PhytoREF: a reference database of the plastidial 16S rRNA gene of photosynthetic eukaryotes with curated taxonomy

Photosynthetic eukaryotes have a critical role as the main producers in most ecosystems of the biosphere. The ongoing environmental metabarcoding revolution opens the perspective for holistic ecosystems biological studies of these organisms, in particular the unicellular microalgae that often lack distinctive morphological characters and have complex life cycles. To interpret environmental sequences, metabarcoding necessarily relies on taxonomically curated databases containing reference sequences of the targeted gene (or barcode) from identified organisms. To date, no such reference framework exists for photosynthetic eukaryotes. In this study, we built the PhytoREF database that contains 6490 plastidial 16S rDNA reference sequences that originate from a large diversity of eukaryotes representing all known major photosynthetic lineages. We compiled 3333 amplicon sequences available from public databases and 879 sequences extracted from plastidial genomes, and generated 411 novel sequences from cultured marine microalgal strains belonging to different eukaryotic lineages. A total of 1867 environmental Sanger 16S rDNA sequences were also included in the database. Stringent quality filtering and a phylogeny-based taxonomic classification were applied for each 16S rDNA sequence. The database mainly focuses on marine microalgae, but sequences from land plants (representing half of the PhytoREF sequences) and freshwater taxa were also included to broaden the applicability of PhytoREF to different aquatic and terrestrial habitats. PhytoREF, accessible via a web interface (http://phytoref.fr), is a new resource in molecular ecology to foster the discovery, assessment and monitoring of the diversity of photosynthetic eukaryotes using high-throughput sequencing.

PhytoREF: a reference database of the plastidial 16S rRNA gene of photosynthetic eukaryotes with curated taxonomy

Photosynthetic eukaryotes have a critical role as the main producers in most ecosystems of the biosphere. The ongoing environmental metabarcoding revolution opens the perspective for holistic ecosystems biological studies of these organisms, in particular the unicellular microalgae that often lack distinctive morphological characters and have complex life cycles. To interpret environmental sequences, metabarcoding necessarily relies on taxonomically curated databases containing reference sequences of the targeted gene (or barcode) from identified organisms. To date, no such reference framework exists for photosynthetic eukaryotes. In this study, we built the PhytoREF database that contains 6490 plastidial 16S rDNA reference sequences that originate from a large diversity of eukaryotes representing all known major photosynthetic lineages. We compiled 3333 amplicon sequences available from public databases and 879 sequences extracted from plastidial genomes, and generated 411 novel sequences from cultured marine microalgal strains belonging to different eukaryotic lineages. A total of 1867 environmental Sanger 16S rDNA sequences were also included in the database. Stringent quality filtering and a phylogeny-based taxonomic classification were applied for each 16S rDNA sequence. The database mainly focuses on marine microalgae, but sequences from land plants (representing half of the PhytoREF sequences) and freshwater taxa were also included to broaden the applicability of PhytoREF to different aquatic and terrestrial habitats. PhytoREF, accessible via a web interface (http://phytoref.fr), is a new resource in molecular ecology to foster the discovery, assessment and monitoring of the diversity of photosynthetic eukaryotes using high-throughput sequencing.

Evidence for methane production by the marine algae Emiliania huxleyi

Methane (CH4), an important greenhouse gas that affects radiation balance and consequently the earth's climate, still has uncertainties in its sinks and sources. The world's oceans are considered to be a source of CH4 to the atmosphere, although the biogeochemical processes involved in its formation are not fully understood. Several recent studies provided strong evidence of CH4 production in oxic marine and freshwaters, but its source is still a topic of debate. Studies of CH4 dynamics in surface waters of oceans and large lakes have concluded that pelagic CH4 supersaturation cannot be sustained either by lateral inputs from littoral or benthic inputs alone. However, regional and temporal oversaturation of surface waters occurs frequently. This comprises the observation of a CH4 oversaturating state within the surface mixed layer, sometimes also termed the "oceanic methane paradox". In this study we considered marine algae as a possible direct source of CH4. Therefore, the coccolithophore Emiliania huxleyi was grown under controlled laboratory conditions and supplemented with two 13C-labeled carbon substrates, namely bicarbonate and a position-specific 13C-labeled methionine (R-S-13CH3). The CH4 production was 0.7 µg particular organic carbon (POC) g−1 d���1, or 30 ng g−1 POC h−1. After supplementation of the cultures with the 13C-labeled substrate, the isotope label was observed in headspace CH4. Moreover, the absence of methanogenic archaea within the algal culture and the oxic conditions during CH4 formation suggest that the widespread marine algae Emiliania huxleyi might contribute to the observed spatially and temporally restricted CH4 oversaturation in ocean surface waters.

