Variabilité des souches de Escherichia coli provenant de divers poulaillers au Québec

La technique d’empreinte génétique par rep-PCR, qui utilise des séquences d’ADN répétitives, a été utilisée pour mettre en évidence la présence de groupes d’Escherichia coli signatures pour divers poulaillers et d’évaluer leur évolution suite au détassement. L’amorce (GTG)5 a été utilisée pour générer des empreintes d’ADN de 522 isolats provenant de 7 poulaillers échantillonnés deux fois : juste avant et 5 jours après le détassement. Les empreintes d’ADN ont été analysées selon l’algorithme de correspondance de bandes de Jaccard. Les analyses de Jackknife des coefficients de similitude ont révélé qu’entre 73% et 93% des isolats ont pu être correctement regroupés selon leur poulailler d’origine. Un dendrogramme construit à partir des coefficients de similitude de Jaccard a groupé les isolats dans 42 grappes avec près de la moitié dans une seule grappe. Environ 80% des isolats ont été groupés dans les 6 plus grosses grappes. Quatre de ces grappes été constituées majoritairement d’isolats provenant d’un seul site. Ces grappes pourraient être des grappes signatures qui permettraient d’identifier des poulaillers en particulier. La comparaison des nombres de grappes présentes avant et après le détassement a révélé une variabilité de l’impact du détassement sur les populations fécales d’E. coli. Pour certains sites, il y avait peu d’agrégats présents tant avant qu’après le détassement alors que pour d’autres sites c’était le contraire. Quoique plus de recherches soient nécessaires afin de valider les conclusions, nos résultats suggèrent la présence de sous-populations signatures d’E. coli pour certains poulaillers et une réponse variable à l’effet du détassement.

Multi-view 3D reconstruction using virtual cameras

Ce mémoire s'intéresse à la reconstruction d'un modèle 3D à partir de plusieurs images. Le modèle 3D est élaboré avec une représentation hiérarchique de voxels sous la forme d'un octree. Un cube englobant le modèle 3D est calculé à partir de la position des caméras. Ce cube contient les voxels et il définit la position de caméras virtuelles. Le modèle 3D est initialisé par une enveloppe convexe basée sur la couleur uniforme du fond des images. Cette enveloppe permet de creuser la périphérie du modèle 3D. Ensuite un coût pondéré est calculé pour évaluer la qualité de chaque voxel à faire partie de la surface de l'objet. Ce coût tient compte de la similarité des pixels provenant de chaque image associée à la caméra virtuelle. Finalement et pour chacune des caméras virtuelles, une surface est calculée basée sur le coût en utilisant la méthode de SGM. La méthode SGM tient compte du voisinage lors du calcul de profondeur et ce mémoire présente une variation de la méthode pour tenir compte des voxels précédemment exclus du modèle par l'étape d'initialisation ou de creusage par une autre surface. Par la suite, les surfaces calculées sont utilisées pour creuser et finaliser le modèle 3D. Ce mémoire présente une combinaison innovante d'étapes permettant de créer un modèle 3D basé sur un ensemble d'images existant ou encore sur une suite d'images capturées en série pouvant mener à la création d'un modèle 3D en temps réel.

Évolution des pratiques alimentaires en cours de vie : une étude isotopique multi-matérielle de la population du cimetière Saint-Matthew (Québec, 1771-1860)

