Molecular mechanisms for a switch-like mating decision in Saccharomyces cerevisiae

Les changements évolutifs nous instruisent sur les nombreuses innovations permettant à chaque organisme de maximiser ses aptitudes en choisissant le partenaire approprié, telles que les caractéristiques sexuelles secondaires, les patrons comportementaux, les attractifs chimiques et les mécanismes sensoriels y répondant. L'haploïde de la levure Saccharomyces cerevisiae distingue son partenaire en interprétant le gradient de la concentration d'une phéromone sécrétée par les partenaires potentiels grâce à un réseau de protéines signalétiques de type kinase activées par la mitose (MAPK). La décision de la liaison sexuelle chez la levure est un événement en "tout–ourien", à la manière d'un interrupteur. Les cellules haploïdes choisissent leur partenaire sexuel en fonction de la concentration de phéromones qu’il produit. Seul le partenaire à proximité sécrétant des concentrations de phéromones égales ou supérieures à une concentration critique est retenu. Les faibles signaux de phéromones sont attribués à des partenaires pouvant mener à des accouplements infructueux. Notre compréhension du mécanisme moléculaire contrôlant cet interrupteur de la décision d'accouplement reste encore mince. Dans le cadre de la présente thèse, je démontre que le mécanisme de décision de la liaison sexuelle provient de la compétition pour le contrôle de l'état de phosphorylation de quatre sites sur la protéine d'échafaudage Ste5, entre la MAPK, Fus3, et la phosphatase,Ptc1. Cette compétition résulte en la dissociation de type « intérupteur » entre Fus3 et Ste5, nécessaire à la prise de décision d'accouplement en "tout-ou-rien". Ainsi, la décision de la liaison sexuelle s'effectue à une étape précoce de la voie de réponse aux phéromones et se produit rapidement, peut-être dans le but de prévenir la perte d’un partenaire potentiel. Nous argumentons que l'architecture du circuit Fus3-Ste5-Ptc1 génère un mécanisme inédit d'ultrasensibilité, ressemblant à "l'ultrasensibilité d'ordre zéro", qui résiste aux variations de concentration de ces protéines. Cette robustesse assure que l'accouplement puisse se produire en dépit de la stochasticité cellulaire ou de variations génétiques entre individus.Je démontre, par la suite, qu'un évènement précoce en réponse aux signaux extracellulaires recrutant Ste5 à la membrane plasmique est également ultrasensible à l'augmentation de la concentration de phéromones et que cette ultrasensibilité est engendrée par la déphosphorylation de huit phosphosites en N-terminal sur Ste5 par la phosphatase Ptc1 lorsqu'elle est associée à Ste5 via la protéine polarisante, Bem1. L'interférence dans ce mécanisme provoque une perte de l'ultrasensibilité et réduit, du même coup, l'amplitude et la fidélité de la voie de réponse aux phéromones à la stimulation. Ces changements se reflètent en une réduction de la fidélité et de la précision de la morphologie attribuable à la réponse d'accouplement. La polarisation dans l'assemblage du complexe protéique à la surface de la membrane plasmique est un thème général persistant dans tous les organismes, de la bactérie à l'humain. Un tel complexe est en mesure d'accroître l'efficacité, la fidélité et la spécificité de la transmission du signal. L'ensemble de nos découvertes démontre que l'ultrasensibilité, la précision et la robustesse de la réponse aux phéromones découlent de la régulation de la phosphorylation stoichiométrique de deux groupes de phosphosites sur Ste5, par la phosphatase Ptc1, un groupe effectuant le recrutement ultrasensible de Ste5 à la membrane et un autre incitant la dissociation et l'activation ultrasensible de la MAPK terminal Fus3. Le rôle modulateur de Ste5 dans la décision de la destinée cellulaire étend le répertoire fonctionnel des protéines d'échafaudage bien au-delà de l'accessoire dans la spécificité et l'efficacité des traitements de l'information. La régulation de la dynamique des caractères signal-réponse à travers une telle régulation modulaire des groupes de phosphosites sur des protéines d'échafaudage combinées à l'assemblage à la membrane peut être un moyen général par lequel la polarisation du destin cellulaire est obtenue. Des mécanismes similaires peuvent contrôler les décisions cellulaires dans les organismes complexes et peuvent être compromis dans des dérèglements cellulaires, tel que le cancer. Finalement, sur un thème relié, je présente la découverte d'un nouveau mécanisme où le seuil de la concentration de phéromones est contrôlé par une voie sensorielle de nutriments, ajustant, de cette manière, le point prédéterminé dans lequel la quantité et la qualité des nutriments accessibles dans l'environnement déterminent le seuil à partir duquel la levure s'accouple. La sous-unité régulatrice de la kinase à protéine A (PKA),Bcy1, une composante clé du réseau signalétique du senseur aux nutriments, interagit directement avec la sous-unité α des petites protéines G, Gpa1, le premier effecteur dans le réseau de réponse aux phéromones. L'interaction Bcy1-Gpa1 est accrue lorsque la cellule croit en présence d'un sucre idéal, le glucose, diminuant la concentration seuil auquel la décision d'accouplement est activée. Compromettre l'interaction Bcy1-Gpa1 ou inactiver Bcy1 accroît la concentration seuil nécessaire à une réponse aux phéromones. Nous argumentons qu'en ajustant leur sensibilité, les levures peuvent intégrer le stimulus provenant des phéromones au niveau du glucose extracellulaire, priorisant la décision de survie dans un milieu pauvre ou continuer leur cycle sexuel en choisissant un accouplement.

