Genetic variation for carbon isotope composition in Juglans regia L.: relationships with growth, phenology and climate of origin

Among the traits of breeding interest for the common walnut tree Juglans regia L., characteristics such as timing of budbreak and leaf fall, water-use efficiency and growth performance are regarded as being of utmost relevance in Mediterranean conditions. The authors evaluated intraspecific variation in $\delta$13C (carbon isotope composition, surrogate of intrinsic water-use efficiency, WUE$_{\rm i}$) for 22 J. regia families grown in a progeny test under supplementary irrigation, and investigated whether such variation correlated with climatic indicators of native habitats. The genetic relationships between $\delta$13C, growth and phenology were also assessed during two consecutive years. Overall, the most water-use-efficient families (i.e. with higher $\delta$13C), which originated mainly from drought-prone provenance regions which have a high vapour pressure deficit and low rainfall, exhibited less height growth and smaller DBH. Using a stepwise regression procedure, $\delta$13C was included as the main explanatory variable of genotypic variation in growth traits, together with growing season duration (for DBH in both years) and flushing (for height in 2007). It was concluded that WUE$_{\rm i}$ is largely unconnected to phenology effects in the explanation of growth performance for J. regia, therefore suggesting the opportunity of simultaneously selecting for low WUE$_{\rm i}$ and extended growing period to maximise productivity in non-water-limited environments.

La communication médicale avec les patients migrants allophones : difficultés de compréhension dans les consultations spécialisées centrées sur les douleurs musculo-squelettiques chroniques

Les suivis spécialisés de douleurs chroniques comportent des enjeux communicationnels sensibles liés notamment à la subjectivité des ressentis douloureux et aux fréquentes divergences de vue entre médecins et patients quant à l'origine du problème de santé et à son traitement. Centré sur ces suivis, ce travail de thèse a cherché à appréhender comment les situations sociolinguistiques des patients migrants allophones se répercutent sur la communication médicale et, plus particulièrement, sur la compréhension mutuelle dans les consultations. Il a emprunté une approche discursive s'appuyant sur l'analyse interactionnelle de consultations filmées et sur un riche corpus de données contextuelles recueillies dans des interviews de patients et de cliniciens. Les analyses réalisées ont, entre autres, mis en évidence que les difficultés de compréhension non résolues se concentrent dans les consultations des patients les moins à l'aise en français et que ces difficultés renferment pour la plupart une charge problématique certaine en termes de qualité des soins. Il apparaît également que lorsque des malentendus ou incompréhensions cliniquement pertinents ne peuvent être résolus, le caractère limité des compétences de français de base des patients migrants n'est jamais seul en cause. Des facteurs de complexité médicaux (ex. surestimations des connaissances médicales de base des patients), relationnels (ex. non-signalement de malentendus par les patients pour éviter de faire perdre la face au médecin) et discursifs (ex. nécessité de traiter de discours ou « voix » venant de l'extérieur de la consultation dans le cadre d'une polyphonie particulièrement marquée) jouent également des rôles de premier plan dans les difficultés non résolues les plus problématiques au plan clinique et sont généralement étroitement intriqués avec le langagier au sens strict. En termes pratiques, les résultats soulignent le rôle décisif de l'autoréflexivité chez les médecins, ainsi que de leur capacité à ajuster de manière flexible leurs styles communicationnels afin, par exemple, d'éviter le cumul de facteurs de complexités favorisant des malentendus ou incompréhensions problématiques. Les observations effectuées rappellent également l'importance du recours à des ressources d'interprétariat.

Cardiovascular magnetic resonance imaging techniques for motion-suppressed multi-dimensional coronary artery imaging with high spatial and temporal resolution