En tant que population majoritairement immigrante, les protestants inhumés au cimetière Saint-Matthew, ville de Québec (1771-1860) ont dû s'adapter à un nouvel environnement à leur arrivée au Québec, et donc à de nouvelles ressources. Parallèlement, les 18e et 19e siècles sont marqués par un contexte socio-économique en pleine mutation avec l'arrivée graduelle de la période industrielle, et la ville de Québec, avec son contexte portuaire, a ainsi été au coeur de ces changements. L'objectif de ce mémoire est d'évaluer si la géochimie des isotopes stables appliquée à plusieurs matériaux du squelette humain (collagène et apatite de l'os, collagène de la dentine, et carbonate de l'émail) permet de mieux comprendre comment les comportements alimentaires des individus analysés provenant de ce cimetière cosmopolite (n=40) ont évolué en cours de vie. L'alimentation étant influencée par des conditions socio-économiques, culturelles et environnementales, cela peut nous informer indirectement sur les processus d'adaptation et l'identité d'un individu. C'est dans cette perspective d'écologie culturelle que nous avons interprété les données recueillies lors de ce projet, en complément aux analyses effectuées précédemment par Morland (2009) et Caron (2013). Nos résultats corroborent les tendances déjà observées, soit des pratiques alimentaires semblables à celles que l'on retrouve en Europe, et des immigrants provenant majoritairement des Îles Britanniques. Ils démontrent également une légère augmentation de la consommation de ressources C4, comme le maïs et la canne à sucre, à l'âge adulte pour 90% des individus analysés, de même qu'une baisse du niveau de protéines. Par ailleurs, les individus étudiés ont généralement eu tendance à conserver le même niveau alimentaire les uns par rapport aux autres tout au cours de leur vie, même si les pratiques étaient moins diversifiés à l'âge adulte. Finalement, on constate des similarités de comportements avec les populations irlandaises et britanniques plus pauvres durant l'enfance, alors qu'ils ressemblent davantage à ceux visibles dans la vallée laurentienne en fin de vie, notamment en ce qui concerne l'apport en protéines. Nos résultats suggèrent donc des changements alimentaires significatifs, fort possiblement liés aux processus de migration et à une adaptation constante à un nouvel environnement de la part des individus étudiés.

Le concept de double-usage de la recherche : un outil diagnostique de l’analyse éthique des risques associés aux usages neuroamélioratifs de la recherche en neurosciences

Les technologies de stimulations transcrâniennes – tel que la tDCS ou la TMS – présentent à l’heure actuelle d’intéressantes perspectives thérapeutiques, tout comme diverses améliorations cognitives chez le sujet « non-malade » dont découlent des applications neuroamélioratives, plus ou moins imminentes, en dehors du cadre clinique ou investigatoire. Est proposé ici d’analyser les risques associés à ces applications, détournées des objectifs premiers de recherche, et aux préoccupations éthiques qui les accompagnent (autonomie, justice, intégrité physique), via un concept généralement associé aux recherches avec des perspectives de sécurité nationale et associées à un niveau de risque élevé. Révisant la trivialité d’une définition dichotomique aux usages « bons » et « mauvais », est proposé d’étendre le concept de « double-usage » pour l’appliquer à la neuroamélioration comme un mésusage de la recherche en neurosciences. Faisant référence au conflit entre, d’une part, le respect de la liberté académique et, d’autre part, la protection de la sécurité et de la santé publique, ce concept s’avère être un outil diagnostique pertinent pour l’évaluation des risques associés à l’usage mélioratif desdites technologies, et plus particulièrement de la tDCS, afin d’alimenter la réflexion sur la régulation de ces dispositifs en amont de leur utilisation, selon un principe de précaution inhérent au double-usage de la recherche. Ce concept permet ainsi de réfléchir à la mise en place d’une gouvernance proactive et contextualisée impliquant une responsabilité partagée d’un large panel d’acteurs, nécessaire au vu des avancées rapides du domaine des neurosciences et de l’imminence de l’arrivée sur le marché de ces dispositifs.

La médecine génomique en santé internationale : le rôle des projets internationaux de science ouverte en génomique

Certaines applications thérapeutiques de la médecine génomique sont susceptibles de mener à une amélioration considérable de la santé des populations des pays en développement dans les années à venir. La mise en place de politiques d’innovation efficaces demeure toutefois cruciale afin d’assurer la réalisation des promesses de la révolution génomique. Dans le domaine biomédical, la commercialisation des fruits de la recherche s’est établie comme le paradigme dominant au sein du système d’innovation. Plusieurs études récentes ont cependant démontré que l’emphase mise sur la commercialisation et la protection de la propriété intellectuelle a donné lieu à des résultats décevants. Certains acteurs du système d’innovation avancent donc désormais qu’il est nécessaire d’aller au-delà de la commercialisation de la recherche et de mettre en place des politiques basées sur le paradigme de la valorisation de la recherche, qui favorise l’atteinte d’objectifs sociaux ainsi qu’économiques. L’objectif de notre mémoire est de documenter l’impact des politiques d’innovation de projets internationaux de science ouverte en génomique médicale sur le développement des capacités en recherche et développement en génomique et l’accès à la médecine génomique dans les pays en développement. Nous avons ainsi réalisé une étude de cas impliquant quatre projets internationaux de science ouverte en génomique médicale. Les résultats de notre étude de cas ont démontré que ces projets jouent un rôle important dans le développement des capacités en recherche et en développement en génomique dans les pays en développement, mais qu’ils y jouent un rôle beaucoup plus limité sur le plan de l’accès aux applications de la médecine génomique.

