Comparative mitochondrial genomics toward understanding genetics and evolution of arbuscular mycorrhizal fungi

Les champignons mycorhiziens arbusculaires (CMA) sont très répandus dans le sol où ils forment des associations symbiotiques avec la majorité des plantes appelées mycorhizes arbusculaires. Le développement des CMA dépend fortement de la plante hôte, de telle sorte qu'ils ne peuvent vivre à l'état saprotrophique, par conséquent ils sont considérés comme des biotrophes obligatoires. Les CMA forment une lignée évolutive basale des champignons et ils appartiennent au phylum Glomeromycota. Leurs mycélia sont formés d’un réseau d’hyphes cénocytiques dans lesquelles les noyaux et les organites cellulaires peuvent se déplacer librement d’un compartiment à l’autre. Les CMA permettent à la plante hôte de bénéficier d'une meilleure nutrition minérale, grâce au réseau d'hyphes extraradiculaires, qui s'étend au-delà de la zone du sol explorée par les racines. Ces hyphes possèdent une grande capacité d'absorption d’éléments nutritifs qui vont être transportés par ceux-ci jusqu’aux racines. De ce fait, les CMA améliorent la croissance des plantes tout en les protégeant des stresses biotiques et abiotiques. Malgré l’importance des CMA, leurs génétique et évolution demeurent peu connues. Leurs études sont ardues à cause de leur mode de vie qui empêche leur culture en absence des plantes hôtes. En plus leur diversité génétique intra-isolat des génomes nucléaires, complique d’avantage ces études, en particulier le développement des marqueurs moléculaires pour des études biologiques, écologiques ainsi que les fonctions des CMA. C’est pour ces raisons que les génomes mitochondriaux offrent des opportunités et alternatives intéressantes pour étudier les CMA. En effet, les génomes mitochondriaux (mt) publiés à date, ne montrent pas de polymorphismes génétique intra-isolats. Cependant, des exceptions peuvent exister. Pour aller de l’avant avec la génomique mitochondriale, nous avons besoin de générer beaucoup de données de séquençages de l’ADN mitochondrial (ADNmt) afin d’étudier les méchanismes évolutifs, la génétique des population, l’écologie des communautés et la fonction des CMA. Dans ce contexte, l’objectif de mon projet de doctorat consiste à: 1) étudier l’évolution des génomes mt en utilisant l’approche de la génomique comparative au niveau des espèces proches, des isolats ainsi que des espèces phylogénétiquement éloignées chez les CMA; 2) étudier l’hérédité génétique des génomes mt au sein des isolats de l’espèce modèle Rhizophagus irregularis par le biais des anastomoses ; 3) étudier l’organisation des ADNmt et les gènes mt pour le développement des marqueurs moléculaires pour des études phylogénétiques. Nous avons utilisé l’approche dite ‘whole genome shotgun’ en pyroséquençage 454 et Illumina HiSeq pour séquencer plusieurs taxons de CMA sélectionnés selon leur importance et leur disponibilité. Les assemblages de novo, le séquençage conventionnel Sanger, l’annotation et la génomique comparative ont été réalisés pour caractériser des ADNmt complets. Nous avons découvert plusieurs mécanismes évolutifs intéressant chez l’espèce Gigaspora rosea dans laquelle le génome mt est complètement remanié en comparaison avec Rhizophagus irregularis isolat DAOM 197198. En plus nous avons mis en évidence que deux gènes cox1 et rns sont fragmentés en deux morceaux. Nous avons démontré que les ARN transcrits les deux fragments de cox1 se relient entre eux par épissage en trans ‘Trans-splicing’ à l’aide de l’ARN du gene nad5 I3 qui met ensemble les deux ARN cox1.1 et cox1.2 en formant un ARN complet et fonctionnel. Nous avons aussi trouvé une organisation de l’ADNmt très particulière chez l’espèce Rhizophagus sp. Isolat DAOM 213198 dont le génome mt est constitué par deux chromosomes circulaires. En plus nous avons trouvé une quantité considérable des séquences apparentées aux plasmides ‘plasmid-related sequences’ chez les Glomeraceae par rapport aux Gigasporaceae, contribuant ainsi à une évolution rapide des ADNmt chez les Glomeromycota. Nous avons aussi séquencé plusieurs isolats de l’espèces R. irregularis et Rhizophagus sp. pour décortiquer leur position phylogénéque et inférer des relations évolutives entre celles-ci. La comparaison génomique mt nous montré l’existence de plusieurs éléments mobiles comme : des cadres de lecture ‘open reading frames (mORFs)’, des séquences courtes inversées ‘short inverted repeats (SIRs)’, et des séquences apparentées aux plasimdes ‘plasmid-related sequences (dpo)’ qui impactent l’ordre des gènes mt et permettent le remaniement chromosomiques des ADNmt. Tous ces divers mécanismes évolutifs observés au niveau des isolats, nous permettent de développer des marqueurs moléculaires spécifiques à chaque isolat ou espèce de CMA. Les données générées dans mon projet de doctorat ont permis d’avancer les connaissances fondamentales des génomes mitochondriaux non seulement chez les Glomeromycètes, mais aussi de chez le règne des Fungi et les eucaryotes en général. Les trousses moléculaires développées dans ce projet peuvent servir à des études de la génétique des populations, des échanges génétiques et l’écologie des CMA ce qui va contribuer à la compréhension du rôle primorial des CMA en agriculture et environnement.