L'imagerie par résonance magnétique (IRM) peut fournir aux cardiologues des informations diagnostiques importantes sur l'état de la maladie de l'artère coronarienne dans les patients. Le défi majeur pour l'IRM cardiaque est de gérer toutes les sources de mouvement qui peuvent affecter la qualité des images en réduisant l'information diagnostique. Cette thèse a donc comme but de développer des nouvelles techniques d'acquisitions des images IRM, en changeant les techniques de compensation du mouvement, pour en augmenter l'efficacité, la flexibilité, la robustesse et pour obtenir plus d'information sur le tissu et plus d'information temporelle. Les techniques proposées favorisent donc l'avancement de l'imagerie des coronaires dans une direction plus maniable et multi-usage qui peut facilement être transférée dans l'environnement clinique. La première partie de la thèse s'est concentrée sur l'étude du mouvement des artères coronariennes sur des patients en utilisant la techniques d'imagerie standard (rayons x), pour mesurer la précision avec laquelle les artères coronariennes retournent dans la même position battement après battement (repositionnement des coronaires). Nous avons découvert qu'il y a des intervalles dans le cycle cardiaque, tôt dans la systole et à moitié de la diastole, où le repositionnement des coronaires est au minimum. En réponse nous avons développé une nouvelle séquence d'acquisition (T2-post) capable d'acquérir les données aussi tôt dans la systole. Cette séquence a été testée sur des volontaires sains et on a pu constater que la qualité de visualisation des artère coronariennes est égale à celle obtenue avec les techniques standard. De plus, le rapport signal sur bruit fourni par la séquence d'acquisition proposée est supérieur à celui obtenu avec les techniques d'imagerie standard. La deuxième partie de la thèse a exploré un paradigme d'acquisition des images cardiaques complètement nouveau pour l'imagerie du coeur entier. La technique proposée dans ce travail acquiert les données sans arrêt (free-running) au lieu d'être synchronisée avec le mouvement cardiaque. De cette façon, l'efficacité de la séquence d'acquisition est augmentée de manière significative et les images produites représentent le coeur entier dans toutes les phases cardiaques (quatre dimensions, 4D). Par ailleurs, l'auto-navigation de la respiration permet d'effectuer cette acquisition en respiration libre. Cette technologie rend possible de visualiser et évaluer l'anatomie du coeur et de ses vaisseaux ainsi que la fonction cardiaque en quatre dimensions et avec une très haute résolution spatiale et temporelle, sans la nécessité d'injecter un moyen de contraste. Le pas essentiel qui a permis le développement de cette technique est l'utilisation d'une trajectoire d'acquisition radiale 3D basée sur l'angle d'or. Avec cette trajectoire, il est possible d'acquérir continûment les données d'espace k, puis de réordonner les données et choisir les paramètres temporel des images 4D a posteriori. L'acquisition 4D a été aussi couplée avec un algorithme de reconstructions itératif (compressed sensing) qui permet d'augmenter la résolution temporelle tout en augmentant la qualité des images. Grâce aux images 4D, il est possible maintenant de visualiser les artères coronariennes entières dans chaque phase du cycle cardiaque et, avec les mêmes données, de visualiser et mesurer la fonction cardiaque. La qualité des artères coronariennes dans les images 4D est la même que dans les images obtenues avec une acquisition 3D standard, acquise en diastole Par ailleurs, les valeurs de fonction cardiaque mesurées au moyen des images 4D concorde avec les valeurs obtenues avec les images 2D standard. Finalement, dans la dernière partie de la thèse une technique d'acquisition a temps d'écho ultra-court (UTE) a été développée pour la visualisation in vivo des calcifications des artères coronariennes. Des études récentes ont démontré que les acquisitions UTE permettent de visualiser les calcifications dans des plaques athérosclérotiques ex vivo. Cepandent le mouvement du coeur a entravé jusqu'à maintenant l'utilisation des techniques UTE in vivo. Pour résoudre ce problème nous avons développé une séquence d'acquisition UTE avec trajectoire radiale 3D et l'avons testée sur des volontaires. La technique proposée utilise une auto-navigation 3D pour corriger le mouvement respiratoire et est synchronisée avec l'ECG. Trois échos sont acquis pour extraire le signal de la calcification avec des composants au T2 très court tout en permettant de séparer le signal de la graisse depuis le signal de l'eau. Les résultats sont encore préliminaires mais on peut affirmer que la technique développé peut potentiellement montrer les calcifications des artères coronariennes in vivo. En conclusion, ce travail de thèse présente trois nouvelles techniques pour l'IRM du coeur entier capables d'améliorer la visualisation et la caractérisation de la maladie athérosclérotique des coronaires. Ces techniques fournissent des informations anatomiques et fonctionnelles en quatre dimensions et des informations sur la composition du tissu auparavant indisponibles. CORONARY artery magnetic resonance imaging (MRI) has the potential to provide the cardiologist with relevant diagnostic information relative to coronary artery disease of patients. The major challenge of cardiac MRI, though, is dealing with all sources of motions that can corrupt the images affecting the diagnostic information provided. The current thesis, thus, focused on the development of new MRI techniques that change the standard approach to cardiac motion compensation in order to increase the efficiency of cardioavscular MRI, to provide more flexibility and robustness, new temporal information and new tissue information. The proposed approaches help in advancing coronary magnetic resonance angiography (MRA) in the direction of an easy-to-use and multipurpose tool that can be translated to the clinical environment. The first part of the thesis focused on the study of coronary artery motion through gold standard imaging techniques (x-ray angiography) in patients, in order to measure the precision with which the coronary arteries assume the same position beat after beat (coronary artery repositioning). We learned that intervals with minimal coronary artery repositioning occur in peak systole and in mid diastole and we responded with a new pulse sequence (T2~post) that is able to provide peak-systolic imaging. Such a sequence was tested in healthy volunteers and, from the image quality comparison, we learned that the proposed approach provides coronary artery visualization and contrast-to-noise ratio (CNR) comparable with the standard acquisition approach, but with increased signal-to-noise ratio (SNR). The second part of the thesis explored a completely new paradigm for whole- heart cardiovascular MRI. The proposed techniques acquires the data continuously (free-running), instead of being triggered, thus increasing the efficiency of the acquisition and providing four dimensional images of the whole heart, while respiratory self navigation allows for the scan to be performed in free breathing. This enabling technology allows for anatomical and functional evaluation in four dimensions, with high spatial and temporal resolution and without the need for contrast agent injection. The enabling step is the use of a golden-angle based 3D radial trajectory, which allows for a continuous sampling of the k-space and a retrospective selection of the timing parameters of the reconstructed dataset. The free-running 4D acquisition was then combined with a compressed sensing reconstruction algorithm that further increases the temporal resolution of the 4D dataset, while at the same time increasing the overall image quality by removing undersampling artifacts. The obtained 4D images provide visualization of the whole coronary artery tree in each phases of the cardiac cycle and, at the same time, allow for the assessment of the cardiac function with a single free- breathing scan. The quality of the coronary arteries provided by the frames of the free-running 4D acquisition is in line with the one obtained with the standard ECG-triggered one, and the cardiac function evaluation matched the one measured with gold-standard stack of 2D cine approaches. Finally, the last part of the thesis focused on the development of ultrashort echo time (UTE) acquisition scheme for in vivo detection of calcification in the coronary arteries. Recent studies showed that UTE imaging allows for the coronary artery plaque calcification ex vivo, since it is able to detect the short T2 components of the calcification. The heart motion, though, prevented this technique from being applied in vivo. An ECG-triggered self-navigated 3D radial triple- echo UTE acquisition has then been developed and tested in healthy volunteers. The proposed sequence combines a 3D self-navigation approach with a 3D radial UTE acquisition enabling data collection during free breathing. Three echoes are simultaneously acquired to extract the short T2 components of the calcification while a water and fat separation technique allows for proper visualization of the coronary arteries. Even though the results are still preliminary, the proposed sequence showed great potential for the in vivo visualization of coronary artery calcification. In conclusion, the thesis presents three novel MRI approaches aimed at improved characterization and assessment of atherosclerotic coronary artery disease. These approaches provide new anatomical and functional information in four dimensions, and support tissue characterization for coronary artery plaques.