L’architecture de paysage moderne du campus de l’Université de Montréal

Le campus de l’Université de Montréal est composé de bâtiments et d’aménagements paysagers hautement significatifs, dont la présence contribue à faire comprendre son évolution spatiale. Parmi eux, les espaces libres des années 1960 méritent une attention particulière pour plusieurs raisons historiques : ils font l’objet d’une réflexion pour la toute première fois dans l’histoire du campus ; l’Université de Montréal vit une phase d’expansion sans précédent ; les disciplines de l’aménagement et la pratique de planification émergent au Québec. Cet article présente de manière contextuelle les principes de planification qui ont mené à leur réalisation par La Haye et associés, firme d’urbanisme de premier plan au Québec. Il expose les qualités et les défauts des espaces libres de cette période moderne, soit l’innovation sur le plan de la vision planificatrice et du design, d’un côté, et la trop grande importance accordée aux automobiles au détriment de la sécurité et de la convivialité, de l’autre côté.

Étude du lien entre la collaboration enseignant-technicien en éducation spécialisée et l'adaptation sociale en classe des élèves ayant un trouble du comportement

Dans les classes spécialisées auprès des élèves en trouble du comportement (TC), l’enseignant et le technicien en éducation spécialisé (TES) sont encouragés à travailler en collaboration afin de soutenir l’adaptation scolaire et sociale des élèves auprès desquels ils œuvrent chaque jour. Toutefois, malgré les nombreux avantages à travailler ensemble pour atteindre un but commun visant ici la réussite des élèves, la collaboration interprofessionnelle comporte néanmoins de nombreux défis qui, s’ils ne sont pas relevés avec professionnalisme, peuvent affecter les élèves. L’objectif de cette étude est de vérifier s’il existe un lien entre la qualité de la collaboration entre ces deux professionnels et l’adaptation sociale en classe spécialisée des élèves ayant un TC. Une méthodologie s’appuyant sur un devis de type corrélationnel a été privilégiée. Des enseignants titulaires de classe accueillant des élèves TC ont complété un questionnaire visant à évaluer l’adaptation sociale de leurs élèves en classe alors que les TES associés à ces classes ont été invités à compléter un questionnaire visant à qualifier la collaboration établie au sein de leur duo avec l’enseignant. Au total, 71 duos de professionnels provenant de 9 écoles du grand Montréal ont participé à cette étude. Bien que la qualité de la collaboration varie de façon significative selon les duos de professionnels, les résultats ne permettent toutefois pas d’établir une relation. D’après cette recherche, il n’y a donc pas de lien significatif entre l’adaptation sociale des élèves en classe et le niveau de collaboration de l’enseignant et du TES. Ces résultats, contraires à notre hypothèse de départ, sont discutés à la lumière des écrits scientifiques portant sur le sujet. Les forces, limites et considérations pour les futures recherches sont également discutées.

Amputations : Un cycle de l’éthique médicale

Full Text / Article complet

Amputations : un cycle de l’éthique médicale

Full Text / Article

Spectrum simulation of rough and nanostructured targets from their 2D and 3D image by Monte Carlo methods

Corteo is a program that implements Monte Carlo (MC) method to simulate ion beam analysis (IBA) spectra of several techniques by following the ions trajectory until a sufficiently large fraction of them reach the detector to generate a spectrum. Hence, it fully accounts for effects such as multiple scattering (MS). Here, a version of Corteo is presented where the target can be a 2D or 3D image. This image can be derived from micrographs where the different compounds are identified, therefore bringing extra information into the solution of an IBA spectrum, and potentially significantly constraining the solution. The image intrinsically includes many details such as the actual surface or interfacial roughness, or actual nanostructures shape and distribution. This can for example lead to the unambiguous identification of structures stoichiometry in a layer, or at least to better constraints on their composition. Because MC computes in details the trajectory of the ions, it simulates accurately many of its aspects such as ions coming back into the target after leaving it (re-entry), as well as going through a variety of nanostructures shapes and orientations. We show how, for example, as the ions angle of incidence becomes shallower than the inclination distribution of a rough surface, this process tends to make the effective roughness smaller in a comparable 1D simulation (i.e. narrower thickness distribution in a comparable slab simulation). Also, in ordered nanostructures, target re-entry can lead to replications of a peak in a spectrum. In addition, bitmap description of the target can be used to simulate depth profiles such as those resulting from ion implantation, diffusion, and intermixing. Other improvements to Corteo include the possibility to interpolate the cross-section in angle-energy tables, and the generation of energy-depth maps.

