Transmission dynamics and tuberculosis control among HIV/AIDS patients

Introduction: Les efforts globaux pour contrôler la tuberculose sont présentement restreints par la prévalence croissante du VIH/SIDA. Quoique les éclosions de la tuberculose multi résistante (TB-MDR) soient fréquemment rapportées parmi les populations atteintes du SIDA, le lien entre VIH/SIDA et le développement de résistance n’est pas clair. Objectifs: Cette recherche visait à : (1) développer une base de connaissances concernant les facteurs associés à des éclosions de la TB-MDR parmi les patients atteints du VIH/SIDA; (2) utiliser ce cadre de connaissances pour accroître des mesures préliminaires pour mieux contrôler la tuberculose pulmonaire chez les patients atteints du VIH/SIDA; et (3) afin d’améliorer l’application des ces mesures, affiner les techniques bactériologiques existantes pour Mycobacterium tuberculosis. Méthodologie: Quatre études ont été réalisées : (1) Une étude longitudinale pour identifier les facteurs associés avec une éclosion de la TB-MDR parmi les patients atteints du SIDA qui ont reçu le traitement directement supervisé de courte durée (DOTS) pour la tuberculose pulmonaire au Lima et au Pérou entre 1999 et 2005; (2) Une étude transversale pour décrire différentes étapes de l’histoire naturelle de la tuberculose, la prévalence et les facteurs associés avec la mycobactérie qu’on retrouve dans les selles des patients atteints du SIDA; (3) Un projet pilote pour développer des stratégies de dépistage pour la tuberculose pulmonaire parmi les patients hospitalisés atteints du SIDA, en utilisant l’essaie Microscopic Observation Drug Susceptibility (MODS); et (4) Une étude laboratoire pour identifier les meilleures concentrations critiques pour détecter les souches MDR de M. tuberculosis en utilisant l’essaie MODS. Résultats : Étude 1 démontre qu’une épidémie de TB-MDR parmi les patients atteints du SIDA qui ont reçu DOTS pour la tuberculose pulmonaire ait été causée par la superinfection du clone de M. tuberculosis plutôt que le développement de la résistance secondaire. Bien que ce clone ait été plus commun parmi la cohorte de patients atteints du SIDA, il n’avait aucune différence de risque pour superinfection entre les patients avec ou sans SIDA. Ces résultats suggèrent qu’un autre facteur, possiblement associé à la diarrhée, peu contribuer à la prévalence élevée de ce clone chez les patients atteints du SIDA. Étude 2 suggère que chez la plupart des patients atteints du SIDA il a été retrouvé une mycobactérie dans leurs selles alors qu’ils étaient en phase terminale au niveau de la tuberculose pulmonaire. Or, les patients atteints du SIDA ayant été hospitalisés pendant les deux dernières années pour une autre condition médicale sont moins à risque de se retrouver avec une mycobactérie dans leurs selles. Étude 3 confirme que la tuberculose pulmonaire a été commune à tous les patients hospitalisés atteints du SIDA, mais diagnostiquée incorrectement en utilisant les critères cliniques présentement recommandés pour la tuberculose. Or, l’essaie MODS a détecté pour la plupart de ces cas. De plus, MODS a été également efficace quand la méthode a été dirigée aux patients soupçonnés d’avoir la tuberculose, à cause de leurs symptômes. Étude 4 démontre les difficultés de détecter les souches de M. tuberculosis avec une faible résistance contre ethambutol et streptomycine en utilisant l’essai MODS avec les concentrations de drogue présentement recommandées pour un milieu de culture. Cependant, l’utilité diagnostique de MODS peut être améliorée ; modifier les concentrations critiques et utiliser deux plaques et non une, pour des tests réguliers. Conclusion: Nos études soulèvent la nécessité d’améliorer le diagnostic et le traitement de la tuberculose parmi les patients atteints du SIDA, en particulier ceux qui vivent dans des régions avec moins de ressources. Par ailleurs, nos résultats font ressortir les effets indirects que les soins de santé ont sur les patients infectés par le VIH et qu’ils peuvent avoir sur le développement de la tuberculose.

