Analysis of Agrobacterium tumefaciens VirB6 and VirB9 of the VirB /D4 type IV secretion system

Agrobacterium tumefaciens uses the VirB/D4 type IV secretion system (T4SS) to translocate oncogenic DNA (T-DNA) and protein substrates to plant cells. Independent of VirD4, the eleven VirB proteins are also essential for elaboration of a conjugative pilus termed the T pilus. The focus of this thesis is the characterization and analysis of two VirB proteins, VirB6 and VirB9, with respect to substrate translocation and T pilus biogenesis. Observed stabilizing effects of VirB6 on other VirB subunits and results of protein-protein interaction studies suggest that VirB6 mediates assembly of the secretion machine and T pilus through interactions with VirB7 and VirB9. Topology studies support a model for VirB6 as a polytopic membrane protein with a periplasmic N terminus, a large internal periplasmic loop, five transmembrane segments, and a cytoplasmic C terminus. Topology studies and Transfer DNA immunoprecipitation (TrIP) assays identified several important VirB6 functional domains: (i) the large internal periplasmic loop mediates interaction of VirB6 with the T-DNA, (ii) the membrane spanning region carboxyl-terminal to the large periplasmic loop mediates substrate transfer from VirB6 to VirB8, and (iii) the terminal regions of VirB6 are required for substrate transfer to VirB2 and VirB9. To analyze structure-function relationships of VirB9, the phenotypic consequences of dipeptide insertion mutations were characterized. Substrate discriminating mutations were shown to selectively export the oncogenic T-DNA and VirE2 to plant cells or a mobilizable IncQ plasmid to bacterial cells. Mutations affecting VirB9 interactions with VirB7 and VirB10 were localized to the C- and N- terminal regions respectively. Additionally, “uncoupling” mutations identified in VirB11 and VirB6 that block T pilus assembly, but not substrate transfer to recipient cells, were also identified in VirB9. These results in conjunction with computer analysis establish that VirB9, like VirB6, is also composed of distinct regions or domains that contribute in various ways to secretion channel activity and T pilus assembly. Lastly, in vivo immunofluorescent studies suggest that VirB9 localizes to the outer membrane and may play a role similar to that of secretion/ushers of types II and III secretion systems to facilitate substrate translocation across this final bacterial barrier. ^

(Table 1) Trace element/Ca ratios of Orbulina universa shells from late Neogene Mediterranean samples

A Mediterranean composite sedimentary record was analyzed for Ba/Ca ratios on carbonate shells of Orbulina universa planktonic foraminifer (Ba/Ca)carb providing the opportunity to study and assess the extent of freshwater inputs on the basin and possible impacts on its dynamics during the Tortonian to Recent period. A number of scanning electron microscope analyses and auxiliary trace element measurements (Mn, Sr, and Mg), obtained from the same samples, exclude important diagenetic effects on the studied biogenic carbonates and corroborate the reliability of (Ba/Ca)carb ratios in foraminifera calcite as indicators of seawater source components during the studied interval. A long-term trend with (Ba/Ca)carb values shifting from ~7 to 3 µmol/mol from the base of the Tortonian to the top of the Messinian is observed. The interval of the late Messinian salinity crisis, where biogenic carbonates are missing or strongly diagenized, represents a crucial passage not monitored in our record. At the base of the Pliocene, up to about 4.7 Ma, the (Ba/Ca)carb record shows a decreasing trend from ~4 µmol/mol stabilizing itself to an about constant value of 0.9 ± 0.3 µmol/mol for the whole Plio-Pleistocene interval. These results suggest a dramatic change in the continental runoff values, up to ~3-16 times higher during part of the late Neogene (Tortonian-early Pliocene), with a possible profound modification in the physical dynamics of the Mediterranean basin. First-order mass balance equations used to estimate barium and salinity budgets in the Mediterranean Sea during the late Miocene-early Pliocene interval support the hypothesis of an active connection of the basin with the Paratethys region and of a definitive restriction at the base of the Pliocene after about 0.7 Ma from the well-known Messinian Lagomare phase. They also open intriguing scenarios on possible circulation shifts during the Neogene.

