Genetic similarity in a hybrid population of 'Montenegrina' and 'King' mandarins

The objective of this work was to confirm the hybrids obtained in plants originated from the crossing between the mandarins Citrus deliciosa 'Montenegrina' and C. nobilis 'King', and to estimate the genetic similarity among hybrids, and between each hybrid and its parents. Twenty‑three pairs of microsatellite primers were tested. Fourteen of these pairs showed polymorphic bands between parents. Primers CCSM 129 and CCSME 52 were sufficient to identify the 12 nucellar clones observed in the studied population. Genetic similarity analysis of the population (hybrids and parents) showed 0.56 average similarity. Besides the 12 clones of 'Montenegrina' identified, 25 hybrids were found of which D18, C32, D06, C05 and D09 are the more similar to 'Montenegrina'.

Genetic diversity between improved banana diploids using canonical variables and the Ward-MLM method

The objective of this work was to estimate the genetic diversity of improved banana diploids using data from quantitative analysis and from simple sequence repeats (SSR) marker, simultaneously. The experiment was carried out with 33 diploids, in an augmented block design with 30 regular treatments and three common ones. Eighteen agronomic characteristics and 20 SSR primers were used. The agronomic characteristics and the SSR were analyzed simultaneously by the Ward-MLM, cluster, and IML procedures. The Ward clustering method considered the combined matrix obtained by the Gower algorithm. The Ward-MLM procedure identified three ideal groups (G1, G2, and G3) based on pseudo-F and pseudo-t² statistics. The dendrogram showed relative similarity between the G1 genotypes, justified by genealogy. In G2, 'Calcutta 4' appears in 62% of the genealogies. Similar behavior was observed in G3, in which the 028003-01 diploid is the male parent of the 086079-10 and 042079-06 genotypes. The method with canonical variables had greater discriminatory power than Ward-MLM. Although reduced, the genetic variability available is sufficient to be used in the development of new hybrids.

Identification of zygotic and nucellar seedlings in polyembryonic mango cultivars

The objective of this work was to evaluate the occurrence of polyembryony in the mango cultivars Manila and Ataulfo, and to determine whether seedlings cultured in vitro are zygotic or nucelar. Percentage of polyembryony was calculated and the number of embryos in 100 seeds of each cultivar was recorded. 'Manila' exhibited 97% polyembryony with 3.4 embryos per seed, while 'Ataulfo' had 95% polyembryony with 3.2 embryos per seed. Later, 20 seeds of each cultivar were established in vitro, and it was analyzed those in which all embryos germinated (12 seeds from 'Manila' and 7 from 'Ataulfo'). DNA was extracted from seedling leaf tissue, and its origin was identified with 14 RAPD primers. The polymorphic markers recognized the seedlings of sexual origin in seven of nine 'Manila' polyembryonic seeds, and in four of seven 'Ataulfo' ones. Also, in polyembryonic seeds not all zygotic seedlings were produced by small embryos located at the micropyle.

Identification of cancer/testis-antigen genes by massively parallel signature sequencing.

Massively parallel signature sequencing (MPSS) generates millions of short sequence tags corresponding to transcripts from a single RNA preparation. Most MPSS tags can be unambiguously assigned to genes, thereby generating a comprehensive expression profile of the tissue of origin. From the comparison of MPSS data from 32 normal human tissues, we identified 1,056 genes that are predominantly expressed in the testis. Further evaluation by using MPSS tags from cancer cell lines and EST data from a wide variety of tumors identified 202 of these genes as candidates for encoding cancer/testis (CT) antigens. Of these genes, the expression in normal tissues was assessed by RT-PCR in a subset of 166 intron-containing genes, and those with confirmed testis-predominant expression were further evaluated for their expression in 21 cancer cell lines. Thus, 20 CT or CT-like genes were identified, with several exhibiting expression in five or more of the cancer cell lines examined. One of these genes is a member of a CT gene family that we designated as CT45. The CT45 family comprises six highly similar (>98% cDNA identity) genes that are clustered in tandem within a 125-kb region on Xq26.3. CT45 was found to be frequently expressed in both cancer cell lines and lung cancer specimens. Thus, MPSS analysis has resulted in a significant extension of our knowledge of CT antigens, leading to the discovery of a distinctive X-linked CT-antigen gene family.