"Computer ""Insecurity"" and Viral Attacks:Liability Issues Regarding Unsafe Computer Systems Under Quebec Law"

Dans un contexte où les virus informatiques présentent un risque sérieux pour les réseaux à travers le globe, il est impératif de retenir la responsabilité des compagnies qui n’y maintiennent pas une sécurité adéquate. À ce jour, les tribunaux québécois n’ont pas encore été saisis d’affaires en responsabilité pour des virus informatiques. Cet article brosse un portrait général de la responsabilité entourant les virus informatiques en fonction des principes généraux de responsabilité civile en vigueur au Québec. L’auteur propose des solutions pour interpréter les trois critères traditionnels ­ la faute, le dommage et le lien causal ­ en mettant l’accent sur l’obligation de précaution qui repose sur les épaules de l’administrateur de réseau. Ce joueur clé pourrait bénéficier de l’adoption de dispositions générales afin de limiter sa responsabilité. De plus, les manufacturiers et les distributeurs peuvent également partager une partie de la responsabilité en proportion de la gravité de leur faute. Les entreprises ont un devoir légal de s’assurer que leurs systèmes sont sécuritaires afin de protéger les intérêts de leurs clients et des tiers.

The Deterrence Rational in the Criminalization of HIV/AIDS

Anne Merminod de l'Université McGill est récipiendaire du 2ème prix du concours de la bourse d'initiation à la recherche offerte par le Regroupement Droit et changements aux étudiants du baccalauréat en droit.

A brain-computer interface for navigation in virtual reality

L'interface cerveau-ordinateur (ICO) décode les signaux électriques du cerveau requise par l’électroencéphalographie et transforme ces signaux en commande pour contrôler un appareil ou un logiciel. Un nombre limité de tâches mentales ont été détectés et classifier par différents groupes de recherche. D’autres types de contrôle, par exemple l’exécution d'un mouvement du pied, réel ou imaginaire, peut modifier les ondes cérébrales du cortex moteur. Nous avons utilisé un ICO pour déterminer si nous pouvions faire une classification entre la navigation de type marche avant et arrière, en temps réel et en temps différé, en utilisant différentes méthodes. Dix personnes en bonne santé ont participé à l’expérience sur les ICO dans un tunnel virtuel. L’expérience fut a était divisé en deux séances (48 min chaque). Chaque séance comprenait 320 essais. On a demandé au sujets d’imaginer un déplacement avant ou arrière dans le tunnel virtuel de façon aléatoire d’après une commande écrite sur l'écran. Les essais ont été menés avec feedback. Trois électrodes ont été montées sur le scalp, vis-à-vis du cortex moteur. Durant la 1re séance, la classification des deux taches (navigation avant et arrière) a été réalisée par les méthodes de puissance de bande, de représentation temporel-fréquence, des modèles autorégressifs et des rapports d’asymétrie du rythme β avec classificateurs d’analyse discriminante linéaire et SVM. Les seuils ont été calculés en temps différé pour former des signaux de contrôle qui ont été utilisés en temps réel durant la 2e séance afin d’initier, par les ondes cérébrales de l'utilisateur, le déplacement du tunnel virtuel dans le sens demandé. Après 96 min d'entrainement, la méthode « online biofeedback » de la puissance de bande a atteint une précision de classification moyenne de 76 %, et la classification en temps différé avec les rapports d’asymétrie et puissance de bande, a atteint une précision de classification d’environ 80 %.

Comparison of epicardial mapping and noncontact endocardial mapping in dog experiments and computer simulations