Caractérisation de l’infection naturelle à Cryptosporidium spp. chez le chien et le chat vus en établissement vétérinaire

Cryptosporidium spp. est un protozoaire parasite du système gastro-intestinal largement répandu chez les vertébrés et causant la cryptosporidiose, une zoonose occasionnant des troubles digestifs sévères pouvant entrainer la mort chez les individus immunodéficients. Au Canada, la déclaration de cette maladie est obligatoire depuis l’an 2000. Ainsi, il est pertinent de mieux comprendre l’infection chez les animaux de compagnie, puisqu’ils sont potentiellement un réservoir du parasite. Durant l’année 2008, des échantillons fécaux provenant de 1 202 chats (n = 371) et chiens (n = 831) de la province du Québec ont été analysés par comptage des ookystes de Cryptosporidium spp. au moyen de la technique de centrifugation en solution de sulfate de zinc. Dans cette étude,la prévalence de Cryptosporidium spp. chez les chats (28/371 : 7,55 %) et chez les chiens(88/831 : 10,59 %) de compagnie confirme leur potentiel en tant que réservoir du parasite. Au Québec, de par leur nombre, les chats sont potentiellement un réservoir zoonotique du parasite plus important que celui des chiens, bien qu’il n’existe pas de différence significative entre la prévalence du parasite chez le chat et le chien pour l’année 2008. L’âge (p = 0,0001) et l’infection concomitante par Giardia spp. (p = 0,0001) se sont avérés être des facteurs associés avec la présence de Cryptosporidium spp. chez le chien. Parmi l’ensemble des variables testées chez le chat (l’âge, le sexe, la saison et l’infection concomitante par Giardia spp.), aucune n’a été associée de manière significative à la présence du parasite chez le chat. Ceci peut être dû au nombre limité d’individus testés pour cette espèce. Un suivi de l’excrétion des ookystes de Cryptosporidium spp. chez deux chats suggère que l’excrétion des ookystes peut se faire sur une période de sept mois et que le taux d’excrétion varie dans le temps. Le diagnostic moléculaire des espèces et génotypes de Cryptosporidium spp. isolés à partir des échantillons de matières fécales devait être réalisé par la technique de PCR emboîtée des fragments des gènes ARNr 18S et HSP70 et du séquençage des produits de PCR. Aucun résultat positif n’a toutefois été obtenu. Afin d’augmenter la puissance statistique des analyses épidémiologiques sur la prévalence de Cryptosporidium spp., il serait nécessaire à l’avenir de travailler sur un nombre d’animaux beaucoup plus important.

