Epstein-Barr virus-positive gastric cancer: a distinct molecular subtype of the disease?

Abstract: Approximately 90% of the world population is infected by Epstein-Barr virus (EBV). Usually, it infects B lymphocytes, predisposing them to malignant transformation. Infection of epithelial cells occurs rarely, and it is estimated that about to 10% of gastric cancer patients harbor EBV in their malignant cells. Given that gastric cancer is the third leading cause of cancer-related mortality worldwide, with a global annual incidence of over 950,000 cases, EBV-positive gastric cancer is the largest group of EBV-associated malignancies. Based on gene expression profile studies, gastric cancer was recently categorized into four subtypes; EBV-positive, microsatellite unstable, genomically stable and chromosomal instability. Together with previous studies, this report provided a more detailed molecular characterization of gastric cancer, demonstrating that EBV-positive gastric cancer is a distinct molecular subtype of the disease, with unique genetic and epigenetic abnormalities, reflected in a specific phenotype. The recognition of characteristic molecular alterations in gastric cancer allows the identification of molecular pathways involved in cell proliferation and survival, with the potential to identify therapeutic targets. These findings highlight the enormous heterogeneity of gastric cancer, and the complex interplay between genetic and epigenetic alterations in the disease, and provide a roadmap to implementation of genome-guided personalized therapy in gastric cancer. The present review discusses the initial studies describing EBV-positive gastric cancer as a distinct clinical entity, presents recently described genetic and epigenetic alterations, and considers potential therapeutic insights derived from the recognition of this new molecular subtype of gastric adenocarcinoma.

Molecular characterization of Mycobacterium tuberculosis isolates from Tehran, Iran by restriction fragment length polymorphism analysis and spoligotyping

Abstract: INTRODUCTION Characterization of Mycobacterium tuberculosis (MTB) isolates by DNA fingerprinting has contributed to tuberculosis (TB) control. The aim of this study was to determine the genetic diversity of MTB isolates from Tehran province in Iran. METHODS MTB isolates from 60 Iranian and 10 Afghan TB patients were fingerprinted by standard IS6110-restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis and spoligotyping. RESULTS The copy number of IS6110 ranged from 10-24 per isolate. The isolates were classified into 22 clusters showing ≥ 80% similarity by RFLP analysis. Fourteen multidrug-resistant (MDR) isolates were grouped into 4 IS6110-RFLP clusters, with 10 isolates [71% (95% CI: 45-89%)] in 1 cluster, suggesting a possible epidemiological linkage. Eighteen Iranian isolates showed ≥ 80% similarity with Afghan isolates. There were no strains with identical fingerprints. Spoligotyping of 70 isolates produced 23 distinct patterns. Sixty (85.7%) isolates were grouped into 13 clusters, while the remaining 10 isolates (14.2%) were not clustered. Ural (formerly Haarlem4) (n = 22, 31.4%) was the most common family followed by Central Asian strain (CAS) (n = 18, 25.7%) and T (n = 9, 12.8%) families. Only 1strain was characterized as having the Beijing genotype. Among 60 Iranian and 10 Afghan MTB isolates, 25% (95% CI: 16-37) and 70% (95% CI: 39-89) were categorized as Ural lineage, respectively. CONCLUSIONS A higher prevalence of Ural family MTB isolates among Afghan patients than among Iranian patients suggests the possible transmission of this lineage following the immigration of Afghans to Iran.

Molecular targeting of proteins by homocysteine: implications in familial and clinical hypercholesterolemia

