Chronic hepatitis C: hepatic iron content does not correlate with response to antiviral therapy

The complex interaction between hepatitis C virus infection, iron homeostasis and the response to antiviral treatment remains controversial. The aim of this study was to evaluate the influence of hepatic iron concentration (HIC) on the sustained virological response (SVR) to antiviral therapy in patients with chronic hepatitis C. A total of 50 patients who underwent pretreatment liver biopsy with assessment of HIC by graphite furnace atomic absorption spectroscopy and were subsequently submitted to antiviral treatment with interferon/peginterferon and ribavirin were included in the study. Patients with alcoholism, history of multiple blood transfusion, chronic kidney disease, hemolytic anemia and parenteral iron therapy were excluded. The iron related markers and HIC were compared between those who achieved an SVR and non-responders (NR) patients. The mean age was 45.7 years and the proportion of patients' gender was not different between SVR and NR patients. The median serum iron was 138 and 134 µg/dL (p = 0.9), the median serum ferritin was 152.5 and 179.5 ng/mL (p = 0.87) and the median HIC was 9.9 and 8.2 µmol/g dry tissue (p = 0.51), for SVR and NR patients, respectively. Thus, hepatic iron concentration, determined by a reliable quantitative method, was not a negative predictive factor of SVR in patients with chronic hepatitis C presenting mild to moderate hepatic iron accumulation.

Segurança de Redes em Sistemas de Experimentação Remota

O crescimento dos sistemas de informação e a sua utilização massiva criou uma nova realidade no acesso a experiências remotas que se encontram geograficamente distribuídas. Nestes últimos tempos, a temática dos laboratórios remotos apareceu nos mais diversos campos como o do ensino ou o de sistemas industriais de controlo e monitorização. Como o acesso aos laboratórios é efectuado através de um meio permissivo como é o caso da Internet, a informação pode estar à mercê de qualquer atacante. Assim, é necessário garantir a segurança do acesso, de forma a criar condições para que não se verifique a adulteração dos valores obtidos, bem como a existência de acessos não permitidos. Os mecanismos de segurança adoptados devem ter em consideração a necessidade de autenticação e autorização, sendo estes pontos críticos no que respeita à segurança, pois estes laboratórios podem estar a controlar equipamentos sensíveis e dispendiosos, podendo até eventualmente comprometer em certos casos o controlo e a monotorização de sistemas industriais. Este trabalho teve como objectivo a análise da segurança em redes, tendo sido realizado um estudo sobre os vários conceitos e mecanismos de segurança necessários para garantir a segurança nas comunicações entre laboratórios remotos. Dele resultam as três soluções apresentadas de comunicação segura para laboratórios remotos distribuídos geograficamente, recorrendo às tecnologias IPSec, OpenVPN e PPTP. De forma a minimizar custos, toda a implementação foi assente em software de código aberto e na utilização de um computador de baixo custo. No que respeita à criação das VPNs, estas foram configuradas de modo a permitir obter os resultados pretendidos na criação de uma ligação segura para laboratórios remotos. O pfSense mostrou-se a escolha acertada visto que suporta nativamente quaisquer das tecnologias que foram estudadas e implementadas, sem necessidade de usar recursos físicos muito caros, permitindo o uso de tecnologias de código aberto sem comprometer a segurança no funcionamento das soluções que suportam a segurança nas comunicações dos laboratórios remotos.

High diagnostic efficiency of IgM-ELISA with the use of multiple antigen peptides (MAP1) from T. gondii ESA (SAG-1, GRA-1 and GRA-7), in acute toxoplasmosis

The main serological marker for the diagnosis of recent toxoplasmosis is the specific IgM antibody, along with IgG antibodies of low avidity. However, in some patients these antibodies may persist long after the acute/recent phase, contributing to misdiagnosis in suspected cases of toxoplasmosis. In the present study, the diagnostic efficiency of ELISA was evaluated, with the use of peptides derived from T. gondii ESA antigens, named SAG-1, GRA-1 and GRA-7. In the assay referred to, we studied each of these peptides individually, as well as in four different combinations, as Multiple Antigen Peptides (MAP), aiming to establish a reliable profile for the acute/recent toxoplasmosis with only one patient serum sample. The diagnostic performance of the assay using MAP1, with the combination of SAG-1, GRA-1 and GRA-7 peptides, demonstrated better discrimination of the acute/recent phase from non acute/recent phase of toxoplasmosis. Our results show that IgM antibodies to MAP1 may be useful as a serological marker, enhancing the diagnostic efficiency of the assay for acute/recent phase of toxoplasmosis.

