Parallel hyperspectral unmixing method on GPU

Many Hyperspectral imagery applications require a response in real time or near-real time. To meet this requirement this paper proposes a parallel unmixing method developed for graphics processing units (GPU). This method is based on the vertex component analysis (VCA), which is a geometrical based method highly parallelizable. VCA is a very fast and accurate method that extracts endmember signatures from large hyperspectral datasets without the use of any a priori knowledge about the constituent spectra. Experimental results obtained for simulated and real hyperspectral datasets reveal considerable acceleration factors, up to 24 times.

Comparison of Disposable Pipette Extraction and Dispersive Solid-Phase Extraction in the QuEChERS Method for Analysis of Pesticides in Strawberries

In this study, we sought to assess the applicability of GC–MS/MS for the identification and quantification of 36 pesticides in strawberry from integrated pest management (IPM) and organic farming (OF). Citrate versions of QuEChERS (quick, easy, cheap, effective, rugged and safe) using dispersive solid-phase extraction (d-SPE) and disposable pipette extraction (DPX) for cleanup were compared for pesticide extraction. For cleanup, a combination of MgSO4, primary secondary amine and C18 was used for both the versions. Significant differences were observed in recovery results between the two sample preparation versions (DPX and d-SPE). Overall, 86% of the pesticides achieved recoveries (three spiking levels 10, 50 and 200 µg/kg) in the range of 70–120%, with <13% RSD. The matrix effects were also evaluated in both the versions and in strawberries from different crop types. Although not evidencing significant differences between the two methodologies were observed, however, the DPX cleanup proved to be a faster technique and easy to execute. The results indicate that QuEChERS with d-SPE and DPX and GC–MS/MS analysis achieved reliable quantification and identification of 36 pesticide residues in strawberries from OF and IPM.

Development of a system to monitor surfer’s balance and plantar pressure and surfboard’s movement

O uso da tecnologia tem crescido nas últimas décadas nas mais diversas áreas, seja na indústria ou no dia-a-dia, e é cada vez mais evidente os benefícios que traz. No desporto não é diferente. Cada dia surgem novos desenvolvimentos objetivando a melhoria do desempenho dos praticantes de atividades físicas, possibilitando atingir resultados nunca antes pensados. Além disto, a utilização da tecnologia no desporto permite a obtenção de dados biomecânicos que podem ser utilizados tanto no treinamento quando na melhoria da qualidade de vida dos atletas auxiliando na prevenção de lesões, por exemplo. Deste modo, o presente projeto se aplica na área do desporto, nomeadamente, na modalidade do surfe, onde a ausência de trabalhos científicos ainda é elevada, aliando a tecnologia eletrônica ao desporto para quantificar informações até então desconhecidas. Três fatores básicos de desempenho foram levantados, sendo eles: equilíbrio, posicionamento dos pés e movimentação da prancha de surfe. Estes fatores levaram ao desenvolvimento de um sistema capaz de medi-los dinamicamente através da medição das forças plantares e da rotação da prancha de surfe. Além da medição dos fatores, o sistema é capaz de armazenar os dados adquiridos localmente através de um cartão de memória, para posterior análise; e também enviá-los através de uma comunicação sem fio, permitindo a visualização do centro de pressões plantares; dos ângulos de rotação da prancha de surfe; e da ativação dos sensores; em tempo real. O dispositivo consiste em um sistema eletrônico embarcado composto por um microcontrolador ATMEGA1280; um circuito de aquisição e condicionamento de sinal analógico; uma central inercial; um módulo de comunicação sem fio RN131; e um conjunto de sensores de força Flexiforce. O firmware embarcado foi desenvolvido em linguagem C. O software Matlab foi utilizado para receção de dados e visualização em tempo real. Os testes realizados demostraram que o funcionamento do sistema atende aos requisitos propostos, fornecendo informação acerca do equilíbrio, através do centro de pressões; do posicionamento dos pés, através da distribuição das pressões plantares; e do movimento da prancha nos eixos pitch e roll, através da central inercial. O erro médio de medição de força verificado foi de -0.0012 ± 0.0064 N, enquanto a mínima distância alcançada na transmissão sem fios foi de 100 m. A potência medida do sistema foi de 330 mW.