Cardiovascular diseases (CVDs) are one of the leading causes of death and disability worldwide and one of its underlying causes is hypercholesterolemia. Hypercholesterolemia can have genetic (familial hypercholesterolemia, FH) and non-genetic causes (clinical hypercholesterolemia, CH), the first much more severe, with occurrence of premature atherosclerosis. While the pathophysiological role of homocysteine (Hcy) on CVD is still controversial, molecular targeting of protein by S and N-homocysteinylation offers a new paradigm to be considered in the vascular pathogenesis of hypercholesterolemia. On this regard, the present study aims to give new insights on protein targeting by Hcy in both CH and FH conditions. A total of 187 subjects were included: 65 normolipidemic and 122 hypercholesterolemic. Total (tHcy) and free (fHcy) fractions were quantified in serum samples after validation of an HPLCFD method, to assess S-homocysteinylation. Also, the lactonase (LACase) activity of paraoxonase-1 (PON1) was quantified by a colorimetric assay, as a surrogate of N-homocysteinylation. tHcy does not differ among groups. Nevertheless, fHcy declines in the hypercholesterolemic groups, with more evidence to the FH population. Consequently, there seems to be an increase of Shomocysteinylation, regardless of lipid lowering therapy (LLT). Also, despite of LLT use, LACase activity is lower in FH, thus the risk for protein N-homocysteinylation seems to be higher. Moreover, the decrease in LACase/ApoA1 and LACase/HDL ratios in FH, shows that HDL is dysfunctional in this population, despite its normal concentration values. Data supports that the pathophysiological role of Hcy on hypercholesterolemia may reside in its ability to post-translationally modify proteins. This role is particularly evident in FH condition. In the future, it will be interesting to identify which target proteins are modified and thus involved in vascular pathology progression.

Friedreich's ataxia: clinical and molecular study of 25 Brazilian cases

INTRODUCTION: Friedreich's ataxia is a neurodegenerative disorder whose clinical diagnostic criteria for typical cases basically include: a) early age of onset (< 20 or 25 years), b) autosomal recessive inheritance, c) progressive ataxia of limbs and gait, and d) absence of lower limb tendon reflexes. METHODS: We studied the frequency and the size of expanded GAA and their influence on neurologic findings, age at onset, and disease progression in 25 Brazilian patients with clinical diagnosis of Friedreich's ataxia - 19 typical and 6 atypical - using a long-range PCR test. RESULTS: Abnormalities in cerebellar signs, in electrocardiography, and pes cavus occurred more frequently in typical cases; however, plantar response and speech were more frequently normal in this group when the both typical and atypical cases were compared. Homozygous GAA expansion repeats were detected in 17 cases (68%) - all typical cases. In 8 patients (32%) (6 atypical and 2 typical), no expansion was observed, ruling out the diagnosis of Friedreich's ataxia. In cases with GAA expansions, foot deformity, cardiac abnormalities, and some neurologic findings occurred more frequently; however, abnormalities in cranial nerves and in tomographic findings were detected less frequently than in patients without GAA expansions. DISCUSSION: Molecular analysis was imperative for the diagnosis of Friedreich's ataxia, not only for typical cases but also for atypical ones. There was no genotype-phenotype correlation. Diagnosis based only on clinical findings is limited; however, it aids in better screening for suspected cases that should be tested. Evaluation for vitamin E deficiency is recommended, especially in cases without GAA expansion.

Molecular tools in the diagnostic and epidemiology of infections caused by members of Mycobacterium avium Complex

Mycobacterium avium Complex (MAC) comprises microorganisms that affect a wide range of animals including humans. The most relevant are Mycobacterium avium subspecies hominissuis (Mah) with a high impact on public health affecting mainly immunocompromised individuals and Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis (Map) causing paratuberculosis in animals with a high economic impact worldwide. In this work, we characterized 28 human and 67 porcine Mah isolates and evaluated the relationship among them by Multiple-Locus Variable number tandem repeat Analysis (MLVA). We concluded that Mah population presented a high genetic diversity and no correlations were inferred based on geographical origin, host or biological sample. For the first time in Portugal Map strains, from asymptomatic bovine faecal samples were isolated highlighting the need of more reliable and rapid diagnostic methods for Map direct detection. Therefore, we developed an IS900 nested real time PCR with high sensitivity and specificity associated with optimized DNA extraction methodologies for faecal and milk samples. We detected 83% of 155 faecal samples from goats, cattle and sheep, and 26% of 98 milk samples from cattle, positive for Map IS900 nested real time PCR. A novel SNPs (single nucleotide polymorphisms) assay to Map characterization based on a Whole Genome Sequencing analysis was developed to elucidate the genetic relationship between strains. Based on sequential detection of 14 SNPs and on a decision tree we were able to differentiate 14 phylogenetic groups with a higher discriminatory power compared to other typing methods. A pigmented Map strain was isolated and characterized evidencing for the first time to our knowledge the existence of pigmented Type C strains. With this work, we intended to improve the ante mortem direct molecular detection of Map, to conscientiously aware for the existence of Map animal infections widespread in Portugal and to contribute to the improvement of Map and Mah epidemiological studies.