Analyse du lien séquentiel entre les comportements d'anxiété et d'évitement lors d'interactions parent-enfant

Les troubles anxieux figurent parmi les psychopathologies les plus fréquentes chez les enfants. Ils peuvent avoir de graves répercussions sur leur développement et, à long terme, ils tendent à persister ainsi qu’à s’aggraver. L’évitement est un moyen souvent utilisé par les personnes anxieuses, adultes ou enfants, afin de tenter d’échapper à l'objet de leur peur et ainsi faire diminuer leur niveau d’anxiété. Les schémas cognitifs dysfonctionnels reliés à l’anxiété, et à l’origine de l’évitement, se développent tôt chez l’enfant et sont en partie reliés aux interactions parent-enfant. La présente recherche vise à examiner, à l’aide d’une analyse séquentielle des interactions, la dépendance entre les comportements d’anxiété et d’évitement chez les membres de 20 dyades parent-enfant, dont les enfants sont âgés entre 4 et 7 ans. La tâche d’interaction, une histoire à compléter par les membres de la dyade, a la capacité de susciter des émotions anxieuses chez les participants. Les résultats de cette étude ne permettent pas de démontrer une dépendance entre les comportements d’anxiété et d’évitement des parents et ceux des enfants. La discussion présente des éléments de réflexion sur des pistes de recherche à explorer.

La representación literaria del "negro" en la Cuba de entre-siglos : Eliseo Altunaga y Marta Rojas (1990-2005)

À partir des années 90, parmi les transformations qu’entraine l’effondrement de l’Union soviétique à Cuba et au milieu des redéfinitions de la cubanité, apparaissent des œuvres narratives contre-discursives et actualisées sur la négritude, la race et le racisme. La représentation du Noir dans les romans de cette période prend toute sa signification du fait que se configure alors un champ de discussion dans lequel convergent différentes modalités et perceptions. Notre recherche explore le terrain discursif entourant les définitions de la cubanité et la négritude qui circulent à cette période à Cuba, pour ensuite voir de quelle manière elles se répercutent sur les auteurs et textes littéraires. À travers l’analyse des oeuvres des écrivains Eliseo Altuanga et Marta Rojas, cette thèse reconstruit leurs dialogues avec l’historiographie littéraire cubaine, l’Histoire de l’Ile et les discours plus actualisés quant au débat ethno-racial. Au moyen de visualisations opposées par rapport à l’histoire de Cuba, Altuanga et Rojas élaborent des œuvres et des personnages avec des différences idéoesthétiques marquées. Ainsi, le premier focalisera sur la recherche d’une rupture épistémologique quant à la conception du Noir dans l’imaginaire cubain, soulignant les événements de l’histoire nationale qui considèrent le Noir comme protagoniste, ce qui renforce l’idée d’une continuité dans son état de subalternisation. En ce qui concerne les protagonistes de Rojas, elle fait appel à des mulâtresses pour raconter le processus de transculturation par lequel, à son point de vue, s’est consolidée l’identité culturelle actuelle des Cubains. Suspendue dans un espace d’énonciation intermédiaire entre les premières décennies de la Révolution et la Période spéciale en Temps de Paix, Rojas construit une trilogie romanesque qui s’efforce à signaler la coupure entre les périodes pré- et postrévolutionnaires quant au traitement du Noir.

José Antonio de Alzate y Ramírez : una empresa periodística “sabia” en el Nuevo Mundo

José Antonio de Alzate y Ramírez (1737-1799) est reconnu aujourd’hui, entre autres choses, comme un des premiers journalistes, scientifiques, critiques littéraires et patriotes mexicains. Ce mémoire présente, dans un premier temps, une introduction à la vie et l’œuvre du personnage et rend compte de la réception globale de celle-ci, de 1831 à nos jours. Nous y montrons que les différents journaux d’Alzate, ses Diario literario de México (1768), Asuntos Varios sobre Ciencia y Arte (1772-1773), Observaciones sobre la física (1787-1788), et Gaceta de literatura (1788-1795), ont été étudiés principalement dans le contexte historique de la création de la nation mexicaine et que les intentions patriotiques ou proto-nationales qui lui ont été prêtées méritent d’être nuancées. Effectivement, bien qu’il ait publié plusieurs textes susceptibles de contribuer à améliorer certains domaines de l’économie américaine, tels que les activités minières, l’agriculture et les arts manuels, l’auteur révèle à travers son discours un désir de participer, au moyen de ses journaux, au mouvement scientifique européen. En ce sens, nous défendons l’hypothèse qu’Alzate ait choisi de pratiquer un type de journalisme spécifique, inspiré notamment du Journal des Sçavans (1665) et du Journal de Physique (1771-1773), qui lui permettrait de s’adresser autant à ses compatriotes, qu’aux membres de la République des Lettres. Nous présentons une étude comparative des similarités qui existent entre les publications d’Alzate et les deux journaux français ci-haut mentionnés, notamment en ce qui concerne les buts énoncés par leurs éditeurs ainsi que les modalités discursives et les thèmes qui les caractérisent. Dans le même ordre d’idée, nous soutenons que les publications d’Alzate présentent plusieurs des éléments clés qui définissent les journaux savants produits en Europe durant le dix-huitième siècle selon les études réalisées par Jean-Pierre Vittu. Enfin, nous expliquons comment le modèle du «journal savant» a été adapté par Alzate aux particularités de la Nouvelle-Espagne. Nous abordons, entre autres, les questions de la censure, de la critique et du manque de ressources financières dont il a souffert, facteurs qui, selon nos études, ont façonné l’entreprise du personnage. D’autre part, nous analysons les attitudes scientifiques adoptées par Alzate en tant que membre de la République des Lettres. Nous examinons aussi les principales sources de savoir qu’il a préconisées en tant qu’auteur afin d’accomplir certains devoirs propres aux membres de cette communauté.

