Funktion und Biogenese kleiner RNAs in Dictyostelium discoideum

RNA mediated gene silencing pathways are highly conserved among eukaryotes and they have been well investigated in animals and in plants. Longer dsRNA molecules trigger the silencing pathways: RNase III proteins and their dsRNA binding protein (dsRBP) partners recognize those molecules as a substrate and process 21 nucleotide long microRNAs (miRNAs) or small interfering RNAs (siRNAs). Some organisms encode RNA dependent RNA polymerases (RdRPs), which are able to expand the pool of existing siRNAs. Argonaute proteins are able to bind small regulatory RNAs and are subsequently recruited to target mRNAs by base complementary. This leads in turn to transcriptional or posttranscriptional silencing of respective genes. The Dictyostelium discoideum genome encodes two Dicer homologues (DrnA and DrnB), five Argonaute proteins (AgnA to AgnE) and three RdRPs (RrpA to RrpC). In addition, the amoeba is known to express miRNAs and siRNAs, while the latter derive mainly from the DIRS-1 retrotransposon. One part of this work focused on the miRNA biogenesis pathway of D. discoideum. It was shown that the dsRNA binding protein RbdB is a necessary component for miRNA processing in the amoeba. There were no mature miRNAs detectable by Northern blot analysis in rbdB- strains, which is also true for drnB mutants. Moreover, primary miRNA-transcripts (pri-miRNAs) accumulated in rbdB- and drnB- strains. Fluorescence microscopy studies showed a nuclear localization of RbdB. RbdB accumulated in distinct perinucleolar foci. These were reminiscent of plant dicing bodies that contain essential protein components for miRNA processing. It is well known that RNase III enzymes and dsRBPs work together during miRNA processing in higher eukaryotes. This work demonstrated that the same is true for members of the amoebozoa supergroup. In Arabidopsis the nuclear zinc finger protein Serrate (SE) is also necessary for miRNA processing. The D. discoideum homologue SrtA, however, is not relevant which has been shown by the analysis of the respective knockdown strain. MiRNAs are known to be differentially expressed in several RNAi knockout strains. The accumulation of miRNAs in agnA- strains and a strong decrease in rbdB- strains were criteria that could thus be successfully used (among others) to identify and validate new miRNAs candidates by Illumina®-RNA sequencing. In another part of this study, the silencing and amplification of the DIRS-1 retrotransposons was analyzed in more detail. It was already known that DIRS-1 transcripts and extrachromosomal DIRS-1 DNA molecules accumulated in agnA- strains. This phenotype was correlated with the loss of endogenous DIRS-1 siRNAs in the knockout strain. By deep sequencing analysis of small RNAs from the AX2 wild type and the agnA- strain, the strong decrease of endogenous DIRS-1 siRNAs in the mutant strain (accounting for 70 %) could be confirmed. Further analysis of the data revealed an unequal distribution of DIRS-1 derived siRNAs along the retroelement in the wild type strain, since only very few of them matched the inverted terminal repeats (ITRs) and the 5’- half of the first open reading frame (ORF). Besides, sense and antisense siRNAs were asymmetrically distributed, as well. By using different reporter constructs it was shown indirectly that AgnA is necessary for the RrpC mediated production of secondary DIRS-1 siRNAs. These analyses also demonstrated an amplification of siRNAs in 5’- and in 3’-direction. Further analysis of the agnA- strain revealed that not only DIRS-1 sense transcripts but also ORF2 and ORF3 encoded proteins were enriched. In contrast, the ORF1 encoded protein GAG was equally expressed in the mutant and the wild type. This might reflect the unequal distribution of endogenous DIRS-1 siRNAs along the retrotransposon. Southern Blot and PCR-analyses showed that extrachromosomal DIRS-1 DNA molecules are present in the cytoplasm of angA- strains and that they are complementary to sense transcripts of intact DIRS-1 elements. Thus, the extrachromosomal DIRS-1 intermediates are likely incomplete cDNA molecules generated by the DIRS-1 encoded reverse transcriptase. One could hypothesize that virus like particles (VLPs) are the places of DIRS-1 cDNA synthesis. At least, DIRS-1 GAG proteins interact and fluorescence microscopy studies showed that they localize in distinct cytoplasmic foci which accumulate in close proximity to the nuclei.