Molecular characterization of soybean cultivars by microsatellite markers with universal tail sequence

The objective of this work was to standardize a semiautomated method for genotyping soybean, based on universal tail sequence primers (UTSP), and to compare it with the conventional genotyping method that uses electrophoresis in polyacrylamide gels. Thirty soybean cultivars were genotypically characterized by both methods, using 13 microsatellite loci. For the UTSP method, the number of alleles (NA) was 50 (2-7 per marker) and the polymorphic information content (PIC) ranged from 0.40 to 0.74. For the conventional method, the NA was 38 (2-5 per marker) and the PIC varied from 0.39 to 0.67. The genetic dissimilarity matrices obtained by the two methods were highly correlated with each other (0.8026), and the formed groups were coherent with the phenotypic data used for varietal registration. The 13 markers allowed the distinction of all analyzed cultivars. The low cost of the UTSP method, associated with its high accuracy, makes it ideal for the characterization of soybean cultivars and for the determination of genetic purity.

Real-time quantitative PCR assay for measurement of bird telomeres

We present the application of a real-time quantitative PCR assay, previously developed to measure relative telomere length in humans and mice, to two bird species, the zebra finch Taeniopygia guttata and the Alpine swift Apus melba. This technique is based on the PCR amplification of telomeric (TTAGGG)(n) sequences using specific oligonucleotide primers. Relative telomere length is expressed as the ratio (T/S) of telomere repeat copy number (T) to control single gene copy number (S). This method is particularly useful for comparisons of individuals within species, or where the same individuals are followed longitudinally. We used glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) as a single control gene. In both species, we validated our PCR measurements of relative telomere length against absolute measurements of telomere length determined by the conventional method of quantifying telomere terminal restriction fragment (TRF) lengths using both the traditional Southern blot analysis (Alpine swifts) and in gel hybridization (zebra finches). As found in humans and mice, telomere lengths in the same sample measured by TRF and PCR were well correlated in both the Alpine swift and the zebra finch.. Hence, this PCR assay for measurement of bird telomeres, which is fast and requires only small amounts of genomic DNA, should open new avenues in the study of environmental factors influencing variation in telomere length, and how this variation translates into variation in cellular and whole organism senescence.

Mice from a genetically resistant background lacking the interferon gamma receptor are susceptible to infection with Leishmania major but mount a polarized T helper cell 1-type CD4+ T cell response.

Mice with homologous disruption of the gene coding for the ligand-binding chain of the interferon (IFN) gamma receptor and derived from a strain genetically resistant to infection with Leishmania major have been used to study further the role of this cytokine in the differentiation of functional CD4+ T cell subsets in vivo and resistance to infection. Wild-type 129/Sv/Ev mice are resistant to infection with this parasite, developing only small lesions, which resolve spontaneously within 6 wk. In contrast, mice lacking the IFN-gamma receptor develop large, progressing lesions. After infection, lymph nodes (LN) and spleens from both wild-type and knockout mice showed an expansion of CD4+ cells producing IFN-gamma as revealed by measuring IFN-gamma in supernatants of specifically stimulated CD4+ T cells, by enumerating IFN-gamma-producing T cells, and by Northern blot analysis of IFN-gamma transcripts. No biologically active interleukin (IL) 4 was detected in supernatants of in vitro-stimulated LN or spleen cells from infected wild-type or deficient mice. Reverse transcription polymerase chain reaction analysis with primers specific for IL-4 showed similar IL-4 message levels in LN from both types of mice. The IL-4 message levels observed were comparable to those found in similarly infected C57BL/6 mice and significantly lower than the levels found in BALB/c mice. Anti-IFN-gamma treatment of both types of mice failed to alter the pattern of cytokines produced after infection. These data show that even in the absence of IFN-gamma receptors, T helper cell (Th) 1-type responses still develop in genetically resistant mice with no evidence for the expansion of Th2 cells.

