Molecular characterization of bacterial populations of different soils

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Genetic variations among passion fruit species using rapd markers

Foram avaliadas as variações genéticas através de marcadores moleculares RAPD, as seguintes espécies de maracujá: Passiflora amethystina, P. caerulea, P. cincinnata, P. coccinea, P. serrato digitata, P. foetida, P. maliformis, P. alata, P. giberti, P. laurifolia, P. macrocarpa, P. nitida, P. setacea, P. suberosa, P. ligularis, P. capsularis, P. edulis Sims e sua variedade botânica P. edulis Sims f. flavicarpa Deg. Neste estudo, a análise dos produtos da amplificação ao acaso do DNA polimórfico (RAPD) foi usada para estimar a diversidade genética e as relações taxonômicas entre as espécies. Foram utilizados 21 primers, que produziram um total de 270 bandas polimórficas. Verificou-se que as espécies de Passiflora apresentaram uma média de similaridade de 17,3%, e entre Passiflora edulis Sims e Passiflora edulis Sims f. flavicarpa, de 34,35%. Pode-se perceber que o valor de similaridade dentro da espécie edulis é baixo, ilustrando a grande variação entre a forma amarela e a roxa de Passiflora edulis.

Relações filogenéticas e diversidade de isolados de Guignardia spp oriundos de diferentes hospedeiros nas regiões ITS1-5,8S-ITS2

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Genetic characterization and nitrogen fixation capacity of Rhizobium strains on common bean

O objetivo deste trabalho foi a caracterização genética de quatro novas estirpes de Rhizobium e a avaliação de sua capacidade de fixação de N2 e nodulação, comparadas a estirpes comerciais e à população nativa de rizóbios de um Latossolo Vermelho. Dois experimentos foram conduzidos em blocos ao acaso, em casa de vegetação. No primeiro experimento, conduzido em tubetes com vermiculita, avaliaram-se a nodulação e a capacidade de fixação das novas estirpes, em comparação com as estirpes comerciais CIAT-899 e PRF-81 e com a população nativa do solo. Das colônias puras isoladas, extraiu-se o DNA genômico e realizou-se o seqüenciamento do espaço intergênico, para a caracterização genética das estirpes e da população nativa de rizóbios. O segundo experimento foi realizado em vasos com solo, para determinação da produtividade e da nodulação do feijoeiro, cultivar Pérola, com o uso das estirpes isoladamente ou em mistura com a PRF-81. A população nativa do solo foi identificada como Rhizobium sp. e se mostrou ineficiente na fixação de nitrogênio. Foram encontradas três espécies de Rhizobium entre as quatro novas estirpes. As estirpes LBMP-4BR e LBMP-12BR estão entre as que têm maior capacidade de nodulação e fixação de N2, e apresentam respostas diferenciadas quando misturadas à PRF-81.

Caracterização de rizóbios indicados para produção de inoculantes por meio de sequenciamento parcial do 16S rRNA

O objetivo deste trabalho foi confrontar as sequências parciais do gene 16S rRNA de estirpes padrão de rizóbios com as de estirpes recomendadas para a produção de inoculantes no Brasil, com vistas à verificação da confiabilidade do sequenciamento parcial desse gene para a identificação rápida de estirpes. Foram realizados sequenciamentos através de reação em cadeia da polimerase (PCR) com iniciadores relativos à região codificadora do gene 16S rRNA entre as bactérias estudadas. Os resultados foram analisados pela consulta de similaridade de nucleotídeos aos do Basic Local Alignment Search Tool (Blastn) e por meio da interpretação de árvores filogenéticas geradas usando ferramentas de bioinformática. A classificação taxonômica das estirpes Semia recomendadas para inoculação de leguminosas com base em propriedades morfológicas e especificidade hospedeira não foi confirmada em todas as estirpes. A maioria das estirpes estudadas, consultadas no Blastn, é consistente com a classificação proposta pela construção de árvores filogenéticas das sequências destas estirpes, com base na similaridade pelo sequenciamento parcial do gene considerado.