La fibrillation auriculaire, l'arythmie la plus fréquente en clinique, affecte 2.3 millions de patients en Amérique du Nord. Pour en étudier les mécanismes et les thérapies potentielles, des modèles animaux de fibrillation auriculaire ont été développés. La cartographie électrique épicardique à haute densité est une technique expérimentale bien établie pour suivre in vivo l'activité des oreillettes en réponse à une stimulation électrique, à du remodelage, à des arythmies ou à une modulation du système nerveux autonome. Dans les régions qui ne sont pas accessibles par cartographie épicardique, la cartographie endocardique sans contact réalisée à l'aide d'un cathéter en forme de ballon pourrait apporter une description plus complète de l'activité auriculaire. Dans cette étude, une expérience chez le chien a été conçue et analysée. Une reconstruction électro-anatomique, une cartographie épicardique (103 électrodes), une cartographie endocardique sans contact (2048 électrodes virtuelles calculées à partir un cathéter en forme de ballon avec 64 canaux) et des enregistrements endocardiques avec contact direct ont été réalisés simultanément. Les systèmes d'enregistrement ont été également simulés dans un modèle mathématique d'une oreillette droite de chien. Dans les simulations et les expériences (après la suppression du nœud atrio-ventriculaire), des cartes d'activation ont été calculées pendant le rythme sinusal. La repolarisation a été évaluée en mesurant l'aire sous l'onde T auriculaire (ATa) qui est un marqueur de gradient de repolarisation. Les résultats montrent un coefficient de corrélation épicardique-endocardique de 0.8 (expérience) and 0.96 (simulation) entre les cartes d'activation, et un coefficient de corrélation de 0.57 (expérience) and 0.92 (simulation) entre les valeurs de ATa. La cartographie endocardique sans contact apparait comme un instrument expérimental utile pour extraire de l'information en dehors des régions couvertes par les plaques d'enregistrement épicardique.

Deep learning of representations and its application to computer vision

L’objectif de cette thèse par articles est de présenter modestement quelques étapes du parcours qui mènera (on espère) à une solution générale du problème de l’intelligence artificielle. Cette thèse contient quatre articles qui présentent chacun une différente nouvelle méthode d’inférence perceptive en utilisant l’apprentissage machine et, plus particulièrement, les réseaux neuronaux profonds. Chacun de ces documents met en évidence l’utilité de sa méthode proposée dans le cadre d’une tâche de vision par ordinateur. Ces méthodes sont applicables dans un contexte plus général, et dans certains cas elles on tété appliquées ailleurs, mais ceci ne sera pas abordé dans le contexte de cette de thèse. Dans le premier article, nous présentons deux nouveaux algorithmes d’inférence variationelle pour le modèle génératif d’images appelé codage parcimonieux “spike- and-slab” (CPSS). Ces méthodes d’inférence plus rapides nous permettent d’utiliser des modèles CPSS de tailles beaucoup plus grandes qu’auparavant. Nous démontrons qu’elles sont meilleures pour extraire des détecteur de caractéristiques quand très peu d’exemples étiquetés sont disponibles pour l’entraînement. Partant d’un modèle CPSS, nous construisons ensuite une architecture profonde, la machine de Boltzmann profonde partiellement dirigée (MBP-PD). Ce modèle a été conçu de manière à simplifier d’entraînement des machines de Boltzmann profondes qui nécessitent normalement une phase de pré-entraînement glouton pour chaque couche. Ce problème est réglé dans une certaine mesure, mais le coût d’inférence dans le nouveau modèle est relativement trop élevé pour permettre de l’utiliser de manière pratique. Dans le deuxième article, nous revenons au problème d’entraînement joint de machines de Boltzmann profondes. Cette fois, au lieu de changer de famille de modèles, nous introduisons un nouveau critère d’entraînement qui donne naissance aux machines de Boltzmann profondes à multiples prédictions (MBP-MP). Les MBP-MP sont entraînables en une seule étape et ont un meilleur taux de succès en classification que les MBP classiques. Elles s’entraînent aussi avec des méthodes variationelles standard au lieu de nécessiter un classificateur discriminant pour obtenir un bon taux de succès en classification. Par contre, un des inconvénients de tels modèles est leur incapacité de générer deséchantillons, mais ceci n’est pas trop grave puisque la performance de classification des machines de Boltzmann profondes n’est plus une priorité étant donné les dernières avancées en apprentissage supervisé. Malgré cela, les MBP-MP demeurent intéressantes parce qu’elles sont capable d’accomplir certaines tâches que des modèles purement supervisés ne peuvent pas faire, telles que celle de classifier des données incomplètes ou encore celle de combler intelligemment l’information manquante dans ces données incomplètes. Le travail présenté dans cette thèse s’est déroulé au milieu d’une période de transformations importantes du domaine de l’apprentissage à réseaux neuronaux profonds qui a été déclenchée par la découverte de l’algorithme de “dropout” par Geoffrey Hinton. Dropout rend possible un entraînement purement supervisé d’architectures de propagation unidirectionnel sans être exposé au danger de sur- entraînement. Le troisième article présenté dans cette thèse introduit une nouvelle fonction d’activation spécialement con ̧cue pour aller avec l’algorithme de Dropout. Cette fonction d’activation, appelée maxout, permet l’utilisation de aggrégation multi-canal dans un contexte d’apprentissage purement supervisé. Nous démontrons comment plusieurs tâches de reconnaissance d’objets sont mieux accomplies par l’utilisation de maxout. Pour terminer, sont présentons un vrai cas d’utilisation dans l’industrie pour la transcription d’adresses de maisons à plusieurs chiffres. En combinant maxout avec une nouvelle sorte de couche de sortie pour des réseaux neuronaux de convolution, nous démontrons qu’il est possible d’atteindre un taux de succès comparable à celui des humains sur un ensemble de données coriace constitué de photos prises par les voitures de Google. Ce système a été déployé avec succès chez Google pour lire environ cent million d’adresses de maisons.

