Adenovirus respiratory infection: significant increase in diagnosis using PCR comparing with antigen detection and culture methods

Adenovirus (AdV) respiratory infections are usually described as being associated with high mortality rates. Laboratory diagnosis is essential for the establishment of the appropriate therapy, and for guiding the implementation of preventive measures in order to prevent the spread of the infection. Aiming to analyze the sensitivity and specificity of the laboratorial diagnosis methods available, we compared antigen detection by indirect immunofluorescence assay (IF), and a specific nested polymerase chain reaction (PCR), to detect AdV in respiratory samples collected from patients admitted to hospital with acute respiratory disease. Positive samples were inoculated into a cell culture to confirm the results. We analyzed 381 samples from the nasopharyngeal aspirates collected during the year 2008; of these, 2.6% tested were positive for adenovirus through IF and 10% through PCR; positive isolation was obtained in 40% and 26% of these cases, respectively. Most infected patients were children under six months of age, and despite of the fact that a significant number of patients required intensive care, the mortality rate was low (5%). In conclusion, molecular methods were found to be useful for rapid diagnosis of adenovirus infections with higher sensitivity than antigen detection; their introduction permitted a significant increase in diagnoses of adenovirus infections.

Cutaneous sporotrichosis treatment with potassium iodide: a 24 year experience in São Paulo state, Brazil

BACKGROUND: Sporotrichosis is a subacute or chronic disease caused by a dimorphic fungus, Sporothrix schenckii. The first and most traditional treatment is potassium iodide in satured solution (SSKI) used by DE BEURMANN in 1907. For its effectiveness, it is still used for cutaneous sporotrichosis. OBJECTIVE: To evaluate the treatment of cutaneous sporotrichosis with SSKI in relation to clinical cure, side effects, length of treatment and reactivation. METHODS: We conducted a retrospective analysis of medical records over a 24-year period (1981-2005). Patients of all ages who were treated in the hospital´s division of dermatology were included in the study providing that they had a positive culture of S. schenckii. Satured solution of potassium iodide (3 to 6g per day) was the treatment prescribed. For children, half of the dose was prescribed. RESULTS: The lymphocutaneous disease was prevalent, the cure rate was 94.7%, side effects were described in 5.5% of the cases, mean length of treatment was 3.5 months and possible reactivation was observed in 11.1%. CONCLUSION: SSKI is an effective drug, with many side effects, but with low frequency. Resolution was for maximum six months of treatment. SSKI has been found to be a very effective drug in this retrospective study of culture-proven cases of cutaneous and lymphocutaneous sporotrichosis. It should be used as first drug of choice especially in resource-limited settings.

Identification of respiratory virus in infants with congenital heart disease by comparison of different methods

Respiratory virus infections are the main cause of infant hospitalization and are potentially severe in children with congenital heart disease (CHD). Rapid and sensitive diagnosis is very important to early introduction of antiviral treatment and implementation of precautions to control transmission, reducing the risk of nosocomial infections. In the present study we compare different techniques in the diagnosis of respiratory viruses in CHD infants. Thirty-nine samples of nasopharyngeal aspirate were obtained from CHD infants with symptoms of respiratory infection. The Multiplex PCR (Seeplex® RV 12 ACE Detection) driven to the detection of 12 respiratory viruses was compared with the direct immunofluorescence assay (DFA) and PCR, both targeting seven respiratory viruses. The positivity found by DFA, Multiplex and PCR was 33.3%, 51.3% and 48.7%, respectively. Kappa index comparing DFA and Multiplex, DFA and PCR and PCR and Multiplex PCR was 0.542, 0.483 and 0.539, respectively. The concordance between techniques was considered moderate. Both Multiplex PCR (p = 0.001) and PCR (p = 0.002) detected significantly more respiratory virus than DFA. As the performance of the tests may vary, the combination of two or more techniques may increase diagnostic sensitivity favoring the diagnosis of co-infections, early introduction of antiviral therapy and implementation of appropriate measures.

Mortality after Discharge from Intensive Care: the Impact of Organ System Failure and Nursing Workload Use at Discharge

