Precisão no processo de busca e recuperação da informação: uso da mineração de textos

Trata da comparação entre a indexação manual e a ferramenta de mineração de textos, por meio da análise do índice de precisão de resposta no processo de busca e recuperação da informação. O estudo de caso escolhido para o desenvolvimento da pesquisa foi o Centro de Referência e Informação em Habitação (Infohab), cuja base de dados sobre habitação, saneamento e urbanização foi indexada de forma manual por bibliotecários da Caixa Econômica Federal, com base em uma lista de palavras-chave. Houve o desenvolvimento de um protótipo cujos itens bibliográficos correspondem às teses e dissertações contidas no Infohab, o que permitiu a aplicação do software BR/Search para a execução da mineração de textos. As pesquisas no Infohab e no protótipo foram realizadas a partir da demanda de especialistas da Caixa nos assuntos contidos na base. Conclui que não há ganhos significativos na precisão ao se aplicar a ferramenta de mineração de textos em relação à indexação manual.

A comunicação eletrônica e a alteração de tempo e espaço na produção do conhecimento científico

Versa sobre a influência da comunicação eletrônica na produção do conhecimento científico na área de física da Universidade Estadual de Campinas entre o início das décadas de 1980, 1990 e 2000. Verifica se o acesso mais abrangente e rápido à informação científica proporcionado pelos periódicos eletrônicos e seus estoques ou portais tem ocasionado modificações no sujeito cognoscente. Por meio da correlação entre dados de dissertações/teses e dados retirados de suas referências bibliográficas (títulos de periódicos citados e anos de publicação), conclui-se que os pesquisadores estão citando mais títulos de periódicos e mais rapidamente, talvez por conta do fenômeno da comunicação eletrônica.

Construtos para modelagem de organizações fundamentadas na informação e no conhecimento no serviço público brasileiro

O artigo apresenta um estudo preliminar, com base na literatura e na experiência profissional dos autores, sobre as principais características da estrutura secular de organizações no setor público brasileiro, suas conexões epistemológicas com os conceitos de democracia e cidadania e uma proposta de modelo genérico de Organização Fundamentada na Informação e no Conhecimento (Ofic) para o provimento efetivo de serviços públicos no país. O conceito de Ofic deriva de construtos extraídos da ciência política, da administração pública, da gestão de tecnologia da informação e comunicação (TIC) e de abordagens pragmáticas de projetos de modernização dos serviços públicos para melhoria da qualidade e da eficiência no atendimento aos usuários. O modelo genérico de Ofic proposto busca uma síntese de teses burocráticas e gerencialistas para moldar um novo paradigma de gestão, baseado no uso intensivo da informação, no incentivo ao aprendizado e na gestão do capital intelectual nas organizações do setor público. Em termos estruturais, a metáfora do "lego" é utilizada para evidenciar os blocos de informações e as unidades de operações e decisões nos ambientes das organizações públicas, suas interfaces conversacionais internas e externas e sua dinâmica num contexto de transparência de gestão.

Periódicos eletrônicos sobre administração disponíveis no portal de periódicos da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior: uma avaliação

Este trabalho analisa o conjunto de periódicos eletrônicos de administração disponíveis no Portal Capes, do ponto de vista dos interesses dos usuários de uma biblioteca universitária especializada no assunto. Empregou-se como método a análise das citações dos periódicos utilizados nas teses de doutorado defendidas no Programa de Pós-Graduação em Administração da Escola de Administração da Universidade Federal do Rio Grande do Sul no período 1999-2007. Observou-se que 25% dos periódicos citados nas teses não estão disponíveis no Portal e que os periódicos disponíveis apresentam limitações quanto à integralidade da coleção.

Antifungal drug resistance mechanisms in fungal pathogens from the perspective of transcriptional gene regulation.