Enzyme linked immunosorbent assay for rubella antibodies: a simple method of antigen production. A preliminary report

A simple method of rubella antigen production by treatment with sodium desoxycholate for use in enzyme immunoassay (IMT-ELISA) is presented. When this assay was compared with a commercial test (Enzygnost-Rubella, Behring), in the study of 108 sera and 118 filter paper blood samples, 96.9% (219/226) overall agreement and correlation coefficient of 0.90 between absorbances were observed. Seven samples showed discordant results, negative by the commercial kit and positive by our test. Four of those 7 samples were available, being 3 positive by HI.

Sistema de Variação de Lastro para Controlo de Movimento Vertical de Veículo Subaquático

O principal motivo para a realização deste trabalho consistiu no desenvolvimento de tecnologia robótica, que permitisse o mergulho e ascenção de grandes profundidades de uma forma eficiente. O trabalho realizado contemplou uma fase inicial de análise e estudo dos sistemas robóticos existentes no mercado, bem como métodos utilizados identificando vantagens e desvantagens em relação ao tipo de veículo pretendido. Seguiu-se uma fase de projeto e estudo mecânico, com o intuito de desenvolver um veículo com variação de lastro através do bombeamento de óleo para um reservatório exterior, para variar o volume total do veículo, variando assim a sua flutuabilidade. Para operar a grande profundidade com AUV’s é conveniente poder efetuar o trajeto up/down de forma eficiente e a variação de lastro apresenta vantagens nesse aspeto. No entanto, contrariamente aos gliders o interesse está na possibilidade de subir e descer na vertical. Para controlar a flutuabilidade e ao mesmo tempo analisar a profundidade do veículo em tempo real, foi necessario o uso de um sistema de processamento central que adquirisse a informação do sensor de pressão e comunicasse com o sistema de variação de lastro, de modo a fazer o controlo de posicionamento vertical desejado. Do ponto de vista tecnológico procurou-se desenvolver e avaliar soluções de variação de volume intermédias entre as dos gliders (poucas gramas) e as dos ROV’s workclass (dezenas ou centenas de kilogramas). Posteriormente, foi desenvolvido um simulador em matlab (Simulink) que reflete o comportamento da descida do veículo, permitindo alterar parâmetros do veículo e analisar os seus resultados práticos, de modo a poder ajustar o veículo real. Nos resultados simulados verificamos o cálculo das velocidades limite atingidas pelo veículo com diferentes coeficientes de atrito, bem como o comportamento da variação de lastro do veículo no seu deslocamento vertical. Sistema de Variação de Lastro para Controlo de Movimento Vertical de Veículo Subaquático Por fim, verificou-se ainda a capacidade de controlo do veículo para uma determinada profundiade, e foi feita a comparação entre estas simulações executadas com parâmetros muito próximos do ensaio real e os respetivos ensaios reais.

A simple and inexprensive method to generate a microaerophilic atmosphere for the isolation of Campylobacter sp

Faeces of 138 chickens were inoculated on Blaser agar plates. One set of plates was incubated in jars with CampyPak envelopes. The others were incubated in "Zip-lock" plastic bags (7 x X in.) and a microaerophilic atmosphere was generated exhaling into the "Zip-lock" plastic bag, after holding the breath for 20 sec. Then, the bag was pressed to evacuate its atmosphere, inflated again, and pressed (4 times), and finally sealed. Campylobacter was isolated from 127 (96.2%) of samples incubated in jars with gas generator envelopes and from 129 (98%) of the specimens incubated into the bags. The proposed methodology offers good savings for cost-conscious laboratories.

