Uncovering parallel ribosome biogenesis pathways during pre-60S subunit maturation

Paralogs are present during ribosome biogenesis as well as in mature ribosomes in form of ribosomal proteins, and are commonly believed to play redundant functions within the cell. Two previously identified paralogs are the protein pair Ssf1 and Ssf2 (94% homologous). Ssf2 is believed to replace Ssf1 in case of its absence from cells, and depletion of both proteins leads to severely impaired cell growth. Results reveal that, under normal conditions, the Ssf paralogs associate with similar sets of proteins but with varying stabilities. Moreover, disruption of their pre-rRNP particles using high stringency buffers revealed that at least three proteins, possibly Dbp9, Drs1 and Nog1, are strongly associated with each Ssf protein under these conditions, and most likely represent a distinct subcomplex. In this study, depletion phenotypes obtained upon altering Nop7, Ssf1 and/or Ssf2 protein levels revealed that the Ssf paralogs cannot fully compensate for the depletion of one another because they are both, independently, required along parallel pathways that are dependent on the levels of availability of specific ribosome biogenesis proteins. Finally, this work provides evidence that, in yeast, Nop7 is genetically linked with both Ssf proteins.

Dissecting the dynamic of Noc2p and its partners in pre-60S particles maturation

Plusieurs études ont permis la caractérisation de la structure et de la fonction du ribosome. En ce qui attrait à la biogénèse du ribosome, nombreux aspects restent à être découverts et compris de façon plus dynamique. En effet, cette biogénèse englobe une variété de voies de modifications et d’assemblages requises pour la maturation des ARNr et pour leurs liaisons avec les protéines ribosomales. De ce fait, les protéines Noc ont été caractérisées comme des facteurs d’assemblages et ont permis la découverte d’une des premières indications sur l’ordre spatio-temporel de la maturation du ribosome. Ainsi, en utilisant la levure comme modèle, notre objectif est d’étudier d’avantage l’échange des complexes composés des protéines Noc ainsi que leur localisation intranucléaire. Ainsi, la nature des interactions de Noc2p avec Noc1p et Noc3p et l’influence de l’arrêt du transport intranucléaire ont été étudiés en utilisant des promoteurs inductibles, la microscopie à fluorescence, des immunobuvardages, qRT-PCR et des purifications par affinité.

Expression et effets des WNTs sur l’expansion du cumulus et la maturation de l’ovocyte chez la vache

Les WNTs sont une famille de glycoprotéines qui, secrétées dans le milieu extracellulaire, jouent un rôle important dans l’embryogenèse. Chez l’adulte, leur dérégulation va entrainer diverses affections incluant des troubles du développement accompagnés ou non de malformations mais aussi des cancers. Au niveau de l’ovaire, le rôle des WNTs demeure peu défini même si des études chez l’humain et la souris prouvent l’implication de certains membres de cette famille dans le développement ovarien ainsi que dans les processus de maturation folliculaire et d’ovulation. Dans ce contexte, nous avons voulu évaluer l’expression de quelques membres de la famille des WNTs (-2, -2b, -4, -5a et -5b) durant l’expansion des cellules du cumulus et évaluer l’effet de certains d’entre eux sur le COC ainsi que la maturation de l’ovocyte chez la vache. Les COCs bovins étaient placés dans une solution de maturation in vitro pendant 0, 6, 12 et 22h et les niveaux d’ARNm mesurés par PCR en temps réel. L’abondance de l’ARNm pour WNT-2b était significativement plus élevée après 6h de maturation comparée aux COCs immatures (à 0h), alors que l’ARNm codant pour WNT-2, -4, -5a et -5b n’augmentait qu’en fin de culture. L’addition d’EGF provoquait l’expansion du COC et la progression de l’ovocyte vers la métaphase II (MII) comme nous l’espérions mais, à notre grande surprise, l’ajout de WNT-2b au milieu de maturation provoquait également l’expansion du COC (82% et 69% pour EGF et WNT-2b respectivement) et la progression de l’ovocyte vers le stade MII (62% et 56% EGF et WNT-2b respectivement). La combinaison d’EGF et WNT-2b n’a pas produit de meilleurs résultats. Notre étude met en lumière l’implication des WNTs dans la maturation du COC chez la vache. Leurs voies d’activation restent toutefois à déterminer.