Écologie de la besnoitiose chez les populations de caribous (Rangifer tarandus) des régions subarctiques

Bien que les infections à Besnoitia tarandi sont documentées chez l’espèce Rangifer sp. depuis 1922, les données récoltées sur l’écologie et la distribution de cette parasitose demeurent rares. Les objectifs de cette étude ont donc été (i) d’identifier le meilleur tissu à échantillonner pour détecter les infections à Besnoitia tarandi dans les populations de caribous, (ii) de calculer la sensibilité et la spécificité de l’examen visuel comparativement à l’examen microscopique et (iii) d’identifier les facteurs de risques intrinsèques et extrinsèques associés à cette parasitose afin (iv) de comparer la prévalence et la densité des kystes parasitaires entre certains troupeaux. Nos résultats suggèrent que l'examen microscopique du derme superficiel d’une section de peau provenant du tiers moyen antérieur du métatarse devrait être privilégié pour dépister les infections par B. tarandi et en évaluer l'intensité. L’examen microscopique est également un outil très sensible comparativement à l’examen visuel des kystes parasitaires. Besnoitia tarandi, qui semble être absent du Groenland, a été observé dans environ un tiers des caribous nord-américains. Une variation saisonnière de prévalence et d'intensité de B. tarandi a été détectée; le parasite étant plus abondant chez cet hôte intermédiaire durant la période de l'automne/hiver comparativement à celle du printemps/été. Cet effet saisonnier pourrait être associé à une augmentation de l'abondance du parasite suite à la saison des insectes (i.e. été), supportant ainsi le rôle présumé des arthropodes piqueurs comme vecteurs de la maladie. Cette différence saisonnière pourrait aussi être expliquée par la diminution de la charge parasitaire par le système immunitaire et/ou par un taux de survie inférieur des animaux les plus parasités durant la saison froide. Les niveaux d'infection étaient légèrement plus élevés chez les mâles que chez les femelles, ce qui suggère soit une diminution du taux de mortalité, soit une exposition accrue ou une plus grande susceptibilité au parasite des mâles en comparaison aux femelles. La densité d’infection supérieure dans le troupeau Rivière-aux-Feuilles (Nunavik) suggère des niveaux d'exposition au parasite plus élevés et/ou une diminution des niveaux de résistance de ces caribous à ce protozoaire. Les résultats de cette étude démontrent que B. tarandi peut réduire les chances de survie des caribous infectés. Il sera donc important de continuer à surveiller les infections à B. tarandi surtout en cette période de changements climatiques.

Les trajectoires de l'intégration professionnelle des immigrants iraniens travaillant comme chauffeurs de taxi à Montréal

