Elemental composition of various manganese nodules

Manganese nodules have been observed over wide areas of both the Pacific and Atlantic Oceans, however, deposits in the Pacific Ocean are generally much richer in elements of economic interest such as nickel, copper and cobalt. In understanding the genesis and the geochemistry involved in their formation and growth, it is important to know the total chemical composition of these nodules and how they vary within a given deposit and between deposits in the oceans of the world. The concentrations of elements: nickel, copper, cobalt, iron, manganese, silicon, and calcium, in all of the manganese nodules which have been analyzed were recently summarized by Horn et al. (1972). These observations indicate certain correlations, both positive and negative, between Mn and the associated elements within the nodules. Their data suggest similarities in chemical composition for nodules from a given area; however, the analyses of Mn nodules, like that of the ocean water, itself, has large errors associated with some of the measurements. This is understandable, since many of these measurements were intended to provide an approximate indication of elemental content. Where one is interested in carefully preparing a description of Mn nodule chemical composition which can serve as a basis for formulating theories regarding their genesis and subsequent geochemical changes in the ocean environment, then very precise and accurate analyses are essential. The purpose of this study has been to measure the concentrations of 18 elements in Mn nodules with a high degree of accuracy and determine what correlations exist between element concentrations. The scope of this study was seriously limited and therefore was confined to one area of the Pacific Ocean at approximately 22 N latitude, 114 W longitude, at an ocean depth of approximately 11,000 feet.

A comparison of immunohistochemical assays and FISH in detecting the ALK translocation in diagnostic histological and cytological lung tumor material.

Introduction: Detection of the ALK rearrangement in a solid tumor gives these patients the option of crizotinib as an oral form of anticancer treatment. The current test of choice is fluorescence in situ hybridization (FISH), but various cheaper and more convenient immunohistochemical (IHC) assays have been proposed as alternatives. 
Methods: Fifteen FISH-positive cases from patients, seven with data on crizotinib therapy and clinical response, were evaluated for the presence of ALK protein using three different commercially available antibodies: D5F3, using the proprietary automated system (Ventana), ALK1 (Dako), and 5A4 (Abcam). A further 14 FISH-negative and three uncertain (<15% rearrangement detected) cases were also retrieved. Of the total 32 specimens, 17 were excisions and 15 were computed tomography-guided biopsies or cytological specimens. All three antibodies were applied to all cases. Antibodies were semiquantitatively scored on intensity, and the proportion of malignant cells stained was documented. Cutoffs were set by receiver operating curve analysis for positivity to optimize correct classification. 
Results: All three IHC assays were 100% specific but sensitivity did vary: D5F3 86%, ALK 79%, 5A4 71%. Intensity was the most discriminating measure overall, with a combination of proportion and intensity not improving the test. No FISH-negative IHC-positive cases were seen. Two FISH-positive cases were negative with all three IHC assays. One of these had been treated with crizotinib and had failed to show clinical response. The other harbored a second driving mutation in the EGFR gene.
Conclusions: IHC with all three antibodies is especially highly specific (100%) although variably sensitive (71%-86%), specifically in cases with scanty material. D5F3 assay was most sensitive in these latter cases. Occasional cases are IHC-positive but FISH-negative, suggesting either inaccuracy of one assay or occasional tumors with ALK rearrangement that do not express high levels of ALK protein.

Toxicity of hexanic and methanolic fractions from copaifera reticulata ducke (Leguminosae – Caesalpinoidea) against Aedes aegypti Linnaeus (Diptera – Culicidae), in field assays

v. 45, n. 2, abr./jun. 2016.

Síntesis fotoquímica de derivados ácidos de fósforo y sus esteres a partir de fósforo elemental blanco

La aplicación consiste en un proceso reactivo fotoquímico solar que usa radiación en el rango del visible para en un solo paso, alto rendimiento y pureza, sintetizar derivados ácidos de fósforo o los ésteres de dichos ácidos a partir del alótropo blanco (P4) del fósforo elemental.

