Hypermedia-based Web Services as System Integrators

As we move more closely to the practical concept of the Internet of Things and, our reliance on public and private APIs increases, web services and their related topics have become utterly crucial to the informatics community. However, the question about which style of web services would best solve a particular problem, can raise signi cant and multifarious debates. There can be found two implementation styles that highlight themselves: the RPC-oriented style represented by the SOAP protocol’s implementations and the hypermedia style, which is represented by the REST architectural style’s implementations. As we search examples of already established web services, we can nd a handful of robust and reliable public and private SOAP APIs, nevertheless, it seems that RESTful services are gaining popularity in the enterprise community. For the current generation of developers that work on informatics solutions, REST seems to represent a fundamental and straightforward alternative and even, a more deep-rooted approach than SOAP. But are they comparable? Do both approaches have each speci c best suitable scenarios? Such study is brie y carried out in the present document’s chapters, starting with the respective background study, following an analysis of the hypermedia approach and an instantiation of its architecture, in a particular case study applied in a BPM context.

Estudo de vulnerabilidades em aplicações web e o seu reflexo em domínios Portugueses

Muito se tem falado sobre revolução tecnológica e do aparecimento constante de novas aplicações Web, com novas funcionalidades que visam facilitar o trabalho dos utilizadores. Mas será que estas aplicações garantem que os dados transmitidos são tratados e enviados por canais seguros (protocolos)? Que garantias é que o utilizador tem que mesmo que a aplicação utilize um canal, que prevê a privacidade e integridade de dados, esta não apresente alguma vulnerabilidade pondo em causa a informação sensível do utilizador? Software que não foi devidamente testado, aliado à falta de sensibilização por parte dos responsáveis pelo desenvolvimento de software para questões de segurança, levam ao aumento de vulnerabilidades e assim exponenciam o número de potenciais vítimas. Isto aliado ao efeito de desinibição que o sentimento de invisibilidade pode provocar, conduz ao facilitismo e consequentemente ao aumento do número de vítimas alvos de ataques informáticos. O utilizador, por vezes, não sabe muito bem do que se deve proteger, pois a confiança que depõem no software não pressupõem que os seus dados estejam em risco. Neste contexto foram recolhidos dados históricos relativos a vulnerabilidades nos protocolos SSL/TLS, para perceber o impacto que as mesmas apresentam e avaliar o grau de risco. Para além disso, foram avaliados um número significativo de domínios portugueses para perceber se os mesmos têm uma vulnerabilidade específica do protocolo SSL/TLS.

Expressão em Escherichia coli de antigénios do Cell fusing agent virus (Flaviviridae: Flavivirus) como proteína de fusão