Experiment: Growth rates and percentages of normal versus malformed versus incomplete versus incomplete and malformed coccoliths

The coccolithophore Emiliania huxleyi (Lohmann) W. W. Hay et H. Mohler was cultured in natural seawater with the addition of either the microtubule-inhibitor colchicine, the actin-inhibitor cytochalasin B, or the photosynthesis inhibitor 3-(3,4 dichlorophenyl)-1,1-dimethyl-urea (DCMU). Additionally, E. huxleyi was cultured at different light intensities and temperatures. Growth rate was monitored, and coccolith morphology analyzed. While every treatment affected growth rate, the percentage of malformed coccoliths increased with colchicine, cytochalasin B, and at higher than optimal temperature. These results represent the first experimental evidence for the role of microtubules and actin microfilaments in coccolith morphogenesis.

Exilio, migración, destierro? : Los trabajadores chilenos que se asentaron en el Nor Este de Chubut a partir de Septiembre de 1973. Memorias, historias e implicancias

En este trabajo abordamos el análisis de experiencias exiliares de trabajadores chilenos que se radicaron en el Noreste de la Provincia de Chubut, en Patagonia Argentina, después de producido el golpe de estado contra el presidente democrático Salvador Allende Gossens, en Septiembre de 1973. Cuando revisé la factibilidad de la investigación, y en mérito a los escasos repositorios documentales, decidí, dando continuidad a indagaciones previas, trabajar con historia oral. Esta metodología o práctica, involucra una dimensión personal, subjetiva y afectiva, que supone una constante relación entre los sujetos que participan, lo que implica una cualitativa diferencia en relación a las fuentes más tradicionales. No minimizo el valor de la estadística, pero hago una opción por nombrar y conocer a quienes han compartido con nosotros vivencias y experiencias, explicitando nuestra inscripción en la construcción de la información documental, no objetivándonos. El trabajo desarrollado se halla en la encrucijada entre la historia del pasado reciente y la memoria; con una perspectiva "desde abajo", buscando conjugar la no uniformidad de la experiencia humana, con la pretensión de generalidad y explicación de la ciencia social. Las narraciones o testimonios obtenidos las he revisado, procurando develar las representaciones que subyacen, y comprendiendo el modo en que actuaron. Las memorias tienen un carácter subjetivo y en permanente transformación, lo que en cierto sentido puede singularizarlas, pero como historiadores debemos inscribirlas en un contexto histórico global, para procurar esclarecer las causas, las condiciones, y las estructuras, aportando a una historia total. Hemos rescatado prácticas, percepciones, y discursos; develando la importancia del trabajo como factor organizador y estabilizador, al dotar a estos sujetos, de un sitio en la sociedad receptora, y permitiéndoles "ir desarmando sus valijas", es decir, ir superando la transitoriedad. Al caracterizar al exilio chileno, en el contexto internacional y local; y atendiendo a las escasas producciones que dan cuenta del universo obrero en estas experiencias traumáticas, han sido evidentes los límites que supone una estricta separación entre exilio, y migración económica o política; ya que dicha conceptualización encierra una mirada que invisibiliza derroteros que en principio, o superficialmente, pueden ser leídos como poco organizados. La aplicación del análisis de red, por cierto contribuyó a hacerlos visibles, transformándolos en actores racionales, con objetivos que se movilizaron a partir de los recursos de que dispusieron; tratando de superar el paradigma que hacía de ellos seres desesperados: fueron mujeres y hombres que eligieron un destino posible, siempre atendiendo al doble carácter de la experiencia en que estuvieron inmersos: la salida de su país por un lado los liberó, pero también los privó; asociando indisolublemente sentimientos de dolor por el desprendimiento de lo propio -de los afectos personales y colectivos-, agravados por los efectos de la derrota y la incertidumbre. Son sujetos que pusieron su identidad en riesgo. Pretendemos lograr que esta investigación, no sea sólo un estudio de caso, sino que pueda inscribirse a partir de su especificidad, en tanto exilio obrero, en una perspectiva comparativa, superando una definición espacial específica, en el Nor Este de Chubut.

