Reconstruction of the regulatory network for Bacillus subtilis and reconciliation with gene expression data

The Supplementary Material for this article can be found online at: http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fmicb. 2016.00275

The role of monocarboxylate transporters in 3-bromopyruvate effect in cancer cells

Tese de Doutoramento em Biologia Molecular e Ambiental (área de especialização em Biologia Molecular e Saúde).

Estrategias estadístico-computacionales avanzadas para análisis de expresión de proteínas/genes en cáncer. Advanced statistical and computational strategies for protein/gene expression analysis in cancer.

El objetivo de este proyecto, enmarcado en el área de metodología de análisis en bioingeniería-biotecnología aplicadas al estudio del cancer, es el análisis y caracterización a través modelos estadísticos con efectos mixtos y técnicas de aprendizaje automático, de perfiles de expresión de proteínas y genes de las vías metabolicas asociadas a progresión tumoral. Dicho estudio se llevará a cabo mediante la utilización de tecnologías de alto rendimiento. Las mismas permiten evaluar miles de genes/proteínas en forma simultánea, generando así una gran cantidad de datos de expresión. Se hipotetiza que para un análisis e interpretación de la información subyacente, caracterizada por su abundancia y complejidad, podría realizarse mediante técnicas estadístico-computacionales eficientes en el contexto de modelos mixtos y técnias de aprendizaje automático. Para que el análisis sea efectivo es necesario contemplar los efectos ocasionados por los diferentes factores experimentales ajenos al fenómeno biológico bajo estudio. Estos efectos pueden enmascarar la información subycente y así perder informacion relavante en el contexto de progresión tumoral. La identificación de estos efectos permitirá obtener, eficientemente, los perfiles de expresión molecular que podrían permitir el desarrollo de métodos de diagnóstico basados en ellos. Con este trabajo se espera poner a disposición de investigadores de nuestro medio, herramientas y procedimientos de análisis que maximicen la eficiencia en el uso de los recursos asignados a la masiva captura de datos genómicos/proteómicos que permitan extraer información biológica relevante pertinente al análisis, clasificación o predicción de cáncer, el diseño de tratamientos y terapias específicos y el mejoramiento de los métodos de detección como así tambien aportar al entendimieto de la progresión tumoral mediante análisis computacional intensivo.

Apoptosis y expresión de receptores de reconocimiento de patrones en Polimorfonucleares Neutrófilos de individuos con infección VIH/SIDA. Apoptosis and recognition patterns receptors expression in Polymorphonuclear Neutrophils of individuals with HIV/AIDS infection.

El Virus de la Inmunodeficiencia Humana tipo 1 (VIH-1) afecta principalmente a la respuesta inmune específica causando una pérdida progresiva de los linfocitos T CD4+. Sin embargo, este virus también afecta a células del sistema inmune innato, tales como los Polimorfonucleares Neutrófilos (PMN). Existen evidencias de alteraciones funcionales de los PMN durante la progresión de la infección por VIH y una de las explicaciones de estos defectos, la atribuye a una muerte celular programada o apoptosis constitutiva incrementada. El compromiso de la apoptosis de los PMN en la infección por VIH no está totalmente dilucidado, por ello, los objetivos de este proyecto son investigar el efecto de la infección por VIH sobre la apoptosis de PMN, analizar la expresión de moléculas y receptores de patrones de reconocimiento en estas células y evaluar el impacto de la terapia antirretroviral sobre la apoptosis y expresión de moléculas y receptores en PMN. Se incluirán individuos en distintos estadios clínicos e inmunológicos de la infección con o sin tratamiento antirretroviral y se determinarán parámetros hematológicos, inmunológicos y virológicos a fin de correlacionar el nivel de apoptosis y expresión de moléculas y receptores con el nivel de linfocitos T CD4+ y carga viral. La importancia de los PMN en el control de la infección por el VIH es actualmente un área de mucho interés, ya pueden ejercer un efecto anti-VIH directo, y al mismo tiempo, ser blancos de la infección viral. Los mecanismos que conducen a la muerte acelerada de los PMN no han sido totalmente dilucidados, por ello, su estudio permitirá entender las bases bioquímicas de los cambios morfológicos y determinar los mecanismos que definen su iniciación y regulación. En el presente proyecto, el estudio de la apoptosis de PMN de pacientes con infección VIH/SIDA posibilitará caracterizar la sobrevida de éstas células y su relación con el estado inmunológico, virológico y la terapia antirretroviral. Además, el estudio de los receptores reconocedores de patrones moleculares asociados a patógenos permitirá aclarar algunos aspectos de la activación de la respuesta inmune innata y su conexión con la inmunidad adaptativa. Comprender aspectos claves de la cascada de la apoptosis de PMN y de la expresión de receptores reconocedores de patrones moleculares en la infección VIH/SIDA podría en un futuro aportar posibles blancos terapéuticos para restaurar la función de estas células durante esta infección.