L’Irak au bord de l’éclatement « Les dix péchés capitaux d’une reconstruction ratée »

Les causes de la crise irakienne actuelle sont multiples. Au-delà des implications immédiates, les séquelles de l’intervention militaire de 2003 sont les plus déterminantes. L’échec du processus de reconstruction institutionnelle a donné lieu à un État déficient, dysfonctionnel et corrompu offrant ainsi un terreau fertile à l’implantation et à la prolifération des mouvements terroristes et mafieux. L’auteur tente, dans la présente contribution, d’identifier « les raisons profondes » du drame actuel en tenant compte de l’impact des bouleversements intervenus depuis la chute du régime baathiste en avril 2003 sur les structures étatiques.

Biogenesis of the C. elegans germline syncytium: from nucleation to maturation

La vie commence par la fusion des gamètes pour générer un zygote, dans lequel les constituants à la fois de l'ovocyte et des spermatozoïdes sont partagés au sein d'un syncytium. Le syncytium consiste en des cellules ou tissus dans lesquels des cellules nucléées individuelles distinctes partagent un cytoplasme commun. Alors que l’avantage du syncytium durant la fécondation est tout à fait évident, les syncytia se produisent également dans de nombreux contextes de développement différents dans les plantes, les champignons et dans le règne animal, des insectes aux humains, pour des raisons qui ne sont pas immédiatement évidentes. Par exemple, la lignée germinale de nombreuses espèces de vertébrés et d'invertébrés, des insectes aux humains, présente une structure syncytiale, suggérant que les syncytia constituent des phases conservées de développement de la lignée germinale. Malgré la prévalence commune des syncytia, ces derniers ont cependant confondu les scientifiques depuis des décennies avec des questions telles que la façon dont ils sont formés et maintenus en concurrence avec leurs homologues diploïdes, et quels sont les avantages et les inconvénients qu'ils apportent. Cette thèse va décrire l'utilisation de la lignée germinale syncytiale de C. elegans afin d'approfondir notre compréhension de l'architecture, la fonction et le mode de formation des tissus syncytiaux. Les cellules germinales (CGs) dans la lignée germinale de C. elegans sont interconnectées les unes aux autres par l'intermédiaire de structures appelées des anneaux de CG. En utilisant l'imagerie des cellules vivantes, nous avons d'abord analysé l'architecture syncytiale de la lignée germinale au long du développement et démontré que la maturation de l'anneau de CG se produit progressivement au cours de la croissance des larves et que les anneaux de CG sont composés de myosine II, de l'anilline canonique ANI-1, et de la courte isoforme d’anilline ANI-2, qui n'a pas les domaines de liaison à l’actine et à la myosine, depuis le premier stade larvaire, L1. Parmi les composants de l'anneau de CG, ANI-2 est exprimé au cours du développement et exclusivement enrichi entre les deux CGs primordiales (CGPs) au cours de l'embryogenèse de C. elegans, indiquant qu’ANI-2 est un composant bona fide des anneaux de CG. Nous avons en outre montré que les anneaux de CG sont largement absents dans les animaux mutants pour ani-2, montrant que leur maintien repose sur l'activité d'ANI-2. Contrairement à cela, nous avons trouvé que la déplétion d’ANI-1 a augmenté à la fois le diamètre des anneaux de CG et la largeur du rachis. Fait intéressant, la déplétion d’ANI-1 dans les mutants d’ani-2 a sauvé les défauts d'anneaux de CG des gonades déficientes en ani-2, ce qui suggère que l'architecture syncytiale de la lignée germinale de C. elegans repose sur un équilibre de l'activité de ces deux protéines Anilline. En outre, nous avons montré que lors de leur entrée à l'âge adulte, les mutants ani-2 présentent de sévères défauts de multinucléation des CGs qui découlent de l'effondrement des membranes de séparation des CGs individuelles. Cette multinucléation a coïncidé avec le début de la diffusion cytoplasmique, dont le blocage réduit la multinucléation des gonades mutantes pour ani-2, suggérant que les anneaux de CG résistent au stress mécanique associé au processus de diffusion cytoplasmique. En accord avec cela, nous avons trouvé aussi que la gonade peut soutenir la déformation élastique en réponse au stress mécanique et que cette propriété repose sur la malléabilité des anneaux de CGs. Dans une étude séparée afin de comprendre le mécanisme de formation du syncytium, nous avons suivi la dynamique de division de la cellule précurseur de la lignée germinale, P4 en deux CGP dans l’embryon de C. elegans. Nous avons démontré que les CGPs commencent la cytocinèse de manière similaire aux cellules somatiques, en formant un sillon de clivage, qui migre correctement et transforme ainsi l'anneau contractile en anneau de « midbody ring » (MBR), une structure qui relie de manière transitoire les cellules en division. Malgré cela, les CGPs, contrairement à leurs homologues somatiques, ne parviennent pas à accomplir la dernière étape de la cytocinèse, qui est la libération abscission-dépendante du MBR. Au lieu de cela, le MBR persiste à la frontière entre les CGPs en division et subit une réorganisation et une maturation pour se transformer finalement en structures en forme d'anneau qui relient les cellules en division. Nous montrons en outre que les composants du MB/MBR; UNC-59Septin, CYK-7, ZEN-4Mklp1, RHO-1RhoA sont localisés à des anneaux de CG au long du développement de la lignée germinale du stade L1 à l'âge adulte, ce qui suggère que les anneaux de CG sont dérivés des MBR. Bien qu'il reste encore beaucoup à faire pour comprendre pleinement le mécanisme précis de la formation du syncytium, le maintien, ainsi que la fonction du syncytium, nos résultats appuient un modèle dans lequel la stabilisation du MBR et la cytocinèse incomplète pourraient être une option conservée dans l’évolution pour la formation du syncytium. En outre, notre travail démontre que les régulateurs de la contractilité peuvent jouer un rôle dans la maturation et l’élasticité de l'anneau de CG au cours du développement de la lignée germinale, fournissant un ajout précieux pour une plus ample compréhension de la syncytiogenèse et de sa fonction.

