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Dissertação de Mestrado Integrado em Engenharia Electrotécnica e Computadores

Diagnosis of plague and identification of virulence markers in Yersinia pestis by multiplex-PCR

We have developed a procedure for the rapid diagnosis of plague that also allows the identification of prominent virulence markers of Y. pestis strains. This procedure is based upon the use of a single polymerase chain reaction with multiple pairs of primers directed at genes present in the three virulence plasmids as well as in the chromosomal pathogenicity island of the bacterium. The technique allowed the discrimination of strains which lacked one or more of the known pathogenic loci, using as template total DNA obtained from bacterial cultures and from simulated blood cultures containing diluted concentration of bacteria. It also proved effective in confirming the disease in a blood culture from a plague suspected patient. As the results are obtained in a few hours this technique will be useful in the methodology of the Plague Control Program.

Identification of risk factors for death from tetanus in Pernambuco, Brazil: a case-control study

A case-control study was conducted to identify risk factors for death from tetanus in the State of Pernambuco, Brazil. Information was obtained from medical records of 152 cases and 152 controls, admitted to the tetanus unit in the State University Hospital, in Recife, from 1990 to 1995. Variables were grouped in three different sets. Crude and adjusted odds ratios, p-values and 95% confidence intervals were estimated. Variables selected in the multivariate analysis in each set were controlled for the effect of those selected in the others. All factors related to the disease progression - incubation period, time elapsed between the occurrence of the first tetanus symptom and admission, and period of onset - showed a statistically significant association with death from tetanus. Similarly, signs and/or symptoms occurring on admission or in the following 24 hours (second set): reflex spasms, neck stiffness, respiratory signs/symptoms and respiratory failure requiring artificial ventilation (third set) were associated with death from tetanus even when adjusted for the effect of the others.

hsp65 PCR-restriction enzyme analysis (PRA) for identification of mycobacteria in the clinical laboratory

More than 70 species of mycobacteria have been defined, and some can cause disease in humans, especially in immunocompromised patients. Species identification in most clinical laboratories is based on phenotypic characteristics and biochemical tests and final results are obtained only after two to four weeks. Quick identification methods, by reducing time for diagnosis, could expedite institution of specific treatment, increasing chances of success. PCR restriction-enzyme analysis (PRA) of the hsp65 gene was used as a rapid method for identification of 103 clinical isolates. Band patterns were interpreted by comparison with published tables and patterns available at an Internet site (http://www.hospvd.ch:8005). Concordant results of PRA and biochemical identification were obtained in 76 out of 83 isolates (91.5%). Results from 20 isolates could not be compared due to inconclusive PRA or biochemical identification. The results of this work showed that PRA could improve identification of mycobacteria in a routine setting because it is accurate, fast, and cheaper than conventional phenotypic identification.