Un fjord, une rivière, un lac et des ruisseaux : variabilité culturelle paléohistorique sur le bassin hydrographique de la rivière Saguenay (Québec, Canada)

En archéologie, l’identification des identités culturelles spécifiques pose souvent problème. Cependant, lorsqu’on en arrive à la fin de la Paléohistoire et plus particulièrement au cours de la Protohistoire, les vestiges archéologiques trouvent alors des alliées sous la forme de sources littéraires et iconographiques qui documentent tant bien que mal la géographie humaine de l’époque. Sur le bassin hydrographique de la rivière Saguenay, quelques-unes de ces mentions révèlent que se trouvaient au cours de la Protohistoire un certain nombre de groupes distincts parmi lesquels des Iroquoiens du Saint-Laurent, des Montagnais de Tadoussac, des Kakouchacks et autres groupes du Nord. Les vestiges archéologiques des 393 sites archéologiques qui comptent au moins une composante de la Protohistoire ou de la Paléohistoire récente sur le bassin hydrographique de la rivière Saguenay ont été mis à contribution afin de déterminer si ce qui est mentionné où illustré dans les documents historiques est vérifiable du point de vue archéologique. Que ce soit les vestiges céramiques, lithiques, ostéologiques ou autres, ceux-ci ont en effet révélé certaines tendances qui ne peuvent s’expliquer que par des trames culturelles spécifiques. Après avoir constaté la présence de cette mosaïque culturelle au cours de la Protohistoire, le défi était de déterminer depuis quand celle-ci s’était mise en place et surtout d’en identifier les causes. Si l’environnement très variable qui caractérise le bassin hydrographique de la rivière Saguenay (incluant le lac Saint-Jean) a certes joué un rôle, d’autres événements ou comportements ont assurément contribué à diversifier les populations. Parmi ceux-ci, il y a la provenance des populations qui fréquentaient la rivière et ses affluents, les axes de circulations qu’ils empruntaient dans le cadre de leur cycle saisonnier, de même que le contexte des échanges qui se pratiquaient à l’échelle pan-bassin hydrographique. Tous ces aspects ont assurément joué un rôle dans la détermination de ce qu’était une population des basses terres du lac Saint-Jean versus une population du Bas-Saguenay.

Anticiper l’avenir de la prévention basée sur le risque génétique : analyse qualitative de la perception des participants à l’étude «Dessine-moi un futur!»

En cette ère de «nouvelle santé publique», les professionnels sont exhortés à détourner leur attention de l’individu afin de pouvoir mettre l’accent sur les déterminants sociaux de la santé. Un phénomène contraire s’opère dans le domaine des sciences biomédicales, où un mouvement vers la santé personnalisée permet d’envisager des soins préventifs et curatifs adaptés à chaque individu, en fonction de son profil de risque génétique. Bien qu’elles n’aient que partiellement fait leur entrée dans notre système de santé, ces avancées scientifiques risquent de changer significativement le visage de la prévention, et dans cette foulée, de susciter des débats de société importants. L'étude proposée vise à contribuer à une réflexion sur l'avenir d'une des fonctions essentielles de la santé publique en tentant de mieux comprendre comment le public perçoit la prévention basée sur le risque génétique. Ce projet de recherche qualitative consiste en l'analyse secondaire des échanges ayant eu lieu lors de quatre ateliers délibératifs auxquels ont participé des membres du public d'horizons divers, et durant lesquels ceux-ci ont débattu de la désirabilité d'une technologie préventive fictive, le «rectificateur cardiaque». La théorie de la structuration d'Anthony Giddens est utilisée comme cadre conceptuel guidant l’analyse des échanges. Celle-ci permet d’émettre les trois constats suivants: a- le « rectificateur cardiaque » est loin d’être interprété par tous les participants comme étant une intervention préventive; b- son utilisation est perçue comme étant légitime ou non dépendamment principalement des groupes de personnes qu’elle viserait; c- l’intervention proposée ne se pense pas hors contexte.

Thumb-bangers : exploring the cultural bond between video games and heavy metal

« Heavy Metal Generations » is the fourth volume in the series of papers drawn from the 2012 Music, Metal and Politics international conference (http://www.inter-disciplinary.net/publishing/product/heavy-metal-generations/).

Priv-C : une politique de confidentialité personnalisable

Les politiques de confidentialité définissent comment les services en ligne collectent, utilisent et partagent les données des utilisateurs. Bien qu’étant le principal moyen pour informer les usagers de l’utilisation de leurs données privées, les politiques de confidentialité sont en général ignorées par ces derniers. Pour cause, les utilisateurs les trouvent trop longues et trop vagues, elles utilisent un vocabulaire souvent difficile et n’ont pas de format standard. Les politiques de confidentialité confrontent également les utilisateurs à un dilemme : celui d’accepter obligatoirement tout le contenu en vue d’utiliser le service ou refuser le contenu sous peine de ne pas y avoir accès. Aucune autre option n’est accordée à l’utilisateur. Les données collectées des utilisateurs permettent aux services en ligne de leur fournir un service, mais aussi de les exploiter à des fins économiques (publicités ciblées, revente, etc). Selon diverses études, permettre aux utilisateurs de bénéficier de cette économie de la vie privée pourrait restaurer leur confiance et faciliter une continuité des échanges sur Internet. Dans ce mémoire, nous proposons un modèle de politique de confidentialité, inspiré du P3P (une recommandation du W3C, World Wide Web Consortium), en élargissant ses fonctionnalités et en réduisant sa complexité. Ce modèle suit un format bien défini permettant aux utilisateurs et aux services en ligne de définir leurs préférences et besoins. Les utilisateurs ont la possibilité de décider de l’usage spécifique et des conditions de partage de chacune de leurs données privées. Une phase de négociation permettra une analyse des besoins du service en ligne et des préférences de l’utilisateur afin d’établir un contrat de confidentialité. La valeur des données personnelles est un aspect important de notre étude. Alors que les compagnies disposent de moyens leur permettant d’évaluer cette valeur, nous appliquons dans ce mémoire, une méthode hiérarchique multicritères. Cette méthode va permettre également à chaque utilisateur de donner une valeur à ses données personnelles en fonction de l’importance qu’il y accorde. Dans ce modèle, nous intégrons également une autorité de régulation en charge de mener les négociations entre utilisateurs et services en ligne, et de générer des recommandations aux usagers en fonction de leur profil et des tendances.

Sarbanes-Oxley and All That: Impact Beyond America's Shores

Speech delivered to the Federation of European Securities Exchanges' 7th European Financial Markets Convention in London in June 2003.

Stratosphere Troposphere Interactions Associated With the Dynamical Processes in the Atmosphere

The aim of the present study is to understand the biennial scale stratosphere-troposphere interactions over India, and synoptic to interannual timescale meridional stratosphere-troposhere exchanges caused by upper tropospheric/lower stratospheric longwaves using NCEP/NCAR reanalysis data and satellite measured total ozone data. The biennial timescale interaction between lower stratosphere and troposphere over Thumba is analysed using high-resolution radiosonde data. The results suggest that TBO and QBO are two different phenomena with nearly biennial periodicity. Interannual timescale meridional stratosphere-troposphere exchanges caused by the newly documented Asia Pacific Wave (APW) were analysed using ozone as tracer of atmospheric motion. Synoptic timescale meridional stratosphere-troposhere exchanges caused by subtropical upper tropospheric long waves over Asia were studied using global total ozone measurements from TOMS. This research work can be extended to study the influence of decadal scale epochal nature in Indian summer monsoon activity on the APW generated total ozone anomalies around the globe and the trend estimates in total ozone

Polystyrene Anchored Vanillin Schiff Base—Complexation and Ion Removal Studies

A set of six new polystyrene anchored metal complexes have been synthesized by the reaction of the metal salt with the polystyrene anchored Schiff base of vanillin. These complexes were characterized by elemental analyses, Fourier transform infrared spectroscopy, diffuse reflectance studies, thermal studies, and magnetic susceptibility measurements. The elemental analyses suggest a metal : ligand ratio of 1 : 2. The ligand is unidentate and coordinates through the azomethine nitrogen. The Mn(II), Fe(III), Co(II), Ni(II), and Cu(II) complexes are all paramagnetic while Zn(II) is diamagnetic. The Cu(II) complex is assigned a square planar structure, while Zn(II) is assigned a tetrahedral structure and Mn(II), Fe(III), Co(II), and Ni(II) are all assigned octahedral geometry. The thermal analyses were done on the ligand and its complexes to reveal their stability. Further, the application of the Schiff base as a chelating resin in ion removal studies was investigated. The polystyrene anchored Schiff base gave 96% efficiency in the removal of Ni(II) from a 20-ppm solution in 15 min, without any interference from ions such as Mn(II), Co(II), Fe(III), Cu(II), Zn(II), U(VI), Na , K , NH4 , Ca2 , Cl , Br , NO3 , NO2 ,and CH3CO2 . The major advantage is that the removal is achieved without altering the pH.

Modification of Polypropylene and Polystyrene Using Nanosilica

The present work focuses on the modification of the commonly used thermoplastics, polypropylene and polystyrene using nanosilica preparcd from a cheap source of sodium silicate. Melt compounding technique has been used for nanocomposite preparation as it is simple and suited to injection moulding. Nanosilica in a polymer matrix provide significant enhancement in strength, stiffness and impact strength. Incorporation of silica particles in a polymer also improves its thennal stability. To achieve better dispersion of fillers in polymer matrices the mixing was done at different shear rates. The enhancement in material properties indicates that at higher shear rates there is greater interaction between particles and the matrix and it depends on filler concentration and type of polymer used. N anosilica is a useful filler in thennoplastic polymers and has been applied in automotive applications, electronic appliances and consumer goods.This thesis is divided into six chapters. General introduction to the topic is described in chapter 1. Salient features of polymer nanocomposites, their synthesis, properties and applications are presented. A review of relevant literature and the scope and objectives are also mentioned in this chapter.The materials used and the vanous experimental method and techniques employed in the study are described in chapter 2. Preparation of nanocomposites by melt blending using Thenno Haake Rheocord, preparation of samples, evaluation of mechanical and thennal properties using UTM, Impact testing and characterization using DMA, TGA and DSC and morphology by SEM are described.The preparation of nanosilica from a laboratory scale to a pilot plant scale is described in chapter 3. Generation of surface modified silica, evaluation of kinetic parameters of the synthesis reaction, scale up of the reactor and modeling of the reactor are also dealt with in this chapter.The modification of the commodity thennoplastic, Polypropylene using nanosilica is described in chapter 4. Preparation of PP/silica nanocomposites, evaluation of mechanical properties, thermal and crystallization characteristics, water absorption and ageing resistance studies are also presented.The modification of Polystyrene using synthesized nanosilica IS described in chapter 5. The method of preparation of PS/silica nanocomposites, evaluation of mechanical properties (static and dynamic), thermal properties melt flow characteristics using Haake Rheocord, water absorption and ageing resistance of these nanocomposites are studied.

NANO - ZINC OXIDE: A Novel Modifier for Thermoplastics

Various synthesis routes have been developed in recent years for the preparation of nanoparticles. One of those methods is polymer induced crystallization. The first objective of the present work was to prepare nano ZnO powder by polymer induced crystallization in chitosan solution and to characterize the material using different techniques like TEM, SEM, XRD, FTLR, UV spectroscopy, TGA, DSC etc.The second object of the study is to prepare composites using nano ZnO. It has been undertaken to explore the potential of nano ZnO as reinforcement in engineering as well as commodity thermoplastics to widen their application spectra. We selected three engineering thermoplastics like [poly ethylene terephthalate, polyamide 6, and polycarbonate] and three commodity plastics like [polypropylene, high density polyethylene, and polystyrene] for the study. To date one of the few disadvantages associated with nanoparticle incorporation has concerned toughness and impact performance. Modification of polymers could reduce impact performance. The present study also focused on whether nano ZnO can act as a modifier for thennoplastics, without sacrificing their impact strength.

Monte Carlo simulation of interface alloying

An Ising-like model, with interactions ranging up to next-nearest-neighbor pairs, is used to simulate the process of interface alloying. Interactions are chosen to stabilize an intermediate "antiferromagnetic" ordered structure. The dynamics proceeds exclusively by atom-vacancy exchanges. In order to characterize the process, the time evolution of the width of the intermediate ordered region and the diffusion length is studied. Both lengths are found to follow a power-law evolution with exponents depending on the characteristic features of the model.

Global Value Chain Linkages of Manufacturing Export Firms: A Study of The Kannur Home Textile Industry

The literature on the involvement of developing countries in trade has focused on the effects of different aspects of globalization on firms, regions and countries. The study attempts to examine how an export based industry, locallyembedded and originated on the basis of regional strengths has been inserted into the global trade framework. Though the unit of analysis is the manufacturing export firm in the region of Kannur, it represents the entire home textile export industry from the state of Kerala, as close to 90% of fabric exports in home furnishing material, textiles for upholstery and decoration and stitched or fused, and branded made ups are from the region. From a global perspective, how developing countries face newer trade restrictions and overcome non quota barriers by firm and region specific activities within a value chain framework is a major research area, which has already contributions from the Ludhiana woolen cluster (Tewari,1999 ) and the Tirupur cluster in India (Cawthorne, 1995). The study contributes to the value chain literature by examining the governance and upgrading as well as how firms benefit from linkages. India has a number of export oriented agglomerations or regions where firms have been serving export markets for many years. In many cases it is no longer the supply side policy actions that determine how they are able to penetrate new markets or expand existing market share. Based on this study it becomes possible to understand how the global value chain operates in these different industries to examine whether there is a danger of immiserisation of growth or low road growth

Problems and prospects of india's major spice-pepper

This study is directed to examine how far price fluctuations in pepper can be controlled in the Indian context so as to have a reasonable and stable income for the primary producers which will ensure an adequate ‘encouragement for higher production and better export earnings. In a study of the methods of controlling violent price fluctuations a important question is that whether the present system of management of supply is satisfactory or not. It is more so when the demand is likely to be sanimlatsd by the importers and wholesalers of the foreign countries. Though pepper is the most important of all the spices gross in India, little work has been done so far to study the problems and prospects of this commodity.

Studies on energy exchange between sea and atmosphere from the indian ocean with special reference to arabian sea and bay of bengal

There are only a few attempts in the Indian ocean to evolve reliable climatic models of energy exchange fluxes and to study their inter annul variations. Large space scale and time history of the flux fields could be estimated by the bulk aerodynamic exchange and radiation equation, making use of the climatic normal’s of the related parameters derived from the remarkably good amount of surface marine observations compiled and made available on magnetic tape TDF II by the national climatic centre of NOAA for the period of years 1854 –early 1973. In this thesis the author has made an attempt to calculate the thermal energy exchange fluxes in a meaningful way, using the bulk aerodynamic coefficients which depend on the changes in the wind speed. The spatial and temporal distribution of the exchanges of energy between the ocean and atmosphere , are presented and their impact on the climatic variations of the Indian ocean are discussed from the point of view of predominating air sea interaction processes.

Studies on the physiology of moulting in the penaeid prawn, penaeius indicius h. Milne edwards

Penaeid prawns form the most economically significant group in the marine and brackishwater fishery resources of India. This particular group contributes about 62% of the total prawn landings of the country. At present prawns have assumed an important place especially as a commodity supporting an export trade of sizable magnitude. Considerable interest has been shown in the last decade to increase prawn production through various culture practices, mainly due to the high demand for good quality prawns for export coupled with the stagnant and even depleting nature of marine catches. Available informations suggest that among the 15 species of shrimps and prawns occurring in Indian waters, which are deemed suitable for aquaculture, the Indian white prawn §.indicus is identified as one of the most important commercial species. Considering the increasing importance as an accepted species for prawn culture, £.indicus was selected for the present study. In the life history of prawns, moulting is an important event, which enables the animal to achieve growth. This dynamic physiological event continues through out the life span ofthe prawn, linking almost all biological activities with this process. Hence, a good knowledge pertaining to the physiology of moulting is imperative to understand the growth process. This knowledge will be of great use in the scientific prawn farming, so as to achieve high prawn production.