Efeitos do levosimendan sobre TNF-alfa, PNB e MMP-1 em pacientes com insuficiência cardíaca com anemia

FUNDAMENTO: O levosimendan é conhecido pelo seu efeito bilateral de fortalecimento contração das miofibrilas sem aumentar a demanda de oxigênio no miocárdio. A anemia é uma deterioração que causa aumento da dosagem de fármacos em pacientes com insuficiência cardíaca. OBJETIVO: No presente estudo comparamos a eficácia do tratamento com levosimendan em pacientes com insuficiência cardíaca descompensada com ou sem anemia. MÉTODOS: Foram incluídos no estudo 23 pacientes anêmicos com insuficiência cardíaca classe 3 ou 4, segundo a New York Heart Association (NYHA) e fração de ejeção abaixo de 35%. Outros 23 pacientes com o mesmo diagnóstico cardíaco, mas sem anemia, serviu como grupo controle. Ao tratamento da insuficiência cardíaca tradicional desses pacientes foi acrescido um tratamento de 24 horas de levosimendan. Amostras foram tomadas para dosar os níveis séricos do fator de necrose tumoral alfa sérico (TNF-alfa), peptídeo natriurético cerebral aminoterminal (NT-proPNB) e metaloproteinase da matriz 1 (MMP-1), antes e após a administração. RESULTADOS: Não houve diferença significativa entre os níveis séricos de TNF-alfa e MMP-1, antes e depois do tratamento (p > 0,05). Embora o nível de NT-proBNP tenha diminuído em ambos os grupos após o tratamento, não foi estatisticamente significativo (p = 0,531 e p = 0,913 para os grupos de anemia e de controle, respectivamente). Uma restauração significativa da capacidade funcional foi observada em ambos os grupos avaliados, de acordo com a NYHA (p < 0,001 e p = 0,001 para os grupos de anemia e controle, respectivamente). CONCLUSÃO: O tratamento com levosimendan apresenta efeitos semelhantes em pacientes com insuficiência cardíaca, com anemia e sem anemia. No entanto, o efeito precoce desse tratamento sobre os níveis de TNF-alfa, NT-proPNB e MMP-1 não é evidente. Ele oferece uma melhora significativa na capacidade funcional, sem a influência da anemia.

Einfluss von ZNS-Verletzung auf die m-RNA-Expression der Protease-Aktivierenden Rezeptoren (PARs) und Indentifizierung eines Interaktionspartners für PAR-2 in Retina

Protease-activated receptor, optic nerve crush, focal ischemia, protein-protein interaction, alpha crystallin A

Regulation der IL-6-induzierten Jak/STAT Signaltransduktion : Reduktion der SOCS3 Expression durch Glukokortikoide und systembiologische Analyse der Funktion von SHP2

Magdeburg, Univ., Fak. für Naturwiss., Diss., 2012

Hoher prognostischer Wert der hTERT-Expression in Gastrointestinalen Stromatumoren

Magdeburg, Univ., Medizin. Fakultät, Diss., 2009

Gender-Based Differences in Cardiac Remodeling and ILK Expression after Myocardial Infarction