Uma contribuição a climatologia da dinâmica da troposfera sobre a Amazônia (*)

São discutidas a configuração da circulação da troposfera e sua relação com a precipitação sobre a Bacia Amazônica. A configuração geral da precipitação, durante o verão, está intimamente ligada à posição de um sistema de alta pressão na troposfera superior, que domina a circulação sobre a América do Sul, e cujo centro se forma geralmente sobre a Bolívia. Esse sistema se enfraquece e se move para o norte durante o outono e o inverno; nessa ocasião, as partes sul e este da Bacia Amazônica sofrem uma estação seca. A variabilidade na configuração da precipitação pode ser parcialmente devido às zonas de convergência persistentes que se originam de, ou estão associadas aos sistemas frontais do Hemisfério Sul, responsáveis pela organização da convecção sobre o Brasil tropical. A circulação da brisa do mar que afeta a costa norte do Brasil é um dos fatores causadores das linhas de instabilidade. Algumas vezes estas linhas se propagam continente a dentro permanecendo ativas por cerca de 48 horas; durante esse tempo elas cruzam toda a Bacia Amazônica e chegam aos Andes. A distribuição espacial da precipitação sobre a bacia pode estar ligada a essas linhas de instabilidade.

Dinâmica da mobilização de elementos em solos da Amazônia submetidos à inundação

Parte significativa de solos da Amazônia permanece saturada ou inundada por períodos que podem variar de alguns dias a vários meses, em decorrência de enchentes ou deficiência de drenagem em algumas áreas, resultando em alterações químicas, físicas e biológicas nos solos. Este trabalho foi conduzido com o objetivo de avaliar a dinâmica da mobilização de Al, Ca, Fe, K, Mg, Mn, Na, Si e P em solos da Amazônia submetidos a inundação. Amostras de vários solos foram submetidas à inundação durante seis meses. Alíquotas da solução foram coletadas periodicamente durante o tempo de inundação e determinaram-se os teores dos diversos elementos em solução. A inundação influenciou a cinética dos elementos, com aumento da mobilização dos mesmos, principalmente, nas primeiras semanas. Os teores de Fe em solução foram mais elevados para os solos mais ricos em Fe amorfo. Em amostras com baixos teores de Fe amorfo e baixo conteúdo de matéria orgânica, os teores de Fe em solução foram muito reduzidos. O teor de P em solução foi influenciado por todas as formas de P. O P ligado ao Fe foi a forma que maior influência exerceu sobre o teor de P solúvel. Os teores dos cátions Ca, Mg, K e Na, em solução, foram diretamente influenciados por seus respectivos teores trocáveis, bem como pela cinética do Fe e do Mn.

Plataforma para suporte ao ciclo de vida de organizações virtuais e seleção dinâmica de parceiros e fornecedores

Tese de Doutoramento em Engenharia Industrial e de Sistemas

Aging and Alzheimer's disease: Searching for novel molecular cues

Tese de Doutoramento em Ciências da Saúde

Estudo da dinâmica da floresta manejada no projeto de manejo florestal comunitário do PC Pedro Peixoto na Amazônia Ocidental

Neste trabalho são apresentados resultados do estudo da dinâmica da floresta em um sistema de manejo florestal voltado para a pequena propriedade. O sistema prescreve ciclo de corte de 10 anos e taxa de corte de 10 m³.ha-1 e tração animal para o arraste. O crescimento da floresta de 1 m³.ha-1.ano-1 foi compatível com o ciclo e taxa de corte adotados. Os danos causados pela exploração representaram 5 % da área basal total, e a taxa de mortalidade quatro anos após a exploração foi 3,2 %.

Desmatamento na Amazônia: dinâmica, impactos e controle

O desmatamento na Amazônia procede a um alto ritmo por várias razões, muitas das quais dependem de decisões do governo. O desmatamento leva à perda de serviços ambientais, que têm um valor maior que os usos pouco sustentáveis que substituem a floresta. Estes serviços incluem a manutenção da biodiversidade, da ciclagem de água e dos estoques de carbono que evitam o agravamento do efeito estufa. Retroalimentações entre as mudanças climáticas e a floresta, por meio de processos tais como os incêndios florestais, a mortalidade de árvores por seca e calor e a liberação de estoques de carbono no solo, representam ameaças para o clima, a floresta e a população brasileira. Eventos recentes indicam que o desmatamento pode ser controlado, tendo a vontade política, pois os processos subjacentes dependem de decisões humanas.

Projeção da dinâmica da floresta natural de Terra-firme, região de Manaus-AM, com o uso da cadeia de transição probabilística de Markov

Os fatores que envolvem os processos da dinâmica da floresta influenciam a sua biodiversidade e, portanto, a qualidade da floresta. A definição de estratégias que envolve a proteção e o uso adequado da floresta manejada e a recuperação de áreas já degradadas tornam-se possível com o estudo da estrutura e dinâmica da floresta primária por meio de informações como a mortalidade, o recrutamento e a permanência das árvores no sistema florestal. Este trabalho teve como objetivo avaliar a dinâmica de uma floresta não perturbada e fazer projeções da dinâmica florestal usando a matriz de transição probabilística (Cadeia de Markov). As taxas de recrutamento, mortalidade e incremento foram determinadas a partir de inventários florestais realizados em dois transectos, nos sentidos Norte-Sul e Leste-Oeste (20 x 2500 m cada, totalizando 10 ha), localizados no km 50 da BR 174, na estrada vicinal ZF-2, Manaus/AM, nos anos de 2000 e 2004. A floresta acumulou 8,34 t.ha-1.ano-1 de biomassa fresca acima do solo. De acordo com projeção para 2008, o número total de árvores diminuirá em 2,67% (de 5987 indivíduos (2004) para 5827 (2008)) e a mortalidade será 15% maior (de 264 (2004) para 311 (2008)). O teste Qui-quadrado mostrou que não há diferença significativa (1% de probabilidade) entre as informações coletadas e projetadas. Esses resultados permitem concluir que a Cadeia de Markov é um eficiente instrumento para projetar a dinâmica da floresta natural, contribuindo para o planejamento em curto prazo das atividades que utilizam os recursos florestais.

Dinâmica do ecótono floresta-campo no sul do estado do Amazonas no Holoceno, através de estudos isotópicos e fitossociológicos

Com o emprego dos isótopos do carbono (12C, 13C, 14C) da matéria orgânica do solo (MOS) e das plantas, é apresentado um estudo comparativo entre perfis orgânicos de solos formados em depressões de áreas cobertas por ecossistemas de campos e florestas ao sul do estado do Amazonas, visando o entendimento da dinâmica da paleovegetação. A dinâmica da vegetação atual na região foi avaliada utilizando-se estudos fitossociológicos e caracterizações botânica e isotópica (delta13C) das espécies de plantas presentes em duas bordas floresta-campo. Teores de carbono orgânico total foram superiores nas camadas superficiais no campo, quando comparados com a floresta. Dados de delta13C associados à cronologia do 14C indicaram predomínio de plantas C3 no início do Holoceno em ambos os ecótonos. Entre aproximadamente 7.000-3.000 anos AP verificou-se a influência crescente de plantas C4, indicando regressão da floresta com possível presença de um clima mais seco. A partir de aproximadamente 3.000 anos AP os dados sugeriram expansão da floresta provavelmente relacionada ao retorno a um clima mais úmido. A presença de algumas espécies características da borda, como a Sclerolobium paniculatum e Himatanthus sucuuba, nos campos, sugere o atual avanço da floresta sobre os mesmos. Estas espécies estariam sendo as bioindicadoras desse avanço.

DOTA-based Ga(III) and Gd(III) chelates for medical imaging (PET, SPECT and MRI)

PhD Thesis in Sciences Specialization in Chemistry

The effects of solvent composition on the affinity of a peptide towards hair keratin: experimental and molecular dynamics data

The study of the interaction between hair filaments and formulations or peptides is of utmost importance in fields like cosmetic research. Keratin intermediate filaments structure is not fully described, limiting the molecular dynamics (MD) studies in this field although its high potential to improve the area. We developed a computational model of a truncated protofibril, simulated its behavior in alcoholic based formulations and with one peptide. The simulations showed a strong interaction between the benzyl alcohol molecules of the formulations and the model, leading to the disorganization of the keratin chains, which regress with the removal of the alcohol molecules. This behavior can explain the increase of peptide uptake in hair shafts evidenced in fluorescence microscopy pictures. The model developed is valid to computationally reproduce the interaction between hair and alcoholic formulations and provide a robust base for new MD studies about hair properties. It is shown that the MD simulations can improve hair cosmetic research, improving the uptake of a compound of interest.