Development of a scar marker for Pierce's Disease strains of Xylella fastidiosa

O objetivo deste trabalho foi desenvolver um oligonucleotídeo iniciador para reação em cadeia da polimerase (PCR) específico para as estirpes de Xylella fastidiosa que causam o mal de Pierce (PD) em videira (Vitis vinifera). Amplificações de DNA de 23 diferentes hospedeiros, usando o conjunto de oligonucleotídeos REP1-R (5'-IIIICGICGIATCCIGGC-3') e REP 2 (5'-ICGICTTATCI GGCCTAC-3') utilizando o programa: 94 ºC/2 min; 35 X (94 ºC/1 min, 45 ºC/1 min; 72 ºC/1 min and 30 s) 72 ºC/5 min, produziu um fragmento de 630 pb que diferenciou as estirpes de videiras dos demais. Entretanto, padrões de bandeamento REP não são considerados confiáveis para detecção devido ao par de oligonucleotídeos REP 1 e REP 2 corresponderem a seqüências repetitivas encontradas por todo o genoma bacteriano. Desse modo, o produto amplificado de 630 pb foi eluído do gel de agarose, purificado e seqüenciado. A informação da seqüência nucleotídica foi usada para identificar e sintetizar um oligonucleotídeo específico para o isolado de X. fastidiosa causadora do mal de Pierce denominado Xf-1 (5'-CGGGGGTGTAGGAGGGGTTGT-3'), que foi utilizado juntamente com o oligonucleotídeo REP-2 nas condições 94 ºC/2 min; 35 X (94 ºC/1 min, 62 ºC/1 min; 72 ºC/1 min and 30 s) 72 ºC/10 min. Os DNAs das estirpes de X. fastidiosa de outros hospedeiros [amêndoa (Prumus amygdalus), citros (Citrus spp.), café (Coffea arabica), olmo (Ulmus americana), amora (Morus rubra), carvalho (Quercus rubra), vinca (Catharantus roseus), ameixa (Prunus salicina) e ragweed (Ambrosia artemisiifolia)] e de bactérias Gram negativas e positivas foram submetidos a amplificação com o conjunto de oligonucleotídeos Xf-1/REP 2. Um fragmento, de aproximadamente 350 pb, foi amplificado apenas com o DNA de X. fastidiosa isolada de videira.

Carbohydrate metabolism of Xylella fastidiosa: Detection of glycolytic and pentose phosphate pathway enzymes and cloning and expression of the enolase gene

The objective of this work was to assess the functionality of the glycolytic pathways in the bacterium Xylella fastidiosa. To this effect, the enzymes phosphoglucose isomerase, aldolase, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase and pyruvate kinase of the glycolytic pathway, and glucose 6-phosphate dehydrogenase of the Entner-Doudoroff pathway were studied, followed by cloning and expression studies of the enolase gene and determination of its activity. These studies showed that X. fastidiosa does not use the glycolytic pathway to metabolize carbohydrates, which explains the increased duplication time of this phytopatogen. Recombinant enolase was expressed as inclusion bodies and solubilized with urea (most efficient extractor), Triton X-100, and TCA. Enolase extracted from X. fastidiosa and from chicken muscle and liver is irreversibly inactivated by urea. The purification of enolase was partial and resulted in a low yield. No enzymatic activity was detected for either recombinant and native enolases, aldolase, and glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, suggesting that X. fastidiosa uses the Entner-Doudoroff pathway to produce pyruvate. Evidence is presented supporting the idea that the regulation of genes and the presence of isoforms with regulation patterns might make it difficult to understand the metabolism of carbohydrates in X. fastidiosa.