Background: Gender can influence post-infarction cardiac remodeling. Objective: To evaluate whether gender influences left ventricular (LV) remodeling and integrin-linked kinase (ILK) after myocardial infarction (MI). Methods: Female and male Wistar rats were assigned to one of three groups: sham, moderate MI (size: 20-39% of LV area), and large MI (size: ≥40% of LV area). MI was induced by coronary occlusion, and echocardiographic analysis was performed after six weeks to evaluate MI size as well as LV morphology and function. Real-time RT-PCR and Western blot were used to quantify ILK in the myocardium. Results: MI size was similar between genders. MI resulted in systolic dysfunction and enlargement of end-diastolic as well as end-systolic dimension of LV as a function of necrotic area size in both genders. Female rats with large MI showed a lower diastolic and systolic dilatation than the respective male rats; however, LV dysfunction was similar between genders. Gene and protein levels of ILK were increased in female rats with moderate and large infarctions, but only male rats with large infarctions showed an altered ILK mRNA level. A negative linear correlation was evident between LV dimensions and ILK expression in female rats with large MI. Conclusions: Post-MI ILK expression is altered in a gender-specific manner, and higher ILK levels found in females may be sufficient to improve LV geometry but not LV function.

Charakterisierung des Einflusses von TGF-β1 auf die Kathepsin-Expression in myelo-monozytären zellen und der funktionellen Bedeutung einer veränderten Kathepsin B-Expression

Cathepsin B, TGF-beta, signaltransduction, apoptosis, migration, Smad

Expression und funktionelle Relevanz von Zwei-Poren K+-Kanälen der Task-Familie in thalamischen Schaltneutronen

Thalamus, thalamocortical relay neurons, TASK-channels, Two-Pore-K+-channels, HCN-channels, Halothane, Muscarin, Bupivacaine, Spermine, computer modelling

Functional expression of P2Y 2 receptor and trafficking of the receptor

P2Y, Endocytosis, UTP, Purinergic receptors

Role Of MMP-2 and MMP-9 in Resistance to Drug Therapy in Patients with Resistant Hypertension

AbstractBackground:Despite the increased evidence of the important role of matrix metalloproteinases (MMP-9 and MMP‑2) in the pathophysiology of hypertension, the profile of these molecules in resistant hypertension (RHTN) remains unknown.Objectives:To compare the plasma levels of MMP-9 and MMP-2 and of their tissue inhibitors (TIMP-1 and TIMP-2, respectively), as well as their MMP-9/TIMP-1 and MMP-2/TIMP-2 ratios, between patients with controlled RHTN (CRHTN, n=41) and uncontrolled RHTN (UCRHTN, n=35). In addition, the association of those parameters with clinical characteristics, office blood pressure (BP) and arterial stiffness (determined by pulse wave velocity) was evaluate in those subgroups.Methods:This study included 76 individuals diagnosed with RHTN and submitted to physical examination, electrocardiogram, and laboratory tests to assess biochemical parameters.Results:Similar values of MMP-9, MMP-2, TIMP-1, TIMP-2, and MMP-9/TIMP-1 and MMP-2/TIMP-2 ratios were found in the UCRHTN and CRHTN subgroups (P>0.05). A significant correlation was found between diastolic BP (DBP) and MMP-9/TIMP-1 ratio (r=0.37; P=0.02) and DPB and MMP-2 (r=-0.40; P=0.02) in the UCRHTN subgroup. On the other hand, no correlation was observed in the CRHTN subgroup. Logistic regression models demonstrated that MMP-9, MMP-2, TIMP-1, TIMP-2 and their ratios were not associated with the lack of BP control.Conclusion:These findings suggest that neither MMP-2 nor MMP-9 affect BP control in RHTN subjects.

Synergistic inflammatory signaling in airway epithelial cells : control of expression levels of protease activated receptors and interleukin-8 release

Protease-activated receptor, interleukin, thrombin, trypsin, asthma