Exilio, migración, destierro? : Los trabajadores chilenos que se asentaron en el Nor Este de Chubut a partir de Septiembre de 1973. Memorias, historias e implicancias

En este trabajo abordamos el análisis de experiencias exiliares de trabajadores chilenos que se radicaron en el Noreste de la Provincia de Chubut, en Patagonia Argentina, después de producido el golpe de estado contra el presidente democrático Salvador Allende Gossens, en Septiembre de 1973. Cuando revisé la factibilidad de la investigación, y en mérito a los escasos repositorios documentales, decidí, dando continuidad a indagaciones previas, trabajar con historia oral. Esta metodología o práctica, involucra una dimensión personal, subjetiva y afectiva, que supone una constante relación entre los sujetos que participan, lo que implica una cualitativa diferencia en relación a las fuentes más tradicionales. No minimizo el valor de la estadística, pero hago una opción por nombrar y conocer a quienes han compartido con nosotros vivencias y experiencias, explicitando nuestra inscripción en la construcción de la información documental, no objetivándonos. El trabajo desarrollado se halla en la encrucijada entre la historia del pasado reciente y la memoria; con una perspectiva "desde abajo", buscando conjugar la no uniformidad de la experiencia humana, con la pretensión de generalidad y explicación de la ciencia social. Las narraciones o testimonios obtenidos las he revisado, procurando develar las representaciones que subyacen, y comprendiendo el modo en que actuaron. Las memorias tienen un carácter subjetivo y en permanente transformación, lo que en cierto sentido puede singularizarlas, pero como historiadores debemos inscribirlas en un contexto histórico global, para procurar esclarecer las causas, las condiciones, y las estructuras, aportando a una historia total. Hemos rescatado prácticas, percepciones, y discursos; develando la importancia del trabajo como factor organizador y estabilizador, al dotar a estos sujetos, de un sitio en la sociedad receptora, y permitiéndoles "ir desarmando sus valijas", es decir, ir superando la transitoriedad. Al caracterizar al exilio chileno, en el contexto internacional y local; y atendiendo a las escasas producciones que dan cuenta del universo obrero en estas experiencias traumáticas, han sido evidentes los límites que supone una estricta separación entre exilio, y migración económica o política; ya que dicha conceptualización encierra una mirada que invisibiliza derroteros que en principio, o superficialmente, pueden ser leídos como poco organizados. La aplicación del análisis de red, por cierto contribuyó a hacerlos visibles, transformándolos en actores racionales, con objetivos que se movilizaron a partir de los recursos de que dispusieron; tratando de superar el paradigma que hacía de ellos seres desesperados: fueron mujeres y hombres que eligieron un destino posible, siempre atendiendo al doble carácter de la experiencia en que estuvieron inmersos: la salida de su país por un lado los liberó, pero también los privó; asociando indisolublemente sentimientos de dolor por el desprendimiento de lo propio -de los afectos personales y colectivos-, agravados por los efectos de la derrota y la incertidumbre. Son sujetos que pusieron su identidad en riesgo. Pretendemos lograr que esta investigación, no sea sólo un estudio de caso, sino que pueda inscribirse a partir de su especificidad, en tanto exilio obrero, en una perspectiva comparativa, superando una definición espacial específica, en el Nor Este de Chubut.

Exilio, migración, destierro? : Los trabajadores chilenos que se asentaron en el Nor Este de Chubut a partir de Septiembre de 1973. Memorias, historias e implicancias