2000-2002 The report. The first steps

Es descriuen les activitats realitzades per Ubuntu de 2000 a 2002

Proyecto de equipamiento funcional y museístico del museo arqueológico de La Palma

L’objectiu de la proposta és la resolució interior del Museu Arqueològic Benaorita de La Palma (Illes Canàries), així com la redacció del guió i els continguts de la Exposició Permanent, i el disseny de tota la museografia que l’acompanya. La seu, un edifici ja existent construït l’any 2002, es troba en el municipi de Los Llanos de Aridane, a la costa Oest de l’illa.La organització interna del espai preveu que a la Planta Baixa, de 900 m2, se situïn els accessos principals i secundaris, l’Auditori, les oficines i administració, les àrees destinades a usos especialitzats com la Mediateca i la Biblioteca, els tallers didàctics i el gran Vestíbul on es proposa situar la Botiga del Museu i la Cafeteria. El Soterrani, de 213 m2, es destina a Magatzem, àrea de Logística i de Manteniment i espais de Serveis i Instal•lacions.El projecte proposa ubicar a la Planta Pis, de 790 m2, la Exposició Permanent. Aquesta té com a argument temàtic la cultura dels primers pobladors de l’illa, el Poble Benaorita. La narració i organització de l’Exposició s’estructura en 5 grans àrees, cada una de les quals es resol amb un disseny específic en funció del seu tema i continguts. Aquests son els següents:-Territori: en aquesta àrea s’exposen la geologia volcànica, el clima, la diversitat biològica, la fauna i la organització territorial de l’època benaorita.-Hàbitat i Població: en aquesta àrea s’expliquen els orígens, la procedència, la organització social, la organització familiar, la vida domèstica i els tipus d’assentaments dels benaorites.-Tecnologies Instrumentals: aquesta part acull la producció industrial dels primers pobladors de l’illa: les indústries lítiques, ceràmiques, ósees, de treball de la pell, la cistelleria i la fusteria.-Tecnologies Intel•lectuals: en aquesta zona s’exposen i expliquen la ramaderia, l’agricultura, la recol•lecció, la cacera, la gastronomia, la medecina, els esports, la música, la memòria oral, la mesura del temps i la economia de la cultura benaorita.-Espiritualitat i Art. Creeces, Ritus i Cultes: aquesta part acull la simbologia, la espiritualitat, la vivència de la mort i l’imaginari del poble benaorita.La distribució espacial d’aquestes 5 àrees cerca suavitzar la poderosa geometria circular del edifici preexistent per tal d’adaptar-la millor al caràcter profundament naturalista de la cultura benaorita. Per mitjà d’un seguit d’espais ‘moldejats’ segons el contingut dels mateixos, s’estableix un recorregut poc jerarquitzat, que es pot abordar des de diversos punts, sense que per això es modifiqui la comprensió dels 5 grans àmbits i del conjunt de la narració. La utilització de textures i colors, tant en el disseny dels elements i mòduls com en el disseny gràfic, que ens remeten permanentment a la geologia insular, es complementa amb una il•luminació en les parets i el sostre que evoca suaument el cel i el mar, tant omnipresents en la idiosincràsia de l’illa. La idea principal d’aquesta organització és la de aportar al Museu nous mecanismes que facilitin la comunicació i el coneixement d’aquesta cultura prehistòrica, sense per això perdre la profunditat del missatge. Per això, en totes les àrees es produeix una interacció de peces originals, maquetes, imatges, audiovisuals i escrits que contribueixen a la valoració d’una cultura com la de l’illa de La Palma.L’ordre ideal del recorregut, aquell que inicien els visitants que accedeixen des de la planta baixa, comença en la rampa d’accés al primer pis, que es dissenya de manera que evoqui l’arribada a través del mar. Al final de la rampa, unes parets lleugerament corbes serveixen de suport al vídeo d’introducció que projecta imatges dels principals paisatges de la illa. Des d’aquí s’accedeix a l’àrea del Territori, on un tancament quebrat que combina vitrines, imatges i mecanismes mòbils ens permet visualitzar i explorar la divisió territorial, els assentaments, els hàbitats, les rutes i els camins.En la següent zona, la del Hàbitat, s’hi troben els objectes existents en les coves i els poblats benaorites, així com els pannells que complementen amb imatges la vida que en ells s’hi duia a terme.Les Tecnologies Instrumentals i Intel•lectuals s’ubiquen en vitrines i pannells interactius especialment dissenyats per els objectes, imatges i texts que expliciten les activitats d’aquests pobladors primitius de l’illa de la Palma. Finalment, un espai obscur, amb llum puntual sobre els objectes i els texts dels rituals, ens evoca els Petroglifs, on s’exposa i s’explica la vessant espiritual de la cultura benaorita. Abans d’accedir a la rampa de sortida de la exposició, es reserva un espai on es rendeix homenatge als estudiosos d’aquesta cultura primigènia, amb uns expositors on s’ubiquen les publicacions originals dels mateixos i es fa referència a la seva biografia.El projecte proposat, guanyador del concurs, ha estat realitzat al llarg de la primavera i l’estiu del 2007. A més a més dels pannells presentats a la tardor del 2006, s’adjunten algunes imatges del muntatge final de la Exposició Permanent.