OBJECTIVES: Mortality after ICU discharge accounts for approx. 20-30% of deaths. We examined whether post-ICU discharge mortality is associated with the presence and severity of organ dysfunction/failure just before ICU discharge. PATIENTS AND METHODS: The study used the database of the EURICUS-II study, with a total of 4,621 patients, including 2,958 discharged alive to the general wards (post-ICU mortality 8.6%). Over a 4-month period we collected clinical and demographic characteristics, including the Simplified Acute Physiology Score (SAPS II), Nine Equivalents of Nursing Manpower Use Score, and Sequential Organ Failure Assessment (SOFA) score. RESULTS: Those who died in the hospital after ICU discharge had a higher SAPS II score, were more frequently nonoperative, admitted from the ward, and had stayed longer in the ICU. Their degree of organ dysfunction/failure was higher (admission, maximum, and delta SOFA scores). They required more nursing workload resources while in the ICU. Both the amount of organ dysfunction/failure (especially cardiovascular, neurological, renal, and respiratory) and the amount of nursing workload that they required on the day before discharge were higher. The presence of residual CNS and renal dysfunction/failure were especially prognostic factors at ICU discharge. Multivariate analysis showed only predischarge organ dysfunction/failure to be important; thus the increased use of nursing workload resources before discharge probably reflects only the underlying organ dysfunction/failure. CONCLUSIONS: It is better to delay the discharge of a patient with organ dysfunction/failure from the ICU, unless adequate monitoring and therapeutic resources are available in the ward.

Efeito da compressão isquémica no ponto gatilho latente do trapézio superior, na magnitude de atividade muscular do complexo articular do ombro

Introdução: A síndrome dolorosa miofascial é um dos principais problemas encontrados na prática clínica, tendo como principais características os pontos gatilho (PG), ativos ou latentes. Os PG latentes têm uma elevada prevalência na musculatura da cintura escapular, nomeadamente ao nível do trapézio superior (TS), influenciando o controlo motor do ombro. A compressão isquémica aplicada no PG do TS poderá influenciar o comportamento muscular dos sinergistas durante o movimento de abdução no plano da omoplata. Objetivos: Este estudo visa estudar a influência da compressão isquémica aplicada no PG do TS na magnitude de ativação dos músculos TS, trapézio inferior (TI), grande dentado (GD), infra-espinhoso (IE) e deltóide médio (DM), assim como a relação muscular através da razão entre o TS e os restantes músculos em análise, durante o movimento de abdução no plano da omoplata. Métodos: O presente estudo é experimental, aleatório e controlado. Foram criados dois grupos, grupo controlo (GC) (n=14) e grupo experimental (GE) (n=15), a partir de uma amostra de 67 indivíduos. No GC foi aplicado um procedimento placebo e no GE foi aplicada no PG latente do TS a técnica de compressão isquémica. Antes e após a intervenção foi recolhida a atividade eletromiográfica dos músculos em análise, assim como os dados cinemáticos, durante o movimento de elevação do ombro no plano da omoplata. Para a análise registou-se a amplitude máxima de abdução e foi analisada a atividade muscular individual dos músculos em estudo assim como a razão entre o TS e os restantes músculos. Esta análise foi realizada em intervalos de 30° até ao final do movimento. Resultados: Não se verificaram diferenças na amplitude máxima de abdução, nem entre grupos (1º momento p=0,608, t=0,816; 2º momento p=0,119; t=1,252) nem entre os dois momentos em cada grupo (GC, t=-1,119; p=0,256; GE, t=-1,604, p=0,135). Na magnitude de ativação individual de cada músculo também não se verificaram diferenças significativas com a aplicação da técnica, tendo-se verificado no DM uma tendência para o aumento da ativação aquando da intervenção, ao longo de todo o arco de movimento, em comparação com a pré-intervenção, já no GC de controlo não se verificaram alterações entre momentos. Também na análise da razão entre músculos não se verificaram diferenças entre grupos. Conclusão: A intervenção realizada não influenciou nenhum dos parâmetros em análise do complexo articular do ombro nem a amplitude de movimento de abdução.

Long-term biosignals visualization and processing

Thesis submitted in the fulfillment of the requirements for the Degree of Master in Biomedical Engineering

Maximum likelihood detection for OFDM signals with strong nonlinear distortion effects

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

Comparison of five methods for oxacillin susceptibility testing of Staphylococcus aureus isolates from cystic fibrosis patients

Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) are now a worldwide problem. Cystic fibrosis (CF) patients are commonly colonized and infected by MRSA. Accurate oxacillin susceptibility testing is mandatory for the adequate management of these patients. We performed a comparison of the accuracy of different tests in CF isolates, including methicillin-susceptible S. aureus and MRSA with different SCCmec types, and using the mecA gene as the gold-standard. The sensitivity and specificity of oxacillin disc, Etest, and oxacillin agar screening plate were 100%. Sensitivity of the cefoxitin disc was 85% and specificity was 100%. For clinically relevant isolates, laboratories may consider the use of a combination of two phenotypic methods.