Cette étude cherche à clarifier les trajectoires de l’intégration des immigrants iraniens travaillant comme chauffeurs de taxi à Montréal. En effet, les conclusions de certaines études portant sur l’amélioration de l’insertion professionnelle des immigrants à moyen et à long terme étaient en opposition avec l’état actuel d’immigrants qualifiés travaillant toujours dans l’industrie du taxi après cinq, dix, quinze ans ou même plus après leur arrivée, bien que plusieurs avaient déjà une formation universitaire avant leur arrivé au Canada. Effectuée dans le cadre des études sur l’intégration des immigrants en général et en particulier au Canada et au Québec, cette recherche fait ressortir des résultats plus larges que les expériences de ce groupe après son arrivée dans le pays d’accueil en incluant les attentes et les motifs avant le départ. L’utilisation d’une démarche plutôt qualitative à partir des expériences et des trajectoires d’environ une quarantaine de chauffeurs de taxi travaillant dans une société de taxi montréalaise dont la majorité des travailleurs sont iraniens a permis de dépasser les difficultés liées à l’étude de ce groupe ainsi que d’en approfondir la connaissance. Cette étude se divise en deux parties. La première familiarise le lecteur avec l’histoire de l’immigration et celle des Iraniens au Canada ainsi qu’avec le cadre conceptuel et l’approche méthodologique de cette recherche. La deuxième partie, présentant les résultats, révèle le fait que plusieurs dans ce groupe d’immigrants n’ont pas eu accès aux droits de scolarité réduits offerts aux résidents québécois avant la régularisation de leur demande d’asile, ce qui a eu pour résultat de freiner leur grand désir de poursuivre des études au Canada. Ce blocage les a confinés dans des emplois de bas niveaux. Les cours peu avancés de français offerts aux immigrants n’ont pas pu les préparer à accéder aux bons emplois. Également, ce groupe a rejeté l’aide des agents d’emploi à cause des bas niveaux d’emplois que ceux-ci offraient. Alors que les périodes de chômage ont pu encourager certains à poursuivre leurs études, la discrimination après le 11 septembre 2001 a barré leur accès aux emplois qualifiés. La communauté iranienne n’a pas contribué à l’accès de ses membres aux emplois qualifiés à cause de son émergence récente au Canada. Ainsi, pour certains, le partenariat avec des compatriotes qu’ils connaissaient à peine et non experts dans la création d’entreprises, qui de plus ne se préoccupaient pas des exigences du métier, a abouti à leur fermeture. La comparaison entre les emplois déjà occupés et les avantages matériels et non matériels du taxi a mené ce groupe à recourir à ce métier. Pourtant, ses désavantages ont causé le départ non réfléchi de certains du Québec, mais ils sont revenus par la suite. Les traits culturels de ce groupe dans une société ethnique de taxi bien réglementée ont permis d’améliorer le fonctionnement de cette société. Enfin, malgré le désir de bon nombre de ces immigrants de changer d’emploi, l’analyse suggère que la probabilité reste, pour la majorité, peu élevée.

Le Musée de l'Oratoire Saint-Joseph du Mont-Royal : un outil d'évangélisation

Dès les débuts du christianisme, l’Église s’est servie de l’art. Au Moyen âge, en particulier, la décoration des cathédrales (sculptures, fresques vitraux) avait une valeur esthétique, mais plus encore, une valeur didactique. Moyens matériels pour faire la catéchèse, voire évangéliser, les crèches du Musée de l’Oratoire Saint-Joseph du Mont-Royal s’inscrivent dans cette perspective. Tenant compte de cette mission d’évangélisation qui incombe à l’Église et de l’importance que prend de plus en plus le visuel dans la culture et la société actuelles, nous voulons partir de l’exposition des crèches de Noël à l’Oratoire Saint-Joseph, de l’année 2009, pour découvrir en quoi elle pourrait contribuer à l’évangélisation et à la croissance du christianisme et des chrétiens. En effet, les crèches de Noël sont essentiellement œuvre de foi, – non pas liée à la foi de l’auteur mais plutôt à l’effet que cette oeuvre peut avoir sur celui qui la regarde, – dont la dévotion à la sainte Famille. Ce moyen d’évangélisation dans ce monde en mutation où l’art visuel s’est avéré d’une extrême importance convient bien au contexte de la déchristianisation et peut offrir une complémentarité aux méthodes traditionnelles d’évangélisation basées surtout sur le discours. Ils sont complémentaires, dans le sens où il ne s’agit pas de « cheminer à travers villes et villages, prêchant et annonçant la Bonne Nouvelle du Royaume de Dieu » (Lc 8,1) aux personnes qui n’ont pas encore entendu parler du Christ, mais d’éveiller la curiosité chez les visiteurs non-chrétiens (Evangelii Nuntiandi 53), de stimuler l’intérêt à l’égard de la religion chez les non-pratiquants (EN 56) et, de soutenir et approfondir la foi des fidèles. Mots-clés : Christianisme – Église – transmission – évangélisation – éducation de la foi – musée – crèches – Oratoire Saint-Joseph.