Proposta metodológica para avaliação preliminar de jazigos de shale gas

O potencial de um reservatório de shale gas e influenciado por um grande número de fatores, tais como a sua mineralogia e textura, o seu tipo e maturação de querogénio, a saturação de fluidos, os mecanismos de armazenamento de gás, a profundidade do reservatório e a temperatura e pressão de poros. Nesse sentido, o principal objetivo desta tese foi estabelecer uma metodologia de avaliação preliminar de potenciais jazigos de shale gas (estudo de afloramentos com base numa litoestratigrafia de alta resolução), que foi posteriormente aplicada na Formação de Vale das Fontes (Bacia Lusitânica, Portugal). Esta tese tem a particularidade de contribuir, não só para o aprofundamento da informação a nível geoquímico do local, mas também na abordagem inovadora que permitiu a caracterização petrofísica da Formação de Vale das Fontes. Para a aplicação da metodologia estabelecida, foi necessária a realização dos seguintes ensaios laboratoriais: Rock-Eval 6, picnometria de gás hélio, ensaio de resistência a compressão simples, Darcypress e a difracção de raios-X, aplicando o método de Rietveld. Os resultados obtidos na análise petrofísica mostram uma formação rochosa de baixa porosidade que segundo a classificação ISRM, e classificada como ”Resistente”, para alem de revelar comportamento dúctil e elevado índice de fragilidade. A permeabilidade média obtida situa a Formação no intervalo correspondente as permeabilidades atribuídas aos jazigos de tigh gas, indicando a necessidade de fracturação hidráulica, no caso de uma eventual exploração de hidrocarbonetos, enquanto a difracção de raios-X destaca a calcite, o quartzo e os filossilicatos como os minerais mais presentes na Formação. Do ponto de vista geoquímico, os resultados obtidos mostram que apesar do considerável teor médio de carbono orgânico total, a natureza da matéria orgânica analisada e maioritariamente imatura, composta, principalmente, por querogénio do tipo IV, o que indica a incapacidade de a formação gerar hidrocarbonetos em quantidades economicamente exploráveis.

Studies on prevalence of Strongyloides infection in Holambra and Maceió, Brazil, by the agar plate faecal culture method

Prevalence of Strongyloides stercoralis infection in three areas of Brazil was surveyed by a recently developed faecal culture method (an agar plate culture). The Strongyloides infection was confirmed in 11.3% of 432 subjects examined. The diagnostic efficacy of the agar plate culture was as high as 93.9% compared to only 28.5% and 26.5% by the Harada-Mori filter paper culture and faecal concentration methods, when faecal samples were examined simultaneously by these three methods. Among the 49 positive samples, about 60% were confirmed to be positive only by the agar plate culture. These results indicate that the agar plate culture is a sensitive new tool for the correct diagnosis of chronic Strongyloides infection.

A single method to stain Malassezia furfur and Corynebacterium minutissimum in scales

A single and practical method to slain Malassezia furfur and Corynebacterium minutissimum in lesions' scales is described. The scales are collected by pressing small pieces of scotch tape (about 4 cm lenght and 2 cm width) onto the lesions and following withdrawl the furfuraceous scales will remain on the glue side. These pieces are then immersed for some minutes in lactophenol-cotton blue stain. Following absorption of the stain the scales are washed in current water to remove the excess of blue stain, dried with filter paper, dehydrated via passage in two bottles containing absolute alcohol and then placed in xylene in a centrifugation tube. The xylene dissolves the scotch tape glue and the scales fall free in the tube. After centrifugation and decantation the scales concentrated on the bottom of the tube are collected with a platinum-loop, placed in Canada balsam on a microscopy slide and closed with a cover slip. The preparations are then ready to be submitted to microscopic examination. Other stains may also be used instead of lactophenol-cotton blue. This method is simple, easily performed, and offers good conditions to study these fungi as well as being useful for the diagnosis of the diseases that they cause.

Detection and identification of dengue virus isolates from Brazil by a simplified reverse transcription - polymerase chain reaction (RT-PCR) method

We show here a simplified RT-PCR for identification of dengue virus types 1 and 2. Five dengue virus strains, isolated from Brazilian patients, and yellow fever vaccine 17DD as a negative control, were used in this study. C6/36 cells were infected and supernatants were collected after 7 days. The RT-PCR, done in a single reaction vessel, was carried out following a 1/10 dilution of virus in distilled water or in a detergent mixture containing Nonidet P40. The 50 µl assay reaction mixture included 50 pmol of specific primers amplifying a 482 base pair sequence for dengue type 1 and 210 base pair sequence for dengue type 2. In other assays, we used dengue virus consensus primers having maximum sequence similarity to the four serotypes, amplifying a 511 base pair sequence. The reaction mixture also contained 0.1 mM of the four deoxynucleoside triphosphates, 7.5 U of reverse transcriptase, 1U of thermostable Taq DNA polymerase. The mixture was incubated for 5 minutes at 37ºC for reverse transcription followed by 30 cycles of two-step PCR amplification (92ºC for 60 seconds, 53ºC for 60 seconds) with slow temperature increment. The PCR products were subjected to 1.7% agarose gel electrophoresis and visualized by UV light after staining with ethidium bromide solution. Low virus titer around 10 3, 6 TCID50/ml was detected by RT-PCR for dengue type 1. Specific DNA amplification was observed with all the Brazilian dengue strains by using dengue virus consensus primers. As compared to other RT-PCRs, this assay is less laborious, done in a shorter time, and has reduced risk of contamination

Artificial Intelligence in geospatial analysis: applications of self-organizing maps in the context of geographic information science.