Mating system of a population of Myracrodruon urundeuva F.F. & M.F. Allemão using the fAFLP molecular marker

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Distinctively variable sequence-based nuclear DNA markers for multilocus phylogeography of the soybean- and rice-infecting fungal pathogen Rhizoctonia solani AG-1 IA

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Tempo de trânsito intestinal, desempenho, característica de carcaça e composição corporal de frangos de corte alimentados com rações isoenergéticas formuladas com diferentes níveis de óleo de soja

Este estudo foi conduzido para avaliar o efeito da inclusão de 0,0; 3,3; 6,6 e 9,9% de óleo de soja em rações isoenergéticas sobre o tempo de trânsito (TT), desempenho, características de carcaça e composição corporal de frangos de corte de 21 a 56 dias de idade. O TT foi determinado no 22º e 42º dias de idade, utilizando-se 192 frangos distribuídos em um esquema fatorial 2x4 (duas idades e quatro níveis de óleo de soja), com quatro repetições de seis aves cada. Para o experimento de desempenho foram utilizados 840 frangos de corte, com peso inicial médio de 870 g, distribuídos em delineamento inteiramente casualizado, com quatro tratamentos e seis repetições de 35 aves por unidade experimental. Os níveis de inclusão do óleo de soja influenciaram de forma linear decrescente o TT em ambas as idades. No período de 21 a 42 dias, o ganho de peso e as conversões alimentar e calórica aumentaram de forma quadrática e os consumos de ração e de energia metabolizável, de forma linear. No período total, a adição do óleo de soja melhorou linearmente o ganho de peso, os consumos de energia e de ração e, de forma quadrática, as conversões alimentar e calórica. No 42º e 56º dias de idade, a porcentagem de gordura abdominal, como também o rendimento de carcaça no 56º dia, foi influenciada de forma quadrática. O teor de gordura total foi influenciado de forma linear crescente e o teor de cinzas reduziu linearmente aos 56 dias de idade.

Formulação de rações para poedeiras com base em aminoácidos totais e digestíveis utilizando diferentes estimativas da composição de aminoácidos em alimentos

Foram utilizadas poedeiras comerciais com 27 semanas de idade, distribuídas em delineamento inteiramente ao acaso, em esquema fatorial 3 x 3, com três repetições de seis aves por tratamento. Os fatores consistiram de três métodos de estimativa da composição de aminoácidos em ingredientes (tabelas brasileiras, equações de predição e fator para correção de aminoácido em função do teor de proteína do ingrediente) e três recomendações de aminoácidos, sendo duas de aminoácidos digestíveis e uma de aminoácidos totais. Os métodos de estimativa da composição de aminoácidos nos ingredientes afetaram apenas a conversão alimentar e a espessura de casca, que apresentaram os melhores resultados com a utilização das tabelas brasileiras. Embora as recomendações de aminoácidos tenham determinado diferenças em todos os parâmetros de desempenho, não afetaram a qualidade dos ovos. O desempenho das aves foi prejudicado pelos níveis de aminoácidos digestíveis, entretanto, ambas as recomendações promoveram desempenho semelhante e inferior ao de aminoácidos totais. O pior desempenho das aves alimentadas com as rações formuladas com aminoácidos digestíveis pode ser atribuído à deficiência em nitrogênio para a síntese de aminoácidos não-essenciais, visto que o nível protéico foi reduzido (12,5% PB), ou ainda à deficiência nos aminoácidos arginina, histidina, isoleucina, leucina e valina, cujos requerimentos mínimos não foram considerados na formulação das rações.

GATE - Uma abordagem baseada em middleware para aplicações interperceptivas envolvendo múltiplos dispositivos

In this work, we present the GATE, an approach based on middleware for interperceptive applications. Through the services offered by the GATE, we extension we extend the concept of Interperception for integration with several devices, including set-top box, mobile devices (cell phones), among others. Through this extension ensures the implementation of virtual environments in these devices. Thus, users who access the version of the computer environment may interact with those who access the same environment by other devices. This extension is just a part of the services provided by the GATE, that remerges as a new proposal for multi-user virtual environments creation.