Le commerce équitable : le développement en dépit du marché ou via le marché ?

On se propose dans cet article d'explorer les relations ambivalentes qu'entretient le commerce équitable avec le marché. L'objectif de développement mis en avant par le commerce équitable est-il compromis ou favorisé par le recours aux échanges marchands ? Les militants du commerce équitable semblent très critiques envers la logique marchande, le marché étant souvent présenté comme un lieu d'exploitation des faibles par les forts. En même temps, le principe même du commerce équitable fait de l'échange marchand le moyen privilégié pour sortir de la pauvreté, de l'assistance, et accéder au développement. En fait, le commerce équitable nous permet de redécouvrir différentes formes de marché.

Le traitement juridique de la mère au foyer : le droit privé et le droit social de la famille québécois à l ’aune de l ’individualisme

Bien que les chercheurs fassent état de l ’importance croissante de l ’individualisme en droit québécois de la famille, il n ’est pas clair que ces conclusions soient fondées sur une définition constante du phénomène. Il est primordial de comprendre la dynamique mouvante de cette tendance, ses caractéristiques ainsi que son lien avec le droit. Au moyen d ’une approche socio-juridique, le présent mémoire décrit ce phénomène et définit trois indicateurs pour explorer si et comment le droit social et privé québécois de la famille s ’individualise autour de la mère au foyer. Au final, le mémoire démontre que le droit de la famille vise, reconnaît et supporte concrètement très peu la mère au foyer. L ’observation de ce cas a plutôt mis en lumière une tendance à la diminution de mesures ou services qui la supportent, tendance qui est notamment liée à la fiscalisation, la contractualisation et l ’octroi d ’une large discrétion judiciaire.

La situation socioéconomique des résidants des collectivités des Premières Nations et des collectivités environnantes du Québec : impact des facteurs de contexte et des facteurs individuels

Cette recherche se penche sur l’impact des facteurs de contexte et des facteurs individuels sur les conditions socioéconomiques des résidants des collectivités des Premières Nations du Québec et des résidants des communautés situées à proximité. Des régressions logistiques sur les données censitaires de 2001 ont été réalisées afin de répondre aux questions d’étude. Quatre dimensions, inspirées de l’indice de bien-être (IBC), ont été étudiées : l’activité, le logement, le revenu et la scolarité. Les résultats de recherche montrent que les deux types de facteurs contribuent à l’explication des inégalités sociales. Plus spécifiquement, les inégalités scolaires apparaissent principalement déterminées par les facteurs de contexte bien que les facteurs individuels, tel que l’âge et le genre, soient aussi déterminants. Ces dernières surviennent en amont des inégalités d’emploi et de revenu et expliquent celles-ci. De plus, les inégalités relatives au logement sont expliquées par l’emplacement spatial et le type de communauté de résidence. Par ailleurs, l’ethnicité des répondants ne joue pas un rôle de premier plan dans l’explication des disparités observées, une fois les autres caractéristiques contrôlées, ce qui ne signifie pas qu’il n’existe pas d’inégalités entre Amérindien et non-Amérindien. En fait, des chances différenciées persistent lorsque les autres caractéristiques sont contrôlées. Ainsi, les résultats mettent en évidence l’utilité de déplacer le point focal de la recherche quantitative sur les conditions autochtones du principal fait d’être Amérindien ou non vers un éventail plus large de déterminants.

Effect of mindfulness meditation on the neural substrates of emotion processing and resting state in experienced and beginner meditators