Eficiência Energética no Hospital Pedro Hispano

Os crescentes custos ligados ao consumo elétrico, não apenas de cariz financeiro mas também ambiental, despertam cada vez mais para a importância da definição de estratégias de melhor utilização de recursos e eficiência energética. Esta importância tem sido reforçada pela definição de decretos-lei que vêm colocar metas e limites relativamente às despesas energéticas. Estes diplomas são também acompanhados por programas de incentivo para um setor ligado à eficiência energética. Em Portugal as medidas ligadas ao setor tem vindo a ser redirecionadas para o consumo final de energia, com a definição de metas para as instalações de maior consumo. As instalações hospitalares são grandes centros de consumo energético devido não só ao elevado número de utentes que recebem mas também pelos diversos tipos de equipamentos elétricos usados para a prestação dos serviços médicos. Como consequência disso, os investimentos e os custos operacionais são elevados, o que reforça a necessidade de gerir os gastos e consumos energéticos com a procura constante de melhoria na recolha de informação sobre todo o sistema e na adequação de intervenções com vista a uma maior eficiência energética. O Hospital Pedro Hispano vem desde algum tempo a investir no sentido de conhecer mais e melhor toda a instalação bem como os consumos energéticos a ela associados. Algumas medidas foram tomadas nesse sentido nomeadamente a instalação de analisadores de energia, de modo a obter um retrato mais fiel e fidedigno dos principais vetores de consumo. Neste momento a gestão técnica do hospital tem em análise uma grande parte da instalação recolhendo dados do consumo elétrico real do hospital. Nesta dissertação procurou-se fazer uma análise e enquadramento dos programas e metas ligados ao setor energético com ênfase nos diplomas que visão e abrangem as instalações hospitalares. Dos vários programas de incentivo à adoção de políticas de maior eficiência energética é dado especial destaque ao programa ECO.AP que visa a celebração de contratos para implementação de medidas de poupança energética ao setor público. Em colaboração com o HPH, iniciaram-se os trabalhos pelo estudo e identificação das principais fases e ferramentas utilizadas na gestão energética do edifício tendo como objetivo a reavaliação dos vetores energéticos já identificados no HPH e a criação e contabilização de novos grupos de consumo. Através de várias medições do consumo elétrico, num total superior a 650 horas de funcionamento, foi possível a criação do mapa de desagregação de consumos para o ano de 2013. A desagregação realizada conta com 3 novos vetores energéticos e com a reavaliação do peso relativo de mais 5 grupos de consumo. Das medições efetuadas destaca-se a reavaliação do consumo da central de bombagem onde a parcela considerada até à data estava 3 vezes acima do valor real medido. Com base na desagregação feita foram apontadas e estudadas medidas de implementação com o objetivo de reduzir os consumos energético em todo o hospital, destacando-se a solução apresentada para a central de bombagem. Esta medida traria um grande impacto em toda a fatura energética, não só pela sua viabilidade, mas também porque atuaria num grande centro de consumo onde até ao momento nenhuma ação do género foi implementada.

Identification of Cryptosporidium spp. oocysts in fecal smears stained with Heidenhain's iron hematoxylin

There is no paucity of methods for diagnosing Cryptosporidium spp. infection. The merits of immunoassays notwithstanding, microscopic identification of Cryptosporidium spp. oocysts in fecal samples remains an important diagnostic procedure. It owes the persistence of its use to such characteristics as dispensing with expensive equipment and kits, requiring only basic laboratory facilities, and having a low probability of false positive results when permanent slides are prepared, which can be re-examined in case of doubt. Cryptosporidium spp. oocysts can be readily identified in fecal smears prepared according to a regressive iron hematoxylin staining technique. The number of steps and their duration, as well as costs, were reduced to a minimum without loss of image quality and permanence of the preparations.

Characterization of Pinus spp. needles by gas chromatography and mass spectrometry: Application to plant-insect interactions

Dissertação apresentada para obtenção do Grau de Doutor em Ciências do Ambiente pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecn

Identification of toxocara canis antigens by Western blot in experimentally infected rabbits

Toxocariasis is a frequent helminthiasis that can cause visceral and ocular damage in humans specially in children. The identification of specific antigens of Toxocara canis is important in order to develop better diagnostic techniques. Ten rabbits were infected orally with a dose of 5000 Toxocara canis embryonated eggs. Rabbits were bled periodically and an ELISA assay was performed to determine levels of specific Toxocara IgG antibodies. ELISA detected antibodies at day 15 after infection. Western blot (WB) assay was performed using excretory/secretory antigens (E/S) of T. canis second stage larvae. Different antigen concentrations were evaluated: 150, 200, 250 and 300 µg/mL. The concentration of 250 µg/mL was retained for analysis. Rabbit sera were diluted 1:100. Secondary antibody was used at a dilution of 1:1000. Results of WB indicated that in the first month after infection specific antibodies against the 200 KDa, 116 KDa, 92 KDa and 35 KDa antigens were detected; antibodies against the 92 KDa, 80 KDa, 66 KDa, 45 KDa, 31 KDa and 28 KDa antigens appeared later. All positive sera in the ELISA test were also positive in WB. Two antigen bands, 92 KDa and 35 KDa, were identified since the beginning and throughout the course of infection. These antigens merit further evaluation as candidates for use in diagnosis.

