of view” concerning space and body it is not possible – perhaps because it does not exist. Medicine (unlike we may think at first) it is a science that not only acknowledges the diaphanous character of the body as daily, tries to go beyond the conception of body as physical thing understanding that the body is determined by forms and functions but mostly taken by forces. An extreme example of the interaction between space and body (linked through architecture), where the diaphanous character of both is evident, is Healthcare architecture: "what is a lived space that has as main function to restore the body of its illness"? Main references are: J.W. Goethe, Ludwig Wittgenstein, Edmund Husserl, Gilles Deleuze, Christian Norberg-Schulz, Frank Lloyd Wright and Tadao Ando.

Método dos elementos aplicados na simulação numérica do arrancamento de armaduras

Uma das propriedades do betão armado que foi alvo de maior número de estudos, ao longo dos tempos, é a aderência. Esta é uma das propriedades mais importantes a considerar na construção, pois dela depende o desempenho e estabilidade de uma estrutura. Dada a sua importância, a aderência é a propriedade do betão armado mais estudada ao longo do tempo. A complexidade inerente a esta propriedade torna difícil de compreender e prever o comportamento estrutural. Esta dissertação pretende analisar a capacidade do Método dos Elementos Aplicados em simular o ensaio de arrancamento directo e de reproduzir modos de rotura. Este ensaio, denominado de pull-out test, estuda a aderência entre três materiais: o aço, o betão e o grout. Vários tipos de ligações, com diferentes modos de rotura, são simulados e comparados com um ensaio experimental referido na revisão bibliográfica. Assim, recorrer-se-á ao programa Extreme Loading for Structures, que tem como base o Método dos Elementos Aplicados. Através de uma análise de sensibilidade foi possível calibrar as propriedades dos diferentes elementos e das interfaces entre o betão, aço e grout, de modo a viabilizar o cálculo da força crítica das ligações e reproduzir os modos de rotura observados experimentalmente. Este trabalho pretende dar uma contribuição ao conhecimento no âmbito da simulação numérica, em relação a este tipo de ligações, e ajudar à criação de modelos numéricos fiáveis e eficientes de fácil e rápida execução. Esta dissertação permite concluir que o Método dos Elementos Aplicados, apresenta-se como uma boa solução para o estudo deste tipo de ligações. Os resultados numéricos tiveram uma boa aproximação dos resultados experimentais. Em conformidade com a análise experimental, as ligações com bainha de pré-esforço e comprimento de embebimento a partir de 15 cm são as que melhor desempenho têm ao nível da resistência.

Contribuição para o estudo da anexina V na apoptose celular em concentrados de eritrócitos