Les vidéos de gay bashing : des agresseurs à YouTube

La recherche portera sur la montée des vidéos de gay bashing depuis 2013. Par vidéo de gay bashing, nous entendons des vidéos documentant l’abus physique ou verbal d’individus perçus par les agresseurs comme étant gais, lesbiennes, bisexuels, transgenres ou queer, mais nous nous concentrerons spécifiquement sur des vidéos montrant des agressions envers des hommes. Ces vidéos peuvent être enregistrées par les agresseurs eux-mêmes ou par des témoins de la scène. Il s’agira de situer cette montée dans un contexte politique de retour de lois et sentiments anti-LGBT dans les pays d’où proviennent certaines des vidéos étudiées et par rapport aux différentes théories anthropologiques et socio-historiques concernant les sources et motivations derrière les actes de violence homophobe. Le corpus se composera de trois vidéos venant de Russie («Putin’s Crackdown on LGBT Teens un Russia»), de Lybie («Gay torture and violent in Lybia») et des États-Unis («Attack at gay pride event in Detroit»). L’analyse du corpus se fera en trois temps : d’abord l’analyse de la forme et du contenu des vidéos en tant que tels, ensuite, l’analyse de leur circulation et des différents utilisateurs qui distribuent les vidéos en ligne, et, finalement, l’analyse de la réception des vidéos en portant attention aux commentaires des utilisateurs. Il s’agira de montrer comment les vidéos de gay-bashing effectuent une rupture par rapport à une vision de YouTube, et autres médias sociaux, comme libérateurs et comme lieux d’expression de soi (particulièrement pour les membres des communautés LGBT) et les transforment en lieux d’une humiliation triplée par l’enregistrement de l’humiliation physique et sa diffusion sur le web. Il s’agira ensuite de voir comment la circulation et la redistribution de ces vidéos par différents groupes et utilisateurs les instrumentalisent selon différents agendas politiques et idéologiques, pour finalement se questionner, en s’inspirant du triangle de l’humiliation de Donald Klein, sur le rôle ambivalent du témoin (physique ou virtuel) dont la présence est nécessaire pour qu’il y ait humiliation. Finalement, nous nous intéresserons aux vidéos de témoignages de gay-bashing, vidéos faites par les victimes elles-mêmes, racontant leur traumatisme à la caméra, renouant ainsi avec les vidéos de coming out sous la forme de l’aveu et de la spectacularisation du soi. La présente recherche sera également l’occasion de développer des outils théoriques et méthodologiques propres aux nouveaux médias et aux nouvelles formes et contenus qui s’y développent.

Investigation of Offences against National Security

The study is a close scrutiny of the process of investigation of offences in India along with an analysis of powers and functions of the investigating agency. The offences, which are prejudicial to sovereignty, integrity and security of the nation or to its friendly relations with foreign states, are generally called the offences against national security. Offences against national security being prejudicial to the very existence of the nation and its legal system, is a heinous and terrible one. As early as 1971 the Law Commission of India had pointed out the need of treating the offences relating to national security and their perpetrators on a totally different procedural footing. The recommendation that, all the offences coming under the said category ought to be brought under the purview of a single enactment so as to confront such offences effectively. The discrepancies in and inadequacies of the criminal justice system in India as much as they are related to the investigations of the offences against national security are examined and the reforms are also suggested. The quality of criminal justice is closely linked with the caliber of the prosecution system and many of the acquittals in courts can be ascribed not only to poor investigations but also to poor quality of prosecution.