Caraterização das propriedades mecânicas de um adesivo estrutural de alta ductilidade

A tecnologia de ligação por adesivos estruturais tem vindo a ser utilizada ao longo de várias décadas, permitindo solucionar diversos problemas associados a técnicas chamadas "tradicionais" de ligação, como a soldadura, a rebitagem ou a ligação aparafusada. Esta é uma alternativa viável para substituir as ligações mecânicas, devido a diversos fatores como o menor peso estrutural, menor custo de fabricação e capacidade de união de diferentes materiais. O crescente recurso a materiais compósitos em diversas indústrias, nomeadamente a aeronáutica e naval, levaram ao consequente aumento da aplicação de ligações adesivas, por serem indicadas como forma de união destes materiais, onde é de enaltecer a sua elevada resistência à fadiga. Uma junta adesiva está maioritariamente sujeita a esforços de corte e arrancamento e portanto o conhecimento dos módulos de elasticidade à tração (E) ou corte (G) do adesivo, e ainda as resistências máximas à tração e ao corte, não é suficiente quando se pretende prever o comportamento da mesma. Na verdade, torna-se necessário abranger na análise a plastificação progressiva verificada nas juntas adesivas antes da rotura, sendo necessário o conhecimento de parâmetros tais como a taxa crítica de libertação de energia de deformação à tração (GIc) e corte (GIIc). Este trabalho pretende estudar um adesivo estrutural recentemente lançado no mercado, carecendo portanto da sua caracterização, para facilitar a previsão da resistência de estruturas adesivas ligadas com o mesmo. São 4 os ensaios a realizar: ensaios à tração de provetes em bruto, ensaios ao corte com a geometria Thick Adherend Shear Test (TAST), ensaios Double-Cantilever Beam (DCB) e ensaios End-Notched Flexure (ENF). Com a realização dos ensaios referidos, serão determinadas as propriedades mecânicas e de fratura à tração e ao corte, e serão fornecidos os parâmetros para a previsão da resistência de juntas adesivas com este adesivo por uma variedade de métodos, desde métodos analíticos mais expeditos até aos métodos numéricos mais avançados existentes atualmente. Os resultados foram de encontro aos disponibilizados pelo fabricante, sempre que estes se encontravam disponíveis, obtendo-se discrepâncias bastante reduzidas nos diversos parâmetros determinados.

Evaluation of three different DNA extraction methods from blood samples collected in dried filter paper in Plasmodium subpatent infections from the Amazon region in Brazil

Asymptomatic Plasmodium infection is a new challenge for public health in the American region. The polymerase chain reaction (PCR) is the best method for diagnosing subpatent parasitemias. In endemic areas, blood collection is hampered by geographical distances and deficient transport and storage conditions of the samples. Because DNA extraction from blood collected on filter paper is an efficient method for molecular studies in high parasitemic individuals, we investigated whether the technique could be an alternative for Plasmodium diagnosis among asymptomatic and pauciparasitemic subjects. In this report we compared three different methods (Chelex®-saponin, methanol and TRIS-EDTA) of DNA extraction from blood collected on filter paper from asymptomatic Plasmodium-infected individuals. Polymerase chain reaction assays for detection of Plasmodium species showed the best results when the Chelex®-saponin method was used. Even though the sensitivity of detection was approximately 66% and 31% for P. falciparum and P. vivax, respectively, this method did not show the effectiveness in DNA extraction required for molecular diagnosis of Plasmodium. The development of better methods for extracting DNA from blood collected on filter paper is important for the diagnosis of subpatent malarial infections in remote areas and would contribute to establishing the epidemiology of this form of infection.

Exploraty Multivariate Statistical Methods Applied to Pharmaceutical Industry CRM Data

Dissertação apresentada como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Estatística e Gestão de Informação

EVALUATION OF FOUR DIFFERENT DNA EXTRACTION METHODS IN COAGULASE-NEGATIVE STAPHYLOCOCCI CLINICAL ISOLATES

Currently there are several methods to extract bacterial DNA based on different principles. However, the amount and the quality of the DNA obtained by each one of those methods is highly variable and microorganism dependent, as illustrated by coagulase-negative staphylococci (CoNS) which have a thick cell wall that is difficult to lyse. This study was designed to compare the quality and the amount of CoNS DNA, extracted by four different techniques: two in-house protocols and two commercial kits. DNA amount and quality determination was performed through spectrophotometry. The extracted DNA was also analyzed using agarose gel electrophoresis and by PCR. 267 isolates of CoNS were used in this study. The column method and thermal lyses showed better results with regard to DNA quality (mean ratio of A260/280 = 1.95) and average concentration of DNA (), respectively. All four methods tested provided appropriate DNA for PCR amplification, but with different yields. DNA quality is important since it allows the application of a large number of molecular biology techniques, and also it's storage for a longer period of time. In this sense the extraction method based on an extraction column presented the best results for CoNS.