Fungi are primitive eukaryotes and have adapted to a variety of niches during evolution. Some fungal species may interact with other life forms (plants, insects, mammals), but are considered as pathogens when they cause mild to severe diseases. Chemical control strategies have emerged with the development of several drugs with antifungal activity against pathogenic fungi. Antifungal agents have demonstrated their efficacy by improving patient health in medicine. However, fungi have counteracted antifungal agents in several cases by developing resistance mechanisms. These mechanisms rely on drug resistance genes including multidrug transporters and drug targets. Their regulation is crucial for the development of antifungal drug resistance and therefore transcriptional factors critical for their regulation are being characterized. Recent genome-wide studies have revealed complex regulatory circuits involving these genetic and transcriptional regulators. Here, we review the current understanding of the transcriptional regulation of drug resistance genes from several fungal pathogens including Candida and Aspergillus species.

Comportamento de fungos e de sementes de feijoeiro durante o teste de envelhecimento artificial

O teste de envelhecimento artificial, recomendado para avaliar o vigor de lotes de sementes, apresenta variabilidade em seus resultados; a ação dos fungos é considerada uma das causas dessa variabilidade. Este trabalho objetivou verificar os efeitos de diferentes períodos de envelhecimento artificial, no comportamento fisiológico de sementes do feijoeiro e dos fungos Aspergillus spp., Penicillium spp., Fusarium oxysporum e Colletotrichum lindemuthianum, inoculados artificialmente. Foram conduzidos testes de sanidade, germinação, tetrazólio, emergência, condutividade elétrica e lixiviação de potássio. As respostas obtidas, dependentes da duração do período de envelhecimento, indicaram efeitos da espécie fúngica presente. Concluiu-se que o teste de envelhecimento artificial associa a expressão de causas fisiológicas e sanitárias, o que prejudica a interpretação dos dados obtidos; a presença de fungos, principalmente de Aspergillus spp., pode ser considerada como capaz de interferir de modo negativo no desempenho das sementes envelhecidas artificialmente.

Alterações dos padrões de isoenzimas em sementes de milho infectadas por fungos

Este trabalho teve como objetivo estudar a interferência dos fungos Aspergillus flavus, Fusarium moniliforme e Penicillium spp. sobre padrões eletroforéticos das sementes de milho. Tais padrões são, normalmente, utilizados na identificação de cultivares e na certificação da pureza genética da espécie em estudo. Sementes da cultivar C-805 foram infectadas artificialmente com os referidos fungos; outra parte delas foi tratada com Benomil e Thiabendazol, e ainda outra parte (controle) não foi tratada. As amostras foram acondicionadas em câmara de crescimento (25°C, 95% de umidade relativa) por um período de 30 dias. Na análise eletroforética foi avaliada também uma amostra de sementes que não permaneceu em câmara de crescimento, visando detectar possíveis interferências das condições do ambiente de crescimento sobre os padrões eletroforéticos. Os resultados obtidos permitiram concluir que a infecção das sementes com os fungos Aspergillus flavus, Fusarium moniliforme e Penicillium spp. promove alterações nos padrões eletroforéticos das isoenzimas malato-desidrogenase, esterase, fosfatase ácida, peroxidase e glutamato-oxalacetato-transaminase. A infecção das sementes com Aspergillus flavus promove alterações tanto na intensidade como no número de bandas dos padrões isoenzimáticos da álcool-desidrogenase e malato-desidrogenase.

Diagnostic des onychomycose a moisissures et importance pour le traitement [Diagnosis of non dermatophyte onychomycosis ant its relevance for treatment].

PCR methods are reliable and suitable to in situ identify dermatophytes, yeasts and non dermatophyte moulds (NDM) in onychomycosis. Onychomycosis insensitive to standard treatment with topical agents as well as with oral terbinafine or itraconazole revealed Fusarium spp., Acremonium spp. and Aspergillus spp. as infectious agents. However, NDM onychomycosis could be efficiently cured using topical amphotericin B. In conclusion, correct fungal species identification is important in onychomycoses in order to prescribe adequate treatments since dermatophytes and moulds have different sensitivities to antifungal drugs.