A Government-Binding Based Parser for Warlpiri, a Free-Word Order Language

Free-word order languages have long posed significant problems for standard parsing algorithms. This thesis presents an implemented parser, based on Government-Binding (GB) theory, for a particular free-word order language, Warlpiri, an aboriginal language of central Australia. The words in a sentence of a free-word order language may swap about relatively freely with little effect on meaning: the permutations of a sentence mean essentially the same thing. It is assumed that this similarity in meaning is directly reflected in the syntax. The parser presented here properly processes free word order because it assigns the same syntactic structure to the permutations of a single sentence. The parser also handles fixed word order, as well as other phenomena. On the view presented here, there is no such thing as a "configurational" or "non-configurational" language. Rather, there is a spectrum of languages that are more or less ordered. The operation of this parsing system is quite different in character from that of more traditional rule-based parsing systems, e.g., context-free parsers. In this system, parsing is carried out via the construction of two different structures, one encoding precedence information and one encoding hierarchical information. This bipartite representation is the key to handling both free- and fixed-order phenomena. This thesis first presents an overview of the portion of Warlpiri that can be parsed. Following this is a description of the linguistic theory on which the parser is based. The chapter after that describes the representations and algorithms of the parser. In conclusion, the parser is compared to related work. The appendix contains a substantial list of test cases ??th grammatical and ungrammatical ??at the parser has actually processed.

On optimal computation of MPLS label binding for multipoint-to-point connections

Most network operators have considered reducing Label Switched Routers (LSR) label spaces (i.e. the number of labels that can be used) as a means of simplifying management of underlaying Virtual Private Networks (VPNs) and, hence, reducing operational expenditure (OPEX). This letter discusses the problem of reducing the label spaces in Multiprotocol Label Switched (MPLS) networks using label merging - better known as MultiPoint-to-Point (MP2P) connections. Because of its origins in IP, MP2P connections have been considered to have tree- shapes with Label Switched Paths (LSP) as branches. Due to this fact, previous works by many authors affirm that the problem of minimizing the label space using MP2P in MPLS - the Merging Problem - cannot be solved optimally with a polynomial algorithm (NP-complete), since it involves a hard- decision problem. However, in this letter, the Merging Problem is analyzed, from the perspective of MPLS, and it is deduced that tree-shapes in MP2P connections are irrelevant. By overriding this tree-shape consideration, it is possible to perform label merging in polynomial time. Based on how MPLS signaling works, this letter proposes an algorithm to compute the minimum number of labels using label merging: the Full Label Merging algorithm. As conclusion, we reclassify the Merging Problem as Polynomial-solvable, instead of NP-complete. In addition, simulation experiments confirm that without the tree-branch selection problem, more labels can be reduced

Análisis de factibilidad en la recolección y recuperación de pilas de zinc-aire para audífonos cubiertos por el POS

Debido a la latente preocupación ambiental, la nueva y futura legislación sobre el tema y la forma en que estos factores afectan a las empresas, en este trabajo realizado en la Universidad del Rosario en el primer semestre del 2011, se realizó un estudio de la factibilidad de realizar un plan post consumo para las pilas zinc-aire, referencias R10, R13, R312 y R675 que son utilizadas para los aparatos auditivos. Existe una gran cantidad de pilas zinc-aire que alcanzan el final de su vida útil semanalmente en el país y estas son potencialmente tóxicas y no-biodegradables, por lo que decidimos investigar qué tan factible podía ser hacer una recuperación eficiente de las mismas y qué beneficios podría reportar a las empresas del sector. En la investigación se descartaron opciones como la desmaterialización para venta de sus materiales y la recarga de las pilas para su re-uso, ambas debido a que aún no se cuenta con la tecnología necesaria en el continente para estas opciones. Se consideró entonces el planteamiento de un plan Post-consumo para la correcta disposición de estas pilas, para lo cual es necesario exportarla al continente Europeo. A partir del planteamiento del Plan Post-consumo se hizo un estudio de la factibilidad del mismo, logrando determinar los aspectos principales del plan, como son: Información del producto, del mercado, transporte, almacenamiento, procedimiento del reciclaje, beneficios ambientales, y los costos de llevarlo a cabo.