Quantitative modelling of transcription factor binding sites

Abstract One of the most important issues in molecular biology is to understand regulatory mechanisms that control gene expression. Gene expression is often regulated by proteins, called transcription factors which bind to short (5 to 20 base pairs),degenerate segments of DNA. Experimental efforts towards understanding the sequence specificity of transcription factors is laborious and expensive, but can be substantially accelerated with the use of computational predictions. This thesis describes the use of algorithms and resources for transcriptionfactor binding site analysis in addressing quantitative modelling, where probabilitic models are built to represent binding properties of a transcription factor and can be used to find new functional binding sites in genomes. Initially, an open-access database(HTPSELEX) was created, holding high quality binding sequences for two eukaryotic families of transcription factors namely CTF/NF1 and LEFT/TCF. The binding sequences were elucidated using a recently described experimental procedure called HTP-SELEX, that allows generation of large number (> 1000) of binding sites using mass sequencing technology. For each HTP-SELEX experiments we also provide accurate primary experimental information about the protein material used, details of the wet lab protocol, an archive of sequencing trace files, and assembled clone sequences of binding sequences. The database also offers reasonably large SELEX libraries obtained with conventional low-throughput protocols.The database is available at http://wwwisrec.isb-sib.ch/htpselex/ and and ftp://ftp.isrec.isb-sib.ch/pub/databases/htpselex. The Expectation-Maximisation(EM) algorithm is one the frequently used methods to estimate probabilistic models to represent the sequence specificity of transcription factors. We present computer simulations in order to estimate the precision of EM estimated models as a function of data set parameters(like length of initial sequences, number of initial sequences, percentage of nonbinding sequences). We observed a remarkable robustness of the EM algorithm with regard to length of training sequences and the degree of contamination. The HTPSELEX database and the benchmarked results of the EM algorithm formed part of the foundation for the subsequent project, where a statistical framework called hidden Markov model has been developed to represent sequence specificity of the transcription factors CTF/NF1 and LEF1/TCF using the HTP-SELEX experiment data. The hidden Markov model framework is capable of both predicting and classifying CTF/NF1 and LEF1/TCF binding sites. A covariance analysis of the binding sites revealed non-independent base preferences at different nucleotide positions, providing insight into the binding mechanism. We next tested the LEF1/TCF model by computing binding scores for a set of LEF1/TCF binding sequences for which relative affinities were determined experimentally using non-linear regression. The predicted and experimentally determined binding affinities were in good correlation.

Paisatge, poblament, cultura material i història de l'Ager Tarraconensis. Resultats i comparacions

Síntesi dels primers resultats del Projecte Ager Tarraconensis i de les aportacions al simposi, de les quals s’extreuen reflexions i coneixements nous sobre el tema de l’estudi entorn del conjunt de l’espai de la ciutat romana, del paisatge, tractat com un sistema. Les aportacions se centren en la varietat de les primeres estratègies de control romà del territori, de les tipologies i evolució dels establiments, dels aspectes econòmics i de la dinàmica del poblament. Tot plegat fa referència molt especialment al territori de Tarraco, per bé que es fan nombroses comparacions amb altres territoris de l’àrea catalana i saguntina i també d’altres províncies romanes. Tarraco es va perfilant com una ciutat amb un territorium molt productiu, no sols en agricultura, sinó també en indústries, producció tèxtil, explotacions de recursos minerals com les pedreres i el ferro, i amb un comerç molt actiu que la devia convertir en un port important de la Mediterrània occidental romana. La jerarquia dels hàbitats rurals també s’està demostrant més complexa gràcies al coneixement de noves aglomeracions. L’evolució posterior al període romà també ha entrat en discussió, especialment pel que fa a l’època islàmica, sobre la qual es discuteix si el camp va quedar poblat o despoblat, tema que resol en sentit positiu el diagrama pol·línic realitzat dins del marc del projecte.