Dénoncer les 'méchants' ? Les effets de la trajectoire sociale sur l'investissement politico-moral dans la police

Cet article montre, en premier lieu, que le degré d'investissement politico-moral des policières et des policiers dans leur métier est fortement variable. Si une partie des individus nouvellement entrés dans la police expriment un sentiment de distance sociale doublé d'une distinction morale par rapport à la population, d'autres ne s'investissement pas dans leur métier comme dans une « croisade morale » (Becker, 1985 [1963]), et estiment au contraire que les justiciables appartiennent à la même « communauté morale » (Fassin, 2011, p. 313) qu'eux-mêmes. La perspective adoptée prolonge ainsi les critiques des approches classiques de la « culture policière », qui ont démontré leur caractère trop uniformisant et leurs biais mécaniste. Parmi les études de sociologie de la police n'ayant pas adopté une telle approche, celle de W. Ker Muir (1977), pourtant ancienne, a montré que tous les policiers ne vivaient pas leur appartenance au groupe professionnel sur le mode d'une distinction morale d'avec les justiciables. Aucune autre étude n'a pourtant traité des variations dans l'investissement politico moral des policières et des policiers, et n'a donc tenté d'en fournir des explications. Le second axe d'analyse vise ainsi à combler ce déficit explicatif, en montrant que l'investissement politico-moral dans le métier dépend largement de la trajectoire antérieure des individus recrutés dans la police, en particulier des expériences de pertes de statut qu'ils ont pu subir, ainsi que du type de stratégies d'ascension sociale ou de récupération de ce statut qu'ils mettent en place.

Etude iconographique des représentations de la reine dans les temples de l'Egypte ptolémaïque

Si les hellénistes ont écrit un certain nombre d'ouvrages traitant de la figure de la reine lagide de façon globale, cette dernière est restée relativement peu étudiée pour ce qui concerne la documentation égyptienne. Or, parmi les sources indigènes, les reliefs des temples ptolémaïques fournissent quantité d'informations, de nature religieuse mais aussi historiques, qu'il était intéressant d'analyser afin d'éclairer le rôle dévolu par les théologiens à ces femmes, qui, dans la réalité, ont peu à peu pris l'ascendant sur les rois en exercice afin de dominer la scène politique de l'époque. En suivant les principes de la « grammaire » du temple, les thématiques mythologiques et les motivations plus politiques semblant favoriser l'apparition de la reine dans le temple ont tout d'abord été mises en évidence ; cela en fonction de la nature des structures architecturales sur lesquelles les reliefs ont été gravés, mais également selon les différents règnes constitutifs de la dynastie lagide. L'iconographie propre de la souveraine - sa position dans les scènes rituelles, sa tenue, ses couronnes, ses attributs ainsi que les offrandes qu'elle consacre - a ensuite été étudiée et replacée de façon systématique dans le contexte historique, afin d'en dégager la symbolique mythologique ainsi que l'évolution chronologique. Enfin, des comparaisons avec les périodes antérieures ont été établies afin de souligner la part d'héritage et celle d'innovation dans la représentation de la reine lagide par rapport à son ancêtre dynastique. Ces analyses spatiale et iconographique ont ainsi permis de dessiner les contours du rôle religieux de la souveraine ptolémaïque tout en l'inscrivant dans l'héritage d'époque dynastique. Ces études ont également permis de démontrer l'influence indéniable du contexte historique et du statut politique réel d'une reine dans la façon de la représenter, et donc de la considérer, au sein du sanctuaire. Les temples égyptiens tardifs s'affirment donc comme des témoins privilégiés de l'évolution du statut politique de ces femmes, et au-delà, sont bien les reflets fidèles de l'histoire politique de toute une dynastie.