Effect of Feeding Rate on Plastic Extrudates

Selected grades of low density polyethylene (LDPE) polystyrene (PS) were extruded in a laboratory extruder by varying the feeding rate at different revolutions per minute and temperatures. The mechanical properties of the extruded plastic sheets were determined. LDPE shows a marked variation in mechanical properties with feeding rate while PS shows a marginal change in mechanical properties with feeding rate. However, for both plastics there is a particular feeding rate in the starved region which results in maximum mechanical properties.

Significance of Feeding Rate in the Extrusion of Filled and Gum 11R Vulcanizates

Filled and gum compounds of Isobutylene-Isoprene rubber were extruded through a laboratory extruder at various feeding rates, different temperatures and revolutions per minute. The extruded compounds were vulcanized up to their optimum cure times and the mechanical properties of the vulcanizates were determined. The properties suggest that there is a particular feeding rate in the starved fed region, which results in maximum mechanical properties. The study shows that running the extruder at a slightly starved condition is an attractive means of improving the physical properties.

A fibre optic evanescent wave sensor for monitoring the rate of pulsed laser deposition of metal thin films

A novel sensing technique for the in situ monitoring of the rate of pulsed laser deposition (PLD) of metal thin films has been developed. This optical fibre based sensor works on the principle of the evanescent wave penetration of waveguide modes into the uncladded portion of a multimode fibre. The utility of this optical fibre sensor is demonstrated in the case of PLD of silver thin films obtained by a Q-switched Nd:YAG laser which is used to irradiate a silver target at the required conditions for the preparation of thin films. This paper describes the performance and characteristics of the sensor and shows how the device can be used as an effective tool for the monitoring of the deposition rate of silver thin films. The fibre optic sensor is very simple, inexpensive and highly sensitive compared with existing techniques for thin film deposition rate measurements

A fibre optic evanescent wave sensor for monitoring the rate of pulsed laser deposition of metal thin films

A novel sensing technique for the in situ monitoring of the rate of pulsed laser deposition (PLD) of metal thin films has been developed. This optical fibre based sensor works on the principle of the evanescent wave penetration of waveguide modes into the uncladded portion of a multimode fibre. The utility of this optical fibre sensor is demonstrated in the case of PLD of silver thin films obtained by a Q-switched Nd:YAG laser which is used to irradiate a silver target at the required conditions for the preparation of thin films. This paper describes the performance and characteristics of the sensor and shows how the device can be used as an effective tool for the monitoring of the deposition rate of silver thin films. The fibre optic sensor is very simple, inexpensive and highly sensitive compared with existing techniques for thin film deposition rate measurements.