Real-Time PCR Assays for the Detection of Puccinia psidii

Puccinia psidii (Myrtle rust) is an emerging pathogen that has a wide host range in the Myrtaceae family; it continues to show an increase in geographic range and is considered to be a significant threat to Myrtaceae plants worldwide. In this study, we describe the development and validation of three novel real-time polymerase reaction (qPCR) assays using ribosomal DNA and β-tubulin gene sequences to detect P. psidii. All qPCR assays were able to detect P. psidii DNA extracted from urediniospores and from infected plants, including asymptomatic leaf tissues. Depending on the gene target, qPCR was able to detect down to 0.011 pg of P. psidii DNA. The most optimum qPCR assay was shown to be highly specific, repeatable, and reproducible following testing using different qPCR reagents and real-time PCR platforms in different laboratories. In addition, a duplex qPCR assay was developed to allow coamplification of the cytochrome oxidase gene from host plants for use as an internal PCR control. The most optimum qPCR assay proved to be faster and more sensitive than the previously published nested PCR assay and will be particularly useful for high-throughput testing and to detect P. psidii at the early stages of infection, before the development of sporulating rust pustules.

Crocin and β-Carotene bleaching assays as analytical tools in the optimization of the extraction of hydrophilic and lipophilic antioxidants from tomato

Tomato (Lycopersicon esculentum Mill.) is the second most important vegetable crop worldwide and a rich source of hydrophilic (H) and lipophilic (L) antioxidants. The H fraction is constituted mainly by ascorbic acid and soluble phenolic compounds, while the L fraction contains carotenoids (mostly lycopene), tocopherols, sterols and lipophilic phenolics [1,2]. To obtain these antioxidants it is necessary to follow appropriate extraction methods and processing conditions. In this regard, this study aimed at determining the optimal extraction conditions for H and L antioxidants from a tomato surplus. A 5-level full factorial design with 4 factors (extraction time (I, 0-20 min), temperature (T, 60-180 •c), ethanol percentage (Et, 0-100%) and solid/liquid ratio (S/L, 5-45 g!L)) was implemented and the response surface methodology used for analysis. Extractions were carried out in a Biotage Initiator Microwave apparatus. The concentration-time response methods of crocin and P-carotene bleaching were applied (using 96-well microplates), since they are suitable in vitro assays to evaluate the antioxidant activity of H and L matrices, respectively [3]. Measurements were carried out at intervals of 3, 5 and 10 min (initiation, propagation and asymptotic phases), during a time frame of 200 min. The parameters Pm (maximum protected substrate) and V m (amount of protected substrate per g of extract) and the so called IC50 were used to quantify the response. The optimum extraction conditions were as follows: r~2.25 min, 7'=149.2 •c, Et=99.1 %and SIL=l5.0 giL for H antioxidants; and t=l5.4 min, 7'=60.0 •c, Et=33.0% and S/L~l5.0 g/L for L antioxidants. The proposed model was validated based on the high values of the adjusted coefficient of determination (R2.wi>0.91) and on the non-siguificant differences between predicted and experimental values. It was also found that the antioxidant capacity of the H fraction was much higher than the L one.

Frequency of elemental events of intracellular Ca²⁺ dynamics

The dynamics of intracellular Ca²⁺ is driven by random events called Ca²⁺ puffs, in which Ca²⁺ is liberated from intracellular stores. We show that the emergence of Ca²⁺ puffs can be mapped to an escape process. The mean first passage times that correspond to the stochastic fraction of puff periods are computed from a novel master equation and two Fokker-Planck equations. Our results demonstrate that the mathematical modeling of Ca²⁺ puffs has to account for the discrete character of the Ca²⁺ release sites and does not permit a continuous description of the number of open channels.