RESUMO: O Cell Fusing Agent Vírus (CFAV), considerado como o primeiro “flavivírus específicos de insectos” (ISF), parece estar exclusivamente adaptado aos seus hospedeiros, não replicando em células de vertebrados. Apesar de ter sido identificado há mais de três décadas (1975), a verdade é que muito pouco se conhece sobre a sua biologia. Dado o seu parentesco filogenético com alguns outros flavivírus encontrados naturalmente em mosquitos de diferentes géneros colhidos em diferentes regiões do globo, este vírus poderá ser usado como modelo para o estudo de ISF. No entanto, necessitam do desenvolvimento de ferramentas básicas, tais como clones moleculares ou baterias de soros contendo anticorpos que reconheçam uma ou mais proteínas codificadas pelo genoma viral, produzidas, por exemplo, a partir de antigénios virais produzidos de forma recombinante. Com este trabalho pretendeu-se a optimização de protocolos que permitiram a expressão e purificação parcial de quatro proteínas [duas proteínas estruturais (C e E) e duas não estruturais (NS3hel e NS5B)] do CFAV em E. coli, todas elas produzidas como proteínas de fusão com “caudas” (tags) de hexahistidina nos seus extremos carboxilo. Para a expansão do CFAV foram utilizadas células Aedes albopictus (C6/36). Após a realização da extracção do RNA viral e a obtenção de cDNA, procedeu-se amplificação, por RT-PCR, das regiões codificantes das proteínas C, E, NS3hel e NS5B, utilizando primers específicos. Os quatro fragmentos de DNA foram independentemente inseridos no vector pJTE1.2/blunt usando E. coli NovaBlue como hospedeira de clonagem e, posteriormente, inseridos em vectores de expressão pET-28b e pET-29b usando E. coli BL21(DE3)pLysS e Rosetta(DE3)pLysS como hospedeiras de expressão. Após da indução, expressão e purificação das proteínas recombinantes C, E, NS3hel e NS5B, foi confirmada a autenticidade destas proteínas produzidas através do método Western Blot com um anticorpo anti-histidina. --------- ABSTRACT: The Cell Fusing Agent virus (CFAV) considered as the first "insect- specific flavivirus" (ISF) and seems to be uniquely adapted to their hosts, not replicating in vertebrate cells. Although it has been known for more than three decades (1975), the truth is very little is known about its biology. Given its close phylogenetic relationship with other flavivirus naturally circulating in various genera of mosquitoes collected from different regions of the globe, this virus could be used as a model for the study of ISF. However, such studies require the development of experimental basic tools, such as molecular clones or serum batteries containing antibodies that recognize one or more proteins encoded by the viral genome, produced, for example, from viral antigens recombinant produced. In this work, we carried out the optimization of protocols that allowed the expression and partial purification of four proteins [two structural proteins (C and E) and two nonstructural proteins (NS3hel and NS5B)] CFAV in E. coli as fusion protein for c-terminal hexahistidine tags. For the expansion of the CFAV we used Aedes albopictus (C6/36) cells. After completion of the viral RNA extraction and cDNA obtained, amplification of the coding regions of the C, E, NS5B and NS3hel proteins was carried out by RT-PCR using specific primers. The four DNA fragments were independently inserted into the vector pJTE1.2/blunt using E. coli NovaBlue as cloning host and then inserted into expression vectors pET-28b and pET-29b using E. coli BL21(DE3)pLysS and Rosetta(DE3)pLysS as expression host. After induction, expression and purification of recombinant C, E, NS3hel and NS5B proteins Western Blot analyses with an anti-histidine antibody confirmed the authenticity of these proteins produced.

Quantum dots: synthesis, functionalization and bioconjugation for biological applications

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Engineering Sciences and Technology

Locally Advanced and Metastatic Prostate Cancer Treated with Intermittent Androgen Monotherapy or Maximal Androgen Blockade: Results from a Randomised Phase 3 Study by the South European Uroncological Group

BACKGROUND: Few randomised studies have compared antiandrogen intermittent hormonal therapy (IHT) with continuous maximal androgen blockade (MAB) therapy for advanced prostate cancer (PCa). OBJECTIVE: To determine whether overall survival (OS) on IHT (cyproterone acetate; CPA) is noninferior to OS on continuous MAB. DESIGN, SETTING, AND PARTICIPANTS: This phase 3 randomised trial compared IHT and continuous MAB in patients with locally advanced or metastatic PCa. INTERVENTION: During induction, patients received CPA 200 mg/d for 2 wk and then monthly depot injections of a luteinising hormone-releasing hormone (LHRH; triptoreline 11.25 mg) analogue plus CPA 200 mg/d. Patients whose prostate-specific antigen (PSA) was <4 ng/ml after 3 mo of induction treatment were randomised to the IHT arm (stopped treatment and restarted on CPA 300 mg/d monotherapy if PSA rose to ≥20 ng/ml or they were symptomatic) or the continuous arm (CPA 200 mg/d plus monthly LHRH analogue). OUTCOME MEASUREMENTS AND STATISTICAL ANALYSIS: Primary outcome measurement was OS. Secondary outcomes included cause-specific survival, time to subjective or objective progression, and quality of life. Time off therapy in the intermittent arm was recorded. RESULTS AND LIMITATIONS: We recruited 1045 patients, of which 918 responded to induction therapy and were randomised (462 to IHT and 456 to continuous MAB). OS was similar between groups (p=0.25), and noninferiority of IHT was demonstrated (hazard ratio [HR]: 0.90; 95% confidence interval [CI], 0.76-1.07). There was a trend for an interaction between PSA and treatment (p=0.05), favouring IHT over continuous therapy in patients with PSA ≤1 ng/ml (HR: 0.79; 95% CI, 0.61-1.02). Men treated with IHT reported better sexual function. Among the 462 patients on IHT, 50% and 28% of patients were off therapy for ≥2.5 yr or >5 yr, respectively, after randomisation. The main limitation is that the length of time for the trial to mature means that other therapies are now available. A second limitation is that T3 patients may now profit from watchful waiting instead of androgen-deprivation therapy. CONCLUSIONS: Noninferiority of IHT in terms of survival and its association with better sexual activity than continuous therapy suggest that IHT should be considered for use in routine clinical practice.