A real-time quantitative assay for hepatitis B DNA virus (HBV) developed to detect all HBV genotypes

Hepatitis B virus (HBV) is a major cause of chronic liver disease worldwide. Besides genotype, quantitative analysis of HBV infection is extensively used for monitoring disease progression and treatment. Affordable viral load monitoring is desirable in resource-limited settings and it has been already shown to be useful in developing countries for other viruses such as Hepatitis C virus (HCV) and HIV. In this paper, we describe the validation of a real-time PCR assay for HBV DNA quantification with TaqMan chemistry and MGB probes. Primers and probes were designed using an alignment of sequences from all HBV genotypes in order to equally amplify all of them. The assay is internally controlled and was standardized with an international HBV panel. Its efficacy was evaluated comparing the results with two other methods: Versant HBV DNA Assay 3.0 (bDNA, Siemens, NY, USA) and another real-time PCR from a reference laboratory. Intra-assay and inter-assay reproducibilities were determined and the mean of CV values obtained were 0.12 and 0.09, respectively. The assay was validated with a broad dynamic range and is efficient for amplifying all HBV genotypes, providing a good option to quantify HBV DNA as a routine procedure, with a cheap and reliable protocol.

An automatic voice pleasantness classification system based on prosodic and acoustic patterns of voice preference

In the last few years the number of systems and devices that use voice based interaction has grown significantly. For a continued use of these systems the interface must be reliable and pleasant in order to provide an optimal user experience. However there are currently very few studies that try to evaluate how good is a voice when the application is a speech based interface. In this paper we present a new automatic voice pleasantness classification system based on prosodic and acoustic patterns of voice preference. Our study is based on a multi-language database composed by female voices. In the objective performance evaluation the system achieved a 7.3% error rate.

Analysis of Synaptic Proteins in the Cerebrospinal Fluid as a New Tool in the Study of Inborn Errors of Neurotransmission

Abstract In a few rare diseases, specialised studies in cerebrospinal fluid (CSF) are required to identify the underlying metabolic disorder. We aimed to explore the possibility of detecting key synaptic proteins in the CSF, in particular dopaminergic and gabaergic, as new procedures that could be useful for both pathophysiological and diagnostic purposes in investigation of inherited disorders of neurotransmission. Dopamine receptor type 2 (D2R), dopamine transporter (DAT) and vesicular monoamine transporter type 2 (VMAT2) were analysed in CSF samplesfrom 30 healthy controls (11 days to 17 years) by western blot analysis. Because VMAT2 was the only protein with intracellular localisation, and in order to compare results, GABA vesicular transporter, which is another intracellular protein, was also studied. Spearman’s correlation and Student’s t tests were applied to compare optical density signals between different proteins. All these synaptic proteins could be easily detected and quantified in the CSF. DAT, D2R and GABA VT expression decrease with age, particularly in the first months of life, reflecting the expected intense synaptic activity and neuronal circuitry formation. A statistically significant relationship was found between D2R and DAT expression, reinforcing the previous evidence of DAT regulation by D2R. To our knowledge, there are no previous studies on human CSF reporting a reliable analysis of these proteins. These kinds of studies could help elucidate new causes of disturbed dopaminergic and gabaergic transmission as well as understanding different responses to L-dopa in inherited disorders affecting dopamine metabolism. Moreover, this approach to synaptic activity in vivo can be extended to different groups of proteins and diseases.