A hemoterapia moderna baseia-se na utilização correcta dos diversos componentes sanguíneos, associados a um maior controle de qualidade do sangue, o que a torna mais segura e, actualmente, muitos doentes sao beneficiados pois, a transfusão de componentes sanguineos, em situaçoes várias, está na linha da frente na manutenção da vida e em casos extremos, o último recurso que salva vidas. A qualidade e a segurança nas transfusões de sangue são grandes preocupações da área médica, autoridades de saúde e doente1. O sangue obtido pelos Centros de Sangue provem de dadores voluntários, dotados de uma enorme sensibilidade social, que periodicamente assumem uma postura benevola e altruista e consequentemente mantêm os bancos de sangue providos de um produto imprescindivel no tratamento de diversas patologias. O produto final disponível – concentrado de eritrócitos (CE´s), plasma e concentrado plaquetário – tem de assumir um carácter seguro e viável de modo a que os riscos para o doente sejam diminutos2. O controlo de qualidade aplicado a todo o sangue doado realiza provas de conformidade nas unidades com especificações previamente definidas, sendo a hémolise um dos parâmetros importantes na avaliação da qualidade dos concentrados de eritrócitos, pois, pode ocasionar implicações clinicas para o receptor. Para além disso a avaliação da concentração de hemoglobina (Hg) no sangue doado mostra-se um controlo imprescindivel que salvaguarda a qualidade e segurança do componente a transfundir3;4.Até se obter um CE há todo um processo moroso e de responsabilidade vital. Todo o sangue obtido passa por várias etapas fundamentais até à obtenção do componente pretendido (analise, produção e armazenamento). Os CE’s obtidos quando armazenados, num ambiente de refrigeração, têm uma vida útil de 42 dias. Após este período, o sangue deve ser inutilizado por se verificar alterações bioquímicas, biomecânicas, e imunológicas nos CE’s e por consequência a sua instabilidade vital no que ao tratamento de patologias, para as quais este componente está indicado, diz respeito5. Foi realizado um estudo experimental com o objetivo de avaliar a contribuição da Anexina V na apoptose celular nos concentrados de eritrócitos, constatando a degradação dos mesmos ao longo de todo o período de armazenamento e validar o paradigma que a ciência preconiza: “Os CE’s após os 42 dias armazenados, em condições específicas (2 a 6º centígrados), são inviaveis para transfundir”6;7. A avaliação dos níveis de apoptose por citometria de fluxo é geralmente realizada por métodos que utilizam Anexina V como marcador vital, que se associa aos resíduos de fosfatidilserina, externalizados no início do processo apoptótico. A Anexina V é uma proteína humana endógena dependente do ião Ca+2, amplamente distribuída intracelularmente em altas concentrações na placenta e em concentrações mais baixas nos eritrócitos, plaquetas e monócitos. Apresenta como principal característica a capacidade de se ligar à fosfatidilserina, um fosfolipído presente na camada interna da bicamada lipídica, que durante a apoptose celular é translocada para a camada externa da membrana celular. A determinação da Anexina V é normalmente utilizada para verificar se as células são viáveis, apoptóticas ou necróticas por meio de diferenças na integridade da membrana plasmática. Assim, ao conjugar a Anexina V ao FITC (Isotiocianato de fluoresceína) é possível identificar e quantificar as células apoptóticas por citometria de fluxo7. Numa amostra de 15 CE’s, a qual foi induzida a hemólise, verificou-se, por citometria de fluxo, que a viabilidade deste componente se desvanesce ao longo do tempo, confirmando assim que o tratamento, manuseamento e armazenamento do sangue compromete a vitalidade terapeutica deste insubstituivel produto vital.

Storage of water molecules into biomimetic heterostructures: the role of roughness

The development of devices based on heterostructured thin films of biomolecules conveys a huge contribution on biomedical field. However, to achieve high efficiency of these devices, the storage of water molecules into these heterostructures, in order to maintain the biological molecules hydrated, is mandatory. Such hydrated environment may be achieved with lipids molecules which have the ability to rearrange spontaneously into vesicles creating a stable barrier between two aqueous compartments. Yet it is necessary to find conditions that lead to the immobilization of whole vesicles on the heterostructures. In this work, the conditions that govern the deposition of open and closed liposomes of 1.2-dipalmitoyl-sn-Glycero-3-[Phospho-rac-(1-glycerol)] (sodium Salt) (DPPG) onto polyelectrolytes cushions prepared by the layer-by-layer (LbL) method were analyzed. Electronic transitions of DPPG molecules as well as absorption coefficients were obtained by vacuum ultraviolet spectroscopy, while the elemental composition of the heterostructures was characterized by x-ray photoelectron spectroscopy (XPS). The presence of water molecules in the films was inferred by XPS and infrared spectroscopy. Quartz crystal microbalance (QCM) data analysis allowed to conclude that, in certain cases, the DPPG adsorbed amount is dependent of the bilayers number already adsorbed. Moreover, the adsorption kinetics curves of both adsorbed amount and surface roughness allowed to determine the kinetics parameters that are related with adsorption processes namely, electrostatic forces, liposomes diffusion and lipids re-organization on surface. Scaling exponents attained from atomic force microscopy images statistical analysis demonstrate that DPPG vesicles adsorption mechanism is ruled by the diffusion Villain model confirming that adsorption is governed by electrostatic forces. The power spectral density treatment enabled a thorough description of the accessible surface of the samples as well as of its inner structural properties. These outcomes proved that surface roughness influences the adsorption of DPPG liposomes onto surfaces covered by a polyelectrolyte layer. Thus, low roughness was shown to induce liposome rupture creating a lipid bilayer while high roughness allows the adsorption of whole liposomes. In addition, the fraction of open liposomes calculated from the normalized maximum adsorbed amounts decreases with the cushion roughness increase, allowing us to conclude that the surface roughness is a crucial variable that governs the adsorption of open or whole liposomes. This conclusion is fundamental for the development of well-designed sensors based on functional biomolecules incorporated in liposomes. Indeed, LbL films composed of polyelectrolytes and liposomes with and without melanin encapsulated were successfully applied to sensors of olive oil.