Wild Roman chamomile extracts and phenolic compounds: enzymatic assays and molecular modelling studies with VEGFR-2 tyrosine kinase

Angiogenesis is a process by which new blood vessels are formed from the pre-existing vasculature, and it is a key process that leads to tumour development. Some studies have recognized phenolic compounds as chemopreventive agents; flavonoids, in particular, seem to suppress the growth of tumor cells modifying the cell cycle. Herein, the antiangiogenic activity of Roman chamomile (Chamaemelum nobile L.) extracts (methanolic extract and infusion) and the main phenolic compounds present (apigenin, apigenin-7-O-glucoside, caffeic acid, chlorogenic acid, luteolin, and luteolin-7-O-glucoside) was evaluated through enzymatic assays using the tyrosine kinase intracellular domain of the Vascular Endothelium Growth Factor Receptor-2 (VEGFR-2), which is a transmembrane receptor expressed fundamentally in endothelial cells involved in angiogenesis, and molecular modelling studies. The methanolic extract showed a lower IC50 value (concentration that provided 50% of VEGFR-2 inhibition) than the infusion, 269 and 301 μg mL(-1), respectively. Regarding phenolic compounds, luteolin and apigenin showed the highest capacity to inhibit the phosphorylation of VEGFR-2, leading us to believe that these compounds are involved in the activity revealed by the methanolic extract.

Identificación de infección de vías urinarias mediante examen elemental y microscópico de orina en habitantes de la comunidad de Romerillo Tambo-Cañar 2015

Antecedentes: Las infecciones de vías urinarias (IVU) constituyen un padecimiento común a nivel mundial afectando a millones de personas cada año. Representan la segunda causa de infección más frecuente, únicamente superada por las infecciones del tracto respiratorio. Objetivo: Determinar la infección de vías urinarias mediante exámen elemental y microscópico de orina en los habitantes de la comunidad de Romerillo Tambo-Cañar 2015. Metodología: Se realizó un estudio de tipo descriptivo, de corte transversal, en un universo finito de 238 habitantes de la comunidad de Romerillo del cantón Tambo, del cual se obtuvo una muestra de 150 personas. Los participantes firmaron un consentimiento/asentimiento informado y llenaron una encuesta. Se analizaron las muestras de orina mediante un exámen elemental y microscópico de orina en el laboratorio del Centro de Diagnóstico y de Investigaciones Biomédicas de la Facultad de Ciencias Médicas de la Universidad de Cuenca, aplicando normas de bioseguridad y control de calidad. Los datos obtenidos fueron analizados para la estadística descriptiva y gráfica en los programas SPSS v22 y Microsoft Excel. Resultados: De 150 muestras analizadas, 9,3% fueron positivas para IVU, de éstas el 100% corresponde a mujeres y el 85,7% pertenece al grupo de edades entre 19 y 45 años. El 78,6 % mantienen una vida sexual activa; el 28,6% retiene el deseo de orinar de 30 a 60 minutos; el 85,7% realiza su higiene íntima cada 2-4 días y el 78,6% usa ropa interior o pantalón apretados

Identificación de infección de vías urinarias según el examen elemental y microscópico de orina de los habitantes de Absul-Tambo. 2015

ANTECEDENTES: El análisis elemental y microscópico de orina (EMO) es un examen básico de gran significación clínica, útil en el diagnóstico de infección de vías urinarias. (1) OBJETIVO: Identificar la infección de vías urinarias según el examen elemental y microscópico de orina en los habitantes de la comunidad de Absul – Tambo, 2015. METODOLOGÍA: El estudio fue de tipo descriptivo, de corte transversal, en la comunidad de Absul - Tambo. El universo estuvo constituido por 250 habitantes, por cuestiones de calidad y servicio a la comunidad se trabajó con 200 personas equivalente al 80 %. Las personas a participar recibieron capacitación para la correcta recolección de la muestra de orina. Para el levantamiento de la información se aplicó un formulario encuesta, las muestras fueron procesadas por las autoras del proyecto de investigación en el laboratorio de la Facultad de Ciencias Médicas, bajo estrictas normas de calidad y bioseguridad; los resultados obtenidos fueron ingresados en el programa estadístico SPSSV-22 y Microsoft Excel para la estadística descriptiva. RESULTADOS: El 12 % de los habitantes presentaron infección de vías urinarias, el 95,8% corresponden al género femenino, el 66,6 % se encuentran en edades entre 5 a 34 años, el 55,5% mantienen una vida sexual activa y el 20,8 % tuvieron recurrencia de infección de vías urinarias. CONCLUSIÓN: La investigación contribuyó a la identificación de infección de vías urinarias en los habitantes de Absul, aportando datos estadísticos de IVU en la comunidad.