Atividade de microrganismos solubilizadores de fosfatos na presença de nitrogênio, ferro, cálcio e potássio

A capacidade e o potencial de solubilização de 21 isolados de microrganismos solubilizadores de fosfatos (Bacillus, Pseudomonas, Enterobacteriaceae, Penicillium, Aspergillus e Paecilomyces) foram avaliados em cultivos em meio de cultura Glicose-Extrato de Levedura contendo diferentes fosfatos (Ca, Al ou Fe), na presença de fontes de N (peptona, amônio e nitrato) e teores de Fe, Ca e K. O crescimento e a atividade solubilizadora variaram em função do tipo de microrganismo e dos fatores nutricionais. Em relação às fontes de N, a presença de amônio favoreceu a solubilização em seis isolados; destes, três solubilizaram somente nesta fonte. O nitrato diminuiu a atividade solubilizadora, reduzindo ou inibindo a solubilização. Para a maioria dos microrganismos, a atividade solubilizadora não foi afetada pelas variações nos teores de ferro. Baixos teores de Ca e K limitaram o crescimento de cinco isolados que apresentam características de amplo crescimento (Aspergillus). Em dois desses isolados, a solubilização de fosfato de Ca foi favorecida. Variações na capacidade e no potencial de solubilização dos microrganismos, em resposta às condições do meio de cultura, indicam que o processo ocorre com eficiência variável ou sugerem a presença de diferentes mecanismos de solubilização.

Effect of two microbial phytase preparations on phosphorus utilisation in broilers fed maize-soybean meal based diets

Selostus: Fytaasientsyymilisäyksen vaikutus fosforin hyväksikäyttöön maissi-soijarouhepohjaisessa broilerrehussa

Respostas da cultura do rabanete à inoculação de fungos solubilizadores de fosfatos

O objetivo deste trabalho foi estudar o efeito dos fungos solubilizadores de fosfatos MSF-044, MSF-062 (Penicillium sp.) e MSF-087 (Aspergillus sp.) e da aplicação de fosfato solúvel [Ca(H2PO4)2.2H 2O], nas doses de 0,0 , 4,5 , 9,0 , 17,5 , 35,0 , 70,0 e 140,0 mg kg-1 de P, na produção de matéria seca e na absorção de fósforo pela cultura do rabanete. O experimento foi realizado em solo não-estéril, em casa de vegetação. Os isolados diferiram quanto à capacidade de promover a produção de matéria seca, dependendo da dose de P aplicada. Os isolados MSF-044 e MSF-062 foram mais eficientes sob baixas doses (4,5 a 17,5 mg kg-1 de P), enquanto o isolado MSF-087 proporcionou maior produção de matéria seca somente na dose mais alta (140,0 mg kg-1 de P). Plantas submetidas à inoculação do isolado MSF-062 (Penicillium sp.) e com 17,5 mg kg-1 de P apresentaram produção de matéria seca equivalente às obtidas por plantas com até 70,0 mg de P por kg de solo, sem inoculação. A quantidade total de P absorvida pelas plantas não foi influenciada pela inoculação, no solo, dos isolados testados.

Efeito da calagem, da colheita e da secagem na qualidade sanitária de amendoim na seca

O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito da calagem, da época de colheita e do método de secagem na qualidade sanitária do amendoim (Arachis hypogaea L.), cultivar Botutatu, cultivado no campo na época da seca. O delineamento experimental foi o de blocos ao acaso em parcela subsubdividida, com quatro repetições. As parcelas foram constituídas por ausência e presença de calcário dolomítico (1,8 t/ha), as subparcelas, por quatro épocas de colheita, a partir de 104 dias após a semeadura, e as subsubparcelas, por duas condições de secagem (estufa a 30ºC e ambiente a 24ºC e 60% de umidade relativa do ar). Em cada colheita, foi realizada a avaliação da população de fungos no solo, nas sementes e nas vagens, assim como do potencial de produção de aflatoxina destes isolados. A calagem não interfere na população de Aspergillus spp. no solo e não previne sua contaminação nas vagens e nas sementes do amendoim; o atraso na época de colheita proporciona aumento da contaminação de Aspergillus flavus nas vagens e da produção de aflatoxina G1 e G2; as condições de secagem em ambiente propiciam maior incidência por Rhizopus spp. nas vagens e menor incidência por Aspergillus flavus nas sementes.