Investigations on the biology of Indian Mackerel Rastrelliger kanagurta (Cuvier) along the Central Kerala coast with special reference to maturation, feeding and lipid dynamics

Dept. of Marine Biology, Microbiology & Biochemistry, Cochin University of Science and Technology

An optical fibre based evanescent wave sensor to monitor the deposition rate of thin films

A novel fibre optic sensor for the in situ measurement of the rate of deposition of thin films has been developed. Evanescent wave in the uncladded portion of a multimode fibre is utilised for this sensor development. In the present paper we demonstrate how this sensor is useful for the monitoring of the deposition rate of polypyrrole thin films, deposited by an AC plasma polymerisation method. This technique is simple, accurate and highly sensitive compared with existing techniques.

Evanescent wave sensor to monitor the etching rate of an optical fibre

The design and development of an evanescent wave sensor to determine the etching rate of the core of an optical fibre is discussed in this paper. The working of the device is based on the principle of propagation and loss of the evanescent wave in the cladding region of the fibre. The fraction of light intensity creeping out of the core of an uncladded fibre is a function of the core radius. As this radius decreases, the evanescent wave coupling to the medium surrounding the core enhances. This results in a decrease of the transmitted light intensity through the fibre. This technique is useful to design and fabricate optical fibres with different core geometries.

Chaotic, memory, and cooling rate effects in spin glasses: Evaluation of the Edwards-Anderson model

We investigate chaotic, memory, and cooling rate effects in the three-dimensional Edwards-Anderson model by doing thermoremanent (TRM) and ac susceptibility numerical experiments and making a detailed comparison with laboratory experiments on spin glasses. In contrast to the experiments, the Edwards-Anderson model does not show any trace of reinitialization processes in temperature change experiments (TRM or ac). A detailed comparison with ac relaxation experiments in the presence of dc magnetic field or coupling distribution perturbations reveals that the absence of chaotic effects in the Edwards-Anderson model is a consequence of the presence of strong cooling rate effects. We discuss possible solutions to this discrepancy, in particular the smallness of the time scales reached in numerical experiments, but we also question the validity of the Edwards-Anderson model to reproduce the experimental results.

Development of CHH family recombinant hormones and RNAi for induced maturation of Penaeus monodon

About 80 years ago, the neurosecretory eyestalk structures and their role in endocrine regulation was recognized in crustaceans. After the recognition it took half a century to identify the first peptide hormone. Till date a large number of homologous peptides of crustacean hyperglycaemic hormone and moult-inhibiting hormone have been identified, consequently they are called the CHH family hormones. This family comprises of highly multifunctional peptides which according to sequences and precursor structures can be divided into two subfamilies, type-I (CHH/ITP) and II (MIH, MOIH, VIH/GIH) (Webster et al., 2012). The XO-SG complex has been the major site of the two subfamilies. The advent of molecular techniques resulted in the characterization of different precursors of CHH, MIH and GIH; these hormones consist of a signal peptide, but only the preprohormone of CHHs contain a precursor- related peptide (CPRP) located between the signal and the mature hormone (Weidemann et al., 1989; Klein et al., 1993b; De Kleijn and Van Herp, 1995). The essentialities of the gene structure comply with the functions of the CHH family hormones. The CHH family hormone functions are inhibitory as well as stimulatory in the process of reproduction and maturation

Spatial and temporal characteristics of rain intensity in the peninsular Malaysia using TRMM rain rate

The present study is focused on the intensity distribution of rainfall in different classes and their contribution to the total seasonal rainfall. In addition, we studied the spatial and diurnal variation of the rainfall in the study areas. For the present study, we retrieved data from TRMM (Tropical Rain Measuring Mission) rain rate available in every 3 h temporal and 25 km spatial resolutions. Moreover, station rainfall data is used to validate the TRMM rain rate and found significant correlation between them (linear correlation coefficients are 0.96, 0.85, 0.75 and 0.63 for the stations Kota Bharu, Senai, Cameron highlands and KLIA, respectively). We selected four areas in the Peninsular Malaysia and they are south coastal, east coastal, west coastal and highland regions. Diurnal variation of frequency of rain occurrence is different for different locations. We noticed bimodal variation in the coastal areas in most of the seasons and unimodal variation in the highland/inland area. During the southwest monsoon period in the west coastal stations, there is no distinct diurnal variation. The distribution of different intensity classes during different seasons are explained in detail in the results