Une nouvelle méthode smoothed particle hydrodynamics : simulation des interfaces immergées et de la dynamique Brownienne des molécules avec des interactions hydrodynamiques

Dans cette thèse, nous présentons une nouvelle méthode smoothed particle hydrodynamics (SPH) pour la résolution des équations de Navier-Stokes incompressibles, même en présence des forces singulières. Les termes de sources singulières sont traités d'une manière similaire à celle que l'on retrouve dans la méthode Immersed Boundary (IB) de Peskin (2002) ou de la méthode régularisée de Stokeslets (Cortez, 2001). Dans notre schéma numérique, nous mettons en oeuvre une méthode de projection sans pression de second ordre inspirée de Kim et Moin (1985). Ce schéma évite complètement les difficultés qui peuvent être rencontrées avec la prescription des conditions aux frontières de Neumann sur la pression. Nous présentons deux variantes de cette approche: l'une, Lagrangienne, qui est communément utilisée et l'autre, Eulerienne, car nous considérons simplement que les particules SPH sont des points de quadrature où les propriétés du fluide sont calculées, donc, ces points peuvent être laissés fixes dans le temps. Notre méthode SPH est d'abord testée à la résolution du problème de Poiseuille bidimensionnel entre deux plaques infinies et nous effectuons une analyse détaillée de l'erreur des calculs. Pour ce problème, les résultats sont similaires autant lorsque les particules SPH sont libres de se déplacer que lorsqu'elles sont fixes. Nous traitons, par ailleurs, du problème de la dynamique d'une membrane immergée dans un fluide visqueux et incompressible avec notre méthode SPH. La membrane est représentée par une spline cubique le long de laquelle la tension présente dans la membrane est calculée et transmise au fluide environnant. Les équations de Navier-Stokes, avec une force singulière issue de la membrane sont ensuite résolues pour déterminer la vitesse du fluide dans lequel est immergée la membrane. La vitesse du fluide, ainsi obtenue, est interpolée sur l'interface, afin de déterminer son déplacement. Nous discutons des avantages à maintenir les particules SPH fixes au lieu de les laisser libres de se déplacer. Nous appliquons ensuite notre méthode SPH à la simulation des écoulements confinés des solutions de polymères non dilués avec une interaction hydrodynamique et des forces d'exclusion de volume. Le point de départ de l'algorithme est le système couplé des équations de Langevin pour les polymères et le solvant (CLEPS) (voir par exemple Oono et Freed (1981) et Öttinger et Rabin (1989)) décrivant, dans le cas présent, les dynamiques microscopiques d'une solution de polymère en écoulement avec une représentation bille-ressort des macromolécules. Des tests numériques de certains écoulements dans des canaux bidimensionnels révèlent que l'utilisation de la méthode de projection d'ordre deux couplée à des points de quadrature SPH fixes conduit à un ordre de convergence de la vitesse qui est de deux et à une convergence d'ordre sensiblement égale à deux pour la pression, pourvu que la solution soit suffisamment lisse. Dans le cas des calculs à grandes échelles pour les altères et pour les chaînes de bille-ressort, un choix approprié du nombre de particules SPH en fonction du nombre des billes N permet, en l'absence des forces d'exclusion de volume, de montrer que le coût de notre algorithme est d'ordre O(N). Enfin, nous amorçons des calculs tridimensionnels avec notre modèle SPH. Dans cette optique, nous résolvons le problème de l'écoulement de Poiseuille tridimensionnel entre deux plaques parallèles infinies et le problème de l'écoulement de Poiseuille dans une conduite rectangulaire infiniment longue. De plus, nous simulons en dimension trois des écoulements confinés entre deux plaques infinies des solutions de polymères non diluées avec une interaction hydrodynamique et des forces d'exclusion de volume.

Le dépôt électronique au Canada : commentaires sur le Modèle de fournisseur de services de dépôt électronique

"Des spécialistes de la Cour suprême du Canada et de la Cour fédérale du Canada, Bill MURRAY et Gary PINDER, ont entrepris d’explorer les moyens par lesquels ces institutions pourraient prendre le virage vers l’électronique pour leurs échanges et leur gestion de l’information. Deux projets ont initialement été présentés au programme Gouvernement en direct. Ces projets ont progressivement convergés jusqu’au point de n’en former qu’un seul, celui décrit dans le « Document de travail : Modèle de fournisseur de services de dépôt électronique ». Un document, avertissent ses auteurs, qui ne vise pas l’endossement d’un modèle particulier, mais plutôt l’identification des voies par lesquelles un système cohérent de dépôt électronique pourrait être mis en place au Canada. D'emblée, quatre éléments du modèle proposé apparaissent particulièrement remarquables : il offre un cadre d’ensemble plutôt qu’un projet isolé ; il s’appuie sur l’utilisation de normes techniques, « Standard as Key Enabler » écrivent-ils ; il met à profit l’entreprise privée, un partenaire capable de trouver les marchés et de les développer ; il prévoit enfin, et ce n’est pas le moindre de ses mérites, la création d’un environnement compétitif pour le dépôt électronique. Selon nous, la voie qu’ils ont tracée peut être empruntée. Ce n’est pas dire qu’il faille accepter, tels quels, tous les éléments du projet sans examiner d’autres orientations ou poursuivre certaines réflexions. Mais, dans l’ensemble, la direction est juste et nous devrions nous y engager. Nous avons choisi de suggérer des orientations, et elles convergent presque toujours avec celles adoptées par les auteurs du document de travail. Nous ne mentionnons ici que la plus centrale d’entre elles. Le projet de mettre en place un système cohérent de dépôt électronique confirme s’il était nécessaire le besoin maintes fois ressenti d’un conseil canadien de l’information juridique. Un tel conseil pourrait mener des consultations et procéder à l’adoption des normes techniques qui manquent aujourd’hui cruellement au monde juridique canadien. Le présent projet et la réflexion qu’il nous impose nous offrent peut-être l’occasion de nous doter de cet outil qui non seulement pourrait clarifier le cadre du dépôt électronique, mais aussi d’élaborer les autres normes et lignes de conduite nécessaires à notre domaine. Il reste à inviter la magistrature à examiner attentivement le projet avancé par MURRAY et PINDER. Il esquisse une approche audacieuse et nouvelle pour que nos institutions judiciaires évoluent vers une utilisation encore plus efficiente des nouveaux moyens technologiques. L’influence et l’appui éclairé de la magistrature sont essentiels au démarrage d’un tel projet. D’autres aussi auront à examiner les mérites du modèle proposé, notamment les responsables administratifs des grandes institutions judiciaires canadiennes, nous sommes certains qu’ils sauront eux aussi reconnaître les possibilités que recèle ce projet."