Diagnostic and identification in situ of fungal pathogens in superficial mycosis

Fungi are divided in 3 groups in the field of medical mycology. The dermatophytes are filamentous fungi able to grow on keratinized tissues from human or animals. They are the main cause of superficial and cutaneous mycoses of the skin and its appendix (hair and nail). The yeasts, or dimorphic fungi, can be responsible of diverse types of infections (superficial to deep mycoses). The moulds include all Non-dermatophyte Filamentous Fungi (NDF). In medical mycology, the most representative moulds are Aspergillus spp., Fusarium spp. and Mucor spp. Diagnosis of mycosis is currently based on direct mycological examination of biological samples, as well as macroscopic and microscopic identification of the infectious fungus in culture assay. However, culture assays were found to remain sterile in roughly 40% of cases otherwise positive by direct mycological examinations. Additionally, results from culture assays are often difficult to interpret as various NDF are sometimes isolated. This thesis work is composed of three projects focusing on the development of new assays for direct in situ identification of fungi from dermatological samples. Part 1. A Polymerase Chain Reaction - Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism assay (PCR-TRFLP) targeting the 28S rDNA was developed to identify dermatophytes and NDF in nails with suspected onychomycosis. This method is faster and more efficient than culture. It further enables the distinction of more than one agent in case of mixed infection. A fast and reliable assay for the identification of dermatophytes and NDF in onychomycosis was found to be highly relevant since onychomycosis with Fusarium spp. or other NDF are weakly responsive or unresponsive to standard onychomycosis treatments with oral terbinafine and itraconazole. Part 2. A nested PCR-sequencing assay targeting the 28S rDNA was developed to identify dermatophyte species in skin and hair samples. This method is especially suitable for tinea capitis where dermatophytes identification is critical for subsequently prescribing the adequate treatment. The challenge presented when performing direct PCR fungi identification in skin and hair differs from that seen in onychomycosis as small amount of material is generally collected, few fungal elements are present in the clinical sample and one dermatophyte among a dozen species must be identified. Part 3. Fusarium spp. is currently isolated from nails with a frequency of 15% of that of dermatophytes in the laboratory of Mycology of the CHUV (2005-2012). The aim of this work was to examine if the intensive use of terbinafine and itraconazole could be a cause of the high incidence of Fusarium nail infections. For that purpose, two different methods, specific PCR and TRFLP, were used to detect both Fusarium spp. and Trichophyton spp. in nails of previously treated or untreated patients. TRFLP assay was found to be less sensitive than classical PCR assays specifically detecting Fusarium spp. or Trichophyton spp. Independently of the detection method used, the prevalence of Fusarium spp. appears not to be higher in patients previously treated by oral standard treatment with terbinafine and azoles which are highly effective to fight Trichophyton spp. in nails. In many cases Fusarium sp. was detected in samples of patients not previously subjected to antifungal therapy. Therefore, these treatments do not appear to favor the establishment of Fusarium spp. after elimination of a dermatophyte in nail infection. - En mycologie médicale, les champignons sont classés en 3 groupes. Les dermatophytes sont des champignons filamenteux capables de se développer dans les tissus kératinisés des hommes et des animaux, ils représentent la principale cause des mycoses superficielles et cutanées de la peau et de ses appendices (ongles et cheveux). Les levures, ou champignons dimorphiques, peuvent être responsables de divers types d'infections (superficielles à profondes). Les moisissures incluent tous les champignons filamenteux non-dermatophytes (NDF), les Aspergillus spp., les Fusarium spp. et les Mucor spp. sont les principales espèces rencontrées. Le diagnostic d'une mycose est basé sur un examen mycologique direct des prélèvements biologiques ainsi que sur l'identification macroscopique et microscopique du champignon infectieux isolé en culture. Cependant, dans environ 40% des cas, l'identification de l'agent pathogène est impossible par cette méthode car la culture reste stérile, bien que l'examen direct soit positif. De plus, la croissance de moisissures et/ou autres contaminants peut rendre l'interprétation de l'examen difficile. Ce travail de thèse est composé de trois projets focalisés sur le développement de nouvelles méthodes d'identification des champignons directement à partir d'échantillons dermatologiques. Projet 1. Une méthode de Réaction en chaîne de polymérase couplée à du polymorphisme de longueur des fragments de restriction terminaux (PCR-TRFLP), en ciblant l'ADN ribosomal 28S, a été développée pour l'identification des dermatophytes et moisissures dans les ongles avec suspicion d'onychomycoses. Cette technique s'est avérée plus rapide et plus efficace que la culture, permettant l'identification de plusieurs champignons en même temps. Posséder une méthode d'identification rapide et fiable des dermatophytes et des NDF dans les onychomycoses a été jugée nécessaire du fait que les Fusarium et d'autres NDF sont peu ou pas sensibles aux traitements oraux standards à la terbinafine et à Γ itraconazole. Projet 2. Une PCR nichée couplée au séquençage d'un fragment de l'ADN ribosomal 28S a été développée afin de différencier les dermatophytes dans la peau et les cheveux. Cette méthode est particulièrement adaptée au cas de tinea capitis, où l'identification du dermatophyte est essentielle afin de prescrire le traitement adéquat. Le problème de l'identification du pathogène fongique dans les cheveux et la peau diffère des onychomycoses car de petites quantités sont prélevées chez les patients, peu d'éléments fongiques sont présents et il faut discriminer un dermatophyte parmi une douzaine d'espèces potentielles. Projet 3. Au laboratoire de Mycologie du CHUV, les Fusarium ont été isolé dans les ongles à une fréquence de 15% pour la période 2005-2012. Le but de ce travail était d'examiner si l'utilisation intensive de terbinafine et d'itraconazole pouvait être une des causes de la forte incidence des infections des ongles par Fusarium. A cet effet, deux méthodes ont été utilisées pour détecter à la fois Fusarium spp. et Trichophyton spp., la PCR spécifique et le TRFLP. Indépendamment de la méthode choisie, il en résulte que la prévalence des Fusarium η'apparaît pas liée à un traitement au préalable des patients avec de la terbinafine ou des azoles, thérapies très efficaces contre les Trichophyton spp. dans les ongles. De plus, il existe de nombreux cas où Fusarium était détecté chez des patients non traités.