Multipath inter-domain policy routing

Dissertação submetida para a obtenção do grau de Doutor em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

Time diversity solutions to cope with lost packets

A dissertation submitted to Departamento de Engenharia Electrotécnica of Faculdade de Ciências e Tecnologia of Universidade Nova de Lisboa in partial fulfilment of the requirements for the degree of Doctor of Philosophy in Engenharia Electrotécnica e de Computadores

On the cloud deployment of a session abstraction for service/data aggregation

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

Controlo de qualidade interno: elaboração de um programa de Controlo de Qualidade Interno segundo as boas práticas da Qualidade

RESUMO: Esta dissertação pretende apresentar uma proposta para um programa de Controlo de Qualidade interno das hormonas tiroideias, segundo as boas práticas da qualidade. Para que se comprove o rigor e fiabilidade dos seus resultados analíticos, condição indispensável para que estes possam servir de base às mais diversas tomadas de decisão, toda a filosofia que envolve a qualidade assume um papel preponderante. Neste contexto a elaboração de um programa de controlo de qualidade adequado é muito importante e imprescindível. A realização do controlo de qualidade permite monitorizar o desempenho de todos os materiais, equipamentos, instrumentos e métodos analíticos bem como criar sinais de alerta para prevenir a emissão de resultados não-conformes e indicar a necessidade de ações corretivas. Permite também indicar a necessidade de melhorias em processos e em atividades ligadas aos operadores e consciencializar o pessoal de que o controlo da qualidade é um dever para com o cliente e tem a função de gerar confiança nos resultados obtidos. O controlo de qualidade interno abrange todos os procedimentos assumidos por um laboratório para avaliação contínua do seu trabalho. A sua finalidade é assegurar a consistência dos resultados diários e a sua conformidade com critérios definidos, avaliando a precisão dos ensaios e dando indicação do momento para se promoverem ações corretivas quando surge uma não conformidade. Segundo as melhores práticas da qualidade, serão calculados os valores do controlo de qualidade interno para as hormonas tiroideias, os seus limites e critérios (regras) de aceitabilidade, com base na relação entre o desempenho analítico e o Erro Máximo Admissível. Pretende-se assim, otimizar o desempenho do Controlo de Qualidade Interno, aperfeiçoando a capacidade de identificação do erro.-------- ABSTRACT: This paper intends to submit a proposal for a thyroid hormones internal quality Control program, according to the best quality practices. The whole philosophy involving quality plays a central role in order to prove the accuracy and reliability of the analytical results, a basic prerequisite for decision making. In this context the elaboration of an appropriate quality control program is essential and very important. Quality control allows the motorization of the performance of all materials, equipment, instruments and analytical methods, as well as the creation of warning signals indicating the need for corrective actions, to prevent the release of non-compliant results. It also indicates the need for improvements in the processes and operating activities as well as making the staff aware that quality control is a duty to the client and promotes confidence in the results. The internal quality control covers all procedures undertaken by a laboratory for a continuous evaluation of its performance. Its purpose is to ensure the consistency of the daily results and compliance with defined criteria, assessing the accuracy of the tests and indicating the moment to promote corrective actions when nonconformity appears. According to the best quality practices, the values of the internal quality control for the thyroid hormones, their limits and criteria (rules) of acceptability will be calculated, based on the relationship between analytical performance and the maximum allowable error. Thus, the aim is to optimize the performance of the Internal Quality Control, improving the ability for error detection and identification.

Functional brain perfusion evaluation with Arterial Spin Labeling at 3 Tesla

Dissertation submitted in Faculdade de Ciências e Tecnologia of Universidade Nova de Lisboa for the degree of Master of Biomedical Engineering

Multipath policy routing in packet switched networks

Dissertação apresentada para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica e de Computadores, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Intrusion tolerant routing with data consensus in wireless sensor networks

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

Atomic force microscopy assisted with electron and ion beam microscopy for the direct measurement of biostructures and DNA samples

Dissertation to obtain a Master degree in Biotechnology

Establishing a cell biology platform: isolation and preservation of human blood products

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina