Influência do grupo genético e da alimentação sobre o desempenho de cordeiros em confinamento

O objetivo deste trabalho foi estabelecer a influência do reprodutor e da alimentação sobre o desempenho de cordeiros em confinamento. O delineamento experimental foi o inteiramente casualizado, com arranjo fatorial 2x4, costituído de dois grupos genéticos (Santa Inês x sem raça definida (SRD) e Somalis x SRD) e concentrado de milho em gão, farelo de soja e sal mineral a 15%, 30%, 45% e 60%. Trinta e dois animais foram confinados em baias individuais e cada um constituiu uma repetição. As dietas eram compostas de feno de leucena (Leucaena leucocephala) e concentrado, na forma de ração completa. O aumento de concentrado na dieta dos animais causou incrementos lineares (P<0,05) no peso de abate e melhoria na conversão alimentar. Houve efeito quadrático no consumo de matéria seca e de matéria orgânica, com máximos estimados em 35,29% e 35,36% de concentrado, respectivamente. Todas as margens brutas de lucro estimadas foram positivas. Não houve diferença (P>0,05) entre os concentrados, porém o grupo genético Somalis x SRD mostrou-se superior (P<0,05) ao Santa Inês x SRD.

Multi-Purpose ESS/ITS Data Collection Sites, SPR72-00-0003-042, 2014

This document presents the results of a state-of-practice survey of transportation agencies that are installing intelligent transportation sensors (ITS) and other devices along with their environmental sensing stations (ESS) also referred to as roadway weather information system (RWIS) assets.

A Multi-SNP Locus-Association Method Reveals a Substantial Fraction of the Missing Heritability.

There are many known examples of multiple semi-independent associations at individual loci; such associations might arise either because of true allelic heterogeneity or because of imperfect tagging of an unobserved causal variant. This phenomenon is of great importance in monogenic traits but has not yet been systematically investigated and quantified in complex-trait genome-wide association studies (GWASs). Here, we describe a multi-SNP association method that estimates the effect of loci harboring multiple association signals by using GWAS summary statistics. Applying the method to a large anthropometric GWAS meta-analysis (from the Genetic Investigation of Anthropometric Traits consortium study), we show that for height, body mass index (BMI), and waist-to-hip ratio (WHR), 3%, 2%, and 1%, respectively, of additional phenotypic variance can be explained on top of the previously reported 10% (height), 1.5% (BMI), and 1% (WHR). The method also permitted a substantial increase (by up to 50%) in the number of loci that replicate in a discovery-validation design. Specifically, we identified 74 loci at which the multi-SNP, a linear combination of SNPs, explains significantly more variance than does the best individual SNP. A detailed analysis of multi-SNPs shows that most of the additional variability explained is derived from SNPs that are not in linkage disequilibrium with the lead SNP, suggesting a major contribution of allelic heterogeneity to the missing heritability.

Ganho genético por diferentes critérios de seleção em populações segregantes de soja

Nos programas de melhoramento, o processo seletivo é dificultado pela complexidade dos caracteres de expressividade econômica, em sua maioria altamente influenciados pelo ambiente. Com o auxílio de parâmetros genéticos, como a herdabilidade e o ganho com a seleção, pode-se identificar genótipos superiores em gerações precoces. O objetivo deste trabalho foi comparar diferentes critérios de seleção por meio de ganhos estimados e das progênies selecionadas, determinando os métodos superiores e os mais similares. O delineamento utilizado foi o de blocos aumentados, em que foram avaliados 1.200 genótipos, com três testemunhas intercalares. As maiores estimativas de ganhos foram obtidas pela seleção direta, porém, os índices apresentaram-se mais adequados para a seleção dos genótipos superiores por registrarem maiores ganhos totais, distribuídos entre todos os caracteres avaliados. O índice baseado em soma de "ranks" permitiu os maiores ganhos na maioria das situações analisadas.

Intraoperative adverse events during laparoscopic colorectal resection-better laparoscopic treatment but unchanged incidence. Lessons learnt from a Swiss multi-institutional analysis of 3,928 patients.

PURPOSE: Intraoperative adverse events significantly influence morbidity and mortality of laparoscopic colorectal resections. Over an 11-year period, the changes of occurrence of such intraoperative adverse events were assessed in this study. METHODS: Analysis of 3,928 patients undergoing elective laparoscopic colorectal resection based on the prospective database of the Swiss Association of Laparoscopic and Thoracoscopic Surgery was performed. RESULTS: Overall, 377 intraoperative adverse events occurred in 329 patients (overall incidence of 8.4 %). Of 377 events, 163 (43 %) were surgical complications and 214 (57 %) were nonsurgical adverse events. Surgical complications were iatrogenic injury to solid organs (n = 63; incidence of 1.6 %), bleeding (n = 62; 1.6 %), lesion by puncture (n = 25; 0.6 %), and intraoperative anastomotic leakage (n = 13; 0.3 %). Of note, 11 % of intraoperative organ/puncture lesions requiring re-intervention were missed intraoperatively. Nonsurgical adverse events were problems with equipment (n = 127; 3.2 %), anesthetic problems (n = 30; 0.8 %), and various (n = 57; 1.5 %). Over time, the rate of intraoperative adverse events decreased, but not significantly. Bleeding complications significantly decreased (p = 0.015), and equipment problems increased (p = 0.036). However, the rate of adverse events requiring conversion significantly decreased with time (p < 0.001). Patients with an intraoperative adverse event had a significantly higher rate of postoperative local and general morbidity (41.2 and 32.9 % vs. 18.0 and 17.2 %, p < 0.001 and p < 0.001, respectively). CONCLUSIONS: Intraoperative surgical complications and adverse events in laparoscopic colorectal resections did not change significantly over time and are associated with an increased postoperative morbidity.

The QUASAR reproducibility study, Part II: Results from a multi-center Arterial Spin Labeling test-retest study.

Arterial Spin Labeling (ASL) is a method to measure perfusion using magnetically labeled blood water as an endogenous tracer. Being fully non-invasive, this technique is attractive for longitudinal studies of cerebral blood flow in healthy and diseased individuals, or as a surrogate marker of metabolism. So far, ASL has been restricted mostly to specialist centers due to a generally low SNR of the method and potential issues with user-dependent analysis needed to obtain quantitative measurement of cerebral blood flow (CBF). Here, we evaluated a particular implementation of ASL (called Quantitative STAR labeling of Arterial Regions or QUASAR), a method providing user independent quantification of CBF in a large test-retest study across sites from around the world, dubbed "The QUASAR reproducibility study". Altogether, 28 sites located in Asia, Europe and North America participated and a total of 284 healthy volunteers were scanned. Minimal operator dependence was assured by using an automatic planning tool and its accuracy and potential usefulness in multi-center trials was evaluated as well. Accurate repositioning between sessions was achieved with the automatic planning tool showing mean displacements of 1.87+/-0.95 mm and rotations of 1.56+/-0.66 degrees . Mean gray matter CBF was 47.4+/-7.5 [ml/100 g/min] with a between-subject standard variation SD(b)=5.5 [ml/100 g/min] and a within-subject standard deviation SD(w)=4.7 [ml/100 g/min]. The corresponding repeatability was 13.0 [ml/100 g/min] and was found to be within the range of previous studies.

Ganho genético decorrente da substituição anual de cultivares de milho

Cultivares de milho (Zea mays) são normalmente substituídas alguns anos após a indicação para cultivo. Os objetivos deste trabalho foram desenvolver e avaliar um teste de hipótese para determinar se as substituições anuais de cultivares, nos ensaios de competição de cultivares indicadas de milho, resultam em ganho genético para produtividade de grãos. Os ensaios de competição de cultivares de milho superprecoce, precoce e normal foram conduzidos nos anos agrícolas de 1998/1999, 1999/2000, 2000/2001 e 2001/2002. O delineamento experimental foi em blocos ao acaso, com três repetições. Cada parcela foi formada por duas fileiras de 5 m de comprimento, com espaçamento de 0,8 m. O ganho genético, quanto à produtividade de grãos, foi estimado pelo método proposto por Vencovsky et al., e a significância verificada pelo teste de hipótese proposto neste trabalho. As substituições anuais de cultivares de milho são dinâmicas e nem sempre resultam em ganho genético para produtividade de grãos.

Análise espacial e de vizinhança no melhoramento genético de plantas

Três formas de análise espacial foram comparadas à análise do modelo linear Gauss-Markov normal em experimentos de Genética, tendo-se suposto os efeitos de progênies como aleatórios: médias móveis nos dados brutos (MM), médias móveis nos dados residuais (Papadakis - PPD) e análise espacial por meio de modelagem de covariâncias residuais (AE). Inicialmente, ignorou-se a informação do controle local, para testar a efetividade da análise espacial. Posteriormente, foi verificado se haveria melhoras com as diferentes formas de análise espacial aplicadas ao modelo completo, considerando-se o controle local do delineamento em látice. Os valores médios de razões, entre estimativas de componentes de variância e de herdabilidade, foram usados como guia de discussão sobre qual a melhor forma de análise. Em geral, ignorar o delineamento experimental e usar somente a informação espacial resultou em análises ineficientes. Os modelos MM e PPD, em média, melhoraram o modelo original justificado pelo delineamento, embora a AE não o tenha melhorado. A AE, apesar de ineficiente, não mudou as estimativas dos componentes de variância e de herdabilidade. Esta propriedade garante que a combinação de efeitos aleatórios para progênies e a AE não violam as suposições (algumas delas justificadas pelo delineamento). Isto é especialmente útil com experimentos amplos, com grande número de progênies.