Roman et théorie, Boulgakov et Bakhtine : éclairages réciproques : Le Maître et Marguerite, le carnaval, la ménipée = Roman i teorii︠a︡, Bulgakov i Bakhtin : vzaimnoe osveshchenie : Master i Margarita, karnaval, menippei︠a︡

Cette thèse met en lumière les relations réciproques entre les deux artefacts‐clés de la culture russe et mondiale du XXe siècle : la théorie du carnaval et de la ménippée de Mikhaïl Bakhtine et le dernier roman de Mikhaïl Boulgakov. Les chercheurs n'ont pas tardé à remarquer leur étonnante synthonie après leur sortie de l'oubli qui a eu lieu presque en même temps et qui a été marquée par la publication des ouvrages de Bakhtine Problèmes de la poétique de Dostoïevski (1963), L'oeuvre de François Rabelais et la culture populaire au Moyen Âge et sous la Renaissance (1965) et par la parution du roman de Boulgakov Le Maître et Marguerite (1966-1967). C'est déjà dans la postface de la première édition du roman que Le Maître et Marguerite reçoit le nom de «ménippée de Bakhtine». Un tel rapprochement entre la théorie de Bakhtine et le roman de Boulgakov s'explique par leur intérêt simultané pour différentes manifestations de la poétique du carnaval qui s'appuie sur des traditions portant l'empreinte des conceptions du temps cyclique et de l'éternel retour par le biais de la mort, propres aux rituels agraires de l'époque archaïque et aux fêtes du Nouvel An de l'Antiquité. A partir du début du XXe siècle et jusqu'aux années 40, la notion de carnavalesque en Russie est un ensemble d'idées unique, un concept doté d'un caractère d'universalité culturelle de son temps: le carnavalesque attire l'attention non seulement de Bakhtine et de Boulgakov, mais aussi de presque tous les modernistes russes et de certains philologues de l'époque. Dans notre travail, l'étude de la ressemblance des approches du problème du carnaval chez Boulgakov et chez Bakhtine s'organise selon deux axes de recherche. Le premier est lié à la théorie des genres moderne et à son développement dans la philosophie de Bakhtine. C'est dans ce contexte que nous examinons la notion antique de la satire ménippée (ou de la ménippée), considérée par Bakhtine en tant que genre littéraire qui reflète le mieux la poétique du carnaval. C'est également ce contexte qui nous permet d'analyser l'évolution de la théorie du carnaval et de la ménippée chez Bakhtine depuis ses travaux des années 30 jusqu'à la parution du « quatrième chapitre célèbre » de la deuxième édition de son ouvrage consacré à Dostoïevski. Le même contexte sert à délimiter l'emploi de la théorie du carnaval et de la ménippée dans la critique littéraire et à déterminer l'efficacité de cet outil théorique que nous utilisons lors de l'analyse du roman Le Maître et Marguerite. Le second axe de notre recherche est lié à l'étude des traditions du carnaval, à l'examen de leurs sources mythologiques et de leurs sources relatives aux mystères. Ces sources sont considérées telles qu'elles se présentent dans les manières de concevoir le carnaval propres à Bakhtine et à Boulgakov que nous avons nommées, respectivement, le carnaval de Bakhtine et le carnaval de Boulgakov. La reconstruction du carnaval de Bakhtine a permis de mettre en évidence plusieurs approches du thème du carnaval présentes dans ses ouvrages. La distinction de ces approches est d'autant plus importante que son oubli peut causer de fausses interprétations des idées de Bakhtine exprimées dans L'oeuvre de François Rabelais et mener à des critiques injustes de son auteur. Nous avons également tenu compte des théories avec lesquelles dialogue la philosophie du carnaval de Bakhtine : nous l'avons examinée en relation avec des études de la fête, du carnaval et du sacrifice caractéristiques du paysage scientifique des premières décennies du XXe siècle. Nous avons également comparée la philosophie du carnaval aux théories des philosophes européens contemporains de Bakhtine qui se sont intéressés à la même problématique, mais qu'on n'a pas l'habitude de mentionner à ce propos. En ce qui concerne l'étude du roman Le Maître et Marguerite et l'analyse du carnaval de Boulgakov, nous avons tâché d'unir deux approches. D'une part, nous avons mis au jour les sources de l'auteur ; d'autre part, nous avons examiné cette oeuvre dans une perspective dont le but est d'aider à comprendre la spécificité du carnavalesque chez Boulgakov en s'appuyant sur des travaux d'éminents spécialistes du folklore, de la mytho-archéologie, de la mytho-critique et de la sémiotique moderne. Notre recherche a permis de mettre en évidence les manifestations caractéristiques de la poétique du carnaval dans Le Maître et Marguerite, auparavant négligées par la critique. En outre, nous avons prêté une attention particulière à la façon dont Boulgakov utilise des éléments et modèles mythologiques « pré-carnavalesques » qui n'ont pas été étudiés de manière suffisante dans l'oeuvre de Bakhtine. Cela nous a permis non seulement de voir sous un autre jour les scènes-clés du roman, mais aussi d'avoir la connaissance plus approfondie du carnaval de Bakhtine à travers le carnaval de Boulgakov.