L'Antropologia de l'esport a Espanya : visions crítiques i perspectives de futur d'una disciplina en construcció

En aquest article es porta a terme una aproximació avaluativa i crítica sobre el desenvolupament de l’antropologia de l’esport a Espanya dibuixant, al mateix temps, el potencial científi c d’aquesta disciplina acadèmica en vies de consolidació. Així, en primer lloc, es repassa succintament l’evolució de l’antropologia de l’esport a nivell internacional per assenyalar les infl uències més destacades a Espanya. En segon lloc, s’observa la producció d’estudis antropològics sobre l’esport a Espanya, destacant la transició que va d’una etnografi a del joc i de l’esport descriptiva, gairebé folklòrica, dels primers estudis, a una antropologia sociocultural de l’esport, més teòrica i amb major voluntat comprensiva, de l’última etapa. Finalment, s’assenyala el seu grau d’institucionalització acadèmica actual i es perfi la la seva orientació futura.tigació desplegades per aquest grup de recerca, en concret aquella que fa referència a “Cultura, esport i patrimoni”.

Maltractament en les relacions de parella: estils de personalitat i simptomatologia d'un grup de dones maltractades

Aquest treball examina diverses circumstancies del maltractament en dones que arriben a diferents serveis assistencials públics de la província de Barcelona, la simptomatologia clínica que presenten i els seus estils de personalitat. 43 dones ateses en centres d'urgincies o cases d'acolliment completaren I'MCMI-II (de Millon, 1999), 1 'Escala d 'Ajustament Dihdic (dlSpanier, 1976), i una adaptació de llEntrevista Semiestructurada sobre Maltractament Domistic (Echebunía, Corral, Sarasua, Zubizarreta i Sauca, 1994). Els resultats indicaren que es tractava d'un conjunt de dones maltractades que es caracteritzaven per haver patit experiincies de maltractament greus en les seves relacions de parella, pel que fa a intensitat, duració, frequincia i extensió. S'obsemi que les dones que havien patit maltractament en la seva infantesa es diferenciaven de les que no, mostrant major gravetat psicopatoldgica. Els resultats obtinguts amb lfMCMI-II reflectien una prestncia relativament baixa de simptomatologia ansiosa i depressiva i un predomini dels estils esquizoides, dependents i evitatius de la personalitat, de manera que un dels primers objectius clínics pensem que hauria de ser contrarestar la tendincia al retraiinent emocional i a l'azllament social per afavorir la seva capacitat d'establir relacions interpersonals i socials en general. Es discuteixen els resultats obtinguts i s'apunten algunes consideracions clíniques i assistencials

The DNA damage response to adeno-associated virus : centrosome overduplication and induction of cell death independently of the spindle checkpoint