A brain-computer interface for navigation in virtual reality

L'interface cerveau-ordinateur (ICO) décode les signaux électriques du cerveau requise par l’électroencéphalographie et transforme ces signaux en commande pour contrôler un appareil ou un logiciel. Un nombre limité de tâches mentales ont été détectés et classifier par différents groupes de recherche. D’autres types de contrôle, par exemple l’exécution d'un mouvement du pied, réel ou imaginaire, peut modifier les ondes cérébrales du cortex moteur. Nous avons utilisé un ICO pour déterminer si nous pouvions faire une classification entre la navigation de type marche avant et arrière, en temps réel et en temps différé, en utilisant différentes méthodes. Dix personnes en bonne santé ont participé à l’expérience sur les ICO dans un tunnel virtuel. L’expérience fut a était divisé en deux séances (48 min chaque). Chaque séance comprenait 320 essais. On a demandé au sujets d’imaginer un déplacement avant ou arrière dans le tunnel virtuel de façon aléatoire d’après une commande écrite sur l'écran. Les essais ont été menés avec feedback. Trois électrodes ont été montées sur le scalp, vis-à-vis du cortex moteur. Durant la 1re séance, la classification des deux taches (navigation avant et arrière) a été réalisée par les méthodes de puissance de bande, de représentation temporel-fréquence, des modèles autorégressifs et des rapports d’asymétrie du rythme β avec classificateurs d’analyse discriminante linéaire et SVM. Les seuils ont été calculés en temps différé pour former des signaux de contrôle qui ont été utilisés en temps réel durant la 2e séance afin d’initier, par les ondes cérébrales de l'utilisateur, le déplacement du tunnel virtuel dans le sens demandé. Après 96 min d'entrainement, la méthode « online biofeedback » de la puissance de bande a atteint une précision de classification moyenne de 76 %, et la classification en temps différé avec les rapports d’asymétrie et puissance de bande, a atteint une précision de classification d’environ 80 %.

The orphan nuclear receptor NR5A2 regulates peri-ovulatory events and their consequent luteinization in mice

Le récepteur nucléaire Nr5a2, également connu sous le nom de liver receptor homolog-1 (Lrh-1), est exprimé au niveau de l’ovaire chez la souris, exclusivement dans les cellules lutéales et de la granulosa. La perturbation de Nr5a2, spécifique aux cellules de la granulosa chez la souris à partir des follicules primaires dans la trajectoire du développement folliculaire a démontré que Nr5a2 est un régulateur clé de l’ovulation et de la fertilité chez la femelle. Notre hypothèse veut que Nr5a2 régule les évènements péri- et post-ovulatoires dans une séquence temporelle lors de la folliculogénèse. Afin d'étudier l’implication de Nr5a2 lors de l’ovulation et de la lutéinisation à différents stades du développement folliculaire, nous avons généré deux modèles de souris knockout spécifiques aux cellules de la granulosa pour Nr5a2: 1) Nr5a2Amhr2-/-, avec une réduction de Nr5a2 à partir des follicules primaires et subséquents; 2) Nr5a2Cyp19-/-, avec une réduction de Nr5a2 débutant au stade antral de développement en progressant. L’absence de Nr5a2 à partir des follicules antraux a résulté en une infertilité chez les femelles Nr5a2Cyp19-/-, de même qu’en des structures non-fonctionnelles similaires aux structures lutéales au niveau des ovaires, en une réduction des niveaux de progestérone synthétisée ainsi qu’en un échec dans le support d’une pseudo-gestation. La synthèse de progestérone a été entravée suite à l’absence de Nr5a2 par l’entremise d’une régulation à la baisse des gènes reliés au transport du cholestérol, Scarb1, StAR et Ldlr, démontré par qPCR. Les complexes cumulus-oocytes des femelles Nr5a2Cyp19-/- immatures super-stimulées ont subi une expansion in vivo, mais l’ovulation a été perturbée, possiblement par une régulation à la baisse du gène du récepteur de la progestérone (Pgr). Un essai d’expansion du cumulus in vitro a démontré une expansion défectueuse du cumulus chez les Nr5a2Amhr2-/-, associée à un dérèglement de la protéine des jonctions communicantes (Gja1; Cx43). Cependant, l’expansion du cumulus chez les Nr5a2Cyp19-/- n’a pas été autant affectée. Des résultats obtenus par qPCR ont démontré une régulation à la baisse dans l’expression des gènes Areg, Ereg, Btc et Tnfaip6 chez les deux modèles de cellules ovariennes knockout à 2h et 4h post hCG. Nous avons observé que 85% des oocytes, chez les deux génotypes mutants, peuvent subir une rupture de la vésicule germinative, confirmant leur capacité de maturation in vivo. La technique d’injection intra-cytoplasmique de spermatozoïdes a prouvé que les oocytes des deux génotypes mutants sont fertilisables et que 70% des embryons résultants ont poursuivi leur développement vers le stade de blastocyste, et ce, indépendamment du génotype. En conclusion, Nr5a2 régule la fertilité chez les femelles tout au long du processus du développement folliculaire. Il a été démontré que Nr5a2 est essentiel à la lutéinisation et que sa perturbation dans les cellules somatiques ovariennes ne compromet pas la capacité des oocytes à être fertilisés. En vue d’ensemble, nous avons fourni une investigation inédite et complète, utilisant de multiples modèles et techniques afin de déterminer les mécanismes par lesquels Nr5a2 régule les importants processus que sont l’expansion du cumulus, l’ovulation ainsi que la formation du corps jaune.

La comparaison entre les ressortissants travailleurs turcs et les citoyens de l'UE concernant leur protection contre l'expulsion de l'Union Européenne.

Dans l’Union européenne, certaines catégories d’immigrants font l’objet d’une protection renforcée contre l’expulsion. Cette protection contre l’expulsion s’acquiert notamment après avoir résidé de manière continue et pour une longue durée dans un État membre de l’Union européenne, de sorte que son intégration y soit forte. Qu’est ce que la notion de protection renforcée contre l’expulsion signifie exactement? Nous examinerons le droit de l’UE, en comparant le droit à la libre circulation des ressortissants européens et des travailleurs turcs, et l’étendue de leur protection respective contre l’expulsion. Est-elle la même ? Pour répondre à cette question, nous verrons le droit applicable à chacune de ces catégories de citoyens, notamment la Directive 2004/38/CE du Parlement européen et du Conseil, du 29 avril 2004, relative au droit des citoyens de l’Union et des membres de leurs familles de circuler et de séjourner librement sur le territoire des États membres, le droit d’association UE/Turquie ainsi que la Directive 2003/109/CE du Conseil du 25 novembre 2003 relative au statut des ressortissants de pays tiers résidents de longue durée. Cette protection diffère selon la citoyenneté des individus. Ainsi, la protection des ressortissants turcs est moindre que celle des ressortissants européens. Toutefois, la CJUE a joué un rôle proactif dans l’interprétation des droits à la libre circulation des travailleurs turcs, en interprétant le droit d’association Turquie/UE par analogie avec celui applicable aux citoyens européens. Dans les litiges relatifs à la protection contre l’expulsion, les travailleurs turcs se sont également vu reconnaître une protection semblable à celle des ressortissants européens par la CJUE. La Convention européenne des droits de l’homme est un autre instrument qui vient protéger les résidants de l’Europe contre une violation de leurs droits fondamentaux que pourrait entraîner une expulsion du territoire. Face à cet activisme judiciaire, on est en mesure de se demander dans quelle mesure les ressortissants travailleurs turcs et européens jouissent d’une protection différente contre l’expulsion.

Adaptation de la phase de planification et d’initiation du mouvement d’atteinte visuellement guidé à différentes dissociations visuomotrices.

L’hypothèse générale de ce projet soutient que le système moteur doit performer des transformations sensorimotrices afin de convertir les entrées sensorielles, concernant la position de la cible à atteindre, en commande motrice, afin de produire un mouvement du bras et de la main vers la cible à atteindre. Ce type de conversion doit être fait autant au niveau de la planification du mouvement que pour une éventuelle correction d’erreur de planification ou d’un changement inopiné de la position de la cible. La question de recherche du présent mémoire porte sur le ou les mécanismes, circuits neuronaux, impliqués dans ce type de transformation. Y a-t-il un seul circuit neuronal qui produit l’ensemble des transformations visuomotrices entre les entrées sensorielles et les sorties motrices, avant l’initiation du mouvement et la correction en temps réel du mouvement, lorsqu’une erreur ou un changement inattendu survient suite à l’initiation, ou sont-ils minimalement partiellement indépendants sur le plan fonctionnel? L’hypothèse de travail suppose qu’il n’y ait qu’un seul circuit responsable des transformations sensorimotrices, alors l’analyse des résultats obtenus par les participants devrait démontrer des changements identiques dans la performance pendant la phase de planification du mouvement d’atteinte et la phase de correction en temps réel après l’adaptation à des dissociations sensorimotrices arbitraires. L’approche expérimentale : Dans la perspective d’examiner cette question et vérifier notre hypothèse, nous avons jumelé deux paradigmes expérimentaux. En effet, les mouvements d’atteinte étaient soumis à une dissociation visuomotrice ainsi qu’à de rares essais composés de saut de cible. L’utilisation de dissociation visuomotrice permettait d’évaluer le degré d’adaptation des mécanismes impliqués dans le mouvement atteint. Les sauts de cible avaient l’avantage de permettre d’examiner la capacité d’adaptation à une dissociation visuomotrice des mécanismes impliqués dans la correction du mouvement (miroir : sur l’axe y, ou complète : inversion sur les axes x et y). Les résultats obtenus lors des analyses effectuées dans ce mémoire portent exclusivement sur l’habileté des participants à s’adapter aux deux dissociations visuomotrices à la première phase de planification du mouvement. Les résultats suggèrent que les mécanismes de planification du mouvement possèdent une grande capacité d’adaptation aux deux différentes dissociations visuomotrices. Les conclusions liées aux analyses présentées dans ce mémoire suggèrent que les mécanismes impliqués dans la phase de planification et d’initiation du mouvement parviennent relativement bien à s’adapter aux dissociations visuomotrices, miroir et inverse. Bien que les résultats démontrent une certaine distinction, entre les deux groupes à l’étude, quant aux délais nécessaires à cette adaptation, ils illustrent aussi un taux d’adaptation finale relativement similaire. L’analyse des réponses aux sauts de cible pourra être comparée aux résultats présentés dans ce mémoire afin de répondre à l’hypothèse de travail proposée par l’objectif initial de l’étude.

Onze femmes inuit à Montréal : comprendre leur expérience d'itinérance et de sortie de rue

La présente étude a pour objectif de comprendre l’expérience d’itinérance des femmes inuit du Nunavik installées à Montréal dans les trois phases de leurs trajectoires, soit le prédéplacement, le déplacement et le postdéplacement. Le cadre d’analyse privilégié est celui de l’approche intersectionnelle, car il invite à reconnaître la pluralité des composantes identitaires qui s’entrecroisent de façon unique dans l’expérience personnelle et collective, et amènent les femmes à cumuler les sources de vulnérabilité. Cette approche privilégie l’étude du point de vue des femmes marginalisées en leur laissant la parole, ce qui a été fait grâce à la méthode des récits de vie. L’échantillon a été construit sur la base de deux groupes afin d’explorer l’expérience d’itinérance incluant la sortie : cinq participantes étaient itinérantes et six autres se disaient sorties de la rue au moment des entretiens. Cette recherche a été développée en collaboration avec une interprète culturelle et linguistique. Les données proviennent d’observations, d’une informatrice-clé et de vingt-et-une entrevues. Dix des onze participantes ont été rencontrées à deux reprises. Après une première entrevue non directive, le récit de vie de chacune a fait l’objet d’une analyse thématique et a été recomposé sous forme de trajectoire résumée graphiquement. La seconde entrevue démarrait par la présentation de cette trajectoire résumée pour inviter les femmes à participer à une validation des données en plus d’enrichir leur récit. Les résultats confirment certains résultats d’études tout en apportant des éléments nouveaux. Par exemple, le handicap, conjugué au genre, expose particulièrement les femmes inuit à la violence communautaire et interpersonnelle au Nunavik. Les commérages, perçus comme abusifs et oppressants par les femmes, font partie d’une intense violence communautaire au Nord et motivent le déplacement de celles-ci vers Montréal. Avec la récente sédentarisation, la vie en grande proximité exacerbe l’importance des commérages. Quant à la sortie de rue, elle est particulière aux femmes inuit : le copain détient un pouvoir d’inflexion de leurs trajectoires d’itinérance. Les femmes conçoivent le copain comme une clé culturelle leur donnant accès au système de logement puisqu’il connaît les rouages culturels et structurels de la vie à Montréal.

Systématique et biogéographie du groupe Caesalpinia (famille Leguminosae)

Parmi les lignées des Caesalpinioideae (dans la famille des Leguminosae), l’un des groupes importants au sein duquel les relations phylogénétiques demeurent nébuleuses est le « groupe Caesalpinia », un clade de plus de 205 espèces, réparties présentement entre 14 à 21 genres. La complexité taxonomique du groupe Caesalpinia provient du fait qu’on n’arrive pas à résoudre les questions de délimitations génériques de Caesalpinia sensu lato (s.l.), un regroupement de 150 espèces qui sont provisoirement classées en huit genres. Afin d’arriver à une classification générique stable, des analyses phylogénétiques de cinq loci chloroplastiques et de la région nucléaire ITS ont été effectuées sur une matrice comportant un échantillonnage taxonomique du groupe sans précédent (~84% des espèces du groupe) et couvrant la quasi-totalité de la variation morphologique et géographique du groupe Caesalpinia. Ces analyses ont permis de déterminer que plusieurs genres du groupe Caesalpinia, tels que présentement définis, sont polyphylétiques ou paraphylétiques. Nous considérons que 26 clades bien résolus représentent des genres, et une nouvelle classification générique du groupe Caesalpinia est proposée : elle inclut une clé des genres, une description des 26 genres et des espèces acceptées au sein de ces groupes. Cette nouvelle classification maintient l’inclusion de douze genres (Balsamocarpon, Cordeauxia, Guilandina, Haematoxylum, Hoffmanseggia, Lophocarpinia, Mezoneuron, Pomaria, Pterolobium, Stenodrepanum, Stuhlmannia, Zuccagnia) et en abolit deux (Stahlia et Poincianella). Elle propose aussi de réinstaurer deux genres (Biancaea et Denisophytum), de reconnaître cinq nouveaux genres (Arquita, Gelrebia, Hererolandia, Hultholia et Paubrasilia), et d’amender la description de sept genres (Caesalpinia, Cenostigma, Coulteria, Erythrostemon, Libidibia, Moullava, Tara). Les résultats indiquent qu’il y aurait possiblement aussi une 27e lignée qui correspondrait au genre Ticanto, mais un échantillonage taxonomique plus important serait nécéssaire pour éclaircir ce problème. Les espèces du groupe Caesalpinia ont une répartition pantropicale qui correspond presque parfaitement aux aires du biome succulent, mais se retrouvent aussi dans les déserts, les prairies, les savanes et les forêts tropicales humides. À l’échelle planétaire, le biome succulent consiste en une série d’habitats arides ou semi-arides hautement fragmentés et caractérisés par l’absence de feu, et abrite souvent des espèces végétales grasses, comme les Cactacées dans les néo-tropiques et les Euphorbiacées en Afrique. L’histoire biogéographique du groupe Caesalpinia a été reconstruite afin de mieux comprendre l’évolution de la flore au sein de ce biome succulent. Ce portrait biogéographique a été obtenu grâce à des analyses de datations moléculaires et des changements de taux de diversification, à une reconstruction des aires ancestrales utilisant le modèle de dispersion-extinction-cladogenèse, et à la reconstruction de l’évolution des biomes et du port des plantes sur la phylogénie du groupe Caesalpinia. Ces analyses démontrent que les disjonctions trans-continentales entre espèces sœurs qui appartiennent au même biome sont plus fréquentes que le nombre total de changements de biomes à travers la phylogénie, suggérant qu’il y a une forte conservation de niches, et qu’il est plus facile de bouger que de changer et d’évoluer au sein d’un biome différent. Par ailleurs, contrairement à nos hypothèses initiales, aucun changement de taux de diversification n’est détecté dans la phylogénie, même lorsque les espèces évoluent dans des biomes différents ou qu’il y a changement de port de la plante, et qu’elle se transforme, par exemple, en liane ou herbacée. Nous suggérons que même lorsqu’ils habitent des biomes très différents, tels que les savanes ou les forêts tropicales humides, les membres du groupe Caesalpinia se retrouvent néanmoins dans des conditions écologiques locales qui rappellent celles du biome succulent. Finalement, bien que la diversité des espèces du biome succulent ne se compare pas à celle retrouvée dans les forêts tropicales humides, ce milieu se distingue par un haut taux d’espèces endémiques, réparties dans des aires disjointes. Cette diversité spécifique est probablement sous-estimée et mérite d’être évaluée attentivement, comme en témoigne la découverte de plusieurs nouvelles espèces d’arbres et arbustes de légumineuses dans la dernière décennie. Le dernier objectif de cette thèse consiste à examiner les limites au niveau spécifique du complexe C. trichocarpa, un arbuste des Andes ayant une population disjointe au Pérou qui représente potentiellement une nouvelle espèce. Des analyses morphologiques et moléculaires sur les populations présentes à travers les Andes permettent de conclure que les populations au Pérou représentent une nouvelle espèce, qui est génétiquement distincte et comporte des caractéristiques morphologiques subtiles permettant de la distinguer des populations retrouvées en Argentine et en Bolivie. Nous décrivons cette nouvelle espèce, Arquita grandiflora, dans le cadre d’une révision taxonomique du genre Arquita, un clade de cinq espèces retrouvées exclusivement dans les vallées andines.

Identification des résidus essentiels à l’interaction du récepteur CXCR7 avec ses ligands SDF-1 et ITAC

Les chimiokines sont des petites protéines secrétées dont la fonction principale est la stimulation de la migration de cellules immunitaires vers différents organes et tissus. Elles sont souvent impliquées lors des maladies inflammatoires, auto-immunes et des cancers. Ainsi, les chimiokines et leurs récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) sont la cible pharmacologique de plusieurs molécules, actuellement testées en essais cliniques. Nous avons pris comme modèle, lors de notre étude, le récepteur atypique CXCR7. Ce récepteur est dit atypique, car il ne signalise pas via la voie classique des protéines G, mais plutôt via la voie de la β-arrestine. CXCR7 est impliqué dans de nombreux cancers, favorise la progression métastatique et est un co-récepteur pour le virus de l’immunodéficience humaine (VIH). Cependant, aucune donnée sur son mode de liaison avec ses ligands CXCL11/ITAC et CXCL12/SDF-1 n’existe à date. Nous pensons que cette information est essentielle pour le développement efficace d’agonistes et d’antagonistes, et nous nous sommes intéressés à identifier les résidus essentiels à la liaison des deux ligands de CXCR7 et à son activation par ces derniers. Pour cela, nous avons créé une série de mutants par substitution ou délétion d’acides aminés de la partie N-terminale, des boucles extracellulaires et des domaines transmembranaires du récepteur. Nous avons testé leur marquage en surface cellulaire par cytométrie en flux, leur liaison des deux ligands par expériences de radio-liaison, et leur capacité à recruter la β-arrestine en réponse aux ligands par essais BRET. Les résultats obtenus ont permis d’identifier des résidus importants à l’interaction des systèmes CXCR7/SDF-1 et CXCR7-ITAC et suggèrent des modes de liaison à CXCR7 différents entre ITAC et SDF-1. Tout comme la liaison d’ITAC à son autre récepteur CXCR3, sa liaison à CXCR7 suivrait le mode conventionnel de liaison en deux étapes des récepteurs de chimiokines. Cependant, la liaison de SDF-1 à CXCR7 suivrait un autre mode de liaison, contrairement à sa liaison à son autre récepteur, CXCR4.

Vers une autre temporalité de la "parthénos" : entre mythe, littérature et disciplines du corps

Cette thèse trace la généalogie culturelle de la jeune fille en Occident en ciblant les moments charnières de son devenir femme au sein de structures de savoir qui ont activement participé à forger cette figure hétéronormative. Mon objectif est de produire une analyse culturelle en forgeant une cartographie des adolescences au féminin. Afin de sortir de la temporalité téléologique de la virginité et de la défloration, j’emprunte un mot étranger, parthénos, qui fait appel à l’idée de la jeune fille, sans nécessairement se limiter à ses connotations conventionnelles. La première partie, intitulée « La virginité, une affaire de jeunes filles », laisse place à une analyse du concept de parthénos à partir d’une lecture au carrefour de la médecine, de la loi et du mythe. Une lecture du traité hippocratique De la maladie des jeunes filles dévoile comment la défloration et la grossesse deviennent une cure érotique, une discipline du corps, qui décide du passage de la jeune fille dans une temporalité utile à la Cité. Un déplacement paradigmatique s’opère au 19e siècle dans les écrits médico-légaux, parce que l’hymen, auparavant inexistant dans la doxa hippocratique, devient le signe matériel par excellence pour examiner le statut de virginité de la fille. L’analyse de ces traités (frères Beck, Ambroise Tardieu, Paulier et Hétet) révèle la configuration de pratiques et de discours d’infantilisation des victimes de viol, et le refus des médecins légistes de reconnaître qu’une femme mariée puisse être violée. À partir d’une lecture contemporaine des tragédies L’Orestie d’Eschyle et Antigone de Sophocle, je montre que les figures d’Antigone et d’Électre constituent des exemples et des symboles convaincants de ce destin funeste de la parthénos qui n’accède jamais au statut de femme mariée. À ces figures mortelles, se télescopent les figures d’Artémis et des Érinyes pour montrer le potentiel de régénération inhérent à la figure de la parthénos. La deuxième partie, qui porte le titre « Le liminaire. Repenser les devenirs de l’adolescence », engage une réflexion à la lisière du contexte contemporain des Girlhood Studies, de la psychanalyse sociale et des études féministes sur le corps et le sexe, pour faciliter le déploiement d’une cartographie plus contextualisée du concept de parthénos. Je montre ici les écueils et les effets du danger qu’engendre la rationalité économique (cf. Henry A. Giroux) pour les espaces de liberté et d’exploration propres à l’adolescence. Cette posture est appuyée sur une lecture des récentes études en psychanalyse sociale (Anne Bourgain, Olivier Douville et Edmond Ortigues). Il est ainsi question d’identifier ce qui marque le passage entre l’adolescence et l’âge adulte : la crainte de la disparition et le fantasme de la naissance de soi. La théorie de la volatilité corporelle qu’élabore Elizabeth Grosz à propos de la sexualité féminine, ainsi que les théories de Michel Foucault, reprises par Judith Butler, en ce qui concerne les disciplines du corps, répondent à mon objectif de sortir de l’écueil d’une temporalité téléologique pour saisir les effets et les ramifications du discours sur la matérialité du corps de la jeune fille, sur ce qui lui arrive lorsqu’elle ne correspond pas tout à fait à l’idéal de régulation. Enfin, la dernière partie, qui porte le titre « Temporalités de la parthénos en tant que sujet liminaire », est traversée par les modalités particulières de la parthénia qui semble désincarnée dans la littérature contemporaine. L’objectif est de prouver que la virginité est toujours un marqueur symbolique qui déploie le destin de la fille dans un horizon particulier, trop souvent celui de la disparition. En proposant un éventail de cinq textes littéraires que j’inscris au sein d’une posture généalogique, je souhaite voir dans la littérature contemporaine, une volonté, parfois aussi un échec, dans cette pensée de la parthénos en tant que sujet liminaire. Le récit Vu du ciel de Christine Angot montre que l’ascension vers le statut d’ange concerne seulement les victimes enfants. Le récit d’Angot met donc en lumière la distinction entre la vraie victime, toujours innocente et pré-pubère, et la fausse victime, l’adolescente. Contrairement à Vu du ciel, The Lovely Bones d’Alice Sebold met en scène la possibilité d’une communauté politique de filles qui sera en fait limitée par le refus du potentiel lesbien. La question du viol sera ici centrale et sera abordée à partir de l’insistance sur la voix de la narratrice Susan. La littérature devient un espace propice à la survie de la jeune fille, puisqu’elle admet la reprise de l’expérience de la première relation sexuelle. Si la communauté est convoquée dans The Lovely Bones, elle est associée à l’image de l’identité sororale dans le roman Virgin Suicides de Jeffrey Eugenides. La pathologie virale et la beauté virginale que construit le narrateur polyphonique et anonyme font exister le discours médical sur la maladie des vierges dans un contexte contemporain. Le récit médical rejoint alors le récit érotique puisque le narrateur devient médecin, détective et voyeur. À la différence de ces trois récits, Drames de princesses d’Elfriede Jelinek montre une parthénos, Blanche Neige, qui fait face à son agresseur pour s’inscrire dans une historicité discursive. Cette collision dialogique ranime le cycle tragique (celui d’une Antigone confrontant Créon) et traduit de nouveau le danger d’une superstructure sociétale composée d’images et de discours où la fille est construite comme un accessoire pour le plaisir éphémère de l’homme. À l’inverse de l’image de la vierge sacrée et désincarnée que proposent les récits d’Angot, de Sebold, d’Eugenides et de Jelinek, Virginie Despentes offre une autre réflexion dans Apocalypse bébé. Le personnage de Valentine est configuré comme une sœur des parthénoi qui préfère le suicide et la terreur à la domestication, faisant ainsi appel à une temporalité radicale et inachevable, celle de la fin de la jeune fille. Mon souhait est enfin de souligner la nécessité de penser au mérite autant épistémologique, intime que politique, d’explorer le temps des éclosions sexuelles de la fille par delà l’idée de la première relation sexuelle.

TRANSHUMANCES, suivi de I ended up being my own trout (jeux de fragments avec Éric Plamondon)

Ce mémoire en recherche-création s’intéresse à la quête identitaire, et / ou au désir de tracer son propre chemin en réinterprétant les événements du passé. Le roman TRANSHUMANCES raconte le pèlerinage d’Alice sur la via Podiensis, qui relie la commune du Puy-en-Velay en France, à Santiago de Compostela en Espagne. Elle marche. Elle marche pour oublier, pour enterrer ses morts, pour avancer, ailleurs. Elle marche et fait de nombreuses rencontres. Par la conversation et la contemplation, elle tente d’apaiser les maux qui la rongent. Elle marche et apprivoise ce chemin mythique, mystique, cette route qui mène le croyant à la rencontre de Dieu et qui pousse l’impie à la rencontre de lui-même. Alice fait la connaissance de John. Ils se racontent des blagues et des secrets, partagent repas et larmes, deviennent frères d’ampoules et rentrent à la maison, changés. L’essai I ended up being my own trout (jeux de fragments avec Éric Plamondon) explore quant à lui à l’écriture fragmentaire, en s’intéressant particulièrement aux effets qu’opèrent les fragments sur la lecture. Éric Plamondon, avec sa trilogie 1984, utilise la forme fragmentaire afin de jouer avec le lecteur : il le fait douter de ses certitudes et le guide vers une vision manipulée de l’Histoire. Le lecteur est alors confronté à la pluralité des interprétations et doit s’imposer comme auteur de sa propre lecture.

Analytical Investigations 0n Collapse of Cylindrical Submarine Shells

Submarine hull structure is a watertight envelope, under hydrostatic pressure when in operation. Stiffened cylindrical shells constitute the major portion of these submarine hulls and these thin shells under compression are susceptible to buckling failure. Normally loss of stability occurs at the limit point rather than at the bifurcation point and the stability analysis has to consider the change in geometry at each load step. Hence geometric nonlinear analysis of the shell forms becomes. a necessity. External hydrostatic pressure will follow the deformed configuration of the shell and hence follower force effect has to be accounted for. Computer codes have been developed based on all-cubic axisymmetric cylindrical shell finite element and discrete ring stiffener element for linear elastic, linear buckling and geometric nonIinear analysis of stiffened cylindrical shells. These analysis programs have the capability to treat hydrostatic pressure as a radial load and as a follower force. Analytical investigations are carried out on two attack submarine cylindrical hull models besides standard benchmark problems. In each case, the analysis has been carried out for interstiffener, interdeepframe and interbulkhead configurations. The shell stiffener attachment in each of this configuration has been represented by the simply supported-simply supported, clamped-clamped and fixed-fixed boundary conditions in this study. The results of the analytical investigations have been discussed and the observations and conclusions are described. Rotation restraint at the ends is influential for interstiffener and interbulkhead configurations and the significance of axial restraint becomes predominant in the interbulkhead configuration. The follower force effect of hydrostatic pressure is not significant in interstiffener and interdeepframe configurations where as it has very high detrimental effect on buckling pressure on interbulkhead configuration. The geometric nonlinear interbulkhead analysis incorporating follower force effect gives the critical value of buckling pressure and this analysis is recommended for the determination of collapse pressure of stiffened cylindrical submarine shells.

Transition metal complexes of some bis(thiosemicarbazones) derived from 2,6-diacetylpyridine and N4-substituted thiosemicarbazides:Synthesis, spectral and structural studies

Coordination chemistry of pentadentate 2,6-diacetylpyridine bis(thiosemicarbazone) Schiff base ligands has been intensively studied due to the versatility of the molecular chain in order to obtain very different geometries as well as their broad therapeutic activity. Metal complexes of thiosemicarbazone with aldehydes and ketones have been widely reported. But there have been fewer reports on potential pentadentate bis(thiosemicarbazones) formed from 2,6-diacetylpyridine. Keeping these in view, we have synthesized four bis(thiosemicarbazone) systems with 2,6-diacetylpyridine. In the present work, the chelating behavior of bis(thiosemicarbazones) are studied, with the aim of investigating the influence of coordination exerts on their conformation and or configuration, in connection with the nature of the metal and of the counter ion. The selection of the 2,6-diacetylpyridine as the ketonic part was based on its capability to form polynuclear complexes with different coordination number. The doubled armed bis(thiosemicarbazones) can coordinate to a metal centre as dianionic ligand by losing its amide protons or it can coordinate as monoanionic ligand by losing its amide proton from one of the thiosemicarbazone moiety or it can also be coordinate as neutral ligand. Hence it is interesting to explore the coordinating capabilities of these ligands whether in neutral form or anionic form and to study the structural variations occurring in the ligands during complexation such as change in conformation.

Mean Squared Residue Based Biclustering Algorithms for the Analysis of Gene Expression Data

Computational Biology is the research are that contributes to the analysis of biological data through the development of algorithms which will address significant research problems.The data from molecular biology includes DNA,RNA ,Protein and Gene expression data.Gene Expression Data provides the expression level of genes under different conditions.Gene expression is the process of transcribing the DNA sequence of a gene into mRNA sequences which in turn are later translated into proteins.The number of copies of mRNA produced is called the expression level of a gene.Gene expression data is organized in the form of a matrix. Rows in the matrix represent genes and columns in the matrix represent experimental conditions.Experimental conditions can be different tissue types or time points.Entries in the gene expression matrix are real values.Through the analysis of gene expression data it is possible to determine the behavioral patterns of genes such as similarity of their behavior,nature of their interaction,their respective contribution to the same pathways and so on. Similar expression patterns are exhibited by the genes participating in the same biological process.These patterns have immense relevance and application in bioinformatics and clinical research.Theses patterns are used in the medical domain for aid in more accurate diagnosis,prognosis,treatment planning.drug discovery and protein network analysis.To identify various patterns from gene expression data,data mining techniques are essential.Clustering is an important data mining technique for the analysis of gene expression data.To overcome the problems associated with clustering,biclustering is introduced.Biclustering refers to simultaneous clustering of both rows and columns of a data matrix. Clustering is a global whereas biclustering is a local model.Discovering local expression patterns is essential for identfying many genetic pathways that are not apparent otherwise.It is therefore necessary to move beyond the clustering paradigm towards developing approaches which are capable of discovering local patterns in gene expression data.A biclusters is a submatrix of the gene expression data matrix.The rows and columns in the submatrix need not be contiguous as in the gene expression data matrix.Biclusters are not disjoint.Computation of biclusters is costly because one will have to consider all the combinations of columans and rows in order to find out all the biclusters.The search space for the biclustering problem is 2 m+n where m and n are the number of genes and conditions respectively.Usually m+n is more than 3000.The biclustering problem is NP-hard.Biclustering is a powerful analytical tool for the biologist.The research reported in this thesis addresses the problem of biclustering.Ten algorithms are developed for the identification of coherent biclusters from gene expression data.All these algorithms are making use of a measure called mean squared residue to search for biclusters.The objective here is to identify the biclusters of maximum size with the mean squared residue lower than a given threshold. All these algorithms begin the search from tightly coregulated submatrices called the seeds.These seeds are generated by K-Means clustering algorithm.The algorithms developed can be classified as constraint based,greedy and metaheuristic.Constarint based algorithms uses one or more of the various constaints namely the MSR threshold and the MSR difference threshold.The greedy approach makes a locally optimal choice at each stage with the objective of finding the global optimum.In metaheuristic approaches particle Swarm Optimization(PSO) and variants of Greedy Randomized Adaptive Search Procedure(GRASP) are used for the identification of biclusters.These algorithms are implemented on the Yeast and Lymphoma datasets.Biologically relevant and statistically significant biclusters are identified by all these algorithms which are validated by Gene Ontology database.All these algorithms are compared with some other biclustering algorithms.Algorithms developed in this work overcome some of the problems associated with the already existing algorithms.With the help of some of the algorithms which are developed in this work biclusters with very high row variance,which is higher than the row variance of any other algorithm using mean squared residue, are identified from both Yeast and Lymphoma data sets.Such biclusters which make significant change in the expression level are highly relevant biologically.

Distribution, diversity and biology of deep-sea fishes in the Indian EEZ

This thesis Entitled distribution ,diversity and biology of deep-sea fishes the indian Eez.Fishing rights and responsibilities it entails in the deep-sea sector has been a vexed issue since the mid-nineties and various stakeholders have different opinion on the modalities of harnessing the marine fisheries wealth, especially from the oceanic and deeper waters. The exploitation and utilization of these esources requires technology development and upgradation in harvest and post-harvest areas; besides shore infrastructure for berthing, handling, storing and processing facilities. At present, although deep-sea fishes don’t have any ready market in our country it can be converted into value added products. Many problems have so far confronted the deep-sea fishing sector not allowing it to reach its full potential. Hence, there should be a sound deep-sea fishing policy revolving round the upgradation of the capabilities of small scale fishermen, who have the inherent skills but do not have adequate support to develop themselves and to acquire vessels having the capability to operate in farther and deeper waters. Prospects for the commercial exploitation and utilization of deep-sea fishes were analyzed using SWOL analysis.