Couples linguistiquement mixtes et appropriation des langues

Dans un monde toujours plus globalisé depuis le milieu du XXcmc siècle, le couple linguistiquement mixte est une constellation conjugale de plus en plus fréquente en Suisse comme ailleurs. Le choix du lieu de la vie commune implique souvent la migration de l'un des partenaires vers le pays de l'autre, et donc parfois vers une nouvelle langue - en l'occurrence ici le français - qu'il s'agit de s'approprier. Cette thèse se penche donc sur les liens entre ce contexte a priori positif que représente le couple, et l'appropriation langagière du/de la partenaire alloglotte. De par sa base affective, mais surtout de par le fait que la personne migrante peut compter sur quelqu'un qui est prêt et disposé à l'aider, notamment parce que la migration a été décidée dans le cadre d'un projet commun, le couple favorise la socialisation et donc le contact de la personne nouvellement arrivée avec différentes (variétés de) langues qu'elle s'approprie progressivement : contrairement à beaucoup de migrant-e-s venu-e-s seul-e-s dans un nouveau pays, le/la partenaire alloglotte de ces couples se voit souvent pourvu-e d'une famille (belle-famille et enfants), d'un réseau social (ami-e-s du partenaire francophone), et d'une médiation culturelle et linguistique utile pour accéder notamment au marché de l'emploi, mais également pour comprendre les différents enjeux sociaux dans lesquels elle se voit plongée. Cette médiation affective, linguistique et socio-culturelle proposée par le couple lui permet d'identifier plus aisément des solutions utiles pour dépasser certaines barrières sociales, économiques, administratives, linguistiques et/ou culturelles. Pour autant, le/la partenaire alloglotte du couple linguistiquement mixte est avant tout un acteur social à part entière, qui vit aussi hors du couple et s'aménage - sans doute plus vite, plus facilement et plus naturellement que d'autres migrant-e-s - ses propres modalités de socialisation, en fonction de son vécu et de ses projections pour le futur. Dans une perspective fondamentalement socioconstructiviste du développement humain, l'appropriation langagière est donc ici considérée comme la construction par la personne d'une capacité à agir dans l'espace social et dans la langue. Si l'appropriation a lieu dans et par l'interaction, il s'agit d'investiguer à la fois certains des enjeux de pouvoir dans lesquels s'inscrit cette interaction, et le sens que la personne donne à ces enjeux en fonction de sa subjectivité propre. Le cadre épistémologique de ce travail convoque ainsi des outils issus de la sociologie bourdieusienne et foucaldienne, de la sociolinguistique critique, de la psychologie sociale et de la psycho-sociolinguistique afin d'explorer certaines des limites sociales et psycho-affectives qui influencent les modalités de l'appropriation langagière de la personne alloglotte. La méthode adoptée pour explorer ces deux types de limites s'inscrit dans la tradition de la recherche sur les récits de vie, tout en s'en distanciant sur deux points. D'une part, si le récit de vie considère la personne qui se raconte comme narratrice de sa propre vie, l'autobiographie langagière réflexive met l'accent sur une démarche potentiellement formatrice lui permettant de « penser » sa trajectoire de vie en lien avec son appropriation langagière. D'autre part, les analyses menées sur ces textes écrits et oraux sont tout à la fois thématiques et discursives, puisque la manière dont les événements sont racontés permet de retracer les enjeux souvent ambivalents, parfois contradictoires, qui influencent le sens que la personne donne à son parcours avec le français et la construction de son sentiment de légitimité ou d'illégitimité à vivre en Suisse et en français. En dernière instance, cette thèse défétichise le couple, considéré comme la rencontre de deux subjectivités autour d'un projet de « vivre ensemble », plus que comme un lien romantique et amoureux. Elle défétichise la langue, comprise comme un répertoire langagier forcément plurilingue et hétéroglossique. Elle défétichise l'appropriation langagière, qui apparaît comme un effet collatéral et contextuel de la vie en couple et en société. Elle défétichise enfin le récit de soi, en le poussant vers la réflexion d'un soi ancré dans le social. Si les partenaires des huit couples interrogés ont une voix forte dans l'entier de ce texte, c'est qu'ils et elles existent comme personnes, indépendamment du couple, de la langue, de l'appropriation langagière et de la démarche autobiographique réflexive qui les font se rejoindre dans le contexte particulier de cette recherche mais qui ne constituent que certains de leurs positionnements identitaires et sociaux.

Another Kind of Knowledge: Aristotle's Phronêsis from an Epistemological Point of View