Utilização de sensores de baixo custo na medição de monóxido de carbono no ar ambiente

Nos últimos anos tem-se assistido à introdução de novos dispositivos de medição da poluição do ar baseados na utilização de sensores de baixo custo. A utilização menos complexa destes sistemas, possibilita a obtenção de dados com elevada resolução temporal e espacial, abrindo novas oportunidades para diferentes metodologias de estudos de monitorização da poluição do ar. Apesar de apresentarem capacidades analíticas distantes dos métodos de referência, a utilização destes sensores tem sido sugerida e incentivada pela União Europeia no âmbito das medições indicativas previstas na Diretiva 2008/50/CE, com uma incerteza expandida máxima de 25%. O trabalho desenvolvido no âmbito da disciplina de Projeto consistiu na escolha, caracterização e utilização em medições reais de um sensor de qualidade do ar, integrado num equipamento protótipo desenvolvido com esse fim, visando obtenção uma estimativa da incerteza de medição associada à utilização deste dispositivo através da aplicação da metodologia de demonstração de equivalência de métodos de medição de qualidade do ar definida pela União Europeia. A pesquisa bibliográfica realizada permitiu constatar que o monóxido de carbono é neste momento o parâmetro de qualidade do ar que permite ser medido de forma mais exata através da utilização de sensores, nomeadamente o sensor eletroquímico da marca Alphasense, modelo COB4, amplamente utilizado em projetos de desenvolvimento neste cotexto de monitorização ambiental. O sensor foi integrado num sistema de medição com o objetivo de poder ser utlizado em condições de autonomia de fornecimento de energia elétrica, aquisição interna dos dados, tendo em consideração ser o mais pequeno possível e de baixo custo. Foi utlizado um sistema baseado na placa Arduino Uno com gravação de dados em cartão de memória SD, baterias e painel solar, permitindo para além do registo das tensões elétricas do sensor, a obtenção dos valores de temperatura, humidade relativa e pressão atmosférica, com um custo global a rondar os 300 euros. Numa primeira fase foram executados um conjunto de testes laboratoriais que permitiram a determinação de várias características de desempenho em dois sensores iguais: tempo de resposta, a equação modelo do sensor, avaliação da repetibilidade, desvio de curto e longo termo, interferência da temperatura e histerese. Os resultados demonstraram um comportamento dos sensores muito linear, com um tempo de resposta inferior a um minuto e com uma equação modelo do sensor dependente da variação da temperatura. A estimativa da incerteza expandida laboratorial ficou, para ambos os sensores, abaixo dos 10%. Após a realização de duas campanhas reais de medição de CO em que os valores foram muito baixos, foi realizada uma campanha de quinze dias num parque de estacionamento subterrâneo que permitiu a obtenção de concentrações suficientemente elevadas e a comparação dos resultados dos sensores com o método de referência em toda a gama de medição (0 a 12 mol.mol-1). Os valores de concentração obtidos pelos dois sensores demonstraram uma excelente correlação com o método de referência (r2≥0,998), obtendo-se resultados para a estimativa da incerteza expandida de campo inferiores aos obtidos para a incerteza laboratorial, cumprindo o objetivo de qualidade de dados definido para as medições indicativas de incerteza expandida máxima de 25%. Os resultados observados durante o trabalho realizado permitiram confirmar o bom desempenho que este tipo de sensor pode ter no âmbito de medições de poluição do ar com um caracter mais indicativo.

EVALUATION OF METHODS IN DETECTING VANCOMYCIN MIC AMONG MRSA ISOLATES AND THE CHANGES IN ACCURACY RELATED TO DIFFERENT MIC VALUES

INTRODUCTION: Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) presenting reduced susceptibility to vancomycin has been associated to therapeutic failure. Some methods used by clinical laboratories may not be sufficiently accurate to detect this phenotype, compromising results and the outcome of the patient. OBJECTIVES: To evaluate the performance of methods in the detection of vancomycin MIC values among clinical isolates of MRSA. MATERIAL AND METHODS: The Vancomycin Minimal Inhibitory Concentration was determined for 75 MRSA isolates from inpatients of Mãe de Deus Hospital, Porto Alegre, Brazil. The broth microdilution (BM) was used as the gold-standard technique, as well as the following methods: E-test® strips (BioMérieux), M.I.C.E® strips (Oxoid), PROBAC® commercial panel and the automated system MicroScan® (Siemens). Besides, the agar screening test was carried out with 3 µg/mL of vancomycin. RESULTS: All isolates presented MIC ≤ 2 µg/mL for BM. E-test® had higher concordance (40%) in terms of global agreement with the gold standard, and there was not statistical difference among E-test® and broth microdilution results. PROBAC® panels presented MICs, in general, lower than the gold-standard panels (58.66% major errors), while M.I.C.E.® MICs were higher (67.99% minor errors). CONCLUSIONS: For the population of MRSA in question, E-test® presented the best performance, although with a heterogeneous accuracy, depending on MIC values.