Evidence for methane production by the marine algae Emiliania huxleyi

Methane (CH4), an important greenhouse gas that affects radiation balance and consequently the earth's climate, still has uncertainties in its sinks and sources. The world's oceans are considered to be a source of CH4 to the atmosphere, although the biogeochemical processes involved in its formation are not fully understood. Several recent studies provided strong evidence of CH4 production in oxic marine and freshwaters, but its source is still a topic of debate. Studies of CH4 dynamics in surface waters of oceans and large lakes have concluded that pelagic CH4 supersaturation cannot be sustained either by lateral inputs from littoral or benthic inputs alone. However, regional and temporal oversaturation of surface waters occurs frequently. This comprises the observation of a CH4 oversaturating state within the surface mixed layer, sometimes also termed the "oceanic methane paradox". In this study we considered marine algae as a possible direct source of CH4. Therefore, the coccolithophore Emiliania huxleyi was grown under controlled laboratory conditions and supplemented with two 13C-labeled carbon substrates, namely bicarbonate and a position-specific 13C-labeled methionine (R-S-13CH3). The CH4 production was 0.7 µg particular organic carbon (POC) g−1 d���1, or 30 ng g−1 POC h−1. After supplementation of the cultures with the 13C-labeled substrate, the isotope label was observed in headspace CH4. Moreover, the absence of methanogenic archaea within the algal culture and the oxic conditions during CH4 formation suggest that the widespread marine algae Emiliania huxleyi might contribute to the observed spatially and temporally restricted CH4 oversaturation in ocean surface waters.

Preliminary results of the roman camp of La Cabeza del Cid (Hinojosa, Guadalajara, Spain)

The recent archaeological works in Hinojosa, allowed us to discover a camp from Roman republic period. It is located in the center of the Celtiberian area and its study could open interesting perspectives to study this historical period. This paper shows the results of its preliminary studies.

El surgimiento de HTML5; un nuevo paradigma en los estándares Web

Gracias al crecimiento, expansión y popularización de la World Wide Web, su desarrollo tecnológico tiene una creciente importancia en la sociedad. La simbiosis que protagonizan estos dos entornos ha propiciado una mayor influencia social en las innovaciones de la plataforma y un enfoque mucho más práctico. Nuestro objetivo en este artículo es describir, caracterizar y analizar el surgimiento y difusión del nuevo estándar de hipertexto que rige la Web; HTML5. Al mismo tiempo exploramos este proceso a la luz de varias teorías que aúnan tecnología y sociedad. Dedicamos especial atención a los usuarios de la World Wide Web y al uso genérico que realizan de los Medios Sociales o "Social Media". Sugerimos que el desarrollo de los estándares web está influenciado por el uso cotidiano de este nuevo tipo de tecnologías y aplicaciones. 

Prognostic role of the LCS6 KRAS variant in locally advanced rectal cancer: results of the EXPERT-C trial.

Background: Lethal-7 (let-7) is a tumour suppressor miRNA which acts by down-regulating several oncogenes including KRAS. A single-nucleotide polymorphism (rs61764370, T > G base substitution) in the let-7 complementary site 6 (LCS-6) of KRAS mRNA has been shown to predict prognosis in early-stage colorectal cancer (CRC) and benefit from anti-epidermal growth factor receptor monoclonal antibodies in metastatic CRC. Patients and methods: We analysed rs61764370 in EXPERT-C, a randomised phase II trial of neoadjuvant CAPOX followed by chemoradiotherapy, surgery and adjuvant CAPOX plus or minus cetuximab in locally advanced rectal cancer. DNA was isolated from formalin-fixed paraffin-embedded tumour tissue and genotyped using a PCR-based commercially available assay. Kaplan–Meier method and Cox regression analysis were used to calculate survival estimates and compare treatment arms. Results: A total of 155/164 (94.5%) patients were successfully analysed, of whom 123 (79.4%) and 32 (20.6%) had the LCS-6 TT and LCS-6 TG genotype, respectively. Carriers of the G allele were found to have a statistically significantly higher rate of complete response (CR) after neoadjuvant therapy (28.1% versus 10.6%; P = 0.020) and a trend for better 5-year progression-free survival (PFS) [77.4% versus 64.5%: hazard ratio (HR) 0.56; P = 0.152] and overall survival (OS) rates (80.3% versus 71.9%: HR 0.59; P = 0.234). Both CR and survival outcomes were independent of the use of cetuximab. The negative prognostic effect associated with KRAS mutation appeared to be stronger in patients with the LCS-6 TT genotype (HR PFS 1.70, P = 0.078; HR OS 1.79, P = 0.082) compared with those with the LCS-6 TG genotype (HR PFS 1.33, P = 0.713; HR OS 1.01, P = 0.995). Conclusion: This analysis suggests that rs61764370 may be a biomarker of response to neoadjuvant treatment and an indicator of favourable outcome in locally advanced rectal cancer possibly by mitigating the poor prognosis of KRAS mutation. In this setting, however, this polymorphism does not appear to predict cetuximab benefit.