Análise da eficácia da aplicação da Metodologia FMEA do Processo: Caso de estudo numa empresa certificada

Num mercado globalizado, a procura contínua de vantagens competitivas é um fator crucial para o sucesso das organizações. A melhoria contínua dos processos é uma abordagem usual, uma vez que os resultados destas melhorias vão se traduzir diretamente na qualidade dos produtos. Neste contexto, a metodologia Failure Mode Effect Analysis (FMEA) é muito utilizada, especialmente pelas suas características proactivas, que permitem a identificação e a prevenção de erros do processo. Assim, quanto mais eficaz for a aplicação desta ferramenta, mais benefícios terá a organização. Assim, quando é utilizado com eficácia, o FMEA de Processo, além de ser um método poderoso na análise do processo, permite a melhoria contínua e a redução dos custos [1] . Este trabalho de dissertação teve como objetivo avaliar a eficácia da utilização da ferramenta do FMEA de processo numa organização certificada segundo a norma ISO/TS16949. A metodologia proposta passa pela análise de dados reais, ou seja, comparar as falhas verificadas no mercado com as falhas que tinham sido identificadas no FMEA. Assim, ao analisar o nível de falhas identificadas e não identificadas durante o FMEA e a projeção dessas falhas no mercado, consegue-se determinar se o FMEA foi mais ou menos eficaz, e ainda, identificar fatores que condicionam a melhor utilização da mesma. Este estudo, está organizado em três fases, a primeira apresenta a metodologia proposta , com a definição de um fluxograma do processo de avaliação e as métricas usadas, a segunda fase a aplicação do modelo proposto a dois casos de estudo, e uma última fase, que consiste na análise comparativa, individual e global, que visa, além de comparar esultados, identificar pontos fracos durante a execução do FMEA. Os resultados do caso de estudo indicam que a ferramenta do FMEA tem sido usada com eficácia, pois consegue-se identificar uma quantidade significativa de falhas potenciais e evitá-las. No entanto, existem ainda falhas que não foram identificadas no FMEA e que apareceram no cliente, e ainda, algumas falhas que foram identificadas e apareceram no cliente. As falhas traduzem-se em má qualidade e custos para o negócio, pelo que são propostas ações de melhoria. Pode-se concluir que uma boa utilização do FMEA pode ser um fator importante para a qualidade do serviço ao cliente, e ainda, com impacto dos custos.

Desenvolvimento de métodos de extração de resíduos de antimicrobianos e quantificação em amostras alimentares

O leite é um alimento complexo, pela sua composição rico em água, proteínas, lípidos, vitaminas e minerais. Devido ao seu alto valor nutricional é fundamental para a amamentação de crianças e animais em crescimento, pois fornece componentes fundamentais para o desenvolvimento e manutenção da saúde. Os antimicrobianos são amplamente utilizados como uma medida terapêutica no tratamento de infeções bacterianas, profilaxia e como promotores de crescimento (aditivos). A presença de resíduos de antimicrobianos no leite pode representar riscos para a saúde humana, como reações alérgicas em indivíduos hipersensíveis e resistências. Os objetivos deste estudo são o desenvolvimento de novos métodos de limpeza e de pré- concentração para amostras de leite, por meio de extração em fase sólida (SPE), com a finalidade de realizar uma melhor identificação e quantificação de antimicrobiana por Cromatografia Líquida de Alta Performance (HPLC). Todos os métodos desenvolvidos são de fácil execução, com taxas de recuperação dos agentes antimicrobianos viáveis, com uma percentagem de recuperação a partir de 85%. O método cromatográfico utilizado para a deteção e quantificação (HPLC-DAD) têm os limites de deteção (LD) entre 2.43ng / mL e 1.62ng / mL e os limites de quantificação (LQ) entre 7,36 ng / mL e 4.92 ng / mL, o que significa este método vai de encontro às diretrizes estipuladas pela União Europeia para os agentes antimicrobianos estudados. A combinação dos métodos propostos de limpeza e pré-concentração por SPE e multirresíduo por HPLC-DAD permite, por conseguinte, a deteção e quantificação de resíduos de antibióticos no leite, tornando esta uma alternativa importante e útil no processo de controlo de qualidade para a indústria de alimentos e outras área.