Genetic Control of Mosquitoes: population suppression strategies

Over the last two decades, morbidity and mortality from malaria and dengue fever among other pathogens are an increasing Public Health problem. The increase in the geographic distribution of vectors is accompanied by the emergence of viruses and diseases in new areas. There are insufficient specific therapeutic drugs available and there are no reliable vaccines for malaria or dengue, although some progress has been achieved, there is still a long way between its development and actual field use. Most mosquito control measures have failed to achieve their goals, mostly because of the mosquito's great reproductive capacity and genomic flexibility. Chemical control is increasingly restricted due to potential human toxicity, mortality in no target organisms, insecticide resistance, and other environmental impacts. Other strategies for mosquito control are desperately needed. The Sterile Insect Technique (SIT) is a species-specific and environmentally benign method for insect population suppression, it is based on mass rearing, radiation mediated sterilization, and release of a large number of male insects. Releasing of Insects carrying a dominant lethal gene (RIDL) offers a solution to many of the drawbacks of traditional SIT that have limited its application in mosquitoes while maintaining its environmentally friendly and species-specific utility. The self-limiting nature of sterile mosquitoes tends to make the issues related to field use of these somewhat less challenging than for self-spreading systems characteristic of population replacement strategies. They also are closer to field use, so might be appropriate to consider first. The prospect of genetic control methods against mosquito vectored human diseases is rapidly becoming a reality, many decisions will need to be made on a national, regional and international level regarding the biosafety, social, cultural and ethical aspects of the use and deployment of these vector control methods.

Reliability analysis of a timber truss system subjected to decay

Assessing the safety of existing timber structures is of paramount importance for taking reliable decisions on repair actions and their extent. The results obtained through semi-probabilistic methods are unrealistic, as the partial safety factors present in codes are calibrated considering the uncertainty present in new structures. In order to overcome these limitations, and also to include the effects of decay in the safety analysis, probabilistic methods, based on Monte-Carlo simulation are applied here to assess the safety of existing timber structures. In particular, the impact of decay on structural safety is analyzed and discussed, using a simple structural model, similar to that used for current semi-probabilistic analysis.

Determinação da tenacidade à fratura em corte (GIIc) de adesivos estruturais pelo ensaio End-Notched Flexure (ENF)

Os adesivos têm sido alvo de estudo ao longo dos últimos anos para ligação de componentes a nível industrial. Devido à crescente utilização das juntas adesivas, torna-se necessária a existência de modelos de previsão de resistência que sejam fiáveis e robustos. Neste âmbito, a determinação das propriedades dos adesivos é fundamental para o projeto de ligações coladas. Uma abordagem recente consiste no uso de modelos de dano coesivo (MDC), que permitem simular o comportamento à fratura das juntas de forma bastante fiável. Esta técnica requer a definição das leis coesivas em tração e corte. Estas leis coesivas dependem essencialmente de 2 parâmetros: a tensão limite e a tenacidade no modo de solicitação respetivo. O ensaio End-Notched Flexure (ENF) é o mais utilizado para determinar a tenacidade em corte, porque é conhecido por ser o mais expedito e fiável para caraterizar este parâmetro. Neste ensaio, os provetes são sujeitos a flexão em 3 pontos, sendo apoiados nas extremidades e solicitados no ponto médio para promover a flexão entre substratos, o que se reflete numa solicitação de corte no adesivo. A partir deste ensaio, e após de definida a tenacidade em corte (GIIc), existem alguns métodos para estimativa da lei coesiva respetiva. Nesta dissertação são definidas as leis coesivas em corte de três adesivos estruturais através do ensaio ENF e um método inverso de ajuste dos dados experimentais. Para o efeito, foram realizados ensaios experimentais considerado um adesivo frágil, o Araldite® AV138, um adesivo moderadamente dúctil, o Araldite® 2015 e outro dúctil, o SikaForce® 7752. O trabalho experimental consistiu na realização dos ensaios ENF e respetivo tratamento dos dados para obtenção das curvas de resistência (curvas-R) através dos seguintes métodos: Compliance Calibration Method (CCM), Direct Beam Theory (DBT), Corrected Beam Theory (CBT) e Compliance-Based Beam Method (CBBM). Os ensaios foram simulados numericamente pelo código comercial ABAQUS®, recorrendo ao Métodos de Elementos Finitos (MEF) e um MDC triangular, com o intuito de estimar a lei coesiva de cada um dos adesivos em solicitação de corte. Após este estudo, foi feita uma análise de sensibilidade ao valor de GIIc e resistência coesiva ao corte (tS 0), para uma melhor compreensão do efeito destes parâmetros na curva P- do ensaio ENF. Com o objetivo de testar adequação dos 4 métodos de obtenção de GIIc usados neste trabalho, estes foram aplicados a curvas P- numéricas de cada um dos 3 adesivos, e os valores de GIIc previstos por estes métodos comparados com os respetivos valores introduzidos nos modelos numéricos. Como resultado do trabalho realizado, conseguiu-se obter uma lei coesiva única em corte para cada um dos 3 adesivos testados, que é capaz de reproduzir com precisão os resultados experimentais.

Active bionanoconjugates of laccase and gold nanoparticles: kinetic and structural studies

Thesis for the master degree in Structural and Functional Biochemistry

Aplicação de um método de correlação de imagem para a determinação da tenacidade à fratura em corte de adesivos estruturais

Qualquer estrutura hoje em dia deve ser resistente, robusta e leve, o que aumentou o interesse industrial e investigação nas ligações adesivas, nomeadamente pela melhoria das propriedades de resistência e fratura dos materiais. Com esta técnica de união, o projeto de estruturas pode ser orientado para estruturas mais leves, não só em relação à economia direta de peso relativamente às juntas aparafusas ou soldadas, mas também por causa da flexibilidade para ligar materiais diferentes. Em qualquer área da indústria, a aplicação em larga escala de uma determinada técnica de ligação supõe que estão disponíveis ferramentas confiáveis para o projeto e previsão da rotura. Neste âmbito, Modelos de Dano Coesivo (MDC) são uma ferramenta essencial, embora seja necessário estimar as leis MDC do adesivo à tração e corte para entrada nos modelos numéricos. Este trabalho avalia o valor da tenacidade ao corte (GIIC) de juntas coladas para três adesivos com ductilidade distinta. O trabalho experimental consiste na caracterização à fratura ao corte da ligação adesiva por métodos convencionais e pelo Integral-J. Além disso, pelo integral-J, é possível definir a forma exata da lei coesiva. Para o integral-J, é utilizado um método de correlação de imagem digital anteriormente desenvolvido para a avaliação do deslocamento ao corte do adesivo na extremidade da fenda (δs) durante o ensaio, acoplado a uma sub-rotina em Matlab® para a extração automática de δs. É também apresentado um trabalho numérico para avaliar a adequabilidade de leis coesivas triangulares aproximadas em reproduzir as curvas força-deslocamento (P-δ) experimentais dos ensaios ENF. Também se apresenta uma análise de sensibilidade para compreender a influência dos parâmetros coesivos nas previsões numéricas. Como resultado deste trabalho, foram estimadas experimentalmente as leis coesivas de cada adesivo pelo método direto, e numericamente validadas, para posterior previsão de resistência em juntas adesivas. Em conjunto com a caraterização à tração destes adesivos, é possível a previsão da rotura em modo-misto.

Sistema de monitorização e alarmística de ativos de rede

Este documento contém todo o estudo e planeamento para a implementação de um novo sistema de monitorização e alarmística, desenvolvido para o serviço de informática, no decorrer do estágio profissional no Instituto Português de Oncologia do Porto. Observou-se que o sistema já existente, apesar de facilitar algumas ações da equipa, apresentava muitas lacunas, mas ao mesmo tempo uma boa abertura para evolução. A criação desse sistema teve que contemplar um conjunto de objetivos que levaram a elaboração de estudos, permitindo uma análise e fundamento na tomada de decisões e na criação de tarefas e testes. É apresentado também um estudo de uma nova arquitetura, pois devido a falta de recursos que a solução já implementada tinha, que permitisse ao serviço de informática obter um sistema robusto, redundante, fiável, seguro e sempre disponível.

MULTIPLEX SYBR® GREEN-REAL TIME PCR (qPCR) ASSAY FOR THE DETECTION AND DIFFERENTIATION OF Bartonella henselae AND Bartonella clarridgeiae IN CATS

A novel SYBR® green-real time polymerase chain reaction (qPCR) was developed to detect two Bartonellaspecies, B. henselae and B. clarridgeiae, directly from blood samples. The test was used in blood samples obtained from cats living in animal shelters in Southern Brazil. Results were compared with those obtained by conventional PCR targeting Bartonella spp. Among the 47 samples analyzed, eight were positive using the conventional PCR and 12 were positive using qPCR. Importantly, the new qPCR detected the presence of both B. henselae and B. clarridgeiae in two samples. The results show that the qPCR described here may be a reliable tool for the screening and differentiation of two important Bartonella species.

COMPARISON BETWEEN AUTOMATED SYSTEM AND PCR-BASED METHOD FOR IDENTIFICATION AND ANTIMICROBIAL SUSCEPTIBILITY PROFILE OF CLINICAL Enterococcus spp

Enterococci are increasingly responsible for nosocomial infections worldwide. This study was undertaken to compare the identification and susceptibility profile using an automated MicrosScan system, PCR-based assay and disk diffusion assay of Enterococcus spp. We evaluated 30 clinical isolates of Enterococcus spp. Isolates were identified by MicrosScan system and PCR-based assay. The detection of antibiotic resistance genes (vancomycin, gentamicin, tetracycline and erythromycin) was also determined by PCR. Antimicrobial susceptibilities to vancomycin (30 µg), gentamicin (120 µg), tetracycline (30 µg) and erythromycin (15 µg) were tested by the automated system and disk diffusion method, and were interpreted according to the criteria recommended in CLSI guidelines. Concerning Enterococcus identification the general agreement between data obtained by the PCR method and by the automatic system was 90.0% (27/30). For all isolates of E. faecium and E. faecalis we observed 100% agreement. Resistance frequencies were higher in E. faecium than E. faecalis. The resistance rates obtained were higher for erythromycin (86.7%), vancomycin (80.0%), tetracycline (43.35) and gentamicin (33.3%). The correlation between disk diffusion and automation revealed an agreement for the majority of the antibiotics with category agreement rates of > 80%. The PCR-based assay, the van(A) gene was detected in 100% of vancomycin resistant enterococci. This assay is simple to conduct and reliable in the identification of clinically relevant enterococci. The data obtained reinforced the need for an improvement of the automated system to identify some enterococci.

Middleware for Large-scale Distributed Systems

Nos últimos anos o aumento exponencial da utilização de dispositivos móveis e serviços disponibilizados na “Cloud” levou a que a forma como os sistemas são desenhados e implementados mudasse, numa perspectiva de tentar alcançar requisitos que até então não eram essenciais. Analisando esta evolução, com o enorme aumento dos dispositivos móveis, como os “smartphones” e “tablets” fez com que o desenho e implementação de sistemas distribuidos fossem ainda mais importantes nesta área, na tentativa de promover sistemas e aplicações que fossem mais flexíveis, robutos, escaláveis e acima de tudo interoperáveis. A menor capacidade de processamento ou armazenamento destes dispositivos tornou essencial o aparecimento e crescimento de tecnologias que prometem solucionar muitos dos problemas identificados. O aparecimento do conceito de Middleware visa solucionar estas lacunas nos sistemas distribuidos mais evoluídos, promovendo uma solução a nível de organização e desenho da arquitetura dos sistemas, ao memo tempo que fornece comunicações extremamente rápidas, seguras e de confiança. Uma arquitetura baseada em Middleware visa dotar os sistemas de um canal de comunicação que fornece uma forte interoperabilidade, escalabilidade, e segurança na troca de mensagens, entre outras vantagens. Nesta tese vários tipos e exemplos de sistemas distribuídos e são descritos e analisados, assim como uma descrição em detalhe de três protocolos (XMPP, AMQP e DDS) de comunicação, sendo dois deles (XMPP e AMQP) utilzados em projecto reais que serão descritos ao longo desta tese. O principal objetivo da escrita desta tese é demonstrar o estudo e o levantamento do estado da arte relativamente ao conceito de Middleware aplicado a sistemas distribuídos de larga escala, provando que a utilização de um Middleware pode facilitar e agilizar o desenho e desenvolvimento de um sistema distribuído e traz enormes vantagens num futuro próximo.