DNA methylation patterns of candidate genes regulated by thymine DNA glycosylase in patients with TP53 germline mutations

Li-Fraumeni syndrome (LFS) is a rare, autosomal dominant, hereditary cancer predisposition disorder. In Brazil, the p.R337H TP53 founder mutation causes the variant form of LFS, Li-Fraumeni-like syndrome. The occurrence of cancer and age of disease onset are known to vary, even in patients carrying the same mutation, and several mechanisms such as genetic and epigenetic alterations may be involved in this variability. However, the extent of involvement of such events has not been clarified. It is well established that p53 regulates several pathways, including the thymine DNA glycosylase (TDG) pathway, which regulates the DNA methylation of several genes. This study aimed to identify the DNA methylation pattern of genes potentially related to the TDG pathway (CDKN2A, FOXA1, HOXD8, OCT4, SOX2, and SOX17) in 30 patients with germline TP53mutations, 10 patients with wild-type TP53, and 10 healthy individuals. We also evaluated TDG expression in patients with adrenocortical tumors (ADR) with and without the p.R337H TP53 mutation. Gene methylation patterns of peripheral blood DNA samples assessed by pyrosequencing revealed no significant differences between the three groups. However, increased TDG expression was observed by quantitative reverse transcription PCR in p.R337H carriers with ADR. Considering the rarity of this phenotype and the relevance of these findings, further studies using a larger sample set are necessary to confirm our results.

Características físico-químicas de acerola do banco ativo de germoplasma em Pernambuco

As características físico-químicas de acerolas maduras, provenientes de 12 genótipos, cultivados no Banco Ativo de Germoplasma da Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE), colhidas no inverno/1999, verão/2000 e verão/2001 foram avaliadas. A análise conjunta das três safras revelou as seguintes variações médias: ácido ascórbico de 1067 a 1846mg/100g de polpa; antocianinas totais de 3,8 a 47,4mg/100g de polpa; flavonóis totais de 7,0 a 18,5mg de quercetina/100g de polpa; acidez total titulável (ATT) de 1,04 a 1,87g de ácido málico/100g de polpa; sólidos solúveis totais (SST) de 7,0 e 8,4ºBrix; relação SST/ATT de 4,4 a 6,9 e pH de 3,11 e 3,41. Levando em consideração as características avaliadas, todos os genótipos, exceto o 015-CPA que apresentou teor de ácido ascórbico inferior ao exigido pelas indústrias de transformação, são potencialmente promissores.

Vibrio parahaemolyticus produtores de urease isolados a partir de ostras (Crassostrea rizophorae) coletadas in natura em restaurantes e mexilhões (Perna perna) de banco natural

A presença de Vibrio parahaemolyticus foi avaliada em 50 amostras de moluscos bivalves marinhos compostas por 40 amostras de ostras coletadas em 15 restaurantes do Rio de Janeiro e 10 amostras de mexilhões capturados de banco natural em Ponta de Itaipú - Niterói. Foram empregadas a técnica do Número Mais Provável (NMP) para a enumeração de V. parahaemolyticus utilizando Caldo Glicosado Salgado com Teepol (GSTB) e Água Peptonada Alcalina (APA) com 3% de cloreto de sódio (NaCl). Paralelamente foi realizada técnica de enriquecimento em APA com 1 e 3% de NaCl. Decorrido o período de incubação de ambas as técnicas, foi realizado plaqueamento em ágar TCBS (Tiossulfato Citrato Bile Sacarose). Todas as cepas de V. parahaemolyticus isoladas através das duas técnicas foram testadas para o fenômeno de Kanagawa e, quanto à produção de urease. Do total de 141 cepas de V. parahaemolyticus isoladas, 62% revelaram-se urease positivas e, dentre estas, os sorotipos predominantes foram O10:K?, O11:K? e O3:K57 dentre o total de 24 sorotipos urease positivos identificados. Embora todas as cepas de V. parahaemolyticus tenham sido Kanagawa negativas, os resultados apontam elevada incidência desta espécie em ostras comercializadas em restaurantes.