A NOVEL METHOD OF DETECTING HIV/AIDS USING MICROWAVES

HIV/AIDS is one of the most destructive epidemics in ever recorded history claims an estimated 2.4 –3.3 million lives every year. Even though there is no treatment for this pandemic Elisa and Western Blot tests are the only tests currently available for detecting HIV/AIDS. This article proposes a new method of detecting HIV/AIDS based on the measurement of the dielectric properties of blood at the microwave frequencies. The measurements were made at the S-band of microwave frequency using rectangular cavity perturbation technique with the samples of blood from healthy donors as well as from HIV/AIDS patients. An appreciable change is observed in the dielectric properties of patient samples than with the normal healthy samples and these measurements were in good agreement with clinical results. This measurement is an alternative in vitro method of diagnosing HIV/AIDS using microwaves.

Studies on new processing aids and other compounding ingredients in special purpose rubbers

In the first part of the study we probed the effectiveness of rice bran oil as a multipurpose compounding ingredient for nitrile (NBR) and chloroprene (CR) rubbers. This oil has already been successfully employed in the compounding of NR and SBR in this laboratory.In this context we thought it worthwhile to try this oil in the polar rubbers viz, NBR and CR also. The principle of like dissolves like as applicable to solvents is equally applicable while selecting a plasticiser, elastomer combination. Because of the compatibility considerations polar plasticisers are preferred for polar rubbers like NBR and CR. Although plasticisation is a physical phenomenon and no chemical reaction is involved, the chemical structure of plasticisers determines how much physical attraction there is between the rubber and the plasticiser. In this context it is interesting to note that the various fatty acids present in rice bran oil have a long paraffinic chain, characteristic of waxes, with an acid group at the end of the molecule. The paraffinic end of the molecule contributes lubricating effects and limits compatibility whereas the acid end group contributes some polarity and is also chemically reactive. Because of absorption of acid group on the surface of pigments, these acids will have active pigment wetting characteristics also. These factors justifies the role of rice bran oil as a co-activator and lubricating agent for NBR and CR. In fact in our study we successfully replaced stearic acid as co-activator and aromatic oillDOP as processing aid for CR and NBR with rice bran oil.This part of the study has got special significance in the fact that rubber industry now heavily depends on petroleum industry for process oils. The conventional process oils like aromatic, naphthenic and paraffinic oils are increasingly becoming costlier, as its resources in nature are fast depleting. Moreover aromatic process oils are reported to be carcinogenic because of the presence of higher levels of polycyclic aromatic compounds in these oils.As a result of these factors, a great amount research is going on world over for newer processing aids which are cost effective, nontoxic and performanance wise at par with the conventional ones used in the rubber industry. Trials with vegetable oils in this direction is worth trying.Antioxidants are usually added to the rubber compound to minimise ageing effects from heat, light, oxygen etc. As rice bran oil contains significant amount of tocopherols and oryzanol which are natural antioxidants, we replaced a phenolic antioxidant like styrenated phenol (SP) from the compound recipe of both the rubbers with RBO and ascertained whether this oil could function in the role of antioxidant as well.Preparation and use of epoxidised rice bran oil as plasticiser has already been reported.The crude rice bran oil having an iodine value of 92 was epoxidised in this laboratory using peracetic acid in presence of sulphuric acid as catalyst. The epoxy content of the epoxidised oil was determined volumetrically by treating a known weight of the oil with excess HCI and back titrating the residual HCI with standard alkali solution. The epoxidised oil having an epoxy content of 3.4% was tried in the compounding of NBR and CR as processing aids. And results of these investigations are also included in this chapter. In the second part of the study we tried how RBO/ERBO could perform when used as a processing aid in place of aromatic oil in the compounding of black filled NRCR blends. Elastomers cannot have all the properties required for a particular applications, so it is common practice in rubber industry to blend two elastomers to have desired property for the resulting blend.In this RBO/ERBO was tried as a processing aid for plasticisation, dispersion of fillers, and vulcanisation of black filled NR-CR blends.Aromatic oil was used as a control. The results of our study indicate that these oils could function as a processing aid and when added together with carbon black function as a cure accelerator also.PVC is compatible with nitrile rubber in all proportions, provided NBR has an acrylonitrile content of 25 to 40%. Lower or higher ACN content in NBR makes it incompatible with PVC.PVC is usually blended with NBR at high temperatures. In order to reduce torque during mixing, additional amounts of plasticisers like DOP are added. The plasticiser should be compatible both with PVC and NBR so as to get a homogeneous blend. Epoxidised soyaben oil is reported to have been used in the compounding of PVC as it can perfonn both as an efficient plasticiser and heat stabilizer.At present DOP constitute the largest consumed plasticiser in the PVC compounding. The migration of this plasticiser from food packaging materials made of PVC poses great health hazards as this is harmful to human body. In such a scenario we also thought it worthwhile to see whether DOP could be replaced by rice bran oil in the compounding of NBR-PVC blends Different blends of NBR-PVC were prepared with RBO and were vulcanized using sulphur and conventional accelerators. The various physical and mechanical properties of the vulcanisates were evaluated and compared with those prepared with DOP as the control plasticiser. Epoxidised rice bran oil was also tried as plasticiser for the preparation of NBR-PVC blends. A comparison of the processability and cure characteristics of the different blends prepared with DOP and ERBO showed that ERBO based blends have better processability and lower cure time values. However the elastographic maximum torque values are higher for the DOP based blends. Almost all of the physical properties evaluated are found to be slightly better for the DOP based blends over the ERBO based ones. However a notable feature of the ERBO based blends is the better percentage retention of elongation at break values after ageing over the DOP based blends. The results of these studies using rice bran oil and its epoxidised variety indicated that they could be used as efficient plasticisers in place of DOP and justifies their role as novel, nontoxic, and cheap plasticisers for NBR-PVC blends.

Real Time Raga Detection and Analysis Using Computer

Department of Computer Applications, Cochin University of Science and Technology

Studies Using Computer Simulation Models to Solve Problems Related to Logistics Terminals

This thesis deals with the use of simulation as a problem-solving tool to solve a few logistic system related problems. More specifically it relates to studies on transport terminals. Transport terminals are key elements in the supply chains of industrial systems. One of the problems related to use of simulation is that of the multiplicity of models needed to study different problems. There is a need for development of methodologies related to conceptual modelling which will help reduce the number of models needed. Three different logistic terminal systems Viz. a railway yard, container terminal of apart and airport terminal were selected as cases for this study. The standard methodology for simulation development consisting of system study and data collection, conceptual model design, detailed model design and development, model verification and validation, experimentation, and analysis of results, reporting of finding were carried out. We found that models could be classified into tightly pre-scheduled, moderately pre-scheduled and unscheduled systems. Three types simulation models( called TYPE 1, TYPE 2 and TYPE 3) of various terminal operations were developed in the simulation package Extend. All models were of the type discrete-event simulation. Simulation models were successfully used to help solve strategic, tactical and operational problems related to three important logistic terminals as set in our objectives. From the point of contribution to conceptual modelling we have demonstrated that clubbing problems into operational, tactical and strategic and matching them with tightly pre-scheduled, moderately pre-scheduled and unscheduled systems is a good workable approach which reduces the number of models needed to study different terminal related problems.

An Alternative Approach To Computer System Security Monitoring And Enhancement Through System Call Sequence Analysis

Modern computer systems are plagued with stability and security problems: applications lose data, web servers are hacked, and systems crash under heavy load. Many of these problems or anomalies arise from rare program behavior caused by attacks or errors. A substantial percentage of the web-based attacks are due to buffer overflows. Many methods have been devised to detect and prevent anomalous situations that arise from buffer overflows. The current state-of-art of anomaly detection systems is relatively primitive and mainly depend on static code checking to take care of buffer overflow attacks. For protection, Stack Guards and I-leap Guards are also used in wide varieties.This dissertation proposes an anomaly detection system, based on frequencies of system calls in the system call trace. System call traces represented as frequency sequences are profiled using sequence sets. A sequence set is identified by the starting sequence and frequencies of specific system calls. The deviations of the current input sequence from the corresponding normal profile in the frequency pattern of system calls is computed and expressed as an anomaly score. A simple Bayesian model is used for an accurate detection.Experimental results are reported which show that frequency of system calls represented using sequence sets, captures the normal behavior of programs under normal conditions of usage. This captured behavior allows the system to detect anomalies with a low rate of false positives. Data are presented which show that Bayesian Network on frequency variations responds effectively to induced buffer overflows. It can also help administrators to detect deviations in program flow introduced due to errors.

Computer vision techniques in seafood quality control

The application of computer vision based quality control has been slowly but steadily gaining importance mainly due to its speed in achieving results and also greatly due to its non- destnictive nature of testing. Besides, in food applications it also does not contribute to contamination. However, computer vision applications in quality control needs the application of an appropriate software for image analysis. Eventhough computer vision based quality control has several advantages, its application has limitations as to the type of work to be done, particularly so in the food industries. Selective applications, however, can be highly advantageous and very accurate.Computer vision based image analysis could be used in morphometric measurements of fish with the same accuracy as the existing conventional method. The method is non-destructive and non-contaminating thus providing anadvantage in seafood processing.The images could be stored in archives and retrieved at anytime to carry out morphometric studies for biologists.Computer vision and subsequent image analysis could be used in measurements of various food products to assess uniformity of size. One product namely cutlet and product ingredients namely coating materials such as bread crumbs and rava were selected for the study. Computer vision based image analysis was used in the measurements of length, width and area of cutlets. Also the width of coating materials like bread crumbs was measured.Computer imaging and subsequent image analysis can be very effectively used in quality evaluations of product ingredients in food processing. Measurement of width of coating materials could establish uniformity of particles or the lack of it. The application of image analysis in bacteriological work was also done

Diffusive transport properties in monovalent and divalent metal-ion halide melts: A computer simulation study

Self- and cross-velocity correlation functions and related transport coefficients of molten salts are studied by molecular-dynamics simulation. Six representative systems are considered, i.e., NaCl and KCl alkali halides, CuCl and CuBr noble-metal halides, and SrCl2 and ZnCl2 divalent metal-ion halides. Computer simulation results are compared with experimental self-diffusion coefficients and electrical conductivities. Special attention is paid to dynamic cross correlations and their dependence on the Coulomb interactions as well as on the size and mass differences between anions and cations.

Management of Traffic Control — A Computer Oriented Approach

Traffic Management system (TMS) comprises four major sub systems: The Network Database Management system for information to the passengers, Transit Facility Management System for service, planning, and scheduling vehicle and crews, Congestion Management System for traffic forecasting and planning, Safety Management System concerned with safety aspects of passengers and Environment. This work has opened a rather wide frame work of model structures for application on traffic. The facets of these theories are so wide that it seems impossible to present all necessary models in this work. However it could be deduced from the study that the best Traffic Management System is that whichis realistic in all aspects is easy to understand is easy to apply As it is practically difficult to device an ideal fool—proof model, the attempt here has been to make some progress-in that direction.