CIL 6.1284-1285 – Metrical epitaph on a sarcophagus for Lucius Cornelius Scipio Barbatus

Photographs and translation

Use of short-term breath measures to estimate daily methane production by cattle

Methods to measure enteric methane (CH4) emissions from individual ruminants in their production environment are required to validate emission inventories and verify mitigation claims. Estimates of daily methane production (DMP) based on consolidated short-term emission measurements are developing, but method verification is required. Two cattle experiments were undertaken to test the hypothesis that DMP estimated by averaging multiple short-term breath measures of methane emission rate did not differ from DMP measured in respiration chambers (RC). Short-term emission rates were obtained from a GreenFeed Emissions Monitoring (GEM) unit, which measured emission rate while cattle consumed a dispensed supplement. In experiment 1 (Expt. 1), four non-lactating cattle (LW=518 kg) were adapted for 18 days then measured for six consecutive periods. Each period consisted of 2 days of ad libitum intake and GEM emission measurement followed by 1 day in the RC. A prototype GEM unit releasing water as an attractant (GEM water) was also evaluated in Expt. 1. Experiment 2 (Expt. 2) was a larger study based on similar design with 10 cattle (LW=365 kg), adapted for 21 days and GEM measurement was extended to 3 days in each of the six periods. In Expt. 1, there was no difference in DMP estimated by the GEM unit relative to the RC (209.7 v. 215.1 g CH4/day) and no difference between these methods in methane yield (MY, 22.7 v. 23.7 g CH4/kg of dry matter intake, DMI). In Expt. 2, the correlation between GEM and RC measures of DMP and MY were assessed using 95% confidence intervals, with no difference in DMP or MY between methods and high correlations between GEM and RC measures for DMP (r=0.85; 215 v. 198 g CH4/day SEM=3.0) and for MY (r=0.60; 23.8 v. 22.1 g CH4/kg DMI SEM=0.42). When data from both experiments was combined neither DMP nor MY differed between GEM- and RC-based measures (P>0.05). GEM water-based estimates of DMP and MY were lower than RC and GEM (P<0.05). Cattle accessed the GEM water unit with similar frequency to the GEM unit (2.8 v. 3.5 times/day, respectively) but eructation frequency was reduced from 1.31 times/min (GEM) to once every 2.6 min (GEM water). These studies confirm the hypothesis that DMP estimated by averaging multiple short-term breath measures of methane emission rate using GEM does not differ from measures of DMP obtained from RCs. Further, combining many short-term measures of methane production rate during supplement consumption provides an estimate of DMP, which can be usefully applied in estimating MY.

Kwestia niekonstytucyjności roszczenia informacyjnego z art. 2861 p.w.p. – wybrane zagadnienia

Roszczenie informacyjne jest instrumentem prawnym, przy pomocy którego uprawniony z tytuł prawa do patentu, prawa ochronnego na wzór użytkowy, prawa z rejestracji wzoru przemysłowego czy też prawa ochronnego na znak towarowy może domagać się, aby sąd zobowiązał określony podmiot do ujawnienia informacji, które są niezbędne dla skutecznego dochodzenia roszczeń przed sądem. Niejednokrotnie bowiem ze względu na niematerialny charakter praw własności przemysłowej ustalenie naruszyciela tych praw oraz skali samego naruszenia jest znacznie utrudnione. Wokół tytułowego roszczenia informacyjnego na gruncie ustawy Prawo własności przemysłowej powstało szereg kontrowersji, którego zwieńczeniem było wniesienie skargi konstytucyjnej w 2015 roku, oczekującej obecnie na rozstrzygnięcie przez Trybunał Konstytucyjny. Realizacja roszczenia tego rodzaju powoduje bowiem, że ochrona praw podmiotu uprawnionego prowadzi nieuchronnie do ograniczenia praw innego podmiotu – zobowiązanego do udzielenia informacji. Wobec tego szczególnie istotne jest respektowanie zasady proporcjonalności przy ustanawianiu ograniczeń praw i wolności obywatelskich. W niniejszym opracowaniu została rozważona zasadność zarzutów niekonstytucyjności omawianej instytucji prawnej i jej zgodności m.in. z prawem do sądu oraz wolnością działalności gospodarczej w zestawieniu z zasad�� proporcjonalności ograniczenia praw konstytucyjnych. Na tle wątpliwości co do zgodności z Konstytucją roszczenia informacyjnego przedstawione zostały także kwestie dotyczące wadliwości implementacji dyrektywy unijnej w zakresie roszczenia o udzielenie informacji. Wszystkie zagadnienia zostały omówione na tle stosunków gospodarczych, w jakich uczestniczą podmioty uprawnione do żądania udzielenia informacji, a także zobowiązane do ich udzielenia.