Energia metabolizável do óleo de soja em diferentes níveis de inclusão para frangos de corte nas fases de crescimento e final

Foram conduzidos dois ensaios de metabolismo utilizando-se frangos de corte machos, com o objetivo de determinar o valor de energia metabolizável aparente (EMA) do óleo de soja, o coeficiente de metabolização da matéria seca (CMMS) e a retenção de nitrogênio (RN) em rações isocalóricas, em função de duas idades das aves: crescimento (22 30 dias) e final (42 50 dias) e quatro níveis de inclusão do óleo de soja: 0; 3,3; 6,6 e 9,9%.Os experimentos tiveram duração de oito dias, sendo três dias para adaptação das aves às rações experimentais e cinco dias para coleta de excretas. O valor energético do óleo de soja foi determinado por diferença. O delineamento utilizado nos dois ensaios foi o inteiramente casualizado, com quatro tratamentos e quatro repetições de seis aves cada. Os valores de EMA do óleo de soja, de RN e do CMMS das rações obtidos para os níveis de 3,3; 6,6 e 9,9% de óleo de soja no período de crescimento foram, respectivamente, de 9.437 kcal/kg, 68,22 g e 75,47%; 9307 kcal/kg, 74,80 g e 74,69%; e 8.701 kcal/kg, 69,98 g e 74,93% e para o período final, de 9.558 kcal/kg, 54,03 g e 79,33%; 8.659 kcal/kg, 48,18 g e 77,92%; e 8307 kcal/kg, 52,88 g e 76,28%. Os níveis de inclusão do óleo de soja não influenciaram os valores de EMA, de RN e o do CMMS. A RN foi maior para aves no período de crescimento e o CMMS foi maior para as aves no período final. A EMA do óleo de soja não foi influenciada pelas idades.

Valor energético de algumas fontes lipídicas determinado com frangos de corte

Um experimento foi conduzido para se determinar o valor energético do óleo de soja refinado, do óleo de canola refinado, do óleo de girassol refinado, do óleo de frango, do óleo de peixe e da banha suína para frangos de corte. Foram utilizados 168 frangos de corte com 22 dias de idade, distribuídos em um delineamento inteiramente casualizado, com sete tratamentos (seis fontes lipídicas e uma ração-referência) e quatro repetições de seis frangos por unidade experimental. O experimento teve duração de oito dias, sendo a coleta de excretas realizada nos últimos cinco dias. As fontes lipídicas testadas substituíram a dieta basal em 20% na matéria natural. Os valores de energia metabolizável aparente corrigidos para retenção de nitrogênio na matéria natural foram: 9.201 kcal/kg para o óleo de soja; 8.129 kcal/kg para o óleo canola; 9.561 kcal/kg para o óleo de girassol; 8.251 kcal/kg para o óleo de frango; 8.715 kcal/kg para o óleo de peixe e 8.366 kcal/kg para a banha suína.

Análise da Conformidade e Caracterização da Matéria- Prima Empregada na Fabricação de Blocos Cerâmicos na Região Metropolitana de Salvador

The potential market of the metropolitan area of Salvador accounts for the estimated consumption of roughly 800 million horizontally perforated extruded clay bricks a year. The growing demand of consumers along with the competitiveness of the structural ceramic sector has driven forward a number of recent efforts and investments towards improving the quality of structural ceramics. In this scenario, the present study focused on sampling and evaluating the conformity of 8-hole horizontally perforated extruded clay bricks manufactured by different plants (A, B and C) in the metropolitan area of Salvador. In addition, representative clay and sandy-clay materials were collected from each plant and characterized by conventional physical, chemical and mineralogical techniques. Finally, experimental compositions designated as A, B and C, according to the source, were prepared by mixing different contents of the raw materials collected in the plants, fired at different temperatures and characterized. The results revealed a series of non conformities regarding ABNT guidelines. The characterization of raw materials revealed the presence of kaolinite and ilite in concentrations ranging from 64 to 90 wt.% along with free quartz (10 - 25%). The sandy-clay samples consisted basically of kaolinite. All raw materials depicted low contents of organics, amorphous constituents, alkaline oxides and feldspar. An analysis of the firing behavior of all different ceramic compositions revealed that the linear contraction of composition A was rather significant considering the temperature range evaluated, and it justifies the significant dimensional non conformity that was shown by bricks made with the ceramic A