Preferential binding to elk-1 by sle-associated il10 risk allele upregulates il10 expression

Immunoregulatory cytokine interleukin-10 (IL-10) is elevated in sera from patients with systemic lupus erythematosus (SLE) correlating with disease activity. The established association of IL10 with SLE and other autoimmune diseases led us to fine map causal variant(s) and to explore underlying mechanisms. We assessed 19 tag SNPs, covering the IL10 gene cluster including IL19, IL20 and IL24, for association with SLE in 15,533 case and control subjects from four ancestries. The previously reported IL10 variant, rs3024505 located at 1 kb downstream of IL10, exhibited the strongest association signal and was confirmed for association with SLE in European American (EA) (P = 2.7×10−8, OR = 1.30), but not in non-EA ancestries. SNP imputation conducted in EA dataset identified three additional SLE-associated SNPs tagged by rs3024505 (rs3122605, rs3024493 and rs3024495 located at 9.2 kb upstream, intron 3 and 4 of IL10, respectively), and SLE-risk alleles of these SNPs were dose-dependently associated with elevated levels of IL10 mRNA in PBMCs and circulating IL-10 protein in SLE patients and controls. Using nuclear extracts of peripheral blood cells from SLE patients for electrophoretic mobility shift assays, we identified specific binding of transcription factor Elk-1 to oligodeoxynucleotides containing the risk (G) allele of rs3122605, suggesting rs3122605 as the most likely causal variant regulating IL10 expression. Elk-1 is known to be activated by phosphorylation and nuclear localization to induce transcription. Of interest, phosphorylated Elk-1 (p-Elk-1) detected only in nuclear extracts of SLE PBMCs appeared to increase with disease activity. Co-expression levels of p-Elk-1 and IL-10 were elevated in SLE T, B cells and monocytes, associated with increased disease activity in SLE B cells, and were best downregulated by ERK inhibitor. Taken together, our data suggest that preferential binding of activated Elk-1 to the IL10 rs3122605-G allele upregulates IL10 expression and confers increased risk for SLE in European Americans.

Using the PfEMP1 Head Structure Binding Motif to Deal a Blow at Severe Malaria

Plasmodium falciparum (Pf) malaria causes 200 million cases worldwide, 8 million being severe and complicated leading to similar to 1 million deaths and similar to 100,000 abortions annually. Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1 (PfEMP1) has been implicated in cytoadherence and infected erythrocyte rosette formation, associated with cerebral malaria; chondroitin sulphate-A attachment and infected erythrocyte sequestration related to pregnancy-associated malaria and other severe forms of disease. An endothelial cell high activity binding peptide is described in several of this similar to 300 kDa hypervariable protein's domains displaying a conserved motif (GACxPxRRxxLC); it established H-bonds with other binding peptides to mediate red blood cell group A and chondroitin sulphate attachment. This motif (when properly modified) induced PfEMP1-specific strain-transcending, fully-protective immunity for the first time in experimental challenge in Aotus monkeys, opening the way forward for a long sought-after vaccine against severe malaria.