En este trabajo abordamos el análisis de experiencias exiliares de trabajadores chilenos que se radicaron en el Noreste de la Provincia de Chubut, en Patagonia Argentina, después de producido el golpe de estado contra el presidente democrático Salvador Allende Gossens, en Septiembre de 1973. Cuando revisé la factibilidad de la investigación, y en mérito a los escasos repositorios documentales, decidí, dando continuidad a indagaciones previas, trabajar con historia oral. Esta metodología o práctica, involucra una dimensión personal, subjetiva y afectiva, que supone una constante relación entre los sujetos que participan, lo que implica una cualitativa diferencia en relación a las fuentes más tradicionales. No minimizo el valor de la estadística, pero hago una opción por nombrar y conocer a quienes han compartido con nosotros vivencias y experiencias, explicitando nuestra inscripción en la construcción de la información documental, no objetivándonos. El trabajo desarrollado se halla en la encrucijada entre la historia del pasado reciente y la memoria; con una perspectiva "desde abajo", buscando conjugar la no uniformidad de la experiencia humana, con la pretensión de generalidad y explicación de la ciencia social. Las narraciones o testimonios obtenidos las he revisado, procurando develar las representaciones que subyacen, y comprendiendo el modo en que actuaron. Las memorias tienen un carácter subjetivo y en permanente transformación, lo que en cierto sentido puede singularizarlas, pero como historiadores debemos inscribirlas en un contexto histórico global, para procurar esclarecer las causas, las condiciones, y las estructuras, aportando a una historia total. Hemos rescatado prácticas, percepciones, y discursos; develando la importancia del trabajo como factor organizador y estabilizador, al dotar a estos sujetos, de un sitio en la sociedad receptora, y permitiéndoles "ir desarmando sus valijas", es decir, ir superando la transitoriedad. Al caracterizar al exilio chileno, en el contexto internacional y local; y atendiendo a las escasas producciones que dan cuenta del universo obrero en estas experiencias traumáticas, han sido evidentes los límites que supone una estricta separación entre exilio, y migración económica o política; ya que dicha conceptualización encierra una mirada que invisibiliza derroteros que en principio, o superficialmente, pueden ser leídos como poco organizados. La aplicación del análisis de red, por cierto contribuyó a hacerlos visibles, transformándolos en actores racionales, con objetivos que se movilizaron a partir de los recursos de que dispusieron; tratando de superar el paradigma que hacía de ellos seres desesperados: fueron mujeres y hombres que eligieron un destino posible, siempre atendiendo al doble carácter de la experiencia en que estuvieron inmersos: la salida de su país por un lado los liberó, pero también los privó; asociando indisolublemente sentimientos de dolor por el desprendimiento de lo propio -de los afectos personales y colectivos-, agravados por los efectos de la derrota y la incertidumbre. Son sujetos que pusieron su identidad en riesgo. Pretendemos lograr que esta investigación, no sea sólo un estudio de caso, sino que pueda inscribirse a partir de su especificidad, en tanto exilio obrero, en una perspectiva comparativa, superando una definición espacial específica, en el Nor Este de Chubut.

Model results of sensitivity experiments for marine nitrogen cycle in four NetCDF files

The marine nitrogen (N) inventory is thought to be stabilized by negative feedback mechanisms that reduce N inventory excursions relative to the more slowly overturning phosphorus inventory. Using a global biogeochemical ocean circulation model we show that negative feedbacks stabilizing the N inventory cannot persist if a close spatial association of N2 fixation and denitrification occurs. In our idealized model experiments, nitrogen deficient waters, generated by denitrification, stimulate local N2 fixation activity. But, because of stoichiometric constraints, the denitrification of newly fixed nitrogen leads to a net loss of N. This can enhance the N deficit, thereby triggering additional fixation in a vicious cycle, ultimately leading to a runaway N loss. To break this vicious cycle, and allow for stabilizing negative feedbacks to occur, inputs of new N need to be spatially decoupled from denitrification. Our idealized model experiments suggest that factors such as iron limitation or dissolved organic matter cycling can promote such decoupling and allow for negative feedbacks that stabilize the N inventory. Conversely, close spatial co-location of N2 fixation and denitrification could lead to net N loss.

Dolomite-rich coralline algae in reefs resist dissolution in acidified conditions

Coral reef ecosystems develop best in high-flow environments but their fragile frameworks are also vulnerable to high wave energy. Wave-resistant algal rims, predominantly made up of the crustose coralline algae (CCA) Porolithon onkodes and P. pachydermum, are therefore critical structural elements for the survival of many shallow coral reefs. Concerns are growing about the susceptibility of CCA to ocean acidification because CCA Mg-calcite skeletons are more susceptible to dissolution under low pH conditions than coral aragonite skeletons. However, the recent discovery of dolomite (Mg0.5Ca0.5(CO3)), a stable carbonate, in P. onkodes cells necessitates a reappraisal of the impacts of ocean acidification on these CCA. Here we show, using a dissolution experiment, that dried dolomite-rich CCA have 6-10 times lower rates of dissolution than predominantly Mg-calcite CCA in both high-CO2 (~ 700 ppm) and control (~ 380 ppm) environments, respectively. We reveal this stabilizing mechanism to be a combination of reduced porosity due to dolomite infilling and selective dissolution of other carbonate minerals. Physical break-up proceeds by dissolution of Mg-calcite walls until the dolomitized cell eventually drops out intact. Dolomite-rich CCA frameworks are common in shallow coral reefs globally and our results suggest that it is likely that they will continue to provide protection and stability for coral reef frameworks as CO2 rises.