In my thesis, I defend the idea that Aristotle's notion of phronêsis (practical wisdom) is best understood as a kind of practical knowledge. I interpret phronêsis as the knowledge we display when we make the correct decision to act. In a particular situation that demands a specific response, we have practical knowledge of what to do when we make the best decision possible. This interpretation of phronêsis involves that it is possible to evaluate our decisions epistemically, that is, to evaluate whether we really know what to do or not. Aristotle provides a tool for the evaluation of our decisions, which is a definite kind of argument and which the tradition has called the 'practical syllogism'. The practical syllogism stands as the explanation of our decisions or actions. We invoke it when we want to explain or justify why we act as we do. My claim is that the components of the practical syllogism enable one to evaluate not only the moral character of our actions, but also the epistemic strength of our decisions. Correspondingly, a decision is morally right, i.e. virtuous, if the agent considers the right moral principle to apply, and if he is aware of the relevant circumstances of the situation (moral evaluation). Moreover, a decision displays practical knowledge if the agent meets three conditions (epistemic evaluation): he must desire the moral principle for its own sake; he must have experience in spotting the relevant circumstances of the situation; and he must be able to closely connect these circumstances with the moral principle. This interpretation of phronêsis differs from other more traditional interpretations in the emphasis it puts on phronêsis as knowledge. Other interpretations focus more on the moral dimension on phronêsis, without taking its epistemic value seriously. By contrast, I raise seriously the question of what it takes to genuinely know what one should do in a particular situation. -- Dans ma thèse, je défends l'idée que la notion aristotélicienne de phronêsis (sagesse pratique) doit être interprétée comme connaissance pratique. Je comprends la phronêsis comme étant la connaissance que nous avons lorsque nous prenons une bonne décision. Dans une situation particulière qui demande une réponse précise, nous avons une connaissance pratique lorsque nous prenons la meilleure décision possible. Cette interprétation de la phronêsis implique qu'il est possible d'évaluer nos décisions de manière épistémique, c'est-à-dire, d'évaluer si nous savons vraiment ce qu'il faut faire ou non. Ma position est qu'Aristote fournit un outil pour évaluer épistémiquement nos décisions, qui consiste en un certain type d'argument et que la tradition a appelé le 'syllogisme pratique'. Le syllogisme pratique correspond à l'explication de nos décisions ou de nos actions. Nous invoquons un syllogisme pratique lorsque nous voulons expliquer ou justifier pourquoi nous agissons comme nous le faisons. Les éléments du syllogisme pratique permettent d'évaluer non seulement le caractère moral de nos actions, mais aussi la force épistémique de nos décisions. Par conséquent, une décision est moralement correcte, i.e. vertueuse, si l'agent considère le bon principe moral, et s'il est attentif aux circonstances pertinentes de la situation (évaluation morale). En outre, une décision inclut la connaissance pratique si l'agent remplit trois conditions (évaluation épistémique) : il doit désirer le principe moral pour lui-même, il doit avoir de l'expérience pour déceler les circonstances pertinentes, et il doit pouvoir lier intimement ces circonstances avec le principe moral. Cette interprétation de la phronêsis diffère d'autres interprétations plus traditionnelles par l'emphase mise sur la phronêsis en tant que connaissance. D'autres interprétations se concentrent plus sur la dimension morale de la phronêsis, sans se préoccuper sérieusement de sa valeur épistémique. Au contraire, je pose sérieusement la question des conditions nécessaires pour réellement savoir ce qu'il faut faire dans une situation donnée.

Study and modelling of the effect of herbicides pulse exposure on freshwater microalgae

De plus en plus de substances chimiques sont émises et détectées dans l'environnement.Parmi ces substances, on trouve les herbicides qui sont utilisés en agriculture pour luttercontre la présence des mauvaises herbes. Après leur application sur les sols, les herbicidespeuvent être entrainés par les eaux de pluie jusque dans les ruisseaux et les rivières. Lesconcentrations de ces substances varient donc de manière importante dans les systèmesaquatiques en période de pluie ou en période de temps sec. Des pics élevés de concentrationssont suivis de période de concentrations très faibles ou nulles. Les herbicides présents dans lescours d'eau peuvent engendrer des effets toxiques sur les algues et les plantes aquatiques. Orles tests classiques d'écotoxicologie effectués en laboratoire sont réalisés en exposant lesespèces vivantes à des polluants de manière continue. Ils ne permettent donc pas d'évaluer leseffets des concentrations fluctuantes comme celles des herbicides. Le but de cette thèse estd'étudier et de modéliser les effets des concentrations fluctuantes d'herbicide sur les espècesde microalgues vertes Scenedesmus vacuolatus et Pseudokirchneriella subcapitata. Desexpériences en laboratoire ont également été effectuées dans le but de valider le modèle.Quatre herbicides ont été testés. Il s'agit de l'atrazine (utilisé jusqu'à récemment pour lemaïs), du diuron (utilisé dans la vigne), de l'isoproturon (utilisé pour les céréales) et du Smétolachlore(utilisé pour le maïs). Les résultats de ce travail de thèse indiquent que les effetsdes concentrations fluctuantes d'herbicide peuvent être modélisés sur des algues d'eau douce.Le modèle est relativement simple pour les inhibiteurs de la photosynthèse tels que l'atrazine,le diuron ou l'isoproturon. Il nécessite la connaissance de deux paramètres, le taux decroissance de l'algue sans polluant et la courbe dose-réponse pour chaque substance.Cependant, des expériences supplémentaires doivent être réalisées si la substance étudiéeinduit un délai de l'effet et du rétablissement ou si une algue est cultivée avec une autre alguedans le même milieu de croissance. Le modèle pourrait également être adapté pour tenircompte des mélanges de substances. Appliqué pour prédire les effets sur les algues descénarios réels, le modèle montre que les longs pics de concentrations jouent le rôle le plusimportant. Il est donc crucial de les mesurer lors du monitoring des cours d'eau. D'autre part,une évaluation du risque effectuée avec ce modèle montre que l'impact des pics deconcentrations sur les espèces les plus sensibles est total. Cela met en évidence, une fois deplus, l'importance de tenir compte de ces concentrations fluctuantes dans l'évaluation durisque environnemental des herbicides, mais également des autres polluants.