A thesis submitted in partial fulfilment of the requirements for the degree of Doctor of Philosophy in Information Systems.

Verificação interna periódica de esfigmomanómetros digitais

Os equipamentos de medição utilizados nos hospitais têm uma função muito importante na deteção e diagnóstico de doenças como é o caso da pressão arterial. Entre esses equipamentos encontram-se os esfigmomanómetros digitais portáteis que são em muitos casos os primeiros a serem utilizados e a fornecerem um primeiro diagnóstico da pressão arterial do doente como é no caso das urgências hospitalares. Para que os diagnósticos prescritos pelos profissionais de saúde - médicos e enfermeiros seja o mais correto é necessário conhecer as condições de trabalho em que se encontram os esfigmomanómetros digitais existentes nas unidades de saúde. Sendo os esfigmomanómetros digitais equipamentos com uma importância relevante na vida do ser humano, estes deveriam fazer parte da lista de equipamentos que estão englobados na metrologia legal, situação que neste momento ainda não foi concretizada e cada hospital toma a decisão espontânea se efetua a calibração ou verificação internamente dos seus esfigmomanómetros digitais. Pretende-se com este trabalho dar a conhecer o estado ao nível dos erros de alguns esfigmomanómetros digitais existentes nos hospitais envolvidos no trabalho e desenvolver um procedimento de verificação interna dos mesmos com auxílio de um manómetro analógico calibrado e um estetoscópio duplo – método de medição auscultatório - e comparar esses resultados com a utilização de um simulador – método de medição oscilométrico.

Estudo do comportamento térmico de uma caldeira com ante-fornalha alimentada a biomassa florestal

As caldeiras são equipamentos de extrema importância na maioria das indústrias portuguesas. É prática frequente os projectos de caldeiras possuírem apenas cálculos de materiais ou estruturais, nunca abordando as questões térmicas das mesmas. Neste contexto surge o presente trabalho que teve como principal objectivo estudar e modelar o comportamento térmico de uma caldeira alimentada a biomassa florestal. A caldeira em estudo é uma caldeira tubos de fumo com ante-fornalha, alimentada a biomassa e com pressão de funcionamento de 10 bar. A primeira parte do trabalho consistiu no levantamento de toda a informação relativa aos aspectos construtivos da caldeira e as condições de operação da mesma, através da consulta do seu projecto. O estudo do comportamento térmico da caldeira foi dividido em 2 partes: a modelação do comportamento térmico na ante-fornalha seguido da modelação do comportamento térmico do feixe tubular. Na ante fornalha admitiu-se que o calor seria transferido do gás para as paredes da mesma por convecção e por radiação, tendo-se utilizado o Método de Hottel para modelar a transferência de calor por radiação. No feixe tubular a transferência de calor por radiação foi desprezada, tendo-se considerado apenas transferência de calor por condução e convecção entre os gases quentes e a água. Os resultados obtidos mostram que, na ante-fornalha, o peso da potência transferida por radiação (96%) é muito superior à potência transferida por convecção (4%), tendo-se obtido os valores de 384,8 kW e de 16,0 kW para a potência térmica transferida por radiação e por convecção, respectivamente. O valor obtido para a temperatura dos gases na ante-fornalha foi de 1085 K. No feixe tubular a potência térmica transferida por convecção foi de 2559 kW tendo-se obtido o valor de 240ºC para a temperatura de exaustão dos gases pela chaminé. As perdas para o exterior foram estimadas em 1,5 %. O balanço global de energia à caldeira indicou um peso para a potência transferida por convecção de 86,3% e para a potência transferida por radiação de 13,6%. O rendimento da caldeira foi calculado pelo método das perdas tendo-se obtido o valor de 39%.