European Union emissions trading scheme impact on the Spanish electricity price during phase II and phase III implementation

The European Union Emissions Trading Scheme (EU ETS) is a cornerstone of the European Union's policy to combat climate change and its key tool for reducing industrial greenhouse gas emissions cost-effectively. The purpose of the present work is to evaluate the influence of CO2 opportunity cost on the Spanish wholesale electricity price. Our sample includes all Phase II of the EU ETS and the first year of Phase III implementation, from January 2008 to December 2013. A vector error correction model (VECM) is applied to estimate not only long-run equilibrium relations, but also short-run interactions between the electricity price and the fuel (natural gas and coal) and carbon prices. The four commodities prices are modeled as joint endogenous variables with air temperature and renewable energy as exogenous variables. We found a long-run relationship (cointegration) between electricity price, carbon price, and fuel prices. By estimating the dynamic pass-through of carbon price into electricity price for different periods of our sample, it is possible to observe the weakening of the link between carbon and electricity prices as a result from the collapse on CO2 prices, therefore compromising the efficacy of the system to reach proposed environmental goals. This conclusion is in line with the need to shape new policies within the framework of the EU ETS that prevent excessive low prices for carbon over extended periods of time.

Pseudo Phase Plane and Fractional Calculus Modelling of Western Global Economic Downturn

This paper applies Pseudo Phase Plane (PPP) and Fractional Calculus (FC) mathematical tools for modeling world economies. A challenging global rivalry among the largest international economies began in the early 1970s, when the post-war prosperity declined. It went on, up to now. If some worrying threatens may exist actually in terms of possible ambitious military aggression, invasion, or hegemony, countries’ PPP relative positions can tell something on the current global peaceful equilibrium. A global political downturn of the USA on global hegemony in favor of Asian partners is possible, but can still be not accomplished in the next decades. If the 1973 oil chock has represented the beginning of a long-run recession, the PPP analysis of the last four decades (1972–2012) does not conclude for other partners’ global dominance (Russian, Brazil, Japan, and Germany) in reaching high degrees of similarity with the most developed world countries. The synergies of the proposed mathematical tools lead to a better understanding of the dynamics underlying world economies and point towards the estimation of future states based on the memory of each time series.

Human vaccinia-like virus outbreaks in São Paulo and Goiás States, Brazil: virus detection, isolation and identification

Since October 2001, the Adolfo Lutz Institute has been receiving vesicular fluids and scab specimens of patients from Paraíba Valley region in the São Paulo and Minas Gerais States and from São Patricio Valley, in the Goiás State. Epidemiological data suggested that the outbreaks were caused by Cowpox virus or Vaccinia virus. Most of the patients are dairy milkers that had vesiculo-pustular lesions on the hands, arms, forearms, and some of them, on the face. Virus particles with orthopoxvirus morphology were detected by direct electron microscopy (DEM) in samples of 49 (66.21%) patients of a total of 74 analyzed. Viruses were isolated in Vero cell culture and on chorioallantoic membrane (CAM) of embryonated chicken eggs. Among 21 samples submitted to PCR using primers for hemagglutinin (HA) gene, 19 were positive. Restriction digestion with TaqI resulted in four characteristic Vaccinia virus fragments. HA nucleotide sequences showed 99.9% similarity with Cantagalo virus, described as a strain of Vaccinia virus. The only difference observed was the substitution of one nucleotide in the position 616 leading to change in one amino acid of the protein in the position 206. The phylogenetic analysis showed that the isolates clustered together with Cantagalo virus, other Vaccinia strains and Rabbitpox virus.

Fractional Dynamics Representation in the Pseudo Phase Plane

Proceedings of the 10th Conference on Dynamical Systems Theory and Applications

Molecular identification of Candida dubliniensis isolated from oral lesions of HIV-positive and HIV-negative patients in São Paulo, Brazil

Candida dubliniensis is a new, recently described species of yeast. This emerging oral pathogen shares many phenotypic and biochemical characteristics with C. albicans, making it hard to differentiate between them, although they are genotypically distinct. In this study, PCR (Polymerase Chain Reaction) was used to investigate the presence of C. dubliniensis in samples in a culture collection, which had been isolated from HIV-positive and HIV-negative patients with oral erythematous candidiasis. From a total of 37 samples previously identified as C. albicans by the classical method, two samples of C. dubliniensis (5.4%) were found through the use of PCR. This study underscores the presence of C. dubliniensis, whose geographical and epidemiological distribution should be more fully investigated.