Identificação de antocianidinas em acerolas do Banco Ativo de Germoplasma da Universidade Federal Rural de Pernambuco

As antocianinas, pigmentos responsáveis pela cor vermelha da acerola madura, foram extraídas e purificadas de 12 genótipos cultivados no Banco Ativo de Germoplasma da Universidade Federal Rural de Pernambuco, com o objetivo de determinar a sua composição. As antocianinas e suas respectivas agliconas, obtidas pela hidrólise ácida, foram separadas por cromatografia líquida de alta eficiência (CLAE) usando uma coluna de fase reversa (C18). A identificação foi realizada pela ordem de eluição e pelos tempos de retenção dos padrões de referência e das antocianidinas obtidas por hidrólise ácida de uvas Isabel, Patrícia e Red Globe, ameixa, cebola roxa, morango e da casca de manga Tommy Atkins. Os cromatogramas obtidos demonstraram que o perfil antociânico dos genótipos de acerola é relativamente simples, apresentando de três a cinco picos comuns entre eles. Após hidrólise ácida foram obtidas somente duas agliconas identificadas como cianidina e pelargonidina. Comparando os cromatogramas das antocianinas e das antocianidinas e, avaliando os tempos de retenção, foi constatada a presença de antocianinas com diferentes graus de glicosilação e ausência de ácidos acilados em suas moléculas e que as agliconas identificadas, cianidina e pelargonidina, encontravam-se em diferentes proporções nos genótipos estudados.

Players of Th-cell differentiation and immune dysregulation – focus on GIMAP family genes

The balance of T helper (Th) cell differentiation is the fundamental process that ensures that the immune system functions correctly and effectively. The differentiation is a fine tuned event, the outcome of which is driven by activation of the T-cell in response to recognition of the specific antigen presented. The co-stimulatory signals from the surrounding cytokine milieu help to determine the outcome. An impairment in the differentiation processes may lead to an imbalance in immune responses and lead to immune-mediated pathologies. An over-representation of Th1 type cytokine producing cells leads to tissue-specific inflammation and autoimmunity, and excessive Th2 response is causative for atopy, asthma and allergy. The major factors of Th-cell differentiation and in the related disease mechanisms have been extensively studied, but the fine tuning of these processes by the other factors cannot be discarded. In the work presented in this thesis, the association of T-cell receptor costimulatory molecules CTLA4 and ICOS with autoimmune diabetes were studied. The underlying aspect of the study was to explore the polymorphism in these genes with the different disease rates observed in two geographically close populations. The main focus of this thesis was set on a GTPase of the immunity associated protein (GIMAP) family of small GTPases. GIMAP genes and proteins are differentially regulated during human Th-cell differentiation and have been linked to immune-mediated disorders. GIMAP4 is believed to contribute to the immunological balance via its role in T-cell survival. To elucidate the function of GIMAP4 and GIMAP5 and their role in human immunity, a study combining genetic association in different immunological diseases and complementing functional analyses was conducted. The study revealed interesting connections with the high susceptibility risk genes. In addition, the role of GIMAP4 during Th1-cell differentiation was investigated. A novel function of GIMAP4 in relation to cytokine secretion was discovered. Further assessment of GIMAP4 and GIMAP5 effect for the transcriptomic profile of differentiating Th1-cells revealed new insights for GIMAP4 and GIMAP5 function.

Detecção de genes toxigênicos em amostras de Staphylococcus spp. isoladas de queijos de coalho

Objetivou-se com este trabalho isolar quantificar e investigar em amostras de Staphylococcus spp. isoladas de queijos de coalho, a presença dos genes toxigênicos sea-see, seg-sej, tst, eta e etb através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR). Foram verificadas contagens de Staphylococcus coagulase positiva (SCP) variando de 10² a 10(6) UFC.g-1. Os genes toxigênicos tst, sec, sed, seg, seh, sei e sej foram identificados em 18 dos 20 isolados de Staphylococcus spp. com os seguintes percentuais 5, 11, 9, 20, 16, 25 e 14% respectivamente. A presença de elevado percentual de isolados contendo diferentes genes toxigênicos é preocupante para a saúde do consumidor pela possibilidade de produzirem toxinas responsáveis por intoxicações alimentares. A ocorrência de vários genes toxigênicos em amostras de Staphylococcus coagulase negativa é outro fato importante, pois no Brasil não existe legislação com determinação de limites para Staphylococcus coagulase negativa em alimentos.

Analysis of virulence genes in Escherichia coli isolated from grated cheese

This research aimed to verify the presence of virulence genes in strains of Escherichia coli isolated from grated cheese sold in farmers' markets of Cuiabá-MT, Brazil. Forty samples of this food were submitted for microbiological analysis and 22 (55%) tested positive for E. coli. Next, 64 strains of E. coli were isolated from the positive samples and screened by the polymerase chain reaction (PCR) for the presence of the genes encoding the following virulence factors: stx1 and stx2 (verotoxin types 1 and 2), eae (intimin), lt1 (heat-labile toxin type 1), st1 (heat-stable toxin type 1), cnf1 and cnf2 (cytotoxic necrozing factor types 1 and 2), and cdtB (cytolethal distending toxin). All the isolates were negative for the genes stx1, stx2, eae, lt1, st1, cnf1, and cdtB, and five strains (7.81%) were positive for cnf2. A low prevalence of E. coli positive for virulence factors associated with the pathogenesis of diarrhoea was observed in this study. However, the presence of CNF-2 producing strains and the possibility of occurrence and scattering of other virulence factors that were not surveyed in the work indicate the risk related to the consumption of grated cheese from farmers' markets.

Evaluation of biological activities of Physalis peruviana ethanol extracts and expression of Bcl-2 genes in HeLa cells

Physalis species are used in folk medicine for phytotherapeutic properties. The extracts of medicinal plants are known to possess cytotoxic and chemopreventative compounds. In this study we investigated antibacterial, antioxidant, DNA damage preventative properties of Physalis peruviana (golden berry) on leaf and shoot ethanol extracts and their effects on cytotoxicity of HeLa cells and expression of apoptotic pathway genes. Among the tested bacteria for antibacterial activity, maximum inhibition zone was determined in Lactococcus lactis. The phenolic content was found higher in leaf extracts than shoot extracts. The antioxidant activity showed the highest TEAC values of the leaf (2 mg/mL) and the shoot (0.5 mg/mL) extracts as 0.291±0.04 and 0.192±0.015, respectively. In DNA damage prevention assay both leaf and shoot extracts, especially 30 and 20 µg/mL concentrations, exhibited significant protection against DNA damage-induced by hydroxyl radical generated by Fenton reaction. Our results suggest that leaf and shoot extracts possess cytotoxic effect on HeLa cells when applied as 100 µg/mL concentration. Also mRNA expression analysis showed the alteration of antiapoptotic genes, so the results suggest that P. peruviana ethanol extracts induce apoptotic cell death and should be investigated for identification of active compounds and their mechanisms of action.

Detection of exopolysaccharide production and biofilm-related genes in Staphylococcus spp. isolated from a poultry processing plant

Staphylococcus spp. can survive in biofilms for long periods of time, and they can be transferred from one point to another and cause environmental contamination in food processing. The aim of this study was to detect Staphylococcus strains isolated from a poultry processing plant by the presence of adhesion genes and the phenotypic production of exopolysaccharide. In the present study, the production of exopolysaccharide and the presence of adhesion genes in 65 strains of Staphylococcus spp. were evaluated. All strains of Staphylococcus spp. produced exopolysaccharide, as confirmed by formation of black and opaque colonies in Congo Red Agar. The variation of sucrose content was critical for the production of exopolysaccharide in Congo Red Agar since at low sucrose concentrations all strains presented a characteristic result, i.e., there was no exopolysaccharide production. The atl gene was found in all strains, and the icaA and icaD genes were found in 97% of them. The data obtained suggest that Staphylococcus spp. isolated from the poultry processing plant evaluated has a potential for biofilm formation. An efficient control of this microorganism in food processing environment is necessary as they may represent a potential risk to consumers.

Registro Brasileiro de Biópsias Ósseas (REBRABO): desenho, banco de dados e metodologia

Introdução: Os distúrbios mineral e ósseo (DMO) são encontrados com frequência em pacientes com doença renal crônica (DRC) e são causa importante de morbidade e mortalidade nessa população. São escassos na literatura estudos que avaliam a prevalência dos tipos de alterações histológicas no tecido ósseo e suas associações com desfechos clínicos, como fraturas, hospitalização, doença cardiovascular e mortalidade. Os estudos epidemiológicos dos DMO-DRC podem ser facilitados pela criação de registros. O Registro Brasileiro de Biópsias Ósseas (REBRABO) será uma base de dados coordenada pelo Comitê DMO-DRC da Sociedade Brasileira de Nefrologia. Objetivo: Descrever o desenho, banco de dados e metodologia do REBRABO. Métodos: Será uma base de dados eletrônica online, envolvendo informações nacionais, observacionais, multicêntricas retrospectivas (1ª fase), e prospectivas (2ª fase), contendo dados demográficos, clínicos, laboratoriais e de histologia óssea, obtidos por meio da técnica de histomorfometria em pacientes com DMO-DRC; serão empregadas análises estatísticas de relação e comparação para identificar possíveis associações entre os DMODRC e desfechos clínicos, incluindo fraturas, hospitalizações e mortalidade. Resultados: A primeira fase do REBRABO revelará análise de informações demográficas, clínicas, laboratoriais e de histologia do tecido ósseo de janeiro/1986 até dezembro/2013, cujos Resultados são esperados no primeiro semestre de 2015. Conclusão: Existe a necessidade de estudos que avaliem a prevalência, associações entre variáveis sociodemográficas, clínicas, laboratoriais e de histologia do tecido ósseo, e relações com desfechos clínicos na área dos DMO-DRC. O REBRABO servirá como plataforma única de pesquisa retrospectiva e prospectiva envolvendo dados de biópsia óssea de pacientes com DMO-DRC.

Polimorfismo nulo dos genes GSTM1 e GSTT1 na suscetibilidade do câncer renal: evidências baseadas em meta-análise

ResumoIntroduçãoO câncer renal é uma doença oncourológica complexa e multifatorial.Objetivo:Realizar uma meta-análise para investigar a associação do polimorfismo nulo dos genes GSTM1 e GSTT1 no contexto do câncer renal.Método:Estudos em seres humanos, do tipo caso-controle, publicados no período de 1999 a 2013, que investigavam a associação do polimorfismo nulo dos genes GSTM1 e GSTT1 no câncer renal, foram agrupados para a confecção da presente meta-análise.Resultados:Foram selecionados 10 artigos sobre o tema proposto. Não foram encontradas associações entre o polimorfismo nulo dos genes GSTM1 (OR = 1,015; IC95% = 0,897-1,147) e GSTT1 (OR = 1,081; IC95% = 0,791- 1,479) e o câncer renal.Conclusões:Conclui-se que os polimorfismos nulos de GSTM1 e GSTT1 não estão associados ao risco do desenvolvimento de câncer renal, pois apresentam papel limitado, se é que existe alguma contribuição efetiva, no desenvolvimento dos tumores renais.

Quantification of Toxin Biosynthesis Genes In Cyanobacteria and Dinoflagellates - Genetic Factors as Predictors of Toxin Production in the Environment

Harmful algal blooms (HABs) are events caused by the massive proliferation of microscopic, often photosynthetic organisms that inhabit both fresh and marine waters. Although HABs are essentially a natural phenomenon, they now cause worldwide concern. Recent anthropogenic effects, such as climate change and eutrophication via nutrient runoff, can be seen in their increased prevalence and severity. Cyanobacteria and dinoflagellates are often the causative organisms of HABs. In addition to adverse effects caused by the sheer biomass, certain species produce highly potent toxic compounds: hepatotoxic microcystins are produced exclusively by cyanobacteria and neurotoxic saxitoxins, also known as paralytic shellfish toxins (PSTs), by both cyanobacteria and dinoflagellates. Specific biosynthetic genes in the cyanobacterial genomes direct the production of microcystin and paralytic shellfish toxins. Recently also the first paralytic shellfish toxin gene sequences from dinoflagellate genomes have been elucidated. The public health risks presented by HABs are evident, but the monitoring and prediction of toxic events is challenging. Characterization of the genetic background of toxin biosynthesis, including that of microcystins and paralytic shellfish toxins, has made it possible to develop highly sensitive molecular tools which have shown promise in the monitoring and study of potentially toxic microalgae. In this doctoral work, toxin-specific genes were targeted in the developed PCR and qPCR assays for the detection and quantification of potentially toxic cyanobacteria and dinoflagellates in the environment. The correlation between the copy numbers of the toxin biosynthesis genes and toxin production were investigated to assess whether the developed methods could be used to predict toxin concentrations. The nature of the correlation between gene copy numbers and amount of toxin produced varied depending on the targeted gene and the producing organism. The combined mcyB copy numbers of three potentially microcystin-producing cyanobacterial genera showed significant positive correlation to the observed total toxin production. However, the presence of PST-specific sxtA, sxtG, and sxtB genes of cyanobacterial origin was found to be a poor predictor of toxin production in the studied area. Conversely, the dinoflagellate sxtA4 was a good qualitative indicator of a neurotoxic bloom both in the laboratory and in the field, and population densities reflected well the observed toxin concentrations. In conclusion, although the specificity of each potential targeted toxin biosynthesis gene must be assessed individually during method development, the results obtained in this doctoral study support the use of quantitative PCR -based approaches in the monitoring of toxic cyanobacteria and dinoflagellates.

Vigor e viabilidade de sementes de Senna multijuga (Rich.) Irwin et Barn. e Senna macranthera (Collad.) Irwin et Barn.; num banco de sementes em solo de viveiro

A viabilidade de sementes de espécies florestais tropicais, em banco de sementes do solo, ainda é pouco estudada. No entanto, pode fornecer informações sobre o potencial de restabelecimento da floresta após distúrbios naturais ou em áreas que sofreram intervenções antrópicas. Os objetivos deste trabalho foram avaliar o vigor e a viabilidade potencial de sementes de S. multijuga e S. macranthera, em semeadura direta, em condições de viveiro e testar a eficiência do teste de tetrazólio para avaliar a viabilidade delas em laboratório. Foram realizados testes de germinação, tetrazólio e emergência de plântulas para avaliar a viabilidade inicial das sementes de ambas as espécies. O teste de tetrazólio (0,075% e 30ºC), foi utilizado, ainda, para avaliar a viabilidade potencial das sementes presentes no solo, aos 6, 12 e 18 meses. Sementes de S. multijuga apresentaram viabilidade potencial de 93,1; 65,3; 52,5 e 17,7% aos 0, 6, 12 e 18 meses, respectivamente, enquanto as sementes de S. macranthera apresentaram viabilidade potencial de 79,3; 73,9; 32,5 e 14,7% aos 0, 6, 12 e 18 meses, respectivamente. As espécies estudadas apresentaram comportamento típico daquelas que formam bancos de sementes persistentes.

Banco de sementes do solo em área agrícola sob diferentes sistemas de manejo estabelecida sobre campo natural

O conhecimento da ecologia de bancos de sementes do solo (BSS) contribui para a proposição de técnicas de manejo dos BSS de plantas espontâneas em lavouras estabelecidas sobre campo nativo. O objetivo deste trabalho foi verificar o efeito de sistemas de cultivo, estabelecidos há três anos sobre campo nativo (Depressão Central do RS, 30º05'S, 51º40'O, altitude 46m e precipitação 1398mm), sobre o BSS. Num experimento com sete blocos, divididos em três parcelas (semeadura direta - SD, preparo reduzido - PR, e preparo convencional - PC), efetuaram-se duas avaliações (maio e outubro/2002) do BSS, em cada sistema. O BSS foi avaliado por meio de amostragem de solo, que foi posto a germinar em estufa, sendo as plântulas contadas e identificadas. Variáveis edáficas foram relacionadas com os dados de BSS. Os resultados indicam que diferentes sistemas de cultivo influenciam o BSS, e que determinadas espécies respondem diferentemente a estes efeitos. SD aumentou a riqueza do BSS, além de diminuir a quantidade de sementes de Brachiaria plantaginea, e aumentar Sida rhombifolia, sendo que para PR e PC ocorreu o inverso. A distribuição espacial do BSS, na área experimental, apresentou-se muito heterogênea. Variáveis edáficas, especialmente matéria orgânica, pH e fósforo, apresentaram associações com a variação da composição do BSS. Apesar das constatações, são necessários estudos de longo prazo para revelar a dinâmica dos BSS em cultivos na Depressão Central do RS.

Banco de sementes do solo de margem viária dominada por capim-annoni-2 e sujeito ao controle com distúrbios no solo e introdução de gramíneas

Os impactos das ações antrópicas nas rodovias favorecem um ecossistema diferenciado do seu entorno, facilitando o estabelecimento de espécies oportunistas, como o capim-annoni-2 (Eragrostis plana Nees). No Rio Grande do Sul os acostamentos de rodovias encontram-se invadido por esta espécie, constituindo-se como centro dispersor. Com este estudo objetivou-se descrever o tamanho e a composição do banco de sementes do solo (BSS) deste ambiente, e demonstrar o seu potencial para recompor a florística campestre de acostamentos degradados e invadidos através do estimulo do BSS. O experimento foi estabelecido à margem de uma estrada municipal, anexa à sede da Fazenda São Lucas, no município de Rio Pardo RS, no período de janeiro de 2005 a maio de 2006. O delineamento foi em blocos casualizados com parcelas subdivididas e com três repetições. Os tratamentos das parcelas foram: uso de subsolador e de subsolador mais grade com aplicação de calcário e fósforo. Nas subparcelas, foram semeadas Megathyrsus maximus, Setaria sphacelata, mistura de três espécies nativas de Paspalum ssp e exclusão (testemunha). A ocorrência de sementes de espécies exóticas representou 20% do BSS, destacando-se o capim-annoni-2. As espécies inibidoras do BSS do capim-annoni-2 foram Megathyrsus maximus e Setaria sphacelata, associadas à operação de subsolagem, gradagem e adubação. O tamanho e a riqueza do BSS indicam alto potencial de regeneração da vegetação herbácea nativa em acostamentos de rodovias invadidos por capim-annoni-2.