Application of Multi-SNP Approaches Bayesian LASSO and AUC-RF to Detect Main Effects of Inflammatory-Gene Variants Associated with Bladder Cancer Risk

The relationship between inflammation and cancer is well established in several tumor types, including bladder cancer. We performed an association study between 886 inflammatory-gene variants and bladder cancer risk in 1,047 cases and 988 controls from the Spanish Bladder Cancer (SBC)/EPICURO Study. A preliminary exploration with the widely used univariate logistic regression approach did not identify any significant SNP after correcting for multiple testing. We further applied two more comprehensive methods to capture the complexity of bladder cancer genetic susceptibility: Bayesian Threshold LASSO (BTL), a regularized regression method, and AUC-Random Forest, a machine-learning algorithm. Both approaches explore the joint effect of markers. BTL analysis identified a signature of 37 SNPs in 34 genes showing an association with bladder cancer. AUC-RF detected an optimal predictive subset of 56 SNPs. 13 SNPs were identified by both methods in the total population. Using resources from the Texas Bladder Cancer study we were able to replicate 30% of the SNPs assessed. The associations between inflammatory SNPs and bladder cancer were reexamined among non-smokers to eliminate the effect of tobacco, one of the strongest and most prevalent environmental risk factor for this tumor. A 9 SNP-signature was detected by BTL. Here we report, for the first time, a set of SNP in inflammatory genes jointly associated with bladder cancer risk. These results highlight the importance of the complex structure of genetic susceptibility associated with cancer risk.

Remote collaborative multi-user informal learning experiences: design and evaluation

This paper presents a customizable system used to develop a collaborative multi-user problem solving game. It addresses the increasing demand for appealing informal learning experiences in museum-like settings. The system facilitates remote collaboration by allowing groups of learners tocommunicate through a videoconferencing system and by allowing them to simultaneously interact through a shared multi-touch interactive surface. A user study with 20 user groups indicates that the game facilitates collaboration between local and remote groups of learners. The videoconference and multitouch surface acted as communication channels, attracted students’ interest, facilitated engagement, and promoted inter- and intra-group collaboration—favoring intra-group collaboration. Our findings suggest that augmentingvideoconferencing systems with a shared multitouch space offers newpossibilities and scenarios for remote collaborative environments and collaborative learning.

La part du national. Comparer des politiques infranationales dans un environnement multi-niveaux

Si des enjeux, des configurations d'acteurs, ou la définition de certains problems peuvent être propres au niveau local, ceux-ci sont fréquemment influencés par des paramètres définis à d'autres niveaux de gouvernement. En particulier, il est nécessaire que les dispositifs de recherche centrés sur la comparaison de politiques infranationales abordent directement la question de l'intégration et de l'impact du cadre national. Comment faire la part du national dans les comparaisons de politiques infranationales ? À partir d'un ensemble de travaux de sociologie de l'action publique, cet article montre que dominent deux manières d'articuler national et infranational. Certains travaux privilégient le niveau national, et prennent en compte ce qui se joue à d'autres niveaux pour observer des déclinaisons ou des réappropriations de politiques mises en place au niveau national. D'autres travaux, en particulier la littérature centrée sur la gouvernance territoriale ou urbaine, accordent un primat au local tout en prenant acte de la multiplication des niveaux de gouvernement. Enfin, l'accent est placé sur les tentatives visant à concilier ces perspectives. À l'appui de nos propres travaux, nous montrons comment des approches centrées sur les acteurs permettent d'ouvrir des pistes stimulantes pour articuler plusieurs niveaux d'analyse.

Evidências genético-arqueológicas sobre a origem do feijão comum no Brasil

Neste trabalho se discute a origem do feijão comum, Phaseolus vulgaris L. Amostras modernas e arqueológicas foram analisadas geneticamente, utilizando-se seqüências da proteína faseolina (Phs). A amostra arqueológica foi encontrada em uma caverna no Norte de Minas Gerais. Os resultados evidenciam que esta amostra se relaciona mais com as variedades de feijão encontrados no Norte da América do Sul e México, o que sugere influências culturais remotas entre aquelas regiões e Minas Gerais. Além disto, deve ter havido um único evento de domesticação, com local provável entre o Norte da América do Sul e o México.

Progresso genético do melhoramento de arroz de terras altas no período de 1950 a 2001

O objetivo deste trabalho foi quantificar o progresso genético obtido pelo melhoramento genético na cultura do arroz de terras altas, no período de 1950 a 2001. Foram feitos quatro experimentos de campo, nas localidades: Aeroporto e Agronomia, em Viçosa, MG; e nas Fazendas Capivara e Palmital, em Santo Antônio de Goiás, GO, e Goianira, GO, respectivamente. Os experimentos foram realizados no delineamento de blocos ao acaso, com três repetições. Avaliaram-se 25 cultivares, desenvolvidas no período de 1950 a 2001. Foram coletados e analisados os dados referentes à produtividade de grãos, altura das plantas e dias para a floração. A fim de se obter estimativa mais precisa do ganho genético, optou-se por dividir as cultivares nos grupos precoce e tardio. Para a obtenção da estimativa do progresso genético, foi realizada a regressão linear das médias das cultivares por década de lançamento. Os ganhos genéticos para a produtividade de grãos foram de 0,3 e 2,09% ao ano, nos grupos precoce e tardio, respectivamente. A altura média das plantas das cultivares reduziu-se em 21 cm no grupo precoce e em 38 cm no tardio, no período avaliado. Houve acréscimo médio de dez dias no ciclo, no grupo de cultivares precoce, e decréscimo de 13 dias no grupo tardio.