La méditation par le ‘mindfulness’ favorise la stabilité émotionelle, mais les mécanismes neuroneux qui sous-tendent ces effets sont peu connus. Ce projet investiga l’effet du ‘mindfulness’ sur les réponses cérébrales et subjectives à des images négatives, positives et neutres chez des méditants expérimentés et des débutants au moyen de l’imagerie par résonance magnétique fonctionnelle (IRMf). Le ‘mindfulness’ atténua l’intensité émotionelle via différents mécanismes cérébraux pour chaque groupe. Comparés aux méditants, les débutants manifestèrent une déactivation de l’amygdale en réponse aux stimuli émotifs durant le ‘mindfulness’. Comparés aux débutants, les méditants exhibèrent une déactivation de régions du réseau du mode par défaut (RMD) pendant le ‘mindfulness’ pour tous stimuli (cortex médian préfrontal [CMP], cortex cingulaire postérieur [CCP]). Le RMD est constitué de régions fonctionnellement connectées, activées au repos et déactivées lors de tâches explicites. Cependant, nous ne connaissons pas les impacts de l’entraînement par la méditation sur la connectivité entre régions du RMD et si ces effets persistent au-delà d’un état méditatif. La connectivité fonctionnelle entre régions du RMD chez les méditants et débutants au repos fut investiguée au moyen de l’IRMf. Comparés aux débutants, les méditants montrèrent une connectivité affaiblie entre subdivisions du CMP, et une connectivité accrue entre le lobule pariétal inférieur et trois regions du RMD. Ces résultats reflètent que les bienfaits immédiats du ‘mindfulness’ sur la psychopathologie pourraient être dûs à une déactivation de régions limbiques impliquées dans la réactivité émotionelle. De plus, les bienfaits à long-terme de la méditation sur la stabilité émotionelle pourrait être dûs à une déactivation de régions corticales et cingulaires impliquées dans l’évaluation de la signification émotive et une connectivité altérée entre régions du RMD à l’état de repos.

Évaluation de la perception des intervenants de la mise en œuvre d’un modèle d’équipe de soutien à l’enseignant pour intégrer les services à l’école en contexte inclusif

L’école ne semble plus en mesure de répondre par elle-même aux besoins multidimensionnels des élèves en difficulté qui sont maintenant intégrés dans la classe ordinaire. (Cooper, 1999; Deslandes & Bertrand, 2001; Dryfoos, 1994; Greenberg, 2004; Ministère de l'Éducation du Loisir et du Sport, 2005; Paavola, 1995; Riddle & Tett, 2001; The Learning Partnership, 2004). Les équipes de soutien à l’enseignant semblent un moyen efficace d’appuyer l’enseignant et l’élève, mais cette approche est très peu utilisée dans les milieux éducatifs au Canada. Certains élèves présentant des problèmes complexes ne reçoivent pas l’appui nécessaire faute d’un manque de spécialiste à l’intérieur du cadre scolaire. Dans cette perspective, les services intégrés pourraient être une voie propice pour le travail de partenariat mais plusieurs obstacles semblent empêcher la collaboration et la coopération entre les intervenants scolaires et les partenaires de la communauté. La présente recherche a identifié un modèle qui permet d’appuyer l’enseignant dans sa pratique afin d’aider l’élève en difficulté et de le maintenir dans la classe ordinaire. Le modèle d’équipe de soutien à l’enseignant mis en œuvre dans les écoles d’un conseil francophone scolaire de l’Ontario est un modèle dérivé de Chalfant, Pysh et Moultrie (1979). Vers les années 1970, ces équipes ont été formées en vue d’offrir un appui à l’enseignant de classe ordinaire pour éviter les placements d'élèves en éducation spéciale l’intention est encore la même en 2010. Par ce modèle, nous favorisons l’entrée des services intégrés à l’intérieur du cadre scolaire et les partenaires travaillent en équipe afin de favoriser le succès scolaire des élèves. Un coordonnateur du milieu scolaire est le lien qui assure la coordination et les suivis des différentes recommandations proposées par l’équipe. Le travail de collaboration et de coopération est essentiel pour assurer le succès scolaire de l’élève. Les résultats de cette mise en œuvre nous ont permis de constater que le modèle est efficace dans l’atteinte de ses buts. D’une façon générale, les intervenants scolaires affirment se sentir effectivement appuyés par les équipes de soutien tant dans la formation, les échanges et les discussions que dans les ressources matérielles. Ce qui ressort le plus souvent de leurs propos est qu’ils apprécient la réelle collaboration et la concertation qui existent entre tous les intervenants qui assurent les suivis. Quatre-vingt-treize pour cent des répondants qui ont participé aux équipes de soutien affirment qu’il y a eu des changements positifs chez les élèves. Différents défis ont aussi été relevés. Mentionnons entre autre, la lourdeur du rôle du coordonnateur, la grandeur du territoire du Conseil (perte de temps sur la route), des cas de conflits existants entre les parents et l’école. Indépendamment de ces défis, l’application du modèle d’équipe de soutien à l’enseignant répond à l’objectif d’inclusion scolaire des élèves en difficulté tout en permettant aux enseignants de ne pas se sentir seuls ni d’être effectivement seuls à assumer ce mandat.