Odpowiedzialność lekarza, podmiotu leczniczego i ubezpieczyciela za nieudane transplantacje

Transplantacje komórek, tkanek i narząd��w należą do najbardziej kontrowersyjnych procedur medycznych, gdyż dotykają także kwestii etycznych i światopoglądowych. W ostatnich latach niewątpliwie obserwujemy rozwój transplantologii dzięki postępowi w naukach medycznych oraz zmianach w świadomości społeczeństwa. Transplantologia pozostaje jedną z bardziej ryzykownych gałęzi medycyny, ponieważ postępowanie zgodnie z zasadami sztuki lekarskiej nie jest gwarancją powodzenia przeszczepu. Artykuł przybliża problematykę nieudanych transplantacji – zarówno ze względu na zaniedbania lekarza czy placówki medycznej, jak i ze względu na reakcję obronną organizmu. W drugiej części artykułu zostały opisane zasady odpowiedzialności cywilnej lekarzy i innych pracowników podmiotów leczniczych za szkody wyrządzone pacjentom oraz wskazano czym różni się odpowiedzialność sprawcy szkody od odpowiedzialności ubezpieczyciela. Kolejna część artykułu dotyczy specyfiki odpowiedzialności ubezpieczyciela za nieudane transplantacje w oparciu o rozporządzenie Ministra Finansów w sprawie obowiązkowego ubezpieczenia odpowiedzialności cywilnej podmiotów wykonujących działalność leczniczą.

Ochrona prawa do prywatności a relacjonowanie przebiegu rozprawy głównej w polskim procesie karnym

Przedmiotem artykułu jest problem ochrony prawa do prywatności w polskim procesie karnym w kontekście relacjonowania przebiegu rozprawy głównej przez media. Analizie zostały poddane zarówno warunki dopuszczalności relacjonowania rozprawy, przedmiot ingerencji, jak i podmioty, których prawo do prywatności może być naruszone w toku relacjonowania rozprawy głównej przez media. Prawo do prywatności jest współcześnie chronione nie tylko przez normy prawa cywilnego, ale również przez prawo konstytucyjne, stąd obowiązek przestrzegania i poszanowania prawa do prywatności ciąży także na organach prowadzących postępowanie karne. Jak wynika z zamieszonych w artykule rozważań, możliwe jest pogodzenie pozornie sprzecznych celów procesu karnego z koniecznością poszanowania prawa do prywatności, a sfera prywatna jednostek podlega ochronie również w procesie karnym. Wśród zagrożeń dla efektywnej ochrony prawa od prywatności należy jednak wskazać brak sankcji za złamanie zakazu publikacji danych osobowych czy wizerunku, którego nie przewidują ani normy prawa karnego ani prawa prasowego.

Ochrona czci człowieka a satyra i karykatura jako element wolności sztuki – rozważania na gruncie polskiego i niemieckiego prawa karnego

Cześć człowieka jako dobro szczególnie często naruszane bez wątpienia zasługuje na ochronę w świetle prawa karnego. Z drugiej strony, każdemu człowiekowi przysługuje wolność swobody wypowiedzi, w tym artystycznej, która może się przejawić w formie satyry i karykatury. Rodzi się zatem pytanie, gdzie należałoby postawić granicę, ażeby wolność ta mogła być realizowana bez uszczerbku dla czci człowieka. W niemieckim kodeksie karnym tę kwestię reguluje § 193 StGB, który stanowi o ,,zachowaniu uprawnionych interesów”. Przepis ten jest swoistym rodzajem kontratypu, który pozwala przy spełnieniu szeregu warunków, na nieponiesienie odpowiedzialności karnej przez osobę która wygłasza wypowiedzi, mogące naruszyć cześć człowieka. Do warunków tych doktryna niemiecka zalicza także działanie w ramach wolności artystycznej.