Summary: Adeno-associated virus type 2 (AAV2) is a small virus containing single-stranded DNA of approximately 4.7kb in size. Both ends of the viral genome are flanked with inverted terminal repeat sequences (ITRs), which serve as primers for viral replication. Previous work in our laboratory has shown that AAV2 DNA with ultraviolet radiation-generated crosslinks (UV-AAV2) provokes a DNA damage response in the host cell by mimicking a stalled replication fork. Infection of cells with UV-AAV2 leads to a p53-and Chk1-mediated cell cycle arrest at the G2/M border of the cell cycle. However, tumour cells lacking the tumour suppressor protein p53 cannot sustain this arrest and enter a prolonged impaired mitosis, the outcome of which is cell death. The aim of my thesis was to investigate how UV-inactivated AAV2 kilts p53-deficient cancer cells. I found that the UV-AAV2-induced DNA damage signalling induces centriole overduplication in infected cells. The virus is able to uncouple the centriole duplication cycle from the cell cycle, leading to amplified centrosome numbers. Chk1 colocalises with centrosomes in the infected cells and the centrosome overduplication is dependent on the presence of Chk1, as well as on the activities of ATR and Cdk kinases and on the G2 arrest. The UV-AAV2-induced DNA damage signalling inhibits the degradation of cyclin B 1 and securin by the anaphase promoting complex, suggesting that the spindle checkpoint is activated in these mitotic cells. Interference with the spindle checkpoint components Mad2 and BubR1 revealed that the UV-AAV2-provoked mitotic catastrophe occurs independently of spindle checkpoint function, This work shows that, in the p53 deficient cells, UV-AAV2 triggers mitotic catastrophe associated with a dramatic Chk1-dependent overduplication of centrioles and the consequent formation of multiple spindle poles in mitosis. Résumé Le virus associé à l'adénovirus type 2 (AAV2) est un petit virus contenant un simple brin d'ADN d'environ 4.7kb. Des expériences antérieures dans notre laboratoire ont montré que les liens intramoléculaires sur l'ADN de AAV2 provoqués paz l'irradiation aux ultraviolets (UV) ressemblent à une fourche de réplication bloquée, ce qui provoque une réponse aux dommages à l'ADN dans la cellule hôte. L'infection des cellules avec UV-AAV2 résulte en un arrêt du cycle cellulaire à la transition G2/M entraîné par les protéines ATR et Chk1. Cependant, les cellules tumorales auxquelles il manque le suppresseur de tumeur p53 ne peuvent pas tenir cet arrêt et entrent dans une mitose anormale et prolongée qui se terminera par la mort cellulaire. Le but de ma thèse était d'étudier comment l'AAV2 inactivé par l'irradiation UV tue les cellules cancéreuses n'ayant pas p53. Je montre ici que le signal de dommages à l'ADN induit par UV-AAV2 génère une surduplication des centrioles dans les cellules infectées. Le virus est capable de dissocier le cycle de duplication du centriole du cycle cellulaire ce qui crée un nombre amplifié de centrosomes. Chk1 est co-localisé avec le centrosome dans les cellules infectées et la swduplication du centrosome est dépendante de la présence de Chk1, de l'activité des kinases ATR et Cdk et de l'arrêt en G2 de la cellule. Le signal d'ADN endommagé induit par UV-AAV2 réprime la dégradation des protéines cycline B1 et securine par le complexe promoteur de l'anaphase (APC), ce qui suggère que le point de contrôle du fuseau mitotique est activé dans ces cellules en mitose. L'étude d'interférence avec des éléments du point de contrôle du fuseau mitotique, Mad2 et BubR1, a révélé que la catastrophe mitotique provoquée paz UV-AAV2 survient indépendamment du point de contrôle du fuseau mitotique. Ce travail montre que dans les cellules déficientes en p53, UV-AAV2 induit une catastrophe mitotique associée à une surduplication des centrioles dépendant de Chk1 et ayant pour conséquence dramatique la formation de multiples fuseaux mitotiques dans la cellule en mitose.

Multiplication of an ancestral gene encoding secreted fungalysin preceded species differentiation in the dermatophytes Trichophyton and Microsporum.

Dermatophytes are human and animal pathogenic fungi which cause cutaneous infections and grow exclusively in the stratum corneum, nails and hair. In a culture medium containing soy proteins as sole nitrogen source a substantial proteolytic activity was secreted by Trichophyton rubrum, Trichophyton mentagrophytes and Microsporum canis. This proteolytic activity was 55-75 % inhibited by o-phenanthroline, attesting that metalloproteases were secreted by all three species. Using a consensus probe constructed on previously characterized genes encoding metalloproteases (MEP) of the M36 fungalysin family in Aspergillus fumigatus, Aspergillus oryzae and M. canis, a five-member MEP family was isolated from genomic libraries of T. rubrum, T. mentagrophytes and M. canis. A phylogenetic analysis of genomic and protein sequences revealed a robust tree consisting of five main clades, each of them including a MEP sequence type from each dermatophyte species. Each MEP type was remarkably conserved across species (72-97 % amino acid sequence identity). The tree topology clearly indicated that the multiplication of MEP genes in dermatophytes occurred prior to species divergence. In culture medium containing soy proteins as a sole nitrogen source secreted Meps accounted for 19-36 % of total secreted protein extracts; characterization of protein bands by proteolysis and mass spectrometry revealed that the three dermatophyte species secreted two Meps (Mep3 and Mep4) encoded by orthologous genes.