At the heart of celebrity: celebrities’ children and their rights in the media

Based on a comparative analysis of celebrity magazines in Portugal and Brazil, this article analyses the representation of children of celebrities. Those magazines privilege an extreme personalisation of the stories and a strong valuation of the photographic image, representing children as a source of happiness and affection within the family. Nonetheless, drawing on celebrity studies and on children’s rights and their implications for journalism, we concluded that this positive representation frequently collides with the children’s rights to privacy, to be protected from public embarrassment and to be heard in the issues that affect them.

Characterization of molecular damage induced by UV photons and carbon ions on biomimetic heterostructures

The study of the effect of radiation on living tissues is a rather complex task to address mainly because they are made of a set of complex functional biological structures and interfaces. Particularly if one is looking for where damage is taking place in a first stage and what are the underlying reaction mechanisms. In this work a new approach is addressed to study the effect of radiation by making use of well identified molecular hetero-structures samples which mimic the biological environment. These were obtained by assembling onto a solid support deoxyribonucleic acid (DNA) and phospholipids together with a soft water-containing polyelectrolyte precursor in layered structures and by producing lipid layers at liquid/air interface with DNA as subphase. The effects of both ultraviolet (UV) radiation and carbon ions beams were systematically investigated in these heterostructures, namely damage on DNA by means vacuum ultraviolet (VUV), infrared (IR), X-Ray Photoelectron (XPS) and impedance spectroscopy. Experimental results revealed that UV affects furanose, PO2-, thymines, cytosines and adenines groups. The XPS spectrometry carried out on the samples allowed validate the VUV and IR results and to conclude that ionized phosphate groups, surrounded by the sodium counterions, congregate hydration water molecules which play a role of UV protection. The ac electrical conductivity measurements revealed that the DNA electrical conduction is arising from DNA chain electron hopping between base-pairs and phosphate groups, with the hopping distance equal to the distance between DNA base-pairs and is strongly dependent on UV radiation exposure, due loss of phosphate groups. Characterization of DNA samples exposed to a 4 keV C3+ ions beam revealed also carbon-oxygen bonds break, phosphate groups damage and formation of new species. Results from radiation induced damage carried out on biomimetic heterostructures having different compositions revealed that damage is dependent on sample composition, with respect to functional targeted groups and extent of damage. Conversely, LbL films of 1,2-dipalmitoyl-sn-Glycero-3-[Phospho-rac-(1-glycerol)] (Sodium Salt) (DPPG) liposomes, alternated with poly(allylamine hydrochloride) (PAH) revealed to be unaffected, even by prolonged UV irradiation exposure, in the absence of water molecules. However, DPPG molecules were damaged by the UV radiation in presence of water with cleavage of C-O, C=O and –PO2- bonds. Finally, the study of DNA interaction with the ionic lipids at liquid/air interfaces revealed that electrical charge of the lipid influences the interaction of phospholipid with DNA. In the presence of DNA in the subphase, the effects from UV irrladiation were seen to be smaller, which means that ionic products from biomolecules degradation stabilize the intact DPPG molecules. This mechanism may explain why UV irradiation does not cause immediate cell collapse, thus providing time for the cellular machinery to repair elements damaged by UV.