STUDIES ON TAXONOMY, DISTRIBUTION, ECOLOGY AND REPRODUCTIVE POTENTIAL OF ROTIFERS FROM SELECTED CENTRES IN COCHIN BACKWATER SYSTEM, KERALA

The studies were conducted in nine stations with varying ecological characteristics along Cochin backwaters and adjoining canals. Many workers opined that the distribution of rotifers is cosmopolitan. The significance of rotifers as first food for early larvae was indicated by Fujita. Aquaculture is a fast growing field in fisheries sector and it is gaining more importance as the fish landings and supply are getting irregular. A consistent supply of fish/shellfish can only be achieved through aquaculture. The success of any culture activity depends on the timely production of seeds of finfishes/shellfishes. The availability of wild seed is seasonal and erratic. So, a dependable source of seed of fishes and shellfishes is possible only through large scale production in hatchery. A successful seed production activity depends on the availability of a variety of suitable live feed organisms in sufficient quantities at the proper time for use in the larval stages. As the live feeds promote high growth rates, easy digestion, assimilation and the quality of not contaminating the culture water when compared to other artificial feeds, make the culture of live feed organisms the principal means of providing food for the larvae of finfishes and shellfishes. Rotifers are considered to be an excellent and indispensable food for larvae of many finfishes and crustaceans. It (1960) was the first to culture Brachionus plicatilis for feeding marine fish larvae, and now it is being extensively used as live feed in hatcheries all over the world. They are a group of microscopic organisms coming under the Phylum Rotifera which comprises of about 2000 species. Their slow swimming habits, ability to tolerate a wide range of salinities, parthenogenetic mode of reproduction and ability to get enriched easily, make rotifers an ideal live feed organism. The major factors such as temperature, salinity and food that influence the reproductive potential and thereby the population size of rotifer, Salinity is one of the most important aspect influencing the reproductive rate of rotifers. The feed type and feed concentration play a vital role in influencing the reproductive rate of rotifers. For culture of rotifers, the commonly used micro algae belong to Chlorella, Nannochloropsis, Isochrysis and Tetraselmis. While some studies have suggested that, algal diet has little effect on reproductive rates in 1979 while using the rotifer, Brachionus plicatilis as feed for the larvae of red sea bream, Pagrus major. It is generally accepted that rotifers play a pivotal role in the successful rearing of marine fish larvae.

Sediment Budgeting Studies for the Kollam Coast

The Sediment budgeting studies are done to bring out the coastal processes at work, to understand the beach-innershelf sedimentary dynamics and to assess the stability of any coastal stretch. There is a dearth of such studies as far as the Indian coast is concerned. The Chavara coast of Kollam district, Kerala, is world famous for its rich heavy mineral resources. These mineral resources are being commercially mined by the Indian Rare Earths Ltd. (IREL) and Kerala Minerals and Metals Ltd. (KMML), two Public Sector Undertakings located in the area. The impact of mining on stability of the beach has been a point of debate among the local people as well as researchers. The coastal stretch of 22km length from Neendakara to Kayamkulam which is referred to as the Chavara coast. The tidal, wind driven and continental shelf currents, there could also be the contribution of coastal trapped waves and baroclinic flow associated with the plumes of fresh water coming from the estuaries. The main objectives of the study are the hydrodynamic processes and mechanism involved in the sediment movement along the Chavara coast, Identify the different sources and sinks of beach sand along the coast, Quantify the sediment input/output into/from the coast and assess the erosion/accretion scenario of the coast.

Design and Development of an Adaptable Frame -Based System for Dravidian Language Processing

This work is aimed at building an adaptable frame-based system for processing Dravidian languages. There are about 17 languages in this family and they are spoken by the people of South India.Karaka relations are one of the most important features of Indian languages. They are the semabtuco-syntactic relations between verbs and other related constituents in a sentence. The karaka relations and surface case endings are analyzed for meaning extraction. This approach is comparable with the borad class of case based grammars.The efficiency of this approach is put into test in two applications. One is machine translation and the other is a natural language interface (NLI) for information retrieval from databases. The system mainly consists of a morphological analyzer, local word grouper, a parser for the source language and a sentence generator for the target language. This work make contributios like, it gives an elegant account of the relation between vibhakthi and karaka roles in Dravidian languages. This mapping is elegant and compact. The same basic thing also explains simple and complex sentence in these languages. This suggests that the solution is not just ad hoc but has a deeper underlying unity. This methodology could be extended to other free word order languages. Since the frame designed for meaning representation is general, they are adaptable to other languages coming in this group and to other applications.