Isothermal microcalorimetry for antifungal susceptibility testing of Mucorales, Fusarium spp., and Scedosporium spp.

We evaluated isothermal microcalorimetry for real-time susceptibility testing of non-Aspergillus molds. MIC and minimal effective concentration (MEC) values of Mucorales (n = 4), Fusarium spp. (n = 4), and Scedosporium spp. (n = 4) were determined by microbroth dilution according to the Clinical Laboratory Standard Institute M38-A2 guidelines. Heat production of molds was measured at 37 °C in Sabouraud dextrose broth inoculated with 2.5 × 10(4) spores/mL in the presence of amphotericin B, voriconazole, posaconazole, caspofungin, and anidulafungin. As determined by microcalorimetry, amphotericin B was the most active agent against Mucorales (MHIC 0.06-0.125 μg/mL) and Fusarium spp. (MHIC 1-4 μg/mL), whereas voriconazole was the most active agent against Scedosporium spp. (MHIC 0.25 to 8 μg/mL). The percentage of agreement (within one 2-fold dilution) between the MHIC and MIC (or MEC) was 67%, 92%, 75%, and 83% for amphotericin B, voriconazole, posaconazole, and caspofungin, respectively. Microcalorimetry provides additional information on timing of antifungal activity, enabling further investigation of drug-mold and drug-drug interaction, and optimization of antifungal treatment.

Solubilização de fosfatos em meios sólido e líquido por bactérias e fungos do solo

O objetivo deste trabalho foi avaliar a capacidade e a eficiência de solubilização de CaHPO4, AlPO4 e apatita de Araxá em meio sólido, e de AlPO4 e apatita de Araxá em meio líquido, por fungos (Aspergillus) e bactérias (Enterobacteriaceae) do solo. Em meio sólido, todos solubilizaram CaHPO4, nenhum solubilizou apatita de Araxá e apenas o isolado de fungo FSF 7 solubilizou AlPO4. Em meio líquido, todos solubilizaram AlPO4 e apatita de Araxá. A seleção de solubilizadores deve ser feita com a quantificação do potencial de solubilização em meio líquido.