Factores asociados a deficiencia de zinc en niños colombianos entre 1 y 4 años de edad

Introducción: Las deficiencias de micronutrientes continúan siendo un problema de salud pública en la población infantil, dentro de las ellas se ha encontrado a la deficiencia de zinc causa importante de morbi-mortalidad en los países en desarrollo, la nutrición adecuada de zinc es esencial para un crecimiento adecuado, inmunocompetencia y desarrollo neuroconductual; se dispone de información insuficiente sobre el estado de zinc en la población preescolar lo cual dificulta la expansión de las intervenciones para el control de su deficiencia. Colombia presenta una deficiencia de este micronutriente, considerándose a nivel mundial como un problema de salud pública moderado a severo. Una evaluación sobre la prevalencia y factores determinantes asociados puede proporcionar datos sobre el riesgo de deficiencia de zinc en una población, considerando factores demográficos, sociales y nutricionales que podrían predisponer a la población preescolar colombiana a sufrir este déficit. Metodología: Estudio observacional de corte transversal que incluyó 4275 niños entre 1 y 4 años, utilizando datos de la Encuesta Nacional de Situación Nutricional (ENSIN-2010). Se realizaron análisis bivariados y multivariados para determinar factores asociados positiva y negativamente con deficiencia de zinc. Resultados: El 49,1% de los niños encuestados cursaban con deficiencia de zinc. Los factores de riesgo asociados a deficiencia de zinc encontrados fueron menor edad, peso y talla bajos, vivir en región Atlántica, región Central, Territorios Nacionales, vivienda en área de población dispersa, pertenencia a etnia afrocolombiana, pertenencia a etnia indígena, estar afiliado a régimen subsidiado, no estar afiliado a ningún régimen de salud, madre sin educación, no asistencia a programa de alimentación dirigido y el grado severo de inseguridad Conclusiones: El déficit de zinc en los niños entre 1 y 4 años de edad es multifactorial, siendo un reflejo probable de la situación de inequidad de la población colombiana, en especial, la más pobre y vulnerable. Palabras clave: Zinc, Deficiencia de zinc, factores asociados, niños entre 1 y 4 años, Colombia

Universality or acquisition of binding principles?

El artículo es un intento de dar un nuevo enfoque a la controversia sobre la universalidad de la 'Binding Theory', principalmente en los principios A y B. Los autores presentan evidencias no solo desde la lingüística sincrónica y diacrónica, sino tambia desde resultados obtenidos en experimentos en el campo de la adquisición del lenguaje, que permiten concluir que aunque estos principios sintácticos existen, no son universales.

Adsorció d'or i zinc amb resines impregnades XAD-2. Superfície d'Equilibri, un nou concepte per a l'adsorció

Dins dels processos de recuperació de metalls de dissolucions diluïdes s'ha realitzat un estudi del procés d'extracció d'or i de zinc mitjançant resines amberlite XAD-2 impregnades amb sulfur de triisobutil fosfina (TIBPS) i àcid di-(2-etilhexil) fosfòric (DEHPA) respectivament. S'ha realitzat un estudi de l'equilibri de l'adsorció d'espècies metàl·liques d'aquests metalls amb les resines indicades anteriorment. Amb la metodologia emprada per a la determinació dels punts d'equilibri dels experiments en batch i en columna, s'ha vist que una única isoterma no podia descriure el fenomen global d'equilibri i que en funció de la metodologia emprada s'obtenien isotermes diferents. Es va introduir una nova variable per poder explicar el fenomen observat, i per tant, amb aquesta nova variable l'equació de la isoterma es converteix amb l'equació d'una supèrfície que s'ha definit com a Superfície d'Equilibri. S'han determinat les equacions de les Suprfícies d'Equilibri dels sistemes d'adsorció estudiats (Au(III) TIBPS/XAD-2 i Zn(II) DEHPA/XAD-2) observan una bona coincidència de tots els punts d'equilibri obtinguts sobre la superfície, així com, un bon ajust de totes les isotermes obtingudes en funció de les diferents metodologies emprades sobre les respectives superfícies d'equilibri. Aquest nou concepte generalitza el concepte d'isoterma d'un procés d'adsorció. Fimalment, s'ha plantejat un model matemàtic d'adsorció per a determinar el coeficient efectiu de difusió (De) i el coeficient de transferància de matèria (kf) per ambdós sistemes d'adsorció estudiats mitjançant l'aplicació del model de difusió de sòlid homogeni (HSDM), utilitzant com a condició de contorn en el model la isoterma de Langmuir obtinguda mitjançant els experiments en columna de llit fix i emprant també l'equació obtinguda mitjançant el nou concepte de Superfície d'Equilibri. Els resultats obtinguts són molt satisfactoris, per tant, es pot concloure que la Superfície d'Equilibri és una bona eina per a descriure l'equilibri en els processos d'adsorció d'or i zinc amb les resines amberlite XAD-2 impregnades amb TIBPS i DEHPA respectivament.