Identificación de infección de vías urinarias según el examen elemental y microscópico de orina de los habitantes de la Comunidad de Sarapamba Yutuloma Tambo-Cañar 2015

ANTECEDENTES.- Las infecciones de vías urinarias son causadas por bacterias, hongos y parásitos a nivel mundial.1Esta investigación se realizó en los habitantes de la comunidad de Sarapamba Yutuloma. OBJETIVO.- Determinar la prevalencia de infección de vías urinarias y sus factores asociados en los habitantes de la comunidad de Sarapamba Yutuloma Tambo. METODOLOGÍA.- La investigación fue de tipo descriptivo transversal, se trabajó con un universo de 280 habitantes de la comunidad. El tamaño de la muestra fue calculada con la fórmula finita con un nivel de confiabilidad del 95%.el resultado de la población a estudiar fue de 180 habitantes. Los participantes de esta investigación firmaron o colocaron su huella digital en el consentimiento informado en mayores o asentimiento para menores de edad, personas analfabetas o discapacitadas, llenaron una encuesta que han sido elaborados en base al modelo de Vigilancia STEPS de los factores de riesgo de enfermedades crónicas no transmisibles de la OMS 2010 aplicado en Suiza. Las muestras fueron recolectadas bajo normas de Bioseguridad, estas fueron procesadas en el Laboratorio del Centro de Diagnóstico de la Facultad de Ciencias Médicas de la Universidad de Cuenca. La información obtenida se registró en los programas, SPSS V 22 y Excel para hacer el análisis y las estadísticas. RESULTADOS.- El 16,1% de los habitantes de Sarapamba Yutuloma tiene infección del tracto urinario, el 86,2% son mujeres, el 13,8 son varones, 72,4% en edades comprendidas entre 22 y 53 años y el 89,9% al mantener actividad sexual.

Identificación de infección del tracto urinario mediante el examen elemental microscópico de orina en los habitantes de la Comuna Sunicorral Tambo-Cañar 2015

Antecedentes: La infección del tracto urinario es una de las patologías más comunes y forma parte de las principales causas de consulta médica y hospitalización. (1, 2) Es frecuente en mujeres, personas con vida sexual activa, mujeres embarazadas y diabéticos. El 10 al 20 % de mujeres entre los 18 y 40 años experimentan infección del tracto urinario, en hombres mayores a 50 años se asocia a problemas por hiperplasia prostática y en personas de la tercera edad la frecuencia es similar tanto en hombres como en mujeres. (1) Objetivo: Identificar infección de vías urinarias mediante el examen elemental y microscópico de orina en los habitantes de la comuna Sunicorral Tambo- Cañar 2015. Metodología: Estudio de tipo descriptivo transversal en habitantes la comuna Sunicorral, la muestra fue de 202 personas. Luego firmar del consentimiento y asentimiento informado, se llenó las encuesta con información relacionada a las variables de estudio, se recolectaron las muestras de orina y el análisis se realizó en el laboratorio del Centro de Diagnóstico de la Universidad de Cuenca, los datos obtenidos fueron analizado en el programa SPSS y Microsoft Excel y presentados en tablas y gráficos estadísticos. Resultados: De 202 muestras el 15% reportó infección del tracto urinario, el 87,1% fue mujer, el 25,8% correspondió a la edad de 10 a 19 años, el 64,6% realizó su higiene intima pasando uno o más días, el 62,0% tiene actividad sexual siendo un factor importante.