Comparaison des méthodes d'analyse de l'expression différentielle basée sur la dépendance des niveaux d'expression

La technologie des microarrays demeure à ce jour un outil important pour la mesure de l'expression génique. Au-delà de la technologie elle-même, l'analyse des données provenant des microarrays constitue un problème statistique complexe, ce qui explique la myriade de méthodes proposées pour le pré-traitement et en particulier, l'analyse de l'expression différentielle. Toutefois, l'absence de données de calibration ou de méthodologie de comparaison appropriée a empêché l'émergence d'un consensus quant aux méthodes d'analyse optimales. En conséquence, la décision de l'analyste de choisir telle méthode plutôt qu'une autre se fera la plupart du temps de façon subjective, en se basant par exemple sur la facilité d'utilisation, l'accès au logiciel ou la popularité. Ce mémoire présente une approche nouvelle au problème de la comparaison des méthodes d'analyse de l'expression différentielle. Plus de 800 pipelines d'analyse sont appliqués à plus d'une centaine d'expériences sur deux plateformes Affymetrix différentes. La performance de chacun des pipelines est évaluée en calculant le niveau moyen de co-régulation par l'entremise de scores d'enrichissements pour différentes collections de signatures moléculaires. L'approche comparative proposée repose donc sur un ensemble varié de données biologiques pertinentes, ne confond pas la reproductibilité avec l'exactitude et peut facilement être appliquée à de nouvelles méthodes. Parmi les méthodes testées, la supériorité de la sommarisation FARMS et de la statistique de l'expression différentielle TREAT est sans équivoque. De plus, les résultats obtenus quant à la statistique d'expression différentielle corroborent les conclusions d'autres études récentes à propos de l'importance de prendre en compte la grandeur du changement en plus de sa significativité statistique.

Amélioration de l'exactitude de l'inférence phylogénomique

L’explosion du nombre de séquences permet à la phylogénomique, c’est-à-dire l’étude des liens de parenté entre espèces à partir de grands alignements multi-gènes, de prendre son essor. C’est incontestablement un moyen de pallier aux erreurs stochastiques des phylogénies simple gène, mais de nombreux problèmes demeurent malgré les progrès réalisés dans la modélisation du processus évolutif. Dans cette thèse, nous nous attachons à caractériser certains aspects du mauvais ajustement du modèle aux données, et à étudier leur impact sur l’exactitude de l’inférence. Contrairement à l’hétérotachie, la variation au cours du temps du processus de substitution en acides aminés a reçu peu d’attention jusqu’alors. Non seulement nous montrons que cette hétérogénéité est largement répandue chez les animaux, mais aussi que son existence peut nuire à la qualité de l’inférence phylogénomique. Ainsi en l’absence d’un modèle adéquat, la suppression des colonnes hétérogènes, mal gérées par le modèle, peut faire disparaître un artéfact de reconstruction. Dans un cadre phylogénomique, les techniques de séquençage utilisées impliquent souvent que tous les gènes ne sont pas présents pour toutes les espèces. La controverse sur l’impact de la quantité de cellules vides a récemment été réactualisée, mais la majorité des études sur les données manquantes sont faites sur de petits jeux de séquences simulées. Nous nous sommes donc intéressés à quantifier cet impact dans le cas d’un large alignement de données réelles. Pour un taux raisonnable de données manquantes, il appert que l’incomplétude de l’alignement affecte moins l’exactitude de l’inférence que le choix du modèle. Au contraire, l’ajout d’une séquence incomplète mais qui casse une longue branche peut restaurer, au moins partiellement, une phylogénie erronée. Comme les violations de modèle constituent toujours la limitation majeure dans l’exactitude de l’inférence phylogénétique, l’amélioration de l’échantillonnage des espèces et des gènes reste une alternative utile en l’absence d’un modèle adéquat. Nous avons donc développé un logiciel de sélection de séquences qui construit des jeux de données reproductibles, en se basant sur la quantité de données présentes, la vitesse d’évolution et les biais de composition. Lors de cette étude nous avons montré que l’expertise humaine apporte pour l’instant encore un savoir incontournable. Les différentes analyses réalisées pour cette thèse concluent à l’importance primordiale du modèle évolutif.