Síntesi i estructura de lligands hexaazamacrocíclics i dels seus complexos de Zn. Estudis de catàlisi i de fenòmens de reconeixement molecular amb substrats aniònics

Es realitza una breu introducció a la Química Supramolecular, la qual estudia les estructures i funcions de les associacions que resulten de la unió d'espècies moleculars a través d'enllaços intermoleculars, no covalents. El reconeixement molecular, reactivitat i transport són les funcions bàsiques de les espècies supramoleculars. El present treball tracta de la química supramolecular d'anions i del potential efecte catalític de complexos de Zinc amb lligands hexaazamacrocilics en reaccions de hidròlisis d'esters de fosfat. Els lligands descrits en aquest treball són lligands macrocíclics hexadentats formats per amines secundàries o terciàries enllaçades a cadenes alquíliques de dos o tres àtoms de carbonis formant dos braços, que estan unides per un espaiador, El conjunt de lligands que s'estudien permeten estudiar els diferents factors, geomètrics, electrònics i estèrics que controlen els fenòmens de reconeixement molecular. El treball descriu en detall els procediments de síntesi i la caracterització d'aquest conjunt de lligands. S'ha realitzat un estudi sistemàtic dels diferents factors que afecten als fenòmens de reconeixement molecular entre lligands macrocíclics (L), descrits anteriorment i substrats aniònics (S): fosfats, polifosfats i dicarboxilats. Els estudis s'han realitzat tant en dissolució aquosa, a partir de mesures potenciomètriques, com en estat sòlid per difracció de Raig-X a partir de la obtenció de les estructures cristal·lines dels complexos. La força de l'enllaç en els complexos ternaris H:L:S es racionalitza en termes d'enllaç per pont d'hidrogen, interaccions electrostàtiques i interaccions per -Stacking. Així mateix es racionalitza la importància de les dimensions i forma de la cavitat en el grau d'interacció. Actualment hi ha un gran interès en l'estudi del paper que juguen els ions metàl·lics en el centre actiu dels metal·loenzims hidrolítics tal com la carboxipeptidasa, que catalitza la hidròlisi d'aminoàcids C-terminals de substrats polipeptídics, l'anhidrasa carbònica, que catalitza la reacció d'hidratació del CO2 per donar hidrogencarbonat, la fosfatasa alcalina, que actua catalitzant la hidròlisi no específica de monoesters de fosfats a pH alcalí. El Zn(II) és un metall que es troba sovint formant part dels centres actius dels metal·loenzims i és el segon element de transició més abundant en els organismes vius. Per aquest motiu són útils els models sintètics que puguin actuar com a mimetitzadors de reaccions bioinorgàniques en les que els metal·loenzims juguen un paper com a catalitzadors. Els models sintètics són complexos de metalls de transició formats per un lligand o lligands en el seu entorn de coordinació més immediat que tinguin efectes electrònics i estèrics els més similar possible als que es produeixen en el centre actiu dels enzims. Donat la importància dels complexos de Zn(II) com a models biomimètics de metal·loenzims hidrolítics, s'han sintetitzat i caracteritzat complexos dinuclears de Zn(II) amb lligands hexaazamacrocíclics descrits anteriorment. S'ha realitzat un estudi de la seva activitat catalítica en la hidròlisi d'un ester activat, l'acetat de p-nitrofenil, un substrat característic que s'utilitza per analitzar l'activitat catalítica dels models biomimètics.