Le raisonnement clinique de l'infirmier (ère) expert(e) lors de l'évaluation de la douleur chez les patients ventilés, sédatés et non communicants aux soins intensifs

Problématique : La douleur aux soins intensifs adultes est un problème majeur auquel l'équipe soignante est confrontée quotidiennement. Elle nécessite un traitement adéquat et, pour ce faire, une évaluation systématique et précise est requise. Les patients hospitalisés aux soins intensifs sont vulnérables de par leurs pathologies et les multiples stimulations douloureuses auxquelles ils sont exposés. L'évaluation de la douleur est rendue complexe par le fait qu'ils ne peuvent pas la communiquer verbalement. L'utilisation d'échelles d'évaluation de la douleur est recommandée, mais les scores obtenus doivent être interprétés et contextualisés. Evaluer la douleur chez ce type de patient demande aux infirmières des connaissances et compétences élevées, à même d'être mobilisées lors d'un processus complexe lié au raisonnement clinique. But : l'objectif de cette étude descriptive observationnelle est de décrire les indicateurs influençant le raisonnement clinique de l'infirmière1 experte lors de l'évaluation de la douleur chez les patients ventilés, sédatés et non communicants aux soins intensifs. Les résultats produisent une meilleure compréhension de l'évaluation et de la gestion de la douleur en pratique et, finalement, participent à l'amélioration de la qualité de son évaluation et de sa gestion. Méthode : un échantillon de convenance de sept infirmières expertes travaillant dans une unité de soins intensifs d'un hôpital universitaire de Suisse Romande a été constitué pour cette étude. Les données ont été récoltées en situation réelle lors de l'évaluation de la douleur de sept patients en utilisant la méthode du think aloud, par une observation non participative et par un entretien semistructuré. Les données ont été analysées en utilisant une méthode d'analyse de contenu déductive sur la base d'un modèle de raisonnement clinique, comprenant les suivantes: le contexte, la situation du patient, la génération d'hypothèses, les actions infirmières et l'évaluation de l'action. Résultats : la moyenne d'expérience des infirmières participantes est de 15 ans (ÉT 4.5) en soins et de 7.85 ans (ÉT 3.1) en soins intensifs. Sept patients étaient ventilés, sédatés et non communicants ayant une moyenne de score APACHE II2 de 19. Les résultats montrent que les infirmières se basent principalement sur des indicateurs physiologiques pour évaluer la douleur. Elles cherchent à prévenir la douleur pour le patient. Elles se réfèrent régulièrement à des situations déjà vécues (pattern). Elles mobilisent leurs connaissances pour pondérer l'agitation liée à la douleur ou à d'autres causes en générant des hypothèses, puis réalisent un test antalgique pour confirmer ou infirmer l'hypothèse retenue. Conclusion : le contexte clinique joue un rôle important dans le raisonnement clinique de l'infirmière et la gestion de la douleur. Pour faciliter cette tâche, l'évaluation de la douleur doit être combinée avec l'évaluation de la situation clinique du patient et du niveau de sédation des patients de soins intensifs.

Characterization of a MAF1 knockout mouse model

L'ARN polymérase 3 transcrit un petit groupe de gènes fortement exprimés et impliqués dans plusieurs mécanismes moléculaires. Les ARNs de transfert ou ARNt représentent plus ou moins la moitié du transcriptome de l'ARN polymérase 3. Ils sont directement impliqués dans la traduction des protéines en agissant comme transporteurs d'acides aminés qui sont incorporés à la chaîne naissante de polypeptides. Chez des levures cultivées dans un milieu jusqu'à épuisement des nutriments, Maf1 réprime la transcription par l'ARN polymérase 3, favorisant ainsi l'économie énergétique cellulaire. Dans un modèle de cellules de mammifères, MAF1 réprime aussi la transcription de l'ARN polymérase 3 dans des conditions de stress, cependant il n'existe aucune donnée quant à son rôle chez un mammifère vivant. Pendant mon doctorat, j'ai utilisé une souris délétée pour le gène Maf1 afin de connaître les effets de ce gène chez un mammifère. Etonnamment, la souris Maf1-­‐/-­‐ est résistante à l'obésité même si celle-­‐ci est nourrie avec une nourriture riche en matières grasses. Des études moléculaires et de métabolomiques ont montré qu'il existe des cycles futiles de production et dégradation des lipides et des ARNt, ce qui entraîne une augmentation de la dépense énergique et favorise la résistance à l'obésité. En plus de la caractérisation de la souris Maf1-­‐/-­‐, pendant ma thèse j'ai également développé une méthode afin de normaliser les données de ChIP-­‐sequencing. Cette méthode est fondée sur l'utilisation d'un contrôle interne, représenté ici par l'ajout d'une quantité fixe de chromatine provenant d'un organisme différent de celui étudié. La méthode a amélioré considérablement la reproductibilité des valeurs entre réplicas biologiques. Elle a aussi révélé des différences entre échantillons issus de conditions différentes. Une occupation supérieure de l'ARN polymérase 3 sur les gènes Pol 3 chez les souris Maf1 KO entraîne une augmentation du niveau de précurseurs d'ARNt, ayant pour effet probable la saturation de la machinerie de maturation des ARNt. En effet, chez les souris Maf1 KO, le pourcentage d'ARNt modifiés est plus faible que chez les souris type sauvage. Ce déséquilibre entre le niveau de précurseurs et d'ARNt matures entraîne une diminution de la traduction protéique. Ces résultats ont permis d'identifier de nouvelles fonctions pour la protéine MAF1, comme étant une protéine régulatrice à la fois de la transcription mais aussi de la traduction et en étant un cible potentielle au traitement à l'obésité. -- RNA polymerase III (Pol 3) transcribes a small set of highly expressed genes involved in different molecular mechanisms. tRNAs account for almost half of the Pol 3 transcriptome and are involved in translation, bringing a new amino into the nascent polypeptide chain. In yeast, under nutrient deprivation, Maf1 acts for cell energetic economy by repressing Pol 3 transcription. In mammalian cells, MAF1 also represses Pol 3 activity under conditions of serum deprivation or DNA damages but nothing is known about its role in a mammalian organism. During my thesis studies, I used a Maf1 KO mouse model to characterize the effects of Maf1 deletion in a living animal. Surprisingly, the MAF1 KO mouse developed an unexpected phenotype, being resistant to high fat diet-­‐induced obesity and displaying an extended lifespan. Molecular and metabolomics characterizations revealed futile cycles of lipids and tRNAs, which are produced and immediately degraded, which increases energy consumption in the Maf1 KO mouse and probably explains in part the protection to obesity. Additionally to the mouse characterization, I also developed a method to normalize ChIP-­‐seq data, based on the addition of a foreign chromatin to be used as an internal control. The method improved reproducibility between replicates and revealed differences of Pol 3 occupancy between WT and Maf1 KO samples that were not seen without normalization to the internal control. I then established that increased Pol 3 occupancy in the Maf1 KO mouse liver was associated with increased levels of tRNA precursor but not of mature tRNAs, the effective molecules involved in translation. The overproduction of precursor tRNAs associated with the deletion of Maf1 apparently overwhelms the tRNA processing machinery as the Maf1 KO mice have lower levels of fully modified tRNAs. This maturation defect directly impacts on translation efficiency as polysomic fractions and newly synthetized protein levels were reduced in the liver of the Maf1 KO mouse. Altogether, these results indicate new functions for MAF1, a regulator of both transcription and translation as well as a potential target for obesity treatment.

El neolític antic i l"inici de l"edat del bronze a les excavacions del nou conservatori del Liceu

[cat] En aquest article es presenta l"estudi interdisciplinari de les ocupacions prehistòriques recents (neolític i inici de l"edat del bronze) localitzades durant la construcció del Conservatori del Gran Liceu de Barcelona, al barri del Raval de la mateixa ciutat. Les restes ocupacionals corresponen a un assentament amb evidències d"estructures de combustió i diversos elements de suport. Hi destaca la conservació d"alguns magnífics fogars, així com un conjunt de materials abiòtics i biòtics que permeten augmentar el coneixement de les primeres comunitats agrícoles del Pla de Barcelona. [spa] En este artículo se presenta el estudio interdisciplinar de las ocupaciones prehistóricas recientes (Neolítico e inicio de la Edad del Bronce) localizadas durante la construcción del Conservatorio del Gran Liceo de Barcelona, en el barrio del Raval de la misma ciudad. Los restos de ocupación corresponden a un asentamiento con evidencias de estructuras de combustión y otros elementos de soporte. Entre ellos destaca la conservación de algunos magníficos hogares así como un conjunto de materiales abióticos y bióticos que permiten aumentar el conocimiento sobre las primeras comunidades agrícolas del llano de Barcelona. [eng] This paper presents the interdisciplinary study of the recent prehistoric occupations (Neolithic and Early Bronze Age) found during the construction of El Liceu Conservatoire in Barcelona"s El Raval district. Occupational remains correspond to a settlement with traces of combustion structures and several supporting elements. It emphasises the preservation of some magnificent fireplaces and a set of archaeological abitoic and biotic materials that can increase knowledge of the first farming communities in the Barcelona plain. [fra] Cet article présente l"étude interdisciplinaire des occupations préhistoriques récentes (néolithique et début de l"âge du bronze) localisées lors de la construction du Conservatoire du Grand Théâtre du Liceu (opéra) de Barcelone, dans le quartier du Raval. Les vestiges d"occupation correspondent à un établissement présentant des structures de combustion et différents éléments de support. On y remarque la conservation de quelques magnifiques foyers ainsi qu"un ensemble de matériaux abiotiques et biotiques qui peuvent enrichir les connaissances sur les premières communautés agricoles de la plaine de Barcelone.

Downregulation of TIM-3 mRNA expression in peripheral blood mononuclear cells from patients with systemic lupus erythematosus

The T-cell immunoglobulin and mucin domain (TIM) family is associated with autoimmune diseases, but its expression level in the immune cells of systemic lupus erythematosus (SLE) patients is not known. The aim of this study was to investigate whether the expression of TIM-3 mRNA is associated with pathogenesis of SLE. Quantitative real-time reverse transcription-polymerase chain reaction analysis (qRT-PCR) was used to determine TIM-1, TIM-3, and TIM-4 mRNA expression in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) from 132 patients with SLE and 62 healthy controls. The PBMC surface protein expression of TIMs in PBMCs from 20 SLE patients and 15 healthy controls was assayed by flow cytometry. Only TIM-3 mRNA expression decreased significantly in SLE patients compared with healthy controls (P<0.001). No significant differences in TIM family protein expression were observed in leukocytes from SLE patients and healthy controls (P>0.05). SLE patients with lupus nephritis (LN) had a significantly lower expression of TIM-3 mRNA than those without LN (P=0.001). There was no significant difference in the expression of TIM-3 mRNA within different classes of LN (P>0.05). Correlation of TIM-3 mRNA expression with serum IgA was highly significant (r=0.425, P=0.004), but was weakly correlated with total serum protein (rs=0.283, P=0.049) and serum albumin (rs=0.297, P=0.047). TIM-3 mRNA expression was weakly correlated with the Systemic Lupus Erythematosus Disease Activity Index (SLEDAI; rs=-0.272, P=0.032). Our results suggest that below-normal expression of TIM-3 mRNA in PBMC may be involved in the pathogenesis of SLE.